SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_1163 FitnessBrowser__Putida:PP_1163 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1cqxA Crystal structure of the flavohemoglobin from alcaligenes eutrophus at 1.75 a resolution (see paper)
34% identity, 39% coverage: 304:569/678 of query aligns to 113:401/403 of 1cqxA

query
sites
1cqxA
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
D
L
 
D
M
 
I
T
 
I
G
 
S
T
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
-
x
Y
-
 
G
-
 
N
-
x
L
-
x
A
-
 
D
-
 
V
-
x
L
-
 
M
-
 
G
-
 
M
D
 
E
A
 
S
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
R
 
R
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
P
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
K
A
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
T
L
 
F
R
 
V
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
P
E
 
E
S
 
S
R
 
D
D
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
I
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
A
-
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
P
R
 
V
V
 
V
A
 
N
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
A
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
R
 
A
D
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
-
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
T
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
|
S
V
 
V
K
 
K
A
 
R
Q
x
E
G
 
G
P
 
G
-
 
G
-
 
P
-
x
Q
-
x
P
-
 
P
-
x
G
-
x
Y
A
x
V
S
|
S
R
 
N
Y
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
R
 
H
V
 
V
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
A
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
D
Q
 
V
Q
 
D
S
 
A
T
 
K
R
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
M
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
K
Q
 
V
Q
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
-
G
 
A
Q
 
P
A
 
P
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
H
 
V
L
 
F
F
 
V
H
 
H
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
N
L
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
M
Q
 
R
Q
 
D
E
 
R
L
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
K
R
 
T
Q
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
F
Q
 
V
V
 
F
H
 
Y
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
L
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
V
V
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
F
 
Y
A
 
P
G
 
G
R
 
L
L
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
K
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
P
D
 
D
Y
 
A
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
P
F
 
F
T
 
M
Q
 
R
Q
 
M
L
 
Q
Y
 
H
E
 
D
G
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
I
P
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
x
V
F
 
F
G
|
G
P
|
P
S
 
D
T
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

3ozwA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with ketoconazole (see paper)
34% identity, 39% coverage: 304:569/678 of query aligns to 113:401/403 of 3ozwA

query
sites
3ozwA
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
D
L
 
D
M
 
I
T
 
I
G
 
S
T
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
-
x
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
L
-
x
A
-
 
D
-
 
V
-
x
L
-
 
M
-
 
G
-
 
M
D
 
E
A
 
S
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
R
 
R
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
P
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
K
A
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
T
L
 
F
R
 
V
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
P
E
 
E
S
 
S
R
 
D
D
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
I
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
A
-
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
P
R
 
V
V
 
V
A
 
N
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
A
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
R
 
A
D
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
-
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
S
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
|
S
V
|
V
K
|
K
A
 
R
Q
x
E
G
 
G
P
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
x
P
-
 
P
-
x
G
-
x
Y
A
x
V
S
|
S
R
 
N
Y
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
R
 
H
V
 
V
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
A
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
D
Q
 
V
Q
 
D
S
 
A
T
 
K
R
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
G
G
 
G
V
|
V
G
 
G
I
 
L
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
K
Q
 
V
Q
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
-
G
 
A
Q
 
P
A
 
P
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
H
 
V
L
 
F
F
 
V
H
 
H
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
N
L
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
M
Q
 
R
Q
 
D
E
 
R
L
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
K
R
 
T
Q
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
F
Q
 
V
V
 
F
H
 
Y
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
L
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
V
V
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
F
 
Y
A
 
P
G
 
G
R
 
L
L
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
K
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
P
D
 
D
Y
 
A
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
P
F
 
F
T
 
M
Q
 
R
Q
 
M
L
 
Q
Y
 
H
E
 
D
G
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
I
P
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
x
V
F
|
F
G
 
G
P
|
P
S
 
D
T
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

3ozvA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with econazole (see paper)
34% identity, 39% coverage: 304:569/678 of query aligns to 113:401/403 of 3ozvA

query
sites
3ozvA
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
D
L
 
D
M
 
I
T
 
I
G
 
S
T
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
-
x
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
L
-
x
A
-
 
D
-
 
V
-
x
L
-
 
M
-
 
G
-
 
M
D
 
E
A
 
S
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
R
 
R
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
P
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
K
A
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
T
L
 
F
R
 
V
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
P
E
 
E
S
 
S
R
 
D
D
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
I
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
A
-
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
P
R
 
V
V
 
V
A
 
N
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
A
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
R
 
A
D
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
-
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
S
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
|
S
V
|
V
K
|
K
A
 
R
Q
x
E
G
 
G
P
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
x
P
-
 
P
-
x
G
-
x
Y
A
x
V
S
|
S
R
 
N
Y
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
R
 
H
V
 
V
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
A
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
D
Q
 
V
Q
 
D
S
 
A
T
 
K
R
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
G
G
 
G
V
|
V
G
 
G
I
 
L
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
K
Q
 
V
Q
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
-
G
 
A
Q
 
P
A
 
P
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
H
 
V
L
 
F
F
 
V
H
 
H
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
N
L
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
M
Q
 
R
Q
 
D
E
 
R
L
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
K
R
 
T
Q
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
F
Q
 
V
V
 
F
H
 
Y
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
L
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
V
V
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
F
 
Y
A
 
P
G
 
G
R
 
L
L
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
K
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
P
D
 
D
Y
 
A
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
P
F
 
F
T
 
M
Q
 
R
Q
 
M
L
 
Q
Y
 
H
E
 
D
G
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
I
P
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P
S
 
D
T
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

3ozuA The crystal structure of flavohemoglobin from r. Eutrophus in complex with miconazole (see paper)
34% identity, 39% coverage: 304:569/678 of query aligns to 113:401/403 of 3ozuA

query
sites
3ozuA
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
D
L
 
D
M
 
I
T
 
I
G
 
S
T
 
A
W
|
W
A
 
A
E
 
Q
A
|
A
-
x
Y
-
 
G
-
 
N
-
x
L
-
x
A
-
 
D
-
 
V
-
x
L
-
 
M
-
 
G
-
 
M
D
 
E
A
 
S
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
R
 
R
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
P
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
K
A
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
T
L
 
F
R
 
V
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
P
E
 
E
S
 
S
R
 
D
D
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
I
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
A
-
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
P
R
 
V
V
 
V
A
 
N
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
A
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
R
 
A
D
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
-
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
S
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
|
S
V
|
V
K
|
K
A
 
R
Q
x
E
G
 
G
P
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
x
P
-
 
P
-
x
G
-
x
Y
A
x
V
S
|
S
R
 
N
Y
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
R
 
H
V
 
V
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
A
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
D
Q
 
V
Q
 
D
S
 
A
T
 
K
R
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
M
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
K
Q
 
V
Q
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
-
G
 
A
Q
 
P
A
 
P
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
H
 
V
L
 
F
F
 
V
H
 
H
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
N
L
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
M
Q
 
R
Q
 
D
E
 
R
L
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
K
R
 
T
Q
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
F
Q
 
V
V
 
F
H
 
Y
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
L
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
V
V
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
F
 
Y
A
 
P
G
 
G
R
 
L
L
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
K
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
P
D
 
D
Y
 
A
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
P
F
 
F
T
 
M
Q
 
R
Q
 
M
L
 
Q
Y
 
H
E
 
D
G
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
I
P
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
|
E
A
x
V
F
 
F
G
|
G
P
|
P
S
 
D
T
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

P39662 Flavohemoprotein; FHP; Flavohemoglobin; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / DSM 428 / KCTC 22496 / NCIMB 10442 / H16 / Stanier 337) (Ralstonia eutropha) (see paper)
34% identity, 39% coverage: 304:569/678 of query aligns to 113:401/403 of P39662

query
sites
P39662
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
D
L
 
D
M
 
I
T
 
I
G
 
S
T
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
-
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
L
-
 
M
-
 
G
-
 
M
D
 
E
A
 
S
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
R
 
R
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
P
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
K
A
 
G
W
 
W
R
 
R
V
 
T
L
 
F
R
 
V
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
P
E
 
E
S
 
S
R
 
D
D
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
I
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
A
-
 
D
A
 
G
G
 
G
C
 
P
R
 
V
V
 
V
A
 
N
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
-
 
T
-
 
S
L
 
V
P
 
A
V
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
R
 
A
D
 
L
G
 
G
E
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
-
I
 
I
R
 
R
T
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
S
 
D
A
 
M
P
 
P
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
S
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
K
A
 
R
Q
 
E
G
 
G
P
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
A
 
V
S
 
S
R
 
N
Y
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
D
R
 
H
V
 
V
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
Q
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
A
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
D
Q
 
V
Q
 
D
S
 
A
T
 
K
R
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
M
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
K
Q
 
V
Q
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
-
G
 
A
Q
 
P
A
 
P
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
H
 
V
L
 
F
F
 
V
H
 
H
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
N
L
 
S
A
 
A
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
M
Q
 
R
Q
 
D
E
 
R
L
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
K
R
 
T
Q
 
Y
Q
 
E
A
 
N
G
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
F
Q
 
V
V
 
F
H
 
Y
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
L
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
V
V
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
F
 
Y
A
 
P
G
 
G
R
 
L
L
 
V
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
K
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
I
A
 
L
L
 
L
D
 
P
D
 
D
Y
 
A
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
P
F
 
F
T
 
M
Q
 
R
Q
 
M
L
 
Q
Y
 
H
E
 
D
G
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
I
P
 
H
D
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
V
F
 
F
G
 
G
P
 
P
S
 
D
T
 
L
L
 
F

Sites not aligning to the query:

1gvhA The x-ray structure of ferric escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket (see paper)
32% identity, 37% coverage: 315:566/678 of query aligns to 135:392/396 of 1gvhA

query
sites
1gvhA
E
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
I
R
 
Y
L
 
N
E
 
E
Q
 
N
R
 
A
Q
 
S
Q
 
K
Q
 
A
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
E
A
 
G
W
 
T
R
 
R
V
 
D
L
 
F
R
 
R
V
 
I
E
 
V
Q
 
A
E
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
R
S
 
S
R
 
A
D
 
L
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
V
A
 
D
G
 
G
C
 
G
R
 
A
V
 
V
A
 
A
-
 
E
F
 
Y
A
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
L
P
 
G
V
 
V
Q
 
W
V
 
L
P
 
K
R
 
P
D
 
E
G
 
G
-
 
F
E
 
P
S
 
H
A
 
Q
L
 
E
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
T
S
 
R
A
 
K
P
 
P
D
 
D
D
 
G
G
 
K
F
 
G
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
x
A
V
|
V
K
 
K
A
 
R
Q
x
E
-
 
E
-
 
G
G
|
G
P
x
Q
A
x
V
S
|
S
R
 
N
Y
 
W
L
 
L
H
 
H
E
 
N
R
 
H
V
 
A
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
V
P
 
A
P
 
P
M
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
F
L
 
M
D
 
A
Q
 
V
Q
 
A
S
 
D
T
 
D
R
 
T
P
 
P
L
 
V
V
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
A
G
 
G
V
|
V
G
 
G
I
 
Q
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
M
L
 
L
R
 
D
Q
 
T
Q
 
L
L
 
A
R
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
H
A
 
T
R
 
A
R
 
Q
I
 
V
H
 
N
L
 
W
F
 
F
H
 
H
G
 
A
A
 
A
R
 
E
S
 
N
L
 
G
A
 
D
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
F
Q
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
E
L
 
L
R
 
G
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
L
G
 
-
D
 
P
L
 
R
L
 
F
Q
 
T
V
 
A
H
 
H
R
 
T
A
 
W
L
 
Y
S
 
R
Q
 
Q
P
 
P
E
 
S
G
 
E
H
 
A
A
 
D
Q
 
R
V
 
A
G
 
K
R
 
G
D
 
Q
Y
 
F
E
 
D
F
 
S
A
 
E
G
 
G
R
 
L
L
 
M
G
 
D
I
 
L
E
 
S
Q
 
K
V
 
L
K
 
E
A
 
G
T
 
A
L
 
F
A
 
S
L
 
D
D
 
P
D
 
T
Y
 
M
D
 
Q
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
V
S
 
G
F
 
F
T
 
M
Q
 
Q
Q
 
F
L
 
T
Y
 
A
E
 
K
G
 
Q
L
 
L
R
 
V
G
 
D
V
 
L
H
 
G
V
 
V
P
 
K
D
 
Q
A
 
E
R
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
|
E
A
 
C
F
|
F
G
 
G
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P24232 Flavohemoprotein; Flavohemoglobin; HMP; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
32% identity, 37% coverage: 315:566/678 of query aligns to 135:392/396 of P24232

query
sites
P24232
E
|
E
A
 
A
D
 
E
A
 
I
R
 
Y
L
 
N
E
 
E
Q
 
N
R
 
A
Q
 
S
Q
 
K
Q
 
A
R
 
G
Q
 
G
W
 
W
L
 
E
A
 
G
W
 
T
R
 
R
V
 
D
L
 
F
R
 
R
V
 
I
E
 
V
Q
 
A
E
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
R
S
 
S
R
 
A
D
 
L
I
 
I
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
V
A
 
D
G
 
G
C
 
G
R
 
A
V
 
V
A
 
A
-
 
E
F
 
Y
A
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
L
 
L
P
 
G
V
 
V
Q
 
W
V
 
L
P
 
K
R
 
P
D
 
E
G
 
G
-
 
F
E
 
P
S
 
H
A
 
Q
L
 
E
I
 
I
R
 
R
T
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
T
S
 
R
A
 
K
P
 
P
D
 
D
D
 
G
G
 
K
F
 
G
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
R
Q
 
E
-
 
E
-
 
G
G
 
G
P
 
Q
A
 
V
S
 
S
R
 
N
Y
 
W
L
 
L
H
 
H
E
 
N
R
 
H
V
 
A
V
 
N
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
V
P
 
A
P
 
P
M
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
F
L
 
M
D
 
A
Q
 
V
Q
 
A
S
 
D
T
 
D
R
 
T
P
 
P
L
 
V
V
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
Q
T
 
T
P
 
P
L
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
M
L
 
L
R
 
D
Q
 
T
Q
 
L
L
 
A
R
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
H
A
 
T
R
 
A
R
 
Q
I
 
V
H
 
N
L
 
W
F
 
F
H
 
H
G
 
A
A
 
A
R
 
E
S
 
N
L
 
G
A
 
D
D
 
V
L
 
H
P
 
A
F
 
F
Q
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
K
A
 
E
L
 
L
R
 
G
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
L
G
 
-
D
 
P
L
 
R
L
 
F
Q
 
T
V
 
A
H
 
H
R
 
T
A
 
W
L
 
Y
S
 
R
Q
 
Q
P
 
P
E
 
S
G
 
E
H
 
A
A
 
D
Q
 
R
V
 
A
G
 
K
R
 
G
D
 
Q
Y
 
F
E
 
D
F
 
S
A
 
E
G
 
G
R
 
L
L
 
M
G
 
D
I
 
L
E
 
S
Q
 
K
V
 
L
K
 
E
A
 
G
T
 
A
L
 
F
A
 
S
L
 
D
D
 
P
D
 
T
Y
 
M
D
 
Q
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
V
S
 
G
F
 
F
T
 
M
Q
 
Q
Q
 
F
L
 
T
Y
 
A
E
 
K
G
 
Q
L
 
L
R
 
V
G
 
D
V
 
L
H
 
G
V
 
V
P
 
K
D
 
Q
A
 
E
R
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
C
F
 
F
G
 
G
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4eh1A Crystal structure of the flavohem-like-fad/NAD binding domain of nitric oxide dioxygenase from vibrio cholerae o1 biovar el tor
36% identity, 34% coverage: 334:566/678 of query aligns to 7:237/237 of 4eh1A

query
sites
4eh1A
V
 
V
L
 
V
R
 
R
V
 
E
E
 
K
Q
 
Q
-
 
V
E
 
E
S
 
S
R
 
A
D
 
Y
I
 
V
R
 
T
S
 
S
F
 
F
Y
 
V
L
 
L
E
 
V
P
 
P
P
 
A
A
 
D
G
 
G
C
 
G
R
 
A
V
 
V
A
 
L
-
 
D
F
 
Y
A
 
Q
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
I
P
 
G
V
 
I
Q
 
E
V
 
V
-
 
T
P
 
P
R
 
E
D
 
G
G
 
S
E
 
D
S
 
Y
A
 
R
L
 
E
I
 
I
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
S
S
 
H
A
 
A
P
 
S
D
 
N
D
 
G
G
 
R
F
 
E
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
|
S
V
|
V
K
 
K
A
 
R
Q
x
E
G
 
G
P
 
V
A
 
G
S
 
S
-
 
D
-
x
N
-
 
P
-
x
G
-
x
L
-
x
V
-
x
S
R
 
H
Y
 
Y
L
 
L
H
 
H
E
 
N
R
 
N
V
 
V
V
 
K
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
S
L
 
V
N
 
K
V
 
L
R
 
Y
P
 
A
P
 
P
M
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
F
L
 
Y
D
 
V
Q
 
E
Q
 
R
S
 
E
T
 
-
R
 
R
P
 
P
L
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
A
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
Q
A
 
A
M
 
I
L
 
L
R
 
H
Q
 
T
Q
 
L
L
 
A
R
 
K
T
 
Q
G
 
N
Q
 
K
A
 
S
R
 
G
R
 
V
I
 
T
H
 
Y
L
 
L
F
 
Y
H
 
-
G
 
A
A
 
C
R
 
N
S
 
S
L
 
A
A
 
K
D
 
E
L
 
H
P
 
T
F
 
F
Q
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
T
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
I
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
G
D
 
W
L
 
M
L
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
-
 
W
H
 
Y
R
 
R
A
 
D
L
 
E
S
 
S
Q
 
A
P
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
D
Y
 
D
E
 
V
F
 
L
A
 
Q
G
 
G
R
 
E
L
 
M
G
 
Q
I
 
L
E
 
A
Q
 
E
V
 
L
K
 
-
A
 
-
T
 
I
L
 
L
A
 
P
L
 
I
D
 
E
D
 
D
Y
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
I
S
 
G
F
 
F
T
 
M
Q
 
Q
Q
 
Y
L
 
V
Y
 
V
E
 
K
G
 
Q
L
 
L
R
 
L
G
 
A
V
 
L
H
 
G
V
 
V
P
 
D
D
 
K
A
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
|
E
A
 
V
F
|
F
G
 
G
P
 
P

6laaA Crystal structure of full-length cyp116b46 from tepidiphilus thermophilus (see paper)
30% identity, 50% coverage: 337:678/678 of query aligns to 447:753/753 of 6laaA

query
sites
6laaA
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
E
 
P
S
 
S
R
 
E
D
 
D
I
 
I
R
 
V
S
 
V
F
 
L
Y
 
H
L
 
L
E
 
T
P
 
R
P
 
P
A
 
D
G
 
R
C
 
R
R
 
P
V
 
L
-
 
P
A
 
R
F
 
W
A
 
S
P
 
P
G
 
G
Q
 
A
H
 
H
L
 
I
P
 
D
V
 
I
Q
 
E
V
 
C
P
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
E
S
 
P
A
 
D
L
 
R
I
 
S
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
C
S
 
S
A
 
D
P
 
P
D
 
E
D
 
N
-
 
R
G
 
D
F
 
A
L
 
W
R
 
R
I
 
V
S
 
A
V
 
V
K
x
Q
-
 
R
-
 
D
-
 
P
A
 
A
Q
x
S
G
x
R
P
 
G
A
x
G
S
|
S
R
 
R
Y
 
W
L
 
I
H
 
H
E
 
E
R
 
E
V
 
V
V
 
R
A
 
P
G
 
G
D
 
M
V
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
V
R
 
R
P
 
G
P
 
P
M
 
R
G
 
N
S
 
S
F
 
F
T
 
R
L
 
L
D
 
D
Q
 
E
Q
 
H
S
 
A
T
 
P
R
 
R
P
 
Y
L
 
L
V
 
F
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
-
G
 
G
V
x
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
I
L
 
M
A
 
T
M
 
M
L
 
A
R
 
A
Q
 
R
Q
 
A
L
 
K
R
 
E
T
 
L
G
 
G
Q
 
T
A
 
D
R
 
Y
R
 
E
I
 
L
H
 
H
L
 
-
F
 
-
H
 
Y
G
 
S
A
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
R
A
 
T
D
 
S
L
 
L
P
 
I
F
 
F
Q
 
V
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
H
G
 
G
D
 
D
L
 
R
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
H
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
F
 
Y
A
 
V
G
 
S
R
 
E
L
 
E
G
 
G
I
 
V
E
 
R
Q
 
N
V
 
D
K
 
L
A
 
A
T
 
A
L
 
L
-
 
I
-
 
R
-
 
R
A
 
A
L
 
S
D
 
A
D
 
G
Y
 
T
D
 
Q
F
 
I
Y
 
Y
L
 
A
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
Q
S
 
R
F
 
M
T
 
L
Q
 
D
Q
 
T
L
 
L
Y
 
E
E
 
R
G
 
L
L
 
I
R
 
E
G
 
N
V
 
R
H
 
-
V
 
-
P
 
P
D
 
E
A
 
V
R
 
T
I
 
L
H
 
R
A
 
V
E
|
E
A
 
H
F
|
F
-
 
F
-
 
G
G
 
E
P
 
P
S
 
S
T
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
H
T
 
L
D
 
D
A
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
P
A
 
A
A
 
K
D
 
E
E
 
R
P
 
P
V
 
F
P
 
Q
V
 
V
Y
 
V
F
 
L
A
 
R
A
 
N
S
 
S
A
 
G
K
 
L
E
 
T
A
 
V
R
 
E
W
 
-
V
 
V
P
 
P
G
 
A
S
 
D
G
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
L
E
 
R
A
 
A
R
 
Y
G
 
N
L
 
I
A
 
E
P
 
V
E
 
Q
F
x
S
S
 
D
C
|
C
R
x
E
G
 
E
G
|
G
S
 
L
C
|
C
G
|
G
T
 
T
C
|
C
K
 
E
T
 
V
R
 
S
L
 
V
V
 
V
S
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
H
 
D
Y
 
H
P
 
R
N
 
D
P
 
S
P
 
V
A
 
L
E
 
T
L
 
R
P
 
A
E
 
E
-
 
R
-
 
R
A
 
E
G
 
N
S
 
R
V
 
R
L
 
M
I
 
M
C
 
C
C
|
C
A
 
C
V
 
S
P
 
R
A
 
A
K
 
K
V
 
T
E
 
E
E
 
R
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
L

Sites not aligning to the query:

Q03331 Flavohemoprotein; Flavohemoglobin; Hemoglobin-like protein; Nitric oxide dioxygenase; NO oxygenase; NOD; EC 1.14.12.17 from Candida norvegensis (Yeast) (Candida mycoderma) (see paper)
26% identity, 38% coverage: 312:567/678 of query aligns to 143:386/390 of Q03331

query
sites
Q03331
T
 
T
W
 
L
A
 
I
E
 
D
A
 
A
D
 
E
A
 
A
R
 
S
L
 
V
E
 
Y
Q
 
K
R
 
T
Q
 
L
Q
 
A
Q
 
W
R
 
E
Q
 
E
W
 
F
L
 
K
A
 
D
W
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
T
R
 
K
V
 
L
E
 
V
Q
 
K
E
 
E
S
 
A
R
 
E
D
 
D
I
 
V
R
 
T
S
 
S
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
P
 
P
P
 
V
A
 
D
G
 
G
C
 
F
R
 
K
V
 
L
A
 
K
-
 
P
F
 
I
A
 
I
P
 
P
G
 
G
Q
 
E
H
 
Y
L
 
I
P
 
S
-
 
F
-
 
R
-
 
W
-
 
D
V
 
I
Q
 
H
V
 
N
P
 
P
R
 
-
D
 
D
G
 
I
E
 
T
S
 
D
A
 
I
L
 
Q
I
 
P
R
 
R
T
 
E
Y
 
Y
S
 
S
L
 
I
S
 
S
S
 
Q
A
 
D
P
 
V
D
 
K
D
 
E
G
 
N
F
 
E
L
 
Y
R
 
R
I
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
R
A
 
D
Q
 
I
G
 
G
P
 
I
A
 
V
S
 
S
R
 
D
Y
 
Y
L
 
I
H
 
N
E
 
K
R
 
K
V
 
L
V
 
Q
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
V
N
 
P
V
 
V
R
 
H
P
 
A
P
 
P
M
 
V
G
 
G
S
 
T
F
 
M
T
 
K
L
 
Y
D
 
D
Q
 
S
Q
 
I
S
 
S
T
 
K
R
 
K
-
 
G
P
 
K
L
 
V
V
 
A
L
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
M
L
 
I
A
 
P
M
 
I
L
 
I
R
 
E
Q
 
H
Q
 
A
L
 
L
R
 
K
T
 
D
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
R
 
K
R
 
D
I
 
V
H
 
E
L
 
L
F
 
Y
H
 
Y
G
 
S
A
 
N
R
 
R
S
 
S
L
 
Y
A
 
Q
D
 
S
L
 
E
P
 
P
F
 
F
Q
 
R
Q
 
E
E
 
F
L
 
F
A
 
S
A
 
N
L
 
L
R
 
E
Q
 
K
Q
 
E
A
 
N
G
 
N
D
 
G
L
 
K
L
 
F
Q
 
K
V
 
L
H
 
N
R
 
N
A
 
Y
L
 
I
S
 
S
Q
 
A
P
 
E
E
 
N
G
 
Q
H
 
K
A
 
L
Q
 
Q
V
 
V
G
 
-
R
 
K
D
 
D
Y
 
L
E
 
E
F
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
H
L
 
I
A
 
N
L
 
P
D
 
D
D
 
E
Y
 
Y
D
 
D
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
V
S
 
A
F
 
Y
T
 
M
Q
 
H
Q
 
E
L
 
F
Y
 
K
E
 
T
G
 
Y
L
 
L
R
 
V
G
 
G
V
 
K
H
 
G
V
 
V
P
 
S
D
 
D
A
 
L
R
 
K
I
 
M
H
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
F
F
 
F
G
 
G
P
 
P
S
 
T

Sites not aligning to the query:

2piaA Phthalate dioxygenase reductase: a modular structure for electron transfer from pyridine nucleotides to [2fe-2s] (see paper)
27% identity, 52% coverage: 325:678/678 of query aligns to 4:321/321 of 2piaA

query
sites
2piaA
Q
 
Q
Q
 
E
R
 
D
Q
 
G
W
 
F
L
 
L
A
 
R
W
 
L
R
 
K
V
 
I
L
 
A
R
 
S
V
 
K
E
 
E
Q
 
K
E
 
I
S
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
W
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
E
 
T
P
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
G
C
 
A
R
 
P
V
 
L
A
 
P
-
 
P
F
 
F
A
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
x
N
L
 
L
P
 
T
V
 
V
Q
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
N
D
 
G
G
 
S
E
 
R
S
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
R
|
R
T
|
T
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
-
 
C
S
 
N
S
 
D
A
 
S
P
 
Q
D
 
E
D
 
R
G
 
N
F
 
R
L
 
Y
R
 
V
I
 
I
S
x
A
V
|
V
K
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
N
A
x
G
Q
x
R
G
 
G
P
x
G
A
x
S
S
 
I
R
 
S
Y
 
F
L
 
I
H
 
D
E
 
D
R
 
-
V
 
T
V
 
S
A
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
A
L
 
V
N
 
E
V
 
V
R
 
S
P
 
L
P
 
P
M
 
R
G
 
N
S
 
E
F
 
F
T
 
P
L
 
L
D
 
D
Q
 
K
Q
 
R
S
 
A
T
 
-
R
 
K
P
 
S
L
 
F
V
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
x
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
L
A
 
S
M
 
M
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
-
L
 
L
R
 
R
T
 
A
G
 
E
Q
 
G
A
 
L
R
 
R
R
 
S
I
 
F
H
 
R
L
 
L
F
 
Y
H
 
Y
G
 
L
A
 
T
R
 
R
S
 
D
L
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
T
P
 
A
F
 
F
Q
 
F
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
D
R
 
E
Q
 
W
Q
 
R
A
 
S
G
 
D
D
 
-
L
 
-
L
 
V
Q
 
K
V
 
I
H
 
H
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
P
 
-
E
 
H
G
 
D
H
 
H
A
 
G
Q
 
D
V
 
P
G
 
T
R
 
K
D
 
A
Y
 
F
E
 
D
F
 
F
A
 
W
G
 
S
R
 
V
L
 
F
G
 
-
I
 
-
E
 
E
Q
 
K
V
 
S
K
 
K
A
 
P
T
 
A
L
 
Q
A
 
H
L
 
V
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
D
 
-
F
 
-
Y
 
Y
L
 
C
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
Q
Q
 
A
L
 
L
Y
 
M
E
 
D
G
 
T
L
 
V
R
 
R
G
 
D
V
 
M
-
 
T
-
 
G
H
 
H
V
 
W
P
 
P
D
 
S
A
 
G
R
 
T
I
 
V
H
 
H
A
 
F
E
|
E
A
 
S
F
|
F
G
 
G
P
 
A
S
 
T
T
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
N
T
 
T
D
 
N
A
 
A
D
 
R
Q
 
E
P
 
-
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
N
E
 
T
P
 
P
V
 
F
P
 
T
V
 
V
Y
 
R
F
 
L
A
 
S
A
 
R
S
 
S
A
 
G
K
 
T
E
 
S
A
 
F
R
 
E
W
 
-
V
 
I
P
 
P
G
 
A
S
 
N
G
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
L
E
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
N
L
 
V
A
 
R
P
 
V
E
 
P
F
x
S
S
 
S
C
|
C
R
x
E
G
 
S
G
|
G
S
 
T
C
|
C
G
|
G
T
 
S
C
|
C
K
 
K
T
 
T
R
 
A
L
 
L
V
 
C
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
V
 
A
H
 
D
Y
 
H
P
 
R
N
 
D
P
 
M
P
 
V
A
 
L
E
 
R
L
 
D
P
 
D
E
 
E
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
Q
L
 
I
I
 
M
C
 
V
C
|
C
A
 
V
V
 
S
P
 
R
A
 
A
K
 
K
V
 
S
E
 
A
E
 
E
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
L

P33164 Phthalate dioxygenase reductase; PDR; EC 1.-.-.- from Burkholderia cepacia (Pseudomonas cepacia) (see paper)
27% identity, 52% coverage: 325:678/678 of query aligns to 5:322/322 of P33164

query
sites
P33164
Q
 
Q
Q
 
E
R
 
D
Q
 
G
W
 
F
L
 
L
A
 
R
W
 
L
R
 
K
V
 
I
L
 
A
R
 
S
V
 
K
E
 
E
Q
 
K
E
 
I
S
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
W
S
 
S
F
 
F
Y
 
E
L
 
L
E
 
T
P
 
D
P
 
P
A
 
Q
G
 
G
C
 
A
R
 
P
V
 
L
A
 
P
-
 
P
F
 
F
A
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
 
N
L
 
L
P
 
T
V
 
V
Q
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
N
D
 
G
G
 
S
E
 
R
S
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
R
|
R
T
|
T
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
-
 
C
S
 
N
S
 
D
A
 
S
P
 
Q
D
 
E
D
 
R
G
 
N
F
 
R
L
 
Y
R
 
V
I
 
I
S
x
A
V
|
V
K
|
K
-
 
R
-
 
D
-
 
S
-
 
N
A
 
G
Q
x
R
G
|
G
P
x
G
A
x
S
S
 
I
R
 
S
Y
 
F
L
 
I
H
 
D
E
 
D
R
 
-
V
 
T
V
 
S
A
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
A
L
 
V
N
 
E
V
 
V
R
 
S
P
 
L
P
 
P
M
 
R
G
 
N
S
 
E
F
 
F
T
 
P
L
 
L
D
 
D
Q
 
K
Q
 
R
S
 
A
T
 
-
R
 
K
P
 
S
L
 
F
V
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
|
T
P
 
P
L
 
M
L
 
L
A
 
S
M
 
M
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
-
L
 
L
R
 
R
T
 
A
G
 
E
Q
 
G
A
 
L
R
 
R
R
 
S
I
 
F
H
 
R
L
 
L
F
 
Y
H
 
Y
G
 
L
A
 
T
R
 
R
S
 
D
L
 
P
A
 
E
D
 
G
L
 
T
P
 
A
F
 
F
Q
 
F
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
L
 
D
R
 
E
Q
 
W
Q
 
R
A
 
S
G
 
D
D
 
-
L
 
-
L
 
V
Q
 
K
V
 
I
H
 
H
R
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
P
 
-
E
 
H
G
 
D
H
 
H
A
 
G
Q
 
D
V
 
P
G
 
T
R
 
K
D
 
A
Y
 
F
E
 
D
F
 
F
A
 
W
G
 
S
R
 
V
L
 
F
G
 
-
I
 
-
E
 
E
Q
 
K
V
 
S
K
 
K
A
 
P
T
 
A
L
 
Q
A
 
H
L
 
V
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
D
 
-
F
 
-
Y
 
Y
L
 
C
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
Q
Q
 
A
L
 
L
Y
 
M
E
 
D
G
 
T
L
 
V
R
 
R
G
 
D
V
 
M
-
 
T
-
 
G
H
 
H
V
 
W
P
 
P
D
 
S
A
 
G
R
 
T
I
 
V
H
 
H
A
 
F
E
 
E
A
 
S
F
|
F
G
 
G
P
 
A
S
 
T
T
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
N
T
 
T
D
 
N
A
 
A
D
 
R
Q
 
E
P
 
-
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
N
E
 
T
P
 
P
V
 
F
P
 
T
V
 
V
Y
 
R
F
 
L
A
 
S
A
 
R
S
 
S
A
 
G
K
 
T
E
 
S
A
 
F
R
 
E
W
 
-
V
 
I
P
 
P
G
 
A
S
 
N
G
 
R
T
 
S
L
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
L
E
 
R
A
 
D
R
 
A
G
 
N
L
 
V
A
 
R
P
 
V
E
 
P
F
 
S
S
 
S
C
|
C
R
 
E
G
x
S
G
 
G
S
 
T
C
|
C
G
 
G
T
 
S
C
|
C
K
 
K
T
 
T
R
 
A
L
 
L
V
 
C
S
 
S
G
 
G
Q
 
E
V
 
A
H
 
D
Y
 
H
P
 
R
N
 
D
P
 
M
P
 
V
A
 
L
E
 
R
L
 
D
P
 
D
E
 
E
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
Q
L
 
I
I
 
M
C
 
V
C
|
C
A
 
V
V
 
S
P
 
R
A
 
A
K
 
K
V
 
S
E
 
A
E
 
E
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
L

4g1bA X-ray structure of yeast flavohemoglobin in complex with econazole (see paper)
26% identity, 39% coverage: 304:567/678 of query aligns to 113:393/398 of 4g1bA

query
sites
4g1bA
A
 
A
P
 
A
T
 
T
S
 
P
L
 
E
M
 
I
T
 
I
G
 
N
T
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
E
A
 
A
D
x
Y
A
 
Q
R
 
A
L
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
I
-
x
F
-
 
I
-
 
T
-
 
V
-
 
E
E
 
K
Q
 
K
R
 
M
Q
 
Y
Q
 
E
Q
 
E
R
 
A
Q
 
L
W
 
W
L
 
P
A
 
G
W
 
W
R
 
K
V
 
P
L
 
F
R
 
E
V
 
I
-
 
T
-
 
A
-
 
K
E
 
E
Q
 
Y
E
 
V
S
 
A
R
 
S
D
 
D
I
 
I
R
 
V
S
 
E
F
 
F
Y
 
T
L
 
V
E
 
K
P
 
P
P
 
K
A
 
F
G
 
G
C
 
S
R
 
G
V
 
I
A
 
E
F
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
I
A
 
T
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
I
P
 
T
V
 
V
Q
 
N
-
 
T
-
 
H
-
 
P
V
 
I
P
 
R
R
 
Q
D
 
E
G
 
N
E
 
Q
S
 
Y
A
 
D
L
 
A
I
 
L
R
|
R
T
x
H
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
C
S
 
S
A
 
A
P
 
S
D
 
T
D
 
K
G
 
N
F
 
G
L
 
L
R
 
R
I
 
F
S
x
A
V
 
V
K
|
K
A
 
M
Q
x
E
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
N
-
x
F
-
x
P
-
 
A
G
|
G
P
x
L
A
x
V
S
|
S
R
 
E
Y
 
Y
L
 
L
H
 
H
E
 
K
R
 
D
V
 
A
V
 
K
A
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
E
L
 
I
N
 
K
V
 
L
R
 
S
P
 
A
P
 
P
M
 
A
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
A
L
 
I
D
 
N
Q
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
I
-
 
H
Q
 
Q
S
 
N
T
 
E
R
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
S
A
 
S
G
 
G
V
|
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
A
M
 
M
L
 
L
R
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
V
R
 
K
T
 
C
G
 
N
Q
 
P
A
 
N
R
 
R
R
 
P
I
 
I
H
 
Y
L
 
W
F
 
I
H
 
Q
G
 
S
A
 
S
R
 
Y
S
 
D
L
 
E
A
 
K
D
 
T
L
 
Q
P
 
A
F
 
F
Q
 
K
Q
 
K
E
 
H
L
 
V
A
 
D
A
 
E
L
 
L
R
 
L
Q
 
A
Q
 
E
A
 
C
G
 
A
-
 
N
-
 
V
D
 
D
L
 
K
L
 
I
Q
 
I
V
 
V
H
 
H
R
 
T
A
 
D
L
 
-
S
 
T
Q
 
E
P
 
P
E
 
L
G
 
I
H
 
N
A
 
A
Q
 
A
V
 
F
G
 
L
R
 
K
D
 
E
Y
 
K
E
 
S
F
 
P
A
 
A
G
 
H
R
 
A
L
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
-
D
 
D
F
 
V
Y
 
Y
L
 
T
C
 
C
G
 
G
P
 
S
G
 
L
S
 
A
F
 
F
T
 
M
Q
 
Q
Q
 
A
L
 
M
Y
 
I
E
 
G
G
 
H
L
 
L
R
 
K
G
 
E
V
 
L
H
 
E
V
 
H
P
 
R
D
 
D
A
 
D
R
 
M
I
 
I
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
P
F
|
F
G
 
G
P
|
P
S
x
K

Sites not aligning to the query:

7ylrA Structure of a bacteria protein
27% identity, 45% coverage: 359:666/678 of query aligns to 36:319/326 of 7ylrA

query
sites
7ylrA
F
 
F
A
 
A
P
 
A
G
 
G
Q
 
A
H
 
H
L
 
I
P
 
R
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
S
R
 
L
D
 
P
G
 
D
E
 
G
S
 
R
A
 
T
L
 
D
I
 
W
R
|
R
T
x
H
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
-
 
I
-
 
N
-
 
F
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
R
-
 
N
-
 
A
S
 
T
S
 
N
A
 
A
P
 
P
D
 
T
D
 
E
G
 
Y
F
 
V
L
 
I
R
x
A
I
x
V
S
x
R
V
 
K
K
 
E
A
 
A
Q
 
E
G
|
G
-
x
R
P
 
G
A
x
G
S
|
S
R
 
R
Y
 
F
L
 
M
H
 
H
E
 
E
R
 
G
V
 
L
V
 
N
A
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
T
L
 
L
N
 
A
V
 
I
R
 
E
P
 
A
P
 
P
M
 
K
G
 
N
S
 
D
F
 
F
T
 
P
L
 
L
D
 
-
Q
 
-
Q
 
-
S
 
H
T
 
T
R
 
G
P
 
P
-
 
G
-
 
G
L
 
S
V
 
V
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
V
T
|
T
P
 
P
L
 
L
L
 
A
A
 
T
M
 
M
L
 
A
R
 
A
Q
 
R
Q
 
R
L
 
R
R
 
A
T
 
E
G
 
G
Q
 
A
A
 
P
R
 
V
R
 
R
I
 
M
H
 
H
L
 
-
F
 
-
H
 
Y
G
 
A
A
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
R
A
 
E
D
 
L
L
 
M
P
 
A
F
 
F
Q
 
L
Q
 
P
E
 
E
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
-
Q
 
-
Q
 
-
A
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
D
L
 
L
Q
 
R
V
 
V
H
 
H
R
 
A
A
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
-
H
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
D
Y
 
A
E
 
E
F
 
A
A
 
G
G
 
A
R
 
P
L
 
L
G
 
D
I
 
I
E
 
D
Q
 
A
V
 
L
K
 
L
A
 
D
T
 
G
L
 
V
A
 
P
L
 
A
D
 
G
D
 
D
Y
 
R
D
 
-
F
 
L
Y
 
Y
L
 
V
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
K
S
 
V
F
 
M
T
 
L
Q
 
D
Q
 
A
L
 
V
Y
 
L
E
 
A
G
 
R
L
 
T
R
 
Q
G
 
A
V
 
R
H
 
G
V
 
W
P
 
E
D
 
H
A
 
D
R
 
R
I
 
V
H
 
H
A
 
F
E
|
E
A
 
L
F
|
F
G
 
-
P
 
-
S
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
T
Q
x
E
P
 
P
V
 
V
L
 
A
Q
 
E
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
G
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
F
P
 
E
V
 
V
Y
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
Q
S
 
S
A
 
G
K
 
Q
E
 
R
A
 
F
R
 
-
W
 
T
V
 
V
P
 
P
G
 
A
S
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
I
L
 
L
E
 
D
L
 
C
A
 
L
E
 
I
A
 
E
R
 
H
G
 
G
L
 
C
A
 
D
P
 
P
E
 
M
F
 
F
S
 
D
C
|
C
R
x
K
G
x
R
G
|
G
S
 
E
C
|
C
G
|
G
T
 
V
C
|
C
K
 
A
T
 
V
R
 
P
L
 
V
V
 
L
S
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
H
 
D
Y
 
H
P
 
R
N
 
D
-
 
Y
-
 
V
P
 
L
P
 
T
A
 
A
E
 
R
L
 
E
P
 
K
E
 
A
A
 
Q
G
 
G
S
 
N
V
 
V
L
 
M
I
 
Q
C
 
I
C
|
C
A
 
I
V
 
S
P
 
R
A
 
A
K
 
K

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
28% identity, 31% coverage: 357:567/678 of query aligns to 42:247/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
V
 
V
A
 
K
F
 
F
A
 
E
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
H
x
F
L
 
M
P
 
D
V
 
L
Q
 
T
V
 
I
P
 
P
R
 
G
D
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
T
A
 
D
L
 
V
I
 
S
R
|
R
T
x
S
Y
|
Y
S
|
S
L
 
P
S
 
A
S
 
N
A
 
L
P
 
P
D
 
N
-
 
P
D
 
E
G
 
G
F
 
R
L
 
L
R
 
E
-
 
F
-
x
L
I
|
I
S
x
R
V
 
V
K
x
L
A
 
P
Q
 
E
G
 
G
P
 
R
A
x
F
S
 
S
R
 
D
Y
 
Y
L
 
L
H
 
R
E
 
N
R
 
D
V
 
A
V
 
R
A
 
V
G
 
G
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
N
 
S
V
 
V
R
 
K
P
 
G
P
 
P
M
 
L
G
 
G
S
 
V
F
 
F
T
 
G
L
 
L
D
 
K
Q
 
E
Q
 
R
S
 
G
T
 
M
R
 
A
P
 
P
L
 
R
V
 
Y
L
 
F
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
T
G
|
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
L
 
V
L
 
V
A
 
S
M
 
M
L
 
V
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
M
L
 
Q
R
 
E
T
 
W
G
 
T
Q
 
A
A
 
P
R
 
N
R
 
E
I
 
T
H
 
R
L
 
I
F
 
Y
H
 
F
G
 
G
A
 
V
R
x
N
S
 
T
L
 
E
A
 
P
D
x
E
L
 
L
P
 
F
F
 
Y
Q
 
I
Q
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
K
A
 
S
L
 
L
R
 
E
Q
 
R
Q
 
S
A
 
M
G
 
R
D
 
N
L
 
-
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
H
 
K
R
 
A
A
 
C
L
 
V
S
 
W
Q
 
H
P
 
P
E
x
S
G
|
G
H
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
D
Y
 
W
E
 
E
F
 
G
A
 
E
G
 
Q
R
 
G
L
 
S
G
 
P
I
 
I
E
 
D
Q
 
A
V
 
L
K
 
R
A
 
E
T
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
S
D
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
N
-
 
P
D
 
D
F
 
I
Y
 
Y
L
|
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
S
 
G
F
 
M
T
 
I
Q
 
D
Q
 
A
L
 
A
Y
 
C
E
 
E
G
 
L
L
 
V
R
 
R
G
 
S
V
 
R
H
 
G
V
 
I
P
 
P
D
 
G
A
 
E
R
 
Q
I
 
V
H
 
F
A
 
F
E
|
E
A
 
K
F
|
F
G
x
L
P
 
P
S
 
S

Sites not aligning to the query:

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
29% identity, 35% coverage: 330:568/678 of query aligns to 100:333/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
L
 
L
A
 
T
W
 
A
R
 
T
V
 
V
L
 
L
R
 
E
V
 
V
E
 
A
Q
 
D
E
 
I
S
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
T
R
 
R
S
 
R
F
 
V
Y
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
A
E
 
E
P
 
P
P
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
R
 
-
V
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
V
P
 
E
V
 
L
Q
 
V
V
 
V
P
 
P
R
 
G
D
 
S
G
 
G
E
 
A
S
 
R
A
 
-
L
 
-
I
 
-
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
A
S
 
N
A
 
T
P
 
A
D
 
D
-
 
E
D
 
D
G
 
K
F
 
V
L
 
L
R
 
E
I
 
L
S
x
H
V
|
V
K
 
R
-
 
R
-
x
V
A
 
P
Q
 
G
G
|
G
P
x
V
A
|
A
S
x
T
R
 
D
-
 
G
Y
 
W
L
 
L
H
 
F
E
 
D
R
 
G
V
 
L
V
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
R
L
 
V
N
 
E
V
 
A
R
 
T
P
 
G
P
 
P
M
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
D
 
D
Q
 
E
Q
 
D
S
 
D
T
 
G
R
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
T
G
 
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
V
A
 
G
M
 
I
L
 
A
R
 
R
Q
 
T
Q
 
A
L
 
L
R
 
A
T
 
R
G
 
H
Q
 
P
A
 
S
R
 
R
R
 
E
I
 
V
H
 
L
L
 
L
F
 
Y
H
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
S
 
G
L
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
Y
F
 
D
Q
 
L
Q
 
G
E
 
R
L
 
F
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
A
Q
 
E
Q
 
E
A
 
H
G
 
P
D
 
G
L
 
F
L
 
R
Q
 
F
V
 
V
H
 
P
R
 
V
A
 
L
L
 
S
S
 
D
Q
 
E
P
 
P
E
 
D
G
 
P
H
 
A
A
 
Y
Q
 
R
V
 
G
G
 
G
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
P
G
 
T
R
 
D
L
 
A
G
 
F
I
 
V
E
 
E
Q
 
D
V
 
V
K
 
P
A
 
S
T
 
G
L
 
R
A
 
G
L
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
W
D
 
S
F
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
S
 
A
F
 
M
T
 
V
Q
 
E
Q
 
A
L
 
G
Y
 
V
E
 
K
G
 
A
L
 
F
R
 
K
G
 
R
V
 
R
H
 
R
V
 
M
P
 
S
D
 
P
A
 
R
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
R
E
 
E
A
 
K
F
|
F
G
 
T
P
|
P
S
 
A
T
x
S

Sites not aligning to the query:

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
29% identity, 35% coverage: 330:568/678 of query aligns to 101:334/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
L
 
L
A
 
T
W
 
A
R
 
T
V
 
V
L
 
L
R
 
E
V
 
V
E
 
A
Q
 
D
E
 
I
S
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
T
R
 
R
S
 
R
F
 
V
Y
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
A
E
 
E
P
 
P
P
 
-
A
 
-
G
 
-
C
 
-
R
 
-
V
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
E
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
Y
L
 
V
P
 
E
V
 
L
Q
 
V
V
 
V
P
 
P
R
 
G
D
 
S
G
 
G
E
 
A
S
 
R
A
 
-
L
 
-
I
 
-
R
|
R
T
x
Q
Y
|
Y
S
|
S
L
 
L
S
 
A
S
 
N
A
 
T
P
 
A
D
 
D
-
 
E
D
 
D
G
 
K
F
 
V
L
 
L
R
 
E
I
 
L
S
x
H
V
|
V
K
x
R
-
 
R
-
 
V
A
 
P
Q
 
G
G
 
G
P
x
V
A
|
A
S
x
T
R
 
D
-
 
G
Y
 
W
L
 
L
H
 
F
E
 
D
R
 
G
V
 
L
V
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
R
L
 
V
N
 
E
V
 
A
R
 
T
P
 
G
P
 
P
M
 
L
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
H
L
 
L
-
 
P
-
 
P
-
 
P
D
 
D
Q
 
E
Q
 
D
S
 
D
T
 
G
R
 
G
P
 
P
L
 
M
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
T
G
 
G
I
 
L
T
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
V
A
 
G
M
 
I
L
 
A
R
 
R
Q
 
T
Q
 
A
L
 
L
R
 
A
T
 
R
G
 
H
Q
 
P
A
 
S
R
 
R
R
 
E
I
 
V
H
 
L
L
 
L
F
 
Y
H
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
S
 
G
L
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
Y
F
 
D
Q
 
L
Q
 
G
E
 
R
L
 
F
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
A
Q
 
E
Q
 
E
A
 
H
G
 
P
D
 
G
L
 
F
L
 
R
Q
 
F
V
 
V
H
 
P
R
 
V
A
 
L
L
 
S
S
 
D
Q
 
E
P
 
P
E
 
D
G
 
P
H
 
A
A
 
Y
Q
 
R
V
 
G
G
 
G
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
P
G
 
T
R
 
D
L
 
A
G
 
F
I
 
V
E
 
E
Q
 
D
V
 
V
K
 
P
A
 
S
T
 
G
L
 
R
A
 
G
L
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
W
D
 
S
F
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
P
S
 
A
F
 
M
T
 
V
Q
 
E
Q
 
A
L
 
G
Y
 
V
E
 
K
G
 
A
L
 
F
R
 
K
G
 
R
V
 
R
H
 
R
V
 
M
P
 
S
D
 
P
A
 
R
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
R
E
 
E
A
 
K
F
|
F
G
 
T
P
 
P
S
 
A
T
x
S

Sites not aligning to the query:

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
32% identity, 30% coverage: 336:538/678 of query aligns to 114:308/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
R
 
R
V
 
V
E
 
E
Q
 
N
E
 
L
S
 
S
R
 
D
D
 
S
I
 
T
R
 
I
S
 
T
F
 
F
Y
 
D
L
 
I
E
 
Q
P
 
L
P
 
D
A
 
D
G
 
G
C
 
Q
-
 
P
R
 
D
V
 
I
A
 
H
F
 
F
A
 
L
P
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
V
P
 
N
V
 
V
Q
 
T
V
 
L
P
 
P
R
 
G
D
 
T
G
 
T
E
 
E
S
 
T
A
 
-
L
 
-
I
 
-
R
|
R
T
x
S
Y
|
Y
S
|
S
L
 
F
S
 
S
S
 
S
A
 
Q
P
 
P
D
 
G
D
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
T
G
 
G
F
 
F
L
x
V
R
x
V
I
 
R
S
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
P
Q
 
Q
G
|
G
P
x
K
A
x
M
S
|
S
R
 
E
Y
 
Y
L
 
L
H
 
S
E
 
V
R
 
Q
V
 
A
V
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
K
L
 
M
N
 
S
V
 
F
R
 
T
P
 
G
P
 
P
M
 
F
G
 
G
S
 
S
F
 
F
T
 
Y
L
 
L
D
 
-
Q
 
R
Q
 
D
S
 
V
T
 
K
R
 
R
P
 
P
L
 
V
V
 
L
L
 
M
I
 
L
G
 
A
A
 
G
G
 
G
V
x
T
G
 
G
I
 
I
T
 
A
P
 
P
L
 
F
L
 
L
A
 
S
M
 
M
L
 
L
R
 
Q
Q
 
V
Q
 
L
L
 
E
R
 
Q
T
 
K
G
 
G
Q
 
S
A
 
E
R
 
H
R
 
P
I
 
V
H
 
R
L
 
L
F
 
V
H
 
F
G
 
G
A
 
V
R
 
T
S
 
Q
L
 
D
A
 
C
D
 
D
L
 
L
P
 
V
F
 
A
Q
 
L
Q
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q
Q
 
K
A
 
L
G
 
P
D
 
W
L
 
F
-
 
E
-
 
Y
-
 
R
L
 
T
Q
 
V
V
 
V
H
 
A
R
 
H
A
 
A
L
 
E
S
 
S
Q
 
Q
P
 
H
E
 
E
G
 
R
H
 
K
A
 
G
Q
 
Y
V
 
V
G
 
T
R
 
G
D
 
H
Y
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
D
G
 
W
R
 
L
L
 
N
G
 
G
I
 
G
E
 
E
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
Y
 
V
D
 
D
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
|
C
G
 
G
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2r6hC Crystal structure of the domain comprising the NAD binding and the fad binding regions of the nadh:ubiquinone oxidoreductase, na translocating, f subunit from porphyromonas gingivalis
23% identity, 35% coverage: 327:565/678 of query aligns to 7:289/289 of 2r6hC

query
sites
2r6hC
R
 
K
Q
 
E
W
 
W
L
 
E
A
 
C
W
 
-
R
 
E
V
 
V
L
 
L
R
 
S
V
 
N
E
 
K
Q
 
N
E
 
V
S
 
S
R
 
T
D
 
F
I
 
I
R
 
K
S
 
E
F
 
F
Y
 
V
L
 
V
E
 
K
P
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
C
 
E
R
 
T
V
 
M
A
 
N
F
 
F
A
 
K
P
 
S
G
 
G
Q
 
S
H
x
Y
L
 
A
P
 
Q
V
 
I
Q
 
K
V
 
I
P
 
P
R
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
R
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
I
-
 
Q
-
 
D
-
 
R
-
 
F
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
M
-
 
D
-
 
A
-
 
W
-
 
S
-
 
L
-
 
T
-
 
C
D
 
K
G
 
N
E
 
E
S
 
E
A
 
E
L
 
T
I
 
V
R
|
R
T
x
A
Y
|
Y
S
|
S
L
 
M
S
 
A
S
 
N
A
 
Y
P
 
P
D
 
A
D
 
E
G
 
G
-
 
N
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
L
-
x
N
-
 
V
-
 
R
-
 
I
-
x
A
-
x
T
-
 
P
-
 
P
F
 
F
L
 
D
R
 
R
I
 
A
S
 
A
V
 
N
K
 
K
A
 
W
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
x
I
-
x
K
-
x
P
G
|
G
P
x
I
A
x
S
S
|
S
R
 
S
Y
 
Y
L
 
I
H
 
F
E
 
S
R
 
-
V
 
L
V
 
K
A
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
K
L
 
V
N
 
M
V
 
M
R
 
S
P
 
G
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
D
F
 
F
T
 
H
L
 
I
D
 
-
Q
 
Q
Q
 
D
S
 
T
T
 
D
R
 
A
P
 
E
L
 
M
V
 
L
L
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
A
G
 
G
I
 
M
T
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
R
A
 
A
M
 
Q
L
 
I
R
 
L
Q
 
H
Q
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
-
 
L
G
 
K
Q
 
T
A
 
G
R
 
R
R
 
K
I
 
V
H
 
S
L
 
Y
F
 
W
H
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
S
 
S
L
 
K
A
 
N
D
 
E
L
 
I
P
 
F
F
 
Y
Q
 
E
Q
 
E
E
 
D
L
 
F
A
 
R
A
 
E
L
 
I
R
 
E
Q
 
R
Q
 
E
A
 
F
G
 
P
D
 
N
L
 
F
L
 
-
Q
 
K
V
 
F
H
 
H
R
 
I
A
 
A
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
P
 
P
E
 
Q
G
 
P
H
 
E
A
 
D
Q
 
N
V
 
-
G
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
F
 
W
A
 
T
G
 
G
R
 
Y
L
 
V
G
 
G
-
 
F
I
 
I
E
 
H
Q
 
Q
V
 
V
K
 
I
A
 
Y
T
 
D
L
 
N
A
 
Y
L
 
L
D
 
K
D
 
D
Y
 
H
D
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
|
C
G
 
G
P
 
P
G
 
G
S
 
P
F
 
M
T
 
A
Q
 
N
Q
 
A
L
 
V
Y
 
K
E
 
G
G
 
M
L
 
L
R
 
E
G
 
N
V
 
L
H
 
G
V
 
V
P
 
P
D
 
R
A
 
N
R
 
M
I
 
L
H
 
F
A
 
F
E
 
D
A
 
D
F
|
F
G
 
G

6o0aA Crystal structure of flavohemoglobin from malassezia yamatoensis with bound fad and heme determined by iron sad phasing (see paper)
26% identity, 35% coverage: 332:565/678 of query aligns to 157:383/383 of 6o0aA

query
sites
6o0aA
W
 
F
R
 
K
V
 
L
L
 
V
R
 
K
V
 
R
E
 
T
Q
 
Q
E
 
V
S
 
T
R
 
K
D
 
D
I
 
V
R
 
V
S
 
D
F
 
M
Y
 
V
L
 
F
E
 
E
P
 
P
P
 
-
A
 
-
G
 
A
C
 
D
R
 
N
V
 
T
A
 
A
F
 
M
A
 
T
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
G
Q
 
Q
H
x
Y
L
 
I
P
 
S
V
 
I
Q
 
Y
V
 
A
-
 
R
P
 
T
R
 
S
D
 
D
G
 
G
E
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
L
I
 
L
R
 
Q
T
 
P
Y
x
R
S
x
Q
L
x
F
S
x
T
S
 
L
A
 
L
P
 
P
D
 
S
D
 
E
G
 
E
F
 
T
L
 
Q
R
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
A
I
 
I
S
x
K
V
 
L
K
x
D
A
 
P
Q
x
H
G
|
G
P
x
E
A
x
M
S
x
T
R
 
T
Y
 
I
L
 
F
H
 
Q
E
 
N
R
 
Q
V
 
E
V
 
V
A
 
-
G
 
G
D
 
A
V
 
L
L
 
L
N
 
D
V
 
I
R
 
S
P
 
N
P
 
P
M
 
Y
G
 
G
S
 
D
F
 
M
T
 
T
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
Q
 
L
S
 
E
T
 
T
-
 
D
-
 
P
-
 
N
R
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
V
T
|
T
P
 
P
L
 
V
L
 
L
A
 
A
M
 
F
L
 
V
R
 
E
Q
 
K
Q
 
L
L
 
A
R
 
A
T
 
Q
G
 
K
Q
 
S
A
 
E
R
 
R
R
 
E
I
 
V
H
 
M
L
 
I
F
 
I
H
 
A
G
 
S
A
 
S
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
A
P
 
P
F
 
L
Q
 
R
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
V
 
R
H
 
A
R
 
K
A
 
E
L
 
L
S
 
K
Q
 
K
P
 
A
E
 
K
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
G
 
G
H
 
T
A
 
T
Q
 
Q
V
 
-
G
 
E
R
 
K
D
 
D
Y
 
G
E
 
D
F
 
F
A
 
V
G
 
G
R
 
R
L
 
I
G
 
D
I
 
V
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
S
T
 
T
L
 
L
A
 
D
L
 
I
-
 
P
D
 
A
D
 
N
Y
 
A
D
 
S
F
 
V
Y
 
F
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
G
 
L
S
 
K
F
 
F
T
 
M
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
M
Y
 
R
E
 
S
G
 
H
L
 
L
R
 
V
G
 
E
V
 
A
H
 
G
V
 
I
P
 
A
D
 
K
A
 
H
R
 
K
I
 
I
H
 
F
A
 
Y
E
|
E
A
 
I
F
|
F
G
|
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_1163 FitnessBrowser__Putida:PP_1163
MQQSPDHRPSPWHAGEKTLQEKVGVAERMEAFGQKVIRDHMPDQHRTFYHQLPFMVAASV
DAQGRPWATLLEGPEGFVSSPDPRMLTIHTTLPADDPATPGLAAGQAVGLLGIELHTRRR
NRINGQIRHAAQGQLQVAVEQAFGNCPQYIQLRDYTRVTEPALGRIDATTLDTSTVSMIQ
AADTFFVASYVEHAYGQRSVDVSHRGGRPGFIKVEGNRLTIPDYAGNLHFNTLGNLVVNP
RAGLLFIDFKNGNVLQLYGRAEVLLDSPAIQAFEGAERLWTLQVEKVVWRPAAVALRWAF
KEYAPTSLMTGTWAEADARLEQRQQQRQWLAWRVLRVEQESRDIRSFYLEPPAGCRVAFA
PGQHLPVQVPRDGESALIRTYSLSSAPDDGFLRISVKAQGPASRYLHERVVAGDVLNVRP
PMGSFTLDQQSTRPLVLIGAGVGITPLLAMLRQQLRTGQARRIHLFHGARSLADLPFQQE
LAALRQQAGDLLQVHRALSQPEGHAQVGRDYEFAGRLGIEQVKATLALDDYDFYLCGPGS
FTQQLYEGLRGVHVPDARIHAEAFGPSTLRRHTDADQPVLQQPPAADEPVPVYFAASAKE
ARWVPGSGTLLELAEARGLAPEFSCRGGSCGTCKTRLVSGQVHYPNPPAELPEAGSVLIC
CAVPAKVEEGMQALVLDV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory