SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS13915 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS13915 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2nx3D Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
52% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 2:257/262 of 2nx3D

query
sites
2nx3D
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
x
N
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
P
N
 
T
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

3e0iA Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 3e0iA

query
sites
3e0iA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

2a21A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep, po4, and zn2+ (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 2a21A

query
sites
2a21A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1jcyA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with r5p, pep and cadmium (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 1jcyA

query
sites
1jcyA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1fwwA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 1fwwA

query
sites
1fwwA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1fwtA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, e4p and cadmium (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 1fwtA

query
sites
1fwtA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

3undB Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei (see paper)
50% identity, 97% coverage: 5:280/284 of query aligns to 11:282/284 of 3undB

query
sites
3undB
G
 
G
F
 
V
D
 
T
V
 
A
G
 
G
L
 
N
D
 
S
H
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
I
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
L
Q
 
D
M
 
F
A
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
V
A
 
C
G
 
G
T
 
E
L
 
Y
K
 
V
E
 
A
I
 
V
T
 
T
A
 
R
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
D
K
 
E
G
 
G
L
 
L
E
 
K
I
 
I
L
 
F
A
 
A
K
 
E
V
 
V
K
 
K
K
 
A
E
 
R
I
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
A
D
 
E
E
 
Q
I
 
A
K
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
I
V
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
T
 
V
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
V
R
 
V
A
 
A
C
 
I
A
 
A
Q
 
K
S
 
A
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
M
A
 
S
P
 
P
H
 
T
D
 
Q
M
 
L
V
 
K
N
 
H
V
 
V
I
 
V
D
 
S
K
 
K
A
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
C
K
 
G
E
 
E
A
 
V
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
N
D
 
D
Q
 
R
F
 
V
M
 
M
A
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
S
S
 
S
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
S
 
G
L
 
F
A
 
R
I
 
Q
M
 
M
R
 
A
E
 
E
T
 
T
-
 
T
-
 
G
G
 
G
A
 
C
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
L
Q
|
Q
L
 
C
P
x
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
x
A
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
R
F
 
Q
V
 
V
P
 
L
V
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
M
 
L
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
D
E
 
R
A
 
A
K
 
R
S
x
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
H
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
S
T
 
Q
M
 
M
I
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
I
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
M
G
 
P
F
 
A
L
 
L
E
 
E

2nx1A Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
51% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:258/263 of 2nx1A

query
sites
2nx1A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
N
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
T
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

3e12A Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p (see paper)
50% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:253/258 of 3e12A

query
sites
3e12A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1pe1A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga (see paper)
50% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 4:253/258 of 1pe1A

query
sites
1pe1A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
|
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1pcwA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor (see paper)
50% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:252/257 of 1pcwA

query
sites
1pcwA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1pckA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep (see paper)
50% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:253/258 of 1pckA

query
sites
1pckA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1jcxA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium (see paper)
49% identity, 92% coverage: 14:275/284 of query aligns to 3:250/255 of 1jcxA

query
sites
1jcxA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
M
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
A
 
E
E
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
Y
G
 
G
L
 
V
E
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
E
E
 
E
I
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
I
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
E
 
Q
I
 
A
K
 
E
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
L
R
 
L
A
 
A
C
 
A
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
H
 
W
D
 
D
M
 
T
V
 
K
N
 
N
V
 
V
I
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
-
 
F
A
 
G
A
 
G
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
I
G
 
Y
L
 
L
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
P
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
Q
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
C
S
 
D
G
 
G
V
 
V
F
|
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
E
P
 
P
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
E
D
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
E
T
 
A
M
 
I
I
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
K

1g7vA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complexes with the mechanism-based inhibitor (see paper)
45% identity, 96% coverage: 7:280/284 of query aligns to 12:279/284 of 1g7vA

query
sites
1g7vA
D
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
N
D
 
D
H
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
Q
 
D
M
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
A
 
Q
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
E
G
 
G
L
 
M
E
 
K
I
 
I
L
 
F
A
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
Q
E
 
T
I
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
E
 
Q
I
 
A
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
V
R
 
E
A
 
A
C
 
M
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
H
 
G
D
 
Q
M
 
M
V
 
G
N
 
N
V
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
A
 
E
A
 
G
A
 
G
K
 
N
E
 
E
A
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
K
F
 
V
M
 
I
A
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
S
 
G
L
 
F
A
 
S
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
G
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
|
Q
L
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
F
G
 
G
T
 
A
S
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
E
E
 
H
A
|
A
K
 
K
S
 
C
D
|
D
G
|
G
P
|
P
N
 
S
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
K
 
E
D
 
P
L
 
F
L
 
L
G
 
K
T
 
Q
M
 
M
I
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
I
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
E
E
 
E

1g7uA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complex with substrate phosphoenol pyruvate (see paper)
45% identity, 96% coverage: 7:280/284 of query aligns to 12:279/284 of 1g7uA

query
sites
1g7uA
D
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
N
D
 
D
H
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
M
C
 
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
Q
 
D
M
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
A
 
Q
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
E
G
 
G
L
 
M
E
 
K
I
 
I
L
 
F
A
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
Q
E
 
T
I
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
E
 
Q
I
 
A
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
V
R
 
E
A
 
A
C
 
M
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
H
 
G
D
 
Q
M
 
M
V
 
G
N
 
N
V
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
A
 
E
A
 
G
A
 
G
K
 
N
E
 
E
A
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
K
F
 
V
M
 
I
A
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
S
 
G
L
 
F
A
 
S
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
G
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
L
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
F
G
 
V
T
 
A
S
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
E
E
 
H
A
 
A
K
 
K
S
 
C
D
 
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
K
 
E
D
 
P
L
 
F
L
 
L
G
 
K
T
 
Q
M
 
M
I
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
I
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
E
E
 
E

1x6uA Kdo8p synthase in it's binary complex with the product kdo8p (see paper)
45% identity, 96% coverage: 7:280/284 of query aligns to 12:267/272 of 1x6uA

query
sites
1x6uA
D
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
N
D
 
D
H
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
Q
 
D
M
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
A
 
Q
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
E
G
 
G
L
 
M
E
 
K
I
 
I
L
 
F
A
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
Q
E
 
T
I
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
E
 
Q
I
 
A
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
F
 
L
I
 
V
R
 
E
A
 
A
C
 
M
A
 
A
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
K
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
H
 
G
D
 
Q
M
 
M
V
 
G
N
 
N
V
 
I
I
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
F
K
 
K
E
 
E
A
 
G
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
N
D
 
E
Q
 
K
F
 
V
M
 
I
A
 
L
C
 
C
E
 
D
R
 
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
S
 
G
L
 
F
A
 
S
I
 
I
M
 
M
R
 
K
E
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
G
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
|
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
L
F
|
F
M
 
I
E
|
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
D
P
 
P
A
 
E
E
 
H
A
 
A
K
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
|
P
N
 
S
A
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
K
 
E
D
 
P
L
 
F
L
 
L
G
 
K
T
 
Q
M
 
M
I
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
I
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
E
E
 
E

1phwA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p (see paper)
45% identity, 96% coverage: 7:280/284 of query aligns to 12:267/272 of 1phwA

query
sites
1phwA
D
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
N
D
 
D
H
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
T
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
Q
 
D
M
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
A
 
Q
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
I
S
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
M
 
L
E
 
E
K
 
E
G
 
G
L
 
M
E
 
K
I
 
I
L
 
F
A
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
K
 
Q
E
 
T
I
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
K
V