SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS01605 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS01605 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

4yshB Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 41% coverage: 245:417/421 of query aligns to 197:363/368 of 4yshB

query
sites
4yshB
I
 
F
S
 
A
A
 
A
Q
 
E
R
 
A
F
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
A
L
x
S
G
 
G
A
 
A
D
x
W
S
 
A
A
 
A
D
 
R
F
 
L
A
 
G
R
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
I
 
V
T
 
M
V
 
V
P
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
R
A
 
A
A
 
P
A
 
V
P
 
P
Q
 
L
V
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
I
 
F
A
 
A
R
 
K
K
 
N
I
x
G
V
 
C
Y
|
Y
-
 
I
-
 
V
A
 
P
R
 
K
L
 
S
G
 
G
Q
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
V
x
I
A
 
G
G
x
A
R
 
T
I
 
S
E
 
T
L
 
P
V
 
G
G
 
T
Q
 
F
D
 
D
R
 
R
S
 
R
I
 
V
P
 
S
P
 
A
R
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
M
E
 
N
L
|
L
K
 
L
Q
 
H
G
 
R
M
 
A
R
 
A
E
 
H
L
 
L
F
 
V
P
 
P
D
 
D
C
 
I
V
 
E
L
 
Q
G
 
A
E
 
E
D
 
-
A
 
-
R
 
W
L
 
V
S
 
A
P
 
S
W
 
W
M
 
S
G
|
G
F
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
Y
V
 
L
G
 
G
A
 
E
C
 
H
P
 
P
V
 
E
-
 
R
D
 
R
N
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
I
 
A
G
 
G
Q
x
H
G
 
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
W
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
R
 
K
P
 
E
C
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
D
 
L
T
 
A
P
 
P
F
 
F

Sites not aligning to the query:

4yshA Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 41% coverage: 245:417/421 of query aligns to 197:363/370 of 4yshA

query
sites
4yshA
I
 
F
S
 
A
A
 
A
Q
 
E
R
 
A
F
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
A
L
x
S
G
|
G
A
 
A
D
x
W
S
 
A
A
 
A
D
 
R
F
 
L
A
 
G
R
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
I
 
V
T
 
M
V
 
V
P
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
R
A
 
A
A
 
P
A
 
V
P
 
P
Q
 
L
V
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
I
 
F
A
 
A
R
 
K
K
 
N
I
 
G
V
 
C
Y
 
Y
A
 
I
-
 
V
-
 
P
R
 
K
L
 
S
G
 
G
Q
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
V
x
I
A
 
G
G
 
A
R
 
T
I
 
S
E
 
T
L
 
P
V
 
G
G
 
T
Q
 
F
D
 
D
R
 
R
S
 
R
I
 
V
P
 
S
P
 
A
R
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
M
E
 
N
L
|
L
K
 
L
Q
 
H
G
 
R
M
 
A
R
 
A
E
 
H
L
 
L
F
 
V
P
 
P
D
 
D
C
 
I
V
 
E
L
 
Q
G
 
A
E
 
E
D
 
-
A
 
-
R
 
W
L
 
V
S
 
A
P
 
S
W
 
W
M
 
S
G
|
G
F
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
Y
V
 
L
G
 
G
A
 
E
C
 
H
P
 
P
V
 
E
-
 
R
D
 
R
N
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
I
 
A
G
 
G
Q
x
H
G
 
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
W
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
R
 
K
P
 
E
C
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
D
 
L
T
 
A
P
 
P
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Q5L2C2 Glycine oxidase; GO; GOX; GOXK; EC 1.4.3.19 from Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)
27% identity, 41% coverage: 245:417/421 of query aligns to 199:365/377 of Q5L2C2

query
sites
Q5L2C2
I
 
F
S
 
A
A
 
A
Q
 
E
R
 
A
F
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
A
L
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
W
S
 
A
A
 
A
D
 
R
F
 
L
A
 
G
R
 
A
Q
 
R
L
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
I
 
V
T
 
M
V
 
V
P
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
R
A
 
A
A
 
P
A
 
V
P
 
P
Q
 
L
V
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
I
 
F
A
 
A
R
 
K
K
 
N
I
 
G
V
 
C
Y
 
Y
A
 
I
-
 
V
-
 
P
R
 
K
L
 
S
G
 
G
Q
 
N
R
 
R
L
 
L
R
 
L
V
 
I
A
 
G
G
 
A
R
 
T
I
 
S
E
 
T
L
 
P
V
 
G
G
 
T
Q
 
F
D
 
D
R
 
R
S
 
R
I
 
V
P
 
S
P
 
A
R
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
M
E
 
N
L
 
L
K
 
L
Q
 
H
G
 
R
M
 
A
R
 
A
E
 
H
L
 
L
F
 
V
P
 
P
D
 
D
C
 
I
V
 
E
L
 
Q
G
 
A
E
 
E
D
 
-
A
 
-
R
 
W
L
 
V
S
 
A
P
 
S
W
 
W
M
 
S
G
 
G
F
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
Y
V
 
L
G
 
G
A
 
E
C
 
H
P
 
P
V
 
E
-
 
R
D
 
R
N
 
G
L
 
L
Y
 
F
L
 
V
N
 
A
I
 
A
G
 
G
Q
x
H
G
x
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
W
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
L
I
 
V
A
 
E
G
 
R
R
 
K
P
 
E
C
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
D
 
L
T
 
A
P
 
P
F
 
F

Sites not aligning to the query:

2gagB Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution (see paper)
24% identity, 84% coverage: 67:421/421 of query aligns to 36:389/403 of 2gagB

query
sites
2gagB
Y
 
Y
L
 
F
F
 
L
S
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
H
P
 
G
L
 
I
T
 
T
I
 
N
K
 
V
P
 
A
T
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
A
 
G
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
W
 
W
L
 
L
A
 
A
G
 
G
F
x
G
L
x
N
R
x
M
Y
x
A
C
x
R
N
|
N
A
x
T
G
x
T
S
x
I
V
 
I
R
|
R
Q
 
S
T
 
N
T
 
Y
I
 
L
D
 
W
L
 
D
L
 
E
Q
 
S
L
 
A
A
 
G
F
 
I
Y
 
Y
S
 
E
R
 
K
D
 
-
Q
 
S
L
 
L
T
 
K
Q
 
L
W
 
W
N
 
E
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
E
R
 
D
L
 
L
K
 
E
L
 
Y
S
 
D
F
 
F
D
 
L
H
 
F
Q
 
S
R
 
Q
S
 
R
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
N
M
 
L
F
 
A
T
 
H
D
 
T
A
 
L
Q
 
G
G
 
D
L
 
V
E
 
R
A
 
E
A
 
S
A
 
V
G
 
R
Q
 
R
V
 
V
R
 
E
F
 
A
Q
 
N
A
 
K
Q
 
L
Y
 
N
G
 
G
C
 
V
Q
 
D
Q
 
A
E
 
E
V
 
W
L
 
L
D
 
D
A
 
P
A
 
S
Q
 
Q
C
 
V
I
 
K
R
 
E
I
 
A
E
 
C
P
 
P
A
 
I
L
 
I
G
 
N
R
 
T
S
 
S
Q
 
D
-
 
D
-
 
I
R
 
R
D
 
Y
W
 
P
V
 
V
G
 
M
G
 
G
V
 
A
Y
 
-
T
 
T
R
 
W
S
 
Q
E
 
P
E
 
R
A
 
A
G
 
G
D
 
I
C
 
A
P
x
K
A
x
H
F
 
D
C
 
H
R
 
V
A
 
A
L
 
W
V
 
A
A
 
F
A
 
A
M
 
R
Q
 
K
A
 
A
D
 
N
P
 
E
-
 
M
N
 
G
F
 
V
R
 
D
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
 
C
R
 
E
I
x
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
I
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
H
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
L
x
G
G
x
A
A
 
G
D
x
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
x
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
M
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
|
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
x
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
x
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
V
K
x
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
x
K
G
 
G
Q
x
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
Q
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
x
R
P
 
T
W
|
W
M
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
 
C
G
 
G
Q
 
W
G
|
G
A
x
T
L
x
G
G
|
G
W
x
F
T
x
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
F
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
D
P
 
E
C
 
P
S
 
H
I
 
E
D
 
L
D
 
N
T
 
K
P
 
P
F
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

P40875 Sarcosine oxidase subunit beta; Sarcosine oxidase subunit B; Sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) subunit beta; Tetrameric sarcosine oxidase subunit beta; TSOX subunit beta; EC 1.5.3.24 from Corynebacterium sp. (strain P-1) (see 3 papers)
25% identity, 48% coverage: 219:421/421 of query aligns to 191:391/405 of P40875

query
sites
P40875
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
x
C
R
 
E
I
 
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
H
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
G
G
 
A
A
 
G
D
 
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
 
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
L
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
 
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
 
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
 
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
V
K
 
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
 
K
G
 
G
Q
 
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
 
R
P
 
T
W
 
W
M
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
x
C
G
 
G
Q
 
W
G
 
G
A
 
T
L
 
G
G
 
G
W
 
F
T
 
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
F
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
N
R
 
D
P
 
E
C
 
A
S
 
H
I
 
A
D
 
L
D
 
N
T
 
A
P
 
P
F
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3ad8B Heterotetrameric sarcosine oxidase from corynebacterium sp. U-96 in complex with pyrrole 2-carboxylate (see paper)
25% identity, 48% coverage: 219:421/421 of query aligns to 190:390/404 of 3ad8B

query
sites
3ad8B
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
 
C
R
 
E
I
x
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
L
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
L
x
G
G
x
A
A
 
G
D
x
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
 
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
L
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
|
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
x
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
x
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
V
K
x
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
 
K
G
 
G
Q
x
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
x
R
P
 
T
W
|
W
M
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
 
C
G
 
G
Q
 
W
G
|
G
A
x
T
L
x
G
G
|
G
W
x
F
T
x
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
Y
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
H
R
 
D
P
 
E
C
 
P
S
 
H
I
 
K
D
 
L
D
 
N
T
 
A
P
 
P
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3ad7B Heterotetrameric sarcosine oxidase from corynebacterium sp. U-96 in complex with methylthio acetate (see paper)
25% identity, 48% coverage: 219:421/421 of query aligns to 190:390/404 of 3ad7B

query
sites
3ad7B
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
 
C
R
 
E
I
x
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
L
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
L
x
G
G
x
A
A
 
G
D
x
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
 
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
L
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
|
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
x
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
x
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
V
K
x
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
x
K
G
 
G
Q
x
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
x
R
P
 
T
W
|
W
M
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
 
C
G
 
G
Q
 
W
G
|
G
A
x
T
L
x
G
G
|
G
W
x
F
T
x
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
Y
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
H
R
 
D
P
 
E
C
 
P
S
 
H
I
 
K
D
 
L
D
 
N
T
 
A
P
 
P
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

1vrqB Crystal structure of heterotetrameric sarcosine oxidase from corynebacterium sp. U-96 in complex with folinic acid (see paper)
25% identity, 48% coverage: 219:421/421 of query aligns to 190:390/402 of 1vrqB

query
sites
1vrqB
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
 
C
R
 
E
I
x
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
L
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
|
A
L
x
G
G
 
A
A
 
G
D
x
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
 
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
L
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
|
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
x
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
 
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
V
K
 
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
 
K
G
 
G
Q
x
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
x
R
P
 
T
W
|
W
M
 
G
G
|
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
 
C
G
 
G
Q
 
W
G
|
G
A
x
T
L
x
G
G
|
G
W
x
F
T
x
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
Y
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
H
R
 
D
P
 
E
C
 
P
S
 
H
I
 
K
D
 
L
D
 
N
T
 
A
P
 
P
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

Q50LF2 Sarcosine oxidase subunit beta; Sarcosine oxidase subunit B; Sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) subunit beta; Tetrameric sarcosine oxidase subunit beta; TSOX subunit beta; EC 1.5.3.24 from Corynebacterium sp. (strain U-96) (see 4 papers)
25% identity, 48% coverage: 219:421/421 of query aligns to 191:391/405 of Q50LF2

query
sites
Q50LF2
F
 
I
I
 
I
G
 
Q
G
 
N
A
 
C
R
 
E
I
x
V
T
 
T
A
 
G
V
 
F
R
 
L
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
S
 
E
A
 
K
L
 
V
S
 
T
A
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
T
G
 
T
N
 
R
E
 
G
W
 
T
I
 
I
S
 
L
A
 
A
Q
 
G
R
 
K
F
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
G
G
 
A
A
 
G
D
 
H
S
 
S
A
 
S
D
 
V
F
 
L
A
 
A
R
 
E
Q
 
L
L
 
A
D
 
G
L
 
F
R
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
I
-
 
Q
-
 
S
Y
 
H
P
 
P
L
 
L
K
 
Q
G
 
A
Y
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
V
 
-
P
 
-
L
 
L
E
 
V
D
 
S
E
 
E
A
 
L
S
 
F
R
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
H
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
S
 
V
I
 
M
T
 
S
D
 
N
-
 
H
I
 
I
A
x
H
R
 
V
K
x
Y
I
 
V
V
 
S
Y
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
 
K
G
 
G
Q
 
E
R
 
L
L
 
V
R
 
M
V
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
I
I
 
D
E
 
S
L
 
Y
V
 
N
G
 
G
Q
 
Y
D
 
G
R
 
Q
S
 
R
I
 
G
P
 
A
P
 
F
R
 
H
A
 
V
I
 
I
A
 
E
E
 
E
L
 
Q
K
 
M
Q
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
D
 
-
C
 
-
V
 
I
L
 
F
G
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
H
R
 
V
L
 
L
S
 
R
P
 
T
W
 
W
M
 
G
G
 
G
F
 
I
R
 
V
P
 
D
A
 
T
T
 
T
P
 
M
S
 
D
G
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
I
V
 
I
G
 
S
A
 
K
C
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
Q
N
 
N
L
 
L
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
I
 
C
G
 
G
Q
 
W
G
|
G
A
 
T
L
 
G
G
|
G
W
 
F
T
x
K
L
 
G
A
 
T
C
 
P
G
 
G
S
 
A
A
 
G
A
 
Y
L
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
H
Q
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
H
R
 
D
P
 
E
C
 
P
S
 
H
I
 
K
D
 
L
D
 
N
T
 
A
P
 
P
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
E
R
 
R
Y
 
F
R
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

6j39A Crystal structure of cmis2 with inhibitor (see paper)
26% identity, 71% coverage: 107:405/421 of query aligns to 57:351/368 of 6j39A

query
sites
6j39A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
R
L
 
L
A
 
C
F
 
L
Y
 
A
S
 
S
R
 
R
D
 
E
Q
 
R
L
 
Y
T
 
P
Q
 
S
W
 
F
N
 
V
G
 
K
R
 
E
L
 
L
K
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
G
L
 
T
S
 
S
F
 
A
D
 
G
H
 
Y
Q
 
R
R
 
R
S
 
D
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
D
M
 
A
F
 
A
T
 
F
D
 
D
A
 
D
Q
 
E
G
 
S
L
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
G
Q
 
L
V
 
R
R
 
N
F
 
F
Q
 
L
A
 
A
Q
 
P
Y
 
L
G
 
G
C
 
V
Q
 
A
Q
 
V
E
 
A
V
 
P
L
 
L
D
 
N
A
 
A
A
 
R
Q
 
R
C
 
C
I
 
R
R
 
E
I
 
H
E
 
E
P
 
P
A
 
M
L
 
L
G
 
A
R
 
E
S
 
S
Q
 
V
R
 
R
D
 
-
W
 
-
V
 
-
G
 
G
G
 
G
V
 
L
Y
 
L
T
 
G
R
 
P
S
 
D
E
 
D
E
 
G
A
 
A
G
 
V
D
 
N
C
 
P
P
 
-
A
 
-
F
 
-
C
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
V
 
T
A
 
A
A
 
A
M
 
L
Q
 
L
A
 
A
D
 
A
P
 
I
N
 
D
F
 
V
R
 
R
F
 
-
I
 
-
G
 
G
G
 
G
A
 
-
R
 
-
I
 
-
T
 
T
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
G
x
A
S
 
T
A
 
E
L
 
F
S
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
V
V
 
L
Q
 
L
A
 
E
G
 
N
N
 
G
E
 
C
W
 
A
I
 
V
S
 
H
A
 
G
Q
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
S
L
x
A
G
 
G
A
 
C
D
x
W
S
 
T
A
 
H
D
 
R
F
 
L
A
 
A
R
 
G
Q
 
L
L
 
P
D
 
A
L
 
G
R
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
E
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
L
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
Q
S
x
I
I
 
L
T
 
R
V
 
L
P
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
R
A
 
S
A
 
A
A
 
A
P
 
P
Q
 
F
V
 
L
-
 
R
-
 
R
-
 
A
-
 
T
-
x
R
S
 
A
I
 
V
T
 
T
D
 
R
I
 
G
A
 
S
R
 
G
K
 
V
I
x
Y
V
 
L
Y
 
V
A
 
P
R
 
R
L
 
T
G
 
D
Q
 
G
R
 
E
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
G
G
 
A
R
 
T
I
x
Y
E
 
E
L
 
E
V
 
R
G
 
D
Q
 
Y
D
 
D
R
 
T
S
 
T
I
 
V
P
 
T
P
 
A
R
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
L
Q
 
G
G
 
K
M
 
V
R
 
L
E
 
A
L
 
V
F
 
L
P
 
P
D
 
G
C
 
A
V
 
A
L
 
E
G
 
L
E
 
E
D
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
T
S
 
A
P
 
-
W
 
-
M
 
A
G
 
G
F
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
G
T
 
S
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
W
C
 
T
P
 
A
V
 
V
D
 
P
N
 
N
L
 
L
Y
 
L
L
 
V
N
 
A
I
 
T
G
 
G
Q
 
H
G
x
S
A
x
R
L
x
I
G
|
G
W
x
V
T
x
Q
L
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
I
S
 
T
A
 
A
A
 
D
L
 
V
I
 
M
A
 
G
D
 
E
Q
 
M
I
 
L

Sites not aligning to the query:

6j38A Crystal structure of cmis2 (see paper)
26% identity, 71% coverage: 107:405/421 of query aligns to 57:351/368 of 6j38A

query
sites
6j38A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
R
L
 
L
A
 
C
F
 
L
Y
 
A
S
 
S
R
 
R
D
 
E
Q
 
R
L
 
Y
T
 
P
Q
 
S
W
 
F
N
 
V
G
 
K
R
 
E
L
 
L
K
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
S
-
 
G
L
 
T
S
 
S
F
 
A
D
 
G
H
 
Y
Q
 
R
R
 
R
S
 
D
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
D
M
 
A
F
 
A
T
 
F
D
 
D
A
 
D
Q
 
E
G
 
S
L
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
G
 
G
Q
 
L
V
 
R
R
 
N
F
 
F
Q
 
L
A
 
A
Q
 
P
Y
 
L
G
 
G
C
 
V
Q
 
A
Q
 
V
E
 
A
V
 
P
L
 
L
D
 
N
A
 
A
A
 
R
Q
 
R
C
 
C
I
 
R
R
 
E
I
 
H
E
 
E
P
 
P
A
 
M
L
 
L
G
 
A
R
 
E
S
 
S
Q
 
V
R
 
R
D
 
-
W
 
-
V
 
-
G
 
G
G
 
G
V
 
L
Y
 
L
T
 
G
R
 
P
S
 
D
E
 
D
E
 
G
A
 
A
G
 
V
D
 
N
C
 
P
P
 
-
A
 
-
F
 
-
C
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
V
 
T
A
 
A
A
 
A
M
 
L
Q
 
L
A
 
A
D
 
A
P
 
I
N
 
D
F
 
V
R
 
R
F
 
-
I
 
-
G
 
G
G
 
G
A
 
-
R
 
-
I
 
-
T
 
T
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
G
x
A
S
 
T
A
 
E
L
 
F
S
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
V
V
 
L
Q
 
L
A
 
E
G
 
N
N
 
G
E
 
C
W
 
A
I
 
V
S
 
H
A
 
G
Q
 
D
R
 
R
F
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
S
L
x
A
G
 
G
A
 
C
D
x
W
S
 
T
A
 
H
D
 
R
F
 
L
A
 
A
R
 
G
Q
 
L
L
 
P
D
 
A
L
 
G
R
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
E
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
L
 
A
K
 
K
G
|
G
Y
 
Q
S
 
I
I
 
L
T
 
R
V
 
L
P
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
R
A
 
S
A
 
A
A
 
A
P
 
P
Q
 
F
V
 
L
-
 
R
-
 
R
-
 
A
-
 
T
-
 
R
S
 
A
I
 
V
T
 
T
D
 
R
I
 
G
A
 
S
R
 
G
K
 
V
I
 
Y
V
 
L
Y
 
V
A
 
P
R
 
R
L
 
T
G
 
D
Q
 
G
R
 
E
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
G
G
 
A
R
 
T
I
 
Y
E
 
E
L
 
E
V
 
R
G
 
D
Q
 
Y
D
 
D
R
 
T
S
 
T
I
 
V
P
 
T
P
 
A
R
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
L
Q
 
G
G
 
K
M
 
V
R
 
L
E
 
A
L
 
V
F
 
L
P
 
P
D
 
G
C
 
A
V
 
A
L
 
E
G
 
L
E
 
E
D
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
T
S
 
A
P
 
-
W
 
-
M
 
A
G
|
G
F
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
G
T
 
S
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
W
C
 
T
P
 
A
V
 
V
D
 
P
N
 
N
L
 
L
Y
 
L
L
 
V
N
 
A
I
 
T
G
 
G
Q
 
H
G
x
S
A
x
R
L
x
I
G
|
G
W
x
V
T
x
Q
L
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
I
S
 
T
A
 
A
A
 
D
L
 
V
I
 
M
A
 
G
D
 
E
Q
 
M
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS01605 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS01605
MHICVMGAGVIGVTTAYRLLQDGHQVSLIDERDQPGAGTSQGNGAQLSYSYVAPLADPSV
WSKWAYYLFSKDSPLTIKPTLEAAQYRWLAGFLRYCNAGSVRQTTIDLLQLAFYSRDQLT
QWNGRLKLSFDHQRSGKLVMFTDAQGLEAAAGQVRFQAQYGCQQEVLDAAQCIRIEPALG
RSQRDWVGGVYTRSEEAGDCPAFCRALVAAMQADPNFRFIGGARITAVRRQGSALSAVQA
GNEWISAQRFVLALGADSADFARQLDLRLPLYPLKGYSITVPLEDEASRAAAPQVSITDI
ARKIVYARLGQRLRVAGRIELVGQDRSIPPRAIAELKQGMRELFPDCVLGEDARLSPWMG
FRPATPSGVPIVGACPVDNLYLNIGQGALGWTLACGSAALIADQIAGRPCSIDDTPFRYR
T

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory