SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_05542 H281DRAFT_05542 tripartite ATP-independent transporter solute receptor, DctP family to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
28% identity, 78% coverage: 40:304/339 of query aligns to 9:272/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
T
|
T
P
 
P
D
 
P
E
 
K
N
 
D
S
 
S
A
 
H
H
x
Y
Y
 
G
I
 
V
Y
 
G
Y
 
A
Q
 
T
R
 
T
L
 
F
Q
 
C
E
 
D
N
 
E
L
 
V
K
 
E
K
 
K
S
 
G
V
 
T
G
 
Q
D
 
E
Q
 
R
I
 
Y
R
 
K
V
 
C
D
 
Q
F
 
H
F
 
F
P
 
P
N
 
S
G
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
A
 
R
D
 
E
V
 
M
V
 
I
Q
 
E
Q
 
S
V
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
Q
D
 
D
M
 
L
M
 
V
I
 
N
T
 
T
G
 
S
S
 
T
S
 
G
I
 
P
W
 
L
A
 
G
T
 
N
A
 
F
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
T
A
 
R
L
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
I
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
Y
A
 
E
H
 
H
V
 
A
G
 
R
K
 
K
S
 
V
V
 
M
D
 
D
H
 
G
G
 
A
V
 
I
A
 
G
D
 
Q
I
 
D
Y
 
L
D
 
L
K
 
K
L
 
K
L
 
M
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
T
 
-
G
 
G
C
 
L
S
 
I
V
 
G
V
 
L
G
 
A
W
 
W
G
 
T
S
 
E
H
x
N
F
 
G
S
 
F
A
x
R
R
 
H
S
 
M
V
 
T
Y
 
N
T
 
S
K
 
K
P
 
R
A
 
P
I
 
I
K
 
L
D
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
D
L
 
A
K
 
A
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
T
L
x
M
P
 
E
T
 
N
Q
 
K
A
 
V
F
 
H
I
 
M
E
 
D
T
 
G
F
 
Y
K
 
K
L
 
T
M
 
F
G
 
G
A
 
L
I
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
|
F
N
 
P
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
I
A
 
P
S
 
V
V
 
I
L
 
L
S
 
S
N
 
S
K
 
K
L
 
F
N
 
S
E
 
Q
V
 
V
V
 
Q
Q
 
K
N
 
H
S
 
L
W
 
S
Q
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
L
 
V
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
C
 
A
I
 
V
T
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
S
K
 
S
R
 
R
G
 
V
L
 
W
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
E
A
 
A
I
 
D
K
 
K
P
 
K
Q
 
V
F
 
F
C
 
V
E
 
A
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
E
 
K
A
 
A
S
 
T
L
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
A
 
N
T
 
D
K
 
D
G
 
E
A
 
A
D
 
N
A
 
G
I
 
I
A
 
T
S
 
Q
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
Q
F
 
V
Y
 
V
P
 
E
M
 
K
A
 
V
D
 
D
A
 
G
E
 
E

Q0B2F6 Solute-binding protein Bamb_6123 from Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (Burkholderia cepacia (strain AMMD)) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:338/339 of query aligns to 48:328/328 of Q0B2F6

query
sites
Q0B2F6
L
 
M
Q
 
G
E
 
D
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
L
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
D
R
 
S
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
D
V
 
T
V
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
M
M
 
A
I
x
R
T
 
V
G
 
N
S
 
G
S
 
A
I
 
S
W
 
F
A
 
N
T
 
E
A
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
S
A
 
L
L
 
I
L
 
P
D
 
S
L
 
F
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
V
A
 
D
H
 
H
V
 
F
G
 
R
K
 
K
S
 
A
V
 
M
D
 
-
H
 
Y
G
 
G
V
 
P
A
 
A
D
 
G
I
 
-
Y
 
-
D
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
R
 
F
T
 
A
G
 
A
C
 
K
S
 
G
V
 
M
V
 
I
G
 
A
W
 
L
G
 
T
S
 
F
H
 
Y
F
 
E
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
R
A
 
P
I
 
V
K
 
R
D
 
T
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
M
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
V
R
 
R
V
 
V
L
 
Q
P
 
P
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
M
I
 
V
E
 
D
T
 
E
F
 
I
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
I
 
T
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
V
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
L
A
 
P
S
 
S
V
 
Y
L
 
E
S
 
E
N
 
T
K
 
K
L
 
H
N
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
D
S
 
Y
W
 
S
Q
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
L
 
A
F
 
M
S
 
T
P
 
P
C
x
E
I
 
V
T
 
L
V
 
V
I
 
F
G
 
S
K
 
K
R
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
K
I
 
I
P
 
W
D
 
D
A
 
T
I
 
L
K
 
S
P
 
P
Q
 
Q
-
 
E
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
F
 
I
C
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
Q
 
K
A
 
L
A
 
W
A
 
T
T
 
A
K
 
R
G
 
E
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
 
Q
A
 
Q
S
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
A
 
G
G
 
G
M
 
A
T
 
N
F
 
I
Y
 
L
P
 
P
M
 
A
A
 
A
D
 
Q
A
 
V
E
 
D
R
 
R
A
 
A
N
 
A
I
 
F
R
 
V
K
 
K
L
 
A
M
 
M
R
 
-
E
 
Q
K
 
P
L
 
L
W
 
W
V
 
T
P
 
K
F
 
Y
T
 
E
R
 
K
S
 
T
N
 
-
P
 
P
V
 
Q
T
 
M
A
 
K
P
 
Q
V
 
I
L
 
V
A
 
D
A
 
E
I
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
T
R
 
K

Sites not aligning to the query:

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
28% identity, 81% coverage: 32:305/339 of query aligns to 1:273/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
Q
 
Q
L
 
T
R
 
T
F
 
M
S
 
K
S
 
I
T
 
S
M
 
I
T
 
S
P
 
T
D
 
S
E
 
Q
N
 
N
S
 
S
A
 
H
H
x
Q
Y
 
G
I
 
V
Y
 
A
Y
 
I
Q
 
D
R
 
T
L
 
F
Q
 
A
E
 
K
N
 
E
L
 
V
K
 
E
K
 
K
S
 
R
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
R
I
 
Y
R
 
K
V
 
V
D
 
Q
F
 
T
F
 
F
P
 
Y
N
 
S
G
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
A
 
R
D
 
E
V
 
S
V
 
I
Q
 
E
Q
 
A
V
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
Q
D
 
E
M
 
L
M
 
A
I
 
F
T
 
S
G
 
S
S
 
T
S
 
G
I
 
P
W
 
V
A
 
P
T
 
N
A
 
F
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
T
A
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
V
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
K
A
 
A
H
 
H
V
 
A
G
 
R
K
 
A
S
 
V
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
I
A
 
G
D
 
Q
I
 
D
Y
 
L
D
 
L
K
 
G
L
 
K
L
 
F
Q
 
D
A
 
A
R
 
K
T
 
-
G
 
G
C
 
F
S
 
K
V
 
A
V
 
L
G
 
A
W
 
W
G
 
G
S
 
E
H
x
N
F
 
G
S
 
F
A
x
R
R
 
H
S
 
M
V
 
T
Y
 
N
T
 
S
K
 
K
P
 
R
A
 
D
I
 
V
K
 
K
D
 
G
I
 
P
A
 
E
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
L
x
M
P
 
E
T
 
N
Q
 
P
A
 
V
F
 
H
I
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
L
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
I
 
I
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
|
F
N
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
S
S
 
V
V
 
I
L
 
I
S
 
A
N
 
S
K
 
K
L
 
F
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
V
 
Q
Q
 
K
N
 
H
S
 
L
W
 
S
Q
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
L
 
V
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
C
 
C
I
 
I
T
 
W
V
 
V
I
 
M
G
 
N
K
 
K
R
 
A
G
 
V
L
 
F
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
A
A
 
A
I
 
D
K
 
K
P
 
Q
Q
 
A
F
 
F
C
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
H
 
K
E
 
E
A
 
G
S
 
T
L
 
K
Y
 
A
Q
 
N
R
 
R
Q
 
A
A
 
R
A
 
V
A
 
D
T
 
E
K
 
D
G
 
D
A
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
V
A
 
A
S
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
V
Y
 
I
P
 
D
M
 
N
A
 
I
D
 
D
A
 
K
E
 
S
R
 
K

4n17A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-galacturonate (see paper)
31% identity, 80% coverage: 54:323/339 of query aligns to 22:288/301 of 4n17A

query
sites
4n17A
L
 
M
Q
 
G
E
 
D
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
L
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
D
R
 
S
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
D
V
 
T
V
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
M
M
 
A
I
x
R
T
 
V
G
x
N
S
 
G
S
 
A
I
 
S
W
 
F
A
 
N
T
 
E
A
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
S
A
 
L
L
 
I
L
 
P
D
 
S
L
 
F
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
V
A
 
D
H
 
H
V
 
F
G
 
R
K
 
K
S
 
A
V
 
M
D
 
-
H
 
Y
G
 
G
V
 
P
A
 
A
D
 
G
I
 
-
Y
 
-
D
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
R
 
F
T
 
A
G
 
A
C
 
K
S
 
G
V
 
M
V
 
I
G
 
A
W
 
L
G
 
T
S
 
F
H
 
Y
F
 
E
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
R
A
 
P
I
 
V
K
 
R
D
 
T
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
M
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
P
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
M
I
 
V
E
 
D
T
 
E
F
 
I
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
I
 
T
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
|
F
N
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
V
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
L
A
 
P
S
 
S
V
 
Y
L
 
E
S
 
E
N
 
T
K
 
K
L
 
H
N
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
D
S
 
Y
W
 
S
Q
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
L
 
A
F
 
M
S
 
T
P
 
P
C
x
E
I
 
V
T
 
L
V
 
V
I
 
F
G
 
S
K
 
K
R
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
K
I
 
I
P
 
W
D
 
D
A
 
T
I
 
L
K
 
S
P
 
P
Q
 
Q
-
 
E
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
F
 
I
C
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
Q
 
K
A
 
L
A
 
W
A
 
T
T
 
A
K
 
R
G
 
E
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
 
Q
A
 
Q
S
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
A
 
G
G
 
G
M
 
A
T
 
N
F
 
I
Y
 
L
P
 
P
M
 
A
A
 
A
D
 
Q
A
 
V
E
 
D
R
 
R
A
 
A
N
 
A
I
 
F
R
 
V
K
 
K
L
 
A
M
 
M
R
 
-
E
 
Q
K
 
P
L
 
L
W
 
W
V
 
T
P
 
K
F
 
Y
T
 
E
R
 
K
S
 
T

Sites not aligning to the query:

4n15A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-glucuronate (see paper)
31% identity, 80% coverage: 54:323/339 of query aligns to 22:288/301 of 4n15A

query
sites
4n15A
L
 
M
Q
 
G
E
 
D
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
L
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
D
R
 
S
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
D
V
 
T
V
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
M
M
 
A
I
x
R
T
 
V
G
x
N
S
 
G
S
 
A
I
 
S
W
 
F
A
 
N
T
 
E
A
 
I
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
S
A
 
L
L
 
I
L
 
P
D
 
S
L
 
F
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
V
A
 
D
H
 
H
V
 
F
G
 
R
K
 
K
S
 
A
V
 
M
D
 
-
H
 
Y
G
 
G
V
 
P
A
 
A
D
 
G
I
 
-
Y
 
-
D
 
Q
K
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
R
 
F
T
 
A
G
 
A
C
 
K
S
 
G
V
 
M
V
 
I
G
 
A
W
 
L
G
 
T
S
 
F
H
 
Y
F
 
E
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
R
A
 
P
I
 
V
K
 
R
D
 
T
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
M
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
P
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
M
I
 
V
E
 
D
T
 
E
F
 
I
K
 
R
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
I
 
T
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
|
F
N
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
V
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
L
A
 
P
S
 
S
V
 
Y
L
 
E
S
 
E
N
 
T
K
 
K
L
 
H
N
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
D
S
 
Y
W
 
S
Q
 
E
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
L
 
A
F
 
M
S
 
T
P
 
P
C
x
E
I
 
V
T
 
L
V
 
V
I
 
F
G
 
S
K
 
K
R
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
K
I
 
I
P
 
W
D
 
D
A
 
T
I
 
L
K
 
S
P
 
P
Q
 
Q
-
 
E
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
F
 
I
C
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
V
L
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
R
 
Q
Q
 
K
A
 
L
A
 
W
A
 
T
T
 
A
K
 
R
G
 
E
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
 
Q
A
 
Q
S
 
A
L
 
V
K
 
T
K
 
K
A
 
G
G
 
G
M
 
A
T
 
N
F
 
I
Y
 
L
P
 
P
M
 
A
A
 
A
D
 
Q
A
 
V
E
 
D
R
 
R
A
 
A
N
 
A
I
 
F
R
 
V
K
 
K
L
 
A
M
 
M
R
 
-
E
 
Q
K
 
P
L
 
L
W
 
W
V
 
T
P
 
K
F
 
Y
T
 
E
R
 
K
S
 
T

Sites not aligning to the query:

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
28% identity, 78% coverage: 43:305/339 of query aligns to 15:276/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
E
 
Q
N
 
N
S
 
S
A
 
H
H
x
Q
Y
 
G
I
 
V
Y
 
A
Y
 
I
Q
 
D
R
 
T
L
 
F
Q
 
A
E
 
K
N
 
E
L
 
V
K
 
E
K
 
K
S
 
R
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
R
I
 
Y
R
 
K
V
 
V
D
 
Q
F
 
T
F
 
F
P
 
Y
N
 
N
G
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
A
E
|
E
A
 
R
D
 
E
V
 
S
V
 
V
Q
 
E
Q
 
A
V
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
H
D
 
E
M
 
L
M
 
T
I
 
F
T
 
S
G
 
S
S
 
S
S
 
G
I
 
P
W
 
I
A
 
P
T
 
N
A
 
F
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
T
A
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
V
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
K
A
 
A
H
 
H
V
 
A
G
 
R
K
 
A
S
 
V
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
I
A
 
G
D
 
Q
I
 
E
Y
 
L
D
 
L
K
 
T
L
 
R
L
 
F
Q
 
D
A
 
G
R
 
K
T
 
-
G
 
G
C
 
F
S
 
K
V
 
A
V
 
L
G
 
A
W
 
W
G
 
A
S
 
E
H
x
N
F
 
G
S
 
F
A
x
R
R
 
H
S
 
M
V
 
S
Y
 
N
T
 
S
K
 
K
P
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
E
I
 
P
A
 
G
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
L
x
M
P
 
E
T
 
N
Q
 
P
A
 
V
F
 
H
I
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
L
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
I
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
|
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
S
S
x
V
V
 
I
L
 
I
S
 
S
N
 
A
K
 
K
L
 
F
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
V
 
Q
Q
 
K
N
 
H
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
L
 
V
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
C
 
A
I
 
L
T
 
F
V
 
L
I
 
M
G
 
N
K
 
K
R
 
A
G
 
L
L
 
F
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
A
I
 
D
K
 
Q
P
 
Q
Q
 
A
F
 
F
C
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
H
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
A
L
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
Q
 
A
A
 
R
A
 
V
A
 
D
T
 
E
K
 
D
G
 
D
A
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
V
A
 
A
S
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
V
Y
 
I
P
 
D
M
 
N
A
 
I
D
 
D
A
 
K
E
 
A
R
 
R

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
28% identity, 78% coverage: 43:305/339 of query aligns to 14:275/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
E
 
Q
N
 
N
S
 
S
A
 
H
H
x
Q
Y
 
G
I
 
V
Y
 
A
Y
 
I
Q
 
D
R
 
T
L
 
F
Q
 
A
E
 
K
N
 
E
L
 
V
K
 
E
K
 
K
S
 
R
V
 
T
G
 
G
D
 
G
Q
 
R
I
 
Y
R
 
K
V
 
V
D
 
Q
F
 
T
F
 
F
P
 
Y
N
 
N
G
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
A
E
|
E
A
 
R
D
 
E
V
 
S
V
 
V
Q
 
E
Q
 
A
V
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
H
D
 
E
M
 
L
M
 
T
I
 
F
T
 
S
G
 
S
S
 
S
S
 
G
I
 
P
W
 
I
A
 
P
T
 
N
A
 
F
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
T
A
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
V
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
K
A
 
A
H
 
H
V
 
A
G
 
R
K
 
A
S
 
V
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
I
A
 
G
D
 
Q
I
 
E
Y
 
L
D
 
L
K
 
T
L
 
R
L
 
F
Q
 
D
A
 
G
R
 
K
T
 
-
G
 
G
C
 
F
S
 
K
V
 
A
V
 
L
G
 
A
W
 
W
G
 
A
S
 
E
H
x
N
F
 
G
S
 
F
A
x
R
R
 
H
S
 
M
V
 
S
Y
 
N
T
 
S
K
 
K
P
 
R
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
E
I
 
P
A
 
G
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
L
x
M
P
 
E
T
 
N
Q
 
P
A
 
V
F
 
H
I
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
L
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
I
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
|
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
S
S
 
V
V
 
I
L
 
I
S
 
S
N
 
A
K
 
K
L
 
F
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
V
 
Q
Q
 
K
N
 
H
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
L
 
V
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
C
 
A
I
 
L
T
 
F
V
 
L
I
 
M
G
 
N
K
 
K
R
 
A
G
 
L
L
 
F
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
A
I
 
D
K
 
Q
P
 
Q
Q
 
A
F
 
F
C
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
H
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
A
L
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
Q
 
A
A
 
R
A
 
V
A
 
D
T
 
E
K
 
D
G
 
D
A
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
V
A
 
A
S
 
D
L
 
L
K
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
V
Y
 
I
P
 
D
M
 
N
A
 
I
D
 
D
A
 
K
E
 
A
R
 
R

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
34% identity, 58% coverage: 54:251/339 of query aligns to 22:218/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
L
 
M
Q
 
G
E
 
K
N
 
Q
L
 
L
K
 
A
K
 
A
S
 
A
V
 
S
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
L
R
 
G
V
 
V
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
D
V
 
T
V
 
I
Q
 
E
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
M
M
 
M
I
x
R
T
 
I
G
 
N
S
 
S
S
 
S
I
 
P
W
 
L
A
 
N
T
 
N
A
 
F
L
 
V
P
 
P
E
 
E
F
 
T
A
 
V
L
 
A
L
 
L
D
 
C
L
 
L
G
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
T
A
 
Q
H
 
H
V
 
M
G
 
R
K
 
N
S
 
V
V
 
L
D
 
D
H
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
D
 
P
I
 
I
Y
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
I
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
R
 
M
T
 
E
G
 
P
C
 
A
S
 
G
V
 
L
V
 
V
G
 
G
W
 
L
G
 
A
S
 
Y
H
 
Y
F
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
T
-
 
V
K
 
K
P
 
A
A
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
S
I
 
L
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
Q
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
W
I
 
V
E
 
G
T
 
M
F
 
I
K
 
Q
L
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
x
Y
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
V
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
W
A
 
P
S
|
S
V
 
Y
L
 
E
S
 
S
N
 
S
K
 
R
L
 
H
N
 
F
E
 
E
V
 
A
V
 
A
Q
 
K
N
 
F
S
 
Y
W
 
N
Q
 
I
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
S
F
 
L
S
 
A
P
 
P
C
x
E
I
 
V
T
 
L
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
K
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Q16BC9 Solute-binding protein RD1_1052 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
28% identity, 86% coverage: 6:297/339 of query aligns to 2:291/325 of Q16BC9

query
sites
Q16BC9
R
 
R
H
 
L
F
 
F
L
 
T
H
 
K
A
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
V
T
 
T
L
 
C
V
 
V
V
 
A
P
 
A
Q
 
L
V
 
A
G
 
S
R
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
F
P
 
A
V
 
Q
Q
 
E
L
 
M
R
 
T
F
 
L
S
 
K
S
 
L
T
 
G
M
 
H
T
 
L
P
 
A
D
 
N
E
 
E
N
 
Q
S
 
N
A
 
A
H
 
W
Y
 
H
I
 
L
Y
 
A
Y
 
A
Q
 
V
R
 
K
L
 
F
Q
 
G
E
 
E
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
T
S
 
L
V
 
T
G
 
D
D
 
G
Q
 
R
I
 
I
R
 
A
V
 
V
D
 
E
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
K
 
K
E
|
E
A
 
I
D
 
D
V
 
L
V
 
I
Q
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
M
 
T
I
 
I
T
 
T
G
|
G
S
x
E
S
|
S
I
 
L
-
 
Q
-
 
N
W
 
W
A
 
A
T
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
P
E
 
M
F
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
V
G
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
D
 
K
N
 
S
W
 
L
A
 
E
H
 
H
V
 
M
G
 
D
K
 
E
S
 
V
V
 
A
D
 
S
H
 
G
G
 
E
V
 
I
A
 
G
D
 
E
I
 
Q
Y
 
I
D
 
K
K
 
Q
L
 
Q
L
 
I
Q
 
I
A
 
E
R
 
K
T
 
A
G
 
Q
C
 
V
S
 
R
V
 
P
V
 
I
G
 
A
W
 
F
G
 
F
S
 
A
H
x
R
F
 
-
S
x
G
A
x
P
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
T
T
 
S
K
 
Q
P
 
R
A
 
P
I
 
I
K
 
T
D
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
N
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
 
P
P
 
N
T
 
V
Q
 
P
A
 
L
F
 
F
I
 
V
E
 
D
T
 
V
F
 
W
K
 
S
L
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
V
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
A
S
 
L
V
 
I
L
 
R
S
 
S
N
 
A
K
 
N
L
 
F
N
 
N
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
G
N
 
Y
S
 
V
W
 
N
Q
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
V
F
 
R
S
 
S
P
 
W
C
 
I
I
 
Y
T
 
L
V
 
T
I
 
I
G
 
A
K
 
E
R
 
S
G
 
T
L
 
W
S
 
A
K
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
E
A
 
D
I
 
D
K
 
Q
P
 
N
Q
 
A
F
 
V
C
 
M
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
Q
L
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
R
 
R
Q
 
G
A
 
L
A
 
L
A
 
L
T
 
E
K
 
S
G
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
R
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
K
 
E
K
 
S
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
F

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
30% identity, 71% coverage: 54:294/339 of query aligns to 53:291/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
L
 
M
Q
 
G
E
 
E
N
 
L
L
 
L
K
 
E
K
 
K
S
 
K
V
 
S
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
H
R
 
K
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
E
V
 
T
V
 
I
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
F
M
 
T
I
x
R
T
 
V
G
 
N
S
 
V
S
 
G
I
 
P
W
 
M
A
 
N
T
 
A
A
 
I
L
 
C
P
 
P
E
 
L
F
 
T
A
 
Q
L
 
V
L
 
P
D
 
T
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
S
N
 
S
W
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
M
G
 
R
K
 
K
S
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
V
A
 
G
D
 
D
I
 
-
Y
 
-
D
 
-
K
 
E
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
R
 
C
T
 
E
G
 
S
C
 
A
S
 
G
V
 
F
V
 
I
G
 
G
W
 
L
G
 
A
S
 
F
H
 
Y
F
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
K
A
 
P
I
 
I
K
 
R
D
 
T
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
|
V
L
x
Q
P
 
Q
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
W
I
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
K
 
S
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
x
Y
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
I
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
I
A
 
P
S
|
S
V
 
F
L
 
D
S
 
T
N
 
A
K
 
K
L
 
H
N
 
V
E
 
E
V
 
A
V
 
V
Q
 
K
N
 
V
S
 
Y
W
 
S
Q
 
K
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
S
F
 
M
S
 
A
P
 
P
C
x
E
I
 
I
T
 
L
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
K
R
 
I
G
 
I
L
 
Y
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
K
A
 
A
I
 
E
K
 
Q
P
 
D
Q
 
M
F
 
I
C
 
R
E
 
A
A
 
A
A
 
A
H
 
K
E
 
E
A
 
S
S
 
V
L
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
K
A
 
W
A
 
D
T
 
E
K
 
Q
G
 
E
A
 
A
D
 
K
A
 
S
I
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
V
K
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
30% identity, 71% coverage: 54:294/339 of query aligns to 23:261/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
L
 
M
Q
 
G
E
 
E
N
 
L
L
 
L
K
 
E
K
 
K
S
 
K
V
 
S
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
H
R
 
K
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
E
V
 
T
V
 
I
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
F
M
 
T
I
x
R
T
 
V
G
 
N
S
 
V
S
 
G
I
 
P
W
 
M
A
 
N
T
 
A
A
 
I
L
 
C
P
 
P
E
 
L
F
 
T
A
 
Q
L
 
V
L
 
P
D
 
T
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
S
N
 
S
W
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
M
G
 
R
K
 
K
S
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
V
A
 
G
D
 
D
I
 
-
Y
 
-
D
 
-
K
 
E
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
R
 
C
T
 
E
G
 
S
C
 
A
S
 
G
V
 
F
V
 
I
G
 
G
W
 
L
G
 
A
S
 
F
H
 
Y
F
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
K
A
 
P
I
 
I
K
 
R
D
 
T
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
Q
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
W
I
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
K
 
S
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
x
Y
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
I
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
I
A
 
P
S
|
S
V
 
F
L
 
D
S
 
T
N
 
A
K
 
K
L
 
H
N
 
V
E
 
E
V
 
A
V
 
V
Q
 
K
N
 
V
S
 
Y
W
 
S
Q
 
K
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
S
F
 
M
S
 
A
P
 
P
C
x
E
I
 
I
T
 
L
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
K
R
 
I
G
 
I
L
 
Y
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
K
A
 
A
I
 
E
K
 
Q
P
 
D
Q
 
M
F
 
I
C
 
R
E
 
A
A
 
A
A
 
A
H
 
K
E
 
E
A
 
S
S
 
V
L
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
K
A
 
W
A
 
D
T
 
E
K
 
Q
G
 
E
A
 
A
D
 
K
A
 
S
I
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
V
K
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
30% identity, 71% coverage: 54:294/339 of query aligns to 23:261/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
L
 
M
Q
 
G
E
 
E
N
 
L
L
 
L
K
 
E
K
 
K
S
 
K
V
 
S
G
 
G
D
 
G
Q
 
K
I
 
H
R
 
K
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
N
N
 
K
G
 
Q
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
E
V
 
T
V
 
I
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
F
M
 
T
I
x
R
T
 
V
G
 
N
S
 
V
S
 
G
I
 
P
W
 
M
A
 
N
T
 
A
A
 
I
L
 
C
P
 
P
E
 
L
F
 
T
A
 
Q
L
 
V
L
 
P
D
 
T
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
S
N
 
S
W
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
M
G
 
R
K
 
K
S
 
S
V
 
L
D
 
D
H
 
G
G
 
P
V
 
V
A
 
G
D
 
D
I
 
-
Y
 
-
D
 
-
K
 
E
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
R
 
C
T
 
E
G
 
S
C
 
A
S
 
G
V
 
F
V
 
I
G
 
G
W
 
L
G
 
A
S
 
F
H
 
Y
F
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
P
 
K
A
 
P
I
 
I
K
 
R
D
 
T
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
Q
T
 
S
Q
 
D
A
 
L
F
 
W
I
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
K
 
S
L
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
x
Y
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
L
V
 
I
E
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
I
A
 
P
S
|
S
V
 
F
L
 
D
S
 
T
N
 
A
K
 
K
L
 
H
N
 
V
E
 
E
V
 
A
V
 
V
Q
 
K
N
 
V
S
 
Y
W
 
S
Q
 
K
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
S
F
 
M
S
 
A
P
 
P
C
x
E
I
 
I
T
 
L
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
K
R
 
I
G
 
I
L
 
Y
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
P
D
 
K
A
 
A
I
 
E
K
 
Q
P
 
D
Q
 
M
F
 
I
C
 
R
E
 
A
A
 
A
A
 
A
H
 
K
E
 
E
A
 
S
S
 
V
L
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
K
A
 
W
A
 
D
T
 
E
K
 
Q
G
 
E
A
 
A
D
 
K
A
 
S
I
 
L
A
 
A
S
 
N
L
 
V
K
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

A3T0D1 Solute-binding protein NAS141_03721 from Sulfitobacter sp. (strain NAS-14.1) (see paper)
32% identity, 84% coverage: 9:294/339 of query aligns to 10:290/330 of A3T0D1

query
sites
A3T0D1
L
 
L
H
 
V
A
 
S
A
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
V
 
F
V
 
T
P
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
A
R
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
P
 
E
V
 
T
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
F
 
G
S
 
A
S
 
S
T
 
M
M
 
F
T
 
-
P
 
-
D
 
D
E
 
E
N
 
E
S
 
H
A
 
A
H
 
F
Y
 
T
I
 
K
Y
 
T
Y
 
L
Q
 
R
R
 
K
L
 
F
Q
 
E
E
 
E
N
 
L
L
 
V
K
 
D
K
 
E
S
 
K
V
 
Y
G
 
D
D
 
G
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
L
F
 
R
P
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
V
E
|
E
A
 
S
D
 
D
V
 
Y
V
 
V
Q
 
T
Q
 
F
V
 
L
R
 
N
L
 
Q
G
 
G
-
 
V
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
Y
M
 
T
I
 
I
T
 
L
G
 
A
S
 
P
S
 
S
I
x
N
W
 
M
A
 
A
T
 
K
A
 
F
L
 
A
P
 
P
E
 
S
F
 
I
A
 
P
L
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
-
 
R
-
 
D
-
 
L
D
 
D
N
 
H
W
 
W
A
 
N
H
 
A
V
 
V
G
 
L
K
 
S
S
 
S
V
 
-
D
 
-
H
 
D
G
 
V
V
 
L
A
 
A
D
 
P
I
 
L
Y
 
E
D
 
D
K
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
-
R
 
K
T
 
A
G
 
D
C
 
I
S
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
W
 
Y
G
 
T
S
 
G
H
 
G
F
 
-
S
 
G
A
 
T
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
L
T
 
S
K
 
K
P
 
Q
A
 
P
I
 
V
K
 
V
D
 
T
I
 
F
A
 
D
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
H
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
 
M
-
 
G
-
 
A
P
 
P
T
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
Q
I
 
I
E
 
-
T
 
-
F
 
F
K
 
Q
L
 
A
M
 
L
G
 
T
A
 
A
I
 
A
P
 
P
T
 
S
P
 
A
I
 
I
A
 
A
F
x
Y
N
 
N
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
N
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
H
x
N
D
x
E
A
 
A
A
 
A
S
 
S
V
 
I
L
 
Q
S
 
N
N
 
L
K
 
K
L
 
F
N
 
Y
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
N
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
T
N
 
R
H
 
H
L
 
S
F
 
I
S
 
T
P
 
V
C
x
R
I
 
P
T
 
I
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
G
R
 
K
G
 
T
L
 
F
S
 
N
K
 
S
I
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
D
I
 
L
K
 
Q
P
 
A
Q
 
V
F
 
V
C
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
A
S
 
G
L
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
R
 
R
Q
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
S
T
 
R
K
 
E
G
 
D
A
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
A
 
Q
S
 
E
L
 
M
K
 
V
K
 
D
A
 
A
G
 
G

4pcdA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound l-galactonate (see paper)
29% identity, 76% coverage: 42:297/339 of query aligns to 14:267/300 of 4pcdA

query
sites
4pcdA
D
 
N
E
 
E
N
 
Q
S
 
N
A
 
A
H
 
W
Y
 
H
I
 
L
Y
 
A
Y
 
A
Q
 
V
R
 
K
L
 
F
Q
 
G
E
 
E
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
T
S
 
L
V
 
T
G
 
D
D
 
G
Q
 
R
I
 
I
R
 
A
V
 
V
D
 
E
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
K
 
K
E
|
E
A
 
I
D
 
D
V
 
L
V
 
I
Q
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
M
 
T
I
 
I
T
 
T
G
|
G
S
x
E
S
|
S
I
 
L
-
 
Q
-
 
N
W
 
W
A
 
A
T
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
P
E
 
M
F
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
V
G
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
D
 
K
N
 
S
W
 
L
A
 
E
H
 
H
V
 
M
G
 
D
K
 
E
S
 
V
V
 
A
D
 
S
H
 
G
G
 
E
V
 
I
A
 
G
D
 
E
I
 
Q
Y
 
I
D
 
K
K
 
Q
L
 
Q
L
 
I
Q
 
I
A
 
E
R
 
K
T
 
A
G
 
Q
C
 
V
S
 
R
V
 
P
V
 
I
G
 
A
W
 
F
G
 
F
S
 
A
H
x
R
F
 
-
S
 
G
A
 
P
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
T
T
 
S
K
 
Q
P
 
R
A
 
P
I
 
I
K
 
T
D
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
N
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
 
P
P
 
N
T
 
V
Q
 
P
A
 
L
F
 
F
I
 
V
E
 
D
T
 
V
F
 
W
K
 
S
L
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
V
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
A
S
x
L
V
 
I
L
 
R
S
 
S
N
 
A
K
 
N
L
 
F
N
 
N
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
G
N
 
Y
S
 
V
W
 
N
Q
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
V
F
 
R
S
 
S
P
 
W
C
 
I
I
 
Y
T
 
L
V
 
T
I
 
I
G
 
A
K
 
E
R
 
S
G
 
T
L
 
W
S
 
A
K
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
E
A
 
D
I
 
D
K
 
Q
P
 
N
Q
 
A
F
 
V
C
 
M
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
Q
L
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
R
 
R
Q
 
G
A
 
L
A
 
L
A
 
L
T
 
E
K
 
S
G
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
R
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
K
 
E
K
 
S
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
F

4pc9A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rosenbacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound d-mannonate (see paper)
29% identity, 76% coverage: 42:297/339 of query aligns to 14:267/300 of 4pc9A

query
sites
4pc9A
D
 
N
E
 
E
N
 
Q
S
 
N
A
 
A
H
 
W
Y
 
H
I
 
L
Y
 
A
Y
 
A
Q
 
V
R
 
K
L
 
F
Q
 
G
E
 
E
N
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
T
S
 
L
V
 
T
G
 
D
D
 
G
Q
 
R
I
 
I
R
 
A
V
 
V
D
 
E
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
K
 
K
E
|
E
A
 
I
D
 
D
V
 
L
V
 
I
Q
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
T
I
 
V
D
 
D
M
 
M
M
 
T
I
 
I
T
 
T
G
|
G
S
x
E
S
|
S
I
 
L
-
 
Q
-
 
N
W
 
W
A
 
A
T
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
P
E
 
M
F
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
L
 
V
G
 
P
F
 
Y
L
 
A
F
 
Y
D
 
K
N
 
S
W
 
L
A
 
E
H
 
H
V
 
M
G
 
D
K
 
E
S
 
V
V
 
A
D
 
S
H
 
G
G
 
E
V
 
I
A
 
G
D
 
E
I
 
Q
Y
 
I
D
 
K
K
 
Q
L
 
Q
L
 
I
Q
 
I
A
 
E
R
 
K
T
 
A
G
 
Q
C
 
V
S
 
R
V
 
P
V
 
I
G
 
A
W
 
F
G
 
F
S
 
A
H
x
R
F
 
-
S
 
G
A
 
P
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
T
T
 
S
K
 
Q
P
 
R
A
 
P
I
 
I
K
 
T
D
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
N
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
x
P
P
 
N
T
 
V
Q
 
P
A
 
L
F
 
F
I
 
V
E
 
D
T
 
V
F
 
W
K
 
S
L
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
A
F
|
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
V
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
A
S
x
L
V
 
I
L
 
R
S
 
S
N
 
A
K
 
N
L
 
F
N
 
N
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
G
N
 
Y
S
 
V
W
 
N
Q
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
L
 
V
F
 
R
S
 
S
P
 
W
C
 
I
I
 
Y
T
 
L
V
 
T
I
 
I
G
 
A
K
 
E
R
 
S
G
 
T
L
 
W
S
 
A
K
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
E
A
 
D
I
 
D
K
 
Q
P
 
N
Q
 
A
F
 
V
C
 
M
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
T
A
 
A
S
 
Q
L
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
R
 
R
Q
 
G
A
 
L
A
 
L
A
 
L
T
 
E
K
 
S
G
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
D
I
 
R
A
 
G
S
 
Y
L
 
L
K
 
E
K
 
S
A
 
K
G
 
G
M
 
M
T
 
T
F
 
F

Sites not aligning to the query:

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
29% identity, 72% coverage: 52:295/339 of query aligns to 20:261/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
Q
 
Q
R
 
S
L
 
M
Q
 
S
E
 
D
N
 
E
L
 
L
K
 
N
K
 
K
S
 
E
V
 
T
G
 
N
D
 
G
Q
 
K
I
 
I
R
 
S
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
A
 
K
D
 
D
V
 
T
V
 
I
Q
 
E
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
A
I
 
L
D
 
D
M
 
F
M
 
I
I
x
R
T
 
I
G
 
N
S
 
S
S
 
G
I
 
T
W
 
L
A
 
N
T
 
T
A
 
V
L
 
C
P
 
P
E
 
A
F
 
M
A
 
T
L
 
V
L
 
P
D
 
V
L
 
L
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
K
A
 
A
H
 
H
V
 
M
G
 
R
K
 
A
S
 
V
V
 
L
D
 
D
H
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
D
 
P
I
 
I
Y
 
G
D
 
D
K
 
E
L
 
I
L
 
L
Q
 
A
A
 
D
R
 
C
T
 
A
G
 
S
C
 
H
S
 
G
V
 
L
V
 
V
G
 
G
W
 
L
G
 
A
S
 
F
H
 
Y
F
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
A
R
|
R
S
 
S
V
 
F
Y
 
Y
T
 
A
K
 
T
P
 
T
A
 
P
I
 
I
K
 
R
D
 
K
I
 
L
A
 
E
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
K
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
Q
T
 
S
Q
 
D
A
 
I
F
 
W
I
 
V
E
 
S
T
 
M
F
 
M
K
 
K
L
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
 
A
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
G
V
 
L
Q
 
K
T
 
S
G
 
G
V
 
L
V
 
I
E
 
D
G
 
G
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
W
A
 
P
S
|
S
V
 
Y
L
 
D
S
 
N
N
 
F
K
 
H
L
 
H
N
 
Y
E
 
E
V
 
A
V
 
A
Q
 
K
N
 
N
S
 
Y
W
 
S
Q
 
L
T
 
S
N
 
E
H
 
H
L
 
S
F
 
M
S
 
A
P
 
P
C
x
E
I
 
V
T
 
L
V
 
L
I
 
I
G
 
S
K
 
K
R
 
R
G
 
V
L
 
F
S
 
D
K
 
S
I
 
F
P
 
T
D
 
P
A
 
E
I
 
E
K
 
Q
P
 
V
Q
 
Q
F
 
V
C
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
H
 
K
E
 
N
A
 
S
S
 
V
L
 
G
Y
 
Y
Q
 
M
R
 
R
Q
 
Q
A
 
L
A
 
W
A
 
D
T
 
A
K
 
M
G
 
E
A
 
I
D
 
S
A
 
S
I
 
R
A
 
E
S
 
K
L
 
V
K
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V

Sites not aligning to the query:

4ovpA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1, target efi-510292, with bound alpha-d- manuronate (see paper)
31% identity, 75% coverage: 42:294/339 of query aligns to 18:270/308 of 4ovpA

query
sites
4ovpA
D
 
D
E
 
E
N
 
E
S
 
H
A
 
A
H
 
F
Y
x
T
I
 
K
Y
 
T
Y
 
L
Q
 
R
R
 
K
L
 
F
Q
 
E
E
 
E
N
 
L
L
 
V
K
 
D
K
 
E
S
 
K
V
 
Y
G
 
D
D
 
G
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
L
F
 
R
P
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
V
E
|
E
A
 
S
D
 
D
V
 
Y
V
 
V
Q
 
T
Q
 
F
V
 
L
R
 
N
L
 
Q
G
 
G
-
 
V
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
Y
M
 
T
I
 
I
T
 
L
G
 
A
S
 
P
S
 
S
I
 
N
W
 
M
A
 
A
T
 
K
A
 
F
L
 
A
P
 
P
E
 
S
F
 
I
A
 
P
L
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
-
 
R
-
 
D
-
 
L
D
 
D
N
 
H
W
 
W
A
 
N
H
 
A
V
 
V
G
 
L
K
 
S
S
 
S
V
 
-
D
 
-
H
 
D
G
 
V
V
 
L
A
 
A
D
 
P
I
 
L
Y
 
E
D
 
D
K
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
-
R
 
K
T
 
A
G
 
D
C
 
I
S
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
W
 
Y
G
 
-
S
 
T
H
 
G
F
 
G
S
 
G
A
 
T
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
L
T
 
S
K
 
K
P
 
Q
A
 
P
I
 
V
K
 
V
D
 
T
I
 
F
A
 
D
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
H
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
x
M
-
 
G
-
 
A
P
 
P
T
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
Q
I
 
I
E
 
-
T
 
-
F
 
F
K
 
Q
L
 
A
M
 
L
G
 
T
A
 
A
I
 
A
P
 
P
T
 
S
P
 
A
I
 
I
A
 
A
F
x
Y
N
 
N
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
N
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
H
x
N
D
x
E
A
 
A
A
 
A
S
|
S
V
 
I
L
 
Q
S
 
N
N
 
L
K
 
K
L
 
F
N
 
Y
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
N
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
T
N
 
R
H
 
H
L
 
S
F
 
I
S
 
T
P
 
V
C
x
R
I
 
P
T
 
I
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
G
R
 
K
G
 
T
L
 
F
S
 
N
K
 
S
I
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
D
I
 
L
K
 
Q
P
 
A
Q
 
V
F
 
V
C
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
A
S
 
G
L
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
R
 
R
Q
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
S
T
 
R
K
 
E
G
 
D
A
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
A
 
Q
S
 
E
L
 
M
K
 
V
K
 
D
A
 
A
G
 
G

4nx1A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1, target efi-510292, with bound alpha-d- taluronate (see paper)
31% identity, 75% coverage: 42:294/339 of query aligns to 18:270/308 of 4nx1A

query
sites
4nx1A
D
 
D
E
 
E
N
 
E
S
 
H
A
 
A
H
 
F
Y
x
T
I
 
K
Y
 
T
Y
 
L
Q
 
R
R
 
K
L
 
F
Q
 
E
E
 
E
N
 
L
L
 
V
K
 
D
K
 
E
S
 
K
V
 
Y
G
 
D
D
 
G
Q
 
D
I
 
V
R
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
L
F
 
R
P
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
V
E
|
E
A
 
S
D
 
D
V
 
Y
V
 
V
Q
 
T
Q
 
F
V
 
L
R
 
N
L
 
Q
G
 
G
-
 
V
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
Y
M
 
T
I
 
I
T
 
L
G
x
A
S
 
P
S
 
S
I
x
N
W
 
M
A
 
A
T
 
K
A
 
F
L
 
A
P
 
P
E
 
S
F
 
I
A
 
P
L
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
M
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
-
 
R
-
 
D
-
 
L
D
 
D
N
 
H
W
 
W
A
 
N
H
 
A
V
 
V
G
 
L
K
 
S
S
 
S
V
 
-
D
 
-
H
 
D
G
 
V
V
 
L
A
 
A
D
 
P
I
 
L
Y
 
E
D
 
D
K
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
-
R
 
K
T
 
A
G
 
D
C
 
I
S
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
W
 
Y
G
 
-
S
 
T
H
 
G
F
 
G
S
 
G
A
 
T
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
L
T
 
S
K
 
K
P
 
Q
A
 
P
I
 
V
K
 
V
D
 
T
I
 
F
A
 
D
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
V
 
H
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
V
L
x
M
-
 
G
-
 
A
P
 
P
T
 
I
Q
 
Q
A
 
A
F
 
Q
I
 
I
E
 
-
T
 
-
F
 
F
K
 
Q
L
 
A
M
 
L
G
 
T
A
 
A
I
 
A
P
 
P
T
 
S
P
 
A
I
 
I
A
 
A
F
x
Y
N
 
N
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
N
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
A
G
 
G
F
 
F
E
 
E
H
x
N
D
x
E
A
 
A
A
 
A
S
|
S
V
 
I
L
 
Q
S
 
N
N
 
L
K
 
K
L
 
F
N
 
Y
E
 
E
V
 
V
V
 
A
Q
 
P
N
 
N
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
T
N
 
R
H
 
H
L
 
S
F
 
I
S
 
T
P
 
V
C
x
R
I
 
P
T
 
I
V
 
V
I
 
M
G
 
S
K
 
G
R
 
K
G
 
T
L
 
F
S
 
N
K
 
S
I
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
D
I
 
L
K
 
Q
P
 
A
Q
 
V
F
 
V
C
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
A
S
 
G
L
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
R
 
R
Q
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
S
T
 
R
K
 
E
G
 
D
A
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
A
 
Q
S
 
E
L
 
M
K
 
V
K
 
D
A
 
A
G
 
G

4x04A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from citrobacter koseri (cko_04899, target efi-510094) with bound d- glucuronate
26% identity, 74% coverage: 52:303/339 of query aligns to 21:273/301 of 4x04A

query
sites
4x04A
Q
 
Q
R
 
K
L
 
M
Q
 
G
E
 
E
N
 
K
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
S
 
Q
V
 
T
G
 
D
D
 
G
Q
 
K
I
 
L
R
 
E
V
 
I
D
 
K
F
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
G
G
 
G
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
K
 
D
E
|
E
A
 
K
D
 
Q
V
 
M
V
 
I
Q
 
E
Q
 
Q
V
 
A
R
 
Q
L
 
I
G
 
G
S
 
A
I
 
I
D
 
D
M
 
M
M
 
I
I
x
R
T
 
V
G
x
S
S
 
M
S
 
A
I
 
P
W
 
V
A
 
A
T
 
A
A
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
D
F
 
I
A
 
E
L
 
V
L
 
F
D
 
T
L
 
L
G
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
F
D
 
R
N
 
D
W
 
E
A
 
D
H
 
H
V
 
M
G
 
H
K
 
K
S
 
I
V
 
I
D
 
D
H
 
G
G
 
D
V
 
I
A
 
G
-
 
K
D
 
S
I
 
I
Y
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
L
L
 
T
Q
 
N
-
 
N
A
 
P
R
 
K
T
 
S
G
 
R
C
 
L
S
 
V
V
 
F
V
 
L
G
 
G
W
 
W
G
 
M
S
 
D
H
 
S
F
 
-
S
 
G
A
 
T
R
|
R
S
 
N
V
 
L
Y
 
I
T
 
T
K
 
K
P
 
N
A
 
P
I
 
V
K
 
E
D
 
K
I
 
P
A
 
E
Q
 
D
L
 
L
K
 
H
N
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
L
x
Q
P
 
G
T
 
S
Q
 
P
A
 
V
F
 
A
I
 
L
E
 
D
T
 
T
F
 
L
K
 
K
L
 
D
M
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
S
T
 
V
P
 
A
I
 
M
A
 
G
F
x
V
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
S
A
 
G
V
 
M
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
E
 
D
G
 
G
F
 
A
E
 
E
H
x
N
D
 
N
A
 
P
A
 
P
S
x
T
V
 
F
L
 
V
S
 
A
N
 
H
K
 
N
L
 
Y
N
 
M
E
 
P
V
 
V
V
 
A
Q
 
K
N
 
N
S
 
Y
W
 
T
Q
 
L
T
 
S
N
 
G
H
 
H
L
 
F
F
 
I
S
 
T
P
 
P
C
x
E
I
 
M
T
 
L
V
 
L
I
 
Y
G
 
S
K
 
K
R
 
V
G
 
K
L
 
W
S
 
D
K
 
K
I
 
L
P
 
T
D
 
A
A
 
D
I
 
E
K
 
Q
P
 
Q
Q
 
K
F
 
I
C
 
L
E
 
T
A
 
L
A
 
A
H
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
Q
L
 
F
Y
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
K
A
 
L
A
 
W
A
 
D
T
 
A
K
 
Y
G
 
N
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
K
L
 
M
K
 
K
K
 
A
A
 
G
G
 
G
M
 
V
T
 
Q
F
 
F
Y
 
H
P
 
E
M
 
I
A
 
D
D
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
27% identity, 83% coverage: 30:310/339 of query aligns to 4:281/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
P
 
P
V
 
R
Q
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
S
 
G
S
 
Y
T
x
G
M
x
L
T
 
A
P
 
D
D
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
T
-
 
G
E
 
K
N
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
I
 
-
Y
 
-
Y
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
Q
 
A
E
 
E
N
 
V
L
 
V
K
 
S
K
 
K
S
 
L
V
 
S
G
 
D
D
 
G
Q
 
K
I
 
M
R
 
K
V
 
V
D
 
K
F
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
G
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
A
 
E
D
 
Q
V
 
L
V
 
I
Q
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
L
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
G
D
 
E
M
 
I
M
 
T
I
 
F
T
 
V
G
x
S
S
 
T
S
 
A
I
 
P
W
 
I
A
 
A
T
 
S
A
 
L
L
 
I
P
 
P
E
 
E
F
 
F
A
 
G
L
 
V
L
 
F
D
 
D
L
 
L
G
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
N
W
 
-
A
 
E
H
 
K
V
 
V
G
 
A
K
 
D
S
 
T
V
 
V
D
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
P
A
 
E
D
 
G
I
 
-
Y
 
-
D
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
A
 
K
R
 
L
T
 
P
G
 
A
C
 
K
S
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
-
 
L
-
 
N
-
 
Y
W
 
W
G
 
E
S
x
N
H
 
G
F
 
F
S
 
-
A
 
-
R
|
R
S
 
N
V
 
I
Y
 
T
-
 
N
T
 
S
K
 
R
P
 
H
A
 
E
I
 
I
K
 
S
D
 
K
I
 
L
A
 
D
Q
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
L
x
M
P
 
Q
T
 
N
Q
 
Q
A
 
V
F
 
A
I
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
L
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
I
 
M
A
 
P
F
|
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
Q
E
 
E
H
x
N
D
 
P
A
 
L
A
 
S
S
 
T
V
 
I
L
 
Q
S
 
T
N
 
S
K
 
K
L
 
F
N
 
Y
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
P
N
 
Y
S
 
L
W
 
T
Q
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
L
 
V
F
 
Y
S
 
T
P
 
P
C
x
F
I
 
V
T
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
K
 
K
R
 
K
G
 
W
L
 
F
S
 
D
K
 
Q
I
 
L
P
 
S
D
 
Q
A
 
D
I
 
E
K
 
K
P
 
D
Q
 
V
F
 
I
C
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
H
 
A
E
 
D
A
 
S
S
 
Q
L
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
R
T
 
Q
K
 
G
G
 
N
A
 
E
D
 
D
A
 
A
I
 
L
A
 
K
S
 
Y
L
 
L
K
 
K
K
 
E
A
 
H
G
 
N
M
 
V
T
 
K
F
 
V
Y
 
A
P
 
E
M
 
F
A
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
R
K
 
E

Query Sequence

>H281DRAFT_05542 H281DRAFT_05542 tripartite ATP-independent transporter solute receptor, DctP family
MQASRRHFLHAAGAAAATLVVPQVGRAAAPVQLRFSSTMTPDENSAHYIYYQRLQENLKK
SVGDQIRVDFFPNGQLGKEADVVQQVRLGSIDMMITGSSIWATALPEFALLDLGFLFDNW
AHVGKSVDHGVADIYDKLLQARTGCSVVGWGSHFSARSVYTKPAIKDIAQLKNVKLRVLP
TQAFIETFKLMGAIPTPIAFNEVYTAVQTGVVEGFEHDAASVLSNKLNEVVQNSWQTNHL
FSPCITVIGKRGLSKIPDAIKPQFCEAAHEASLYQRQAAATKGADAIASLKKAGMTFYPM
ADAERANIRKLMREKLWVPFTRSNPVTAPVLAAIDAARA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory