SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS07335 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS07335 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

7t5aA Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein moda from the bacteria pseudomonsa aeruginosa in tungstate-bound form (see paper)
25% identity, 88% coverage: 28:258/262 of query aligns to 2:229/230 of 7t5aA

query
sites
7t5aA
A
 
A
T
 
D
D
 
E
I
 
V
H
 
Q
V
 
V
V
 
A
S
 
V
S
x
A
G
x
A
G
x
N
F
 
F
A
 
T
A
 
A
A
 
P
Y
 
I
K
 
Q
T
 
A
L
 
I
A
 
A
P
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
K
K
 
D
T
 
T
G
 
G
H
 
H
K
 
R
L
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
P
 
-
S
 
A
M
x
T
G
 
G
E
 
Q
T
 
F
P
 
Y
Q
 
T
A
 
Q
I
 
I
P
 
K
N
 
N
R
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
G
 
G
E
 
A
H
 
P
I
 
F
D
 
Q
V
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
S
V
x
A
G
 
D
D
 
D
S
 
S
L
 
T
-
 
P
D
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
E
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
V
S
 
V
K
 
P
T
 
G
E
 
S
H
 
R
K
 
F
L
 
T
L
 
Y
A
 
A
L
 
I
S
 
G
R
 
T
I
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
W
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
P
 
-
R
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
S
 
G
N
 
Y
L
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
E
K
 
G
R
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
K
T
 
S
A
 
G
H
 
S
-
 
F
-
 
R
-
 
H
-
 
L
S
 
S
V
 
I
V
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
K
S
 
T
A
|
A
S
x
P
G
x
Y
V
 
G
F
 
L
L
 
A
S
 
A
T
 
T
K
 
Q
L
 
A
F
 
M
K
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
L
D
 
A
Q
 
A
Q
 
T
M
 
L
A
 
G
Y
 
P
K
 
K
G
 
-
R
 
-
M
 
L
I
 
V
P
 
E
A
 
G
E
 
Q
P
x
N
V
x
I
G
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
A
 
S
R
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
L
 
F
Q
 
V
Q
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
Q
L
 
I
-
 
Y
-
 
K
-
 
D
-
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
S
D
 
A
I
 
W
I
 
I
G
 
-
P
 
-
I
 
V
P
 
P
E
 
T
E
 
E
A
 
L
Q
 
H
Q
 
D
L
 
P
T
 
I
P
 
R
F
 
Q
S
 
D
A
 
A
G
 
V
V
 
I
V
 
L
V
 
N
G
 
K
A
 
G
H
 
K
E
 
D
A
 
N
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
V
H
 
D
F
 
Y
L
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
A
E
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
S
S
 
Y
G
 
G
L
 
Y
D
 
E

7t51A Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein moda from the bacteria pseudomonsa aeruginosa in molybdate-bound form (see paper)
25% identity, 87% coverage: 30:258/262 of query aligns to 1:226/227 of 7t51A

query
sites
7t51A
D
 
E
I
 
V
H
 
Q
V
 
V
V
 
A
S
 
V
S
x
A
G
x
A
G
x
N
F
 
F
A
 
T
A
 
A
A
 
P
Y
 
I
K
 
Q
T
 
A
L
 
I
A
 
A
P
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
K
K
 
D
T
 
T
G
 
G
H
 
H
K
 
R
L
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
P
 
-
S
 
A
M
x
T
G
 
G
E
 
Q
T
 
F
P
 
Y
Q
 
T
A
 
Q
I
 
I
P
 
K
N
 
N
R
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
G
 
G
E
 
A
H
 
P
I
 
F
D
 
Q
V
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
S
V
 
A
G
 
D
D
 
D
S
 
S
L
 
T
-
 
P
D
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
E
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
V
S
 
V
K
 
P
T
 
G
E
 
S
H
 
R
K
 
F
L
 
T
L
 
Y
A
 
A
L
 
I
S
 
G
R
 
T
I
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
W
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
P
 
-
R
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
S
 
G
N
 
Y
L
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
E
K
 
G
R
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
K
T
 
S
A
 
G
H
 
S
-
 
F
-
 
R
-
 
H
-
 
L
S
 
S
V
 
I
V
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
K
S
 
T
A
|
A
S
 
P
G
x
Y
V
 
G
F
 
L
L
 
A
S
 
A
T
 
T
K
 
Q
L
 
A
F
 
M
K
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
L
D
 
A
Q
 
A
Q
 
T
M
 
L
A
 
G
Y
 
P
K
 
K
G
 
-
R
 
-
M
 
L
I
 
V
P
 
E
A
 
G
E
 
Q
P
x
N
V
x
I
G
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
A
 
S
R
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
L
 
F
Q
 
V
Q
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
Q
L
 
I
-
 
Y
-
 
K
-
 
D
-
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
S
D
 
A
I
 
W
I
 
I
G
 
-
P
 
-
I
 
V
P
 
P
E
 
T
E
 
E
A
 
L
Q
 
H
Q
 
D
L
 
P
T
 
I
P
 
R
F
 
Q
S
 
D
A
 
A
G
 
V
V
 
I
V
 
L
V
 
N
G
 
K
A
 
G
H
 
K
E
 
D
A
 
N
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
V
H
 
D
F
 
Y
L
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
A
E
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
S
S
 
Y
G
 
G
L
 
Y
D
 
E

7t50A Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein moda from the bacteria pseudomonsa aeruginosa in chromate-bound form (see paper)
25% identity, 87% coverage: 30:258/262 of query aligns to 1:226/227 of 7t50A

query
sites
7t50A
D
 
E
I
 
V
H
 
Q
V
 
V
V
 
A
S
 
V
S
 
A
G
 
A
G
x
N
F
 
F
A
 
T
A
 
A
A
 
P
Y
 
I
K
 
Q
T
 
A
L
 
I
A
 
A
P
 
K
E
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
K
K
 
D
T
 
T
G
 
G
H
 
H
K
 
R
L
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
W
 
Y
G
 
G
P
 
-
S
 
A
M
x
T
G
 
G
E
 
Q
T
 
F
P
 
Y
Q
 
T
A
 
Q
I
 
I
P
 
K
N
 
N
R
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
G
 
G
E
 
A
H
 
P
I
 
F
D
 
Q
V
 
V
V
 
F
I
 
L
M
 
S
V
x
A
G
 
D
D
 
D
S
 
S
L
 
T
-
 
P
D
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
E
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
V
S
 
V
K
 
P
T
 
G
E
 
S
H
 
R
K
 
F
L
 
T
L
 
Y
A
 
A
L
 
I
S
 
G
R
 
T
I
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
W
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
P
 
-
R
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
S
 
G
N
 
Y
L
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
E
K
 
G
R
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
K
T
 
S
A
 
G
H
 
S
-
 
F
-
 
R
-
 
H
-
 
L
S
 
S
V
 
I
V
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
K
S
 
T
A
|
A
S
x
P
G
x
Y
V
 
G
F
 
L
L
 
A
S
 
A
T
 
T
K
 
Q
L
 
A
F
 
M
K
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
L
D
 
A
Q
 
A
Q
 
T
M
 
L
A
 
G
Y
 
P
K
 
K
G
 
-
R
 
-
M
 
L
I
 
V
P
 
E
A
 
G
E
 
Q
P
x
N
V
x
I
G
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
A
 
S
R
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
L
 
F
Q
 
V
Q
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
Q
L
 
I
-
 
Y
-
 
K
-
 
D
-
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
S
D
 
A
I
 
W
I
 
I
G
 
-
P
 
-
I
 
V
P
 
P
E
 
T
E
 
E
A
 
L
Q
 
H
Q
 
D
L
 
P
T
 
I
P
 
R
F
 
Q
S
 
D
A
 
A
G
 
V
V
 
I
V
 
L
V
 
N
G
 
K
A
 
G
H
 
K
E
 
D
A
 
N
E
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
V
H
 
D
F
 
Y
L
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
A
E
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
S
S
 
Y
G
 
G
L
 
Y
D
 
E

Query Sequence

>HSERO_RS07335 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS07335
MKSLLSSKPLQRSVLALLIGATSALAAATDIHVVSSGGFAAAYKTLAPEFEKKTGHKLIS
GWGPSMGETPQAIPNRLQRGEHIDVVIMVGDSLDKLVAAGKVSKTEHKLLALSRIGLAVK
AGAPRPDISNLDAFKRTLLTAHSVVYSDSASGVFLSTKLFKRLGIDQQMAYKGRMIPAEP
VGQVVARGDAEIGLQQISELKPVKGIDIIGPIPEEAQQLTPFSAGVVVGAHEAEAAKELV
HFLASPEAQAAIKASGLDPAPR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory