SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS21910 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS21910 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
37% identity, 81% coverage: 29:240/263 of query aligns to 34:247/265 of P07821

query
sites
P07821
L
 
F
T
 
P
A
 
A
G
 
G
S
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
K
T
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
R
L
 
H
T
 
Q
R
 
P
A
 
P
Q
 
S
A
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
L
L
 
L
G
 
D
P
 
A
T
 
Q
E
 
P
L
 
L
A
 
E
Q
 
S
A
 
W
D
 
S
A
 
S
A
 
K
A
 
A
R
 
F
A
 
A
Q
 
R
H
 
K
V
 
V
V
 
A
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
L
P
 
P
R
 
P
P
 
A
V
 
E
H
 
G
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
R
E
 
E
S
 
L
V
 
V
L
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
R
Q
 
Y
A
 
P
L
 
W
Q
 
H
R
 
G
T
 
A
-
 
L
-
 
G
R
 
R
P
 
F
D
 
G
T
 
A
Q
 
A
E
 
D
L
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
Q
 
E
A
 
E
L
 
A
L
 
I
Q
 
S
H
 
L
L
 
V
G
 
G
I
 
L
G
 
K
H
 
P
L
 
L
A
 
A
Q
 
H
R
 
R
H
 
L
L
 
V
D
 
D
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
A
A
 
W
L
 
I
A
 
A
Q
 
M
A
 
L
L
 
V
V
 
A
R
 
Q
R
 
D
P
 
S
R
 
R
V
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
L
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
A
Y
 
H
Q
 
Q
Y
 
V
L
 
D
V
 
V
M
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
V
R
 
H
Q
 
R
E
 
L
T
 
S
R
 
Q
L
 
E
H
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
A
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
T
 
M
A
 
A
F
 
A
R
 
R
H
 
Y
V
 
C
D
 
D
R
 
Y
A
 
L
L
 
V
L
 
A
L
 
L
H
 
R
Q
 
G
G
 
G
R
 
E
L
 
M
L
 
I
C
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
A
E
 
E
V
 
I
I
 
M
T
 
R
P
 
G
A
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
E
Q
 
M
A
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 84% coverage: 8:228/263 of query aligns to 20:235/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
I
K
 
R
V
 
K
A
x
C
Y
x
F
G
 
D
R
 
G
H
 
K
S
 
E
V
 
V
I
 
I
Q
 
P
G
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
I
T
 
N
A
 
N
G
 
G
S
 
E
V
x
F
T
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
T
 
L
L
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
V
Q
 
D
A
 
S
G
 
G
S
 
R
V
 
I
R
 
M
L
|
L
G
 
D
P
 
N
T
 
E
E
 
D
L
 
I
A
 
T
Q
 
H
A
 
V
D
 
P
A
 
A
A
 
E
A
 
N
R
 
R
A
 
Y
Q
 
V
H
 
N
V
 
T
V
 
V
Y
 
F
M
 
-
P
 
-
Q
 
Q
S
 
S
L
 
Y
P
 
A
R
 
L
P
 
F
V
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
S
 
N
V
 
V
L
 
A
V
 
F
A
 
G
A
 
L
Q
 
R
A
 
-
L
 
M
Q
 
Q
R
 
K
T
 
T
R
 
-
P
 
P
D
 
A
T
 
A
Q
 
E
E
 
I
L
 
T
E
 
P
R
 
R
V
 
V
Q
 
M
A
 
E
L
 
A
L
 
L
Q
 
R
H
 
M
L
x
V
G
 
Q
I
 
L
G
 
E
H
 
T
L
 
F
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
H
 
K
L
 
P
D
 
H
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
R
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
L
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
Y
N
 
K
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
K
L
 
Q
V
 
M
M
 
Q
D
 
N
L
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
E
 
L
T
 
Q
R
 
R
L
 
K
H
 
L
G
 
G
L
 
I
V
 
T
T
 
F
L
 
V
V
 
F
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
E
T
 
E
A
 
A
F
 
L
R
 
T
H
 
M
V
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
I
L
 
V
L
 
V
L
 
M
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
E
C
 
Q
A
 
D
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
R
E
 
E
V
 
I

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
32% identity, 86% coverage: 4:228/263 of query aligns to 5:230/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
A
 
A
S
 
E
L
 
V
C
 
K
V
 
L
A
 
I
G
 
N
L
 
I
K
 
W
V
 
K
A
 
R
Y
 
F
G
 
G
R
 
D
H
 
V
S
 
T
V
 
A
I
 
V
Q
 
K
G
 
D
L
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
-
E
 
E
L
 
I
T
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
F
T
 
L
A
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
T
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
R
 
E
A
 
P
Q
 
T
A
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
R
 
Y
L
 
I
G
 
E
P
 
D
T
 
N
E
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
P
D
 
E
A
 
K
A
 
G
A
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
R
 
K
A
 
E
Q
 
R
H
 
D
V
 
V
V
 
A
Y
 
M
M
 
V
P
 
F
Q
 
Q
S
 
S
L
 
Y
P
 
A
R
 
L
P
 
Y
V
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
I
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
Q
 
F
A
 
P
L
 
L
Q
 
K
R
 
L
T
 
R
R
 
K
P
 
V
D
 
P
T
 
K
Q
 
Q
E
 
E
L
 
I
E
 
D
-
 
K
R
 
R
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
L
 
V
L
 
A
Q
 
E
H
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
N
R
 
R
H
 
K
L
 
P
D
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
I
R
 
R
R
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
N
 
K
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
V
L
 
K
V
 
M
M
 
R
D
 
A
L
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
K
E
 
L
T
 
Q
R
 
R
L
 
Q
H
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
T
 
E
A
 
A
F
 
M
R
 
T
H
 
M
V
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
L
 
A
L
 
V
L
 
M
H
 
N
Q
 
K
G
 
G
R
 
E
L
 
L
L
 
Q
C
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
V

1g291 Malk (see paper)
32% identity, 82% coverage: 14:228/263 of query aligns to 12:227/372 of 1g291

query
sites
1g291
A
 
V
Y
 
F
G
 
G
R
 
E
H
 
V
S
 
T
V
 
A
I
 
V
Q
 
R
G
 
E
L
 
M
D
 
S
L
 
L
P
 
-
E
 
E
L
 
V
T
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
F
T
 
M
A
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
T
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
R
 
E
A
 
P
Q
 
S
A
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
R
 
Y
L
 
I
G
 
G
P
 
D
T
 
K
E
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
x
D
A
 
P
D
x
E
A
x
K
A
 
G
-
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
P
A
 
P
R
x
K
A
x
D
Q
 
R
H
 
D
V
 
I
V
 
A
Y
 
M
M
 
V
P
 
F
Q
 
Q
S
 
S
L
 
Y
P
 
A
R
 
L
P
 
Y
V
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
I
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
Q
 
F
A
 
P
L
 
L
Q
 
K
R
 
L
T
 
R
R
 
K
P
 
V
D
 
P
T
 
R
Q
 
Q
E
 
E
L
 
I
E
 
D
-
 
Q
R
 
R
V
 
V
Q
 
R
A
 
E
L
 
V
L
 
A
Q
 
E
H
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
N
R
 
R
H
 
K
L
 
P
D
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
R
 
R
R
 
K
P
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
N
 
K
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
V
L
 
R
V
 
M
M
 
R
D
 
A
L
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
K
E
 
L
T
 
Q
R
 
R
L
 
Q
H
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
T
 
E
A
 
A
F
 
M
R
 
T
H
 
M
V
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
L
 
A
L
 
V
L
 
M
H
 
N
Q
 
R
G
 
G
R
 
V
L
 
L
L
 
Q
C
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
S
A
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
31% identity, 86% coverage: 6:230/263 of query aligns to 3:225/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
C
 
R
V
 
I
A
 
R
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
K
A
 
W
Y
x
F
G
 
G
R
 
P
H
 
L
S
 
H
V
|
V
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
I
D
 
H
L
 
L
P
 
-
E
 
E
L
 
V
T
 
A
A
 
P
G
 
G
S
 
E
V
 
K
T
 
L
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
I
G
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
E
R
 
D
A
 
F
Q
 
Q
A
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
V
R
 
V
L
 
V
G
 
D
P
 
G
T
 
L
E
 
S
L
 
V
A
 
K
Q
 
D
A
 
D
D
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
R
R
 
E
A
 
I
Q
 
R
H
 
R
V
 
E
V
 
V
Y
 
G
M
 
M
P
 
V
-
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
F
P
 
N
R
 
L
P
 
F
V
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
S
 
N
V
 
V
L
 
T
V
 
L
A
 
A
A
 
P
Q
 
M
A
 
R
L
 
V
Q
 
R
R
 
R
T
 
W
R
 
-
P
 
P
D
 
R
T
 
E
Q
 
K
E
 
A
L
 
E
E
 
K
R
 
K
V
 
A
Q
 
L
A
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
H
 
R
L
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
L
H
 
D
L
 
Q
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
H
 
Y
L
 
P
D
 
A
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
P
N
 
E
Y
 
M
Q
 
V
Y
 
G
L
 
E
V
 
V
M
 
L
D
 
D
L
 
V
L
 
M
R
 
R
Q
 
D
E
 
L
T
 
A
R
 
Q
L
 
-
H
 
G
G
 
G
L
 
M
V
 
T
T
 
M
L
 
V
V
 
V
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
T
 
F
A
 
A
F
 
R
R
 
E
H
 
V
V
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
L
 
V
L
 
F
L
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
L
 
V
C
 
E
A
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
P
R
 
E
E
 
E
V
 
I
I
 
F
T
 
T

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
25% identity, 82% coverage: 15:229/263 of query aligns to 14:238/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
Y
x
F
G
 
G
R
 
E
H
x
F
S
 
K
V
 
A
I
 
L
Q
 
D
G
 
G
L
 
V
D
 
S
L
 
I
P
 
-
E
 
S
L
 
V
T
 
N
A
 
K
G
 
G
S
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
L
 
I
G
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
R
 
K
A
 
A
Q
 
D
A
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
G
 
E
P
 
N
T
 
K
E
 
D
L
 
I
A
 
T
Q
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
P
A
 
A
A
 
E
R
 
L
A
 
Y
Q
 
H
H
 
Y
V
 
G
V
 
I
Y
 
V
M
 
R
P
 
T
Q
 
F
S
 
Q
L
 
T
P
 
P
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
-
 
K
H
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
S
 
N
V
 
L
L
 
L
V
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
A
 
S
Q
 
L
A
 
F
L
 
Y
Q
 
K
R
 
K
T
 
W
R
 
I
P
 
P
D
 
K
T
 
E
Q
 
E
E
 
E
L
 
M
-
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
A
Q
 
F
A
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
H
 
F
L
 
L
G
 
K
I
 
L
G
 
S
H
 
H
L
 
L
A
 
Y
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
A
D
 
G
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
R
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
I
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
A
L
 
P
N
 
G
Y
 
-
Q
 
-
Y
 
-
L
 
L
V
 
A
M
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
F
R
 
N
Q
 
H
-
 
V
-
 
L
E
 
E
T
 
L
R
 
K
L
 
A
H
 
K
G
 
G
L
 
I
V
 
T
T
 
F
L
 
L
V
 
I
V
 
I
L
 
E
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
D
T
 
I
A
 
V
F
 
L
R
 
N
H
 
Y
V
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
L
 
Y
L
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
L
 
I
C
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
I
 
I

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
25% identity, 82% coverage: 15:229/263 of query aligns to 14:238/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
Y
x
F
G
 
G
R
 
E
H
x
F
S
 
K
V
 
A
I
 
L
Q
 
D
G
 
G
L
 
V
D
 
S
L
 
I
P
 
-
E
 
S
L
 
V
T
 
C
A
 
K
G
 
G
S
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
L
 
I
G
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
R
 
K
A
 
A
Q
 
D
A
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
G
 
E
P
 
N
T
 
K
E
 
D
L
 
I
A
 
T
Q
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
P
A
 
A
A
 
E
R
 
L
A
 
Y
Q
 
H
H
 
Y
V
 
G
V
 
I
Y
 
V
M
 
R
P
 
T
Q
 
F
S
 
Q
L
 
T
P
 
P
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
-
 
K
H
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
S
 
N
V
 
L
L
 
L
V
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
A
 
S
Q
 
L
A
 
F
L
 
Y
Q
 
K
R
 
K
T
 
W
R
 
I
P
 
P
D
 
K
T
 
E
Q
 
E
E
 
E
L
 
M
-
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
A
Q
 
F
A
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
E
H
 
F
L
 
L
G
 
K
I
 
L
G
 
S
H
 
H
L
 
L
A
 
Y
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
A
D
 
G
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
R
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
L
 
I
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
A
L
 
P
N
 
G
Y
 
-
Q
 
-
Y
 
-
L
 
L
V
 
A
M
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
F
R
 
N
Q
 
H
-
 
V
-
 
L
E
 
E
T
 
L
R
 
K
L
 
A
H
 
K
G
 
G
L
 
I
V
 
T
T
 
F
L
 
L
V
 
I
V
 
I
L
 
E
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
D
T
 
I
A
 
V
F
 
L
R
 
N
H
 
Y
V
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
L
 
Y
L
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
L
 
I
L
 
I
C
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
E
I
 
I

4fi3C Structure of vitamin b12 transporter btucd-f in a nucleotide-bound state (see paper)
35% identity, 82% coverage: 28:243/263 of query aligns to 21:234/248 of 4fi3C

query
sites
4fi3C
E
 
E
L
 
V
T
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
H
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
T
 
R
L
 
M
G
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
T
R
 
S
A
 
G
Q
 
K
A
 
-
G
 
G
S
 
S
V
 
I
R
 
Q
L
 
F
G
 
A
P
 
G
T
 
Q
E
 
P
L
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
W
D
 
S
A
 
A
A
 
T
A
 
K
R
 
L
A
 
A
Q
 
L
H
 
H
V
 
R
V
 
A
Y
 
Y
M
 
L
P
 
S
Q
|
Q
S
 
Q
L
 
Q
P
 
T
R
 
P
P
 
P
V
 
F
H
 
A
L
 
T
S
 
P
V
 
V
F
 
W
E
 
H
S
 
Y
V
 
L
L
 
T
V
 
L
A
 
H
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
Q
R
 
H
T
 
D
R
 
K
P
 
T
D
 
R
T
 
T
Q
 
E
E
 
L
L
 
L
E
 
N
R
 
D
V
 
V
Q
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
D
Q
 
D
H
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
R
|
R
H
 
S
L
 
T
D
 
N
E
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
x
E
R
 
W
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
V
L
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
R
 
N
P
 
P
-
 
A
-
 
G
R
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
L
 
M
S
 
C
A
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
N
 
A
Y
 
Q
Q
 
Q
Y
 
S
L
 
-
V
 
A
M
 
L
D
 
D
L
 
K
L
 
I
R
 
L
Q
 
S
E
 
A
T
 
L
R
 
S
L
 
Q
H
 
Q
G
 
G
L
 
L
V
 
A
T
 
I
L
 
V
V
 
M
V
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
T
 
H
A
 
T
F
 
L
R
 
R
H
 
H
V
 
A
D
 
H
R
 
R
A
 
A
L
 
W
L
 
L
L
 
L
H
 
K
Q
 
G
G
 
G
R
 
K
L
 
M
L
 
L
C
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
R
A
 
R
R
 
E
E
 
E
V
 
V
I
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
P
T
 
N
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
D
 
N
G
 
F
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1l7vC Bacterial abc transporter involved in b12 uptake (see paper)
35% identity, 81% coverage: 28:240/263 of query aligns to 21:231/231 of 1l7vC

query
sites
1l7vC
E
 
E
L
 
V
T
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
H
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
T
 
R
L
 
M
G
 
A
G
 
G
L
 
M
T
 
T
R
 
S
A
 
G
Q
 
K
A
 
-
G
 
G
S
 
S
V
 
I
R
 
Q
L
 
F
G
 
A
P
 
G
T
 
Q
E
 
P
L
 
L
A
 
E
Q
 
A
A
 
W
D
 
S
A
 
A
A
 
T
A
 
K
R
 
L
A
 
A
Q
 
L
H
 
H
V
 
R
V
 
A
Y
 
Y
M
 
L
P
 
S
Q
 
Q
S
 
Q
L
 
Q
P
 
T
R
 
P
P
 
P
V
 
F
H
 
A
L
 
T
S
 
P
V
 
V
F
 
W
E
 
H
S
 
Y
V
 
L
L
 
T
V
 
L
A
 
H
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
Q
R
 
H
T
 
D
R
 
K
P
 
T
D
 
R
T
 
T
Q
 
E
E
 
L
L
 
L
E
 
N
R
 
D
V
 
V
Q
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
D
Q
 
D
H
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
R
 
R
H
 
S
L
 
T
D
 
N
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
W
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
V
L
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
R
 
N
P
 
P
-
 
A
-
 
G
R
 
Q
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
M
S
 
N
A
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
N
 
A
Y
 
Q
Q
 
Q
Y
 
S
L
 
-
V
 
A
M
 
L
D
 
D
L
 
K
L
 
I
R
 
L
Q
 
S
E
 
A
T
 
L
R
 
C
L
 
Q
H
 
Q
G
 
G
L
 
L
V
 
A
T
 
I
L
 
V
V
 
M
V
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
T
 
H
A
 
T
F
 
L
R
 
R
H
 
H
V
 
A
D
 
H
R
 
R
A
 
A
L
 
W
L
 
L
L
 
L
H
 
K
Q
 
G
G
 
G
R
 
K
L
 
M
L
 
L
C
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
R
A
 
R
R
 
E
E
 
E
V
 
V
I
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
P
T
 
N
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
30% identity, 81% coverage: 15:228/263 of query aligns to 16:216/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
Y
x
F
G
 
G
R
 
N
H
x
F
S
 
T
V
 
A
I
 
V
Q
 
N
G
 
K
L
 
L
D
 
N
L
 
L
P
 
-
E
 
T
L
 
I
T
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
F
T
 
L
A
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
R
T
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
R
 
E
A
 
P
Q
 
T
A
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
I
R
 
Y
L
 
F
G
 
G
P
 
D
T
 
R
E
 
D
L
 
V
A
 
T
Q
 
Y
A
 
L
D
 
P
A
 
P
A
 
K
A
 
D
R
 
R
A
 
N
Q
 
I
H
 
S
V
 
M
V
 
V
Y
 
F
M
 
Q
P
 
-
Q
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
S
 
N
V
 
I
L
 
A
V
 
F
A
 
P
A
 
L
Q
 
K
A
 
K
L
 
F
Q
 
P
R
 
K
T
 
D
R
 
E
P
 
I
D
 
D
T
 
-
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
K
R
 
R
V
 
V
Q
 
R
A
 
W
L
 
A
L
 
A
Q
 
E
H
 
L
L
 
L
G
 
Q
I
 
I
G
 
E
H
 
E
L
 
L
A
 
L
Q
 
N
R
 
R
H
 
Y
L
 
P
D
 
A
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
R
 
V
R
 
E
P
 
P
R
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
N
 
K
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
V
L
 
A
V
 
M
M
 
R
D
 
A
L
 
E
L
 
I
R
 
K
Q
 
K
E
 
L
T
 
Q
R
 
Q
L
 
K
H
 
L
G
 
K
L
 
V
V
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
T
 
E
A
 
A
F
 
M
R
 
T
H
 
M
V
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
L
 
A
L
 
V
L
 
M
H
 
N
Q
 
R
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
C
 
Q
A
 
I
G
 
G
A
 
S
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
V

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 4:228/263 of query aligns to 2:221/369 of P19566

query
sites
P19566
A
 
A
S
 
S
L
 
V
C
 
Q
V
 
L
A
 
R
G
 
N
L
 
V
K
 
T
V
 
K
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
R
 
D
H
 
V
S
 
V
V
 
V
I
 
S
Q
 
K
G
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
P
 
-
E
 
D
L
 
I
T
 
H
A
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
F
T
 
V
A
 
V
L
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
L
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
L
R
 
F
L
 
I
G
 
G
P
 
E
T
 
T
E
 
R
L
 
M
A
 
N
Q
 
D
A
 
I
D
 
P
A
 
P
A
 
A
A
 
E
R
 
R
A
 
G
Q
 
V
H
 
G
V
 
M
V
 
V
Y
 
F
M
 
-
P
 
-
Q
 
Q
S
 
S
L
 
Y
P
 
A
R
x
L
P
 
Y
V
 
P
H
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
S
 
N
V
 
M
L
 
S
V
 
F
A
 
G
A
 
L
Q
 
K
A
 
-
L
 
L
Q
 
A
R
 
G
T
 
A
R
 
K
P
 
K
D
 
E
T
 
V
Q
 
M
E
 
N
L
 
-
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Q
 
N
A
 
Q
L
 
V
L
 
A
Q
 
E
H
 
V
L
 
L
G
 
Q
I
 
L
G
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
Q
 
E
R
 
R
H
 
K
L
 
P
D
 
K
E
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
R
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
L
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
|
D
L
 
A
N
 
A
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
V
-
 
Q
L
 
M
V
 
R
M
 
I
D
 
E
L
 
I
L
 
S
R
 
R
Q
 
L
E
 
H
T
 
K
R
 
R
L
 
L
H
 
-
G
 
G
L
 
R
V
 
T
T
 
M
L
 
I
V
 
Y
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
T
 
E
A
 
A
F
 
M
R
 
T
H
 
L
V
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
L
 
V
L
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
A
C
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
P
R
 
L
E
 
E
V
 
L

Sites not aligning to the query:

3fvqB Crystal structure of the nucleotide binding domain fbpc complexed with atp (see paper)
33% identity, 93% coverage: 3:246/263 of query aligns to 1:244/350 of 3fvqB

query
sites
3fvqB
T
 
T
A
 
A
S
 
A
L
 
L
C
 
H
V
 
I
A
 
G
G
 
H
L
 
L
K
 
S
V
 
K
A
 
S
Y
x
F
G
x
Q
R
 
N
H
x
T
S
 
P
V
|
V
I
 
L
Q
 
N
G
 
D
L
 
I
D
 
S
L
 
L
P
 
-
E
 
S
L
 
L
T
 
D
A
 
P
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
L
A
 
F
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
C
L
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
E
R
 
Q
A
 
P
Q
 
D
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
R
 
S
L
 
L
-
 
S
G
 
G
P
 
K
T
 
T
E
 
I
L
 
F
A
 
S
Q
 
K
-
 
N
A
 
T
D
 
N
A
 
L
A
 
P
A
 
V
R
 
R
A
 
E
Q
 
R
H
 
R
V
 
L
V
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
V
Q
|
Q
S
 
E
L
 
G
P
 
V
R
 
L
P
 
F
V
 
P
H
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
R
S
 
N
V
 
I
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
Q
 
Y
A
 
G
L
 
L
Q
 
G
R
 
N
T
 
G
R
 
K
P
 
G
D
 
R
T
 
T
-
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
R
E
 
Q
R
 
R
V
 
I
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
L
Q
 
E
H
 
L
L
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
S
H
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
G
R
|
R
H
 
Y
L
 
P
D
 
H
E
|
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
P
R
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
L
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
E
N
 
Q
Y
 
L
Q
 
R
Y
 
R
L
 
Q
V
 
I
M
 
R
D
 
E
L
 
D
L
 
M
R
 
I
Q
 
A
E
 
A
T
 
L
R
 
R
L
 
A
H
 
N
G
 
G
L
 
K
V
 
S
T
 
A
L
 
V
V
 
F
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
R
N
 
E
T
 
E
A
 
A
F
 
L
R
 
Q
H
 
Y
V
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
I
L
 
A
L
 
V
L
 
M
H
 
K
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
L
 
I
L
 
L
C
 
Q
A
 
T
G
 
A
A
 
S
A
 
P
R
 
H
E
 
E
V
 
L
I
 
Y
-
 
R
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
T
 
D
L
 
L
A
 
D
Q
 
A
A
 
A
Y
 
L
G
 
F
V
 
I
D
 
G
G
 
E
R
 
G
I
 
I
E
 
V
F
 
F

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 89% coverage: 20:253/263 of query aligns to 23:256/648 of P75831

query
sites
P75831
V
 
V
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
I
D
 
S
L
 
L
P
 
-
E
 
D
L
 
I
T
 
Y
A
 
A
G
 
G
S
 
E
V
 
M
T
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
R
 
N
T
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
C
L
 
L
T
 
D
R
 
K
A
 
A
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
T
V
 
Y
R
 
R
L
 
V
G
 
A
P
 
G
T
 
Q
E
 
D
L
 
V
A
 
A
Q
 
T
A
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
D
A
 
A
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
R
-
 
E
H
 
H
V
 
F
V
 
G
Y
 
F
M
 
I
P
 
F
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Y
P
 
H
R
 
L
P
 
L
V
 
S
H
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
E
E
 
Q
S
 
N
V
 
V
L
 
E
V
 
V
A
 
P
A
 
A
-
 
V
-
 
Y
Q
 
A
A
 
G
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
T
 
K
R
 
-
P
 
-
D
 
-
T
 
-
Q
 
Q
E
 
R
L
 
L
E
 
L
R
 
R
V
 
A
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
H
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
E
H
 
D
L
 
R
A
 
T
Q
 
E
R
 
Y
H
 
Y
L
 
P
D
 
A
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
R
 
N
R
 
G
P
 
G
R
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
L
L
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
S
N
 
H
Y
 
S
Q
 
G
Y
 
E
L
 
E
V
 
V
M
 
M
D
 
A
L
 
I
L
 
L
R
 
H
Q
 
Q
E
 
-
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
R
G
 
G
L
 
H
V
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
I
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
Q
T
 
V
A
 
A
F
 
-
R
 
A
H
 
Q
V
 
A
D
 
E
R
 
R
A
 
V
L
 
I
L
 
E
L
 
I
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
I
L
 
V
C
 
R
A
 
N
G
 
P
A
 
P
A
 
A
R
 
I
E
 
E
V
 
K
-
 
V
-
 
N
I
 
V
T
 
T
P
 
G
A
 
G
T
 
T
L
 
E
A
 
P
Q
 
V
A
 
V
Y
 
N
G
 
T
V
 
V
D
 
S
G
 
G
R
 
W
I
 
R
E
 
Q
F
 
F
C
 
V
S
 
S
Q
 
-
G
 
G
Y
 
F
G
 
N
Q
 
E

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
R
 
G
H
 
R
S
 
R
V
 
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
 
L
A
 
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
S
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
I
P
 
F
V
x
R
H
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
x
M
L
x
G
D
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
H
x
R
S
 
R
V
 
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
 
L
A
 
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
S
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
I
P
 
F
V
 
R
H
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
 
M
L
 
G
D
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
H
 
R
S
 
R
V
 
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
 
L
A
 
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
S
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
I
P
 
F
V
 
R
H
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
 
M
L
 
G
D
 
Q
E
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
x
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
H
x
R
S
 
R
V
|
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
 
L
A
 
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
S
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
I
P
x
F
V
x
R
H
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
 
M
L
 
G
D
 
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
H
x
R
S
 
R
V
|
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
x
L
A
x
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
|
P
Q
|
Q
S
 
E
L
x
A
P
x
S
R
 
I
P
x
F
V
x
R
H
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
x
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
 
M
L
 
G
D
x
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
x
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
28% identity, 89% coverage: 4:238/263 of query aligns to 1:233/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
A
 
A
S
 
T
L
 
L
C
 
T
V
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
A
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
H
x
R
S
 
R
V
|
V
I
 
V
Q
 
E
G
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
T
E
 
-
L
 
V
T
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
G
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
R
 
P
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
G
 
D
P
 
D
T
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
A
 
L
D
 
P
A
 
L
A
 
H
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
V
 
G
V
 
I
-
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
S
 
E
L
 
A
P
 
S
R
 
I
P
 
F
V
 
R
H
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
S
 
N
V
 
L
L
 
M
V
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
A
 
I
L
 
R
Q
 
D
R
 
D
T
 
L
R
 
S
P
 
A
D
 
E
T
 
Q
Q
 
R
E
 
E
L
 
-
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
M
Q
 
E
H
 
E
L
 
F
G
 
H
I
 
I
G
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
R
Q
 
D
R
 
S
H
 
M
L
 
G
D
 
Q
E
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
A
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
-
N
 
-
Y
 
-
Q
 
P
Y
 
I
L
 
S
V
 
V
M
 
I
D
 
D
L
 
I
L
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
I
Q
 
E
E
 
H
T
 
L
R
 
R
L
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
V
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
T
 
E
A
 
T
F
 
L
R
 
A
H
 
V
V
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
L
 
I
C
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
I
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
36% identity, 71% coverage: 32:219/263 of query aligns to 32:220/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
G
 
G
S
 
E
V
 
M
T
 
M
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
H
T
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
D
R
 
T
A
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
S
 
D
V
 
V
R
 
I
L
 
F
G
 
N
P
 
G
T
 
Q
E
 
P
L
 
M
A
 
S
Q
 
K
A
 
L
D
 
S
A
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
A
Q
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
H
 
G
V
 
F
V
 
I
Y
 
Y
M
 
Q
P
 
F
Q
 
H
S
 
H
L
 
L
P
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
L
 
L
S
 
P
V
 
D
F
 
F
E
 
T
S
 
A
V
 
L
L
 
E
V
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
M
A
 
P
L
 
L
Q
 
L
R
 
I
T
 
G
R
 
K
P
 
K
D
 
K
T
 
P
Q
 
A
E
 
E
L
 
I
E
 
N
-
 
S
R
 
R
V
 
A
Q
 
L
A
 
E
L
 
M
L
 
L
Q
 
K
H
 
A
L
 
V
G
 
G
I
 
L
G
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
Q
 
N
R
 
H
H
 
R
L
 
P
D
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
R
A
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
R
V
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
L
 
T
S
 
G
A
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
N
 
R
Y
 
N
Q
 
A
Y
 
D
L
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
G
Q
 
E
E
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
L
H
 
Q
G
 
G
L
 
T
V
 
A
T
 
F
L
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
T
 
L
A
 
A
F
 
K
R
 
R
H
 
-
V
 
M
D
 
S
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
L
 
E
L
 
M
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
L

Query Sequence

>HSERO_RS21910 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS21910
MNTASLCVAGLKVAYGRHSVIQGLDLPELTAGSVTALLGPNGSGKSTLLRTLGGLTRAQA
GSVRLGPTELAQADAAARAQHVVYMPQSLPRPVHLSVFESVLVAAQALQRTRPDTQELER
VQALLQHLGIGHLAQRHLDELSGGQRQLAALAQALVRRPRVLLLDEPLSALDLNYQYLVM
DLLRQETRLHGLVTLVVLHDLNTAFRHVDRALLLHQGRLLCAGAAREVITPATLAQAYGV
DGRIEFCSQGYGQVQIDGLLSVE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory