SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_0209 FitnessBrowser__Putida:PP_0209 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
45% identity, 81% coverage: 27:255/283 of query aligns to 21:253/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
F
x
Y
E
 
T
A
x
V
V
 
L
Q
 
D
R
 
G
L
 
I
D
 
D
F
 
L
A
 
K
V
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
C
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
S
G
 
G
H
 
F
L
 
N
V
 
T
P
 
P
S
 
S
S
 
E
G
 
G
Q
 
V
L
 
V
N
 
L
V
 
L
D
 
Q
G
 
D
Q
 
K
P
 
P
V
 
I
D
 
T
G
 
E
P
 
P
S
 
G
P
 
P
Q
 
D
R
 
R
G
 
M
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
N
H
 
Y
T
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
R
 
L
S
 
N
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
F
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
M
 
A
Q
 
V
G
 
F
L
 
P
E
 
N
R
 
K
T
 
P
E
 
Q
R
 
A
H
 
E
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
-
 
I
-
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
H
L
 
L
Q
 
A
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
T
D
 
E
F
 
A
A
 
A
G
 
E
R
 
K
W
 
K
P
 
P
N
 
S
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
S
N
 
I
R
 
R
P
 
P
R
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
E
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
W
 
W
A
 
S
S
 
D
I
 
H
R
 
Q
T
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
F
 
M
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
M
M
 
M
S
 
T
P
 
N
R
 
G
P
 
P
G
 
A
R
 
A
F
 
Q
I
 
I
-
 
G
E
 
E
D
 
I
L
 
L
R
 
D
L
 
I
D
 
P
F
 
F
A
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R
-
 
N
R
 
R
A
 
R
S
 
R
L
 
I
L
 
M
T
 
E
S
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
T
 
Y
H
 
D
L
 
L
K
 
R
R
 
N
H
 
Y
C
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8w9mD Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
45% identity, 81% coverage: 27:255/283 of query aligns to 19:251/256 of 8w9mD

query
sites
8w9mD
F
 
Y
E
 
T
A
 
V
V
 
L
Q
 
D
R
 
G
L
 
I
D
 
D
F
 
L
A
 
K
V
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
C
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
x
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
S
G
 
G
H
 
F
L
 
N
V
 
T
P
 
P
S
 
S
S
 
E
G
 
G
Q
 
V
L
 
V
N
 
L
V
 
L
D
 
Q
G
 
D
Q
 
K
P
 
P
V
 
I
D
 
T
G
 
E
P
 
P
S
 
G
P
 
P
Q
 
D
R
 
R
G
 
M
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
N
H
 
Y
T
 
C
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
R
 
L
S
 
N
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
Y
F
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
M
 
A
Q
 
V
G
 
F
L
 
P
E
 
N
R
 
K
T
 
P
E
 
Q
R
 
A
H
 
E
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
-
 
I
-
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
H
L
 
L
Q
 
A
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
T
D
 
E
F
 
A
A
 
A
G
 
E
R
 
K
W
 
K
P
 
P
N
 
S
Q
|
Q
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
S
N
 
I
R
 
R
P
 
P
R
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
I
T
 
T
R
 
K
A
 
E
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
W
 
W
A
 
S
S
 
D
I
 
H
R
 
Q
T
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
F
 
M
V
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
M
M
 
M
S
 
T
P
 
N
R
 
G
P
 
P
G
 
A
R
 
A
F
 
Q
I
 
I
-
 
G
E
 
E
D
 
I
L
 
L
R
 
D
L
 
I
D
 
P
F
 
F
A
 
D
R
 
R
P
 
P
R
 
R
-
 
N
R
 
R
A
 
R
S
 
R
L
 
I
L
 
M
T
 
E
S
 
D
P
 
P
E
 
K
F
 
Y
T
 
Y
H
 
D
L
 
L
K
 
R
R
 
N
H
 
Y
C
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8wm7C Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
39% identity, 90% coverage: 27:282/283 of query aligns to 20:293/658 of 8wm7C

query
sites
8wm7C
F
x
Y
E
 
I
A
 
A
V
 
L
Q
 
K
R
 
N
L
 
I
D
 
E
F
 
L
A
 
K
V
 
I
E
 
K
P
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
S
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
D
V
 
R
P
 
A
S
 
S
S
 
I
G
 
G
Q
 
G
L
 
V
N
 
T
V
 
L
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
P
 
E
V
 
I
D
 
R
G
 
E
P
 
P
S
 
S
P
 
P
Q
 
D
R
 
R
G
 
M
M
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
N
H
 
Y
T
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
R
 
L
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
M
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
L
 
K
E
 
S
R
 
K
T
 
G
E
 
E
R
 
R
H
 
R
R
 
A
Q
 
I
A
 
I
R
 
E
E
 
E
M
 
H
L
 
I
Q
 
D
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
D
 
L
F
 
A
A
 
A
G
 
N
R
 
K
W
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
G
R
 
S
M
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
Q
L
 
L
L
 
M
D
 
K
I
 
I
W
 
C
A
 
N
S
 
E
I
 
H
R
 
Q
T
 
I
T
 
T
V
 
C
L
 
V
F
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
M
M
 
L
S
 
T
P
 
N
R
 
G
P
 
P
G
 
E
R
 
A
F
 
H
I
 
I
-
 
G
E
 
Q
D
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
V
D
 
P
F
 
I
A
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R
-
 
Q
R
 
R
A
 
L
S
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
K
S
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
T
 
Y
H
 
N
L
 
L
K
 
R
R
 
N
H
 
E
C
 
I
L
 
I
A
 
Y
L
 
F
L
 
L
R
 
N
H
 
Q
E
 
Q
-
 
K
-
 
L
-
 
A
E
 
K
G
 
K
R
 
R
E
 
Q
L
 
T
P
 
Q
R
 
Q
L
 
A
T
 
S
-
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
L
 
M
P
 
P
D
 
L
T
 
T
D
 
D
H
 
S
P
 
A
P
 
P
L
 
L
R
 
I
I
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8w9mC Cryo-em structure of the cyanobacterial nitrate transporter nrtbcd in complex with atp (see paper)
41% identity, 82% coverage: 27:259/283 of query aligns to 20:256/256 of 8w9mC

query
sites
8w9mC
F
x
Y
E
 
I
A
 
A
V
 
L
Q
 
K
R
 
N
L
 
I
D
 
E
F
 
L
A
 
K
V
 
I
E
 
K
P
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
S
I
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
D
V
 
R
P
 
A
S
 
S
S
 
I
G
 
G
Q
 
G
L
 
V
N
 
T
V
 
L
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
P
 
E
V
 
I
D
 
R
G
 
E
P
 
P
S
 
S
P
 
P
Q
 
D
R
 
R
G
 
M
M
 
V
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
N
H
 
Y
T
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
W
 
W
R
 
L
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
A
L
 
V
K
 
D
-
 
E
-
 
V
M
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
L
 
K
E
 
S
R
 
K
T
 
G
E
 
E
R
 
R
H
 
R
R
 
A
Q
 
I
A
 
I
R
 
E
E
 
E
M
 
H
L
 
I
Q
 
D
L
 
M
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
D
 
L
F
 
A
A
 
A
G
 
N
R
x
K
W
 
R
P
 
P
N
 
S
Q
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
G
R
 
S
M
 
L
Q
 
Q
E
 
E
L
 
Q
L
 
L
L
 
M
D
 
K
I
 
I
W
 
C
A
 
N
S
 
E
I
 
H
R
 
Q
T
 
I
T
 
T
V
 
C
L
 
V
F
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
M
M
 
L
S
 
T
P
 
N
R
 
G
P
 
P
G
 
E
R
 
A
F
 
H
I
 
I
-
 
G
E
 
Q
D
 
I
L
 
L
R
 
E
L
 
V
D
 
P
F
 
I
A
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
R
-
 
Q
R
 
R
A
 
L
S
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
K
S
 
H
P
 
P
E
 
S
F
 
Y
T
 
Y
H
 
N
L
 
L
K
 
R
R
 
N
H
 
E
C
 
I
L
 
I
A
 
Y
L
 
F
L
 
L
R
 
N
H
 
Q
E
 
Q
E
 
K

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
45% identity, 70% coverage: 28:225/283 of query aligns to 31:229/378 of P69874

query
sites
P69874
E
 
E
A
 
V
V
 
I
Q
 
P
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
F
 
L
A
 
T
V
 
I
E
 
N
P
 
N
G
 
G
E
 
E
F
|
F
V
 
L
C
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
G
 
R
A
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
V
S
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
L
 
I
N
 
M
V
x
L
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
P
 
D
V
 
I
D
 
T
G
 
H
-
 
V
P
 
P
S
 
A
P
 
E
Q
 
N
R
 
R
-
 
Y
-
 
V
G
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
R
M
 
M
Q
 
Q
G
 
K
L
 
T
E
 
P
R
 
A
T
 
A
E
 
E
R
 
I
H
 
T
R
 
P
Q
 
R
A
 
V
R
 
M
E
 
E
M
 
A
L
 
L
Q
 
R
L
 
M
V
|
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
D
 
T
F
 
F
A
 
A
G
 
Q
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
V
I
 
V
N
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
G
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
K
R
 
Q
M
 
M
Q
 
Q
E
 
N
L
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
A
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
S
 
K
I
 
L
R
 
G
T
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
F
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
M
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
I
I
 
E
E
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
44% identity, 70% coverage: 28:225/283 of query aligns to 16:214/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
E
 
E
A
 
V
V
 
I
Q
 
P
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
F
 
L
A
 
T
V
 
I
E
 
N
P
 
N
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
L
C
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
 
C
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
V
L
 
L
G
 
R
A
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
V
S
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
L
 
I
N
 
M
V
 
L
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
P
 
D
V
 
I
D
 
T
G
 
H
-
 
V
P
 
P
S
 
A
P
 
E
Q
 
N
R
 
R
-
 
Y
-
 
V
G
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
R
M
 
M
Q
 
Q
G
 
K
L
 
T
E
 
P
R
 
A
T
 
A
E
 
E
R
 
I
H
 
T
R
 
P
Q
 
R
A
 
V
R
 
M
E
 
E
M
 
A
L
 
L
Q
 
R
L
 
M
V
 
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
D
 
T
F
 
F
A
 
A
G
 
Q
R
|
R
W
 
K
P
 
P
N
 
H
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
V
I
 
V
N
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
S
F
 
L
G
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
K
R
 
Q
M
 
M
Q
 
Q
E
 
N
L
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
A
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
S
 
K
I
 
L
R
 
G
T
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
F
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
M
S
 
-
P
 
-
R
 
R
P
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
I
I
 
E
E
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
42% identity, 66% coverage: 30:216/283 of query aligns to 42:237/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
V
 
V
Q
 
Y
R
 
D
L
 
T
D
 
N
F
 
F
A
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
V
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
H
 
L
L
 
I
V
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
N
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
Q
 
Q
P
 
D
V
 
V
D
 
A
G
 
T
P
 
L
S
 
N
P
 
K
Q
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
N
H
 
F
T
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
R
 
R
S
 
T
V
 
I
L
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
M
 
V
Q
 
Q
G
 
N
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
E
E
 
E
R
 
R
H
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
Q
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
D
R
 
Q
W
 
Y
P
 
P
N
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
D
P
 
P
R
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
F
 
F
G
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
Q
 
L
T
 
I
R
 
R
A
 
R
R
 
E
M
 
M
Q
 
Q
E
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
S
 
K
I
 
F
R
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
I
L
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
I
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
42% identity, 66% coverage: 30:216/283 of query aligns to 42:237/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
V
 
V
Q
 
Y
R
 
D
L
 
T
D
 
N
F
 
F
A
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
V
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
H
 
L
L
 
I
V
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
N
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
Q
 
Q
P
 
D
V
 
V
D
 
A
G
 
T
P
 
L
S
 
N
P
 
K
Q
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
N
H
 
F
T
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
R
 
R
S
 
T
V
 
I
L
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
M
 
V
Q
 
Q
G
 
N
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
E
E
 
E
R
 
R
H
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
Q
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
D
R
 
Q
W
 
Y
P
 
P
N
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
D
P
 
P
R
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
F
 
F
G
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
Q
 
L
T
 
I
R
 
R
A
 
R
R
 
E
M
 
M
Q
 
Q
E
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
S
 
K
I
 
F
R
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
I
L
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
I
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
41% identity, 66% coverage: 30:216/283 of query aligns to 42:237/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
V
 
V
Q
 
Y
R
 
D
L
 
T
D
 
N
F
 
F
A
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
I
V
 
F
C
 
V
I
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
N
G
 
R
H
 
L
L
 
I
V
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
N
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
Q
 
Q
P
 
D
V
 
V
D
 
A
G
 
T
P
 
L
S
 
N
P
 
K
Q
 
E
R
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
K
-
 
T
-
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
N
H
 
F
T
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
W
 
H
R
 
R
S
 
T
V
 
I
L
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
E
M
 
V
Q
 
Q
G
 
N
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
E
E
 
E
R
 
R
H
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
L
 
L
Q
 
D
L
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
F
A
 
K
G
 
D
R
 
Q
W
 
Y
P
 
P
N
x
K
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
A
N
 
N
R
 
D
P
 
P
R
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
F
 
F
G
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
P
Q
 
L
T
 
I
R
 
R
A
 
R
R
 
E
M
 
M
Q
 
Q
E
 
D
L
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
I
 
L
W
 
Q
A
 
A
S
 
K
I
 
F
R
 
Q
T
 
K
T
 
T
V
 
I
L
 
I
F
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
D
 
D
I
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
F
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
I
M
 
M
S
 
K

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp-binding protein
39% identity, 66% coverage: 29:216/283 of query aligns to 21:217/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
D
L
 
L
D
 
S
F
 
L
A
 
E
V
 
I
E
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
L
C
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
I
N
 
Y
V
 
I
D
 
E
G
 
D
Q
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
D
P
 
P
S
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
P
 
P
Q
 
K
R
 
E
-
 
R
-
 
D
-
 
V
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
R
G
 
K
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
Q
E
 
E
R
 
I
H
 
D
R
 
K
Q
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
V
L
 
A
Q
 
E
L
 
M
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
D
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
N
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
I
N
 
R
R
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
K
M
 
M
Q
 
R
E
 
A
L
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
K
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
G
T
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
N

1g291 Malk (see paper)
40% identity, 66% coverage: 29:216/283 of query aligns to 18:214/372 of 1g291

query
sites
1g291
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
R
 
E
L
 
M
D
 
S
F
 
L
A
 
E
V
 
V
E
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
M
C
 
I
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
E
P
 
P
S
 
S
S
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
I
N
 
Y
V
 
I
D
 
G
G
 
D
Q
 
K
P
 
L
V
 
V
D
 
-
G
 
-
P
 
A
S
x
D
P
 
P
Q
x
E
R
x
K
G
 
G
-
 
I
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
x
K
-
x
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
-
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
R
G
 
K
L
 
V
E
 
P
R
 
R
T
 
Q
E
 
E
R
 
I
H
 
D
R
 
Q
Q
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
M
 
V
L
 
A
Q
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
D
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
N
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
R
R
 
K
P
 
P
R
 
Q
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
R
M
 
M
Q
 
R
E
 
A
L
 
E
L
 
L
L
 
K
D
 
K
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
G
T
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
N

Sites not aligning to the query:

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
36% identity, 70% coverage: 18:215/283 of query aligns to 4:208/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
I
 
I
R
 
V
L
 
L
G
 
D
H
 
H
G
 
V
S
 
N
E
 
K
A
 
S
F
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
H
E
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
R
 
D
L
 
L
D
 
N
F
 
L
A
 
T
V
 
I
E
 
A
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
L
C
 
I
I
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
D
P
 
I
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
R
V
 
I
D
 
A
G
 
G
Q
 
E
P
 
R
V
 
V
D
 
N
G
 
E
P
 
K
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
M
 
L
Q
 
A
G
 
K
L
 
M
E
 
R
R
 
K
T
 
A
E
 
D
R
 
I
H
 
A
R
 
Q
Q
 
K
A
 
V
R
 
S
E
 
E
M
 
T
L
 
A
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
T
D
 
N
F
 
L
A
 
L
G
 
D
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
R
R
 
H
P
 
P
R
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
G
L
 
E
L
 
I
L
 
A
D
 
Q
I
 
L
W
 
Q
A
 
R
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
V
M
 
M

8hplC Lpqy-sugabc in state 1 (see paper)
37% identity, 66% coverage: 29:215/283 of query aligns to 16:205/384 of 8hplC

query
sites
8hplC
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
E
L
 
F
D
 
S
F
 
M
A
 
T
V
 
I
E
 
A
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
I
C
 
I
I
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
E
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
P
 
R
V
 
V
D
 
N
G
 
E
P
 
K
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
M
 
L
Q
 
A
G
 
K
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
A
E
 
E
R
 
I
H
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
D
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
G
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
R
R
 
S
P
 
P
R
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
A
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
Q
A
 
D
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
V
M
 
M

Sites not aligning to the query:

8hprC Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
37% identity, 66% coverage: 29:215/283 of query aligns to 18:207/363 of 8hprC

query
sites
8hprC
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
E
L
 
F
D
 
S
F
 
M
A
 
T
V
 
I
E
 
A
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
I
C
 
I
I
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
T
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
E
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
P
 
R
V
 
V
D
 
N
G
 
E
P
 
K
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
M
 
L
Q
 
A
G
 
K
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
A
E
 
E
R
 
I
H
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
D
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
M
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
R
R
 
S
P
 
P
R
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
A
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
Q
A
 
D
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
V
M
 
M

Sites not aligning to the query:

8hprD Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
37% identity, 66% coverage: 29:215/283 of query aligns to 18:207/362 of 8hprD

query
sites
8hprD
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
E
L
 
F
D
 
S
F
 
M
A
 
T
V
 
I
E
 
A
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
I
C
 
I
I
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
 
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
L
 
L
G
 
N
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
E
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
P
 
R
V
 
V
D
 
N
G
 
E
P
 
K
S
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
D
-
 
R
-
 
D
-
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
K
 
T
M
 
L
Q
 
A
G
 
K
L
 
V
E
 
P
R
 
K
T
 
A
E
 
E
R
 
I
H
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
R
 
E
E
 
E
M
 
T
L
 
A
Q
 
K
L
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
D
R
|
R
W
 
K
P
 
P
N
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
I
I
 
V
N
 
R
R
 
S
P
 
P
R
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
A
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
Q
A
 
D
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
V
M
 
M

Sites not aligning to the query:

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
35% identity, 90% coverage: 17:272/283 of query aligns to 3:267/369 of P19566

query
sites
P19566
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
R
H
 
N
G
 
V
S
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
W
E
 
G
A
 
D
V
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
S
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
D
 
N
F
 
L
A
 
D
V
 
I
E
 
H
P
 
D
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
N
 
F
V
 
I
-
 
G
D
 
E
G
 
T
Q
 
R
P
 
M
V
 
N
D
 
D
G
 
I
P
 
P
S
 
P
P
 
A
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
|
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
A
E
 
K
R
 
K
T
 
E
E
 
V
R
 
M
H
 
N
R
 
Q
Q
 
R
A
 
V
R
 
N
E
 
Q
M
 
V
L
 
A
Q
 
E
L
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
D
 
H
F
 
L
A
 
L
G
 
E
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
K
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
T
L
 
L
I
 
V
N
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
|
D
A
 
A
Q
 
A
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
H
A
 
K
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
L
S
 
D
P
 
A
-
 
G
R
 
R
P
 
V
G
 
A
R
 
Q
F
 
V
I
 
G
E
 
K
D
 
P
L
 
L
R
 
E
L
 
L
D
 
Y
F
 
H
A
 
Y
R
 
P
P
 
A
R
 
D
R
 
R
-
 
F
-
 
V
A
 
A
S
 
G
L
 
F
L
 
I
T
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
K
F
 
M
T
 
N
H
 
F
L
 
L
K
 
P
R
 
V
H
 
K
C
 
V
L
 
T
A
 
A
L
 
T
L
 
A
R
 
I
H
 
E
E
 
Q
E
 
V
G
 
Q
R
 
V
E
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
N
L
 
R
T
 
Q
P
 
Q
L
 
I
G
 
W
L
 
L
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
40% identity, 70% coverage: 17:215/283 of query aligns to 3:207/371 of P68187

query
sites
P68187
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
Q
H
 
N
G
 
V
S
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
W
E
 
G
A
 
E
V
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
S
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
D
 
N
F
 
L
A
 
D
V
 
I
E
 
H
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
N
 
F
V
 
I
D
 
G
G
 
E
Q
 
K
P
 
R
V
 
M
-
 
N
D
 
D
G
 
T
P
 
P
S
 
P
P
 
A
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
S
H
 
Y
T
x
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
A
E
x
K
R
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
I
T
 
N
E
 
Q
R
 
R
H
x
V
R
 
N
Q
 
Q
A
x
V
R
 
A
E
|
E
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
x
A
G
 
H
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
R
W
 
K
P
 
P
N
 
K
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
T
L
 
L
I
 
V
N
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
A
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
H
A
 
K
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
40% identity, 70% coverage: 17:215/283 of query aligns to 2:206/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
Q
H
 
N
G
 
V
S
 
T
E
 
K
A
 
A
F
x
W
E
 
G
A
 
E
V
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
S
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
D
 
N
F
 
L
A
 
D
V
 
I
E
 
H
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
N
 
F
V
 
I
D
 
G
G
 
E
Q
 
K
P
 
R
V
 
M
-
 
N
D
 
D
G
 
T
P
 
P
S
 
P
P
 
A
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
A
E
 
K
R
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
I
T
 
N
E
 
Q
R
 
R
H
 
V
R
 
N
Q
 
Q
A
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
-
A
 
-
G
 
-
R
|
R
W
 
K
P
 
P
N
 
K
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
T
L
 
L
I
 
V
N
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
A
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
H
A
 
K
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
L

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
40% identity, 70% coverage: 17:215/283 of query aligns to 2:206/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
Q
H
 
N
G
 
V
S
 
T
E
 
K
A
 
A
F
x
W
E
 
G
A
 
E
V
 
V
-
 
V
-
 
V
-
 
S
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
D
 
N
F
 
L
A
 
D
V
 
I
E
 
H
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
N
 
F
V
 
I
D
 
G
G
 
E
Q
 
K
P
 
R
V
 
M
-
 
N
D
 
D
G
 
T
P
 
P
S
 
P
P
 
A
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
A
E
 
K
R
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
I
T
 
N
E
 
Q
R
 
R
H
 
V
R
 
N
Q
 
Q
A
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
-
A
 
-
G
 
-
R
|
R
W
 
K
P
 
P
N
 
K
Q
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
T
L
 
L
I
 
V
N
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
A
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
H
A
 
K
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
L

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
40% identity, 70% coverage: 17:215/283 of query aligns to 2:206/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
S
 
S
I
 
V
R
 
Q
L
 
L
G
 
Q
H
 
N
G
 
V
S
 
T
E
 
K
A
 
A
F
x
W
E
 
G
A
 
E
V
 
V
-
 
V
-
x
V
-
 
S
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
D
 
N
F
 
L
A
 
D
V
 
I
E
 
H
P
 
E
G
 
G
E
 
E
F
 
F
V
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
G
 
R
A
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
L
L
 
E
V
 
T
P
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
N
 
F
V
 
I
D
 
G
G
 
E
Q
 
K
P
 
R
V
 
M
-
 
N
D
 
D
G
 
T
P
 
P
S
 
P
P
 
A
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
-
 
V
-
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
H
 
S
H
 
Y
T
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
L
 
A
E
 
K
R
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
I
T
 
N
E
 
Q
R
 
R
H
 
V
R
 
N
Q
 
Q
A
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
-
A
 
-
G
 
-
R
|
R
W
 
K
P
 
P
N
 
K
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
A
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
V
 
T
L
 
L
I
 
V
N
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
L
G
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
A
Q
 
A
T
 
L
R
 
R
A
 
V
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
L
 
S
D
 
R
I
 
L
W
 
H
A
 
K
S
 
R
I
 
L
R
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
F
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
F
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
I
L
 
V
V
 
V
M
 
L

Query Sequence

>PP_0209 FitnessBrowser__Putida:PP_0209
MNRYQQAPGRIDGRGLSIRLGHGSEAFEAVQRLDFAVEPGEFVCILGPSGCGKSTLLGAL
AGHLVPSSGQLNVDGQPVDGPSPQRGMVFQHHTLLPWRSVLDNVAFGLKMQGLERTERHR
QAREMLQLVGLADFAGRWPNQLSGGMQQRAEIARVLINRPRLLLMDEPFGALDAQTRARM
QELLLDIWASIRTTVLFVTHDIDEALFLADRILVMSPRPGRFIEDLRLDFARPRRASLLT
SPEFTHLKRHCLALLRHEEGRELPRLTPLGLPDTDHPPLRIAL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory