SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS11185 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS11185 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

Q5L2C2 Glycine oxidase; GO; GOX; GOXK; EC 1.4.3.19 from Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)
27% identity, 55% coverage: 177:409/423 of query aligns to 133:358/377 of Q5L2C2

query
sites
Q5L2C2
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
L
S
 
A
S
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
-
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
M
Y
 
Y
Y
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
D
I
 
G
A
 
Q
G
 
V
N
 
S
S
 
A
V
 
P
L
 
D
F
 
L
A
 
A
K
 
A
Q
 
A
M
 
L
R
 
A
N
 
Y
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
L
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
C
F
 
L
H
 
Y
F
 
E
N
 
Y
S
 
T
T
 
E
V
|
V
S
 
F
S
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
S
G
 
S
G
 
G
R
 
H
V
 
V
T
 
-
L
 
L
E
 
D
V
 
T
Q
 
T
S
 
G
P
 
G
H
 
T
L
 
F
A
 
A
S
 
A
H
 
-
L
 
-
T
 
-
M
 
-
D
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
A
A
 
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
Q
 
A
P
 
R
L
 
V
D
 
G
T
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
R
 
Y
A
 
P
L
 
V
Q
 
K
S
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
L
 
M
V
 
V
P
 
R
V
 
A
K
 
P
N
 
V
P
 
P
D
 
L
D
 
L
A
 
Q
P
 
T
T
 
T
M
 
V
A
 
F
L
 
A
Y
 
K
D
 
N
D
 
G
S
 
C
Y
 
Y
K
 
I
V
 
V
A
 
P
M
 
K
T
 
S
R
 
-
L
 
-
G
 
G
S
 
N
R
 
R
I
 
L
R
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
S
G
 
T
F
 
P
V
 
G
P
 
T
A
 
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
R
L
 
V
P
 
S
P
 
A
K
 
G
A
 
G
L
 
V
R
 
M
N
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
H
I
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
H
Y
 
L
Y
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
A
 
E
N
 
Q
Y
 
A
N
 
E
Q
 
W
A
 
V
H
 
A
F
 
S
W
 
W
S
 
S
N
 
G
S
 
I
I
x
R
A
 
P
M
 
Q
M
 
T
P
 
E
T
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
Y
V
 
L
G
 
G
-
 
E
-
 
H
P
 
P
T
 
E
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
-
I
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
A
V
 
A
G
 
G
H
|
H
G
x
Y
V
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
A
 
L
S
 
S
V
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
A
D
 
D
M
 
L
M
 
V
A
 
E
G
 
R
E
 
K
E
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4yshB Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 55% coverage: 177:409/423 of query aligns to 132:356/368 of 4yshB

query
sites
4yshB
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
L
S
 
A
S
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
M
Y
 
Y
Y
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
D
I
 
G
A
 
Q
G
 
V
N
 
S
S
 
A
V
 
P
L
 
D
F
 
L
A
 
A
K
 
A
Q
 
A
M
 
L
R
 
A
N
 
Y
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
L
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
C
F
 
L
H
 
Y
F
 
E
N
 
Y
S
 
T
T
 
E
V
|
V
S
 
F
S
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
S
G
 
S
G
 
G
R
 
H
V
 
V
T
 
-
L
 
L
E
 
D
V
 
T
Q
 
T
S
 
G
P
 
G
H
 
T
L
 
F
A
 
A
S
 
A
H
 
-
L
 
-
T
 
-
M
 
-
D
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
x
S
G
 
G
M
 
A
A
x
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
Q
 
A
P
 
R
L
 
V
D
 
G
T
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
R
 
Y
A
 
P
L
 
V
Q
 
K
S
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
L
 
M
V
 
V
P
 
R
V
 
A
K
 
P
N
 
V
P
 
P
D
 
L
D
 
L
A
 
Q
P
 
T
T
 
T
M
 
V
A
 
F
L
 
A
Y
 
K
D
 
N
D
x
G
S
 
C
Y
|
Y
K
 
I
V
 
V
A
 
P
M
 
K
T
 
S
R
 
-
L
 
-
G
 
G
S
 
N
R
 
R
I
 
L
R
 
L
I
|
I
S
 
G
G
x
A
L
 
T
L
 
S
G
 
T
F
 
P
V
 
G
P
 
T
A
 
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
R
L
 
V
P
 
S
P
 
A
K
 
G
A
 
G
L
 
V
R
 
M
N
 
N
L
|
L
L
 
L
K
 
H
I
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
H
Y
 
L
Y
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
A
 
E
N
 
Q
Y
 
A
N
 
E
Q
 
W
A
 
V
H
 
A
F
 
S
W
 
W
S
 
S
N
x
G
S
 
I
I
x
R
A
 
P
M
 
Q
M
 
T
P
 
E
T
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
Y
V
 
L
G
 
G
-
 
E
-
 
H
P
 
P
T
 
E
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
-
I
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
A
V
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
V
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
A
 
L
S
 
S
V
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
A
D
 
D
M
 
L
M
 
V
A
 
E
G
 
R
E
 
K
E
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4yshA Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
27% identity, 55% coverage: 177:409/423 of query aligns to 132:356/370 of 4yshA

query
sites
4yshA
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
F
 
L
S
 
A
S
 
E
E
 
-
A
 
-
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
M
Y
 
Y
Y
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
D
I
 
G
A
 
Q
G
 
V
N
 
S
S
 
A
V
 
P
L
 
D
F
 
L
A
 
A
K
 
A
Q
 
A
M
 
L
R
 
A
N
 
Y
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
L
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
C
F
 
L
H
 
Y
F
 
E
N
 
Y
S
 
T
T
 
E
V
|
V
S
 
F
S
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
S
G
 
S
G
 
G
R
 
H
V
 
V
T
 
-
L
 
L
E
 
D
V
 
T
Q
 
T
S
 
G
P
 
G
H
 
T
L
 
F
A
 
A
S
 
A
H
 
-
L
 
-
T
 
-
M
 
-
D
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
x
S
G
|
G
M
 
A
A
x
W
S
 
A
A
 
A
A
 
R
L
 
L
L
 
G
Q
 
A
P
 
R
L
 
V
D
 
G
T
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
R
 
Y
A
 
P
L
 
V
Q
 
K
S
 
G
Y
 
E
S
 
C
A
 
V
L
 
M
V
 
V
P
 
R
V
 
A
K
 
P
N
 
V
P
 
P
D
 
L
D
 
L
A
 
Q
P
 
T
T
 
T
M
 
V
A
 
F
L
 
A
Y
 
K
D
 
N
D
 
G
S
 
C
Y
 
Y
K
 
I
V
 
V
A
 
P
M
 
K
T
 
S
R
 
-
L
 
-
G
 
G
S
 
N
R
 
R
I
 
L
R
 
L
I
|
I
S
 
G
G
 
A
L
 
T
L
 
S
G
 
T
F
 
P
V
 
G
P
 
T
A
 
F
S
 
D
Q
 
R
T
 
R
L
 
V
P
 
S
P
 
A
K
 
G
A
 
G
L
 
V
R
 
M
N
 
N
L
|
L
L
 
L
K
 
H
I
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
H
Y
 
L
Y
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
A
 
E
N
 
Q
Y
 
A
N
 
E
Q
 
W
A
 
V
H
 
A
F
 
S
W
 
W
S
 
S
N
x
G
S
 
I
I
x
R
A
 
P
M
 
Q
M
 
T
P
 
E
T
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
Y
V
 
L
G
 
G
-
 
E
-
 
H
P
 
P
T
 
E
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
-
I
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
A
V
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
V
x
R
T
x
N
G
|
G
W
x
I
A
x
L
A
 
L
S
 
S
V
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
A
D
 
D
M
 
L
M
 
V
A
 
E
G
 
R
E
 
K
E
 
E
T
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS11185 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS11185
VNSTHRQIAVIGGGLSGICSAYFLATKGYEVAVIERRAHVAEEATFGDSGLLAPGTAMPL
TLPGALATFACRFQDEPRVLLASGADFGRRRWMRATRAAQQHHFAQHKLILSRLSAYGQD
LTQQLQAHYNMEHENSAGVFHLFRQSAEAARLPALQEAASQCEYKQLTLDAAGIRALEPA
FSSEAALAGALYYPDDIAGNSVLFAKQMRNAAQALGVSFHFNSTVSSIRSEFGGRVTLEV
QSPHLASHLTMDAVVVAAGMASAALLQPLDTSLPLRALQSYSALVPVKNPDDAPTMALYD
DSYKVAMTRLGSRIRISGLLGFVPASQTLPPKALRNLLKIAGDYYPNAANYNQAHFWSNS
IAMMPTGLPVVGPTRQGNIFVNVGHGVTGWAASVGSARLLSDMMAGEETEIATAGLLPRD
VLG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory