SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing N515DRAFT_2119 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_2119 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1tkkA The structure of a substrate-liganded complex of the l-ala-d/l-glu epimerase from bacillus subtilis (see paper)
48% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:354/359 of 1tkkA

query
sites
1tkkA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
R
I
 
I
Q
 
E
F
 
T
G
 
S
M
 
R
L
 
I
R
 
A
V
 
V
P
 
P
L
 
L
K
 
T
T
 
K
P
 
P
F
|
F
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
R
 
T
V
 
A
D
 
E
D
 
S
I
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
R
V
 
I
H
 
T
T
 
Y
D
 
D
T
 
S
G
 
G
H
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
W
G
 
G
E
 
E
A
 
A
P
 
P
A
x
P
T
 
T
A
 
L
V
|
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
S
H
 
M
G
 
D
S
 
S
I
 
I
V
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
H
H
 
H
Y
 
V
I
 
L
A
 
K
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
K
E
 
S
V
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
Y
N
 
E
R
 
A
I
 
I
T
 
L
H
 
H
L
 
D
I
 
I
Q
 
Q
A
 
H
S
 
L
M
 
L
E
 
T
K
 
G
N
 
N
T
 
M
S
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
M
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
G
W
 
W
G
 
A
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
C
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
R
P
 
D
V
 
T
I
 
L
T
 
E
T
 
T
D
 
D
I
 
Y
T
|
T
I
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
N
Y
 
S
I
 
P
D
 
E
K
 
E
M
 
M
V
 
A
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
E
S
 
N
A
 
Y
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
Q
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
-
 
D
D
 
D
I
 
I
G
 
A
V
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
I
K
 
Q
A
 
E
I
 
I
Y
 
R
A
 
K
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
S
R
 
A
A
 
V
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
|
L
D
|
D
A
|
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
R
A
 
P
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Y
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
T
 
K
L
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
H
A
 
K
R
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
K
V
 
V
T
 
T
E
 
D
R
 
A
V
 
T
H
 
D
T
 
T
P
 
P
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
T
P
 
P
M
 
R
E
 
Q
V
 
A
I
 
F
E
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
Q
L
 
T
R
 
R
A
 
S
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
G
A
 
A
I
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
A
I
 
M
A
 
A
G
 
E
L
 
A
H
 
C
G
 
G
I
 
V
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
x
S
M
|
M
L
x
I
E
 
E
S
 
T
S
 
K
I
 
L
S
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
R
D
 
N
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
F
D
|
D
L
x
F
D
|
D
G
 
A
P
 
P
S
 
L
L
 
M
C
 
L
Q
 
K
Y
 
T
D
 
D
P
 
V
V
 
F
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
T
F
 
Y
N
 
S
E
 
G
S
 
S
E
 
T
I
 
I
S
 
S
I
 
M
T
 
P
D
 
G
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

1jpmA L-ala-d/l-glu epimerase (see paper)
48% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:354/359 of 1jpmA

query
sites
1jpmA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
R
I
 
I
Q
 
E
F
 
T
G
 
S
M
 
R
L
 
I
R
 
A
V
 
V
P
 
P
L
 
L
K
 
T
T
 
K
P
 
P
F
|
F
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
R
 
T
V
 
A
D
 
E
D
 
S
I
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
R
V
 
I
H
 
T
T
 
Y
D
 
D
T
 
S
G
 
G
H
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
W
G
 
G
E
 
E
A
 
A
P
 
P
A
x
P
T
 
T
A
 
L
V
|
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
S
H
 
M
G
 
D
S
 
S
I
 
I
V
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
H
H
 
H
Y
 
V
I
 
L
A
 
K
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
K
E
 
S
V
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
Y
N
 
E
R
 
A
I
 
I
T
 
L
H
 
H
L
 
D
I
 
I
Q
 
Q
A
 
H
S
 
L
M
 
L
E
 
T
K
 
G
N
 
N
T
 
M
S
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
M
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
G
W
 
W
G
 
A
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
C
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
R
P
 
D
V
 
T
I
 
L
T
 
E
T
 
T
D
 
D
I
 
Y
T
|
T
I
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
N
Y
 
S
I
 
P
D
 
E
K
 
E
M
 
M
V
 
A
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
E
S
 
N
A
 
Y
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
Q
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
-
 
D
D
 
D
I
 
I
G
 
A
V
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
I
K
 
Q
A
 
E
I
 
I
Y
 
R
A
 
K
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
S
R
 
A
A
 
V
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
|
L
D
|
D
A
|
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
R
A
 
P
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Y
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
T
 
K
L
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
H
A
 
K
R
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
K
V
 
V
T
 
T
E
 
D
R
 
A
V
 
T
H
 
D
T
 
T
P
 
P
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
T
P
 
P
M
 
R
E
 
Q
V
 
A
I
 
F
E
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
Q
L
 
T
R
 
R
A
 
S
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
G
A
 
A
I
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
A
I
 
M
A
 
A
G
 
E
L
 
A
H
 
C
G
 
G
I
 
V
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
x
S
M
|
M
L
 
I
E
 
E
S
 
T
S
 
K
I
 
L
S
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
R
D
 
N
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
F
D
|
D
L
x
F
D
 
D
G
 
A
P
 
P
S
 
L
L
 
M
C
 
L
Q
 
K
Y
 
T
D
 
D
P
 
V
V
 
F
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
T
F
 
Y
N
 
S
E
 
G
S
 
S
E
 
T
I
 
I
S
 
S
I
 
M
T
 
P
D
 
G
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

O34508 L-Ala-D/L-Glu epimerase; AE epimerase; AEE; EC 5.1.1.20 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
48% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:354/366 of O34508

query
sites
O34508
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
R
I
 
I
Q
 
E
F
 
T
G
 
S
M
 
R
L
 
I
R
 
A
V
 
V
P
 
P
L
 
L
K
 
T
T
 
K
P
 
P
F
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
R
 
T
V
 
A
D
 
E
D
 
S
I
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
R
V
 
I
H
 
T
T
 
Y
D
 
D
T
 
S
G
 
G
H
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
W
G
 
G
E
 
E
A
 
A
P
 
P
A
 
P
T
 
T
A
 
L
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
S
H
 
M
G
 
D
S
 
S
I
 
I
V
 
E
D
 
S
A
 
A
I
 
I
R
 
H
H
 
H
Y
 
V
I
 
L
A
 
K
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
K
E
 
S
V
 
L
A
 
A
D
 
G
L
 
Y
N
 
E
R
 
A
I
 
I
T
 
L
H
 
H
L
 
D
I
 
I
Q
 
Q
A
 
H
S
 
L
M
 
L
E
 
T
K
 
G
N
 
N
T
 
M
S
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
M
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
G
W
 
W
G
 
A
Q
 
Q
L
 
M
Y
 
C
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
R
P
 
D
V
 
T
I
 
L
T
 
E
T
 
T
D
 
D
I
 
Y
T
|
T
I
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
N
Y
 
S
I
 
P
D
 
E
K
 
E
M
 
M
V
 
A
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
E
S
 
N
A
 
Y
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
Q
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
-
 
D
D
 
D
I
 
I
G
 
A
V
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
I
K
 
Q
A
 
E
I
 
I
Y
 
R
A
 
K
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
S
R
 
A
A
 
V
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
R
A
 
P
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Y
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
T
 
K
L
 
M
E
 
E
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
G
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
H
A
 
K
R
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
K
V
 
V
T
 
T
E
 
D
R
 
A
V
 
T
H
 
D
T
 
T
P
 
P
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
 
E
S
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
T
P
 
P
M
 
R
E
 
Q
V
 
A
I
 
F
E
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
Q
L
 
T
R
 
R
A
 
S
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
I
N
 
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
G
A
 
A
I
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
A
I
 
M
A
 
A
G
 
E
L
 
A
H
 
C
G
 
G
I
 
V
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
 
G
C
x
S
M
 
M
L
x
I
E
 
E
S
 
T
S
 
K
I
 
L
S
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
R
D
 
N
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
 
F
D
|
D
L
 
F
D
|
D
G
 
A
P
 
P
S
 
L
L
 
M
C
 
L
Q
 
K
Y
 
T
D
 
D
P
 
V
V
 
F
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
T
F
 
Y
N
 
S
E
 
G
S
 
S
E
 
T
I
 
I
S
 
S
I
 
M
T
 
P
D
 
G
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

3jzuA Crystal structure of dipeptide epimerase from enterococcus faecalis v583 complexed with mg and dipeptide l-leu-l-tyr (see paper)
44% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/353 of 3jzuA

query
sites
3jzuA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
K
D
 
Q
I
 
V
Q
 
H
F
 
V
G
 
R
M
 
A
L
 
S
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
T
F
|
F
K
 
T
T
x
I
A
 
A
L
 
L
R
 
G
T
 
T
V
x
I
E
 
E
R
 
S
V
 
A
D
 
D
D
 
S
I
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
E
T
 
T
D
 
E
T
 
E
G
 
G
H
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
G
A
x
P
T
 
G
A
 
I
V
x
F
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
A
S
 
G
I
 
T
V
 
L
D
 
E
A
 
T
I
 
I
R
 
E
H
 
L
Y
 
F
I
 
-
A
 
G
P
 
Q
R
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
H
 
L
E
 
N
V
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
E
L
 
V
I
 
M
Q
 
D
A
 
K
S
 
I
M
 
S
E
 
A
K
 
F
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
M
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
Y
 
A
K
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
Q
I
 
V
T
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
I
T
|
T
I
 
L
S
 
G
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
N
K
 
V
M
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
K
S
 
A
I
 
V
S
 
E
A
 
K
V
 
V
E
 
K
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
D
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
G
I
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
G
D
 
F
R
 
D
A
 
I
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
A
W
 
W
T
 
T
A
 
P
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
A
 
-
G
 
-
V
 
Y
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
Q
V
 
V
H
 
N
T
 
T
P
 
T
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
Q
E
 
D
V
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
K
R
 
G
A
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
H
N
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
Q
I
 
I
A
 
C
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
A
-
x
E
E
 
E
S
 
T
S
 
T
I
 
I
S
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
A
 
K
D
 
N
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
A
D
|
D
L
|
L
D
|
D
G
x
A
P
 
T
S
 
F
L
 
G
C
 
L
Q
 
E
Y
 
T
D
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
L
N
 
E
E
 
A
S
 
K
E
 
P
-
 
L
I
 
L
S
 
E
I
 
L
T
 
G
D
 
E
A
 
A
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

3jw7A Crystal structure of dipeptide epimerase from enterococcus faecalis v583 complexed with mg and dipeptide l-ile-l-tyr (see paper)
44% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/353 of 3jw7A

query
sites
3jw7A
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
K
D
 
Q
I
 
V
Q
 
H
F
 
V
G
 
R
M
 
A
L
 
S
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
T
F
|
F
K
 
T
T
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
S
V
 
A
D
 
D
D
 
S
I
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
E
T
 
T
D
 
E
T
 
E
G
 
G
H
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
G
A
x
P
T
 
G
A
 
I
V
x
F
I
|
I
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
A
S
 
G
I
 
T
V
 
L
D
 
E
A
 
T
I
 
I
R
 
E
H
 
L
Y
 
F
I
 
-
A
 
G
P
 
Q
R
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
H
 
L
E
 
N
V
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
E
L
 
V
I
 
M
Q
 
D
A
 
K
S
 
I
M
 
S
E
 
A
K
 
F
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
M
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
Y
 
A
K
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
Q
I
 
V
T
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
I
T
|
T
I
 
L
S
 
G
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
N
K
 
V
M
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
K
S
 
A
I
 
V
S
 
E
A
 
K
V
 
V
E
 
K
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
D
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
G
I
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
G
D
 
F
R
 
D
A
 
I
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
A
W
 
W
T
 
T
A
 
P
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
A
 
-
G
 
-
V
 
Y
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
Q
V
 
V
H
 
N
T
 
T
P
 
T
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
Q
E
 
D
V
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
K
R
 
G
A
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
H
N
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
Q
I
 
I
A
 
C
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
A
-
x
E
E
 
E
S
 
T
S
 
T
I
 
I
S
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
A
 
K
D
 
N
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
A
D
|
D
L
|
L
D
|
D
G
 
A
P
 
T
S
 
F
L
 
G
C
 
L
Q
 
E
Y
 
T
D
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
L
N
 
E
E
 
A
S
 
K
E
 
P
-
 
L
I
 
L
S
 
E
I
 
L
T
 
G
D
 
E
A
 
A
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

3kumA Crystal structure of dipeptide epimerase from enterococcus faecalis v583 complexed with mg and dipeptide l-arg-l-tyr (see paper)
43% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/354 of 3kumA

query
sites
3kumA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
K
D
 
Q
I
 
V
Q
 
H
F
 
V
G
 
R
M
 
A
L
 
S
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
T
F
|
F
K
 
T
T
x
I
A
 
A
L
 
L
R
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
S
V
 
A
D
 
D
D
 
S
I
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
E
T
 
T
D
 
E
T
 
E
G
 
G
H
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
G
A
x
P
T
 
G
A
 
I
V
x
F
I
|
I
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
A
S
 
G
I
 
T
V
 
L
D
 
E
A
 
T
I
 
I
R
 
E
H
 
L
Y
 
F
I
 
-
A
 
G
P
 
Q
R
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
H
 
L
E
 
N
V
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
E
L
 
V
I
 
M
Q
 
D
A
 
K
S
 
I
M
 
S
E
 
A
K
 
F
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
M
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
Y
 
A
K
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
Q
I
 
V
T
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
I
T
|
T
I
 
L
S
 
G
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
N
K
 
V
M
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
K
S
 
A
I
 
V
S
 
E
A
 
K
V
 
V
E
 
K
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
D
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
G
I
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
G
D
 
F
R
 
D
A
 
I
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
A
W
 
W
T
 
T
A
 
P
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
A
 
-
G
 
-
V
 
Y
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
Q
V
 
V
H
 
N
T
 
T
P
 
T
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
Q
E
 
D
V
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
K
R
 
G
A
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
H
N
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
Q
I
 
I
A
 
C
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
A
E
|
E
S
 
E
S
 
T
I
 
T
S
 
I
V
 
G
A
 
I
A
 
T
A
 
A
V
 
A
H
 
A
V
 
H
A
 
L
V
 
A
A
 
A
K
 
A
A
 
Q
D
 
K
V
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
A
D
|
D
L
|
L
D
|
D
G
 
A
P
 
T
S
 
F
L
 
G
C
 
L
Q
 
E
Y
 
T
D
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
L
N
 
E
E
 
A
S
 
K
E
 
P
-
 
L
I
 
L
S
 
E
I
 
L
T
 
G
D
 
E
A
 
A
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

3k1gA Crystal structure of dipeptide epimerase from enterococcus faecalis v583 complexed with mg and dipeptide l-ser-l-tyr (see paper)
43% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/354 of 3k1gA

query
sites
3k1gA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
K
D
 
Q
I
 
V
Q
 
H
F
 
V
G
 
R
M
 
A
L
 
S
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
T
F
|
F
K
 
T
T
x
I
A
 
A
L
 
L
R
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
S
V
 
A
D
 
D
D
 
S
I
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
E
T
 
T
D
 
E
T
 
E
G
 
G
H
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
G
A
x
P
T
 
G
A
 
I
V
x
F
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
A
S
 
G
I
 
T
V
 
L
D
 
E
A
 
T
I
 
I
R
 
E
H
 
L
Y
 
F
I
 
-
A
 
G
P
 
Q
R
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
H
 
L
E
 
N
V
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
E
L
 
V
I
 
M
Q
 
D
A
 
K
S
 
I
M
 
S
E
 
A
K
 
F
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
M
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
Y
 
A
K
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
Q
I
 
V
T
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
I
T
|
T
I
 
L
S
 
G
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
N
K
 
V
M
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
K
S
 
A
I
 
V
S
 
E
A
 
K
V
 
V
E
 
K
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
D
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
G
I
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
G
D
 
F
R
 
D
A
 
I
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
A
W
 
W
T
 
T
A
 
P
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
A
 
-
G
 
-
V
 
Y
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
Q
V
 
V
H
 
N
T
 
T
P
 
T
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
Q
E
 
D
V
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
K
R
 
G
A
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
H
N
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
Q
I
 
I
A
 
C
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
A
E
|
E
S
 
E
S
 
T
I
 
T
S
 
I
V
 
G
A
 
I
A
 
T
A
 
A
V
 
A
H
 
A
V
 
H
A
 
L
V
 
A
A
 
A
K
 
A
A
 
Q
D
 
K
V
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
A
D
|
D
L
|
L
D
|
D
G
 
A
P
 
T
S
 
F
L
 
G
C
 
L
Q
 
E
Y
 
T
D
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
L
N
 
E
E
 
A
S
 
K
E
 
P
-
 
L
I
 
L
S
 
E
I
 
L
T
 
G
D
 
E
A
 
A
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

3jvaB Crystal structure of dipeptide epimerase from enterococcus faecalis v583 (see paper)
43% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/354 of 3jvaB

query
sites
3jvaB
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
K
D
 
Q
I
 
V
Q
 
H
F
 
V
G
 
R
M
 
A
L
 
S
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
T
F
|
F
K
 
T
T
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
E
R
 
S
V
 
A
D
 
D
D
 
S
I
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
E
T
 
T
D
 
E
T
 
E
G
 
G
H
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
G
A
x
P
T
 
G
A
 
I
V
x
F
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
A
S
 
G
I
 
T
V
 
L
D
 
E
A
 
T
I
 
I
R
 
E
H
 
L
Y
 
F
I
 
-
A
 
G
P
 
Q
R
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
H
 
L
E
 
N
V
 
P
A
 
F
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
E
L
 
V
I
 
M
Q
 
D
A
 
K
S
 
I
M
 
S
E
 
A
K
 
F
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
M
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
Y
 
A
K
 
Q
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
D
 
D
P
 
N
V
 
Q
I
 
V
T
 
I
T
 
T
D
 
D
I
 
I
T
|
T
I
 
L
S
 
G
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
N
K
 
V
M
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
K
S
 
A
I
 
V
S
 
E
A
 
K
V
 
V
E
 
K
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
D
S
 
T
L
 
L
K
|
K
I
 
I
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
G
I
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
R
 
R
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
G
D
 
F
R
 
D
A
 
I
L
 
K
L
 
L
R
 
R
L
 
L
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
A
W
 
W
T
 
T
A
 
P
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
A
 
-
G
 
-
V
 
Y
K
 
Q
L
 
I
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
M
 
L
R
 
K
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
E
 
S
R
 
Q
V
 
V
H
 
N
T
 
T
P
 
T
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
Q
E
 
D
V
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
L
 
K
R
 
G
A
 
T
A
 
V
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
H
N
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
K
I
 
I
A
 
N
D
 
Q
I
 
I
A
 
C
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
M
I
 
I
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
 
A
E
 
E
S
 
E
S
 
T
I
 
T
S
 
I
V
 
G
A
 
I
A
 
T
A
 
A
V
 
A
H
 
A
V
 
H
A
 
L
V
 
A
A
 
A
K
 
A
A
 
Q
D
 
K
V
 
N
I
 
I
T
 
T
K
 
R
V
x
A
D
|
D
L
|
L
D
 
D
G
 
A
P
 
T
S
 
F
L
 
G
C
 
L
Q
 
E
Y
 
T
D
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
S
F
 
L
N
 
E
E
 
A
S
 
K
E
 
P
-
 
L
I
 
L
S
 
E
I
 
L
T
 
G
D
 
E
A
 
A
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I

2p8cA Crystal structure of n-succinyl arg/lys racemase from bacillus cereus atcc 14579 complexed with n-succinyl arg. (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:355/365 of query aligns to 1:352/369 of 2p8cA

query
sites
2p8cA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
T
D
 
A
I
 
I
Q
 
H
F
 
L
G
 
Y
M
 
A
L
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
P
 
P
F
|
F
K
 
V
T
 
I
A
 
S
L
 
Y
R
 
G
T
 
S
V
x
Y
E
 
S
R
 
D
V
x
M
D
 
P
D
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
M
 
K
V
 
M
H
 
E
T
 
T
D
 
D
T
 
E
G
 
G
H
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
V
A
|
A
T
x
D
A
 
D
V
x
H
I
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
W
G
 
E
S
 
S
I
 
T
V
 
F
D
 
H
A
 
T
I
 
L
R
 
K
H
 
H
Y
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
Q
E
 
N
V
 
P
A
 
M
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
D
L
 
M
I
 
M
Q
 
D
A
 
N
S
 
T
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
V
T
 
P
S
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
I
W
 
M
G
 
G
Q
 
K
L
 
K
Y
 
L
K
 
N
A
 
Q
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
G
-
 
R
-
 
Y
G
 
H
D
 
E
P
 
E
V
 
F
I
 
P
T
 
V
T
 
T
D
 
H
I
x
V
T
 
-
I
 
L
S
 
S
V
 
I
D
 
A
Y
 
D
I
 
P
D
 
E
K
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
E
D
 
E
S
 
A
I
 
A
S
 
S
A
 
M
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
Q
S
 
S
L
x
F
K
|
K
I
x
M
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
N
I
 
V
G
 
K
V
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
R
V
 
I
K
 
E
A
 
A
I
 
V
Y
 
R
A
 
E
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
N
R
 
D
A
 
I
L
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
V
D
|
D
A
 
V
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
-
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
A
 
S
V
 
A
Y
 
N
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
R
D
 
S
A
 
L
G
 
G
-
 
H
V
 
L
K
 
N
L
 
I
E
 
D
L
 
W
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
I
A
 
A
R
 
D
D
 
D
L
 
I
E
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
H
V
 
I
T
 
R
E
 
S
R
 
K
V
 
T
H
 
D
T
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
M
A
 
I
D
|
D
E
|
E
S
x
G
V
 
L
F
 
K
G
 
S
P
 
S
M
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
R
E
 
Q
L
 
I
I
 
I
R
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
K
I
 
V
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
Y
N
 
P
A
 
A
I
 
V
R
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
H
I
 
Q
A
 
A
G
 
E
L
 
M
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
Q
I
 
V
G
|
G
C
x
S
M
|
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
S
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
A
A
 
G
V
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
K
A
 
K
D
 
-
V
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
S
V
|
V
D
x
E
L
|
L
D
x
T
G
 
G
P
 
P
S
 
-
L
 
-
C
 
L
Q
 
K
Y
 
F
D
 
T
P
 
K
V
 
D
D
 
I
G
 
G
G
 
N
V
 
L
N
 
H
F
 
Y
N
 
D
E
 
V
S
 
P
E
 
F
I
 
I
S
 
R
I
 
L
T
 
N
D
 
E
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E

2p8bA Crystal structure of n-succinyl arg/lys racemase from bacillus cereus atcc 14579 complexed with n-succinyl lys. (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:355/365 of query aligns to 1:352/369 of 2p8bA

query
sites
2p8bA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
T
D
 
A
I
 
I
Q
 
H
F
 
L
G
 
Y
M
 
A
L
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
P
 
P
F
|
F
K
 
V
T
 
I
A
 
S
L
 
Y
R
 
G
T
 
S
V
x
Y
E
 
S
R
 
D
V
 
M
D
 
P
D
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
M
 
K
V
 
M
H
 
E
T
 
T
D
 
D
T
 
E
G
 
G
H
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
V
A
|
A
T
x
D
A
 
D
V
x
H
I
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
W
G
 
E
S
 
S
I
 
T
V
 
F
D
 
H
A
 
T
I
 
L
R
 
K
H
 
H
Y
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
Q
E
 
N
V
 
P
A
 
M
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
D
L
 
M
I
 
M
Q
 
D
A
 
N
S
 
T
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
V
T
 
P
S
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
I
W
 
M
G
 
G
Q
 
K
L
 
K
Y
 
L
K
 
N
A
 
Q
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
G
-
 
R
-
 
Y
G
 
H
D
 
E
P
 
E
V
 
F
I
 
P
T
 
V
T
 
T
D
 
H
I
x
V
T
 
-
I
 
L
S
 
S
V
 
I
D
 
A
Y
 
D
I
 
P
D
 
E
K
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
E
D
 
E
S
 
A
I
 
A
S
 
S
A
 
M
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
Q
S
 
S
L
x
F
K
|
K
I
x
M
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
N
I
 
V
G
 
K
V
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
R
V
 
I
K
 
E
A
 
A
I
 
V
Y
 
R
A
 
E
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
N
R
 
D
A
 
I
L
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
V
D
|
D
A
 
V
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
-
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
A
 
S
V
 
A
Y
 
N
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
R
D
 
S
A
 
L
G
 
G
-
 
H
V
 
L
K
 
N
L
 
I
E
 
D
L
 
W
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
I
A
 
A
R
 
D
D
 
D
L
 
I
E
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
H
V
 
I
T
 
R
E
 
S
R
 
K
V
 
T
H
 
D
T
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
M
A
 
I
D
|
D
E
|
E
S
x
G
V
 
L
F
 
K
G
 
S
P
 
S
M
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
R
E
 
Q
L
 
I
I
 
I
R
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
K
I
 
V
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
Y
N
 
P
A
 
A
I
 
V
R
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
H
I
 
Q
A
 
A
G
 
E
L
 
M
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
Q
I
 
V
G
|
G
C
x
S
M
|
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
S
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
A
A
 
G
V
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
K
A
 
K
D
 
-
V
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
S
V
|
V
D
x
E
L
|
L
D
x
T
G
 
G
P
 
P
S
 
-
L
 
-
C
 
L
Q
 
K
Y
 
F
D
 
T
P
 
K
V
 
D
D
 
I
G
 
G
G
 
N
V
 
L
N
 
H
F
 
Y
N
 
D
E
 
V
S
 
P
E
 
F
I
 
I
S
 
R
I
 
L
T
 
N
D
 
E
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E

2p88A Crystal structure of n-succinyl arg/lys racemase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:355/365 of query aligns to 1:352/369 of 2p88A

query
sites
2p88A
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
T
D
 
A
I
 
I
Q
 
H
F
 
L
G
 
Y
M
 
A
L
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
P
 
P
F
|
F
K
 
V
T
 
I
A
 
S
L
 
Y
R
 
G
T
 
S
V
 
Y
E
 
S
R
 
D
V
 
M
D
 
P
D
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
M
 
K
V
 
M
H
 
E
T
 
T
D
 
D
T
 
E
G
 
G
H
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
V
A
|
A
T
 
D
A
 
D
V
x
H
I
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
W
G
 
E
S
 
S
I
 
T
V
 
F
D
 
H
A
 
T
I
 
L
R
 
K
H
 
H
Y
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
Q
E
 
N
V
 
P
A
 
M
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
D
L
 
M
I
 
M
Q
 
D
A
 
N
S
 
T
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
V
T
 
P
S
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
I
W
 
M
G
 
G
Q
 
K
L
 
K
Y
 
L
K
 
N
A
 
Q
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
G
-
 
R
-
 
Y
G
 
H
D
 
E
P
 
E
V
 
F
I
 
P
T
 
V
T
 
T
D
 
H
I
x
V
T
 
-
I
 
L
S
 
S
V
 
I
D
 
A
Y
 
D
I
 
P
D
 
E
K
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
E
D
 
E
S
 
A
I
 
A
S
 
S
A
 
M
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
Q
S
 
S
L
x
F
K
|
K
I
x
M
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
N
I
 
V
G
 
K
V
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
R
V
 
I
K
 
E
A
 
A
I
 
V
Y
 
R
A
 
E
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
N
R
 
D
A
 
I
L
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
V
D
|
D
A
 
V
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
-
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
A
 
S
V
 
A
Y
 
N
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
R
D
 
S
A
 
L
G
 
G
-
 
H
V
 
L
K
 
N
L
 
I
E
 
D
L
 
W
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
I
A
 
A
R
 
D
D
 
D
L
 
I
E
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
H
V
 
I
T
 
R
E
 
S
R
 
K
V
 
T
H
 
D
T
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
M
A
 
I
D
|
D
E
|
E
S
x
G
V
 
L
F
 
K
G
 
S
P
 
S
M
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
R
E
 
Q
L
 
I
I
 
I
R
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
K
I
 
V
N
|
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
Y
N
 
P
A
 
A
I
 
V
R
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
H
I
 
Q
A
 
A
G
 
E
L
 
M
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
Q
I
 
V
G
|
G
C
x
S
M
|
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
S
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
A
A
 
G
V
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
K
A
 
K
D
 
-
V
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
S
V
|
V
D
x
E
L
|
L
D
 
T
G
 
G
P
 
P
S
 
-
L
 
-
C
 
L
Q
 
K
Y
 
F
D
 
T
P
 
K
V
 
D
D
 
I
G
 
G
G
 
N
V
 
L
N
 
H
F
 
Y
N
 
D
E
 
V
S
 
P
E
 
F
I
 
I
S
 
R
I
 
L
T
 
N
D
 
E
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E

Q81IL5 N-succinyl-L-Arg/Lys racemase; N-succinyl amino acid racemase; NSAR; EC 5.1.1.- from Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / CCUG 7414 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NCTC 2599 / NRRL B-3711) (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:355/365 of query aligns to 1:352/369 of Q81IL5

query
sites
Q81IL5
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
T
D
 
A
I
 
I
Q
 
H
F
 
L
G
 
Y
M
 
A
L
 
I
R
 
R
V
 
L
P
 
P
L
 
L
K
 
R
T
 
N
P
 
P
F
 
F
K
 
V
T
 
I
A
 
S
L
 
Y
R
 
G
T
 
S
V
 
Y
E
 
S
R
 
D
V
 
M
D
 
P
D
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
M
 
K
V
 
M
H
 
E
T
 
T
D
 
D
T
 
E
G
 
G
H
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
P
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
D
V
 
H
I
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
W
G
 
E
S
 
S
I
 
T
V
 
F
D
 
H
A
 
T
I
 
L
R
 
K
H
 
H
Y
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
R
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
Q
E
 
N
V
 
P
A
 
M
D
 
N
L
 
I
N
 
E
R
 
K
I
 
I
T
 
H
H
 
D
L
 
M
I
 
M
Q
 
D
A
 
N
S
 
T
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
V
T
 
P
S
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
C
Y
 
F
D
 
D
L
 
I
W
 
M
G
 
G
Q
 
K
L
 
K
Y
 
L
K
 
N
A
 
Q
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
G
-
 
R
-
 
Y
G
 
H
D
 
E
P
 
E
V
 
F
I
 
P
T
 
V
T
 
T
D
 
H
I
 
V
T
 
-
I
 
L
S
 
S
V
 
I
D
 
A
Y
 
D
I
 
P
D
 
E
K
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
E
D
 
E
S
 
A
I
 
A
S
 
S
A
 
M
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
Q
S
 
S
L
 
F
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
T
D
 
N
I
 
V
G
 
K
V
 
E
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
R
V
 
I
K
 
E
A
 
A
I
 
V
Y
 
R
A
 
E
A
 
R
V
 
V
E
 
G
D
 
N
R
 
D
A
 
I
L
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
V
D
|
D
A
 
V
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
-
A
 
-
K
 
K
Q
 
N
A
 
S
V
 
A
Y
 
N
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
R
D
 
S
A
 
L
G
 
G
-
 
H
V
 
L
K
 
N
L
 
I
E
 
D
L
 
W
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
I
A
 
A
R
 
D
D
 
D
L
 
I
E
 
D
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
H
V
 
I
T
 
R
E
 
S
R
 
K
V
 
T
H
 
D
T
 
L
P
 
P
V
 
L
M
 
M
A
 
I
D
|
D
E
 
E
S
 
G
V
 
L
F
 
K
G
 
S
P
 
S
M
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
R
E
 
Q
L
 
I
I
 
I
R
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
K
I
 
V
N
 
N
I
 
I
K
 
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
Y
N
 
P
A
 
A
I
 
V
R
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
H
I
 
Q
A
 
A
G
 
E
L
 
M
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
E
C
 
C
M
 
Q
I
 
V
G
 
G
C
 
S
M
 
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
S
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
A
A
 
G
V
 
F
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
K
A
 
K
D
 
-
V
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
S
V
 
V
D
 
E
L
 
L
D
 
T
G
 
G
P
 
P
S
 
-
L
 
-
C
 
L
Q
 
K
Y
 
F
D
 
T
P
 
K
V
 
D
D
 
I
G
 
G
G
 
N
V
 
L
N
 
H
F
 
Y
N
 
D
E
 
V
S
 
P
E
 
F
I
 
I
S
 
R
I
 
L
T
 
N
D
 
E
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E

3r1zA Crystal structure of nysgrc enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from francisella philomiragia : complex with l- ala-l-glu and l-ala-d-glu (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:360/365 of query aligns to 3:360/362 of 3r1zA

query
sites
3r1zA
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
F
 
T
G
 
S
M
 
I
L
 
I
R
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
L
K
 
K
T
 
R
P
 
T
F
|
F
K
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
|
R
T
 
S
V
 
T
E
 
N
R
 
H
V
 
I
D
 
D
D
 
S
I
 
L
V
 
A
V
 
V
M
 
E
V
 
L
H
 
T
T
 
L
D
 
D
T
 
N
G
 
G
H
 
V
V
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
V
A
 
A
P
 
P
A
|
A
T
|
T
A
 
T
V
x
A
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
H
 
L
G
 
Q
S
 
G
I
 
M
V
 
Q
D
 
Y
A
 
I
I
 
I
R
 
R
H
 
E
Y
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
P
R
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
H
 
S
E
 
D
V
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
Y
N
 
K
R
 
Q
I
 
T
T
 
L
H
 
E
L
 
L
I
 
A
Q
 
F
A
 
K
S
 
K
M
 
V
E
 
M
K
 
F
N
 
N
T
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
W
 
L
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
Y
 
Q
K
 
D
A
 
I
P
 
S
L
 
V
Y
 
A
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
G
 
K
D
 
A
P
 
N
V
 
S
I
 
I
T
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
V
T
x
S
I
 
I
S
 
S
V
 
C
D
 
G
Y
 
N
I
 
V
D
 
A
K
 
E
M
 
T
V
 
I
A
 
Q
D
 
N
S
 
I
I
 
Q
S
 
N
A
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
A
G
 
N
F
 
F
E
 
T
S
 
A
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
T
G
 
G
K
 
A
D
 
D
I
 
F
G
 
N
V
 
R
D
 
D
I
 
I
E
 
Q
R
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
L
Y
 
D
A
 
N
A
 
E
V
 
F
E
 
S
D
 
K
R
 
N
A
 
I
L
 
K
L
 
F
R
 
R
L
 
F
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
N
A
 
L
K
 
A
Q
 
Q
A
 
T
V
 
K
Y
 
Q
A
 
F
L
 
I
Q
 
E
T
 
E
L
 
I
E
 
N
D
 
K
A
 
Y
G
 
S
V
 
L
K
 
N
L
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
Y
R
 
Y
D
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
K
R
 
F
V
 
S
H
 
N
T
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
V
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
K
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
N
I
 
M
I
 
I
N
 
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
K
D
 
K
I
 
L
A
 
A
G
 
D
L
 
S
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
S
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
M
E
 
E
S
 
S
S
 
P
I
 
A
S
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
T
V
 
A
H
 
S
V
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
D
D
 
-
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
V
V
 
A
D
|
D
L
 
L
D
|
D
G
 
P
P
 
L
S
 
D
L
 
W
C
 
V
Q
 
A
Y
 
K
D
 
D
P
 
L
V
 
Y
D
 
S
G
 
D
G
 
Y
V
 
I
N
 
T
F
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
P
E
 
N
I
 
I
S
 
I
I
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
N
-
 
L
P
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
F
R
 
N
Q
 
L
I
 
A
H
 
E
G
 
N
L
 
L

3r0uA Crystal structure of nysgrc enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from francisella philomiragia : tartrate and mg complex (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:360/365 of query aligns to 3:360/362 of 3r0uA

query
sites
3r0uA
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
F
 
T
G
 
S
M
 
I
L
 
I
R
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
L
K
 
K
T
 
R
P
 
T
F
|
F
K
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
 
R
T
 
S
V
 
T
E
 
N
R
 
H
V
 
I
D
 
D
D
 
S
I
 
L
V
 
A
V
 
V
M
 
E
V
 
L
H
 
T
T
 
L
D
 
D
T
 
N
G
 
G
H
 
V
V
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
V
A
 
A
P
 
P
A
|
A
T
 
T
A
 
T
V
x
A
I
 
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
H
 
L
G
 
Q
S
 
G
I
 
M
V
 
Q
D
 
Y
A
 
I
I
 
I
R
 
R
H
 
E
Y
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
P
R
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
H
 
S
E
 
D
V
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
Y
N
 
K
R
 
Q
I
 
T
T
 
L
H
 
E
L
 
L
I
 
A
Q
 
F
A
 
K
S
 
K
M
 
V
E
 
M
K
 
F
N
 
N
T
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
W
 
L
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
Y
 
Q
K
 
D
A
 
I
P
 
S
L
 
V
Y
 
A
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
G
 
K
D
 
A
P
 
N
V
 
S
I
 
I
T
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
V
T
x
S
I
 
I
S
 
S
V
 
C
D
 
G
Y
 
N
I
 
V
D
 
A
K
 
E
M
 
T
V
 
I
A
 
Q
D
 
N
S
 
I
I
 
Q
S
 
N
A
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
A
G
 
N
F
 
F
E
 
T
S
 
A
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
T
G
 
G
K
 
A
D
 
D
I
 
F
G
 
N
V
 
R
D
 
D
I
 
I
E
 
Q
R
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
L
Y
 
D
A
 
N
A
 
E
V
 
F
E
 
S
D
 
K
R
 
N
A
 
I
L
 
K
L
 
F
R
 
R
L
 
F
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
N
A
 
L
K
 
A
Q
 
Q
A
 
T
V
 
K
Y
 
Q
A
 
F
L
 
I
Q
 
E
T
 
E
L
 
I
E
 
N
D
 
K
A
 
Y
G
 
S
V
 
L
K
 
N
L
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
Y
R
 
Y
D
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
E
V
 
I
T
|
T
E
 
K
R
 
F
V
x
S
H
 
N
T
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
V
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
K
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
N
I
 
M
I
 
I
N
 
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
K
D
 
K
I
 
L
A
 
A
G
 
D
L
 
S
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
S
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
P
I
 
A
S
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
T
V
 
A
H
 
S
V
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
D
D
 
-
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
V
V
 
A
D
|
D
L
 
L
D
 
D
G
 
P
P
 
L
S
 
D
L
 
W
C
 
V
Q
 
A
Y
 
K
D
 
D
P
 
L
V
 
Y
D
 
S
G
 
D
G
 
Y
V
 
I
N
 
T
F
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
P
E
 
N
I
 
I
S
 
I
I
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
N
-
 
L
P
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
F
R
 
N
Q
 
L
I
 
A
H
 
E
G
 
N
L
 
L

3r1zB Crystal structure of nysgrc enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from francisella philomiragia : complex with l- ala-l-glu and l-ala-d-glu (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:360/365 of query aligns to 3:360/364 of 3r1zB

query
sites
3r1zB
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
F
 
T
G
 
S
M
 
I
L
 
I
R
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
L
K
 
K
T
 
R
P
 
T
F
|
F
K
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
|
R
T
 
S
V
 
T
E
 
N
R
 
H
V
 
I
D
 
D
D
 
S
I
 
L
V
 
A
V
 
V
M
 
E
V
 
L
H
 
T
T
 
L
D
 
D
T
 
N
G
 
G
H
 
V
V
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
V
A
 
A
P
 
P
A
|
A
T
 
T
A
 
T
V
x
A
I
|
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
H
 
L
G
 
Q
S
 
G
I
 
M
V
 
Q
D
 
Y
A
 
I
I
 
I
R
 
R
H
 
E
Y
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
P
R
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
H
 
S
E
 
D
V
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
Y
N
 
K
R
 
Q
I
 
T
T
 
L
H
 
E
L
 
L
I
 
A
Q
 
F
A
 
K
S
 
K
M
 
V
E
 
M
K
 
F
N
 
N
T
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
W
 
L
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
Y
 
Q
K
 
D
A
 
I
P
 
S
L
 
V
Y
 
A
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
G
 
K
D
 
A
P
 
N
V
 
S
I
 
I
T
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
V
T
x
S
I
 
I
S
 
S
V
 
C
D
 
G
Y
 
N
I
 
V
D
 
A
K
 
E
M
 
T
V
 
I
A
 
Q
D
 
N
S
 
I
I
 
Q
S
 
N
A
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
A
G
 
N
F
 
F
E
 
T
S
 
A
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
T
G
 
G
K
 
A
D
 
D
I
 
F
G
 
N
V
 
R
D
 
D
I
 
I
E
 
Q
R
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
L
Y
 
D
A
 
N
A
 
E
V
 
F
E
 
S
D
 
K
R
 
N
A
 
I
L
 
K
L
 
F
R
 
R
L
 
F
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
N
A
 
L
K
 
A
Q
 
Q
A
 
T
V
 
K
Y
 
Q
A
 
F
L
 
I
Q
 
E
T
 
E
L
 
I
E
 
N
D
 
K
A
 
Y
G
 
S
V
 
L
K
 
N
L
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
Y
R
 
Y
D
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
K
R
 
F
V
 
S
H
 
N
T
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
V
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
K
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
N
I
 
M
I
 
I
N
 
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
K
D
 
K
I
 
L
A
 
A
G
 
D
L
 
S
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
S
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
M
E
 
E
S
 
S
S
 
P
I
 
A
S
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
T
V
 
A
H
 
S
V
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
D
D
 
-
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
V
V
 
A
D
|
D
L
 
L
D
|
D
G
 
P
P
 
L
S
 
D
L
 
W
C
 
V
Q
 
A
Y
 
K
D
 
D
P
 
L
V
 
Y
D
 
S
G
 
D
G
 
Y
V
 
I
N
 
T
F
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
P
E
 
N
I
 
I
S
 
I
I
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
N
-
 
L
P
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
F
R
 
N
Q
 
L
I
 
A
H
 
E
G
 
N
L
 
L

3r11B Crystal structure of nysgrc enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from francisella philomiragia : mg and fumarate complex (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:360/365 of query aligns to 3:360/364 of 3r11B

query
sites
3r11B
K
 
K
I
 
I
T
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
F
 
T
G
 
S
M
 
I
L
 
I
R
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
L
K
 
K
T
 
R
P
 
T
F
|
F
K
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
V
R
|
R
T
 
S
V
 
T
E
 
N
R
 
H
V
 
I
D
 
D
D
 
S
I
 
L
V
 
A
V
 
V
M
 
E
V
 
L
H
 
T
T
 
L
D
 
D
T
 
N
G
 
G
H
 
V
V
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
V
A
 
A
P
 
P
A
|
A
T
 
T
A
 
T
V
x
A
I
|
I
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
H
 
L
G
 
Q
S
 
G
I
 
M
V
 
Q
D
 
Y
A
 
I
I
 
I
R
 
R
H
 
E
Y
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
P
R
 
V
L
 
I
I
 
L
G
 
G
H
 
S
E
 
D
V
 
L
A
 
S
D
 
D
L
 
Y
N
 
K
R
 
Q
I
 
T
T
 
L
H
 
E
L
 
L
I
 
A
Q
 
F
A
 
K
S
 
K
M
 
V
E
 
M
K
 
F
N
 
N
T
 
S
S
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
V
 
I
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
Y
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
W
 
L
G
 
A
Q
 
K
L
 
E
Y
 
Q
K
 
D
A
 
I
P
 
S
L
 
V
Y
 
A
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
G
 
K
D
 
A
P
 
N
V
 
S
I
 
I
T
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
V
T
x
S
I
 
I
S
 
S
V
 
C
D
 
G
Y
 
N
I
 
V
D
 
A
K
 
E
M
 
T
V
 
I
A
 
Q
D
 
N
S
 
I
I
 
Q
S
 
N
A
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
A
G
 
N
F
 
F
E
 
T
S
 
A
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
T
G
 
G
K
 
A
D
 
D
I
 
F
G
 
N
V
 
R
D
 
D
I
 
I
E
 
Q
R
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
L
Y
 
D
A
 
N
A
 
E
V
 
F
E
 
S
D
 
K
R
 
N
A
 
I
L
 
K
L
 
F
R
 
R
L
 
F
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
N
A
 
L
K
 
A
Q
 
Q
A
 
T
V
 
K
Y
 
Q
A
 
F
L
 
I
Q
 
E
T
 
E
L
 
I
E
 
N
D
 
K
A
 
Y
G
 
S
V
 
L
K
 
N
L
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
Y
R
 
Y
D
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
A
M
 
M
R
 
A
Y
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
K
R
 
F
V
 
S
H
 
N
T
 
I
P
 
P
V
 
V
M
 
V
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
F
G
 
D
P
 
A
M
 
K
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
D
L
 
E
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
N
I
 
M
I
 
I
N
 
N
I
 
I
K
|
K
L
 
L
M
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
S
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
K
D
 
K
I
 
L
A
 
A
G
 
D
L
 
S
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
S
C
 
C
M
 
M
I
 
V
G
|
G
C
|
C
M
|
M
L
x
M
E
 
E
S
 
S
S
 
P
I
 
A
S
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
T
V
 
A
H
 
S
V
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
D
D
 
-
V
 
-
I
 
I
T
 
T
K
 
V
V
 
A
D
|
D
L
 
L
D
 
D
G
 
P
P
 
L
S
 
D
L
 
W
C
 
V
Q
 
A
Y
 
K
D
 
D
P
 
L
V
 
Y
D
 
S
G
 
D
G
 
Y
V
 
I
N
 
T
F
 
F
N
 
N
E
 
E
S
 
P
E
 
N
I
 
I
S
 
I
I
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
N
-
 
L
P
 
K
G
 
G
L
 
F
G
 
G
I
 
F
R
 
N
Q
 
L
I
 
A
H
 
E
G
 
N
L
 
L

3q4dA Crystal structure of dipeptide epimerase from cytophaga hutchinsonii complexed with mg and dipeptide d-ala-l-ala (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:353/365 of query aligns to 1:351/368 of 3q4dA

query
sites
3q4dA
M
 
M
K
 
I
I
 
I
T
 
T
D
 
Q
I
 
V
Q
 
E
F
 
L
G
 
Y
M
 
K
L
 
S
R
 
P
V
 
V
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
P
F
|
F
K
 
K
T
 
I
A
 
S
L
 
L
R
 
G
T
 
I
V
 
L
E
 
T
R
 
H
V
 
A
D
 
N
D
 
N
I
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
R
V
 
I
H
 
H
T
 
T
D
 
A
T
 
S
G
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
C
P
 
S
A
x
P
T
 
F
A
 
M
V
x
T
I
 
I
T
 
H
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
M
G
 
D
S
 
T
I
 
A
V
 
F
D
 
-
A
 
I
I
 
V
R
 
G
H
 
Q
Y
 
Y
I
 
L
A
 
A
P
 
K
R
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
T
E
 
S
V
 
C
A
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
V
R
 
S
I
 
N
T
 
S
H
 
L
L
 
L
I
 
M
Q
 
D
A
 
A
S
 
I
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
N
T
 
S
S
 
C
A
 
I
K
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
F
E
 
N
I
 
I
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
H
Y
 
A
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
K
-
 
K
D
 
D
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
Q
T
 
T
D
 
D
I
 
Y
T
|
T
I
 
V
S
 
S
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
H
K
 
K
M
 
M
V
 
A
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
V
S
 
Q
A
 
I
V
 
K
E
 
K
R
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
E
S
 
I
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
G
D
 
S
I
 
K
G
 
E
V
 
L
D
 
D
I
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
I
K
 
R
A
 
M
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
G
D
 
D
R
 
S
A
 
I
L
 
T
L
 
L
R
 
R
L
 
I
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
S
A
 
V
K
 
E
Q
 
T
A
 
A
V
 
I
Y
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
P
A
 
Y
G
 
N
V
 
I
K
 
-
L
 
-
E
 
Q
L
 
H
V
 
C
E
|
E
Q
 
E
P
 
P
V
 
V
K
 
S
A
 
R
R
 
N
D
 
L
L
 
Y
E
 
T
G
 
A
M
 
L
R
 
P
Y
 
K
V
 
I
T
 
R
E
 
Q
R
 
A
V
 
C
H
 
R
T
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
C
G
 
N
P
 
S
M
 
F
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
Q
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
D
I
 
S
I
 
F
N
 
N
I
 
L
K
|
K
L
 
L
M
 
S
K
 
K
T
 
S
G
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
N
 
N
A
 
A
I
 
L
R
 
N
I
 
I
A
 
I
D
 
R
I
 
L
A
 
A
G
 
E
L
 
Q
H
 
A
G
 
H
I
 
M
D
 
P
C
 
V
M
 
Q
I
 
V
G
|
G
C
x
G
M
x
F
L
 
L
E
 
E
S
 
S
S
 
R
I
 
L
S
 
G
V
 
F
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
V
K
 
-
A
 
S
D
 
K
V
 
T
I
 
I
T
 
C
K
 
Y
V
x
Y
D
|
D
L
x
F
D
|
D
G
x
T
P
 
P
S
 
L
L
 
M
C
 
F
Q
 
E
Y
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
D
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
V
F
 
Y
N
 
Q
E
 
Q
S
 
R
E
 
G
-
 
I
I
 
I
S
 
E
I
 
V
T
 
P
D
 
E
A
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G

3q45A Crystal structure of dipeptide epimerase from cytophaga hutchinsonii complexed with mg and dipeptide d-ala-l-val (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:353/365 of query aligns to 1:351/368 of 3q45A

query
sites
3q45A
M
 
M
K
 
I
I
 
I
T
 
T
D
 
Q
I
 
V
Q
 
E
F
 
L
G
 
Y
M
 
K
L
 
S
R
 
P
V
 
V
P
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
E
P
 
P
F
|
F
K
 
K
T
 
I
A
 
S
L
 
L
R
 
G
T
 
I
V
 
L
E
 
T
R
 
H
V
 
A
D
 
N
D
 
N
I
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
R
V
 
I
H
 
H
T
 
T
D
 
A
T
 
S
G
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
C
P
 
S
A
x
P
T
 
F
A
 
M
V
x
T
I
 
I
T
 
H
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
M
G
 
D
S
 
T
I
 
A
V
 
F
D
 
-
A
 
I
I
 
V
R
 
G
H
 
Q
Y
 
Y
I
 
L
A
 
A
P
 
K
R
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
T
E
 
S
V
 
C
A
 
L
D
 
D
L
 
I
N
 
V
R
 
S
I
 
N
T
 
S
H
 
L
L
 
L
I
 
M
Q
 
D
A
 
A
S
 
I
M
 
I
E
 
Y
K
 
G
N
 
N
T
 
S
S
 
C
A
 
I
K
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
F
E
 
N
I
 
I
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
W
 
A
G
 
A
Q
 
Q
L
 
H
Y
 
A
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
K
-
 
K
D
 
D
P
 
K
V
 
I
I
 
I
T
 
Q
T
 
T
D
 
D
I
 
Y
T
|
T
I
 
V
S
 
S
V
 
I
D
 
D
Y
 
E
I
 
P
D
 
H
K
 
K
M
 
M
V
 
A
A
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
V
S
 
Q
A
 
I
V
 
K
E
 
K
R
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
E
S
 
I
L
 
I
K
|
K
I
 
V
K
|
K
V
 
V
G
 
G
K
 
G
D
 
S
I
 
K
G
 
E
V
 
L
D
 
D
I
 
V
E
 
E
R
 
R
V
 
I
K
 
R
A
 
M
I
 
I
Y
 
R
A
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
G
D
 
D
R
 
S
A
 
I
L
 
T
L
 
L
R
 
R
L
 
I
D
|
D
A
 
A
N
|
N
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
T
 
S
A
 
V
K
 
E
Q
 
T
A
 
A
V
 
I
Y
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
P
A
 
Y
G
 
N
V
 
I
K
 
-
L
 
-
E
 
Q
L
 
H
V
 
C
E
|
E
Q
 
E
P
 
P
V
 
V
K
 
S
A
 
R
R
 
N
D
 
L
L
 
Y
E
 
T
G
 
A
M
 
L
R
 
P
Y
 
K
V
 
I
T
 
R
E
 
Q
R
 
A
V
 
C
H
 
R
T
 
I
P
 
P
V
 
I
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
C
F
 
C
G
 
N
P
 
S
M
 
F
E
 
D
V
 
A
I
 
E
E
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
Q
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
A
 
C
D
 
D
I
 
S
I
 
F
N
 
N
I
 
L
K
|
K
L
 
L
M
 
S
K
 
K
T
 
S
G
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
T
N
 
N
A
 
A
I
 
L
R
 
N
I
 
I
A
 
I
D
 
R
I
 
L
A
 
A
G
 
E
L
 
Q
H
 
A
G
 
H
I
 
M
D
 
P
C
 
V
M
 
Q
I
 
V
G
|
G
C
x
G
M
x
F
L
 
L
E
 
E
S
 
S
S
 
R
I
 
L
S
 
G
V
 
F
A
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
V
K
 
-
A
 
S
D
 
K
V
 
T
I
 
I
T
 
C
K
 
Y
V
x
Y
D
|
D
L
x
F
D
|
D
G
x
T
P
 
P
S
 
L
L
 
M
C
 
F
Q
 
E
Y
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
D
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
V
F
 
Y
N
 
Q
E
 
Q
S
 
R
E
 
G
-
 
I
I
 
I
S
 
E
I
 
V
T
 
P
D
 
E
A
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G

3i4kA Crystal structure of muconate lactonizing enzyme from corynebacterium glutamicum
33% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 2:358/370 of 3i4kA

query
sites
3i4kA
M
 
L
K
 
T
I
 
I
T
 
Q
D
 
K
I
 
V
Q
 
E
F
 
S
G
 
R
M
 
I
L
 
L
R
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
L
K
 
I
T
 
R
P
 
P
F
x
H
K
 
G
T
 
F
A
 
A
L
 
T
R
 
T
T
 
T
V
 
S
E
 
T
R
 
E
V
 
Q
D
 
H
D
 
I
I
 
L
V
 
L
V
 
V
M
 
S
V
 
V
H
 
H
T
 
L
D
 
E
T
 
N
G
 
G
H
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
G
-
 
V
-
x
V
P
 
P
A
 
G
T
x
G
A
 
P
V
 
W
I
 
W
T
 
G
G
 
G
D
 
E
T
 
S
H
 
V
G
 
E
S
 
T
I
 
M
V
 
K
D
 
A
A
 
L
I
 
V
R
 
D
H
 
G
Y
 
Y
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
H
 
R
E
 
A
V
 
V
A
 
S
D
 
E
L
 
L
N
 
A
R
x
G
I
 
I
T
 
M
H
 
A
L
 
D
I
 
L
Q
 
E
A
 
R
S
 
V
M
 
V
E
 
A
K
 
R
N
 
A
T
 
R
S
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
D
I
 
V
A
 
A
V
 
M
Y
 
H
D
 
D
L
 
A
W
 
W
G
 
A
Q
 
R
L
 
S
Y
 
L
K
 
N
A
 
V
P
 
P
L
 
V
Y
 
R
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
T
-
 
V
-
 
R
D
 
D
P
 
K
V
 
V
I
 
D
T
 
V
T
 
T
D
 
-
I
 
W
T
x
A
I
 
L
S
 
G
V
 
V
D
 
L
Y
 
P
I
 
L
D
 
D
K
 
V
M
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
E
S
 
I
I
 
E
S
 
E
A
 
R
V
 
I
E
 
E
R
 
E
-
 
F
G
 
G
F
 
N
E
 
R
S
 
S
L
 
F
K
|
K
I
 
L
K
|
K
V
 
M
G
 
G
K
 
A
-
 
G
D
 
D
I
 
P
G
 
A
V
 
E
D
 
D
I
 
T
E
 
R
R
 
R
V
 
V
K
 
A
A
 
E
I
 
L
Y
 
A
A
 
R
A
 
E
V
 
V
E
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
L
 
S
L
 
L
R
 
R
L
 
I
D
|
D
A
 
I
N
|
N
Q
 
A
G
 
R
W
 
W
T
 
D
A
 
R
K
 
R
Q
 
T
A
 
A
V
 
L
Y
 
H
A
 
Y
L
 
L
Q
 
P
T
 
I
L
 
L
E
 
A
D
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
-
L
 
-
E
 
E
L
 
L
V
 
F
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
T
K
 
P
A
 
A
R
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
T
M
 
L
R
 
R
Y
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
R
R
 
R
V
 
T
H
 
N
T
 
V
P
 
S
V
 
V
M
 
M
A
 
A
D
|
D
E
|
E
S
|
S
V
 
V
F
 
W
G
 
T
P
 
P
M
 
A
E
 
E
V
 
A
I
 
L
E
 
A
L
 
V
I
 
V
R
 
K
L
 
A
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
I
N
x
A
I
 
L
K
|
K
L
x
T
M
 
T
K
 
K
T
 
H
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
L
N
 
E
A
 
S
I
 
K
R
 
K
I
 
I
A
 
A
D
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
E
L
 
A
H
 
G
G
 
G
I
 
L
D
 
A
C
 
C
M
 
H
I
 
G
G
x
A
C
x
T
M
x
S
L
 
L
E
 
E
S
 
G
S
 
P
I
 
I
S
 
G
V
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
S
V
 
L
H
 
Q
V
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
S
K
 
T
A
 
K
D
 
A
V
 
I
I
 
S
T
 
Y
K
 
G
V
x
T
D
x
E
L
|
L
D
 
F
G
 
G
P
 
P
S
 
Q
L
 
L
C
 
L
Q
 
K
Y
 
D
D
 
T
P
 
Y
V
 
I
D
 
V
G
 
Q
G
 
E
V
 
F
N
 
E
F
 
Y
N
 
K
E
 
D
S
 
G
E
 
Q
I
 
V
S
 
A
I
 
I
T
 
P
D
 
Q
A
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
V

Q607C7 L-Lys-D/L-Arg epimerase; Cationic dipeptide epimerase; EC 5.1.1.- from Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 1:354/365 of query aligns to 1:352/356 of Q607C7

query
sites
Q607C7
M
 
M
K
 
K
I
 
I
T
 
A
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
F
 
V
G
 
R
M
 
T
L
 
E
R
 
H
V
 
F
P
 
P
L
 
L
K
 
T
T
 
R
P
 
P
F
 
Y
K
 
R
T
 
I
A
 
A
L
 
F
R
 
R
T
 
S
V
 
I
E
 
E
R
 
E
V
 
I
D
 
D
D
 
N
I
 
L
V
 
I
V
 
V
M
 
E
V
 
I
H
 
R
T
 
T
D
 
A
T
 
D
G
 
G
H
 
L
V
 
L
G
 
G
F
 
L
G
 
G
E
 
A
A
 
A
P
 
S
A
 
P
T
 
E
A
 
R
V
 
H
I
 
V
T
 
T
G
 
G
D
 
E
T
 
T
H
 
L
G
 
E
S
 
A
I
 
C
V
 
H
D
 
A
A
 
A
I
 
L
R
 
D
H
 
H
Y
 
D
I
 
R
A
 
L
P
 
G
R
 
W
L
 
L
I
 
M
G
 
G
H
 
R
E
 
D
V
 
I
A
 
R
D
 
T
L
 
L
N
 
P
R
 
R
I
 
L
T
 
C
H
 
R
L
 
E
I
 
L
Q
 
A
A
 
E
S
 
R
M
 
L
E
 
P
K
 
A
N
 
A
T
 
P
S
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
D
I
 
M
A
 
A
V
 
L
Y
 
H
D
 
D
L
 
L
W
 
V
G
 
A
Q
 
Q
L
 
C
Y
 
L
K
 
G
A
 
L
P
 
P
L
 
L
Y
 
V
Q
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
R
G
 
A
D
 
H
P
 
D
V
 
S
I
 
L
T
 
P
T
 
T
D
 
S
I
 
V
T
 
T
I
 
I
S
 
G
V
 
I
D
 
K
Y
 
P
I
 
V
D
 
E
K
 
E
M
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
R
S
 
E
A
 
H
V
 
L
E
 
A
R
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
R
S
 
V
L
 
L
K
 
K
I
 
V
K
 
K
V
 
L
G
 
C
K
 
G
D
 
D
I
 
E
G
 
E
V
 
Q
D
 
D
I
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
Y
 
H
A
 
E
A
 
T
V
 
L
E
 
A
D
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
V
L
 
V
R
 
R
L
 
V
D
|
D
A
 
P
N
 
N
Q
 
Q
G
 
S
W
 
Y
T
 
D
A
 
R
K
 
D
Q
 
G
A
 
L
V
 
L
Y
 
R
A
 
L
L
 
D
Q
 
R
T
 
L
L
 
V
E
 
Q
D
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
I
K
 
-
L
 
-
E
 
E
L
 
F
V
 
I
E
|
E
Q
 
Q
P
 
P
V
 
F
K
 
P
A
 
A
R
 
G
D
 
R
L
 
T
E
 
D
G
 
W
M
 
L
R
 
R
Y
 
A
V
 
L
T
 
P
E
 
K
R
 
A
V
 
I
H
 
R
T
 
R
P
 
R
V
 
I
M
 
A
A
 
A
D
|
D
E
 
E
S
 
S
V
 
L
F
 
L
G
 
G
-
 
P
P
 
A
M
 
D
E
 
A
V
 
F
I
 
A
E
 
L
L
 
A
I
 
A
R
 
P
L
 
P
R
 
A
A
 
A
A
 
C
D
 
G
I
 
I
I
 
F
N
 
N
I
 
I
K
 
K
L
 
L
M
 
M
K
 
K
T
 
C
G
 
G
G
 
G
I
 
L
S
 
A
N
 
P
A
 
A
I
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
E
L
 
T
H
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
D
C
 
L
M
 
M
I
 
W
G
 
G
C
 
C
M
 
M
L
 
D
E
 
E
S
 
S
S
 
R
I
 
I
S
 
S
V
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
H
 
-
V
 
H
A
 
A
V
 
A
A
 
L
K
 
A
A
 
C
D
 
P
V
 
A
I
 
T
T
 
R
K
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
S
S
 
F
L
 
D
C
 
L
Q
 
A
Y
 
R
D
 
D
P
 
V
V
 
A
D
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
F
N
 
I
F
 
L
N
 
E
E
 
D
S
 
G
E
 
R
I
 
L
S
 
R
I
 
V
T
 
T
D
 
E
A
 
R
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L

Query Sequence

>N515DRAFT_2119 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_2119
MKITDIQFGMLRVPLKTPFKTALRTVERVDDIVVMVHTDTGHVGFGEAPATAVITGDTHG
SIVDAIRHYIAPRLIGHEVADLNRITHLIQASMEKNTSAKAAVEIAVYDLWGQLYKAPLY
QLLGGGDPVITTDITISVDYIDKMVADSISAVERGFESLKIKVGKDIGVDIERVKAIYAA
VEDRALLRLDANQGWTAKQAVYALQTLEDAGVKLELVEQPVKARDLEGMRYVTERVHTPV
MADESVFGPMEVIELIRLRAADIINIKLMKTGGISNAIRIADIAGLHGIDCMIGCMLESS
ISVAAAVHVAVAKADVITKVDLDGPSLCQYDPVDGGVNFNESEISITDAPGLGIRQIHGL
EPIDG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory