SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing N515DRAFT_0916 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_0916 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3in1A Crystal structure of a putative ribokinase in complex with adp from e.Coli
30% identity, 92% coverage: 9:296/312 of query aligns to 4:296/312 of 3in1A

query
sites
3in1A
V
 
V
L
 
I
V
 
C
V
 
I
G
 
G
E
 
A
V
 
A
N
 
I
V
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
P
L
 
L
K
 
Q
G
 
P
L
 
V
H
 
S
A
 
K
E
 
N
P
 
I
A
 
F
P
 
D
G
 
V
Q
 
D
E
 
S
V
 
Y
L
 
P
A
 
L
D
 
E
D
 
R
F
 
I
L
 
A
M
 
M
T
 
T
P
 
T
G
 
G
S
 
G
S
 
D
S
 
A
M
 
I
I
 
N
C
 
E
A
 
A
M
 
T
G
 
I
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
H
A
 
R
V
 
T
A
 
A
F
 
L
H
 
M
G
 
S
R
 
R
L
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
D
A
 
A
W
 
A
G
 
G
S
 
Q
Y
 
F
C
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
H
L
 
C
R
 
R
D
 
K
A
 
E
G
 
N
I
 
I
D
 
D
V
 
I
A
 
Q
S
 
S
L
 
L
Q
 
K
P
 
Q
E
 
D
A
 
V
A
 
S
L
 
I
R
 
D
T
 
T
G
 
S
I
 
I
T
 
N
V
 
V
S
 
G
L
 
L
S
 
V
T
 
T
P
 
E
R
 
D
-
 
G
D
 
E
R
|
R
S
 
T
L
 
F
V
 
V
T
 
T
F
 
N
-
 
R
S
 
N
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
W
A
 
K
L
 
L
R
 
N
A
 
I
E
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
D
D
 
F
A
 
A
L
 
R
L
 
F
A
 
S
G
 
Q
A
 
A
G
 
K
H
 
L
L
 
L
H
 
S
V
 
L
S
 
A
S
 
S
F
 
I
Y
 
F
L
 
N
Q
 
S
K
 
P
A
 
L
L
 
L
R
 
D
A
 
G
D
 
K
-
 
A
I
 
L
R
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
A
 
T
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
K
 
A
A
 
R
G
 
Q
L
 
M
T
 
I
L
 
I
S
 
C
L
 
A
D
 
D
P
 
M
G
 
I
F
 
K
D
 
P
P
 
R
E
 
L
Q
 
N
R
 
E
W
 
T
G
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
R
 
C
G
 
E
V
 
A
L
 
L
E
 
S
D
 
Y
V
 
V
D
 
D
V
 
Y
F
 
L
L
 
F
P
 
P
N
|
N
E
 
F
E
 
A
E
 
E
L
 
A
R
 
K
A
 
L
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
K
N
 
E
H
 
T
V
 
L
R
 
D
K
 
E
-
 
I
A
 
A
L
 
D
A
 
C
A
 
F
L
 
L
D
 
A
N
 
C
G
 
G
R
 
V
T
 
K
L
 
T
I
 
V
V
 
V
A
 
I
K
|
K
R
 
T
G
|
G
R
 
K
Q
 
D
G
|
G
C
 
C
A
 
F
V
 
I
L
 
K
H
 
R
D
 
G
G
 
D
K
 
M
L
 
T
L
 
M
V
 
K
A
 
V
P
 
P
A
|
A
L
 
V
A
 
A
-
 
G
V
 
I
E
 
T
A
 
A
V
 
I
D
 
D
S
x
T
T
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
N
F
 
F
D
 
A
A
 
S
G
 
G
F
 
F
L
 
I
H
 
A
A
 
A
W
 
L
L
 
L
R
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
N
L
 
L
R
 
R
D
 
E
C
 
C
L
 
A
R
 
R
W
 
F
G
 
A
N
|
N
A
 
A
C
 
T
G
x
A
S
 
A
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
L
G
 
S
I
 
V
G
 
G
G
 
A
T
 
T
T
 
T

5eynA Crystal structure of fructokinase from vibrio cholerae o395 in fructose, adp, beryllium trifluoride and calcium ion bound form
30% identity, 96% coverage: 8:308/312 of query aligns to 3:305/306 of 5eynA

query
sites
5eynA
R
 
R
V
 
V
L
 
W
V
 
L
V
 
T
G
 
G
E
x
D
V
 
A
N
 
V
V
 
V
D
|
D
L
 
L
V
 
I
L
 
P
K
 
D
G
 
G
L
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
A
 
Q
D
 
Q
D
 
H
F
 
Y
L
 
L
M
 
K
T
 
C
P
 
P
G
 
G
S
x
G
S
x
A
S
 
P
M
 
A
I
x
N
C
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
S
N
 
G
A
 
R
V
 
S
A
 
A
F
 
F
H
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
N
D
 
D
A
 
P
W
 
F
G
 
G
S
 
R
Y
 
F
C
 
M
L
 
Q
D
 
Q
A
 
T
L
 
L
R
 
T
D
 
D
A
 
E
G
 
Q
I
 
V
D
 
D
V
 
C
A
 
Q
S
 
H
L
 
L
Q
 
H
P
 
F
E
 
D
A
 
P
A
 
V
L
 
H
R
 
R
T
 
T
G
 
S
-
 
T
I
 
V
T
 
V
V
 
V
S
 
D
L
 
L
S
 
D
T
 
E
P
x
H
R
 
G
D
 
E
R
 
R
S
 
S
L
x
F
V
 
-
T
 
T
F
|
F
S
 
M
G
 
V
A
 
K
I
 
P
A
 
S
A
 
A
L
 
D
R
 
Q
A
 
F
E
 
L
D
 
Q
V
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
I
L
 
P
L
 
S
A
 
F
G
 
Q
A
 
K
G
 
G
H
 
E
-
 
W
L
 
L
H
 
H
V
 
V
S
 
C
S
 
S
F
 
I
Y
 
A
L
 
L
-
 
A
Q
 
N
K
 
Q
A
 
P
L
 
S
R
 
R
A
 
S
D
 
S
I
 
T
R
 
F
Q
 
A
L
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
Q
A
 
M
R
 
K
K
 
E
A
 
V
G
 
G
L
 
G
T
 
Y
L
 
V
S
 
S
L
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
L
-
x
R
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
W
-
 
S
D
 
E
P
 
P
E
 
Q
Q
 
E
R
 
L
W
 
Q
G
 
A
D
 
T
D
 
V
L
 
M
R
 
R
G
 
A
V
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
V
V
 
K
F
 
F
L
 
-
P
 
-
N
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
A
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
T
N
 
Q
H
 
S
V
 
I
R
 
E
K
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
-
 
A
D
 
D
N
 
F
G
 
Q
R
 
I
T
 
P
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
V
K
x
T
R
 
L
G
|
G
R
x
A
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
A
 
L
V
 
V
L
 
A
H
 
T
D
 
P
G
 
N
K
 
S
L
 
Q
L
 
Q
V
 
I
A
 
V
P
 
S
A
 
G
L
 
K
A
|
A
V
|
V
E
 
K
A
 
P
V
 
I
D
 
D
S
x
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
A
F
|
F
D
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
L
L
 
L
H
 
Y
A
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
D
W
 
W
L
 
H
R
 
N
G
 
Q
L
 
A
P
 
T
L
 
I
R
 
L
D
 
D
C
 
A
L
 
V
R
 
K
W
 
W
G
 
A
N
|
N
A
 
G
C
 
C
G
|
G
S
x
A
L
 
L
S
 
A
T
 
T
R
 
T
G
 
Q
I
 
K
G
 
G
G
 
A
T
 
M
T
 
T
R
 
A
Q
 
L
A
 
P
T
 
N
A
 
Q
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
Y
A
 
A
L
 
F
L
 
L

5yggA Crystal structure of fructokinase double-mutant (t261c-h108c) from vibrio cholerae o395 in fructose, adp and potassium ion bound form (see paper)
30% identity, 96% coverage: 8:308/312 of query aligns to 7:309/310 of 5yggA

query
sites
5yggA
R
 
R
V
 
V
L
 
W
V
 
L
V
 
T
G
 
G
E
x
D
V
 
A
N
 
V
V
 
V
D
|
D
L
 
L
V
 
I
L
 
P
K
 
D
G
 
G
L
 
Q
H
 
Q
A
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
H
F
 
Y
L
 
L
M
 
K
T
 
C
P
 
P
G
 
G
S
x
G
S
x
A
S
 
P
M
 
A
I
 
N
C
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
S
N
 
G
A
 
R
V
 
S
A
 
A
F
 
F
H
 
F
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
N
D
 
D
A
 
P
W
 
F
G
 
G
S
 
R
Y
 
F
C
 
M
L
 
Q
D
 
Q
A
 
T
L
 
L
R
 
T
D
 
D
A
 
E
G
 
Q
I
 
V
D
 
D
V
 
C
A
 
Q
S
 
H
L
 
L
Q
 
H
P
 
F
E
 
D
A
 
P
A
 
V
L
 
H
R
 
R
T
 
T
G
 
S
-
 
T
I
 
V
T
 
V
V
 
V
S
 
D
L
 
L
S
 
D
T
 
E
P
 
C
R
 
G
D
 
E
R
 
R
S
 
S
L
x
F
V
 
-
T
 
T
F
|
F
S
 
M
G
 
V
A
 
K
I
 
P
A
 
S
A
 
A
L
 
D
R
 
Q
A
 
F
E
 
L
D
 
Q
V
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
I
L
 
P
L
 
S
A
 
F
G
 
Q
A
 
K
G
 
G
H
 
E
-
 
W
L
 
L
H
 
H
V
 
V
S
 
C
S
 
S
F
 
I
Y
 
A
L
 
L
-
 
A
Q
 
N
K
 
Q
A
 
P
L
 
S
R
 
R
A
 
S
D
 
S
I
 
T
R
 
F
Q
 
A
L
 
A
F
 
I
A
 
A
R
 
Q
A
 
M
R
 
K
K
 
E
A
 
V
G
 
G
L
 
G
T
 
Y
L
 
V
S
 
S
L
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
L
-
x
R
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
W
-
 
S
D
 
E
P
 
P
E
 
Q
Q
 
E
R
 
L
W
 
Q
G
 
A
D
 
T
D
 
V
L
 
M
R
 
R
G
 
A
V
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
V
V
x
K
F
 
F
L
 
-
P
 
-
N
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
A
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
T
N
 
Q
H
 
S
V
 
I
R
 
E
K
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
-
 
A
D
 
D
N
 
F
G
 
Q
R
 
I
T
 
P
L
 
L
I
 
V
V
 
V
A
 
V
K
x
T
R
 
L
G
|
G
R
 
A
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
A
 
L
V
 
V
L
 
A
H
 
T
D
 
P
G
 
N
K
 
S
L
 
Q
L
 
Q
V
 
I
A
 
V
P
 
S
A
 
G
L
 
K
A
|
A
V
|
V
E
 
K
A
 
P
V
 
I
D
 
D
S
 
C
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
|
D
S
 
A
F
|
F
D
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
L
L
 
L
H
 
Y
A
 
R
-
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
D
W
 
W
L
 
H
R
 
N
G
 
Q
L
 
A
P
 
T
L
 
I
R
 
L
D
 
D
C
 
A
L
 
V
R
 
K
W
 
W
G
 
A
N
|
N
A
 
G
C
 
C
G
|
G
S
x
A
L
 
L
S
 
A
T
 
T
R
 
T
G
 
Q
I
 
K
G
 
G
G
 
A
T
 
M
T
 
T
R
 
A
Q
 
L
A
 
P
T
 
N
A
 
Q
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
Y
A
 
A
L
 
F
L
 
L

8cqxA Ribokinase from t.Sp mutant a92g
33% identity, 97% coverage: 9:310/312 of query aligns to 2:300/300 of 8cqxA

query
sites
8cqxA
V
 
I
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
S
V
 
L
N
 
N
V
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
K
 
R
G
 
-
L
 
V
H
 
K
A
 
R
E
 
L
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
E
E
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
G
D
 
E
D
 
D
F
 
Y
L
 
Q
M
 
T
T
 
H
P
 
P
G
 
G
S
 
G
S
 
K
S
 
G
M
 
A
I
 
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
G
A
 
K
V
 
V
A
 
R
F
 
M
H
 
L
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
P
W
 
F
G
 
G
S
 
Q
Y
 
A
C
 
L
L
 
K
D
 
S
A
 
G
L
 
L
R
 
A
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
W
L
 
V
Q
 
L
P
 
-
E
 
E
A
 
T
A
 
P
L
 
G
R
 
P
T
 
S
G
 
G
I
 
T
T
 
G
V
 
F
S
 
I
L
 
L
S
 
V
T
 
D
P
 
P
R
 
E
D
 
G
R
 
Q
S
 
N
L
 
Q
V
 
I
T
 
A
F
 
V
S
 
A
-
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
N
A
 
A
A
 
R
L
 
L
R
 
V
A
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L
S
 
P
D
 
A
A
 
T
L
 
A
L
 
F
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
G
 
G
H
 
-
L
 
-
H
 
-
V
 
V
S
 
V
S
 
L
F
 
L
Y
 
Q
L
 
L
Q
 
E
K
 
I
A
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
T
D
 
V
I
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
A
F
 
-
A
 
A
R
 
L
A
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
A
T
 
R
L
 
I
S
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
A
G
 
A
F
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
A
Q
 
H
R
 
A
W
 
L
G
 
P
D
 
S
D
 
E
L
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
I
L
 
L
E
 
Q
D
 
S
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
L
L
 
L
P
 
V
N
|
N
E
 
E
E
 
V
E
 
E
L
 
A
R
 
A
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
E
E
 
A
N
 
S
H
 
P
V
 
P
R
 
R
K
 
T
A
 
P
L
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
A
N
 
L
G
 
A
R
 
R
T
 
Q
L
 
L
-
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
A
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
I
 
V
V
 
V
A
 
L
K
x
T
R
 
L
G
|
G
R
x
A
Q
 
Q
G
|
G
C
 
-
A
 
A
V
 
V
L
 
W
H
 
S
D
 
G
G
 
T
K
 
E
L
 
E
L
 
S
V
 
H
A
 
F
P
 
P
A
 
A
L
 
F
A
 
P
V
 
V
E
 
R
A
 
A
V
 
V
D
|
D
S
 
T
T
|
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
S
 
A
F
|
F
D
 
A
A
 
G
G
 
A
F
 
L
L
 
A
H
 
L
A
 
G
W
 
L
L
 
A
R
 
E
G
 
G
L
 
Q
P
 
N
L
 
M
R
 
R
D
 
A
C
 
A
L
 
L
R
 
R
W
 
F
G
 
A
N
|
N
A
 
A
C
 
A
G
|
G
S
x
A
L
 
L
S
x
A
T
|
T
R
 
T
G
 
R
I
 
P
G
 
G
G
 
A
T
 
Q
T
 
P
R
x
S
Q
 
L
A
 
P
T
 
F
A
 
R
A
 
D
E
 
E
V
 
V
T
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
F
G
 
G

1v1bA 2-keto-3-deoxygluconate kinase from thermus thermophilus with bound atp (see paper)
33% identity, 78% coverage: 44:286/312 of query aligns to 33:279/300 of 1v1bA

query
sites
1v1bA
G
 
G
S
 
G
S
 
A
S
 
E
M
 
V
I
 
N
C
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
V
A
 
K
V
 
V
A
 
G
F
 
F
H
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
E
W
 
L
G
 
G
S
 
A
Y
 
M
C
 
V
L
 
E
D
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
T
S
 
H
L
 
F
Q
 
R
P
 
R
E
 
A
A
 
P
A
 
G
L
 
F
R
 
-
T
 
T
G
 
G
I
 
L
T
 
Y
V
 
L
S
 
R
L
 
E
S
 
Y
T
 
L
P
 
P
R
 
L
D
 
G
R
 
Q
S
 
G
L
 
R
V
 
V
T
 
F
F
 
Y
-
 
Y
-
 
R
-
 
K
S
 
G
G
 
S
A
 
A
I
 
G
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
P
E
 
G
D
 
A
V
 
F
S
 
D
D
 
P
A
 
D
L
 
Y
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
V
G
 
R
H
 
F
L
 
L
H
 
H
V
 
L
S
 
S
S
 
G
F
 
-
Y
 
-
L
 
I
Q
 
T
K
 
P
A
 
A
L
 
L
R
 
S
A
 
P
D
 
E
I
 
A
R
 
R
Q
 
A
L
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
W
-
 
A
F
 
M
A
 
E
R
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
R
A
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
V
G
 
N
F
 
Y
D
 
R
P
 
Q
E
 
T
Q
 
L
R
 
W
W
 
S
G
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
F
L
 
L
E
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
P
D
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
L
L
 
F
P
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
A
R
 
E
A
 
L
L
 
L
T
 
F
G
 
G
E
 
-
N
 
-
H
 
R
V
 
V
R
 
E
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
S
N
 
A
G
 
P
R
 
E
T
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
V
A
 
L
K
|
K
R
 
R
G
|
G
R
 
A
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
A
 
W
V
 
A
L
 
F
H
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
R
L
 
R
L
 
V
V
 
E
A
 
G
P
 
S
A
|
A
L
x
F
A
 
A
V
|
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
P
T
 
V
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
A
F
 
F
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
H
 
A
A
 
G
W
 
A
L
 
V
R
 
W
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
V
R
 
E
D
 
E
C
 
R
L
 
L
R
 
R
W
 
L
G
 
A
N
|
N
A
 
L
C
 
L
G
 
G
S
x
A

Q53W83 2-dehydro-3-deoxygluconokinase; 2-keto-3-deoxygluconokinase; 3-deoxy-2-oxo-D-gluconate kinase; KDG kinase; EC 2.7.1.45 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
33% identity, 78% coverage: 44:286/312 of query aligns to 33:279/309 of Q53W83

query
sites
Q53W83
G
 
G
S
x
G
S
x
A
S
x
E
M
x
V
I
x
N
C
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
V
A
 
K
V
 
V
A
 
G
F
 
F
H
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
E
W
 
L
G
 
G
S
 
A
Y
 
M
C
 
V
L
 
E
D
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
T
S
 
H
L
 
F
Q
 
R
P
 
R
E
 
A
A
 
P
A
 
G
L
 
F
R
 
-
T
 
T
G
 
G
I
 
L
T
 
Y
V
 
L
S
 
R
L
 
E
S
 
Y
T
 
L
P
 
P
R
 
L
D
 
G
R
 
Q
S
 
G
L
 
R
V
 
V
T
 
F
F
x
Y
-
x
Y
-
x
R
-
 
K
S
 
G
G
 
S
A
 
A
I
 
G
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
P
E
 
G
D
 
A
V
 
F
S
 
D
D
 
P
A
 
D
L
 
Y
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
V
G
 
R
H
 
F
L
 
L
H
 
H
V
 
L
S
 
S
S
 
G
F
 
-
Y
 
-
L
 
I
Q
 
T
K
 
P
A
 
A
L
 
L
R
 
S
A
 
P
D
 
E
I
 
A
R
 
R
Q
 
A
L
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
W
-
 
A
F
 
M
A
 
E
R
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
R
A
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
V
G
 
N
F
 
Y
D
x
R
P
 
Q
E
 
T
Q
 
L
R
 
W
W
 
S
G
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
F
L
 
L
E
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
P
D
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
L
L
 
F
P
 
L
N
x
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
A
R
 
E
A
 
L
L
 
L
T
 
F
G
 
G
E
 
-
N
 
-
H
 
R
V
 
V
R
 
E
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
S
N
 
A
G
 
P
R
 
E
T
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
V
A
 
L
K
|
K
R
|
R
G
|
G
R
x
A
Q
x
K
G
|
G
C
x
A
A
 
W
V
 
A
L
 
F
H
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
R
L
 
R
L
 
V
V
 
E
A
 
G
P
 
S
A
 
A
L
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
P
T
 
V
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
A
F
 
F
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
H
 
A
A
 
G
W
 
A
L
 
V
R
 
W
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
V
R
 
E
D
 
E
C
 
R
L
 
L
R
 
R
W
 
L
G
 
A
N
|
N
A
 
L
C
 
L
G
 
G
S
 
A

Sites not aligning to the query:

1v1aA 2-keto-3-deoxygluconate kinase from thermus thermophilus with bound 2- keto-3-deoxygluconate and adp (see paper)
33% identity, 78% coverage: 44:286/312 of query aligns to 33:279/301 of 1v1aA

query
sites
1v1aA
G
 
G
S
x
G
S
x
A
S
 
E
M
 
V
I
x
N
C
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
V
A
 
K
V
 
V
A
 
G
F
 
F
H
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
E
W
 
L
G
 
G
S
 
A
Y
 
M
C
 
V
L
 
E
D
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
T
S
 
H
L
 
F
Q
 
R
P
 
R
E
 
A
A
 
P
A
 
G
L
 
F
R
 
-
T
 
T
G
 
G
I
 
L
T
x
Y
V
 
L
S
 
R
L
 
E
S
 
Y
T
 
L
P
 
P
R
 
L
D
 
G
R
 
Q
S
 
G
L
 
R
V
 
V
T
 
F
F
 
Y
-
 
Y
-
x
R
-
 
K
S
 
G
G
 
S
A
 
A
I
 
G
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
P
E
 
G
D
 
A
V
 
F
S
 
D
D
 
P
A
 
D
L
 
Y
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
V
G
 
R
H
 
F
L
 
L
H
 
H
V
 
L
S
 
S
S
 
G
F
 
-
Y
 
-
L
 
I
Q
 
T
K
 
P
A
 
A
L
 
L
R
 
S
A
 
P
D
 
E
I
 
A
R
 
R
Q
 
A
L
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
W
-
 
A
F
 
M
A
 
E
R
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
R
A
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
R
L
 
V
S
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
V
G
 
N
F
 
Y
D
x
R
P
 
Q
E
 
T
Q
 
L
R
 
W
W
 
S
G
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
F
L
 
L
E
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
P
D
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
L
L
 
F
P
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
E
E
 
E
L
 
A
R
 
E
A
 
L
L
 
L
T
 
F
G
 
G
E
 
-
N
 
-
H
 
R
V
 
V
R
 
E
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
S
N
 
A
G
 
P
R
 
E
T
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
V
A
 
L
K
|
K
R
 
R
G
|
G
R
x
A
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
A
 
W
V
 
A
L
 
F
H
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
R
L
 
R
L
 
V
V
 
E
A
 
G
P
 
S
A
 
A
L
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
P
T
 
V
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
A
F
 
F
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
H
 
A
A
 
G
W
 
A
L
 
V
R
 
W
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
V
R
 
E
D
 
E
C
 
R
L
 
L
R
 
R
W
 
L
G
 
A
N
|
N
A
 
L
C
 
L
G
 
G
S
x
A

Sites not aligning to the query:

4xckA Vibrio cholerae o395 ribokinase complexed with adp, ribose and cesium ion. (see paper)
27% identity, 97% coverage: 7:309/312 of query aligns to 2:303/306 of 4xckA

query
sites
4xckA
K
 
N
R
 
K
V
 
L
L
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
A
D
|
D
L
 
H
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
G
 
-
L
 
V
H
 
P
A
 
S
E
 
F
P
 
P
A
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
E
E
 
T
V
 
L
L
 
H
A
 
G
D
 
R
D
 
N
F
 
Y
L
 
Q
M
 
V
T
 
I
P
 
P
G
 
G
S
x
G
S
x
K
S
 
G
M
 
A
I
x
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
M
G
 
Q
N
 
A
A
 
D
V
 
V
A
 
G
F
 
F
H
 
I
G
 
A
R
 
C
L
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
D
A
 
S
W
 
F
G
 
G
S
 
I
Y
 
N
C
 
I
L
 
R
D
 
E
A
 
S
L
 
F
R
 
K
D
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
I
D
 
N
V
 
T
A
 
A
S
 
G
L
 
V
Q
 
K
P
 
L
E
 
Q
A
 
P
A
 
N
L
 
C
R
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
I
T
x
A
-
 
M
V
 
I
S
 
Q
L
 
V
S
 
S
T
 
D
P
 
S
R
 
G
D
 
E
R
 
N
S
 
S
L
x
I
V
 
C
T
x
I
F
 
S
S
 
A
G
 
E
A
 
A
I
 
N
A
 
A
A
 
K
L
 
L
R
 
T
A
 
A
E
 
A
D
 
A
V
 
I
S
 
E
D
 
P
A
 
D
L
 
L
L
 
A
A
 
A
G
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
H
 
I
V
 
R
S
 
D
S
 
A
F
 
R
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
L
K
 
M
A
 
Q
L
 
L
R
x
E
A
 
T
D
 
P
I
 
L
R
 
D
Q
 
G
L
 
I
F
 
L
A
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
R
 
E
A
 
A
R
 
K
K
 
T
A
 
A
G
 
K
L
 
T
T
 
N
L
 
V
S
 
I
L
 
L
D
 
N
P
 
P
G
 
A
F
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
A
Q
 
R
R
 
E
W
 
L
G
 
P
D
 
D
D
 
E
L
 
L
R
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
L
E
 
K
D
 
C
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
I
L
 
T
P
 
P
N
 
N
E
 
E
E
 
T
E
 
E
L
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
L
T
 
T
G
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
V
-
 
Y
-
 
D
E
 
D
N
 
S
H
 
S
V
 
A
R
 
Q
K
 
Q
A
 
A
L
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
H
-
 
C
N
 
K
G
 
G
R
 
I
T
 
E
L
 
I
I
 
V
V
 
I
A
 
I
K
x
T
R
 
L
G
|
G
R
x
S
Q
 
K
G
 
G
C
 
V
A
 
W
V
 
L
L
 
S
H
 
Q
D
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
G
L
 
Q
V
 
R
A
 
I
P
 
P
A
 
G
L
 
F
A
 
V
V
|
V
E
 
K
A
 
A
V
 
T
D
 
D
S
x
T
T
|
T
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
T
F
|
F
D
 
N
A
 
G
G
 
A
F
 
L
L
 
V
H
 
T
A
 
G
W
 
L
L
 
L
R
 
Q
G
 
E
L
 
M
P
 
P
L
 
L
R
 
E
D
 
S
C
 
A
L
 
I
R
 
K
W
 
F
G
 
A
N
x
H
A
 
A
C
 
A
G
x
A
S
 
A
L
 
I
S
 
S
T
x
V
R
 
T
G
 
R
I
 
F
G
 
G
G
 
A
T
 
Q
T
 
T
R
 
S
Q
 
I
A
 
P
T
 
T
A
 
R
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
A

3iq0B Crystal structure of a putative ribokinase ii in complex with atp and mg+2 from e.Coli
26% identity, 93% coverage: 8:297/312 of query aligns to 3:297/308 of 3iq0B

query
sites
3iq0B
R
 
K
V
 
V
L
 
F
V
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
E
V
 
I
N
 
L
V
 
V
D
 
E
L
 
I
V
 
M
L
 
A
K
 
S
G
 
K
L
 
I
H
 
-
A
 
G
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
P
 
D
G
 
Q
Q
 
P
E
 
G
V
 
I
L
 
W
A
 
N
D
 
G
D
 
P
F
 
Y
L
 
-
M
 
-
T
 
-
P
 
P
G
 
S
S
 
G
S
 
A
S
 
P
M
 
A
I
 
I
C
 
F
A
 
I
M
 
D
G
 
Q
L
 
V
A
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
V
A
 
P
V
 
C
A
 
G
F
 
I
H
 
I
G
 
S
R
 
C
L
 
V
G
 
G
A
 
N
D
 
D
A
 
G
W
 
F
G
 
G
S
 
D
Y
 
I
C
 
N
L
 
I
D
 
H
A
 
R
L
 
L
R
 
A
D
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
R
S
 
G
L
 
I
Q
 
S
P
 
V
E
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
R
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
S
T
 
A
V
 
F
S
 
V
L
 
T
S
 
Y
T
 
G
P
 
D
R
 
R
D
 
D
R
 
F
S
 
I
L
 
F
V
 
N
T
 
I
F
 
K
S
 
N
G
 
A
A
 
A
I
 
C
A
 
G
A
 
K
L
 
L
R
 
S
A
 
A
E
 
Q
D
 
H
V
 
V
S
 
D
D
 
E
A
 
N
L
 
I
L
 
L
A
 
K
G
 
D
A
 
C
G
 
T
H
 
H
L
 
F
H
 
H
V
 
I
S
 
M
-
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
L
-
 
F
S
 
S
F
 
F
Y
 
H
L
 
M
Q
 
V
K
 
D
A
 
A
L
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
V
R
 
K
Q
 
K
L
 
A
F
 
V
A
 
T
R
 
I
A
 
V
R
 
K
K
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
G
T
 
V
L
 
I
S
 
S
L
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N
F
 
I
D
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
M
-
 
L
-
 
D
-
 
I
P
 
P
E
 
E
Q
 
M
R
 
R
W
 
-
G
 
-
D
 
D
D
 
A
L
 
L
R
 
H
G
 
F
V
 
V
L
 
L
E
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
V
 
I
F
 
Y
L
 
M
P
 
P
N
x
S
E
 
E
E
 
G
E
 
E
L
 
V
R
 
L
A
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
P
E
 
H
N
 
S
H
 
T
V
 
P
R
 
E
K
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
G
-
 
F
L
 
L
D
 
E
N
 
E
G
 
G
R
 
V
T
 
K
L
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
V
K
|
K
R
 
R
G
|
G
R
 
N
Q
 
Q
G
 
G
C
 
A
A
 
S
V
 
Y
L
 
Y
H
 
S
D
 
A
G
 
N
K
 
E
L
 
Q
L
 
F
V
 
H
A
 
V
P
 
E
A
 
S
L
 
Y
A
 
P
V
 
V
E
 
E
A
x
E
V
 
V
D
 
D
S
 
P
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
C
F
|
F
D
 
G
A
 
G
G
 
A
F
 
W
L
 
I
H
 
A
A
 
C
W
 
R
L
 
Q
R
 
L
G
 
G
L
 
F
P
 
D
L
 
A
R
 
H
D
 
R
C
 
A
L
 
L
R
 
Q
W
 
Y
G
 
A
N
|
N
A
 
A
C
 
C
G
|
G
S
 
A
L
 
L
S
 
A
T
 
V
-
 
T
-
 
R
R
 
R
G
 
G
-
 
P
I
 
M
G
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
S
R
 
R

6znxC Ribokinase from thermus species
30% identity, 97% coverage: 9:310/312 of query aligns to 2:265/265 of 6znxC

query
sites
6znxC
V
 
I
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
S
V
 
L
N
 
N
V
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
K
 
R
G
 
-
L
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
E
D
 
D
F
 
Y
L
 
Q
M
 
T
T
 
H
P
 
P
G
 
G
S
 
G
S
 
K
S
 
G
M
 
A
I
 
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
N
 
G
A
 
K
V
 
V
A
 
R
F
 
M
H
 
L
G
 
G
R
 
R
L
 
V
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
P
W
 
F
G
 
G
S
 
Q
Y
 
A
C
 
L
L
 
K
D
 
S
A
 
G
L
 
L
R
 
A
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
W
L
 
V
Q
 
L
P
 
-
E
 
E
A
 
T
A
 
P
L
 
G
R
 
P
T
 
S
G
 
G
I
 
-
T
 
T
V
 
A
S
 
F
L
 
V
S
 
D
T
 
P
P
 
E
R
 
G
D
 
Q
R
 
N
S
 
Q
L
 
I
V
 
A
T
 
V
F
 
A
S
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
N
A
 
A
A
 
R
L
 
L
R
 
V
A
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L
S
 
P
D
 
A
A
 
T
L
 
A
L
 
F
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
G
 
G
H
 
-
L
 
-
H
 
-
V
 
V
S
 
V
S
 
L
F
 
L
Y
 
Q
L
 
L
Q
 
E
K
 
I
A
 
P
L
 
L
R
 
E
A
 
T
D
 
V
I
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
A
F
 
-
A
 
A
R
 
L
A
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
A
T
 
R
L
 
I
S
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
A
G
 
A
F
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
A
Q
 
H
R
 
A
W
 
L
G
 
P
D
 
S
D
 
E
L
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
I
L
 
L
E
 
Q
D
 
S
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
L
L
 
L
P
 
V
N
|
N
E
 
E
E
 
V
E
 
E
L
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
H
 
-
V
 
A
R
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
R
L
 
Q
D
 
L
N
 
R
G
 
G
R
 
A
T
 
Q
L
 
V
I
 
V
V
 
L
A
 
-
K
 
-
R
x
L
G
|
G
R
 
A
Q
 
Q
G
 
G
C
 
A
A
 
-
V
 
-
L
 
V
H
 
W
D
 
S
G
 
G
K
 
E
L
 
E
L
 
S
V
 
H
A
 
F
P
 
P
A
 
A
L
 
F
A
 
P
V
 
V
E
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
S
 
A
F
|
F
D
 
A
A
 
G
G
 
A
F
 
L
L
 
A
H
 
L
A
 
G
W
 
L
L
 
A
R
 
E
G
 
G
L
 
Q
P
 
N
L
 
M
R
 
R
D
 
A
C
 
A
L
 
L
R
 
R
W
 
F
G
 
A
N
|
N
A
 
A
C
 
A
G
|
G
S
x
A
L
 
L
S
 
A
T
|
T
R
 
T
G
 
R
I
 
P
G
 
G
G
 
A
T
 
Q
T
 
P
R
 
S
Q
 
L
A
 
P
T
 
F
A
 
R
A
 
D
E
 
E
V
 
V
T
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
F
G
 
G

6ilsB Structure of arabidopsis thaliana ribokinase complexed with ribose and atp (see paper)
28% identity, 96% coverage: 9:308/312 of query aligns to 5:309/313 of 6ilsB

query
sites
6ilsB
V
 
L
L
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
S
V
 
A
N
|
N
V
 
A
D
|
D
L
 
I
V
 
Y
L
 
V
K
 
E
G
 
-
L
 
I
H
 
E
A
 
R
E
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
E
 
T
V
 
I
L
 
S
A
 
A
D
 
K
D
 
T
F
 
G
L
 
Q
M
 
T
T
 
L
P
 
A
G
 
G
S
x
G
S
x
K
S
 
G
M
 
A
I
x
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
A
G
 
C
L
 
G
A
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
M
N
 
Y
A
 
P
V
 
T
A
 
Y
F
 
F
H
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
A
W
 
H
G
 
G
S
 
K
Y
 
L
C
 
I
L
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
G
D
 
D
-
 
D
-
 
G
A
 
C
G
 
G
I
 
V
D
 
H
V
 
L
A
 
D
S
 
Y
L
 
V
Q
 
R
P
 
S
E
 
V
A
 
N
A
 
N
L
 
E
R
 
P
T
 
T
G
 
G
-
 
H
I
 
A
T
 
V
V
 
V
S
 
M
L
 
L
S
 
Q
T
 
S
P
 
D
R
 
G
D
 
Q
R
 
N
S
 
S
L
 
I
V
 
I
T
 
I
F
 
V
S
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
N
A
 
M
A
 
K
L
 
A
R
 
W
A
 
P
E
 
E
D
 
I
V
 
M
S
 
S
D
 
D
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
E
L
 
I
L
 
V
A
 
R
G
 
N
A
 
A
G
 
G
H
 
I
L
 
V
H
 
-
V
 
-
S
 
-
S
 
-
F
 
-
Y
 
L
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
A
x
E
L
 
I
R
 
P
A
 
D
D
 
S
I
 
I
R
 
N
Q
 
I
L
 
Q
F
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
A
-
 
V
R
 
K
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
P
L
 
V
S
 
I
L
 
L
D
 
D
P
 
V
G
 
G
F
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
G
D
 
M
D
 
D
L
 
T
-
 
P
-
 
I
-
 
P
R
 
N
G
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
D
D
 
S
V
 
I
D
 
D
V
 
I
F
 
L
L
 
S
P
 
P
N
|
N
E
 
E
E
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
S
A
 
R
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
M
-
 
P
-
 
T
-
 
E
-
 
T
-
 
F
N
 
E
H
 
Q
V
 
I
R
 
S
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
K
L
 
C
D
 
H
N
 
K
-
 
L
G
 
G
R
 
V
T
 
K
L
 
Q
I
 
V
V
 
L
A
 
V
K
|
K
R
 
L
G
|
G
R
 
S
Q
 
K
G
 
G
C
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
F
H
 
I
D
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
K
L
 
P
V
 
I
A
 
Q
P
 
Q
A
 
S
L
 
I
-
x
I
-
 
P
A
|
A
V
 
A
E
 
Q
A
 
V
V
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
T
F
|
F
D
 
T
A
 
A
G
 
A
F
 
F
L
 
A
H
 
V
A
 
A
W
 
M
L
 
V
R
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
S
L
 
H
R
 
E
D
 
E
C
 
C
L
 
L
R
 
R
W
 
F
G
 
A
N
 
A
A
 
A
C
 
A
G
x
A
S
|
S
L
 
L
S
 
C
T
 
V
R
 
Q
G
 
V
I
 
K
G
 
G
G
 
A
T
 
I
T
 
P
R
 
S
Q
 
M
A
 
P
T
 
D
A
 
R
A
 
K
E
 
S
V
 
V
T
 
L
A
 
K
L
 
L
L
 
L

A1A6H3 Ribokinase; AtRBSK; RK; EC 2.7.1.15 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
28% identity, 96% coverage: 9:308/312 of query aligns to 71:375/379 of A1A6H3

query
sites
A1A6H3
V
x
L
L
x
V
V
|
V
V
|
V
G
 
G
E
 
S
V
 
A
N
 
N
V
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
Y
L
 
V
K
 
E
G
 
-
L
 
I
H
 
E
A
 
R
E
 
L
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
E
 
T
V
 
I
L
 
S
A
 
A
D
 
K
D
 
T
F
 
G
L
 
Q
M
 
T
T
 
L
P
 
A
G
 
G
S
 
G
S
 
K
S
 
G
M
 
A
I
 
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
A
G
 
C
L
 
G
A
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
M
N
 
Y
A
 
P
V
 
T
A
 
Y
F
 
F
H
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
E
D
 
D
A
 
A
W
 
H
G
 
G
S
 
K
Y
 
L
C
 
I
L
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
G
D
 
D
-
 
D
-
 
G
A
 
C
G
 
G
I
 
V
D
 
H
V
 
L
A
 
D
S
 
Y
L
 
V
Q
 
R
P
 
S
E
 
V
A
 
N
A
 
N
L
 
E
R
 
P
T
 
T
G
 
G
-
 
H
I
 
A
T
 
V
V
 
V
S
 
M
L
 
L
S
 
Q
T
 
S
P
 
D
R
 
G
D
 
Q
R
 
N
S
 
S
L
 
I
V
 
I
T
 
I
F
 
V
S
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
N
A
 
M
A
 
K
L
 
A
R
 
W
A
 
P
E
 
E
D
 
I
V
 
M
S
 
S
D
 
D
-
 
D
-
 
D
-
 
L
A
 
E
L
 
I
L
 
V
A
 
R
G
 
N
A
 
A
G
 
G
H
 
I
L
 
V
H
 
-
V
 
-
S
 
-
S
 
-
F
 
-
Y
 
L
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
A
 
E
L
 
I
R
 
P
A
 
D
D
 
S
I
 
I
R
 
N
Q
 
I
L
 
Q
F
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
A
-
 
V
R
 
K
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
P
L
 
V
S
 
I
L
 
L
D
 
D
P
 
V
G
 
G
F
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
G
D
 
M
D
 
D
L
 
T
-
 
P
-
 
I
-
 
P
R
 
N
G
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
D
D
 
S
V
 
I
D
 
D
V
 
I
F
 
L
L
 
S
P
 
P
N
 
N
E
 
E
E
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
S
A
 
R
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
M
-
 
P
-
 
T
-
 
E
-
 
T
-
 
F
N
 
E
H
 
Q
V
 
I
R
 
S
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
K
L
 
C
D
 
H
N
 
K
-
 
L
G
 
G
R
 
V
T
 
K
L
 
Q
I
 
V
V
 
L
A
 
V
K
 
K
R
 
L
G
 
G
R
 
S
Q
 
K
G
 
G
C
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
F
H
 
I
D
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
K
L
 
P
V
 
I
A
 
Q
P
 
Q
A
 
S
L
 
I
-
 
I
-
 
P
A
 
A
V
 
A
E
 
Q
A
 
V
V
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
D
S
 
T
F
 
F
D
 
T
A
 
A
G
 
A
F
 
F
L
 
A
H
 
V
A
 
A
W
 
M
L
 
V
R
 
E
G
 
G
L
 
K
P
 
S
L
 
H
R
 
E
D
 
E
C
 
C
L
 
L
R
 
R
W
 
F
G
 
A
N
 
A
A
 
A
C
 
A
G
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
C
T
 
V
R
 
Q
G
 
V
I
 
K
G
 
G
G
 
A
T
 
I
T
 
P
R
 
S
Q
 
M
A
 
P
T
 
D
A
 
R
A
 
K
E
 
S
V
 
V
T
 
L
A
 
K
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P0DX97 Deoxyribokinase; dRK; ATP:2-deoxy-D-ribose 5-phosphotransferase; EC 2.7.1.229 from Salmonella typhi (see paper)
23% identity, 96% coverage: 9:309/312 of query aligns to 3:303/306 of P0DX97

query
sites
P0DX97
V
 
I
L
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
S
V
 
N
N
x
M
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
T
K
 
Y
G
 
-
L
 
T
H
 
N
A
 
Q
E
 
M
P
 
P
A
 
K
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
E
 
T
V
 
L
L
 
E
A
 
A
D
 
P
D
 
A
F
 
F
L
 
K
M
 
I
T
 
G
P
 
C
G
 
G
S
 
G
S
 
K
S
 
G
M
 
A
I
 
N
C
 
Q
A
 
A
M
 
V
G
 
A
L
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
N
N
 
S
A
 
K
V
 
V
A
 
L
F
 
M
H
 
L
G
 
T
R
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
D
A
 
I
W
 
F
G
 
A
S
 
D
Y
 
N
C
 
T
L
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
L
R
 
E
D
 
S
A
 
W
G
 
G
I
 
I
D
 
N
V
 
T
A
 
T
S
 
Y
L
 
V
Q
 
E
P
 
K
E
 
V
A
 
P
A
 
C
L
 
T
R
 
S
T
 
S
G
 
G
I
 
V
T
 
A
-
 
P
V
 
I
S
 
F
L
 
V
S
 
N
T
 
A
P
 
N
R
 
S
D
 
S
R
 
N
S
 
S
L
 
I
V
 
L
T
 
I
F
 
I
S
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
N
A
 
K
A
 
F
L
 
L
R
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
I
S
 
-
D
 
D
A
 
R
L
 
A
L
 
A
A
 
E
G
 
D
A
 
L
G
 
K
H
 
K
L
 
C
H
 
Q
V
 
L
S
 
I
S
 
V
F
 
L
Y
 
Q
L
 
L
Q
 
E
K
 
V
A
 
Q
L
 
L
R
 
E
A
 
T
D
 
-
I
 
V
R
 
Y
Q
 
H
L
 
A
F
 
I
A
 
E
R
 
F
A
 
G
R
 
K
K
 
K
A
 
H
G
 
G
L
 
I
T
 
E
L
 
V
S
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
G
 
A
F
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
A
Q
 
L
R
 
R
W
 
E
G
 
L
D
 
D
D
 
M
L
 
S
R
 
Y
G
 
A
V
 
C
L
 
-
E
 
-
D
 
K
V
 
C
D
 
D
V
 
F
F
 
F
L
 
V
P
 
P
N
 
N
E
 
E
E
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
E
A
 
I
L
 
L
T
 
T
G
 
G
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
T
E
 
Y
N
 
D
H
 
H
V
 
I
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
R
A
 
S
L
 
L
-
 
V
D
 
D
N
 
K
G
 
G
R
 
L
T
 
N
L
 
N
I
 
I
V
 
I
A
 
V
K
 
T
R
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
K
G
 
G
C
 
A
A
 
L
V
 
W
L
 
M
H
 
T
D
 
R
G
 
D
K
 
Q
L
 
E
L
 
V
V
 
H
A
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
F
A
 
R
V
 
V
E
 
N
A
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
D
S
 
A
F
 
F
D
 
I
A
 
G
G
 
C
F
 
F
L
 
A
H
 
H
A
 
Y
W
 
Y
L
 
V
R
 
Q
G
 
S
L
 
G
P
 
D
L
 
V
R
 
E
D
 
A
C
 
A
L
 
M
R
 
K
W
 
K
G
 
A
N
 
V
A
 
L
C
 
F
G
 
A
S
 
A
L
 
F
S
 
S
T
 
V
R
 
T
G
 
G
I
 
K
G
 
G
G
 
T
T
 
Q
T
 
S
R
 
S
Q
 
Y
A
 
P
T
 
S
A
 
I
A
 
E
E
 
Q
V
 
F
T
 
N
A
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
S

2dcnA Crystal structure of 2-keto-3-deoxygluconate kinase from sulfolobus tokodaii complexed with 2-keto-6-phosphogluconate (alpha-furanose form)
23% identity, 85% coverage: 44:308/312 of query aligns to 33:305/308 of 2dcnA

query
sites
2dcnA
G
|
G
S
 
S
S
 
E
S
 
A
M
 
N
I
 
Y
C
 
C
A
 
-
M
 
V
G
 
A
L
 
F
A
 
I
R
 
K
L
 
Q
G
 
G
N
 
N
A
 
E
V
 
C
A
 
G
F
 
I
H
 
I
G
 
A
R
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
D
D
 
D
A
 
E
W
 
F
G
 
G
S
 
Y
Y
 
N
C
 
A
L
 
I
D
 
E
A
 
W
L
 
L
R
 
R
D
 
G
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
V
A
 
S
S
 
H
L
 
M
Q
 
K
P
 
I
E
 
D
A
 
P
A
 
S
L
 
A
R
 
P
T
 
T
G
 
G
I
 
I
T
x
F
-
 
F
V
 
I
S
 
Q
L
 
R
S
 
H
T
 
Y
P
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
L
R
 
K
D
 
S
R
 
E
S
 
S
L
 
I
V
x
Y
T
 
Y
F
x
R
S
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
A
-
 
G
A
 
S
A
 
K
L
 
L
R
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
D
D
 
E
A
 
E
L
 
Y
L
 
V
A
 
K
G
 
S
A
 
A
G
 
D
H
 
L
L
 
V
H
 
H
V
 
S
S
 
S
S
 
G
F
x
I
Y
 
T
L
 
L
Q
 
-
K
 
-
A
 
A
L
 
I
R
 
S
A
 
S
D
 
T
I
 
A
R
 
K
Q
 
E
L
 
A
F
 
V
A
 
Y
R
 
K
A
 
A
R
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
F
T
 
E
L
 
I
S
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
R
G
 
S
F
 
F
D
 
D
P
 
T
E
 
N
Q
 
I
R
|
R
-
 
L
-
 
K
-
 
L
W
 
W
G
 
S
D
 
A
D
 
E
-
 
E
-
 
A
L
 
K
R
 
R
G
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
K
D
 
L
V
 
L
D
 
S
V
 
K
F
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
L
L
 
I
P
 
T
N
x
D
E
 
T
E
 
D
E
 
D
L
 
S
R
 
K
A
 
I
L
 
I
T
 
L
G
 
G
E
 
E
N
 
S
H
 
D
V
 
P
R
 
D
K
 
K
A
 
A
L
 
A
A
 
K
A
 
A
L
 
F
D
 
S
N
 
D
G
 
Y
R
 
A
T
 
E
L
 
I
I
 
I
V
 
V
A
 
M
K
|
K
R
 
L
G
|
G
R
x
P
Q
 
K
G
|
G
C
 
A
A
 
I
V
 
V
L
 
Y
H
 
Y
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
K
L
 
Y
V
 
Y
A
 
S
P
 
S
A
 
G
L
 
Y
A
 
Q
V
 
V
E
 
P
A
x
V
V
 
E
D
 
D
S
 
V
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
A
F
 
L
D
 
G
A
 
G
G
 
T
F
 
F
L
 
L
H
 
S
A
 
L
W
 
Y
L
 
Y
R
 
K
G
 
G
L
 
F
P
 
E
L
 
M
R
 
E
D
 
K
C
 
A
L
 
L
R
 
D
W
 
Y
G
 
A
N
x
I
A
 
V
C
 
A
G
x
S
S
 
T
L
 
L
S
 
N
T
x
V
R
 
M
G
 
I
I
 
R
G
 
G
G
x
D
T
 
Q
T
 
E
R
 
N
Q
 
L
A
 
P
T
 
T
A
 
T
A
 
K
E
 
D
V
 
I
T
 
E
A
 
T
L
 
F
L
 
L

3uboA The crystal structure of adenosine kinase from sinorhizobium meliloti
26% identity, 85% coverage: 44:309/312 of query aligns to 57:330/338 of 3uboA

query
sites
3uboA
G
|
G
S
x
G
S
|
S
S
 
A
M
 
G
I
x
N
C
 
T
A
 
A
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
R
 
S
L
 
L
G
 
G
N
 
G
A
 
R
V
 
A
A
 
A
F
 
Y
H
 
F
G
 
G
R
 
K
L
 
V
G
 
A
A
 
D
D
 
D
A
 
Q
W
 
L
G
 
G
S
 
E
Y
 
I
C
 
F
L
 
T
D
 
H
A
 
D
L
 
I
R
 
R
D
 
A
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
H
V
 
F
A
 
Q
S
 
T
L
 
K
Q
 
P
P
 
L
E
 
D
A
 
G
A
 
H
L
 
P
R
 
P
T
 
T
G
 
A
I
 
R
T
 
S
V
 
M
S
 
I
L
 
F
S
 
V
T
 
T
P
 
E
R
 
D
-
 
G
D
 
E
R
|
R
S
 
S
L
x
M
V
 
N
T
|
T
F
 
Y
S
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
C
A
 
V
A
 
E
L
 
L
R
 
G
A
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
E
D
 
D
A
 
D
L
 
V
L
 
V
A
 
A
G
 
Q
A
 
S
G
 
K
H
 
V
L
 
T
H
 
Y
V
 
F
S
x
E
S
 
G
F
x
Y
Y
 
L
-
 
W
-
 
D
-
 
P
-
 
P
-
 
R
L
 
A
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
E
D
 
A
I
 
A
R
 
R
Q
 
I
L
 
A
F
 
H
A
 
A
R
 
H
A
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
T
G
 
A
L
 
M
T
 
T
L
 
L
S
 
S
L
 
D
D
 
S
P
 
F
G
 
C
F
 
V
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
H
R
 
R
W
 
Y
G
 
R
D
 
S
D
 
E
L
 
F
R
 
L
G
 
E
V
 
L
L
 
M
E
 
R
D
 
S
-
 
G
-
 
T
V
 
V
D
 
D
V
 
I
F
 
V
L
 
F
P
 
A
N
|
N
E
 
R
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
Y
G
 
E
E
 
T
N
 
E
H
 
D
V
 
F
R
 
D
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
L
D
 
A
N
 
R
G
 
D
R
 
C
T
 
K
L
 
L
I
 
A
V
 
A
A
 
V
K
x
T
R
 
L
G
x
S
R
x
E
Q
 
E
G
|
G
C
 
S
A
 
V
V
 
V
L
 
V
H
 
R
D
 
G
G
 
A
-
 
E
K
 
R
L
 
V
L
 
R
V
 
V
A
 
G
P
 
A
A
 
S
L
 
V
A
x
L
V
 
E
E
 
Q
A
 
V
V
 
V
D
 
D
S
 
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
S
 
L
F
 
Y
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F