SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_0654 FitnessBrowser__Putida:PP_0654 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P49814 Malate dehydrogenase; Vegetative protein 69; VEG69; EC 1.1.1.37 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
45% identity, 96% coverage: 4:300/310 of query aligns to 7:304/312 of P49814

query
sites
P49814
K
 
K
L
 
V
T
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
T
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
A
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
V
D
 
D
V
 
I
Q
 
P
G
 
Q
-
 
L
-
 
E
E
 
N
L
 
P
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
V
S
 
Q
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
K
V
 
I
H
 
T
G
 
G
G
 
T
A
 
S
K
 
N
A
 
Y
E
 
E
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
 
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
S
 
S
T
 
T
N
 
N
L
 
E
P
 
K
I
 
I
L
 
M
D
 
R
S
 
S
I
 
V
M
 
T
A
 
Q
D
 
E
I
 
I
K
 
V
H
 
K
H
 
Y
A
 
S
P
 
P
T
 
D
A
 
S
T
 
I
V
 
I
L
 
V
V
 
V
V
 
L
S
 
T
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
A
A
 
V
W
 
Y
S
 
K
V
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
x
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
L
G
 
N
F
 
L
S
 
S
A
 
V
R
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
V
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
Y
I
 
A
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
H
 
T
F
 
L
L
 
I
S
 
P
S
 
K
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
E
 
D
Q
 
A
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
L
A
 
T
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
Q
N
 
R
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
T
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
Y
T
 
E
D
 
G
I
 
I
A
 
Y
M
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
T
V
 
I
L
 
V
A
 
G
E
 
G
K
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
E
R
 
Q
I
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
D
Q
 
Y
E
 
E
Q
 
R
A
 
A
M
 
Q
F
 
L
D
 
N
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P80040 Malate dehydrogenase; EC 1.1.1.37 from Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (see 2 papers)
44% identity, 100% coverage: 1:310/310 of query aligns to 1:309/309 of P80040

query
sites
P80040
M
 
M
V
 
R
N
 
K
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
I
V
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
L
x
F
V
|
V
G
|
G
E
 
S
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
H
I
 
W
I
 
L
A
 
A
R
 
A
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
I
V
 
V
L
 
L
M
 
L
D
|
D
V
 
F
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
V
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
L
W
 
Y
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
V
H
 
R
V
 
V
H
 
T
G
 
G
G
 
T
A
 
N
K
 
N
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
N
S
 
S
E
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
V
 
A
P
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
K
T
 
V
N
 
N
L
 
A
P
 
D
I
 
I
L
 
T
D
 
R
S
 
A
I
 
C
M
 
I
A
 
S
D
 
Q
I
 
A
K
 
A
H
 
P
H
 
L
A
 
S
P
 
P
T
 
N
A
 
A
T
 
V
V
 
I
L
 
I
V
 
M
V
|
V
S
x
N
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
W
 
A
S
 
E
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
R
M
 
Y
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
T
 
A
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
V
R
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
Q
A
 
A
L
 
M
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
E
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
P
R
 
R
Y
 
F
C
 
S
Q
 
T
I
 
I
G
 
S
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
S
H
 
E
F
 
F
L
 
I
S
 
A
S
 
P
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
E
 
A
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
A
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
M
P
 
P
A
 
V
V
 
A
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
T
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
L
T
 
N
D
 
D
I
 
I
A
 
Y
M
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
G
E
 
A
K
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
N
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
M
A
 
A
M
 
L
F
 
L
D
 
N
H
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
K
Q
 
A
V
 
V
A
 
R
R
 
A
D
 
T
I
 
L
A
 
D
E
 
T
M
 
L
K
 
K
A
 
S
L
 
L

1uxgA Large improvement in the thermal stability of a tetrameric malate dehydrogenase by single point mutations at the dimer-dimer interface. (see paper)
44% identity, 99% coverage: 4:310/310 of query aligns to 3:308/308 of 1uxgA

query
sites
1uxgA
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
F
V
|
V
G
 
G
E
 
S
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
H
I
 
W
I
 
L
A
 
A
R
 
A
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
I
V
 
V
L
 
L
M
 
L
D
|
D
V
 
I
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
V
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
L
W
 
Y
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
V
H
 
R
V
 
V
H
 
T
G
 
G
G
 
T
A
 
N
K
 
N
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
N
S
 
S
E
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
V
I
 
V
T
|
T
A
x
S
G
|
G
V
x
A
P
|
P
R
|
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
|
R
Q
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
K
T
 
V
N
 
N
L
 
A
P
 
D
I
 
I
L
 
T
D
 
R
S
 
A
I
x
C
M
 
I
A
 
S
D
 
Q
I
 
A
K
 
A
H
 
P
H
 
L
A
 
S
P
 
P
T
 
N
A
 
A
T
 
V
V
 
I
L
 
I
V
 
M
V
|
V
S
 
N
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
W
 
A
S
 
E
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
|
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
A
A
 
A
R
|
R
M
 
Y
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
T
 
A
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
V
R
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
Q
A
 
A
L
 
M
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
E
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
P
R
 
R
Y
 
F
C
 
S
Q
 
T
I
 
I
G
 
S
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
S
H
 
E
F
 
F
L
 
I
S
 
A
S
 
P
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
E
 
A
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
|
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
|
P
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
A
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
M
P
 
P
A
 
V
V
 
A
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
T
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
L
T
 
N
D
 
D
I
 
I
A
 
Y
M
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
G
E
 
A
K
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
N
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
M
A
 
A
M
 
L
F
 
L
D
 
N
H
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
K
Q
 
A
V
 
V
A
 
R
R
 
A
D
 
T
I
 
L
A
 
D
E
 
T
M
 
L
K
 
K
A
 
S
L
 
L

7byaA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and adenosine 5'- diphosphoribose (apr) (see paper)
43% identity, 96% coverage: 3:300/310 of query aligns to 5:303/311 of 7byaA

query
sites
7byaA
N
 
K
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
F
V
x
T
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
V
D
|
D
V
x
I
Q
 
P
G
 
Q
-
 
L
-
 
E
E
 
N
L
 
P
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
V
S
 
L
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
N
V
 
I
H
 
I
G
 
G
G
 
T
A
 
S
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
D
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
I
P
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
 
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
S
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
Q
P
 
K
I
 
I
L
 
M
D
 
K
S
 
Q
I
 
V
M
 
T
A
 
K
D
 
E
I
 
V
K
 
V
H
 
K
H
 
Y
A
 
S
P
 
P
T
 
N
A
 
C
T
 
Y
V
 
I
L
 
I
V
 
V
V
x
L
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
T
A
 
V
W
 
F
S
 
K
V
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
N
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
L
G
 
N
F
 
I
S
 
S
A
 
V
R
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
V
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
Y
I
 
A
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
H
 
K
F
 
L
L
 
I
S
 
P
S
 
K
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
E
 
D
Q
 
A
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
L
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
Q
N
 
R
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
Y
T
 
E
D
 
G
I
 
I
A
 
Y
M
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
N
G
 
G
L
 
I
A
 
E
R
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
D
 
A
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V

7by9A Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) (see paper)
43% identity, 96% coverage: 3:300/310 of query aligns to 5:303/311 of 7by9A

query
sites
7by9A
N
 
K
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
V
V
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
L
x
F
V
x
T
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
V
D
|
D
V
x
I
Q
 
P
G
 
Q
-
 
L
-
 
E
E
 
N
L
 
P
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
V
S
 
L
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
N
V
 
I
H
 
I
G
 
G
G
 
T
A
 
S
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
D
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
 
G
V
 
I
P
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
 
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
S
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
Q
P
 
K
I
|
I
L
 
M
D
 
K
S
x
Q
I
x
V
M
 
T
A
 
K
D
 
E
I
 
V
K
 
V
H
 
K
H
 
Y
A
 
S
P
 
P
T
 
N
A
 
C
T
 
Y
V
 
I
L
 
I
V
 
V
V
x
L
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
|
V
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
T
A
 
V
W
 
F
S
 
K
V
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
N
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
L
G
 
N
F
 
I
S
 
S
A
 
V
R
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
V
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
Y
I
 
A
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
H
 
K
F
 
L
L
 
I
S
 
P
S
 
K
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
E
 
D
Q
 
A
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
L
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
Q
N
 
R
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
Y
T
 
E
D
 
G
I
 
I
A
 
Y
M
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
N
G
 
G
L
 
I
A
 
E
R
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
D
 
A
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V

4plyA Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with malate. (see paper)
44% identity, 98% coverage: 4:306/310 of query aligns to 4:314/318 of 4plyA

query
sites
4plyA
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
N
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
M
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
I
W
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
V
 
P
D
 
I
S
 
M
G
 
G
S
 
S
D
 
N
T
 
V
H
 
K
V
 
I
H
 
T
G
 
G
G
 
T
A
 
N
K
 
N
A
x
Y
E
 
E
M
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
G
S
 
S
E
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
I
P
|
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
-
x
W
-
 
S
R
|
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
V
N
 
N
L
 
A
P
 
K
I
|
I
L
 
M
D
 
K
S
 
D
I
 
V
M
 
A
A
 
E
D
 
N
I
 
I
K
 
K
H
 
K
H
 
Y
A
 
C
P
 
P
T
 
N
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
|
V
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
M
T
 
V
Y
 
Y
R
 
V
A
 
L
W
 
H
S
 
K
V
 
Y
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
H
D
 
N
K
 
K
V
 
V
F
 
C
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
Y
F
 
F
I
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
T
 
L
G
 
N
F
 
V
S
 
S
A
 
P
R
 
N
D
 
D
I
 
V
T
 
Q
A
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
T
R
 
R
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
T
H
 
E
F
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
L
 
I
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
Q
 
E
I
 
I
E
 
D
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
A
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
F
A
 
A
P
|
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
A
A
 
I
Q
 
E
M
 
M
V
 
A
D
 
E
A
 
S
I
 
Y
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
C
V
 
S
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
V
T
 
K
D
 
D
I
 
L
A
 
F
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
K
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
Q
A
 
E
M
 
M
F
 
F
D
 
D
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V
A
 
-
R
 
R
D
 
E
I
 
L
A
 
V
E
 
E

4pltB Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with oxamate. (see paper)
44% identity, 98% coverage: 4:306/310 of query aligns to 5:315/319 of 4pltB

query
sites
4pltB
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
N
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
x
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
M
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
I
W
 
S
Q
 
H
A
 
S
A
 
S
V
 
P
D
 
I
S
 
M
G
 
G
S
 
S
D
 
N
T
 
V
H
 
K
V
 
I
H
 
T
G
 
G
G
 
T
A
 
N
K
 
N
A
 
Y
E
 
E
M
 
D
L
 
I
E
 
K
G
 
G
S
 
S
E
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
I
P
|
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
-
 
W
-
 
S
R
|
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
V
N
 
N
L
 
A
P
 
K
I
|
I
L
 
M
D
 
K
S
 
D
I
 
V
M
 
A
A
 
E
D
 
N
I
 
I
K
 
K
H
 
K
H
 
Y
A
 
C
P
 
P
T
 
N
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
|
V
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
M
T
 
V
Y
 
Y
R
 
V
A
 
L
W
 
H
S
 
K
V
 
Y
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
H
D
 
N
K
 
K
V
 
V
F
 
C
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
T
 
S
A
 
S
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
Y
F
 
F
I
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
T
 
L
G
 
N
F
 
V
S
 
S
A
 
P
R
 
N
D
 
D
I
 
V
T
 
Q
A
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
T
R
 
R
Y
 
Y
C
 
C
Q
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
T
H
 
E
F
 
F
-
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
L
 
I
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
Q
 
E
I
 
I
E
 
D
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
F
A
 
A
P
|
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
A
A
 
I
Q
 
E
M
 
M
V
 
A
D
 
E
A
 
S
I
 
Y
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
C
V
 
S
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
V
T
 
K
D
 
D
I
 
L
A
 
F
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
K
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
Q
A
 
E
M
 
M
F
 
F
D
 
D
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V
A
 
-
R
 
R
D
 
E
I
 
L
A
 
V
E
 
E

7f8dA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) g218y mutant (see paper)
42% identity, 96% coverage: 3:300/310 of query aligns to 7:305/313 of 7f8dA

query
sites
7f8dA
N
 
K
K
 
K
L
 
I
T
 
S
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
F
V
x
T
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
V
D
|
D
V
x
I
Q
 
P
G
 
Q
-
x
L
-
 
E
E
 
N
L
 
P
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
P
D
 
V
S
 
L
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
N
V
 
I
H
 
I
G
 
G
G
 
T
A
 
S
K
 
D
A
x
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
D
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
I
P
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
 
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
S
 
T
T
 
T
N
 
N
L
 
Q
P
 
K
I
 
I
L
 
M
D
 
K
S
 
Q
I
 
V
M
 
T
A
 
K
D
 
E
I
 
V
K
 
V
H
 
K
H
 
Y
A
 
S
P
 
P
T
 
N
A
 
C
T
 
Y
V
 
I
L
 
I
V
 
V
V
x
L
S
x
T
N
|
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
T
Y
 
Y
R
 
T
A
 
V
W
 
F
S
 
K
V
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
F
G
 
P
R
 
K
D
 
N
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
|
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
M
 
F
K
 
R
C
 
T
F
 
F
I
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
L
G
 
N
F
 
I
S
 
S
A
 
V
R
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
G
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
V
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
Y
I
 
A
G
 
G
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
E
H
 
K
F
 
L
L
 
I
S
 
P
S
 
K
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
E
 
D
Q
 
A
I
 
I
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
Y
D
 
Y
A
 
A
P
|
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
L
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
Q
N
 
R
R
 
R
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
R
 
Y
T
 
E
D
 
G
I
 
I
A
 
Y
M
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
G
E
 
G
K
 
N
G
 
G
L
 
I
A
 
E
R
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
A
F
 
L
D
 
A
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
E
Q
 
S
V
 
V

3gvhA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis
42% identity, 96% coverage: 3:301/310 of query aligns to 3:305/318 of 3gvhA

query
sites
3gvhA
N
 
N
K
 
K
L
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
L
 
M
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
A
A
 
G
R
 
L
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
A
G
 
E
E
 
G
L
 
T
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
I
W
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
S
V
 
P
D
 
V
S
 
D
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
K
V
 
F
H
 
T
G
 
G
G
 
A
A
 
N
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
G
S
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
|
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
L
S
 
G
T
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
K
I
 
V
L
 
M
D
 
E
S
 
Q
I
 
V
M
 
G
A
 
A
D
 
G
I
 
I
K
 
K
H
 
K
H
 
Y
A
 
A
P
 
P
T
 
E
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
C
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
V
Y
 
W
R
 
A
A
 
L
W
 
Q
S
 
K
V
 
F
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
A
D
 
H
K
 
K
V
 
V
F
 
V
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
Y
F
 
F
I
 
L
A
 
S
E
 
E
Q
 
E
T
 
F
G
 
N
F
 
V
S
 
S
A
 
V
R
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
V
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
A
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
P
H
 
D
F
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
M
-
 
G
-
 
W
-
 
T
S
 
S
S
 
Q
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
I
V
 
I
E
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
D
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
A
A
 
I
Q
 
Q
M
 
M
V
 
A
D
 
E
A
 
S
I
 
Y
A
 
L
N
 
K
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
A
A
 
A
I
 
Q
L
 
L
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
V
T
 
K
D
 
D
I
 
M
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
T
V
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
A
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
I
P
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
K
Q
 
D
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
Q
F
 
F
D
 
D
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
A
Q
 
S
V
 
V
A
 
A

P80039 Malate dehydrogenase; EC 1.1.1.37 from Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (Chlorobium tepidum) (see paper)
42% identity, 99% coverage: 4:309/310 of query aligns to 2:307/310 of P80039

query
sites
P80039
K
 
K
L
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
L
x
N
V
|
V
G
|
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
R
I
 
L
A
 
A
R
 
E
D
 
K
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
I
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
V
 
P
D
 
V
S
 
G
G
 
L
S
 
F
D
 
D
T
 
T
H
 
K
V
 
V
H
 
T
G
 
G
G
 
S
A
 
N
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
N
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
T
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
M
N
|
N
L
 
A
P
 
G
I
 
I
L
 
V
D
 
R
S
 
E
I
 
V
M
 
T
A
 
G
D
 
R
I
 
I
K
 
M
H
 
E
H
 
H
A
 
S
P
 
K
T
 
N
A
 
P
T
 
I
V
 
I
L
 
V
V
 
V
V
|
V
S
|
S
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
M
T
 
T
Y
 
H
R
 
V
A
 
A
W
 
W
S
 
Q
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
A
R
 
R
M
 
F
K
 
R
C
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
T
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
M
R
 
Q
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
C
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
M
 
V
R
 
K
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
A
H
 
D
F
 
L
L
 
I
S
 
S
S
 
A
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
H
K
 
L
K
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
T
A
 
S
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
S
I
 
I
A
 
V
N
 
L
G
 
D
R
 
R
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
T
A
 
C
V
 
A
A
 
V
I
 
S
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
I
T
 
D
D
 
G
I
 
T
A
 
F
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
K
L
 
L
A
 
G
E
 
K
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
H
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
L
 
I
P
 
K
L
 
L
D
 
D
A
 
Q
Q
 
S
E
 
D
Q
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
D
 
Q
H
 
K
S
 
S
A
 
A
D
 
K
Q
 
I
V
 
V
A
 
D
R
 
E
D
 
N
I
 
C
A
 
K
E
 
M
M
 
L
K
 
D
A
 
A

1guzA Structural basis for thermophilic protein stability: structures of thermophilic and mesophilic malate dehydrogenases (see paper)
43% identity, 96% coverage: 4:300/310 of query aligns to 2:298/305 of 1guzA

query
sites
1guzA
K
 
K
L
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
N
V
|
V
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
R
I
 
L
A
 
A
R
 
E
D
 
K
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
L
D
|
D
V
|
V
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
I
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
V
 
P
D
 
V
S
 
G
G
 
L
S
 
F
D
 
D
T
 
T
H
 
K
V
 
V
H
 
T
G
 
G
G
 
S
A
 
N
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
N
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
I
I
 
I
T
|
T
A
 
A
G
|
G
V
x
L
P
|
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
T
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
V
 
L
L
 
L
S
 
M
T
 
K
N
 
N
L
 
A
P
 
G
I
|
I
L
 
V
D
 
K
S
 
E
I
 
V
M
 
T
A
 
D
D
 
N
I
 
I
K
 
M
H
 
K
H
 
H
A
 
S
P
 
K
T
 
N
A
 
P
T
 
I
V
 
I
L
 
I
V
 
V
V
|
V
S
 
S
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
M
T
 
T
Y
 
H
R
 
V
A
 
A
W
 
W
S
 
V
V
 
R
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
A
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
T
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
M
R
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
N
A
 
A
L
 
C
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
M
 
V
R
 
K
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
I
S
 
S
H
 
D
F
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
A
E
 
E
Q
 
T
I
 
I
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
N
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
E
L
 
H
K
 
L
K
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
A
P
|
P
G
 
A
V
 
S
A
 
S
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
S
I
 
I
A
 
V
N
 
L
G
 
D
R
 
R
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
C
V
 
A
A
 
V
I
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
I
T
 
D
D
 
K
I
 
T
A
 
F
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
K
L
 
L
A
 
G
E
 
R
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
Q
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
L
 
I
P
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
Q
Q
 
A
E
 
D
Q
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
D
 
Q
H
 
K
S
 
S
A
 
A
D
 
K
Q
 
I
V
 
V

4rosA Crystal structure of methylobacterium extorquens malate dehydrogenase complexed with oxaloacetate and adenosine-5-diphosphoribose
42% identity, 96% coverage: 3:300/310 of query aligns to 3:304/318 of 4rosA

query
sites
4rosA
N
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
Q
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
A
A
 
G
R
 
L
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
V
G
 
D
E
 
G
L
 
V
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
I
W
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
V
 
P
D
 
V
S
 
D
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
K
V
 
Y
H
 
S
G
 
G
G
 
A
A
 
S
K
 
D
A
 
Y
E
 
S
M
 
A
L
 
I
E
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
|
V
P
|
P
R
|
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
|
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
G
T
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
K
I
x
V
L
 
M
D
 
E
S
 
A
I
 
V
M
 
G
A
 
A
D
 
G
I
 
I
K
 
K
H
 
E
H
 
H
A
 
A
P
 
P
T
 
D
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
C
V
 
I
S
x
T
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
V
Y
 
W
R
 
A
A
 
L
W
 
Q
S
 
K
V
 
F
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
T
D
 
N
K
 
K
V
 
V
F
 
V
G
 
G
Q
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
H
F
 
F
I
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
F
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
V
R
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
T
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
T
H
 
D
F
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
W
-
 
T
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
Q
 
K
I
 
L
E
 
D
Q
 
A
I
 
M
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
A
A
 
I
Q
 
A
M
 
M
V
 
A
D
 
E
A
 
S
I
 
Y
A
 
L
N
 
R
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
C
V
 
A
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
I
T
 
D
D
 
G
I
 
L
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
E
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
R
I
 
V
I
 
L
E
 
E
L
 
V
P
 
T
L
 
F
D
 
N
A
 
D
Q
 
D
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
F
 
F
D
 
E
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
N
Q
 
S
V
 
V

5ujkA Malate dehydrogenase from methylobacterium extorquens, complexed with NAD (see paper)
42% identity, 96% coverage: 3:300/310 of query aligns to 3:304/315 of 5ujkA

query
sites
5ujkA
N
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
Q
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
A
A
 
G
R
 
L
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
V
G
 
D
E
 
G
L
 
V
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
I
W
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
A
V
 
P
D
 
V
S
 
D
G
 
G
S
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
K
V
 
Y
H
 
S
G
 
G
G
 
A
A
 
S
K
 
D
A
 
Y
E
 
S
M
 
A
L
 
I
E
 
A
G
 
G
S
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
V
P
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
S
R
|
R
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
G
T
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
K
I
x
V
L
 
M
D
 
E
S
 
A
I
 
V
M
 
G
A
 
A
D
 
G
I
 
I
K
 
K
H
 
E
H
 
H
A
 
A
P
 
P
T
 
D
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
C
V
x
I
S
 
T
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
L
 
M
T
 
V
Y
 
W
R
 
A
A
 
L
W
 
Q
S
 
K
V
 
F
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
T
D
 
N
K
 
K
V
 
V
F
 
V
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
H
F
 
F
I
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
T
 
F
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
V
R
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
M
 
T
R
 
R
Y
 
Y
C
 
S
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
T
H
 
D
F
 
L
L
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
W
-
 
T
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
Q
 
K
I
 
L
E
 
D
Q
 
A
I
 
M
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
L
K
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
S
I
 
A
A
 
I
Q
 
A
M
 
M
V
 
A
D
 
E
A
 
S
I
 
Y
A
 
L
N
 
R
G
 
D
R
 
K
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
C
V
 
A
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
I
T
 
D
D
 
G
I
 
L
A
 
Y
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
E
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
R
I
 
V
I
 
L
E
 
E
L
 
V
P
 
T
L
 
F
D
 
N
A
 
D
Q
 
D
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
F
 
F
D
 
E
H
 
K
S
 
S
A
 
V
D
 
N
Q
 
S
V
 
V

1gv0A Structural basis for thermophilic protein stability: structures of thermophilic and mesophilic malate dehydrogenases (see paper)
42% identity, 96% coverage: 4:300/310 of query aligns to 2:294/301 of 1gv0A

query
sites
1gv0A
K
 
K
L
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
L
x
N
V
|
V
G
 
G
E
 
A
A
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
F
I
 
R
I
 
L
A
 
A
R
 
E
D
 
K
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
L
M
 
L
D
|
D
V
|
V
Q
 
V
G
 
E
E
 
G
L
 
I
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
M
W
 
Y
Q
 
E
A
 
S
A
 
G
V
 
P
D
 
V
S
 
G
G
 
L
S
 
F
D
 
D
T
 
T
H
 
K
V
 
V
H
 
T
G
 
G
G
 
S
A
 
N
K
 
D
A
 
Y
E
 
A
M
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
N
S
 
S
E
 
D
L
 
I
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
L
P
|
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
S
 
T
R
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
L
S
 
S
T
 
M
N
 
N
L
 
A
P
 
G
I
 
I
L
 
V
D
 
R
S
 
E
I
 
V
M
 
T
A
 
G
D
 
R
I
 
I
K
 
M
H
 
E
H
 
H
A
 
S
P
 
K
T
 
N
A
 
P
T
 
I
V
 
I
L
 
V
V
 
V
V
|
V
S
 
S
N
|
N
P
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
M
T
 
T
Y
 
H
R
 
V
A
 
A
W
 
W
S
 
Q
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
L
G
 
P
R
 
K
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Q
x
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
M
 
F
K
 
R
C
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
T
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
S
A
 
M
R
 
Q
D
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
C
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
V
M
 
V
R
 
K
Y
 
Y
C
 
T
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
S
 
A
H
 
D
F
 
L
L
 
I
S
 
S
S
 
A
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
K
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
V
G
 
N
L
 
H
K
 
L
K
 
K
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
C
 
F
D
 
Y
A
 
S
P
|
P
G
 
A
V
 
T
A
 
S
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
M
 
M
V
 
V
D
 
E
A
 
S
I
 
I
A
 
V
N
 
L
G
 
D
R
 
R
N
 
K
R
 
R
I
 
V
L
 
L
P
 
T
A
 
C
V
 
A
A
 
V
I
 
S
L
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
R
 
I
T
 
D
D
 
G
I
 
T
A
 
F
M
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
V
V
 
K
L
 
L
A
 
G
E
 
K
K
 
N
G
 
G
L
 
V
A
 
E
R
 
H
I
 
I
I
 
Y
E
 
E
L
 
I
P
 
K
L
 
L
D
 
D
A
 
Q
Q
 
S
E
 
D
Q
 
L
A
 
D
M
 
L
F
 
L
D
 
Q
H
 
K
S
 
S
A
 
A
D
 
K
Q
 
I
V
 
V

3gviA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis in complex with adp
40% identity, 96% coverage: 3:301/310 of query aligns to 3:300/314 of 3gviA

query
sites
3gviA
N
 
N
K
 
K
L
 
I
T
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
L
x
M
V
x
I
G
 
G
E
 
G
A
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
I
 
A
A
 
G
R
 
L
D
 
K
E
 
E
L
 
L
C
 
G
R
 
-
E
 
D
L
 
V
V
 
V
L
 
L
M
 
F
D
|
D
V
x
I
Q
 
A
G
 
E
E
 
G
L
 
T
A
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L