SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing N515DRAFT_0356 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_0356 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3dufA Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
37% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 41:358/365 of 3dufA

query
sites
3dufA
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
x
Q
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
G
 
E
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
 
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
|
T
-
 
M
T
 
S
A
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
P
R
 
T
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
G
 
S
E
 
-
Q
 
K
E
 
E
V
 
L
K
 
E
D
 
N
A
 
E
W
 
W
A
 
A
-
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

1w85A The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1 bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
36% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 41:352/358 of 1w85A

query
sites
1w85A
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
x
Q
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
G
 
E
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
 
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
|
T
T
 
M
A
 
S
D
 
G
D
 
D
A
 
S
R
 
K
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
E
V
 
L
K
 
E
D
 
N
A
 
E
W
 
W
A
 
A
-
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

3dv0C Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
35% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 41:344/351 of 3dv0C

query
sites
3dv0C
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
x
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
 
Q
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
G
 
E
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
 
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
|
T
T
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
E
D
 
N
A
 
E
W
 
W
A
 
A
-
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

3dv0A Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
35% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 41:343/349 of 3dv0A

query
sites
3dv0A
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
x
Q
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
G
 
E
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
 
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
 
-
T
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
E
D
 
N
A
 
E
W
 
W
A
 
A
-
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

3dv0E Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
34% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 41:338/344 of 3dv0E

query
sites
3dv0E
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
 
Q
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
G
 
E
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
x
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
Y
S
 
E
D
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
W
 
W
A
 
A
-
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

1w88A The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1(d180n,e183q) bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
34% identity, 88% coverage: 34:352/361 of query aligns to 40:334/340 of 1w88A

query
sites
1w88A
D
 
E
H
 
Q
M
 
L
V
 
K
E
 
E
L
 
L
Y
 
M
K
 
R
L
 
R
M
 
M
M
 
V
S
 
Y
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
Q
K
 
R
S
 
S
V
 
I
A
x
S
L
 
L
Q
 
N
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
F
Y
 
Y
A
 
A
S
 
P
C
 
T
L
 
A
G
 
G
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
S
H
 
Q
V
 
I
G
 
A
I
 
S
G
 
H
S
 
F
A
 
A
M
 
L
K
 
E
P
 
K
E
 
E
D
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
L
P
 
P
S
 
G
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
V
G
 
P
A
 
Q
Q
 
I
L
 
I
Y
 
W
R
 
H
G
 
G
V
 
L
Q
 
P
P
 
L
R
 
Y
E
 
Q
V
 
A
Y
 
F
M
 
L
Y
 
F
W
 
S
G
 
R
G
 
G
D
 
H
E
 
F
R
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
I
E
 
P
P
 
E
A
 
G
R
 
V
H
 
N
D
 
V
F
 
L
A
 
P
W
 
P
S
 
Q
V
x
I
P
x
I
I
|
I
A
 
G
T
 
A
Q
 
Q
C
 
Y
L
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
F
 
L
K
 
K
I
 
M
R
 
R
N
 
G
E
 
K
K
 
K
R
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
C
 
T
T
 
Y
I
 
T
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
|
G
S
 
T
S
 
S
K
x
Q
G
 
G
D
 
N
F
 
F
Y
 
Y
G
 
Q
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
I
A
 
F
V
 
V
I
 
V
V
 
Q
N
 
N
N
|
N
Q
 
R
W
x
F
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
V
K
 
E
I
 
K
Q
 
Q
S
 
T
G
 
V
A
 
A
P
 
K
T
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
G
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
D
 
A
A
 
A
L
 
R
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
I
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
T
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
T
V
 
L
T
 
C
Y
 
F
R
|
R
L
 
-
S
 
-
D
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
W
 
Y
A
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
L
K
 
V
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
K
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
E
E
 
N
A
 
N
W
 
V
K
 
I
A
 
E
E
 
Q
C
 
A
D
 
K
E
 
E
W
 
E
M
 
I
D
 
K
N
 
E
E
 
A
V
 
I
N
 
K
A
 
K
Y
 
A
L
 
D
E
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
K
Q
 
Q
P
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
D
M
 
L
F
 
I
D
 
S
Y
 
I
T
 
M
F
 
F
A
 
E
E
 
E
V
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
L
A
 
K
K
 
E
Q
 
Q
R
 
Y
D
 
E
L
 
I

Q5SLR4 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component alpha chain; BCKDH E1-alpha; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:352/361 of query aligns to 11:362/367 of Q5SLR4

query
sites
Q5SLR4
F
 
F
E
 
T
I
 
E
E
 
E
Y
 
P
L
 
I
Q
 
R
Y
 
L
L
 
I
D
 
G
A
 
E
E
 
E
G
 
G
N
 
E
Q
 
W
V
 
L
R
 
G
D
 
D
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
P
K
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
-
 
G
-
 
E
H
 
K
M
 
L
V
 
R
E
 
R
L
 
L
Y
 
Y
K
 
R
L
 
D
M
 
M
M
 
L
S
 
A
T
 
A
R
 
R
V
 
M
F
 
L
D
 
D
A
 
E
K
 
R
S
 
Y
V
 
T
A
 
I
L
 
L
Q
 
I
R
 
R
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
T
G
 
S
T
x
F
Y
 
I
A
 
A
S
 
P
C
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
G
 
A
I
 
I
G
 
A
S
 
H
A
 
A
M
 
I
K
 
R
P
 
P
E
 
G
-
 
F
D
 
D
V
 
W
F
 
V
A
 
F
P
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
H
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
L
 
L
Y
 
A
R
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
P
P
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
L
Y
 
L
M
 
G
Y
 
Q
W
 
M
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
K
G
 
A
G
 
D
D
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
N
 
R
D
 
Q
Y
x
M
Q
x
P
K
x
E
E
x
H
P
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
K
A
 
A
R
 
L
H
 
N
D
 
F
F
 
F
A
 
T
W
 
V
S
 
A
V
x
S
P
|
P
I
|
I
A
 
A
T
 
S
Q
 
H
C
 
V
L
 
P
H
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
S
F
 
M
K
 
K
I
 
L
R
 
L
N
 
R
E
 
T
K
 
G
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
x
A
S
x
T
S
|
S
K
x
E
G
 
G
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
G
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
A
V
 
E
N
 
N
N
|
N
Q
x
F
W
x
Y
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
R
 
Y
K
 
R
I
 
H
Q
 
Q
S
 
T
G
 
H
A
 
S
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
H
A
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
Y
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
V
I
 
L
A
 
A
V
 
S
R
 
Y
K
 
Y
A
 
V
M
 
V
E
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
N
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
S
V
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
R
T
 
V
Y
 
Y
R
 
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
 
S
T
 
S
A
 
A
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
S
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
G
 
P
E
 
K
Q
 
E
E
 
E
V
 
V
K
 
A
D
 
F
A
 
W
W
 
R
A
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
I
K
 
P
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
R
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
R
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
N
D
 
E
A
 
E
K
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
D
W
 
V
K
 
R
A
 
E
E
 
E
C
 
I
D
 
R
E
 
A
W
 
E
M
 
L
D
 
E
N
 
R
E
 
G
V
 
L
N
 
K
A
 
E
Y
 
A
L
 
E
E
 
E
T
 
A
K
 
G
T
 
P
Q
 
V
P
 
P
V
 
P
T
 
E
A
 
W
M
 
M
F
 
F
D
 
E
Y
 
D
T
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
P
A
 
W
D
 
H
L
 
L
A
 
L
K
 
R
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
L
 
L

1umdA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:352/361 of query aligns to 6:357/362 of 1umdA

query
sites
1umdA
F
 
F
E
 
T
I
 
E
E
 
E
Y
 
P
L
 
I
Q
 
R
Y
 
L
L
 
I
D
 
G
A
 
E
E
 
E
G
 
G
N
 
E
Q
 
W
V
 
L
R
 
G
D
 
D
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
P
K
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
-
 
G
-
 
E
H
 
K
M
 
L
V
 
R
E
 
R
L
 
L
Y
 
Y
K
 
R
L
 
D
M
 
M
M
 
L
S
 
A
T
 
A
R
 
R
V
 
M
F
 
L
D
 
D
A
 
E
K
 
R
S
 
Y
V
 
T
A
x
I
L
 
L
Q
 
I
R
 
R
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
T
G
 
S
T
x
F
Y
 
I
A
 
A
S
 
P
C
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
G
 
A
I
 
I
G
 
A
S
 
H
A
 
A
M
 
I
K
 
R
P
 
P
E
 
G
-
 
F
D
 
D
V
 
W
F
 
V
A
 
F
P
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
H
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
L
 
L
Y
 
A
R
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
P
P
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
L
Y
 
L
M
 
G
Y
 
Q
W
 
M
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
K
G
 
A
G
 
D
D
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
N
 
R
D
 
Q
Y
 
M
Q
 
P
K
 
E
E
x
H
P
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
K
A
 
A
R
 
L
H
 
N
D
 
F
F
 
F
A
 
T
W
 
V
S
 
A
V
x
S
P
|
P
I
|
I
A
 
A
T
 
S
Q
 
H
C
 
V
L
 
P
H
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
S
F
 
M
K
 
K
I
 
L
R
 
L
N
 
R
E
 
T
K
 
G
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
x
A
S
 
T
S
 
S
K
x
E
G
 
G
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
G
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
A
V
 
E
N
 
N
N
|
N
Q
 
F
W
x
Y
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
R
 
Y
K
 
R
I
 
H
Q
 
Q
S
 
T
G
 
H
A
 
S
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
H
A
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
Y
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
V
I
 
L
A
 
A
V
 
S
R
 
Y
K
 
Y
A
 
V
M
 
V
E
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
N
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
S
V
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
R
T
 
V
Y
 
Y
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
x
S
T
 
S
A
 
A
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
S
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
G
 
P
E
 
K
Q
 
E
E
 
E
V
 
V
K
 
A
D
 
F
A
 
W
W
 
R
A
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
I
K
 
P
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
R
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
R
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
N
D
 
E
A
 
E
K
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
D
W
 
V
K
 
R
A
 
E
E
 
E
C
 
I
D
 
R
E
 
A
W
 
E
M
 
L
D
 
E
N
 
R
E
 
G
V
 
L
N
 
K
A
 
E
Y
 
A
L
 
E
E
 
E
T
 
A
K
 
G
T
 
P
Q
 
V
P
 
P
V
 
P
T
 
E
A
 
W
M
 
M
F
 
F
D
 
E
Y
 
D
T
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
P
A
 
W
D
 
H
L
 
L
A
 
L
K
 
R
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
L
 
L

1umcA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:352/361 of query aligns to 6:357/362 of 1umcA

query
sites
1umcA
F
 
F
E
 
T
I
 
E
E
 
E
Y
 
P
L
 
I
Q
 
R
Y
 
L
L
 
I
D
 
G
A
 
E
E
 
E
G
 
G
N
 
E
Q
 
W
V
 
L
R
 
G
D
 
D
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
P
K
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
-
 
G
-
 
E
H
 
K
M
 
L
V
 
R
E
 
R
L
 
L
Y
 
Y
K
 
R
L
 
D
M
 
M
M
 
L
S
 
A
T
 
A
R
 
R
V
 
M
F
 
L
D
 
D
A
 
E
K
 
R
S
 
Y
V
 
T
A
x
I
L
 
L
Q
 
I
R
 
R
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
T
G
 
S
T
x
F
Y
 
I
A
 
A
S
 
P
C
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
G
 
A
I
 
I
G
 
A
S
 
H
A
 
A
M
 
I
K
 
R
P
 
P
E
 
G
-
 
F
D
 
D
V
 
W
F
 
V
A
 
F
P
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
H
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
L
 
L
Y
 
A
R
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
P
P
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
L
Y
 
L
M
 
G
Y
 
Q
W
 
M
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
K
G
 
A
G
 
D
D
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
N
 
R
D
 
Q
Y
x
M
Q
 
P
K
 
E
E
x
H
P
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
K
A
 
A
R
 
L
H
 
N
D
 
F
F
 
F
A
 
T
W
 
V
S
 
A
V
x
S
P
|
P
I
|
I
A
 
A
T
 
S
Q
 
H
C
 
V
L
 
P
H
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
S
F
 
M
K
 
K
I
 
L
R
 
L
N
 
R
E
 
T
K
 
G
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
x
A
S
 
T
S
 
S
K
x
E
G
 
G
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
G
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
A
V
 
E
N
 
N
N
|
N
Q
 
F
W
x
Y
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
R
 
Y
K
 
R
I
 
H
Q
 
Q
S
 
T
G
 
H
A
 
S
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
H
A
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
Y
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
V
I
 
L
A
 
A
V
 
S
R
 
Y
K
 
Y
A
 
V
M
 
V
E
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
N
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
S
V
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
R
T
 
V
Y
 
Y
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
x
S
T
 
S
A
 
A
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
S
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
G
 
P
E
 
K
Q
 
E
E
 
E
V
 
V
K
 
A
D
 
F
A
 
W
W
 
R
A
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
I
K
 
P
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
R
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
R
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
N
D
 
E
A
 
E
K
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
D
W
 
V
K
 
R
A
 
E
E
 
E
C
 
I
D
 
R
E
 
A
W
 
E
M
 
L
D
 
E
N
 
R
E
 
G
V
 
L
N
 
K
A
 
E
Y
 
A
L
 
E
E
 
E
T
 
A
K
 
G
T
 
P
Q
 
V
P
 
P
V
 
P
T
 
E
A
 
W
M
 
M
F
 
F
D
 
E
Y
 
D
T
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
P
A
 
W
D
 
H
L
 
L
A
 
L
K
 
R
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
L
 
L

1umbA Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:352/361 of query aligns to 6:357/362 of 1umbA

query
sites
1umbA
F
 
F
E
 
T
I
 
E
E
 
E
Y
 
P
L
 
I
Q
 
R
Y
 
L
L
 
I
D
 
G
A
 
E
E
 
E
G
 
G
N
 
E
Q
 
W
V
 
L
R
 
G
D
 
D
D
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
P
K
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
-
 
G
-
 
E
H
 
K
M
 
L
V
 
R
E
 
R
L
 
L
Y
 
Y
K
 
R
L
 
D
M
 
M
M
 
L
S
 
A
T
 
A
R
 
R
V
 
M
F
 
L
D
 
D
A
 
E
K
 
R
S
 
Y
V
 
T
A
x
I
L
 
L
Q
 
I
R
 
R
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
T
G
 
S
T
 
F
Y
 
I
A
 
A
S
 
P
C
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
G
 
A
I
 
I
G
 
A
S
 
H
A
 
A
M
 
I
K
 
R
P
 
P
E
 
G
-
 
F
D
 
D
V
 
W
F
 
V
A
 
F
P
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
R
|
R
E
 
D
Y
 
H
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
L
 
L
Y
 
A
R
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
P
P
 
L
R
 
K
E
 
E
V
 
L
Y
 
L
M
 
G
Y
 
Q
W
 
M
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
K
G
 
A
G
 
D
D
 
P
E
 
N
R
 
K
G
 
G
N
 
R
D
 
Q
Y
 
M
Q
 
P
K
 
E
E
 
H
P
 
P
-
 
G
-
 
S
-
 
K
A
 
A
R
 
L
H
 
N
D
 
F
F
 
F
A
 
T
W
 
V
S
 
A
V
x
S
P
|
P
I
|
I
A
 
A
T
 
S
Q
 
H
C
 
V
L
 
P
H
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
S
F
 
M
K
 
K
I
 
L
R
 
L
N
 
R
E
 
T
K
 
G
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
C
T
 
T
I
 
F
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
x
A
S
 
T
S
 
S
K
x
E
G
 
G
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
G
 
A
A
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
N
 
G
L
 
A
P
 
P
M
 
A
V
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
A
V
 
E
N
 
N
N
|
N
Q
 
F
W
x
Y
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
V
P
 
D
R
 
Y
K
 
R
I
 
H
Q
 
Q
S
 
T
G
 
H
A
 
S
P
 
P
T
 
T
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
H
A
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
I
F
 
P
S
 
G
I
 
Y
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
M
D
 
D
I
 
V
I
 
L
A
 
A
V
 
S
R
 
Y
K
 
Y
A
 
V
M
 
V
E
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
N
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
G
 
P
S
 
S
V
 
L
L
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
R
T
 
V
Y
 
Y
R
|
R
L
 
Y
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
x
S
T
 
S
A
 
A
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
S
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
G
 
P
E
 
K
Q
 
E
E
 
E
V
 
V
K
 
A
D
 
F
A
 
W
W
 
R
A
 
K
K
 
K
E
 
D
P
 
P
M
 
I
K
 
P
R
 
R
L
 
F
R
 
R
A
 
R
W
 
F
L
 
L
V
 
E
A
 
A
K
 
R
N
 
G
V
 
L
W
 
W
D
 
N
D
 
E
A
 
E
K
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
D
W
 
V
K
 
R
A
 
E
E
 
E
C
 
I
D
 
R
E
 
A
W
 
E
M
 
L
D
 
E
N
 
R
E
 
G
V
 
L
N
 
K
A
 
E
Y
 
A
L
 
E
E
 
E
T
 
A
K
 
G
T
 
P
Q
 
V
P
 
P
V
 
P
T
 
E
A
 
W
M
 
M
F
 
F
D
 
E
Y
 
D
T
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
P
A
 
W
D
 
H
L
 
L
A
 
L
K
 
R
Q
 
Q
R
 
E
D
 
A
L
 
L

P12694 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha, mitochondrial; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component alpha chain; BCKDE1A; BCKDH E1-alpha; EC 1.2.4.4 from Homo sapiens (Human) (see 7 papers)
33% identity, 88% coverage: 34:351/361 of query aligns to 100:425/445 of P12694

query
sites
P12694
D
 
E
H
 
K
M
 
V
V
 
L
E
 
K
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
L
 
S
M
 
M
M
 
T
S
 
L
T
 
L
R
 
N
V
 
T
F
 
M
D
 
D
A
 
R
K
 
I
S
 
L
V
 
Y
A
 
E
L
 
S
Q
 
Q
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
I
G
 
S
T
 
F
Y
 
Y
A
 
M
S
 
T
C
 
N
L
 
Y
G
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
G
A
 
T
H
 
H
V
 
V
G
 
G
I
 
S
G
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
D
P
 
N
E
 
T
D
 
D
V
 
L
F
 
V
A
 
F
P
 
G
S
x
Q
Y
|
Y
R
|
R
E
 
E
Y
 
A
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
L
 
M
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
V
 
Y
Q
 
-
P
 
P
R
 
L
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
M
 
M
-
 
A
-
 
Q
-
 
C
Y
 
Y
W
 
G
G
 
N
G
 
I
D
 
S
E
 
D
R
 
L
G
 
G
N
 
K
D
 
G
Y
 
R
Q
 
Q
K
 
M
E
 
P
-
 
V
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
-
 
C
P
 
K
A
 
E
R
 
R
H
 
H
D
 
F
F
 
V
A
 
T
W
 
I
S
|
S
V
 
S
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
|
T
Q
|
Q
C
 
I
L
 
P
H
 
Q
A
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
F
 
A
K
 
K
I
 
R
R
 
A
N
 
N
E
 
A
K
 
N
R
 
R
V
 
V
A
 
V
V
 
I
C
 
C
T
 
Y
I
 
F
G
 
G
D
 
E
G
 
G
G
 
A
S
 
A
S
 
S
K
 
E
G
 
G
D
 
D
F
 
A
Y
 
H
G
 
A
A
 
G
I
 
F
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
T
Q
 
L
N
 
E
L
 
C
P
 
P
M
 
I
V
 
I
A
 
F
V
 
F
I
 
C
V
 
R
N
 
N
N
 
N
Q
 
G
W
 
Y
A
 
A
I
 
I
S
 
S
V
 
T
P
 
P
R
 
T
K
 
S
I
 
E
Q
 
Q
S
 
Y
G
 
R
A
 
G
P
 
D
T
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
A
K
 
R
G
 
G
I
 
P
A
 
G
A
 
Y
G
 
G
L
 
I
F
 
M
S
 
S
I
 
I
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
N
D
 
D
I
 
V
I
 
F
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
N
A
 
A
M
 
T
E
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
R
D
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
V
N
 
A
G
 
E
Q
 
N
G
 
Q
G
 
P
S
 
F
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
A
V
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
R
L
 
I
S
 
G
D
 
H
H
 
H
T
 
S
T
 
T
A
 
S
D
 
D
D
 
D
A
 
S
R
 
S
R
 
A
Y
 
Y
R
 
R
G
 
S
E
 
V
Q
 
D
E
 
E
V
 
V
K
 
-
D
 
N
A
 
Y
W
 
W
A
 
D
K
 
K
E
 
Q
-
 
D
-
 
H
P
 
P
M
 
I
K
 
S
R
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
H
W
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
S
K
 
Q
N
 
G
V
 
W
W
 
W
D
 
D
D
 
E
A
 
E
K
 
Q
E
 
E
E
 
K
A
 
A
W
 
W
K
 
R
A
 
K
E
 
Q
C
 
S
-
 
R
D
 
R
E
 
K
W
 
V
M
 
M
D
 
E
N
 
A
E
 
F
V
 
E
N
 
Q
A
 
A
Y
 
E
L
 
R
E
 
K
T
 
P
K
 
K
T
 
P
Q
 
N
P
 
P
V
 
-
T
 
N
A
 
L
M
 
L
F
 
F
D
 
S
Y
 
D
T
 
V
F
 
Y
A
 
Q
E
 
E
V
 
M
P
 
P
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
A
 
R
K
 
K
Q
 
Q
R
 
Q
D
 
E

Sites not aligning to the query:

1qs0A Crystal structure of pseudomonas putida 2-oxoisovalerate dehydrogenase (branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase, e1b) (see paper)
31% identity, 96% coverage: 5:350/361 of query aligns to 47:404/407 of 1qs0A

query
sites
1qs0A
A
 
A
K
 
D
F
 
L
E
 
S
I
 
Y
E
 
S
Y
 
L
L
 
V
Q
 
R
Y
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
G
 
G
N
 
-
Q
 
-
V
 
-
R
 
-
D
 
D
D
 
A
L
 
Q
P
 
G
A
 
P
F
 
W
A
 
A
K
 
E
D
 
D
L
 
I
D
 
D
H
 
P
M
 
Q
V
 
I
-
 
L
-
 
R
E
 
Q
L
 
G
Y
 
M
K
 
R
L
 
A
M
 
M
M
 
L
S
 
K
T
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
S
K
 
R
S
 
M
V
 
V
A
x
V
L
 
A
Q
 
Q
R
 
R
T
 
Q
G
 
K
K
 
K
L
 
M
G
 
S
T
 
F
Y
 
Y
A
 
M
S
 
Q
C
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
I
H
 
G
V
 
S
G
 
G
I
 
Q
G
 
A
S
 
L
A
 
A
M
 
L
K
 
N
P
 
R
E
 
T
D
 
D
V
 
M
F
 
C
A
 
F
P
 
P
S
 
T
Y
|
Y
R
|
R
E
 
Q
Y
 
Q
G
 
S
A
 
I
Q
 
L
L
 
M
Y
 
A
R
 
R
G
 
D
V
 
V
Q
 
S
P
 
L
R
 
V
E
 
E
V
 
M
Y
 
I
M
 
C
Y
 
Q
W
 
L
G
 
L
G
 
S
D
 
N
E
 
E
R
 
R
G
 
D
N
 
P
D
 
L
Y
 
K
Q
 
G
K
 
R
E
 
Q
-
 
L
P
 
P
A
 
I
R
 
M
H
 
Y
D
 
S
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
F
F
 
F
A
 
T
W
 
I
S
 
S
V
x
G
P
 
N
I
x
L
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
C
 
F
L
 
V
H
 
Q
A
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
W
A
 
A
L
 
M
A
 
A
F
 
S
K
 
A
I
 
I
R
 
K
N
 
G
E
 
D
K
 
T
R
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
S
C
 
A
T
 
W
I
 
I
G
|
G
D
|
D
G
|
G
G
x
A
S
 
T
S
 
A
K
x
E
G
 
S
D
 
D
F
 
F
Y
 
H
G
 
T
A
 
A
I
 
L
N
 
T
I
 
F
T
 
A
G
 
H
A
 
V
Q
 
Y
N
 
R
L
 
A
P
 
P
M
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
N
N
|
N
Q
 
Q
W
|
W
A
|
A
I
|
I
S
 
S
V
 
T
P
 
F
R
 
Q
K
 
A
I
 
I
Q
 
A
S
 
G
G
 
G
-
 
E
A
 
S
P
 
T
T
 
T
L
 
F
A
 
A
Q
 
G
K
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
A
 
C
G
 
G
L
 
I
F
 
A
S
 
S
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
G
N
 
N
D
 
D
I
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
R
 
Y
K
 
A
A
 
A
M
 
S
E
 
R
D
 
W
A
 
A
L
 
A
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
N
 
R
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
G
 
P
S
 
S
V
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
W
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
R
|
R
L
 
A
S
 
G
D
 
P
H
|
H
T
x
S
T
 
T
A
 
S
D
 
D
D
 
D
A
 
P
R
 
S
R
 
K
Y
|
Y
R
 
R
G
 
P
E
 
A
Q
 
D
E
 
D
V
 
W
K
 
S
D
 
H
A
 
F
W
 
P
A
 
L
K
 
G
E
 
D
P
 
P
M
 
I
K
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
W
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
K
K
 
I
N
 
G
V
 
H
W
 
W
D
 
S
D
 
E
A
 
E
K
 
E
E
 
H
E
 
Q
A
 
A
W
 
T
K
 
T
A
 
A
E
 
E
C
 
F
D
 
E
E
 
A
W
 
A
M
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
K
D
 
E
N
 
A
E
 
E
V
 
Q
N
 
Y
A
 
G
Y
 
T
L
 
L
E
 
A
T
 
N
K
 
G
T
 
H
Q
 
I
P
 
P
V
 
S
T
 
A
A
 
A
-
 
S
M
 
M
F
 
F
D
 
E
Y
 
D
T
 
V
F
 
Y
A
 
K
E
 
E
V
 
M
P
 
P
A
 
D
D
 
H
L
 
L
A
 
R
K
 
R
Q
 
Q
R
 
R

2bewA Reactivity modulation of human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase by an internal molecular switch (see paper)
32% identity, 88% coverage: 34:351/361 of query aligns to 50:370/390 of 2bewA

query
sites
2bewA
D
 
E
H
 
K
M
 
V
V
 
L
E
 
K
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
L
 
S
M
 
M
M
 
T
S
 
L
T
 
L
R
 
N
V
 
T
F
 
M
D
 
D
A
 
R
K
 
I
S
 
L
V
 
Y
A
x
E
L
 
S
Q
 
Q
R
 
R
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
L
 
I
G
 
S
T
x
F
Y
 
Y
A
x
M
S
 
T
C
 
N
L
 
Y
G
 
G
H
 
E
E
 
E
A
 
G
A
 
T
H
 
H
V
 
V
G
 
G
I
 
S
G
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
D
P
 
N
E
 
T
D
 
D
V
 
L
F
 
V
A
 
F
P
 
G
S
x
Q
Y
|
Y
R
|
R
E
 
E
Y
 
A
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
L
 
M
Y
 
Y
R
 
R
G
 
D
V
 
Y
Q
 
-
P
 
P
R
 
L
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
M
 
M
-
 
A
-
 
Q
-
 
C
Y
 
Y
W
 
G
G
 
N
G
 
I
D
 
S
E
 
D
R
 
L
G
 
G
N
 
K
D
 
G
Y
 
R
Q
 
Q
K
 
M
E
 
P
-
 
V
-
x
H
-
 
Y
-
 
G
-
 
C
P
 
K
A
 
E
R
 
R
H
 
H
D
 
F
F
 
V
A
 
T
W
 
I
S
 
S
V
x
S
P
|
P
I
x
L
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
C
 
I
L
 
P
H
 
Q
A
 
A
A
 
V
G
 
G
S
 
A
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
F
 
A
K
 
K
I
 
R
R
 
A
N
 
N
E
 
A
K
 
N
R
 
R
V
 
V
A
 
V
V
 
I
C
 
C
T
 
Y
I
 
F
G
|
G
D
x
E
G
|
G
G
x
A
S
 
A
S
 
S
K
x
E
G
 
G
D
 
D
F
 
A
Y
 
H
G
 
A
A
 
G
I
 
F
N
 
N
I
 
F
T
 
A
G
 
A
A
 
T
Q
 
L
N
 
E
L
 
C
P
 
P
M
 
I
V
 
I
A
 
F
V
 
F
I
 
C
V
x
R
N
 
N
N
|
N
Q
 
G
W
x
Y