SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS00895 HSERO_RS00895 ABC transporter to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:252/255 of query aligns to 1:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
S
 
T
Q
 
M
T
 
E
L
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
R
 
E
D
 
N
V
 
I
S
 
V
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
L
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
S
I
 
I
T
 
S
I
 
V
E
 
N
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
Y
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
F
 
L
F
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
Y
 
L
Q
 
K
P
 
A
D
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
F
 
V
E
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
K
 
K
P
 
D
Y
 
I
S
 
T
P
 
N
S
 
K
A
 
E
P
 
P
H
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
Y
K
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
G
 
K
E
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
M
 
L
V
 
I
G
 
G
C
 
-
H
 
E
V
 
I
R
 
C
T
 
P
R
 
G
Q
 
E
N
 
S
V
 
P
F
 
L
G
 
N
A
 
S
V
 
L
F
 
F
R
 
Y
H
 
K
K
 
K
A
 
W
A
 
I
R
 
P
E
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
E
A
 
M
I
 
V
R
 
-
E
 
E
K
 
K
S
 
A
Q
 
F
K
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
F
 
F
V
 
L
G
 
K
I
 
L
G
 
S
Q
 
H
F
 
L
A
 
Y
K
 
D
R
 
R
T
 
K
A
 
A
R
 
G
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
M
R
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
M
L
 
I
A
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
A
 
P
T
 
G
E
 
L
K
 
A
L
 
H
G
 
D
L
 
I
R
 
F
E
 
N
L
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
E
I
 
L
Q
 
K
A
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
V
 
L
K
 
D
L
 
I
M
 
V
M
 
L
G
 
N
L
 
Y
C
 
I
N
 
D
R
 
H
I
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
K
 
Q
P
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
R
P
 
G
A
 
E
D
 
E
V
 
E
Q
 
I
K
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:252/255 of query aligns to 1:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
S
 
T
Q
 
M
T
 
E
L
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
R
 
E
D
 
N
V
 
I
S
 
V
K
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
L
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
G
V
 
V
G
 
S
I
 
I
T
 
S
I
 
V
E
 
C
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
Y
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
F
 
L
F
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
Y
 
L
Q
 
K
P
 
A
D
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
F
 
V
E
 
Y
L
 
F
D
 
E
G
 
N
K
 
K
P
 
D
Y
 
I
S
 
T
P
 
N
S
 
K
A
 
E
P
 
P
H
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
Y
K
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
G
 
K
E
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
M
 
L
V
 
I
G
 
G
C
 
-
H
 
E
V
 
I
R
 
N
T
 
P
R
 
G
Q
 
E
N
 
S
V
 
P
F
 
L
G
 
N
A
 
S
V
 
L
F
 
F
R
 
Y
H
 
K
K
 
K
A
 
W
A
 
I
R
 
P
E
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
E
A
 
M
I
 
V
R
 
-
E
 
E
K
 
K
S
 
A
Q
 
F
K
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
F
 
F
V
 
L
G
 
K
I
 
L
G
 
S
Q
 
H
F
 
L
A
 
Y
K
 
D
R
 
R
T
 
K
A
 
A
R
 
G
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
M
R
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
M
L
 
I
A
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
A
 
P
T
 
G
E
 
L
K
 
A
L
 
H
G
 
D
L
 
I
R
 
F
E
 
N
L
 
H
L
 
V
V
 
L
K
 
E
I
 
L
Q
 
K
A
 
A
E
 
K
G
 
G
K
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
V
 
L
K
 
D
L
 
I
M
 
V
M
 
L
G
 
N
L
 
Y
C
 
I
N
 
D
R
 
H
I
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
K
 
Q
P
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
R
P
 
G
A
 
E
D
 
E
V
 
E
Q
 
I
K
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 97% coverage: 5:252/255 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
K
 
K
I
 
A
R
 
Q
D
 
H
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
S
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
L
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
N
 
S
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
Q
I
 
V
E
 
E
R
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
S
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
Q
 
A
P
 
R
D
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
T
F
 
I
E
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
N
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
I
S
 
L
A
 
P
P
 
M
H
 
H
E
 
S
V
 
R
A
 
S
K
 
R
A
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
E
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
E
E
 
D
N
 
N
V
 
I
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
T
R
 
R
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
E
K
 
E
A
 
L
A
 
T
R
 
H
E
|
E
E
 
E
E
 
R
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
Q
E
x
D
K
 
K
S
 
L
Q
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
Q
Q
 
H
F
 
I
A
 
R
K
 
K
R
 
S
T
 
A
A
 
G
R
 
M
H
 
A
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
K
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
R
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
D
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
K
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
Q
D
 
D
V
 
V
Q
 
L
K
 
N
N
 
N
P
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 95% coverage: 8:249/255 of query aligns to 6:237/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
L
 
V
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
V
G
 
N
I
 
I
T
 
N
I
 
I
E
 
E
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
I
 
R
Y
 
F
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
F
F
 
M
N
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
D
Q
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
F
 
L
E
 
Y
L
 
F
D
 
D
G
 
D
K
 
R
P
 
L
Y
 
V
S
 
A
P
 
S
S
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
A
 
V
P
 
P
H
 
P
E
 
E
V
 
D
A
 
R
K
 
K
A
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
T
I
 
W
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
E
 
N
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
V
 
F
G
 
-
C
 
-
H
 
-
V
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
L
F
 
T
R
 
N
H
 
M
K
 
K
A
 
M
A
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
S
 
V
Q
 
E
K
 
E
L
 
V
L
 
A
D
 
K
F
 
I
V
 
L
G
 
D
I
 
I
G
 
H
Q
 
H
F
 
V
A
 
L
K
 
N
R
 
H
T
 
F
A
 
P
R
 
R
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
T
 
R
E
 
M
K
 
R
L
 
D
G
 
S
L
 
A
R
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
V
 
K
K
 
E
I
 
V
Q
 
Q
A
 
S
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
L
L
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
P
K
 
A
L
 
D
M
 
I
M
 
F
G
 
A
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
Y
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
D
V
 
L
Q
 
Y
K
 
D
N
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
A
 
V

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 95% coverage: 8:249/255 of query aligns to 6:237/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
L
 
V
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
V
G
 
N
I
 
I
T
 
N
I
 
I
E
 
E
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
I
 
R
Y
 
F
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
F
F
 
M
N
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
D
Q
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
F
 
L
E
 
Y
L
 
F
D
 
D
G
 
D
K
 
R
P
 
L
Y
 
V
S
 
A
P
 
S
S
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
A
 
V
P
 
P
H
 
P
E
 
E
V
 
D
A
 
R
K
 
K
A
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
E
 
N
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
V
 
F
G
 
-
C
 
-
H
 
-
V
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
L
F
 
T
R
 
N
H
 
M
K
 
K
A
 
M
A
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
S
 
V
Q
 
E
K
 
E
L
 
V
L
 
A
D
 
K
F
 
I
V
 
L
G
 
D
I
 
I
G
 
H
Q
 
H
F
 
V
A
 
L
K
 
N
R
 
H
T
 
F
A
 
P
R
 
R
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
T
 
R
E
 
M
K
 
R
L
 
D
G
 
S
L
 
A
R
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
V
 
K
K
 
E
I
 
V
Q
 
Q
A
 
S
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
L
L
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
P
K
 
A
L
 
D
M
 
I
M
 
F
G
 
A
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
Y
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
D
V
 
L
Q
 
Y
K
 
D
N
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
A
 
V

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 95% coverage: 8:249/255 of query aligns to 6:237/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
L
 
V
Q
 
V
A
|
A
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
V
G
 
N
I
 
I
T
 
N
I
 
I
E
 
E
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
I
 
R
Y
 
F
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
F
F
 
M
N
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
D
Q
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
F
 
L
E
 
Y
L
 
F
D
 
D
G
 
D
K
 
R
P
 
L
Y
 
V
S
 
A
P
 
S
S
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
A
 
V
P
 
P
H
 
P
E
 
E
V
 
D
A
 
R
K
 
K
A
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
E
 
N
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
V
 
F
G
 
-
C
 
-
H
 
-
V
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
L
F
 
T
R
 
N
H
 
M
K
 
K
A
 
M
A
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
S
 
V
Q
 
E
K
 
E
L
 
V
L
 
A
D
 
K
F
 
I
V
 
L
G
 
D
I
 
I
G
 
H
Q
 
H
F
 
V
A
 
L
K
 
N
R
 
H
T
 
F
A
 
P
R
 
R
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
T
 
R
E
 
M
K
 
R
L
 
D
G
 
S
L
 
A
R
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
V
 
K
K
 
E
I
 
V
Q
 
Q
A
 
S
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
L
L
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
P
K
 
A
L
 
D
M
 
I
M
 
F
G
 
A
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
Y
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
D
V
 
L
Q
 
Y
K
 
D
N
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
A
 
V

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
33% identity, 95% coverage: 8:249/255 of query aligns to 6:237/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
V
S
 
S
K
 
K
R
 
V
F
 
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
L
 
V
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
V
G
 
N
I
 
I
T
 
N
I
 
I
E
 
E
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
I
 
R
Y
 
F
G
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
F
F
 
M
N
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
D
Q
 
V
P
 
P
D
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
F
 
L
E
 
Y
L
 
F
D
 
D
G
 
D
K
 
R
P
 
L
Y
 
V
S
 
A
P
 
S
S
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
A
 
V
P
 
P
H
 
P
E
 
E
V
 
D
A
 
R
K
 
K
A
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
E
 
N
M
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
A
V
 
F
G
 
-
C
 
-
H
 
-
V
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
L
F
 
T
R
 
N
H
 
M
K
 
K
A
 
M
A
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
S
 
V
Q
 
E
K
 
E
L
 
V
L
 
A
D
 
K
F
 
I
V
 
L
G
 
D
I
 
I
G
 
H
Q
 
H
F
 
V
A
 
L
K
 
N
R
 
H
T
 
F
A
 
P
R
 
R
H
 
E
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
|
G
D
 
Q
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
T
 
R
E
 
M
K
 
R
L
 
D
G
 
S
L
 
A
R
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
V
 
K
K
 
E
I
 
V
Q
 
Q
A
 
S
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
L
L
 
L
L
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
P
K
 
A
L
 
D
M
 
I
M
 
F
G
 
A
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
Y
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
D
V
 
L
Q
 
Y
K
 
D
N
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
A
 
V

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
29% identity, 97% coverage: 6:252/255 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
x
R
E
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
x
M
A
x
G
R
x
Q
H
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
29% identity, 97% coverage: 6:252/255 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
E
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
 
Q
H
x
S
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
29% identity, 97% coverage: 6:252/255 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
E
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
 
Q
H
x
S
L
 
L
S
|
S
Y
x
G
G
|
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 98% coverage: 3:252/255 of query aligns to 2:239/501 of P04983

query
sites
P04983
Q
 
E
T
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
Q
I
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
K
 
K
R
 
A
F
 
F
G
 
P
G
 
G
L
 
V
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
S
G
 
G
V
 
A
G
 
A
I
 
L
T
 
N
I
 
V
E
 
Y
R
 
P
G
 
G
Q
 
R
I
 
V
Y
 
M
G
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
F
 
M
F
 
M
N
 
K
V
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
T
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
T
F
 
L
E
 
L
L
 
W
D
 
L
G
 
G
K
 
K
P
 
E
Y
 
T
S
 
T
P
 
F
S
 
T
A
 
G
P
 
P
H
 
K
E
 
S
V
 
S
A
 
Q
K
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
I
T
 
I
F
 
H
Q
 
Q
N
 
E
I
 
L
R
 
N
L
 
L
F
 
I
G
 
P
E
 
Q
M
 
L
T
 
T
V
 
I
L
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
M
 
F
V
 
L
G
 
G
C
 
-
H
 
-
V
 
-
R
 
R
T
 
E
R
 
F
Q
 
V
N
 
N
V
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
K
V
 
I
F
 
-
R
 
-
H
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
D
E
 
W
A
 
K
A
 
T
I
 
M
R
 
Y
E
 
A
K
 
E
S
 
A
Q
 
D
K
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
F
 
K
V
 
L
G
 
N
I
 
L
G
 
R
Q
 
F
F
 
K
A
 
S
K
 
D
R
 
K
T
 
L
A
 
V
R
 
G
H
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
I
G
 
G
D
 
D
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
M
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
S
T
 
F
D
 
E
P
 
S
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
D
G
 
A
M
 
L
N
 
T
A
 
D
T
 
T
E
 
E
K
 
T
L
 
E
G
 
S
L
 
L
R
 
F
E
 
R
L
 
V
L
 
I
V
 
R
K
 
E
I
 
L
Q
 
K
A
 
S
E
 
Q
G
 
G
K
 
R
T
 
G
I
 
I
L
 
V
L
 
Y
I
 
I
E
 
S
H
 
H
D
 
R
V
 
M
K
 
K
L
 
E
M
 
I
M
 
F
G
 
E
L
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
D
I
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
R
Y
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
R
V
 
E
P
 
V
A
 
A
D
 
S
V
 
L
Q
 
T
K
 
E
N
 
D
P
 
-
A
 
S
V
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
M
Y
 
M
L
 
V
G
 
G

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
31% identity, 99% coverage: 1:253/255 of query aligns to 2:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
S
 
S
Q
 
D
T
 
I
L
 
V
L
 
L
K
 
E
I
 
V
R
 
Q
D
 
S
V
 
L
S
 
H
K
 
V
R
 
Y
F
x
Y
G
 
G
G
 
A
L
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
N
 
K
G
 
G
V
 
I
G
 
D
I
 
L
T
 
K
I
 
V
E
 
P
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
V
G
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
L
N
 
S
V
 
A
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
V
Q
 
R
P
 
A
D
 
Q
T
 
K
G
 
G
T
 
K
F
 
I
E
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
K
 
Q
P
 
D
Y
 
I
S
 
T
P
 
N
S
 
K
A
 
P
P
 
A
H
 
H
E
 
V
V
 
I
A
 
N
K
 
R
A
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
L
T
 
V
F
 
P
Q
x
E
N
 
G
I
 
R
R
 
R
L
 
I
F
 
F
G
 
P
E
 
E
M
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
M
G
 
G
C
 
A
H
 
Y
V
 
N
R
 
R
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
K
E
 
D
E
 
K
E
 
E
A
 
G
A
 
I
I
 
K
R
 
R
E
 
D
K
 
L
S
 
E
Q
 
W
K
 
I
L
 
F
L
 
S
D
 
L
F
 
F
V
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
K
Q
 
E
F
 
R
A
 
L
K
 
K
R
 
Q
T
 
L
A
 
G
R
 
G
H
 
T
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
M
L
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
T
 
S
D
 
R
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
S
A
 
L
G
 
G
M
 
L
N
 
A
A
 
P
T
 
I
E
 
L
K
 
V
L
 
S
G
 
E
L
 
V
R
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
I
V
 
Q
K
 
K
I
 
I
Q
 
N
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
K
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
Q
D
 
N
V
 
A
K
 
L
L
 
G
M
 
A
M
 
L
G
 
K
L
 
V
C
 
A
N
 
H
R
 
Y
I
 
G
T
 
Y
V
 
V
L
 
L
D
 
E
Y
 
T
G
 
G
K
 
Q
P
 
I
I
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
K
P
 
A
A
 
S
D
 
E
V
 
L
Q
 
L
K
 
D
N
 
N
P
 
E
A
 
M
V
 
V
I
 
R
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
V

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
29% identity, 97% coverage: 6:252/255 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
E
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
 
Q
H
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
29% identity, 96% coverage: 6:251/255 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
x
L
H
|
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
x
P
Q
|
Q
N
 
E
I
x
A
R
x
S
L
 
I
F
|
F
G
x
R
E
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
x
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
x
Q
H
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
29% identity, 96% coverage: 6:251/255 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
E
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
 
Q
H
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
29% identity, 96% coverage: 6:250/255 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
K
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
L
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
N
 
E
G
 
D
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
T
F
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
V
Q
 
P
P
 
R
D
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
F
 
I
E
 
I
L
 
I
D
 
D
G
 
D
K
 
D
P
 
D
Y
 
I
S
 
S
P
 
L
S
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
R
 
S
L
 
I
F
|
F
G
x
R
E
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
V
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
R
 
R
T
 
D
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
E
 
R
E
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
D
K
 
R
S
 
A
Q
 
N
K
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
F
 
E
V
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
Q
 
H
F
 
L
A
 
R
K
 
D
R
 
S
T
 
M
A
 
G
R
 
Q
H
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
S
K
 
V
L
 
I
G
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
L
 
I
L
 
I
V
 
E
K
 
H
I
 
L
Q
 
R
A
 
D
E
 
S
G
 
G
K
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
V
C
 
C
N
 
E
R
 
R
I
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
P
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
T
D
 
E
V
 
I
Q
 
L
K
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
31% identity, 95% coverage: 5:245/255 of query aligns to 1:220/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
L
 
M
L
 
I
K
 
E
I
 
I
R
 
E
D
 
S
V
 
L
S
 
S
K
 
R
R
 
K
F
 
W
G
 
K
G
 
N
L
 
F
Q
 
-
A
 
S
L
 
L
N
 
D
G
 
N
V
 
L
G
 
S
I
 
L
T
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
Y
Y
 
F
G
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
F
 
F
F
 
L
N
 
E
V
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
F
Y
 
H
Q
 
V
P
 
P
D
 
D
T
 
S
G
 
G
T
 
R
F
 
I
E
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
D
Y
 
V
S
 
T
P
 
D
S
 
L
A
 
S
P
 
P
H
 
E
E
 
-
V
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
H
G
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
F
T
 
V
F
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
I
 
Y
R
 
S
L
 
L
F
 
F
G
 
P
E
 
H
M
 
M
T
 
N
V
 
V
L
 
K
E
 
K
N
 
N
V
 
L
M
 
E
V
 
F
G
 
G
C
 
M
H
 
R
V
 
M
R
 
K
T
 
K
R
 
I
Q
 
K
N
 
D
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
-
K
 
-
A
 
P
A
 
K
R
 
R
E
 
V
E
 
L
E
 
D
A
 
T
A
 
A
I
 
R
R
 
D
E
 
L
K
 
K
S
 
I
Q
 
E
K
 
H
L
 
L
L
 
L
D
 
D
F
 
-
V
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
R
T
 
N
A
 
P
R
 
L
H
 
T
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
L
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
A
 
P
T
 
R
E
 
T
K
 
Q
L
 
E
G
 
N
L
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
M
L
 
L
V
 
S
K
 
V
I
 
L
Q
 
H
A
 
K
E
 
K
G
 
N
K
 
K
-
 
L
T
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
H
I
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
D
V
 
Q
K
 
T
L
 
E
M
 
A
M
 
R
G
 
I
L
 
M
C
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
I
T
 
A
V
 
V
L
 
V
D
 
M
Y
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
L
I
 
I
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
E
V
 
I
Q
 
F
K
 
E
N
 
K
P
 
P
A
 
V

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
30% identity, 94% coverage: 5:244/255 of query aligns to 1:232/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
 
S
D
 
N
V
 
I
S
 
T
K
 
K
R
 
V
F
 
F
G
 
H
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
G
 
T
L
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
N
V
 
V
G
 
S
I
 
L
T
 
H
I
 
V
E
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
F
 
L
F
 
I
N
 
R
V
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
L
 
L
Y
 
E
Q
 
R
P
 
P
D
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
S
F
 
V
E
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
E
Y
 
L
S
 
T
P
 
T
S
 
L
A
 
S
P
 
E
H
 
S
E
 
E
V
 
L
A
 
T
K
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
I
 
I
A
 
G
R
 
M
T
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
I
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
S
E
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
M
 
A
V
 
L
G
 
P
C
 
L
H
 
E
V
 
L
R
 
-
T
 
-
R
 
-
Q
 
-
N
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
D
K
 
N
A
 
T
A
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
V
R
 
K
E
 
R
K
 
R
S
 
V
Q
 
T
K
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
F
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
L
G
 
G
Q
 
D
F
 
K
A
 
H
K
 
D
R
 
S
T
 
Y
A
 
P
R
 
S
H
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
T
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
A
 
P
T
 
A
E
 
T
K
 
T
L
 
R
G
 
S
L
 
I
R
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
V
 
K
K
 
D
I
 
I
Q
 
N
A
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
V
 
M
K
 
D
L
 
V
M
 
V
M
 
K
G
 
R
L
 
I
C
 
C
N
 
D
R
 
C
I
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
D
 
S
Y
 
N
G
 
G
K
 
E
P
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
V
 
T
P
 
V
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Q
 
F
K
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7d0aB Acinetobacter mlafedb complex in adp-vanadate trapped vclose conformation (see paper)
31% identity, 94% coverage: 2:241/255 of query aligns to 1:229/263 of 7d0aB

query
sites
7d0aB
S
 
T
Q
 
Q
T
 
S
L
 
L
L
 
I
K
 
E
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
S
K
 
F
R
 
N
F
 
R
G
 
G
G
 
E
L
 
R
Q
 
V
A
 
I
L
 
Y
N
 
D
G
 
N
V
 
I
G
 
S
I
 
L
T
 
N
I
 
I
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
L
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
 
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
T
 
T
T
 
T
F
 
L
F
 
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
G
G
 
G
L
 
Q
Y
 
L
Q
 
V
P
 
P
D
 
D
T
 
Q
G
 
G
T
 
E
F
 
V
E
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
D
Y
 
I
S
 
A
P
 
Q
S
 
M
A
 
S
P
 
R
H
 
Q
E
 
E
V
 
L
-
 
F
-
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
R
 
M
T
 
L
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
G
R
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
T
E
 
D
M
 
M
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
A
-
 
F
-
 
P
V
 
I
G
 
R
C
 
A
H
 
H
V
 
T
R
 
K
T
 
L
R
 
S
Q
 
E
N
 
N
V
 
L
F
 
I
G
 
A
A
 
E
V
 
L
F
 
V
R
 
A
H
 
L
K
 
K
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
E
F
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
L
G
 
R
Q
 
G
F
 
T
A
 
E
K
 
Q
R
 
L
T
 
M
A
 
P
R
 
T
H
x
E
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
M
Q
 
N
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
Q
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
V
K
 
K
L
 
G
G
 
V
L
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
R
K
 
S
I
 
L
-
 
R
Q
 
E
A
 
A
E
 
L
G
 
D
K
 
L
T
 
T
I
 
T
L
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
V
K
 
P
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
S
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
Y
I
 
I
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
P
 
I
I
 
Q
A
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
E
V
 
L
Q
 
Q

7d08B Acinetobacter mlafedb complex in atp-bound vtrans1 conformation (see paper)
31% identity, 94% coverage: 2:241/255 of query aligns to 1:229/263 of 7d08B

query
sites
7d08B
S
 
T
Q
 
Q
T
 
S
L
 
L
L
 
I
K
 
E
I
 
V
R
 
K
D
 
N
V
 
L
S
 
S
K
 
F
R
 
N
F
x
R
G
 
G
G
 
E
L
x
R
Q
 
V
A
 
I
L
 
Y
N
 
D
G
 
N
V
 
I
G
 
S
I
 
L
T
 
N
I
 
I
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
T
G
 
A
L
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
T
G
 
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
F
 
L
F
 
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
G
G
 
G
L
 
Q
Y
 
L
Q
 
V
P
 
P
D
 
D
T
 
Q
G
 
G
T
 
E
F
 
V
E
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
D
Y
 
I
S
 
A
P
 
Q
S
 
M
A
 
S
P
 
R
H
 
Q
E
 
E
V
 
L
-
 
F
-
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
R
 
M
T
 
L
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
G
R
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
T
E
 
D
M
 
M
T
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
V
M
 
A
-
 
F
-
 
P
V
 
I
G
 
R
C
 
A
H
 
H
V
 
T
R
 
K
T
 
L
R
 
S
Q
 
E
N
 
N
V
 
L
F
 
I
G
 
A
A
 
E
V
 
L
F
 
V
R
 
A
H
 
L
K
 
K
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
-
S
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
E
F
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
L
G
 
R
Q
 
G
F
 
T
A
 
E
K
 
Q
R
 
L
T
 
M
A
 
P
R
 
T
H
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
M
Q
 
N
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
Q
N
 
D
A
 
P
T
 
I
E
 
V
K
 
K
L
 
G
G
 
V
L
 
L
R
 
T
E
 
R
L
 
L
L
 
I
V
 
R
K
 
S
I
 
L
-
 
R
Q
 
E
A
 
A
E
 
L
G
 
D
K
 
L
T
 
T
I
 
T
L
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
V
 
V
K
 
P
L
 
E
M
 
T
M
 
L
G
 
S
L
 
I
C
 
A
N
 
D
R
 
Y
I
 
I
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
P
 
I
I
 
Q
A
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
E
V
 
L
Q
 
Q

Query Sequence

>HSERO_RS00895 HSERO_RS00895 ABC transporter
MSQTLLKIRDVSKRFGGLQALNGVGITIERGQIYGLIGPNGAGKTTFFNVITGLYQPDTG
TFELDGKPYSPSAPHEVAKAGIARTFQNIRLFGEMTVLENVMVGCHVRTRQNVFGAVFRH
KAAREEEAAIREKSQKLLDFVGIGQFAKRTARHLSYGDQRRLEIARALATDPQLLALDEP
AAGMNATEKLGLRELLVKIQAEGKTILLIEHDVKLMMGLCNRITVLDYGKPIAEGVPADV
QKNPAVIEAYLGAGH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory