SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing N515DRAFT_3403 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_3403 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
37% identity, 94% coverage: 2:332/352 of query aligns to 1:330/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
F
 
M
T
 
T
V
 
F
T
 
A
L
 
V
K
 
S
Q
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
V
P
 
D
V
 
C
E
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
F
Q
 
L
R
 
R
A
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
W
L
 
M
P
 
P
Y
 
N
S
 
S
C
|
C
R
 
N
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
C
|
C
G
 
G
S
 
T
C
|
C
K
 
K
A
 
L
I
 
Q
L
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
Q
 
D
Y
 
H
P
 
G
R
 
G
N
 
A
P
 
P
P
 
E
V
 
D
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
A
T
 
E
S
 
E
P
 
R
A
 
A
Q
 
S
H
 
G
A
 
L
V
 
A
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
A
V
 
R
P
 
P
C
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
T
L
 
-
I
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
E
V
 
V
T
 
R
S
 
S
V
 
T
E
 
A
D
 
D
I
 
A
A
 
G
R
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
H
-
 
P
-
 
L
R
 
R
R
 
D
L
 
L
E
 
T
V
 
A
V
 
T
V
 
V
T
 
L
E
 
E
K
 
V
S
 
A
A
 
D
L
 
I
A
 
A
P
 
R
D
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
V
V
 
L
I
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
-
L
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
L
N
 
A
W
 
F
L
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
V
D
 
E
V
 
L
L
 
V
L
 
V
E
 
P
-
 
G
D
 
S
G
 
G
R
 
A
R
 
R
R
|
R
P
x
Q
F
x
Y
S
|
S
I
 
L
A
 
A
G
 
N
G
 
T
P
 
A
R
 
D
A
 
E
D
 
D
G
 
K
S
 
V
I
 
L
E
 
E
M
 
L
H
|
H
V
|
V
R
|
R
H
 
R
V
 
V
A
 
P
G
 
G
G
 
G
G
x
V
F
x
A
T
|
T
S
 
D
-
 
G
W
 
W
V
 
L
A
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
A
V
 
A
G
 
G
D
 
D
R
 
R
L
 
V
R
 
E
L
 
A
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
P
V
 
P
P
 
P
R
 
D
E
 
E
D
 
D
S
 
D
E
 
G
R
 
G
P
 
P
M
 
M
V
 
V
F
 
L
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
F
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
L
K
 
V
A
 
G
I
 
I
V
 
A
E
 
R
H
 
T
F
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
R
G
 
H
T
 
P
R
 
S
R
 
R
P
 
E
I
 
V
E
 
L
V
 
L
Y
 
Y
W
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
N
 
G
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
L
 
D
L
 
L
E
 
G
L
 
R
A
 
F
R
 
A
G
 
E
W
 
I
E
 
A
R
 
E
S
 
E
A
 
H
H
 
P
A
 
G
L
 
F
R
 
R
F
 
F
H
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
E
E
 
P
Q
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
-
S
 
-
G
 
-
L
 
Y
R
 
R
M
 
G
G
 
G
L
 
F
V
 
P
H
 
T
E
 
D
A
 
A
V
 
F
L
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
V
P
 
P
D
 
S
L
 
G
S
 
R
G
 
G
H
 
W
D
 
S
V
 
G
Y
 
W
M
 
L
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
V
K
 
K
L
 
A
F
 
F
L
 
K
D
 
R
A
 
R
G
 
R
L
 
M
P
 
S
E
 
P
E
 
R
R
 
R
L
 
I
Y
 
H
Y
 
R
D
 
E
S
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:332/352 of query aligns to 1:329/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
T
 
T
V
 
F
T
 
A
L
 
V
K
 
S
Q
 
V
S
 
G
G
 
G
R
 
R
R
 
R
F
 
V
P
 
D
V
 
C
E
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
F
Q
 
L
R
 
R
A
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
W
L
 
M
P
 
P
Y
 
N
S
 
S
C
|
C
R
x
N
A
 
Q
G
|
G
V
 
T
C
|
C
G
|
G
S
 
T
C
|
C
K
 
K
A
 
L
I
 
Q
L
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
Q
 
D
Y
 
H
P
 
G
R
 
G
N
 
A
P
 
P
P
 
E
V
 
D
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
A
T
 
E
S
 
E
P
 
R
A
 
A
Q
 
S
H
 
G
A
 
L
V
 
A
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
A
V
 
R
P
 
P
C
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
T
L
 
-
I
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
E
V
 
V
T
 
R
S
 
S
V
 
T
E
 
A
D
 
D
I
 
A
A
 
G
R
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
H
-
 
P
-
 
L
R
 
R
R
 
D
L
 
L
E
 
T
V
 
A
V
 
T
V
 
V
T
 
L
E
 
E
K
 
V
S
 
A
A
 
D
L
 
I
A
 
A
P
 
R
D
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
V
V
 
L
I
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
-
L
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
L
N
 
A
W
 
F
L
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
L
 
V
D
 
E
V
 
L
L
 
V
L
 
V
E
 
P
-
 
G
D
 
S
G
 
G
R
 
A
R
 
R
R
|
R
P
x
Q
F
x
Y
S
|
S
I
 
L
A
 
A
G
 
N
G
 
T
P
 
A
R
 
D
A
 
E
D
 
D
G
 
K
S
 
V
I
 
L
E
 
E
M
 
L
H
|
H
V
|
V
R
 
R
H
 
R
V
|
V
A
 
P
G
 
G
G
|
G
G
x
V
F
x
A
T
|
T
S
 
D
-
 
G
W
 
W
V
 
L
A
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
A
V
 
A
G
 
G
D
 
D
R
 
R
L
 
V
R
 
E
L
 
A
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
T
 
D
F
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
P
V
 
P
P
 
P
R
 
D
E
 
E
D
 
D
S
 
D
E
 
G
R
 
G
P
 
P
M
 
M
V
 
V
F
 
L
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
F
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
L
K
 
V
A
 
G
I
 
I
V
 
A
E
 
R
H
 
T
F
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
R
G
 
H
T
 
P
R
 
S
R
 
R
P
 
E
I
 
V
E
 
L
V
 
L
Y
 
Y
W
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
N
 
G
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
L
 
D
L
 
L
E
 
G
L
 
R
A
 
F
R
 
A
G
 
E
W
 
I
E
 
A
R
 
E
S
 
E
A
 
H
H
 
P
A
 
G
L
 
F
R
 
R
F
 
F
H
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
E
E
 
P
Q
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
-
S
 
-
G
 
-
L
 
Y
R
 
R
M
 
G
G
 
G
L
 
F
V
 
P
H
 
T
E
 
D
A
 
A
V
 
F
L
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
V
P
 
P
D
 
S
L
 
G
S
 
R
G
 
G
H
 
W
D
 
S
V
 
G
Y
 
W
M
 
L
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
G
 
G
R
 
V
K
 
K
L
 
A
F
 
F
L
 
K
D
 
R
A
 
R
G
 
R
L
 
M
P
 
S
E
 
P
E
 
R
R
 
R
L
 
I
Y
 
H
Y
 
R
D
 
E
S
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

Q03304 Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin--NAD(+) reductase component; T4MO; Ferredoxin--NAD(+) reductase; Toluene-4-monooxygenase systme, electron transfer component; EC 1.18.1.3 from Pseudomonas mendocina (see paper)
31% identity, 94% coverage: 1:332/352 of query aligns to 1:325/326 of Q03304

query
sites
Q03304
M
 
M
F
 
F
T
 
N
V
 
I
T
 
Q
L
 
S
K
 
D
Q
 
D
S
 
L
G
 
L
R
 
H
R
 
H
F
 
F
P
 
E
V
 
A
E
 
D
P
 
S
G
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
L
L
 
L
E
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
E
I
 
L
A
 
V
L
 
F
P
 
P
Y
 
Y
S
 
E
C
|
C
R
 
N
A
 
S
G
 
G
V
 
G
C
|
C
G
 
G
S
 
A
C
|
C
K
 
K
A
 
I
I
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
Q
 
S
-
 
N
-
 
L
Y
 
W
P
 
P
R
 
D
N
 
A
P
 
P
P
 
-
V
 
-
A
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
A
T
 
R
S
 
E
P
 
L
A
 
R
Q
 
K
H
 
N
A
 
R
V
 
F
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
K
P
 
P
C
 
L
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
K
I
 
I
A
 
-
A
 
-
R
 
K
E
 
V
V
 
I
T
 
N
S
 
R
V
 
A
E
 
E
D
 
G
I
 
R
A
 
A
R
 
S
-
 
H
-
 
P
-
 
P
R
 
K
R
 
R
L
 
F
E
 
S
V
 
T
V
 
R
V
 
V
T
 
V
E
 
S
K
 
K
S
 
R
A
 
F
L
 
L
A
 
S
P
 
D
D
 
E
V
 
M
I
 
F
G
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
E
T
 
Q
R
 
K
L
 
V
N
 
V
W
 
F
L
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
F
D
 
M
V
 
V
L
 
D
L
 
V
E
 
P
D
 
E
G
 
L
R
 
G
R
 
T
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
-
A
 
A
G
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
V
A
 
D
D
 
G
G
 
N
S
 
T
I
 
L
E
 
T
M
 
L
H
x
I
V
|
V
R
x
K
H
 
A
V
 
V
A
 
P
G
 
N
G
 
G
G
x
K
F
x
V
T
x
S
S
 
C
W
 
A
V
 
L
A
 
A
D
 
N
G
 
-
L
 
-
R
 
E
V
 
T
G
 
I
D
 
E
R
 
T
L
 
L
R
 
Q
L
 
L
E
 
D
A
 
G
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
T
 
L
F
 
S
V
 
V
P
 
L
R
 
K
E
 
T
D
 
A
S
 
D
E
 
E
R
 
T
P
 
Q
M
 
S
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
V
A
 
S
I
 
M
V
 
V
E
 
N
H
 
T
F
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
Q
G
 
G
T
 
Y
R
 
E
R
 
K
P
 
P
I
 
I
E
 
T
V
 
V
Y
 
F
W
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
L
A
 
E
A
 
A
D
 
E
L
 
L
Y
 
E
L
 
A
L
 
A
E
 
E
L
 
T
A
 
L
R
 
F
G
 
G
W
 
W
E
 
K
R
 
E
S
 
N
A
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
F
 
L
H
 
I
P
 
N
V
 
V
L
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
V
E
 
V
Q
 
G
A
 
N
A
 
S
A
 
E
S
 
K
G
 
K
L
 
Y
R
 
P
M
 
T
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
H
 
H
E
 
E
A
 
I
V
 
I
L
 
P
E
 
E
D
 
Y
L
 
M
P
 
E
D
 
G
L
 
L
S
 
L
G
 
G
H
 
A
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
L
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
Q
M
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
S
G
 
V
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
F
 
L
L
 
M
-
 
I
D
 
E
A
 
N
G
 
K
L
 
V
P
 
P
E
 
F
E
 
E
R
 
A
L
 
I
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
S
 
R
F
 
F

4wqmA Structure of the toluene 4-monooxygenase nadh oxidoreductase t4mof, k270s k271s variant (see paper)
31% identity, 91% coverage: 11:332/352 of query aligns to 11:325/326 of 4wqmA

query
sites
4wqmA
R
 
H
R
 
H
F
 
F
P
 
E
V
 
A
E
 
D
P
 
S
G
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
L
L
 
L
E
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
E
I
 
L
A
 
V
L
 
F
P
 
P
Y
|
Y
S
 
E
C
|
C
R
x
N
A
x
S
G
|
G
V
 
G
C
|
C
G
|
G
S
 
A
C
|
C
K
 
K
A
 
I
I
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
Q
 
S
-
 
N
-
 
L
Y
x
W
P
 
P
R
 
D
N
 
A
P
 
P
P
 
-
V
 
-
A
 
G
L
 
L
S
 
A
G
 
A
T
 
R
S
 
E
P
 
L
A
 
R
Q
 
K
H
 
N
A
 
R
V
 
F
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
K
P
 
P
C
 
L
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
K
I
 
I
A
 
-
A
 
-
R
 
K
E
 
V
V
 
I
T
 
N
S
 
R
V
 
A
E
 
E
D
 
G
I
 
R
A
 
A
R
 
S
-
 
H
-
 
P
-
 
P
R
 
K
R
 
R
L
 
F
E
 
S
V
 
T
V
 
R
V
 
V
T
 
V
E
 
S
K
 
K
S
 
R
A
 
F
L
 
L
A
 
S
P
 
D
D
 
E
V
 
M
I
 
F
G
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
E
T
 
Q
R
 
K
L
 
V
N
 
V
W
 
F
L
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
L
 
F
D
 
M
V
 
V
L
 
D
L
 
V
E
 
P
D
 
E
G
 
L
R
 
G
R
 
T
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
-
A
 
A
G
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
V
A
 
D
D
 
G
G
 
N
S
 
T
I
 
L
E
 
T
M
 
L
H
x
I
V
|
V
R
 
K
H
 
A
V
 
V
A
 
P
G
 
N
G
|
G
G
x
K
F
x
V
T
x
S
S
 
C
W
 
A
V
 
L
A
 
A
D
 
N
G
 
-
L
 
-
R
 
E
V
 
T
G
 
I
D
 
E
R
 
T
L
 
L
R
 
Q
L
 
L
E
 
D
A
 
G
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
T
 
L
F
 
S
V
 
V
P
 
L
R
 
K
E
 
T
D
 
A
S
 
D
E
 
E
R
 
T
P
 
Q
M
 
S
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
x
S
G
 
G
F
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
V
A
 
S
I
 
M
V
 
V
E
 
N
H
 
T
F
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
Q
G
 
G
T
 
Y
R
 
E
R
 
K
P
 
P
I
 
I
E
 
T
V
 
V
Y
 
F
W
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
L
A
 
E
A
 
A
D
 
E
L
 
L
Y
 
E
L
 
A
L
 
A
E
 
E
L
 
T
A
 
L
R
 
F
G
 
G
W
 
W
E
 
K
R
 
E
S
 
N
A
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
F
 
L
H
 
I
P
 
N
V
 
V
L
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
V
E
 
V
Q
 
G
A
 
N
A
 
S
A
 
E
S
 
S
G
 
S
L
 
Y
R
 
P
M
 
T
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
H
 
H
E
 
E
A
 
I
V
 
I
L
 
P
E
 
E
D
 
Y
L
 
M
P
 
E
D
 
G
L
 
L
S
 
L
G
 
G
H
 
A
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
L
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
Q
M
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
S
G
 
V
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
F
 
L
L
 
M
-
 
I
D
 
E
A
 
N
G
 
K
L
 
V
P
 
P
E
 
F
E
 
E
R
 
A
L
 
I
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
S
 
R
F
|
F

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
27% identity, 91% coverage: 11:332/352 of query aligns to 15:334/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
R
 
R
R
 
F
F
 
I
P
 
C
V
 
I
E
 
A
P
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
L
L
 
S
E
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
Y
R
 
R
A
 
Q
G
 
Q
I
 
I
A
 
N
L
 
I
P
 
P
Y
x
M
S
x
D
C
|
C
R
|
R
A
 
E
G
|
G
V
 
E
C
|
C
G
|
G
S
 
T
C
|
C
K
 
R
A
 
A
I
 
F
L
 
C
L
 
E
E
 
S
G
 
G
Q
 
N
C
 
Y
Q
 
D
Y
 
M
P
 
P
R
 
E
N
 
D
P
 
N
P
 
Y
V
 
I
-
 
E
-
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
T
G
 
P
T
 
E
S
 
E
P
 
A
A
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
A
 
Y
V
 
V
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
R
P
 
P
C
 
T
G
 
S
D
 
D
L
 
A
L
 
V
I
 
F
A
 
Q
A
 
I
R
 
Q
E
 
A
V
 
S
T
 
S
S
 
E
V
 
V
E
 
C
D
 
K
I
 
T
A
 
K
R
 
I
R
 
H
R
 
H
L
 
F
E
 
E
V
 
G
V
 
T
V
 
L
T
 
A
E
 
R
K
 
V
S
 
E
A
 
N
L
 
L
A
 
S
P
 
D
D
 
S
V
 
T
I
 
I
G
 
T
L
 
F
R
 
D
L
 
I
E
 
Q
P
 
L
A
 
D
P
 
D
G
 
G
E
 
Q
T
 
P
R
 
D
L
 
I
N
 
H
W
 
F
L
 
L
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
L
 
V
D
 
N
V
 
V
L
 
T
L
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
T
E
 
T
D
 
E
G
 
T
R
|
R
R
x
S
R
x
Y
P
x
S
F
 
F
S
 
S
I
 
S
A
 
Q
G
 
P
G
 
G
P
 
N
R
 
R
A
 
L
D
 
T
G
 
G
S
 
F
I
x
V
E
 
-
M
 
-
H
 
-
V
|
V
R
 
R
H
 
N
V
 
V
A
 
P
G
 
Q
G
|
G
G
x
K
F
x
M
T
x
S
S
 
E
W
 
Y
V
 
L
A
 
S
D
 
V
G
 
Q
L
 
A
R
 
K
V
 
A
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
M
R
 
S
L
 
F
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
S
F
 
F
V
 
Y
P
 
L
R
 
R
E
 
-
D
 
D
S
 
V
E
 
K
R
 
R
P
 
P
M
 
V
V
 
L
F
 
M
M
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
|
T
G
 
G
F
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
F
K
 
L
A
 
S
I
 
M
V
 
L
E
 
Q
H
 
V
F
 
L
L
 
E
A
 
Q
L
 
K
G
 
G
T
 
S
R
 
E
R
 
H
P
 
P
I
 
V
E
 
R
V
 
L
Y
 
V
W
 
F
G
 
G
A
 
V
R
 
T
N
 
Q
A
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
Y
 
V
L
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
Q
A
 
L
R
 
D
G
 
A
W
 
L
E
 
Q
R
 
Q
S
 
K
A
 
L
H
 
P
A
 
W
L
 
F
R
 
E
F
 
Y
H
 
R
P
 
T
V
 
V
L
 
V
S
 
A
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
H
A
 
A
A
 
E
A
 
S
S
 
Q
G
 
H
L
 
E
R
 
R
M
 
K
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
H
 
T
E
 
G
A
 
H
V
 
I
L
 
E
E
 
Y
D
 
D
L
 
W
P
 
L
D
 
N
L
 
G
S
 
G
G
 
E
H
 
V
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
S
x
C
G
 
G
P
 
P
P
 
V
A
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
G
 
V
R
 
R
K
 
S
L
 
W
F
 
L
L
 
D
D
 
T
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
 
N
L
 
F
Y
 
L
Y
 
F
D
x
E
S
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7c3bC Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
29% identity, 89% coverage: 19:332/352 of query aligns to 23:333/334 of 7c3bC

query
sites
7c3bC
E
 
K
T
 
S
V
 
L
L
 
L
E
 
V
A
 
S
A
 
A
Q
 
L
R
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
|
Y
S
 
E
C
|
C
R
x
A
A
 
S
G
|
G
V
 
G
C
|
C
G
|
G
S
 
V
C
|
C
K
 
K
A
 
F
I
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
C
 
V
Q
 
Q
-
 
S
-
 
M
Y
 
W
P
 
P
R
 
D
N
 
A
P
 
P
P
 
G
V
 
L
A
 
S
L
 
-
S
 
S
G
 
R
T
 
D
S
 
R
P
 
E
A
 
K
Q
 
G
H
 
N
A
 
R
V
 
H
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
I
P
 
A
C
 
L
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
R
I
 
I
-
 
K
A
 
V
A
 
A
R
 
V
E
 
Q
V
 
D
T
 
K
S
 
Y
V
 
I
E
 
P
D
 
A
I
 
I
A
 
P
R
 
I
R
 
S
R
 
K
L
 
M
E
 
E
V
 
A
V
 
E
V
 
V
T
 
V
E
 
A
K
 
V
S
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
T
P
 
H
D
 
D
V
 
L
I
 
L
G
 
S
L
 
V
R
 
K
L
 
L
E
 
R
P
 
T
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
D
T
 
V
R
 
P
L
 
A
N
 
N
W
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
C
D
 
L
V
 
I
L
 
E
L
 
A
E
 
E
D
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
R
 
V
R
 
V
R
 
R
P
 
A
F
 
Y
S
 
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
S
P
 
M
R
 
N
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
F
I
 
W
E
 
E
M
 
F
H
 
Y
V
 
I
R
 
K
H
 
R
V
 
V
A
 
P
G
 
T
G
 
G
G
 
R
F
 
F
T
 
S
S
 
P
W
 
W
V
 
L
A
 
F
D
 
E
G
 
N
L
 
R
R
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
S
V
 
F
P
 
F
R
 
R
E
 
P
D
 
G
S
 
T
E
 
G
R
 
R
P
 
K
M
 
S
V
 
L
F
 
C
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
L
A
 
S
P
 
-
V
 
Y
K
 
A
A
 
A
I
 
A
V
 
I
E
 
A
H
 
R
F
 
A
L
 
S
A
 
I
L
 
R
G
 
E
T
 
T
R
 
D
R
 
K
P
 
P
I
 
V
E
 
K
V
 
L
Y
 
F
W
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
T
A
 
P
A
 
R
D
 
D
L
 
A
Y
 
V
-
 
R
-
 
W
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
E
-
 
D
L
 
K
L
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
V
R
 
Q
G
 
A
W
 
V
E
 
T
R
 
E
S
 
D
A
 
T
H
 
D
A
 
S
L
 
L
R
 
W
F
 
Q
H
 
G
P
 
P
V
 
I
L
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
G
L
 
F
R
 
I
M
 
H
G
 
Q
L
 
V
V
 
V
H
 
D
E
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
Y
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
M
 
L
S
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
T
R
 
V
K
 
R
L
 
M
F
 
L
L
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
R
E
 
D
R
 
Q
L
 
I
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
S
 
A
F
 
F

7c3aA Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
29% identity, 89% coverage: 19:332/352 of query aligns to 22:320/321 of 7c3aA

query
sites
7c3aA
E
 
K
T
 
S
V
 
L
L
 
L
E
 
V
A
 
S
A
 
A
Q
 
L
R
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
|
Y
S
 
E
C
|
C
R
x
A
A
x
S
G
|
G
V
 
G
C
|
C
G
|
G
S
 
V
C
|
C
K
 
K
A
 
F
I
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
C
 
V
Q
 
Q
-
 
S
-
 
M
Y
x
W
P
 
P
R
 
D
N
 
A
P
 
P
P
 
G
V
 
L
A
 
S
L
 
-
S
 
S
G
 
R
T
 
D
S
 
R
P
 
E
A
 
K
Q
 
G
H
 
N
A
 
R
V
 
H
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
I
P
 
A
C
 
L
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
R
I
 
I
-
 
K
A
 
V
A
 
A
R
 
V
E
 
Q
V
 
D
T
 
K
S
 
Y
V
 
I
E
 
P
D
 
A
I
 
I
A
 
P
R
 
I
R
 
S
R
 
K
L
 
M
E
 
E
V
 
A
V
 
E
V
 
V
T
 
V
E
 
A
K
 
V
S
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
T
P
 
H
D
 
D
V
 
L
I
 
L
G
 
S
L
 
V
R
 
K
L
 
L
E
 
R
P
 
T
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
D
T
 
V
R
 
P
L
 
A
N
 
N
W
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
C
D
 
L
V
 
I
L
 
E
L
 
A
E
 
E
D
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
R
 
V
R
 
V
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
S
P
 
M
R
 
N
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
F
I
 
W
E
 
E
M
 
F
H
x
Y
V
x
I
R
 
K
H
 
R
V
 
V
A
 
P
G
 
T
G
|
G
G
x
R
F
|
F
T
x
S
S
 
P
W
 
W
V
 
L
A
 
F
D
 
E
G
 
N
L
 
R
R
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
S
V
 
F
P
 
F
R
 
R
E
 
P
D
 
G
S
 
T
E
 
G
R
 
R
P
 
K
M
 
S
V
 
L
F
 
C
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
F
 
L
A
 
S
P
 
-
V
 
Y
K
 
A
A
 
A
I
 
A
V
 
I
E
 
A
H
 
R
F
 
A
L
 
S
A
 
I
L
 
R
G
 
E
T
 
T
R
 
D
R
 
K
P
 
P
I
 
V
E
 
K
V
 
L
Y
 
F
W
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
T
A
 
P
A
 
R
D
 
D
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
W
 
-
E
 
-
R
 
-
S
 
-
A
 
-
H
 
-
A
 
A
L
 
V
R
 
R
F
 
W
H
 
I
P
 
D
V
 
I
L
 
D
S
 
I
D
 
D
P
 
E
E
 
D
Q
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
V
A
 
V
A
 
Q
A
 
A
S
 
V
G
 
T
L
 
F
R
 
I
M
 
H
G
 
Q
L
 
V
V
 
V
H
 
D
E
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
Y
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
M
 
L
S
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
T
R
 
V
K
 
R
L
 
M
F
 
L
L
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
R
E
 
D
R
 
Q
L
 
I
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
S
 
A
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7c3bB Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
28% identity, 89% coverage: 19:332/352 of query aligns to 22:305/306 of 7c3bB

query
sites
7c3bB
E
 
K
T
 
S
V
 
L
L
 
L
E
 
V
A
 
S
A
 
A
Q
 
L
R
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
|
Y
S
 
E
C
|
C
R
x
A
A
 
S
G
|
G
V
 
G
C
|
C
G
|
G
S
 
V
C
|
C
K
 
K
A
 
F
I
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
C
 
V
Q
 
Q
-
 
S
-
 
M
Y
 
W
P
 
P
R
 
D
N
 
A
P
 
P
P
 
G
V
 
L
A
 
S
L
 
-
S
 
S
G
 
R
T
 
D
S
 
R
P
 
E
A
 
K
Q
 
G
H
 
N
A
 
R
V
 
H
L
 
L
L
 
A
C
|
C
Q
 
Q
A
 
C
V
 
I
P
 
A
C
 
L
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
R
I
 
I
-
 
K
A
 
V
A
 
A
R
 
V
E
 
Q
V
 
D
T
 
K
S
 
Y
V
 
I
E
 
P
D
 
A
I
 
I
A
 
P
R
 
I
R
 
S
R
 
K
L
 
M
E
 
E
V
 
A
V
 
E
V
 
V
T
 
V
E
 
A
K
 
V
S
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
T
P
 
H
D
 
D
V
 
L
I
 
L
G
 
S
L
 
V
R
 
K
L
 
L
E
 
R
P
 
T
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
D
T
 
V
R
 
P
L
 
A
N
 
N
W
 
F
L
 
L
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
C
D
 
L
V
 
I
L
 
E
L
 
A
E
 
E
D
 
Q
-
 
L
-
 
P
G
 
G
R
 
V
R
 
V
R
 
R
P
 
A
F
 
Y
S
 
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
S
P
 
M
R
 
N
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
F
I
 
W
E
 
E
M
 
F
H
 
Y
V
 
I
R
 
K
H
 
R
V
 
V
A
 
P
G
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
S
S
 
P
W
 
W
V
 
L
A
 
F
D
 
E
G
 
N
L
 
R
R
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
A
R
 
R
L
 
L
R
 
F
L
 
L
E
 
T
A
 
G
P
 
P
L
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
S
V
 
F
P
 
F
R
 
R
E
 
P
D
 
G
S
 
T
E
 
G
R
 
R
P
 
K
M
 
S
V
 
L
F
 
C
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
L
A
 
S
P
 
Y
V
 
A
K
 
A
A
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
R
H
 
-
F
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
S
G
 
I
T
 
R
R
 
E
R
 
T
P
 
D
I
 
V
E
 
K
V
 
L
Y
 
F
W
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
T
A
 
P
A
 
-
D
 
-
L
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
W
 
W
E
 
-
R
 
-
S
 
-
A
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
F
 
-
H
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
D
S
 
I
D
 
D
P
 
E
E
 
V
Q
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
V
S
 
T
G
 
E
L
 
F
R
 
I
M
 
H
G
 
Q
L
 
V
V
 
V
H
 
D
E
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
L
E
 
E
D
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
Y
D
 
E
V
 
I
Y
 
Y
M
 
L
S
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
T
R
 
V
K
 
R
L
 
M
F
 
L
L
 
L
D
 
G
A
 
K
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
R
E
 
D
R
 
Q
L
 
I
Y
 
H
Y
 
F
D
 
D
S
 
A
F
 
F

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
28% identity, 66% coverage: 102:332/352 of query aligns to 11:244/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
L
 
F
E
 
E
V
 
A
V
 
E
V
 
V
T
 
V
E
 
G
K
 
L
S
 
N
A
 
W
L
 
V
A
 
S
P
 
S
D
x
N
V
 
T
I
 
V
G
 
Q
L
 
F
R
 
L
L
 
L
E
 
Q
P
 
K
A
 
R
P
 
P
-
 
D
-
 
E
-
 
C
G
 
G
E
 
N
T
 
R
R
 
G
L
 
V
N
 
K
W
 
F
L
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
x
F
L
 
M
D
 
D
V
 
L
L
 
T
L
 
I
E
 
P
D
 
G
G
 
T
R
 
D
-
 
V
R
 
S
R
|
R
P
x
S
F
x
Y
S
|
S
I
 
P
A
 
A
G
 
N
G
 
L
P
 
P
R
 
N
A
 
P
D
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
L
E
 
E
M
 
F
H
x
L
V
x
I
R
|
R
H
 
V
V
x
L
A
 
P
G
 
E
G
 
G
G
 
R
F
|
F
T
 
S
S
 
D
W
 
Y
V
 
L
A
 
R
D
 
N
G
 
D
L
 
A
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
Q
R
 
V
L
 
L
R
 
S
L
 
V
E
 
K
A
 
G
P
 
P
L
 
L
G
 
G
T
 
V
F
 
F
V
 
G
P
 
L
R
 
K
E
 
E
D
 
R
S
 
G
E
 
M
R
 
A
P
 
P
M
 
R
V
 
Y
F
 
F
M
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
|
G
F
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
K
 
V
A
 
S
I
 
M
V
 
V
E
 
R
H
 
Q
F
 
M
L
 
Q
A
 
E
L
 
W
G
 
T
T
 
A
R
 
P
R
 
N
P
 
E
I
 
T
E
 
R
V
 
I
Y
 
Y
W
 
F
G
 
G
A
 
V
R
x
N
N
 
T
A
 
E
A
 
P
D
x
E
L
 
L
Y
 
F
L
 
Y
L
 
I
E
 
D
L
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
S
W
 
L
E
 
E
R
 
R
S
 
S
A
 
M
H
 
R
A
 
N
L
 
L
R
 
T
F
 
V
H
 
K
P
 
A
V
 
C
L
 
V
S
 
W
D
 
H
P
 
P
E
x
S
Q
x
G
A
 
D
A
 
W
A
 
E
S
 
G
G
 
-
L
 
-
R
 
E
M
 
Q
G
 
G
L
 
S
V
 
P
H
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
P
 
E
D
 
S
L
 
S
S
 
D
G
 
A
H
 
N
-
 
P
D
 
D
V
 
I
Y
 
Y
M
x
L
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
G
M
 
M
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
A
R
 
C
K
 
E
L
 
L
F
 
V
L
 
R
D
 
S
A
 
R
G
 
G
L
 
I
P
 
P
E
 
G
E
 
E
R
 
Q
L
 
V
Y
 
F
Y
 
F
D
x
E
S
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7qu3A X-ray structure of fad domain of nqrf of pseudomonas aeruginosa (see paper)
29% identity, 53% coverage: 148:332/352 of query aligns to 83:278/279 of 7qu3A

query
sites
7qu3A
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
S
 
V
I
 
V
E
 
K
M
 
F
H
x
N
V
 
I
R
|
R
-
 
I
-
x
A
-
x
S
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
S
H
 
D
V
x
L
A
x
P
G
 
P
G
|
G
G
x
Q
F
x
M
T
x
S
S
 
S
W
 
W
V
 
V
A
 
F
D
 
N
G
 
-
L
 
L
R
 
K
V
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
T
L
 
V
E
 
Y
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
-
D
 
D
S
 
T
E
 
E
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
|
G
T
x
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
R
A
 
R
L
 
L
G
 
K
T
 
S
R
 
N
R
 
R
P
 
K
I
 
I
E
 
S
V
 
F
Y
 
W
W
 
Y
G
|
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
A
 
L
A
 
R
D
 
E
L
 
A
Y
 
F
L
 
Y
L
 
T
E
 
E
L
 
E
A
 
Y
R
 
D
G
 
Q
W
 
L
E
 
Q
R
 
A
S
 
E
A
 
N
H
 
P
A
 
N
L
 
F
R
 
Q
F
 
W
H
 
H
P
 
L
V
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
N
Q
 
W
A
 
T
A
 
G
A
 
L
S
 
T
G
 
G
L
x
F
R
x
I
M
 
H
G
 
N
L
 
V
V
 
L
H
 
F
E
 
E
A
 
N
V
 
Y
L
 
L
E
 
K
D
 
D
L
 
H
P
 
P
D
 
A
L
 
P
S
 
E
G
 
D
H
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
M
S
 
C
G
 
G
P
|
P
P
 
P
A
 
M
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
G
 
V
R
 
I
K
 
K
L
 
M
F
 
L
L
 
T
D
 
D
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
N
L
 
I
Y
 
L
Y
 
L
D
 
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7qu5A X-ray structure of fad domain of nqrf of pseudomonas aeruginosa (see paper)
29% identity, 53% coverage: 148:332/352 of query aligns to 83:278/280 of 7qu5A

query
sites
7qu5A
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
S
 
V
I
 
V
E
 
K
M
 
F
H
x
N
V
 
I
R
 
R
-
 
I
-
x
A
-
x
S
-
 
P
-
 
P
-
x
P
-
 
G
-
 
S
H
 
D
V
x
L
A
x
P
G
 
P
G
|
G
G
x
Q
F
x
M
T
x
S
S
 
S
W
 
W
V
 
V
A
 
F
D
 
N
G
 
-
L
 
L
R
 
K
V
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
T
L
 
V
E
 
Y
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
-
D
 
D
S
 
T
E
 
E
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
x
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
R
A
 
R
L
 
L
G
 
K
T
 
S
R
 
N
R
 
R
P
 
K
I
 
I
E
 
S
V
 
F
Y
 
W
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
A
 
L
A
 
R
D
 
E
L
 
A
Y
 
F
L
 
Y
L
 
T
E
 
E
L
 
E
A
 
Y
R
x
D
G
 
Q
W
 
L
E
 
Q
R
 
A
S
 
E
A
 
N
H
 
P
A
 
N
L
 
F
R
 
Q
F
x
W
H
|
H
P
x
L
V
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
N
Q
 
W
A
 
T
A
 
G
A
 
L
S
 
T
G
 
G
L
 
F
R
 
I
M
 
H
G
 
N
L
 
V
V
 
L
H
 
F
E
 
E
A
 
N
V
 
Y
L
 
L
E
 
K
D
 
D
L
 
H
P
 
P
D
 
A
L
 
P
S
 
E
G
 
D
H
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
M
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
M
M
 
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
G
 
V
R
 
I
K
 
K
L
 
M
F
 
L
L
 
T
D
 
D
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
N
L
 
I
Y
 
L
Y
 
L
D
 
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7qu0A X-ray structure of fad domain of nqrf of klebsiella pneumoniae (see paper)
29% identity, 59% coverage: 124:332/352 of query aligns to 57:279/279 of 7qu0A

query
sites
7qu0A
A
 
V
P
 
P
G
 
D
E
 
E
T
 
Y
R
 
R
L
 
S
N
 
D
W
 
W
L
 
D
P
 
K
G
 
F
Q
 
N
Y
 
L
L
 
F
D
 
R
V
 
Y
L
 
V
L
 
S
E
 
E
-
 
V
-
 
K
D
 
E
G
 
P
R
 
T
R
 
L
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
I
I
 
I
E
 
M
M
 
L
H
 
N
V
 
V
R
 
R
-
 
I
-
x
A
-
x
T
-
x
P
-
x
P
-
 
P
-
 
K
-
 
I
H
 
P
V
 
D
A
|
A
G
x
P
G
x
P
G
|
G
F
x
I
T
x
M
S
|
S
W
 
S
V
 
Y
A
 
I
D
 
W
G
 
S
L
 
L
R
 
K
V
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
T
L
 
I
E
 
S
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
E
D
 
-
S
 
T
E
 
D
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
K
A
 
R
L
 
L
G
 
H
T
 
S
R
 
T
R
 
R
P
 
K
I
 
I
E
 
S
V
 
F
Y
 
W
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
A
 
L
A
 
R
D
 
E
L
 
M
Y
 
F
L
 
Y
L
 
D
E
 
E
L
 
E
A
 
F
R
 
E
G
 
Q
W
 
L
E
 
A
R
 
R
S
 
D
A
 
N
H
 
P
A
 
N
L
 
F
R
 
T
F
 
F
H
 
H
P
 
V
V
 
A
L
 
L
S
|
S
D
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
D
E
 
N
Q
 
W
A
 
T
A
 
G
A
 
H
S
 
T
G
 
G
L
x
F
R
 
I
M
 
H
G
 
N
L
 
V
V
 
L
H
 
Y
E
 
E
A
 
N
V
 
Y
L
 
L
E
 
R
D
 
D
L
 
H
P
 
P
D
 
A
L
 
P
S
 
E
G
 
D
H
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
M
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
 
V
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
G
 
V
R
 
I
K
 
K
L
 
M
F
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
E
E
 
D
E
 
E
R
 
N
L
 
I
Y
 
L
Y
 
L
D
 
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7qtyA X-ray structure of fad domain of nqrf of klebsiella pneumoniae (see paper)
29% identity, 59% coverage: 124:332/352 of query aligns to 57:279/279 of 7qtyA

query
sites
7qtyA
A
 
V
P
 
P
G
 
D
E
 
E
T
 
Y
R
 
R
L
 
S
N
 
D
W
 
W
L
 
D
P
 
K
G
 
F
Q
 
N
Y
 
L
L
 
F
D
 
R
V
 
Y
L
 
V
L
 
S
E
 
E
-
 
V
-
 
K
D
 
E
G
 
P
R
 
T
R
 
L
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
K
G
 
G
S
 
I
I
 
I
E
 
M
M
 
L
H
x
N
V
 
V
R
 
R
-
 
I
-
x
A
-
x
T
-
 
P
-
x
P
-
 
P
-
 
K
-
 
I
H
 
P
V
 
D
A
|
A
G
x
P
G
 
P
G
|
G
F
x
I
T
x
M
S
|
S
W
 
S
V
 
Y
A
 
I
D
 
W
G
 
S
L
 
L
R
 
K
V
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
T
L
 
I
E
 
S
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
E
D
 
-
S
 
T
E
 
D
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
K
A
 
R
L
 
L
G
 
H
T
 
S
R
 
T
R
 
R
P
 
K
I
 
I
E
 
S
V
 
F
Y
 
W
W
 
Y
G
 
G
A
|
A
R
|
R
N
 
S
A
 
L
A
 
R
D
 
E
L
 
M
Y
 
F
L
 
Y
L
 
D
E
 
E
L
 
E
A
 
F
R
 
E
G
 
Q
W
 
L
E
 
A
R
 
R
S
 
D
A
 
N
H
 
P
A
 
N
L
 
F
R
 
T
F
 
F
H
 
H
P
 
V
V
 
A
L
 
L
S
|
S
D
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
D
E
 
N
Q
 
W
A
 
T
A
 
G
A
 
H
S
 
T
G
 
G
L
x
F
R
 
I
M
x
H
G
 
N
L
 
V
V
 
L
H
 
Y
E
 
E
A
 
N
V
 
Y
L
 
L
E
 
R
D
 
D
L
 
H
P
 
P
D
 
A
L
 
P
S
 
E
G
 
D
H
 
C
D
 
E
V
 
F
Y
 
Y
M
 
M
S
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
A
x
V
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
G
 
V
R
 
I
K
 
K
L
 
M
F
 
L
L
 
K
D
 
D
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
E
E
 
D
E
 
E
R
 
N
L
 
I
Y
 
L
Y
 
L
D
 
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

2r6hC Crystal structure of the domain comprising the NAD binding and the fad binding regions of the nadh:ubiquinone oxidoreductase, na translocating, f subunit from porphyromonas gingivalis
30% identity, 45% coverage: 173:332/352 of query aligns to 125:288/289 of 2r6hC

query
sites
2r6hC
G
|
G
F
x
I
T
x
S
S
|
S
W
 
S
V
 
Y
A
 
I
D
 
F
G
 
S
L
 
L
R
 
K
V
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
M
L
 
M
E
 
S
A
 
G
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
T
 
D
F
 
F
V
 
-
P
 
H
R
 
I
E
 
Q
D
 
D
S
 
T
E
 
D
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
L
F
 
Y
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
L
K
 
R
A
 
A
I
 
Q
V
 
I
E
 
L
H
 
H
-
 
L
F
 
F
L
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
P
 
K
I
 
V
E
 
S
V
 
Y
Y
 
W
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
A
 
K
A
 
N
D
 
E
L
 
I
Y
 
F
L
 
Y
L
 
E
E
 
E
L
 
D
A
 
F
R
 
R
G
 
E
W
 
I
E
 
E
R
 
R
S
 
E
A
 
F
H
 
P
A
 
N
L
 
F
R
 
K
F
 
F
H
 
H
P
 
I
V
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
Q
 
P
A
 
E
A
 
D
A
 
N
S
 
W
G
 
T
L
 
G
R
 
Y
M
 
V
G
 
G
L
 
F
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
V
V
 
I
L
 
Y
E
 
D
D
 
N
L
 
Y
P
 
-
D
 
-
L
 
L
S
 
K
G
 
D
H
 
H
D
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
M
 
M
S
x
C
G
 
G
P
 
P
P
 
G
A
 
P
M
 
M
I
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
V
R
 
K
K
 
G
L
 
M
F
 
L
L
 
E
D
 
N
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
R
E
 
N
R
 
M
L
 
L
Y
 
F
Y
 
F
D
 
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

8a1uF Sodium pumping nadh-quinone oxidoreductase with substrates nadh and q2 (see paper)
28% identity, 53% coverage: 148:332/352 of query aligns to 209:405/405 of 8a1uF

query
sites
8a1uF
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
F
G
 
G
S
 
I
I
 
I
E
 
M
M
 
L
H
 
N
V
 
V
R
|
R
-
 
I
-
x
A
-
 
T
-
 
P
-
x
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
H
 
N
V
|
V
A
x
P
G
 
P
G
|
G
G
x
Q
F
x
M
T
 
S
S
 
S
W
 
Y
V
 
I
A
 
W
D
 
-
G
 
S
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
C
R
 
T
L
 
I
E
 
S
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
-
D
 
D
S
 
T
E
 
D
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
|
G
T
x
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
K
A
 
R
L
 
L
G
 
K
T
 
S
R
 
K
R
 
R
P
 
K
I
 
M
E
 
S
V
 
Y
Y
 
W
W
 
Y
G
|
G
A
 
A
R
|
R
N
 
S
A
 
K
A
 
R
D
 
E
L
 
M
Y
 
F
L
 
Y
L
 
V
E
 
E
L
 
D
A
 
F
R
 
D
G
 
G
W
 
L
E
 
A
R
 
A
S
 
E
A
 
N
H
 
D
A
 
N
L
 
F
R
 
V
F
 
W
H
 
H
P
 
C
V
 
A
L
 
L
S
|
S
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
N
Q
 
W
A
 
T
A
 
G
A
 
Y
S
 
T
G
 
G
L
x
F
R
 
I
M
 
H
G
 
N
L
 
V
V
 
L
H
 
Y
E
 
E
A
 
N
V
 
Y
L
 
L
E
 
K
D
 
D
L
 
H
P
 
E
D
 
A
L
 
P
S
 
E
G
 
D
H
 
C
D
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
M
 
M
S
x
C
G
|
G
P
|
P
P
 
P
A
x
M
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
G
 
V
R
 
I
K
 
N
L
 
M
F
 
L
L
 
K
D
 
N
A
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
N
L
 
I
Y
 
L
Y
 
L
D
|
D
S
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

8a1yF Sodium pumping nadh-quinone oxidoreductase with inhibitor hqno (see paper)
28% identity, 53% coverage: 148:332/352 of query aligns to 210:406/408 of 8a1yF

query
sites
8a1yF
R
|
R
P
x
A
F
x
Y
S
|
S
I
 
M
A
 
A
G
 
N
G
 
Y
P
 
P
R
 
E
A
 
E
D
 
F
G
 
G
S
 
I
I
 
I
E
 
M
M
 
L
H
 
N
V
|
V
R
|
R
-
 
I
-
x
A
-
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
H
 
N
V
|
V
A
x
P
G
 
P
G
|
G
G
x
Q
F
x
M
T
 
S
S
 
S
W
 
Y
V
 
I
A
 
W
D
 
-
G
 
S
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
D
 
D
R
 
K
L
 
C
R
 
T
L
 
I
E
 
S
A
 
G
P
 
P
L
 
F
G
 
G
T
 
E
F
 
F
V
 
F
P
 
A
R
 
K
E
 
-
D
 
D
S
 
T
E
 
D
R
 
A
P
 
E
M
 
M
V
 
V
F
 
F
M
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
S
-
 
H
I
 
I
V
 
F
E
 
D
H
 
Q
F
 
L
L
 
K
A
 
R
L
 
L
G
 
K
T
 
S
R
 
K
R
 
R
P
 
K
I
 
M
E
 
S
V
 
Y
Y
 
W
W
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
A
 
K
A
 
R
D
 
E
L
 
M
Y
 
F
L
 
Y
L
 
V
E