SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_0113 FitnessBrowser__Putida:PP_0113 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
20% identity, 98% coverage: 5:223/223 of query aligns to 4:213/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
N
 
D
F
 
F
F
 
L
A
 
S
N
 
M
V
 
V
D
 
K
W
 
Y
A
 
T
E
 
P
I
 
L
W
 
F
L
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
I
D
 
S
T
 
G
M
 
L
I
 
I
M
 
M
L
 
T
F
 
L
G
 
K
S
 
L
L
 
T
F
 
F
F
 
L
T
 
A
V
 
V
L
 
T
L
 
I
G
 
G
L
 
V
P
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
F
L
 
I
F
 
A
L
 
L
C
 
M
G
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
K
M
 
M
F
 
S
E
 
S
Q
 
I
K
 
K
G
 
P
V
 
I
Y
 
K
A
 
L
L
 
V
L
 
A
S
 
S
L
 
S
V
 
Y
V
 
I
N
 
E
I
 
V
L
 
I
R
 
R
S
 
G
L
 
T
P
|
P
F
x
L
I
 
L
I
 
V
L
 
Q
L
 
L
I
 
L
V
 
L
-
 
I
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
M
 
L
I
 
M
P
 
Q
F
 
F
T
 
G
V
 
M
L
 
N
I
 
I
T
 
P
G
 
A
T
 
F
S
 
T
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
A
A
 
-
I
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
L
V
 
A
V
 
I
G
x
N
A
 
S
T
 
S
P
 
A
F
x
Y
F
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
R
T
 
A
A
 
G
L
 
I
R
 
Q
E
 
A
V
 
V
D
 
D
R
 
P
G
 
G
I
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
T
 
A
Q
 
R
S
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
M
T
 
T
T
 
H
R
 
A
Q
 
M
I
 
A
I
 
M
T
 
R
S
 
Y
A
 
V
L
 
I
L
 
I
P
 
P
E
 
Q
A
 
A
R
 
I
P
 
K
G
 
N
I
 
I
F
 
L
A
 
P
A
 
A
I
 
L
T
 
G
V
 
N
T
x
E
A
 
F
I
 
I
T
 
V
L
x
M
V
 
L
S
x
K
Y
x
E
T
 
S
A
 
A
M
 
I
A
 
V
G
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
A
G
 
D
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
Q
G
 
A
D
 
D
L
 
I
A
 
I
I
 
Q
R
 
S
F
 
V
G
 
T
Y
 
Y
Q
 
R
R
 
Y
F
 
F
Q
 
E
T
 
P
D
 
Y
V
 
I
M
 
I
V
 
I
V
 
A
T
 
A
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
L
 
V
L
 
M
V
 
T
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
S
 
-
V
 
T
G
 
F
D
 
S
K
 
K
L
 
L
V
 
L
V
 
S
H
 
L
F
 
F
S
 
E
R
 
R
K
 
R

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
20% identity, 98% coverage: 5:223/223 of query aligns to 4:213/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
N
 
D
F
 
F
F
 
L
A
 
S
N
 
M
V
 
V
D
 
K
W
 
Y
A
 
T
E
 
P
I
 
L
W
 
F
L
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
I
D
 
S
T
 
G
M
 
L
I
 
I
M
 
M
L
 
T
F
 
L
G
 
K
S
 
L
L
 
T
F
 
F
F
 
L
T
 
A
V
 
V
L
 
T
L
 
I
G
 
G
L
 
V
P
 
L
L
 
M
G
 
G
V
 
L
L
 
F
L
 
I
F
 
A
L
 
L
C
 
M
G
 
-
P
 
-
K
 
-
Q
 
K
M
 
M
F
 
S
E
 
S
Q
 
I
K
 
K
G
 
P
V
 
I
Y
 
K
A
 
L
L
 
V
L
 
A
S
 
S
L
 
S
V
 
Y
V
 
I
N
 
E
I
 
V
L
 
I
R
 
R
S
 
G
L
 
T
P
 
P
F
 
L
I
 
L
I
 
V
L
 
Q
L
 
L
I
 
L
V
 
L
-
 
I
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
M
 
L
I
 
M
P
 
Q
F
 
F
T
 
G
V
 
M
L
 
N
I
 
I
T
 
P
G
 
A
T
 
F
S
 
T
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
S
G
 
A
A
 
-
I
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
L
V
 
A
V
 
I
G
x
N
A
 
S
T
 
S
P
 
A
F
x
Y
F
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
R
T
 
A
A
 
G
L
 
I
R
 
Q
E
 
A
V
 
V
D
 
D
R
 
P
G
 
G
I
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
T
 
A
Q
 
R
S
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
M
T
 
T
T
 
H
R
 
A
Q
 
M
I
 
A
I
 
M
T
 
R
S
 
Y
A
 
V
L
 
I
L
 
I
P
 
P
E
 
Q
A
 
A
R
 
I
P
 
K
G
 
N
I
 
I
F
 
L
A
 
P
A
 
A
I
 
L
T
 
G
V
 
N
T
x
E
A
 
F
I
 
I
T
 
V
L
 
M
V
 
L
S
 
K
Y
x
E
T
 
S
A
 
A
M
 
I
A
 
V
G
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
F
G
 
A
G
 
D
L
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
Q
G
 
A
D
 
D
L
 
I
A
 
I
I
 
Q
R
 
S
F
 
V
G
 
T
Y
 
Y
Q
 
R
R
 
Y
F
 
F
Q
 
E
T
 
P
D
 
Y
V
 
I
M
 
I
V
 
I
V
 
A
T
 
A
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
L
 
V
L
 
M
V
 
T
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
S
 
-
V
 
T
G
 
F
D
 
S
K
 
K
L
 
L
V
 
L
V
 
S
H
 
L
F
 
F
S
 
E
R
 
R
K
 
R

Query Sequence

>PP_0113 FitnessBrowser__Putida:PP_0113
MDALNFFANVDWAEIWLATVDTMIMLFGSLFFTVLLGLPLGVLLFLCGPKQMFEQKGVYA
LLSLVVNILRSLPFIILLIVMIPFTVLITGTSLGVAGAIPPLVVGATPFFARLVETALRE
VDRGIIEATQSMGATTRQIITSALLPEARPGIFAAITVTAITLVSYTAMAGVVGAGGLGD
LAIRFGYQRFQTDVMVVTVVLLLVLVQVLQSVGDKLVVHFSRK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory