SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS21645 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS21645 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

3dmeA Crystal structure of conserved exported protein from bordetella pertussis. Northeast structural genomics target ber141
30% identity, 97% coverage: 8:398/402 of query aligns to 7:365/366 of 3dmeA

query
sites
3dmeA
V
 
V
I
|
I
G
|
G
G
 
A
G
|
G
I
x
V
N
x
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
L
 
A
L
 
A
D
 
G
D
 
G
P
 
H
D
 
E
V
 
V
R
 
L
V
 
V
T
x
A
V
 
-
F
 
-
E
|
E
K
x
A
E
 
A
E
 
E
A
 
G
V
 
I
A
 
G
Q
 
T
H
 
G
Q
x
T
S
|
S
S
 
S
H
x
R
N
|
N
S
|
S
G
x
E
V
|
V
V
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
P
P
 
A
G
 
D
G
 
S
L
 
L
K
 
K
A
 
A
T
 
R
L
 
L
C
 
C
R
 
V
R
 
R
G
 
G
V
 
K
E
 
H
L
 
L
V
 
L
K
 
Y
R
 
E
Y
 
Y
C
 
C
E
 
A
Q
 
A
N
 
R
A
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
H
D
 
Q
E
 
R
C
 
L
G
 
G
K
 
K
V
 
L
V
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
T
G
 
S
E
 
D
E
 
A
E
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
Q
L
 
L
E
 
D
A
 
S
I
 
I
Y
 
A
R
 
R
K
 
R
A
 
A
L
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
D
D
 
D
V
 
L
E
 
Q
M
 
H
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
A
R
 
A
L
 
A
R
 
R
E
 
R
I
 
L
E
 
E
P
 
P
N
 
A
C
 
L
V
 
H
G
 
C
L
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Y
 
V
S
 
S
P
 
P
R
 
S
T
 
T
A
 
G
I
 
I
V
 
V
S
 
D
Y
 
S
G
 
H
Q
 
A
I
 
L
A
 
M
Q
 
L
R
 
A
M
 
Y
A
 
Q
Q
 
G
E
 
D
I
 
A
E
 
E
E
 
S
R
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
Q
I
 
L
R
 
V
L
 
F
N
 
H
A
x
T
S
x
P
V
x
L
-
 
I
-
 
A
R
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
R
E
 
P
R
 
E
G
 
G
D
 
G
Q
 
-
V
 
-
H
 
-
I
 
F
E
 
E
L
 
L
Q
 
D
S
 
F
G
 
G
E
 
G
M
 
A
H
 
E
P
 
P
E
 
M
A
 
T
F
 
L
D
 
S
S
 
C
-
 
R
-
 
V
A
 
L
I
 
I
A
 
N
C
x
A
S
x
A
G
|
G
L
 
L
Q
x
H
S
 
A
D
 
P
R
 
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
R
S
 
I
G
 
E
D
 
G
A
 
I
A
 
P
T
 
R
P
 
D
R
 
S
I
 
I
V
 
P
P
 
P
F
 
E
F
 
Y
-
 
L
-
 
C
-
 
K
G
 
G
Q
 
S
Y
|
Y
Y
 
F
V
 
T
I
 
L
D
 
-
E
 
-
A
 
A
Y
 
G
K
 
R
S
 
A
H
 
P
V
 
F
K
 
S
G
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
P
 
-
D
 
-
P
 
P
R
 
Q
F
 
H
P
 
A
F
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
K
 
L
R
 
D
I
 
L
D
 
G
G
 
G
Q
 
Q
M
 
A
T
 
K
I
 
F
G
 
G
P
|
P
N
 
D
A
 
T
F
 
E
I
 
W
S
 
-
L
 
I
G
 
A
R
 
T
E
 
E
N
 
D
Y
 
Y
H
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
-
L
 
-
S
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
-
F
 
-
W
 
-
K
 
-
F
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
-
N
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
L
R
 
D
E
 
P
L
 
R
K
 
R
T
 
A
V
 
-
V
 
-
S
 
-
E
 
-
R
 
D
I
 
V
F
 
F
V
 
Y
R
 
A
E
 
A
A
 
V
A
 
R
R
 
S
Y
 
Y
V
 
W
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
P
E
 
D
V
 
G
G
 
A
V
 
L
T
 
A
P
 
P
A
 
G
V
 
Y
R
 
T
G
 
G
I
|
I
R
|
R
A
 
P
Q
 
K
A
 
-
M
 
I
E
 
S
S
 
G
N
 
P
G
 
H
R
 
E
L
 
P
V
 
A
D
 
A
D
 
D
F
 
F
V
 
A
I
 
I
R
 
A
Q
 
G
S
 
P
S
 
A
R
 
S
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
G
V
 
L
T
 
V
H
 
N
I
 
L
R
 
Y
N
 
G
A
x
I
P
x
E
S
|
S
P
|
P
G
|
G
A
x
L
T
|
T
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
E
 
E
H
 
E
I
 
T
V
 
L
R
 
A
N
 
R
L
 
L

4x9mA Oxidized l-alpha-glycerophosphate oxidase from mycoplasma pneumoniae with fad bound (see paper)
24% identity, 77% coverage: 8:315/402 of query aligns to 8:313/384 of 4x9mA

query
sites
4x9mA
V
 
I
I
x
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
I
x
V
N
x
I
G
 
G
L
 
C
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Y
Q
 
E
L
 
L
L
 
-
L
 
-
D
 
S
D
 
Q
P
 
Y
D
 
K
V
 
L
R
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
L
F
x
V
E
|
E
K
|
K
E
x
H
E
 
H
A
 
Y
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
H
x
E
Q
x
T
S
|
S
S
 
H
H
x
A
N
|
N
S
|
S
G
|
G
V
|
V
V
 
I
H
|
H
A
 
T
G
 
G
L
 
I
Y
 
D
Y
 
P
E
 
N
P
 
P
G
 
H
G
 
K
L
 
L
K
 
T
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
C
 
N
R
 
I
R
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
K
L
 
L
-
 
W
V
 
L
K
 
N
R
 
T
Y
 
Y
C
 
F
E
 
K
Q
 
R
N
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
Y
 
R
D
 
Q
E
 
K
C
 
I
G
 
R
K
 
T
V
 
L
V
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
N
E
 
E
E
 
M
E
 
E
L
 
R
P
 
E
R
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
V
I
 
L
Y
 
K
R
 
Q
K
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
N
-
 
Q
-
 
I
G
 
N
V
 
L
P
 
E
D
 
D
V
 
I
E
 
Q
M
 
M
I
 
L
D
 
S
A
 
K
A
 
E
R
 
E
L
 
T
R
 
L
E
 
K
I
 
L
E
 
E
P
 
P
-
 
Y
-
 
V
N
 
N
C
 
P
V
 
E
G
 
I
L
 
V
R
 
A
A
 
G
L
 
L
Y
 
K
S
 
I
P
 
E
R
 
G
T
 
S
A
 
W
I
 
A
V
 
I
S
 
D
Y
 
P
G
 
V
Q
 
L
I
 
A
A
 
S
Q
 
K
R
 
C
M
 
L
A
 
A
Q
 
L
E
 
A
I
 
A
E
 
Q
E
 
Q
R
 
N
G
 
K
G
 
V
T
 
Q
I
 
I
R
 
C
L
 
T
N
 
N
A
x
T
S
x
E
V
|
V
R
 
T
R
 
N
V
 
I
I
 
S
E
 
K
R
 
Q
G
 
V
D
 
D
Q
 
G
V
 
T
H
 
Y
I
 
L
E
 
V
L
 
W
Q
 
T
S
 
N
G
 
N
E
 
E
M
 
T
H
 
T
P
 
P
E
 
S
-
 
F
A
 
K
F
 
V
D
 
K
S
 
K
A
 
I
I
 
I
A
 
D
C
x
A
S
x
A
G
|
G
L
 
H
Q
x
Y
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
Q
 
L
S
 
A
G
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
F
D
 
E
A
 
Q
A
 
T
T
 
T
P
 
R
R
 
R
I
 
-
V
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
Y
 
V
V
 
V
I
 
V
D
 
T
E
 
N
A
 
Q
Y
 
G
K
 
E
S
 
L
H
 
H
V
 
L
K
 
N
G
 
S
L
 
M
I
 
V
Y
 
F
P
 
M
V
 
V
P
 
P
D
 
T
P
 
I
R
 
H
F
 
G
P
x
K
F
 
-
L
 
-
G
|
G
V
 
V
H
 
I
F
 
V
T
 
S
K
 
P
R
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
N
M
 
F
T
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
T
A
 
A
F
 
L
I
 
D
S
 
G
L
 
V
G
 
D
R
 
K
E
 
E
N
 
-
Y
 
-
H
 
-
G
 
A
D
 
T
R
 
R
F
 
Y
S
 
I
L
 
T
R
 
K
D
 
D
I
 
A
A
 
P
D
 
C
Y
 
M
L
 
L
S
 
T
Y
 
K
P
 
I
G
 
G
F
 
K
W
 
H
K
 
M
F
 
V
A
 
P
S
 
S
R
 
L
N
 
N
V
 
I
P
 
N
A
 
N
T
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P75063 Glycerol 3-phosphate oxidase; GlpO; L-alpha-glycerophosphate oxidase; EC 1.1.3.21 from Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129 / Subtype 1) (Mycoplasmoides pneumoniae) (see paper)
24% identity, 77% coverage: 8:315/402 of query aligns to 8:313/384 of P75063

query
sites
P75063
V
 
I
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
V
N
x
I
G
 
G
L
 
C
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Y
Q
 
E
L
 
L
L
 
-
L
 
-
D
 
S
D
 
Q
P
 
Y
D
 
K
V
 
L
R
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
L
F
 
V
E
|
E
K
 
K
E
 
H
E
 
H
A
 
Y
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
H
 
E
Q
x
T
S
|
S
S
 
H
H
 
A
N
 
N
S
|
S
G
|
G
V
|
V
V
 
I
H
 
H
A
 
T
G
 
G
L
 
I
Y
 
D
Y
 
P
E
 
N
P
 
P
G
 
H
G
 
K
L
 
L
K
 
T
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
C
 
N
R
 
I
R
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
K
L
 
L
-
 
W
V
 
L
K
 
N
R
 
T
Y
 
Y
C
 
F
E
 
K
Q
 
R
N
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
P
Y
 
R
D
 
Q
E
 
K
C
 
I
G
 
R
K
 
T
V
 
L
V
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
N
E
 
E
E
 
M
E
 
E
L
 
R
P
 
E
R
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
V
I
 
L
Y
 
K
R
 
Q
K
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
N
-
 
Q
-
 
I
G
 
N
V
 
L
P
 
E
D
 
D
V
 
I
E
 
Q
M
 
M
I
 
L
D
 
S
A
 
K
A
 
E
R
 
E
L
 
T
R
 
L
E
 
K
I
 
L
E
 
E
P
 
P
-
 
Y
-
 
V
N
 
N
C
 
P
V
 
E
G
 
I
L
 
V
R
 
A
A
 
G
L
 
L
Y
 
K
S
 
I
P
 
E
R
 
G
T
 
S
A
 
W
I
 
A
V
 
I
S
 
D
Y
 
P
G
 
V
Q
 
L
I
 
A
A
 
S
Q
 
K
R
 
C
M
 
L
A
 
A
Q
 
L
E
 
A
I
 
A
E
 
Q
E
 
Q
R
 
N
G
 
K
G
 
V
T
 
Q
I
 
I
R
 
C
L
 
T
N
 
N
A
 
T
S
 
E
V
|
V
R
 
T
R
 
N
V
 
I
I
 
S
E
 
K
R
 
Q
G
 
V
D
 
D
Q
 
G
V
 
T
H
 
Y
I
 
L
E
 
V
L
 
W
Q
 
T
S
 
N
G
 
N
E
 
E
M
 
T
H
 
T
P
 
P
E
 
S
-
 
F
A
 
K
F
 
V
D
 
K
S
 
K
A
 
I
I
 
I
A
 
D
C
 
A
S
 
A
G
 
G
L
 
H
Q
 
Y
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
Q
 
L
S
 
A
G
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
F
D
 
E
A
 
Q
A
 
T
T
 
T
P
 
R
R
 
R
I
 
-
V
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
Y
 
V
V
 
V
I
 
V
D
 
T
E
 
N
A
 
Q
Y
 
G
K
 
E
S
 
L
H
 
H
V
 
L
K
 
N
G
 
S
L
 
M
I
 
V
Y
 
F
P
 
M
V
 
V
P
 
P
D
 
T
P
 
I
R
 
H
F
 
G
P
 
K
F
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
V
H
 
I
F
 
V
T
 
S
K
 
P
R
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
N
M
 
F
T
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
T
A
 
A
F
 
L
I
 
D
S
 
G
L
 
V
G
 
D
R
 
K
E
 
E
N
 
-
Y
 
-
H
 
-
G
 
A
D
 
T
R
 
R
F
 
Y
S
 
I
L
 
T
R
 
K
D
 
D
I
 
A
A
 
P
D
 
C
Y
 
M
L
 
L
S
 
T
Y
 
K
P
 
I
G
 
G
F
 
K
W
 
H
K
 
M
F
 
V
A
 
P
S
 
S
R
 
L
N
 
N
V
 
I
P
 
N
A
 
N
T
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS21645 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS21645
MKPLRYAVIGGGINGLAVARQLLLDDPDVRVTVFEKEEAVAQHQSSHNSGVVHAGLYYEP
GGLKATLCRRGVELVKRYCEQNALPYDECGKVVVALGEEELPRLEAIYRKALANGVPDVE
MIDAARLREIEPNCVGLRALYSPRTAIVSYGQIAQRMAQEIEERGGTIRLNASVRRVIER
GDQVHIELQSGEMHPEAFDSAIACSGLQSDRLAQQSGDAATPRIVPFFGQYYVIDEAYKS
HVKGLIYPVPDPRFPFLGVHFTKRIDGQMTIGPNAFISLGRENYHGDRFSLRDIADYLSY
PGFWKFASRNVPATLRELKTVVSERIFVREAARYVPALAEVGVTPAVRGIRAQAMESNGR
LVDDFVIRQSSRVTHIRNAPSPGATSSLAIGEHIVRNLIRRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory