SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing N515DRAFT_3494 FitnessBrowser__Dyella79:N515DRAFT_3494 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
39% identity, 92% coverage: 1:225/244 of query aligns to 4:229/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
M
 
I
I
 
I
E
 
V
V
 
V
K
 
E
D
 
N
L
 
L
H
 
V
K
 
K
A
 
K
F
|
F
G
 
G
A
 
D
I
x
F
K
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
S
F
 
F
S
 
S
A
 
V
R
 
K
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
T
 
F
G
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
I
R
 
H
M
 
M
L
 
L
Y
 
T
T
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
K
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
K
I
 
A
L
 
W
V
 
V
D
 
A
G
 
G
I
 
H
D
 
D
A
 
V
A
 
L
A
 
K
D
 
E
P
 
P
L
 
R
A
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
K
L
 
I
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
F
D
 
Q
A
 
D
R
 
Q
G
 
S
L
 
L
Y
 
D
K
 
R
R
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
I
 
M
D
 
Y
Y
 
I
F
 
H
A
 
G
R
 
K
L
 
I
H
 
Y
G
 
G
L
 
Y
P
 
G
E
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
L
A
 
K
S
 
K
R
 
R
R
 
I
E
 
L
A
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
E
A
 
F
L
 
V
E
 
E
M
 
L
E
 
L
E
 
E
I
 
F
A
 
K
D
 
D
R
 
K
R
 
P
T
 
V
E
 
K
G
x
T
F
|
F
S
|
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
A
V
 
R
K
 
R
T
 
L
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
I
 
I
H
 
H
D
 
E
P
 
P
R
 
E
N
 
V
V
 
L
I
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
P
M
 
H
A
 
T
T
 
R
R
 
A
A
 
H
L
 
M
R
 
W
Q
 
E
F
 
Y
M
 
I
L
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
K
E
 
E
G
 
H
R
 
N
C
 
M
V
 
T
L
 
I
F
 
F
-
 
L
S
 
T
S
 
T
H
 
H
I
 
Y
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
A
 
E
A
 
Q
L
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
D
H
 
H
G
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
I
A
 
A
D
 
L
E
 
G
T
 
T
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
E
 
R
Q
 
M
T
 
V
G
 
G
E
 
K

8ee6A Cryo-em structure of human abca7 in pe/ch nanodiscs (see paper)
38% identity, 85% coverage: 14:220/244 of query aligns to 1512:1718/1808 of 8ee6A

query
sites
8ee6A
I
 
M
K
 
P
A
|
A
V
 
V
D
 
D
G
 
R
V
 
L
G
 
C
F
 
L
S
 
G
A
 
I
R
 
P
D
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
C
T
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
 
S
T
 
T
L
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
V
Y
 
T
T
 
G
L
 
D
M
 
T
K
 
L
P
 
A
D
 
S
R
 
R
G
 
G
Q
 
E
I
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
A
G
 
G
I
 
H
D
 
S
A
 
V
A
 
A
A
 
R
D
 
E
P
 
P
L
 
S
A
 
A
V
 
A
R
 
H
R
 
L
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
V
 
Y
L
 
C
P
 
P
D
 
Q
A
 
S
R
 
D
G
 
A
L
 
I
Y
 
F
K
 
E
R
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
I
 
L
D
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
R
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
E
N
 
A
E
 
Q
L
 
V
A
 
A
S
 
Q
R
 
T
R
 
A
E
 
G
A
 
S
L
 
G
V
 
L
K
 
A
A
 
R
L
 
L
E
 
G
M
 
L
E
 
S
E
 
W
I
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
R
R
 
P
T
 
A
E
 
G
G
 
T
F
 
Y
S
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
N
R
 
K
V
 
R
K
 
K
T
 
L
A
 
A
I
 
T
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
I
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
A
N
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
T
G
 
G
L
 
M
D
 
D
V
 
P
M
 
S
A
 
A
T
 
R
R
 
R
A
 
F
L
 
L
R
 
W
Q
 
N
F
 
S
M
 
L
L
 
L
K
 
A
L
 
V
K
 
V
A
 
R
E
 
E
G
 
G
R
 
R
C
 
S
V
 
V
L
 
M
F
 
L
S
 
T
S
 
S
H
 
H
I
 
S
M
 
M
Q
 
E
E
 
E
V
 
C
A
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
D
 
S
R
 
R
I
 
L
V
 
A
V
 
I
I
 
M
A
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
F
V
 
R
A
 
C
D
 
L
E
 
G
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

8eopA Cryo-em structure of nanodisc reconstituted human abca7 eq mutant in atp bound closed state (see paper)
37% identity, 85% coverage: 14:220/244 of query aligns to 1466:1672/1687 of 8eopA

query
sites
8eopA
I
 
M
K
 
P
A
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
R
V
 
L
G
 
C
F
 
L
S
 
G
A
 
I
R
 
P
D
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
C
T
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
x
S
T
 
T
L
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
V
Y
 
T
T
 
G
L
 
D
M
 
T
K
 
L
P
 
A
D
 
S
R
 
R
G
 
G
Q
 
E
I
 
A
L
 
V
V
 
L
D
 
A
G
 
G
I
 
H
D
 
S
A
 
V
A
 
A
A
 
R
D
 
E
P
 
P
L
 
S
A
 
A
V
 
A
R
 
H
R
 
L
Q
 
S
L
 
M
G
 
G
V
 
Y
L
 
C
P
 
P
D
x
Q
A
 
S
R
 
D
G
 
A
L
 
I
Y
 
F
K
 
E
R
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
I
 
L
D
 
E
Y
 
L
F
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
R
G
 
G
L
 
V
P
 
P
E
 
E
N
 
A
E
 
Q
L
 
V
A
 
A
S
 
Q
R
 
T
R
 
A
E
 
G
A
 
S
L
 
G
V
 
L
K
 
A
A
 
R
L
 
L
E
 
G
M
 
L
E
 
S
E
 
W
I
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
R
R
 
P
T
 
A
E
 
G
G
x
T
F
 
Y
S
|
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
N
R
 
K
V
 
R
K
 
K
T
 
L
A
 
A
I
 
T
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
I
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
P
R
 
A
N
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
T
G
 
G
L
 
M
D
 
D
V
 
P
M
 
S
A
 
A
T
 
R
R
 
R
A
 
F
L
 
L
R
 
W
Q
 
N
F
 
S
M
 
L
L
 
L
K
 
A
L
 
V
K
 
V
A
 
R
E
 
E
G
 
G
R
 
R
C
 
S
V
 
V
L
 
M
F
 
L
S
 
T
S
 
S
H
 
H
I
 
S
M
 
M
Q
 
E
E
 
E
V
 
C
A
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
D
 
S
R
 
R
I
 
L
V
 
A
V
 
I
I
 
M
A
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
F
V
 
R
A
 
C
D
 
L
E
 
G
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L
R
 
K

Sites not aligning to the query:

Q9BZC7 ATP-binding cassette sub-family A member 2; ATP-binding cassette transporter 2; ATP-binding cassette 2; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see paper)
35% identity, 92% coverage: 1:225/244 of query aligns to 2049:2278/2435 of Q9BZC7

query
sites
Q9BZC7
M
 
M
I
 
V
E
 
K
V
 
I
K
 
E
D
 
N
L
 
L
H
 
T
K
 
K
A
 
V
F
 
Y
-
 
K
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
I
G
 
G
A
 
R
I
 
I
K
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
R
V
 
L
G
 
C
F
 
L
S
 
G
A
 
V
R
 
R
D
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
C
T
 
F
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
S
T
 
T
L
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
Y
 
T
T
 
G
L
 
D
M
 
E
K
 
S
P
 
T
D
 
T
R
 
G
G
 
G
Q
 
E
I
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
N
G
 
G
I
 
H
D
 
S
A
 
V
A
 
L
A
 
K
D
 
E
P
 
L
L
 
L
A
 
Q
V
 
V
R
 
Q
R
 
Q
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
L
 
C
P
 
P
D
 
Q
A
 
C
R
 
D
G
 
A
L
 
L
Y
 
F
K
 
D
R
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
R
E
 
E
N
 
H
I
 
L
D
 
Q
Y
 
L
F
 
Y
A
 
T
R
 
R
L
 
L
H
 
R
G
 
G
L
 
I
P
 
S
E
 
W
N
 
K
E
 
D
L
 
E
A
 
A
S
 
R
R
 
V
R
 
V
E
 
K
A
 
W
L
 
A
V
 
L
K
 
E
A
 
K
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
T
E
 
K
I
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
K
R
 
P
T
 
A
E
 
G
G
 
T
F
 
Y
S
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
N
R
 
K
V
 
R
K
 
K
T
 
L
A
 
S
I
 
T
A
 
A
R
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
H
 
G
D
 
Y
P
 
P
R
 
A
N
 
F
V
 
I
I
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
T
G
 
G
L
 
M
D
 
D
V
 
P
M
 
K
A
 
A
T
 
R
R
 
R
A
 
F
L
 
L
R
 
W
Q
 
N
F
 
L
M
 
I
L
 
L
K
 
D
L
 
L
K
 
I
A
 
K
E
 
T
G
 
G
R
 
R
C
 
S
V
 
V
L
 
V
F
 
L
S
 
T
S
 
S
H
 
H
I
 
S
M
 
M
Q
 
E
E
 
E
V
 
C
A
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
D
 
T
R
 
R
I
 
L
V
 
A
V
 
I
I
 
M
A
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
R
A
 
C
D
 
L
E
 
G
T
 
S
P
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L
R
 
K
E
 
N
Q
 
R
T
 
F
G
 
G
E
 
D

Sites not aligning to the query:

8f5bA Human abca4 structure in complex with amp-pnp
37% identity, 91% coverage: 4:224/244 of query aligns to 723:944/1924 of 8f5bA

query
sites
8f5bA
V
 
V
K
 
K
D
 
N
L
 
L
H
 
V
K
 
K
A
 
I
F
 
F
G
 
E
A
 
P
I
 
C
-
 
G
-
 
R
K
 
P
A
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
R
V
 
L
G
 
N
F
 
I
S
 
T
A
 
F
R
 
Y
D
 
E
G
 
N
Q
 
Q
I
 
I
T
 
T
G
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
R
 
S
M
 
I
L
 
L
Y
 
T
T
 
G
L
 
L
M
 
L
K
 
P
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
G
G
 
G
I
 
R
D
 
D
A
 
I
A
 
E
A
 
T
D
 
S
P
 
L
L
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
M
L
 
C
P
 
P
D
x
Q
A
 
H
R
 
N
G
 
I
L
 
L
Y
 
F
K
 
H
R
 
H
L
 
L
T
 
T
A
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
H
I
 
M
D
 
L
Y
 
F
F
 
Y
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
H
 
K
G
 
G
L
 
K
P
 
S
E
 
Q
N
 
E
E
 
E
L
 
A
A
 
Q
S
 
L
R
 
E
R
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
M
V
 
L
K
 
E
A
 
D
L
 
T
E
 
G
M
 
L
E
 
H
E
 
H
I
 
K
A
 
R
D
 
N
R
 
E
R
 
E
T
 
A
E
 
Q
G
x
D
F
 
L
S
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
Q
V
 
R
K
 
K
T
 
L
A
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
A
R
 
K
N
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
V
 
P
M
 
Y
A
 
S
T
 
R
R
 
R
A
 
S
L
 
I
R
 
W
Q
 
D
F
 
L
M
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
Y
K
 
R
A
 
S
E
 
-
G
 
G
R
 
R
C
 
T
V
 
I
L
 
I
F
 
M
S
 
S
S
 
T
H
 
H
I
 
H
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
A
 
D
A
 
L
L
 
L
C
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
Y
A
 
C
D
 
S
E
 
G
T
 
T
P
 
P
Q
 
L
A
 
F
L
 
L
R
 
K
E
 
N
Q
 
C
T
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
37% identity, 91% coverage: 4:224/244 of query aligns to 931:1152/2273 of P78363

query
sites
P78363
V
|
V
K
|
K
D
x
N
L
|
L
H
x
V
K
|
K
A
x
I
F
|
F
G
x
E
A
x
P
I
x
C
-
x
G
-
x
R
K
x
P
A
|
A
V
|
V
D
|
D
G
x
R
V
x
L
G
x
N
F
x
I
S
x
T
A
x
F
R
x
Y
D
x
E
G
x
N
Q
|
Q
I
|
I
T
|
T
G
x
A
L
x
F
L
|
L
G
|
G
P
x
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
|
T
L
|
L
R
x
S
M
x
I
L
|
L
Y
x
T
T
x
G
L
|
L
M
x
L
K
x
P
P
|
P
D
x
T
R
x
S
G
|
G
Q
x
T
I
x
V
L
|
L
V
|
V
D
x
G
G
|
G
I
x
R
D
|
D
A
x
I
A
x
E
A
x
T
D
x
S
P
x
L
L
x
D
A
|
A
V
|
V
R
|
R
R
x
Q
Q
x
S
L
|
L
G
|
G
V
x
M
L
x
C
P
|
P
D
x
Q
A
x
H
R
x
N
G
x
I
L
|
L
Y
x
F
K
x
H
R
x
H
L
|
L
T
|
T
A
x
V
R
x
A
E
|
E
N
x
H
I
x
M
D
x
L
Y
x
F
F
x
Y
A
|
A
R
x
Q
L
|
L
H
x
K
G
|
G
L
x
K
P
x
S
E
x
Q
N
x
E
E
|
E
L
x
A
A
x
Q
S
x
L
R
x
E
R
x
M
E
|
E
A
|
A
L
x
M
V
x
L
K
x
E
A
x
D
L
x
T
E
x
G
M
x
L
E
x
H
E
x
H
I
x
K
A
x
R
D
x
N
R
x
E
R
x
E
T
x
A
E
x
Q
G
x
D
F
x
L
S
|
S
Q
x
G
G
|
G
Q
x
M
R
x
Q
V
x
R