SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS01275 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS01275 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 12 hits to proteins with known functional sites (download)

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
22% identity, 85% coverage: 28:389/425 of query aligns to 3:349/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
D
 
D
V
 
V
V
 
A
V
 
I
V
x
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
x
V
T
x
I
G
 
G
S
 
S
A
 
S
A
 
V
A
 
A
L
 
H
A
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
H
R
 
K
V
 
V
V
 
A
V
 
I
C
x
V
E
|
E
A
x
K
D
 
Q
I
 
S
V
 
I
G
 
A
G
 
S
A
x
E
A
|
A
S
|
S
G
 
K
R
 
A
N
x
A
G
 
A
G
|
G
M
x
L
C
 
-
N
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
A
W
 
Y
A
 
-
N
 
N
R
 
P
L
 
L
Y
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
A
R
 
R
A
 
E
F
 
S
D
 
R
A
 
A
G
 
I
V
 
F
D
 
P
T
 
Q
V
 
L
E
 
A
R
 
A
L
 
V
V
 
L
R
 
R
E
 
E
E
 
K
S
 
T
-
 
G
I
 
V
D
 
D
C
 
I
S
 
G
F
 
Y
A
 
E
R
 
E
H
 
K
G
 
G
K
 
I
L
 
Y
K
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
Q
K
 
N
P
 
E
E
 
D
H
 
E
V
 
K
D
 
E
K
 
R
L
 
I
A
 
L
R
 
H
S
 
I
Q
 
M
E
 
D
L
 
W
L
 
Q
A
 
Q
R
 
K
H
 
-
V
 
T
D
 
G
G
 
E
D
 
D
T
 
S
R
 
Y
L
 
F
L
 
L
S
 
T
R
 
G
A
 
D
Q
 
H
L
 
V
R
 
R
D
 
E
E
 
K
-
 
E
-
 
P
L
 
Y
G
 
L
S
 
S
D
 
E
R
 
S
Y
 
I
H
 
I
G
 
G
G
 
A
L
 
V
L
 
Y
M
 
Y
H
 
P
K
 
K
S
 
D
A
 
G
G
 
H
M
 
V
H
 
I
V
 
A
G
 
P
R
 
E
Y
 
L
V
 
T
R
 
K
G
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
H
A
 
S
A
 
A
Q
 
A
R
 
I
R
 
S
G
 
G
A
 
A
L
 
D
Y
 
I
L
 
Y
E
 
E
R
 
Q
T
 
T
P
 
E
V
|
V
L
 
F
G
 
D
I
 
I
E
 
R
A
 
I
K
 
E
N
 
N
G
 
N
R
 
K
Y
 
V
A
 
T
-
 
G
V
 
V
R
 
I
T
 
T
S
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
I
L
 
V
H
 
T
A
 
C
G
 
E
Q
 
K
V
 
V
L
 
V
L
 
I
A
 
A
S
x
G
G
|
G
I
 
S
S
x
W
Q
 
S
V
 
T
G
 
K
P
 
L
F
 
L
G
 
S
W
 
Y
I
 
F
R
 
H
R
 
R
R
 
D
I
 
W
V
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
G
A
 
T
F
 
Y
L
 
P
I
 
V
V
 
K
T
 
G
E
 
E
P
 
V
L
 
V
P
 
A
G
 
V
A
 
R
L
 
S
L
 
R
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
-
T
 
-
Q
 
-
R
 
-
M
 
-
Y
 
-
T
 
-
D
 
K
T
 
A
K
 
P
N
 
I
F
 
F
V
 
Q
N
 
E
Y
 
R
F
 
F
R
 
Y
A
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
K
Q
 
R
-
 
G
-
 
G
R
 
R
L
 
Y
L
 
V
F
 
I
G
 
G
G
 
A
R
 
T
A
 
M
R
 
K
F
 
P
A
 
H
A
 
T
S
 
F
N
 
N
P
 
K
Q
 
T
S
 
V
D
 
Q
A
 
P
R
 
E
S
 
S
G
 
I
E
 
T
I
 
S
L
 
I
R
 
L
A
 
E
Q
 
R
M
 
A
L
 
Y
E
 
T
V
 
I
F
 
L
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
T
 
A
R
 
E
I
 
W
D
 
E
Y
 
S
C
 
T
W
 
W
G
 
A
G
|
G
M
 
L
V
x
R
D
x
P
M
 
Q
T
 
S
T
 
N
D
 
H
R
 
E
L
 
A
P
 
P
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
Q
 
E
R
 
H
D
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
A
S
 
C
M
 
T
G
 
G
Y
 
H
S
x
Y
G
x
R
H
x
N
G
|
G
T
x
I
H
 
L
M
 
L
A
 
S
T
 
P
L
 
I
M
 
S
G
 
G
S
 
Q
M
 
Y
M
 
M
A
 
A
E
 
D
I
 
L
M
 
I
D
 
E
G
 
G
H
 
K
A
 
Q
E
 
E

S5FMM4 Glycine oxidase; GO; BliGO; EC 1.4.3.19 from Bacillus licheniformis (see paper)
27% identity, 49% coverage: 187:393/425 of query aligns to 154:355/369 of S5FMM4

query
sites
S5FMM4
V
 
C
R
 
R
G
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
R
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
R
 
M
R
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
D
Y
 
V
L
 
F
E
 
E
R
 
Y
T
 
T
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
S
K
 
E
N
 
A
G
 
G
R
 
A
Y
 
V
A
 
R
V
 
V
R
 
T
T
 
S
S
 
A
A
 
S
G
 
G
V
 
T
L
 
A
H
 
E
A
 
A
G
 
E
Q
 
H
V
 
A
L
 
V
L
 
I
A
 
A
S
|
S
G
 
G
I
 
V
S
 
W
Q
 
S
V
 
G
G
 
A
P
 
L
F
 
F
G
 
K
W
 
Q
I
 
I
-
 
G
-
 
L
R
 
D
R
 
K
R
 
R
I
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
E
F
 
C
L
 
L
I
 
S
V
 
V
T
 
W
E
 
N
P
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
D
Q
 
G
L
 
I
L
 
S
P
 
L
T
 
T
Q
 
R
R
 
T
M
 
L
Y
 
Y
T
 
H
D
 
D
T
 
H
K
 
-
N
 
-
F
 
-
V
 
-
N
 
C
Y
 
Y
F
 
I
R
 
V
A
 
P
T
 
R
P
 
H
D
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
R
 
T
A
 
M
R
 
K
F
 
P
A
 
G
A
 
D
S
 
W
N
 
N
P
 
E
Q
 
Q
S
 
P
D
 
E
A
 
L
R
 
G
S
 
G
G
 
I
E
 
E
I
 
E
L
 
L
R
 
I
A
 
R
Q
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
S
V
 
M
F
 
L
P
 
P
A
 
G
L
 
I
A
 
E
Q
 
S
T
 
M
R
 
K
I
 
I
D
 
D
Y
 
Q
C
 
C
W
 
W
G
 
A
G
 
G
M
 
L
V
 
R
D
 
P
M
 
E
T
 
T
T
 
G
D
 
D
R
 
G
L
 
N
P
 
P
R
 
Y
A
 
I
G
 
G
-
 
R
-
 
H
-
 
P
Q
 
E
R
 
N
D
 
D
G
 
R
L
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
M
 
A
G
 
G
Y
 
H
S
 
F
G
 
R
H
 
N
G
 
G
T
x
I
H
 
L
M
 
L
A
 
A
T
 
P
L
 
A
M
 
T
G
 
G
S
 
E
M
 
M
M
|
M
A
 
A
E
 
D
I
 
M
M
 
I
D
 
L
G
 
G
H
 
N
A
 
P
E
 
V
L
 
K
N
 
T
P
 
E
W
 
W

Sites not aligning to the query:

4pabB Crystal structure of the precursor form of rat dmgdh complexed with tetrahydrofolate (see paper)
24% identity, 88% coverage: 27:398/425 of query aligns to 6:391/824 of 4pabB

query
sites
4pabB
C
 
A
D
 
E
V
 
T
V
 
V
V
 
I
V
x
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
x
C
T
x
V
G
 
G
S
 
V
A
 
S
A
 
L
A
 
A
L
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
A
G
 
G
A
 
M
R
 
R
-
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
L
C
x
L
E
|
E
A
x
K
D
 
S
I
 
E
V
 
L
G
 
T
G
 
A
A
x
G
A
x
S
S
x
T
G
 
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
M
x
L
C
 
-
N
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
T
L
x
T
S
 
Y
Q
 
F
R
 
H
L
 
P
G
 
G
V
 
I
E
 
N
W
 
L
A
 
K
N
 
K
R
 
I
L
 
H
Y
 
Y
R
 
D
A
 
S
F
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
I
D
 
K
T
 
L
V
 
Y
E
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
E
R
 
E
E
 
E
E
 
T
S
 
G
I
 
Q
D
 
V
C
 
V
S
 
G
F
 
F
A
 
H
R
 
Q
H
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
K
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
T
K
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
R
V
 
V
D
 
D
K
x
E
L
 
F
A
 
K
R
 
Y
S
 
Q
Q
 
M
E
 
T
L
 
R
L
 
T
A
 
N
R
 
W
H
 
H
V
 
A
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
T
 
Y
R
 
I
L
 
I
L
 
E
S
 
P
R
 
E
A
 
K
-
 
I
-
 
H
Q
 
E
L
 
L
R
 
F
D
 
P
E
 
L
L
 
L
G
 
N
S
 
M
D
 
D
R
 
K
Y
 
I
H
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
-
M
 
-
H
 
Y
K
 
N
S
 
P
A
 
G
G
 
D
M
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
D
R
 
P
Y
 
Y
-
 
S
-
 
L
V
 
T
R
 
M
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
R
 
Y
G
 
G
A
 
V
L
 
L
Y
 
L
L
 
K
E
 
Y
R
 
P
T
 
A
P
 
P
V
|
V
L
 
T
G
 
S
I
 
L
E
 
K
A
 
P
K
 
R
-
 
P
N
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
W
A
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
T
S
 
P
A
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
V
H
 
R
A
 
A
G
 
N
Q
 
R
V
 
I
L
 
V
L
 
N
A
 
A
S
x
A
G
|
G
I
 
F
-
x
W
-
 
A
S
 
R
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
K
F
 
M
G
 
I
W
 
G
I
 
L
R
 
D
R
 
H
R
 
P
I
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
V
G
 
Q
A
x
H
F
 
Q
L
x
Y
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
P
 
P
G
 
E
A
 
V
-
 
K
L
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
L
 
E
L
 
L
P
 
P
T
 
V
Q
 
L
R
 
R
M
 
-
Y
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
L
K
 
E
N
 
G
F
 
-
V
 
-
N
 
S
Y
 
Y
F
x
Y
R
 
L
A
 
R
T
 
Q
P
 
E
D
 
R
Q
 
D
R
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
P
R
 
Y
A
 
E
R
 
S
-
 
Q
-
 
E
-
 
K
-
 
M
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
S
-
 
W
-
 
V
-
 
A
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
G
F
 
F
A
 
G
A
 
K
S
 
E
N
 
L
P
 
F
Q
 
E
S
 
S
D
 
D
A
 
L
-
 
D
R
 
R
S
 
I
G
 
T
E
 
E
I
 
H
L
 
V
R
 
E
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
L
 
-
E
 
E
V
 
M
F
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
K
Q
 
K
T
 
A
R
 
D
I
 
I
D
 
I
Y
 
N
C
 
I
W
 
V
G
 
N
G
|
G
M
 
P
V
x
I
D
 
T
M
 
Y
T
 
S
T
 
P
D
 
D
R
 
I
L
 
L
P
 
P
R
 
M
A
 
V
G
 
G
Q
 
P
R
 
H
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
-
 
R
-
 
N
-
 
Y
Y
 
W
Y
 
V
S
 
A
M
 
I
G
 
G
Y
x
F
S
 
-
G
 
G
H
x
Y
G
|
G
T
x
I
H
x
I
M
 
H
A
 
A
T
 
G
L
 
G
M
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
Y
M
 
L
A
 
S
E
 
D
-
 
W
I
 
I
M
 
L
D
 
H
G
 
G
H
 
E
A
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
I
E
 
E
L
 
L
N
 
D
P
 
P
W
 
N
K
 
R
D
 
Y
F
 
G
D
 
K
W
 
W

Sites not aligning to the query:

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
24% identity, 88% coverage: 27:398/425 of query aligns to 43:428/857 of Q63342

query
sites
Q63342
C
 
A
D
 
E
V
 
T
V
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
x
C
T
x
V
G
 
G
S
 
V
A
 
S
A
 
L
A
 
A
L
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
A
G
 
G
A
 
M
R
 
R
-
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
L
C
 
L
E
|
E
A
x
K
D
 
S
I
 
E
V
 
L
G
 
T
G
 
A
A
x
G
A
x
S
S
x
T
G
x
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
M
x
L
C
 
-
N
 
-
N
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
T
S
 
Y
Q
 
F
R
 
H
L
 
P
G
 
G
V
 
I
E
 
N
W
 
L
A
 
K
N
 
K
R
 
I
L
 
H
Y
 
Y
R
 
D
A
 
S
F
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
I
D
 
K
T
 
L
V
 
Y
E
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
E
R
 
E
E
 
E
E
 
T
S
 
G
I
 
Q
D
 
V
C
 
V
S
 
G
F
 
F
A
 
H
R
 
Q
H
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
K
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
T
K
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
R
V
 
V
D
 
D
K
 
E
L
 
F
A
 
K
R
 
Y
S
 
Q
Q
 
M
E
 
T
L
 
R
L
 
T
A
 
N
R
 
W
H
 
H
V
 
A
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
T
 
Y
R
 
I
L
 
I
L
 
E
S
 
P
R
 
E
A
 
K
-
 
I
-
 
H
Q
 
E
L
 
L
R
 
F
D
 
P
E
 
L
L
 
L
G
 
N
S
 
M
D
 
D
R
 
K
Y
 
I
H
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
-
M
 
-
H
 
Y
K
 
N
S
 
P
A
 
G
G
 
D
M
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
D
R
 
P
Y
 
Y
-
 
S
-
 
L
V
 
T
R
 
M
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
R
 
Y
G
 
G
A
 
V
L
 
L
Y
 
L
L
 
K
E
 
Y
R
 
P
T
 
A
P
 
P
V
|
V
L
 
T
G
 
S
I
 
L
E
 
K
A
 
P
K
 
R
-
 
P
N
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
W
A
 
D
V
 
V
R
 
E
T
 
T
S
 
P
A
 
Q
G
 
G
V
 
S
L
 
V
H
 
R
A
 
A
G
 
N
Q
 
R
V
 
I
L
 
V
L
 
N
A
 
A
S
 
A
G
 
G
I
 
F
-
x
W
-
 
A
S
 
R
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
K
F
 
M
G
 
I
W
 
G
I
 
L
R
 
D
R
 
H
R
 
P
I
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
V
G
 
Q
A
 
H
F
 
Q
L
 
Y
I
 
V
V
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
P
 
P
G
 
E
A
 
V
-
 
K
L
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
L
 
E
L
 
L
P
 
P
T
 
V
Q
 
L
R
 
R
M
 
-
Y
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
L
K
 
E
N
 
G
F
 
-
V
 
-
N
 
S
Y
 
Y
F
 
Y
R
 
L
A
 
R
T
 
Q
P
 
E
D
 
R
Q
 
D
R
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
P
R
 
Y
A
 
E
R
 
S
-
 
Q
-
 
E
-
 
K
-
 
M
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
S
-
 
W
-
 
V
-
 
A
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
G
F
 
F
A
 
G
A
 
K
S
 
E
N
 
L
P
 
F
Q
 
E
S
 
S
D
 
D
A
 
L
-
 
D
R
 
R
S
 
I
G
 
T
E
 
E
I
 
H
L
 
V
R
 
E
A
 
A
Q
 
A
M
 
M
L
 
-
E
 
E
V
 
M
F
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
K
Q
 
K
T
 
A
R
 
D
I
 
I
D
 
I
Y
 
N
C
 
I
W
 
V
G
 
N
G
 
G
M
 
P
V
 
I
D
 
T
M
 
Y
T
 
S
T
 
P
D
 
D
R
 
I
L
 
L
P
 
P
R
 
M
A
 
V
G
 
G
Q
 
P
R
 
H
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
-
 
R
-
 
N
-
 
Y
Y
 
W
Y
 
V
S
 
A
M
 
I
G
 
G
Y
x
F
S
 
-
G
|
G
H
x
Y
G
|
G
T
x
I
H
x
I
M
 
H
A
 
A
T
 
G
L
 
G
M
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
Y
M
 
L
A
 
S
E
 
D
-
 
W
I
 
I
M
 
L
D
 
H
G
 
G
H
 
E
A
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
I
E
 
E
L
 
L
N
 
D
P
 
P
W
 
N
K
 
R
D
 
Y
F
 
G
D
 
K
W
 
W

Sites not aligning to the query:

2gagB Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution (see paper)
25% identity, 81% coverage: 23:365/425 of query aligns to 16:351/403 of 2gagB

query
sites
2gagB
P
 
P
E
 
K
G
 
K
A
 
S
C
 
Y
D
 
D
V
 
A
V
 
I
V
 
I
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
x
G
T
x
H
G
 
G
S
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
Y
A
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
G
 
H
-
 
G
-
 
I
A
 
T
R
 
N
V
 
V
V
 
A
V
 
V
C
 
L
E
|
E
A
x
K
D
 
G
I
 
W
V
 
L
G
 
A
G
 
G
A
x
G
A
x
N
S
x
M
G
x
A
R
|
R
N
|
N
G
x
T
G
x
T
M
x
I
C
 
I
N
x
R
N
 
S
G
 
N
F
 
Y
A
 
L
Q
 
W
D
 
D
Y
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
E
R
 
S
L
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
-
W
 
-
A
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
R
 
-
A
 
-
F
 
Y
D
 
E
A
 
K
G
 
S
V
 
L
D
 
K
T
 
L
V
 
W
E
 
E
R
 
Q
L
 
L
V
 
P
R
 
E
E
 
D
E
 
L
S
 
E
I
 
Y
D
 
D
C
 
F
S
 
L
F
 
F
A
 
S
R
 
Q
H
 
R
G
 
G
K
 
V
L
 
L
K
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
H
K
 
T
P
 
L
E
 
G
H
 
D
V
 
V
D
 
R
K
 
E
L
 
S
A
 
V
R
 
R
S
 
R
Q
 
V
E
 
E
L
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
N
H
 
K
V
 
L
D
 
N
G
 
G
-
 
V
D
 
D
T
 
A
R
 
E
L
 
W
L
 
L
S
 
D
R
 
P
A
 
S
Q
 
Q
L
 
V
R
 
K
D
 
E
E
 
A
L
 
C
-
 
P
-
 
I
-
 
I
-
 
N
G
 
T
S
 
S
D
 
D
-
 
D
-
 
I
R
 
R
Y
 
Y
H
 
P
-
 
V
G
 
M
G
 
G
L
 
A
L
 
T
M
 
W
H
 
Q
K
 
P
S
 
R
A
 
A
G
 
G
M
 
I
H
 
A
V
x
K
G
x
H
R
 
D
Y
 
H
V
 
V
R
 
A
-
 
W
G
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
R
A
 
K
A
 
A
Q
 
N
R
 
E
R
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
D
Y
 
I
L
 
I
E
 
Q
R
 
N
T
 
C
P
 
E
V
|
V
L
 
T
G
 
G
I
 
F
E
 
-
A
 
I
K
 
K
N
 
D
G
 
G
R
 
E
Y
 
K
A
 
V
-
 
T
-
 
G
V
 
V
R
 
K
T
 
T
S
 
T
A
 
R
G
 
G
V
 
T
L
 
I
H
 
H
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
-
x
G
S
x
A
G
 
G
I
x
H
S
 
S
Q
 
S
V
 
V
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
W
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
-
I
x
L
V
 
A
P
 
E
V
 
M
G
 
A
A
 
G
F
 
F
L
 
E
I
 
L
V
 
P
T
 
I
E
 
Q
P
 
S
L
 
H
P
 
P
-
x
L
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
x
V
K
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
F
P
 
E
T
 
P
Q
 
V
R
 
H
M
 
P
Y
 
T
T
 
V
D
 
V
T
x
M
K
 
S
N
 
N
F
 
H
V
 
I
N
 
H
Y
 
V
F
x
Y
R
 
V
A
 
S
T
 
Q
P
 
A
D
 
H
Q
x
K
R
 
G
L
x
E
L
 
L
F
 
V
G
 
M
G
 
G
R
 
-
A
 
A
R
 
G
F
 
I
A
 
D
A
 
S
S
 
Y
N
 
N
P
 
G
Q
 
Y
S
 
G
D
 
Q
A
 
R
R
 
G
S
 
A
G
 
F
E
 
H
I
 
V
L
 
I
R
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
M
 
M
-
 
A
-
 
A
-
 
A
L
 
V
E
 
E
V
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
I
L
 
F
A
 
A
Q
 
R
T
 
A
R
 
H
I
 
V
D
 
L
Y
x
R
C
 
T
W
|
W
G
 
G
G
 
G
M
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
T
T
 
T
T
 
M
D
 
D
R
 
A
L
 
S
P
 
P
R
 
I
A
 
I
G
 
S
Q
 
K
R
 
T
-
 
P
-
 
I
D
 
Q
G
 
N
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
V
S
 
N
M
 
C
G
 
G
Y
 
W

Sites not aligning to the query:

3if9A Crystal structure of glycine oxidase g51s/a54r/h244a mutant in complex with inhibitor glycolate (see paper)
23% identity, 83% coverage: 45:398/425 of query aligns to 23:355/364 of 3if9A

query
sites
3if9A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
E
G
 
N
A
 
K
R
 
N
V
 
T
V
 
A
V
 
L
C
 
F
E
|
E
A
x
S
D
 
G
I
 
T
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
R
A
x
T
S
x
T
G
 
S
R
 
A
N
x
A
G
x
A
G
|
G
M
|
M
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
H
-
 
R
-
 
E
C
 
C
N
 
E
N
 
E
G
 
R
F
 
D
A
 
A
-
 
F
Q
 
F
D
 
D
Y
 
F
A
 
A
T
 
M
L
 
H
S
 
S
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
Y
V
 
K
E
 
G
W
 
L
A
 
G
N
 
E
R
 
E
L
 
L
Y
 
Y
R
 
A
A
 
L
F
 
-
D
 
-
A
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
E
 
H
S
 
N
I
 
-
D
 
-
C
 
-
S
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
G
G
 
G
K
 
M
L
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
F
K
 
S
P
 
E
E
 
E
H
 
D
V
 
V
D
 
L
K
 
Q
L
 
L
A
 
-
R
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
R
H
 
Q
V
 
M
D
 
D
G
 
-
D
 
D
T
 
L
R
 
D
L
 
S
L
 
V
S
 
S
R
 
W
A
 
Y
Q
 
S
L
 
K
R
 
E
D
 
E
E
 
V
L
 
L
G
 
E
S
 
K
D
 
E
R
 
P
Y
 
Y
H
 
A
G
 
S
G
 
G
L
 
D
L
 
I
M
 
F
H
 
G
K
 
A
S
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
Q
A
 
D
G
 
D
M
 
V
H
 
H
V
 
V
G
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
F
-
 
V
V
 
C
R
 
K
G
 
A
L
 
Y
A
 
V
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
M
R
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
E
Y
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
H
T
 
T
P
|
P
V
|
V
L
 
L
G
 
H
I
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
D
N
 
G
G
 
E
R
 
A
Y
 
L
A
 
F
V
 
I
R
 
K
T
 
T
S
 
P
A
 
S
G
 
G
V
 
D
L
 
V
H
 
W
A
 
A
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
 
A
S
|
S
G
|
G
I
 
V
S
x
W
Q
 
S
V
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
G
W
 
M
I
x
F
R
 
F
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
V
 
G
P
 
L
V
 
N
G
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
I
 
P
V
 
V
T
 
K
E
 
G
P
 
E
L
 
C
P
 
L
G
 
S
A
 
V
L
 
W
L
 
N
K
 
D
Q
 
D
L
 
I
L
 
P
P
 
L
T
 
T
Q
 
K
R
 
T
M
 
L
Y
 
Y
T
 
H
D
 
D
T
 
A
K
 
-
N
 
-
F
 
-
V
 
-
N
 
C
Y
|
Y
F
 
I
R
 
V
A
 
P
T
 
R
P
 
K
D
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
R
 
T
A
 
M
R
 
K
F
 
P
A
 
G
A
 
D
S
 
W
N
 
S
P
 
E
Q
 
T
S
 
P
D
 
D
A
 
L
R
 
G
S
 
G
G
 
L
E
 
E
I
 
S
L
 
V
R
 
M
A
 
K
Q
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
A
 
A
L
 
I
A
 
Q
Q
 
N
T
 
M
R
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
C
 
F
W
 
W
G
 
A
G
|
G
M
 
L
V
x
R
D
 
P
M
 
G
T
 
T
T
 
K
D
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
R
 
Y
A
 
I
G
 
G
-
 
R
-
 
H
-
 
P
Q
 
E
R
 
D
D
 
S
G
 
R
L
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
M
 
A
G
 
G
Y
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
T
x
I
H
 
L
M
 
L
A
 
A
T
 
P
L
 
A
M
 
T
G
 
G
S
 
A
M
 
L
M
 
I
A
 
S
E
 
D
I
 
L
M
 
I
D
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
M
N
 
N
P
 
K
W
 
E
K
 
V
D
 
N
F
 
Q
D
 
D
W
 
W

Sites not aligning to the query:

O31616 Glycine oxidase; GO; EC 1.4.3.19 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 3 papers)
23% identity, 83% coverage: 45:398/425 of query aligns to 23:355/369 of O31616

query
sites
O31616
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
E
G
 
N
A
 
K
R
 
N
V
 
T
V
 
A
V
 
L
C
 
F
E
|
E
A
x
S
D
 
G
I
 
T
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
R
A
x
T
S
x
T
G
 
S
R
 
A
N
 
A
G
x
A
G
|
G
M
|
M
-
 
L
-
x
G
-
 
A
-
 
H
-
x
A
-
 
E
C
 
C
N
 
E
N
 
E
G
 
R
F
 
D
A
 
A
-
 
F
Q
 
F
D
 
D
Y
 
F
A
 
A
T
 
M
L
 
H
S
 
S
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
Y
V
 
K
E
 
G
W
 
L
A
 
G
N
 
E
R
 
E
L
 
L
Y
 
Y
R
 
A
A
 
L
F
 
-
D
 
-
A
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
E
 
H
S
 
N
I
 
-
D
 
-
C
 
-
S
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
G
G
 
G
K
 
M
L
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
F
K
 
S
P
 
E
E
 
E
H
 
D
V
 
V
D
 
L
K
 
Q
L
 
L
A
 
-
R
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
R
H
 
Q
V
 
M
D
 
D
G
 
-
D
 
D
T
 
L
R
 
D
L
 
S
L
 
V
S
 
S
R
 
W
A
 
Y
Q
 
S
L
 
K
R
 
E
D
 
E
E
 
V
L
 
L
G
 
E
S
 
K
D
 
E
R
 
P
Y
 
Y
H
 
A
G
 
S
G
 
G
L
 
D
L
 
I
M
 
F
H
 
G
K
 
A
S
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
Q
A
 
D
G
 
D
M
 
V
H
 
H
V
 
V
G
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
F
-
 
V
V
 
C
R
 
K
G
 
A
L
 
Y
A
 
V
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
M
R
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
E
Y
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
H
T
 
T
P
 
P
V
|
V
L
 
L
G
 
H
I
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
D
N
 
G
G
 
E
R
 
A
Y
 
L
A
 
F
V
 
I
R
 
K
T
 
T
S
 
P
A
 
S
G
 
G
V
 
D
L
 
V
H
 
W
A
 
A
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
V
S
 
W
Q
 
S
V
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
G
W
 
M
I
 
F
R
 
F
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
V
 
G
P
 
L
V
 
N
G
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
I
 
P
V
 
V
T
 
K
E
 
G
P
 
E
L
 
C
P
 
L
G
 
S
A
 
V
L
 
W
L
 
N
K
 
D
Q
 
D
L
 
I
L
 
P
P
 
L
T
 
T
Q
 
K
R
 
T
M
 
L
Y
 
Y
T
 
H
D
 
D
T
x
H
K
 
-
N
 
-
F
 
-
V
 
-
N
 
C
Y
 
Y
F
 
I
R
 
V
A
 
P
T
 
R
P
 
K
D
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
R
 
T
A
 
M
R
 
K
F
 
P
A
 
G
A
 
D
S
 
W
N
 
S
P
 
E
Q
 
T
S
 
P
D
 
D
A
 
L
R
 
G
S
 
G
G
 
L
E
 
E
I
 
S
L
 
V
R
 
M
A
 
K
Q
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
A
 
A
L
 
I
A
 
Q
Q
 
N
T
 
M
R
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
C
 
F
W
 
W
G
 
A
G
 
G
M
 
L
V
x
R
D
 
P
M
 
G
T
 
T
T
 
K
D
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
R
 
Y
A
 
I
G
 
G
-
 
R
-
 
H
-
 
P
Q
 
E
R
 
D
D
 
S
G
 
R
L
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
M
 
A
G
 
G
Y
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
T
x
I
H
x
L
M
 
L
A
 
A
T
 
P
L
 
A
M
 
T
G
 
G
S
 
A
M
 
L
M
 
I
A
 
S
E
 
D
I
 
L
M
 
I
D
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
M
N
 
N
P
 
K
W
 
E
K
 
V
D
 
N
F
 
Q
D
 
D
W
 
W

Sites not aligning to the query:

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
25% identity, 79% coverage: 15:351/425 of query aligns to 13:331/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
F
 
F
V
 
V
S
 
E
Q
 
G
T
 
T
Q
 
E
-
 
G
T
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
K
G
 
Q
A
 
A
C
 
-
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
I
|
I
T
x
L
G
 
G
S
 
I
A
 
M
A
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
L
A
 
V
R
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
L
R
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
I
C
x
V
E
|
E
A
x
K
D
 
G
I
 
N
V
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
 
R
N
x
F
G
x
Y
G
 
G
M
x
Q
C
x
A
N
 
I
N
 
S
G
 
Y
F
 
K
A
 
M
Q
 
P
D
 
D
Y
 
E
A
 
T
T
 
F
L
 
L
S
 
L
Q
 
H
R
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
-
E
 
-
W
 
-
A
 
-
N
 
K
R
 
H
L
 
R
Y
 
W
R
 
R
A
 
E
F
 
M
D
 
N
A
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
S
 
G
I
 
I
D
 
D
C
 
T
S
 
T
F
 
Y
A
 
R
R
 
T
H
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
V
K
 
E
L
 
V
A
 
P
A
 
L
K
 
D
P
 
E
E
 
E
H
 
D
V
 
L
D
 
V
K
 
N
L
 
V
A
 
R
R
 
K
S
 
W
Q
 
I
E
 
D
L
 
E
L
 
R
A
 
S
R
 
K
H
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
S
D
 
D
-
 
I
-
 
P
-
 
F
-
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
L
 
I
S
 
E
R
 
G
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
R
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
S
 
N
D
 
Q
R
 
R
Y
 
L
H
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
T
M
 
D
H
 
W
K
 
K
S
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
P
H
 
E
V
 
V
G
 
A
R
 
T
Y
 
F
V
 
V
R
 
-
G
 
-
L
 
M
A
 
A
Q
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
R
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
R
Y
 
I
L
 
Y
E
 
T
R
 
Q
T
 
C
P
x
A
V
x
A
L
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
E
A
 
T
K
 
Q
N
 
A
G
 
G
R
 
V
Y
 
I
A
 
S
-
 
D
V
 
V
R
 
V
T
 
T
S
 
E
A
 
K
G
 
G
V
 
A
L
 
I
H
 
K
A
 
T
G
 
S
Q
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
 
A
S
x
G
G
|
G
I
 
V
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
W
|
W
I
 
S
R
 
R
R
 
L
R
 
F
I
 
M
V
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
Q
F
 
N
L
 
L
I
 
N
V
 
V
T
 
D
E
 
V
P
 
P
-
 
T
L
 
L
P
 
P
G
 
A
A
 
Y
L
x
Q
L
 
S
K
x
Q
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
-
 
S
-
 
G
-
 
S
P
 
P
T
 
T
Q
 
A
R
 
P
M
 
G
Y
 
G
T
 
N
D
 
V
T
 
A
K
 
L
N
x
P
F
 
G
V
 
G
N
 
I
Y
 
F
F
 
F
R
 
R
A
 
E
T
 
Q
P
 
A
D
 
D
Q
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
P
R
 
R
A
 
V
R
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
L
S
 
P
N
 
D
-
 
L
P
 
P
Q
 
E
S
 
L
D
 
N
A
 
A
R
 
-
S
 
S
G
 
L
E
 
E
I
 
K
L
 
L
R
 
K
A
 
A
Q
 
E
M
 
-
L
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
F
P
 
P
A
 
A
L
 
F
A
 
K
Q
 
E
T
 
S
R
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
C
 
Q
W
 
W
G
 
S
G
|
G
M
 
A
V
x
M
D
 
A
M
 
I
T
 
A
T
 
P
D
 
D
R
 
E
L
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1ng3A Complex of thio (glycine oxidase) with acetyl-glycine (see paper)
23% identity, 83% coverage: 45:398/425 of query aligns to 23:355/364 of 1ng3A

query
sites
1ng3A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
E
G
 
N
A
 
K
R
 
N
V
 
T
V
 
A
V
 
L
C
x
F
E
|
E
A
x
S
D
 
G
I
 
T
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
x
R
A
x
T
S
x
T
G
 
S
R
 
A
N
x
A
G
x
A
G
|
G
M
|
M
-
 
L
-
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
A
-
 
E
C
 
C
N
 
E
N
 
E
G
 
R
F
 
D
A
 
A
-
 
F
Q
 
F
D
 
D
Y
 
F
A
 
A
T
 
M
L
 
H
S
 
S
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
Y
V
 
K
E
 
G
W
 
L
A
 
G
N
 
E
R
 
E
L
 
L
Y
 
Y
R
 
A
A
 
L
F
 
-
D
 
-
A
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
I
R
|
R
E
 
Q
E
 
H
S
 
N
I
 
-
D
 
-
C
 
-
S
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
G
G
 
G
K
 
M
L
 
F
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
F
K
 
S
P
 
E
E
 
E
H
 
D
V
 
V
D
 
L
K
 
Q
L
 
L
A
 
-
R
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
R
H
 
Q
V
 
M
D
 
D
G
 
-
D
 
D
T
 
L
R
 
D
L
 
S
L
 
V
S
 
S
R
 
W
A
 
Y
Q
 
S
L
 
K
R
 
E
D
 
E
E
 
V
L
 
L
G
 
E
S
 
K
D
 
E
R
 
P
Y
 
Y
H
 
A
G
 
S
G
 
G
L
 
D
L
 
I
M
 
F
H
 
G
K
 
A
S
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
Q
A
 
D
G
 
D
M
 
V
H
 
H
V
 
V
G
 
E
R
 
P
Y
 
Y
-
 
F
-
 
V
V
 
C
R
 
K
G
 
A
L
 
Y
A
 
V
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
M
R
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
E
Y
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
H
T
 
T
P
 
P
V
|
V
L
 
L
G
 
H
I
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
D
N
 
G
G
 
E
R
 
A
Y
 
L
A
 
F
V
 
I
R
 
K
T
 
T
S
 
P
A
 
S
G
 
G
V
 
D
L
 
V
H
 
W
A
 
A
G
 
N
Q
 
H
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
 
A
S
|
S
G
|
G
I
 
V
S
x
W
Q
 
S
V
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
G
W
 
M
I
x
F
R
 
F
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
V
 
G
P
 
L
V
 
N
G
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
I
 
P
V
 
V
T
 
K
E
 
G
P
 
E
L
 
C
P
 
L
G
 
S
A
 
V
L
 
W
L
 
N
K
 
D
Q
 
D
L
 
I
L
 
P
P
 
L
T
 
T
Q
 
K
R
 
T
M
 
L
Y
 
Y
T
 
H
D
 
D
T
 
H
K
 
-
N
 
-
F
 
-
V
 
-
N
 
C
Y
|
Y
F
 
I
R
 
V
A
 
P
T
 
R
P
 
K
D
 
S
Q
 
G
R
|
R
L
 
L
L
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
R
 
T
A
 
M
R
 
K
F
 
P
A
 
G
A
 
D
S
 
W
N
 
S
P
 
E
Q
 
T
S
 
P
D
 
D
A
 
L
R
 
G
S
 
G
G
 
L
E
 
E
I
 
S
L
 
V
R
 
M
A
 
K
Q
 
K
M
 
A
L
 
K
E
 
T
V
 
M
F
 
L
P
 
P
A
 
P
L
 
I
A
 
Q
Q
 
N
T
 
M
R
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
C
 
F
W
 
W
G
 
A
G
|
G
M
 
L
V
x
R
D
 
P
M
 
G
T
 
T
T
 
K
D
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
R
 
Y
A
 
I
G
 
G
-
 
R
-
 
H
-
 
P
Q
 
E
R
 
D
D
 
S
G
 
R
L
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
M
 
A
G
 
G
Y
x
H
S
 
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
T
x
I
H
 
L
M
 
L
A
 
A
T
 
P
L
 
A
M
 
T
G
 
G
S
 
A
M
 
L
M
 
I
A
 
S
E
 
D
I
 
L
M
 
I
D
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
M
N
 
N
P
 
K
W
 
E
K
 
V
D
 
N
F
 
Q
D
 
D
W
 
W

Sites not aligning to the query:

Q8GAI3 4-methylaminobutanoate oxidase (formaldehyde-forming); MABO; Demethylating gamma-N-methylaminobutyrate oxidase; Gamma-N-methylaminobutyrate oxidase 1; EC 1.5.3.19 from Paenarthrobacter nicotinovorans (Arthrobacter nicotinovorans) (see paper)
23% identity, 83% coverage: 29:382/425 of query aligns to 28:381/824 of Q8GAI3

query
sites
Q8GAI3
V
 
T
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
T
 
I
G
 
G
S
 
A
A
 
S
A
 
I
A
 
A
L
 
Y
A
 
H
L
 
L
A
 
S
R
 
A
K
 
A
G
 
G
A
 
E
R
 
N
-
 
D
V
 
T
V
 
L
V
 
L
C
 
L
E
 
E
A
 
S
D
 
N
I
 
V
V
 
L
G
 
G
G
 
S
A
 
G
A
 
T
S
 
S
G
x
W
R
x
H
N
 
A
G
 
A
G
 
G
M
 
L
C
 
V
N
 
T
N
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
A
E
 
R
W
 
G
A
 
T
N
 
T
R
 
T
L
 
M
Y
 
T
R
 
K
A
 
L
F
 
A
D
 
K
A
 
Y
G
 
G
V
 
L
D
 
D
T
 
F
V
 
Y
E
 
S
R
 
R
L
 
L
V
 
E
R
 
Q
E
 
M
E
 
S
S
 
G
I
 
L
D
 
D
C
 
V
S
 
S
F
 
F
A
 
Q
R
 
R
H
 
C
G
 
G
K
 
S
L
 
L
K
 
S
L
 
V
A
 
A
A
 
R
K
 
T
P
 
A
E
 
G
H
 
R
V
 
V
D
 
D
K
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
Y
S
 
A
Q
 
K
E
 
D
L
 
-
L
 
V
A
 
A
R
 
D
H
 
Q
V
 
Q
D
 
G
G
 
V
D
 
R
T
 
T
R
 
E
L
 
W
L
 
L
S
 
T
R
 
E
A
 
D
Q
 
R
L
 
Y
R
 
K
D
 
E
E
 
L
L
 
W
G
 
P
S
 
L
D
 
A
R
 
T
Y
 
Y
H
 
S
-
 
G
-
 
V
-
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
L
L
 
L
M
 
L
H
 
P
K
 
D
S
 
D
A
 
G
G
 
H
M
 
I
H
 
N
V
 
P
G
 
G
R
 
H
Y
 
A
V
 
T
R
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
R
 
S
R
 
L
G
 
G
A
 
T
L
 
Q
Y
 
I
L
 
R
E
 
E
R
 
N
T
 
V
P
 
A
V
 
V
L
 
H
G
 
K
I
 
V
E
 
L
A
 
R
K
 
Q
N
 
G
G
 
D
R
 
L
Y
 
V
A
 
V
-
 
G
V
 
V
R
 
L
T
 
T
S
 
D
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
L
 
V
H
 
H
A
 
C
G
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
I
L
 
L
A
 
A
S
 
C
G
 
G
I
 
L
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
W
 
W
I
 
T
R
 
R
R
 
D
R
 
L
I
 
A
V
 
A
P
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
-
F
 
-
L
 
-
I
 
-
V
 
V
T
 
K
E
 
V
P
 
P
L
 
L
-
 
Y
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
H
-
 
I
-
 
H
-
 
V
P
 
R
G
 
S
A
 
A
L
 
E
L
 
I
K
 
D
Q
 
G
L
 
A
L
 
V
P
 
P
T
 
E
Q
 
L
R
 
P
M
 
V
Y
 
Y
T
 
R
D
 
D
T
 
L
K
 
D
N
 
N
F
 
-
V
 
-
N
 
S
Y
 
Y
F
 
Y
R
 
I
A
 
R
T
 
H
P
 
E
D
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
F
 
V
G
 
G
G
 
A
R
 
F
A
 
E
R
 
P
F
 
D
A
 
G
A
 
L
S
 
P
N
 
R
P
 
P
Q
 
V
S
 
E
D
 
E
A
 
I
R
 
P
S
 
S
G
 
N
E
 
G
I
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
W
-
 
E
-
 
H
-
 
F
-
 
A
-
 
P
L
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
M
 
A
L
 
E
E
 
G
V
 
V
F
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
T
 
A
R
 
G
I
 
F
D
 
D
Y
 
R
C
 
F
W
 
L
G
 
N
G
 
A
M
 
P
V
 
E
D
 
S
M
 
F
T
 
T
T
 
P
D
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
F
R
 
A
L
 
V
P
 
G
R
 
E
A
 
T
G
 
S
Q
 
E
R
 
L
D
 
S
G
 
N
L
 
L
Y
 
F
Y
 
V
S
 
A
M
 
A
G
 
G
Y
 
F
S
 
N
G
 
S
H
 
Q
G
 
G
T
 
I
H
 
I
M
 
F
A
 
A
T
 
P
L
 
G
M
 
I
G
 
G
S
 
K
M
 
E
M
 
L
A
 
A
E
 
E

5hxwA L-amino acid deaminase from proteus vulgaris (see paper)
26% identity, 52% coverage: 15:237/425 of query aligns to 5:220/433 of 5hxwA

query
sites
5hxwA
F
 
F
V
 
V
S
 
E
Q
 
G
T
 
T
Q
 
E
-
 
G
T
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
K
G
 
Q
A
 
A
C
 
-
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
V
|
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
I
|
I
T
x
L
G
 
G
S
 
I
A
 
M
A
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
L
A
 
V
R
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
L
R
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
I
C
 
V
E
|
E
A
x
K
D
 
G
I
 
N
V
 
I
G
 
A
G
 
G
A
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
M
x
Q
C
x
A
N
 
I
N
 
S
G
 
Y
F
 
K
A
 
M
Q
 
P
D
 
D
Y
 
E
A
 
T
T
 
F
L
 
L
S
 
L
Q
 
H
R
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
-
E
 
-
W
 
-
A
 
-
N
 
K
R
 
H
L
 
R
Y
 
W
R
 
R
A
 
E
F
 
M
D
 
N
A
 
A
G
 
K
V
 
V
D
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
E
 
-
S
 
G
I
 
I
D
 
D
C
 
T
S
 
T
F
 
Y
A
 
R
R
 
T
H
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
V
K
 
E
L
 
V
A
 
P
A
 
L
K
 
D
P
 
E
E
 
E
H
 
D
V
 
L
D
 
V
K
 
N
L
 
V
A
 
R
R
 
K
S
 
W
Q
 
I
E
 
D
L
 
E
L
 
R
A
 
S
R
 
K
H
 
N
V
 
V
D
 
G
G
 
S
D
 
D
-
 
I
-
 
P
-
 
F
-
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
L
 
I
S
 
E
R
 
G
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
R
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
-
S
 
N
D
 
Q
R
 
R
Y
 
L
H
 
R
G
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
T
M
 
D
H
 
W
K
 
K
S
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
D
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
P
H
 
E
V
 
V
G
 
A
R
 
T
Y
 
F
V
 
V
R
 
-
G
 
-
L
 
M
A
 
A
Q
 
E
A
 
Y
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
R
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
R
Y
 
I
L
 
Y
E
 
T
R
 
Q
T
 
C
P
x
A
V
x
A
L
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
E
A
 
T
K
 
Q
N
 
A
G
 
G
R
 
V
Y
 
I
A
 
S
-
 
D
V
 
V
R
 
V
T
 
T
S
 
E
A
 
K
G
 
G
V
 
A
L
 
I
H
 
K
A
 
T
G
 
S
Q
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
 
A
S
x
G
G
|
G
I
 
V

Sites not aligning to the query:

P40875 Sarcosine oxidase subunit beta; Sarcosine oxidase subunit B; Sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) subunit beta; Tetrameric sarcosine oxidase subunit beta; TSOX subunit beta; EC 1.5.3.24 from Corynebacterium sp. (strain P-1) (see 3 papers)
26% identity, 61% coverage: 107:365/425 of query aligns to 90:353/405 of P40875

query
sites
P40875
E
 
E
R
 
Q
L
 
L
V
 
P
R
 
E
E
 
E
E
 
L
S
 
D
I
 
Y
D
 
D
C
 
F
S
 
L
F
 
F
A
 
S
R
 
Q
H
 
R
G
 
G
K
 
V
L
 
L
K
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
H
K
 
T
P
 
L
E
 
G
H
 
D
V
 
V
D
 
R
K
 
E
L
 
S
A
 
V
R
 
R
S
 
R
Q
 
V
E
 
E
L
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
N
H
 
K
V
 
F
D
 
N
G
 
G
-
 
V
D
 
D
T
 
A
R
 
E
L
 
W
L
 
L
S
 
T
R
 
P
A
 
E
Q
 
Q
L
 
V
R
 
K
D
 
E
-
 
V
-
x
C
-
 
P
-
 
I
-
 
I
E
 
N
L
 
I
G
 
G
S
 
D
D
 
D
-
 
I
R
 
R
Y
 
Y
H
 
P
-
 
V
G
 
M
G
 
G
L
 
A
L
 
T
M
 
Y
H
 
Q
K
 
P
S
 
R
A
 
A
G
 
G
M
 
I
H
 
A
V
 
K
G
x
H
R
 
D
Y
x
H
V
 
V
R
 
A
-
 
W
G
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
R
A
 
K
A
 
A
Q
 
N
R
 
E
R
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
D
Y
 
I
L
 
I
E
 
Q
R
 
N
T
x
C
P
 
E
V
 
V
L
 
T
G
 
G
I
 
F
E
 
-
A
 
L
K
 
K
N
 
D
G
 
G
R
 
E
Y
 
K
A
 
V
-
 
T
-
 
G
V
 
V
R
 
K
T
 
T
S
 
T
A
 
R
G
 
G
V
 
T
L
 
I
H
 
H
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
-
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
H
S
 
S
Q
 
S
V
 
V
G
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
W
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
A
P
 
E
V
 
L
G
 
A
A
 
G
F
 
F
L
 
E
I
 
L
V
 
P
T
 
I
E
 
Q
P
 
S
L
 
H
P
 
P
-
 
L
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
K
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
F
P
 
E
T
 
P
Q
 
V
R
 
H
M
 
P
Y
 
T
T
 
V
D
 
V
T
 
M
K
 
S
N
 
N
F
 
H
V
 
I
N
 
H
Y
 
V
F
 
Y
R
 
V
A
 
S
T
 
Q
P
 
A
D
 
H
Q
 
K
R
 
G
L
 
E
L
 
L
F
 
V
G
 
M
G
 
G
R
 
-
A
 
A
R
 
G
F
 
I
A
 
D
A
 
S
S
 
Y
N
 
N
P
 
G
Q
 
Y
S
 
G
D
 
Q
A
 
R
R
 
G
S
 
A
G
 
F
E
 
H
I
 
V
L
 
I
R
 
E
A
 
E
Q
 
Q
M
 
M
-
 
A
-
 
A
-
 
A
L
 
V
E
 
E
V
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
I
L
 
F
A
 
A
Q
 
R
T
 
A
R
 
H
I
 
V
D
 
L
Y
 
R
C
 
T
W
 
W
G
 
G
G
 
G
M
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
T
T
 
T
T
 
M
D
 
D
R
 
A
L
 
S
P
 
P
R
 
I
A
 
I
G
 
S
Q
 
K
R
 
T
-
 
P
-
 
I
D
 
Q
G
 
N
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
V
S
 
N
M
x
C
G
 
G
Y
 
W

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS01275 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS01275
MMQLKSYWLDTSPAFVSQTQTLPEGACDVVVVGGGITGSAAALALARKGARVVVCEADIV
GGAASGRNGGMCNNGFAQDYATLSQRLGVEWANRLYRAFDAGVDTVERLVREESIDCSFA
RHGKLKLAAKPEHVDKLARSQELLARHVDGDTRLLSRAQLRDELGSDRYHGGLLMHKSAG
MHVGRYVRGLAQAAQRRGALYLERTPVLGIEAKNGRYAVRTSAGVLHAGQVLLASGISQV
GPFGWIRRRIVPVGAFLIVTEPLPGALLKQLLPTQRMYTDTKNFVNYFRATPDQRLLFGG
RARFAASNPQSDARSGEILRAQMLEVFPALAQTRIDYCWGGMVDMTTDRLPRAGQRDGLY
YSMGYSGHGTHMATLMGSMMAEIMDGHAELNPWKDFDWPAIPGHFGKPWFLPFVGAWYRL
KDRLQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory