SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_1257 FitnessBrowser__Putida:PP_1257 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hmcA The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase dapa from agrobacterium tumefaciens
75% identity, 98% coverage: 1:309/315 of query aligns to 5:313/314 of 2hmcA

query
sites
2hmcA
M
 
M
N
 
T
D
 
A
N
 
S
I
 
I
F
 
F
T
 
S
G
 
G
T
 
V
M
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
P
 
P
C
 
C
T
 
R
A
 
Q
E
 
D
R
 
R
K
 
T
P
 
P
D
 
D
F
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
R
 
K
E
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
A
A
 
D
G
 
G
M
 
M
S
 
S
A
 
A
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
C
 
C
G
 
G
S
|
S
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
 
W
P
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
D
A
 
E
E
 
Q
R
 
R
Q
 
M
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
V
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
|
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
R
 
A
E
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
H
 
H
A
 
A
A
 
V
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
K
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
K
G
 
G
L
 
L
M
 
M
V
 
V
I
 
I
P
|
P
R
 
R
V
 
V
L
|
L
S
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
S
S
 
V
L
 
I
I
 
A
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
H
 
A
H
 
H
F
 
F
S
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
S
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
E
L
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
V
I
 
I
Y
|
Y
N
 
N
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
F
 
F
A
 
A
T
 
T
R
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
A
Q
 
E
F
 
H
P
 
K
N
 
N
L
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
E
 
E
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
M
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
N
I
 
I
T
|
T
S
 
S
K
x
R
D
 
D
D
|
D
D
 
E
V
|
V
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
Q
 
A
V
 
V
V
 
V
H
 
H
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
C
 
C
N
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
P
R
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
Q
 
H
L
 
L
V
 
C
S
 
K
L
 
L
S
 
S
K
 
Q
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
A
R
 
D
A
 
A
R
 
R
R
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
C
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
K
H
 
Y
L
 
M
M
 
M
V
 
V
L
 
L
N
 
K
G
 
G
D
 
D
T
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
T
L
 
L
H
 
H
F
 
F
N
 
N
E
 
E
T
 
T
D
 
D
V
 
A
L
 
L
T
 
T
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
R
 
R
N
 
G
Y
 
Y
A
 
V
E
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
Y
 
F
A
 
K
L
 
L
F
 
F
R
 
N
S
 
S
W
 
W
Y
 
Y
A
 
A
S
 
D
W
 
W
S
 
S

Q5HG25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Staphylococcus aureus (strain COL) (see paper)
31% identity, 68% coverage: 5:219/315 of query aligns to 4:216/295 of Q5HG25

query
sites
Q5HG25
I
 
L
F
 
F
T
 
E
G
 
G
T
 
V
M
 
G
P
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
-
E
 
N
R
 
N
K
 
K
P
 
V
D
 
N
F
 
I
D
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
K
R
 
T
K
 
H
G
 
V
R
 
N
E
 
F
L
 
L
I
 
L
E
 
E
A
 
N
G
 
N
M
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
V
 
I
Y
 
V
C
 
N
G
 
G
S
 
T
M
x
T
G
 
A
D
 
E
W
 
S
P
 
P
L
 
T
L
 
L
T
 
T
E
 
T
A
 
D
E
 
E
R
 
K
Q
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
L
E
 
K
G
 
T
V
 
V
A
 
I
R
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
D
A
 
K
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
T
V
 
N
N
 
D
T
 
T
R
 
E
E
 
K
A
 
S
V
 
I
S
 
Q
H
 
A
A
 
S
A
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
K
K
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
I
M
 
M
V
 
L
I
 
I
P
 
T
R
 
P
V
 
Y
L
 
Y
S
 
N
R
 
K
G
 
T
A
 
N
S
 
Q
L
 
R
I
 
G
A
 
L
Q
 
V
K
 
K
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
A
P
 
V
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
V
I
 
L
Y
 
Y
N
 
N
S
 
V
P
 
P
Y
 
S
Y
 
R
G
 
T
F
 
N
A
 
M
T
 
T
R
 
I
A
 
E
D
 
P
L
 
E
F
 
T
F
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
L
S
 
S
Q
 
Q
F
 
H
P
 
P
N
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
A
F
 
L
K
|
K
E
 
D
F
 
-
G
 
-
G
 
A
G
 
T
A
 
N
D
 
D
L
 
F
R
 
E
Y
 
Y
A
 
L
A
 
E
E
 
E
H
 
V
I
 
K
T
 
K
S
 
R
K
 
I
D
 
D
-
 
T
D
 
N
D
 
S
V
 
F
T
 
A
L
 
L
M
 
Y
V
 
S
G
 
G
V
 
N
D
 
D
T
 
D
Q
 
N
V
 
V
V
 
V
H
 
E
G
 
-
F
 
Y
V
 
Y
N
 
Q
C
 
R
N
 
G
A
 
G
T
 
Q
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
S
G
 
V
I
 
I
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
I
P
 
P
R
 
K
E
 
E

3di1B Crystal structure of the staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase-pyruvate complex (see paper)
31% identity, 68% coverage: 5:219/315 of query aligns to 4:216/291 of 3di1B

query
sites
3di1B
I
 
L
F
 
F
T
 
E
G
 
G
T
 
V
M
 
G
P
 
V
A
|
A
L
 
L
M
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
-
E
 
N
R
 
N
K
 
K
P
 
V
D
 
N
F
 
I
D
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
K
R
 
T
K
 
H
G
 
V
R
 
N
E
 
F
L
 
L
I
 
L
E
 
E
A
 
N
G
 
N
M
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
I
V
 
I
Y
 
V
C
 
N
G
|
G
S
x
T
M
x
T
G
 
A
D
 
E
W
 
S
P
 
P
L
 
T
L
 
L
T
 
T
E
 
T
A
 
D
E
 
E
R
 
K
Q
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
L
E
 
K
G
 
T
V
 
V
A
 
I
R
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
D
A
 
K
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
T
V
 
N
N
 
D
T
 
T
R
 
E
E
 
K
A
 
S
V
 
I
S
 
Q
H
 
A
A
 
S
A
 
I
H
 
Q
A
 
A
A
 
K
K
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
I
M
 
M
V
 
L
I
 
I
P
 
T
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
N
R
 
K
G
 
T
A
 
N
S
 
Q
L
 
R
I
 
G
A
 
L
Q
 
V
K
 
K
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
A
P
 
V
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
V
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
V
P
 
P
Y
 
S
Y
x
R
G
 
T
F
 
N
A
 
M
T
 
T
R
 
I
A
 
E
D
 
P
L
 
E
F
 
T
F
 
V
E
 
E
L
 
I
R
 
L
S
 
S
Q
 
Q
F
 
H
P
 
P
N
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
A
F
 
L
K
|
K
E
 
D
F
 
-
G
 
-
G
 
A
G
 
T
A
 
N
D
 
D
L
 
F
R
 
E
Y
 
Y
A
 
L
A
 
E
E
 
E
H
 
V
I
 
K
T
 
K
S
 
R
K
 
I
D
 
D
-
 
T
D
 
N
D
 
S
V
 
F
T
 
A
L
 
L
M
 
Y
V
 
S
G
 
G
V
 
N
D
 
D
T
 
D
Q
 
N
V
 
V
V
 
V
H
 
E
G
 
-
F
 
Y
V
 
Y
N
 
Q
C
 
R
N
 
G
A
 
G
T
 
Q
G
 
G
A
 
V
I
|
I
T
 
S
G
 
V
I
 
I
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
I
P
 
P
R
 
K
E
 
E

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
33% identity, 68% coverage: 5:218/315 of query aligns to 1:213/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
I
 
M
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
S
M
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
D
E
 
N
R
 
G
K
 
S
P
 
V
D
 
D
F
 
E
D
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
A
R
 
A
K
 
H
G
 
V
R
 
E
E
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
A
A
 
E
G
 
G
M
 
S
S
 
N
A
 
G
V
 
L
V
 
V
Y
 
P
C
 
V
G
 
G
S
 
T
M
x
T
G
 
G
D
 
E
W
 
S
P
|
P
L
 
T
L
 
L
T
 
S
E
 
H
A
 
D
E
 
E
R
x
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
V
-
 
V
E
 
E
G
 
L
V
 
C
A
 
I
R
 
E
L
 
V
V
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
A
G
 
G
A
 
S
V
x
N
N
 
N
T
 
T
R
 
D
E
|
E
A
 
A
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
A
A
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
E
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
V
I
 
V
P
 
T
R
 
P
V
x
Y
L
 
Y
S
 
N
R
 
K
G
 
P
A
 
T
S
 
Q
-
 
K
-
 
G
L
 
L
I
 
F
A
 
A
Q
 
-
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
S
A
 
A
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
E
A
 
A
P
 
V
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
V
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
S
 
I
P
 
P
Y
 
P
Y
 
R
G
 
S
F
 
V
A
 
V
T
 
D
R
 
M
A
 
S
-
 
P
D
 
E
L
 
T
F
 
M
F
 
G
E
 
A
L
 
L
R
 
V
S
 
K
Q
 
A
F
 
H
P
 
K
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
D
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
K
A
 
L
D
 
D
L
 
-
R
 
R
Y
 
V
A
 
S
A
 
E
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
T
 
S
S
 
C
K
 
G
D
 
K
D
 
D
D
 
F
V
 
V
T
 
Q
L
 
L
M
 
S
V
 
-
G
 
G
V
 
E
D
 
D
T
 
G
Q
 
T
V
 
A
V
 
L
H
 
-
G
 
G
F
 
F
V
 
N
N
 
A
C
 
H
N
 
G
A
 
G
T
 
V
G
 
G
A
 
C
I
 
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
32% identity, 68% coverage: 5:218/315 of query aligns to 1:213/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
I
 
M
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
S
M
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
D
E
 
N
R
 
G
K
 
A
P
 
V
D
 
D
F
 
E
D
 
Q
A
 
A
L
 
F
V
 
A
R
 
A
K
 
H
G
 
V
R
 
E
E
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
A
A
 
E
G
 
G
M
 
S
S
 
N
A
 
G
V
 
L
V
 
V
Y
 
P
C
 
V
G
 
G
S
x
T
M
 
T
G
 
G
D
 
E
W
x
S
P
|
P
L
 
T
L
|
L
T
 
S
E
 
H
A
 
D
E
 
E
R
x
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
V
-
 
V
E
 
E
G
 
L
V
 
C
A
 
I
R
 
E
L
 
V
V
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
A
G
 
G
A
 
S
V
x
N
N
 
N
T
 
T
R
 
D
E
|
E
A
 
A
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
A
A
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
D
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
V
I
 
V
P
 
T
R
 
P
V
x
Y
L
x
Y
S
 
N
R
 
K
G
 
P
A
 
T
S
 
Q
-
 
K
-
 
G
L
 
L
I
 
F
A
 
A
Q
 
-
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
S
A
 
A
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
E
A
 
A
P
 
V
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
V
I
 
I
Y
|
Y
N
 
N
S
 
I
P
 
P
Y
 
P
Y
x
R
G
 
S
F
 
V
A
 
V
T
 
D
R
 
M
A
 
S
-
 
P
D
 
E
L
 
T
F
 
M
F
 
G
E
 
A
L
 
L
R
 
V
S
 
K
Q
 
A
F
 
H
P
 
K
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
D
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
K
A
 
L
D
 
D
L
 
-
R
 
R
Y
 
V
A
 
S
A
 
E
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
T
 
S
S
 
C
K
 
G
D
 
K
D
 
D
D
 
F
V
 
I
T
 
Q
L
 
L
M
 
S
V
 
-
G
 
G
V
 
E
D
 
D
T
 
S
Q
 
T
V
 
A
V
 
L
H
 
-
G
 
G
F
 
F
V
 
N
N
 
A
C
 
H
N
 
G
A
 
G
T
 
V
G
 
G
A
 
C
I
|
I
T
 
S
G
 
V
I
 
S
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R

Q86XE5 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial; Dihydrodipicolinate synthase-like; DHDPS-like protein; Probable 2-keto-4-hydroxyglutarate aldolase; Probable KHG-aldolase; Protein 569272; EC 4.1.3.16 from Homo sapiens (Human) (see paper)
30% identity, 78% coverage: 8:254/315 of query aligns to 37:283/327 of Q86XE5

query
sites
Q86XE5
G
 
G
T
 
I
M
 
Y
P
 
P
A
 
P
L
 
V
M
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
T
R
 
A
K
 
E
P
 
V
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
A
 
K
L
 
L
V
 
E
R
 
E
K
 
N
G
 
L
R
 
H
E
 
K
L
 
L
I
 
G
E
 
T
A
 
F
G
 
P
M
 
F
S
 
R
A
 
G
V
 
F
V
 
V
Y
 
V
C
 
Q
G
 
G
S
|
S
M
x
N
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
P
L
 
F
L
 
L
T
 
T
E
 
S
A
 
S
E
 
E
R
 
R
Q
 
L
E
 
E
G
 
V
V
 
V
A
 
S
R
 
R
L
 
V
V
 
R
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
I
 
M
P
 
P
T
 
K
-
 
N
-
 
R
-
 
L
-
 
L
I
 
L
V
 
A
G
 
G
T
 
S
G
 
G
A
 
C
V
 
E
N
 
S
T
 
T
R
 
Q
E
 
A
A
 
T
V
 
V
S
 
E
H
 
M
A
 
T
A
 
V
H
 
S
A
 
M
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
V
P
 
T
R
 
P
V
 
C
L
x
Y
S
 
Y
R
 
R
G
 
G
-
 
R
A
 
M
S
 
S
L
 
S
I
 
A
A
 
A
Q
 
L
K
 
I
H
 
H
H
 
H
F
 
Y
S
 
T
A
 
K
I
 
V
L
 
A
A
 
D
A
 
L
A
 
S
P
 
P
K
 
-
L
 
I
P
 
P
A
 
V
V
 
V
I
 
L
Y
|
Y
N
 
S
S
 
V
P
 
P
-
 
A
Y
 
N
Y
 
T
G
 
G
F
 
L
A
 
D
T
 
L
R
 
P
A
 
V
D
 
D
L
 
A
F
 
V
F
 
V
E
 
T
L
 
L
R
 
-
S
 
S
Q
 
Q
F
 
H
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
M
K
|
K
E
 
D
F
x
S
G
 
G
G
 
G
G
 
D
A
 
V
D
 
T
L
 
R
R
 
I
Y
 
G
A
 
L
A
 
I
E
 
V
H
 
H
I
 
K
T
 
T
S
 
R
K
 
K
D
 
-
D
 
Q
D
 
D
V
 
F
T
 
Q
L
 
V
M
 
L
V
 
A
G
 
G
V
 
S
D
 
A
T
 
G
Q
 
F
V
 
L
V
 
M
H
 
A
G
 
S
F
 
Y
V
 
A
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
A
T
 
V
G
 
G
A
 
G
I
 
V
T
 
C
G
 
A
I
 
L
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
L
P
 
G
R
 
A
E
 
Q
V
 
V
L
 
C
Q
 
Q
L
 
L
V
 
E
S
 
R
L
 
L
S
 
C
K
 
C
Q
 
T
A
 
G
A
 
Q
K
 
W
G
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
R
 
L
R
 
Q
L
 
-
A
 
H
R
 
R
E
 
L
L
 
I
E
 
E
A
 
P
A
 
N
L
 
A
A
 
A
V
 
V
L
 
T
S
 
R
S
 
R
F
 
F

7mjfA Crystal structure of candidatus liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
31% identity, 74% coverage: 5:236/315 of query aligns to 1:228/296 of 7mjfA

query
sites
7mjfA
I
 
M
F
 
F
T
 
Q
G
 
R
T
 
S
M
 
I
P
 
P
A
|
A
L
 
L
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
K
E
 
D
R
 
N
K
 
L
P
 
I
D
 
D
F
 
E
D
 
D
A
 
S
L
 
F
V
 
V
R
 
D
K
 
H
G
 
I
R
 
E
E
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
S
A
 
E
G
 
G
M
 
S
S
 
S
A
 
G
V
 
L
V
 
V
Y
 
P
C
 
A
G
 
G
S
x
T
M
x
T
G
 
G
D
 
E
W
 
S
P
 
S
L
 
T
L
 
L
T
 
S
E
 
Y
A
 
E
E
 
E
R
 
H
Q
 
C
E
 
R
G
 
V
V
 
V
A
 
E
R
 
L
L
 
C
V
 
V
-
 
K
-
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
M
V
 
A
G
 
G
T
 
A
G
 
G
A
 
S
V
 
N
N
 
N
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
S
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
A
A
 
Q
H
 
Y
A
 
A
A
 
Q
K
 
N
V
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
V
I
 
V
P
 
V
R
 
P
V
 
Y
L
 
Y
S
 
N
R
 
K
-
 
P
-
 
N
G
 
K
A
 
K
S
 
G
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
-
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
G
A
 
S
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
N
A
 
A
P
 
V
K
 
S
L
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
Y
I
 
I
Y
|
Y
N
 
N
S
 
N
P
 
P
Y
 
S
Y
x
R
G
 
T
-
 
V
F
 
I
A
 
E
T
 
M
R
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
T
F
 
M
F
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
V
S
 
K
Q
 
T
F
 
Y
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
D
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
E
L
 
L
R
 
A
Y
 
-
A
 
S
A
 
G
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
T
 
A
S
 
C
K
 
G
D
 
S
D
 
D
D
 
F
V
 
I
T
 
Q
L
 
L
M
 
S
V
 
-
G
|
G
V
 
D
D
 
D
T
 
S
Q
 
S
V
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
N
V
 
V
H
 
H
G
 
G
F
 
G
V
 
V
N
 
G
C
 
C
N
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R
E
 
I
V
 
C
L
 
A
Q
 
E
L
 
-
V
 
-
S
 
-
L
 
F
S
 
Q
K
 
K
Q
 
A
A
 
I
A
 
S
K
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
Y
R
 
R

7lvlA Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (s)- lysine from candidatus liberibacter solanacearum
31% identity, 74% coverage: 5:236/315 of query aligns to 1:228/296 of 7lvlA

query
sites
7lvlA
I
 
M
F
 
F
T
 
Q
G
 
R
T
 
S
M
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
T
A
 
K
E
 
D
R
 
N
K
 
L
P
 
I
D
 
D
F
 
E
D
 
D
A
 
S
L
 
F
V
 
V
R
 
D
K
 
H
G
 
I
R
 
E
E
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
S
A
 
E
G
 
G
M
 
S
S
 
S
A
 
G
V
 
L
V
 
V
Y
 
P
C
 
A
G
 
G
S
x
T
M
 
T
G
 
G
D
 
E
W
x
S
P
x
S
L
 
T
L
|
L
T
 
S
E
 
Y
A
 
E
E
 
E
R
 
H
Q
 
C
E
 
R
G
 
V
V
 
V
A
 
E
R
 
L
L
 
C
V
 
V
-
 
K
-
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
M
V
 
A
G
 
G
T
 
A
G
 
G
A
 
S
V
 
N
N
 
N
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
S
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
A
A
 
Q
H
 
Y
A
 
A
A
 
Q
K
 
N
V
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
V
I
 
V
P
 
V
R
 
P
V
x
Y
L
x
Y
S
 
N
R
 
K
-
 
P
-
 
N
G
 
K
A
 
K
S
 
G
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
-
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
G
A
 
S
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
N
A
 
A
P
 
V
K
 
S
L
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
Y
I
 
I
Y
|
Y
N
 
N
S
 
N
P
 
P
Y
 
S
Y
x
R
G
 
T
-
 
V
F
 
I
A
 
E
T
 
M
R
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
T
F
 
M
F
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
V
S
 
K
Q
 
T
F
 
Y
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
D
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
E
L
 
L
R
 
A
Y
 
-
A
 
S
A
 
G
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
T
 
A
S
 
C
K
 
G
D
 
S
D
 
D
D
 
F
V
 
I
T
 
Q
L
 
L
M
 
S
V
 
-
G
 
G
V
 
D
D
 
D
T
 
S
Q
 
S
V
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
N
V
 
V
H
 
H
G
 
G
F
 
G
V
 
V
N
 
G
C
 
C
N
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
-
I
|
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R
E
 
I
V
 
C
L
 
A
Q
 
E
L
 
-
V
 
-
S
 
-
L
 
F
S
 
Q
K
 
K
Q
 
A
A
 
I
A
 
S
K
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
Y
R
 
R

4fhaA Structure of dihydrodipicolinate synthase from streptococcus pneumoniae,bound to pyruvate and lysine
29% identity, 63% coverage: 12:210/315 of query aligns to 13:209/307 of 4fhaA

query
sites
4fhaA
A
 
A
L
 
F
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
H
A
 
E
E
 
D
R
 
G
K
 
S
P
 
I
D
 
N
F
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
P
R
 
A
K
 
L
G
 
I
R
 
E
E
 
H
L
 
L
I
 
L
E
 
A
A
 
H
G
 
H
M
 
T
S
 
D
A
 
G
V
 
I
V
 
L
Y
 
L
C
 
A
G
 
G
S
 
T
M
 
T
G
 
A
D
 
E
W
x
S
P
|
P
L
 
T
L
|
L
T
 
T
E
x
H
A
 
D
E
 
E
R
x
E
Q
 
L
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
A
G
 
A
V
 
V
A
 
Q
R
 
K
L
 
V
V
 
V
A
 
N
A
 
G
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
L
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
V
G
 
G
A
 
T
V
 
N
N
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
D
A
 
S
V
 
I
S
 
E
H
 
F
A
 
V
A
 
K
H
 
E
A
 
V
A
 
A
K
 
E
V
 
F
G
 
G
-
 
G
-
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
M
 
A
V
 
I
I
 
V
P
 
P
R
x
Y
V
 
Y
L
 
N
S
 
K
R
 
P
G
 
S
A
 
Q
S
 
E
L
 
G
I
 
M
A
 
Y
Q
 
Q
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
A
P
 
S
K
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
I
V
 
I
I
 
I
Y
 
Y
N
 
N
S
 
I
P
 
P
Y
 
G
Y
 
R
G
 
V
F
 
V
A
 
V
T
 
E
R
 
L
A
 
T
D
 
P
L
 
E
F
 
T
F
 
M
E
 
L
L
 
R
R
 
L
S
 
A
Q
 
D
F
 
H
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
V
K
 
K
E
 
E
F
 
C
G
 
T
G
 
S
G
 
L
A
 
A
D
 
N
L
 
M
R
 
A
Y
 
Y
A
 
L
A
 
I
E
 
E
H
 
H
I
 
-
T
 
-
S
 
-
K
 
K
D
 
P
D
 
E
D
 
E
V
 
F
T
 
L
L
 
I
M
 
Y
V
 
T
G
 
G
V
 
E
D
 
D
T
 
G
Q
 
D
V
 
A
V
 
F
H
 
H
G
 
A
F
 
-
V
 
M
N
 
N
C
 
L
N
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
S

3s8hA Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3- hydroxypropanoic acid(hpa)at 2.70 a resolution
31% identity, 70% coverage: 5:223/315 of query aligns to 1:217/292 of 3s8hA

query
sites
3s8hA
I
 
M
F
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
S
M
 
M
P
 
V
A
|
A
L
|
L
M
 
V
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
D
A
 
A
E
 
Q
R
 
G
K
 
R
P
 
L
D
 
D
F
 
W
D
 
D
A
 
S
L
 
L
V
 
A
R
 
K
K
 
L
G
 
V
R
 
D
E
 
F
L
 
H
I
 
L
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
M
 
T
S
 
N
A
 
A
V
 
I
V
|
V
Y
 
A
C
 
V
G
|
G
S
x
T
M
x
T
G
|
G
D
 
E
W
 
S
P
 
A
L
 
T
L
 
L
T
 
D
E
 
V
A
 
E
E
 
E
R
 
H
-
 
I
-
 
Q
-
 
V
Q
 
V
E
 
R
G
 
R
V
 
V
A
 
V
R
 
D
L
 
Q
V
 
V
A
 
K
A
 
G
G
 
R
I
 
I
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
A
H
 
-
A
 
L
A
 
T
H
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
S
G
 
G
A
 
G
A
 
A
G
 
D
L
 
A
M
 
C
V
 
L
I
 
L
P
 
V
R
 
T
V
 
P
L
 
Y
S
x
Y
R
 
N
G
 
K
A
 
P
S
 
T
L
 
Q
I
 
E
A
 
G
Q
 
M
K
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
S
 
R
A
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
E
A
 
A
P
 
V
K
 
A
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
V
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
V
P
 
P
Y
 
G
Y
x
R
G
 
T
F
 
S
A
 
C
T
 
D
R
 
M
A
 
L
D
 
P
L
 
E
F
 
T
F
 
V
E
 
E
L
 
R
R
 
L
S
 
S
Q
 
K
F
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
E
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
-
A
 
-
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
Y
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
H
 
V
I
 
I
T
 
E
S
 
R
K
 
V
D
 
G
D
 
K
D
 
D
V
 
F
T
 
L
L
 
V
M
 
Y
V
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
T
 
A
Q
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
E
G
 
-
F
 
L
V
 
M
N
 
L
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
K
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R
E
 
A
V
 
M
L
 
S
Q
 
D
L
 
L

3puoA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa(psdhdps)complexed with l-lysine at 2.65a resolution (see paper)
31% identity, 70% coverage: 5:223/315 of query aligns to 1:217/292 of 3puoA

query
sites
3puoA
I
 
M
F
 
I
T
 
A
G
 
G
T
 
S
M
 
M
P
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
V
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
D
A
 
A
E
 
Q
R
 
G
K
 
R
P
 
L
D
 
D
F
 
W
D
 
D
A
 
S
L
 
L
V
 
A
R
 
K
K
 
L
G
 
V
R
 
D
E
 
F
L
 
H
I
 
L
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
M
 
T
S
 
N
A
 
A
V
 
I
V
 
V
Y
 
A
C
 
V
G
 
G
S
x
T
M
 
T
G
 
G
D
 
E
W
x
S
P
x
A
L
 
T
L
|
L
T
x
D
E
x
V
A
 
E
E
 
E
R
 
H
-
 
I
-
 
Q
-
 
V
Q
 
V
E
 
R
G
 
R
V
 
V
A
 
V
R
 
D
L
 
Q
V
 
V
A
 
K
A
 
G
G
 
R
I
 
I
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
A
H
 
-
A
 
L
A
 
T
H
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
S
G
 
G
A
 
G
A
 
A
G
 
D
L
 
A
M
 
C
V
 
L
I
 
L
P
 
V
R
 
T
V
 
P
L
 
Y
S
x
Y
R
 
N
G
 
K
A
 
P
S
 
T
L
 
Q
I
 
E
A
 
G
Q
 
M
K
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
S
 
R
A
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
A
A
 
E
A
 
A
P
 
V
K
 
A
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
V
 
I
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
V
P
 
P
Y
 
G
Y
x
R
G
 
T
F
 
S
A
 
C
T
 
D
R
 
M
A
 
L
D
 
P
L
 
E
F
 
T
F
 
V
E
 
E
L
 
R
R
 
L
S
 
S
Q
 
K
F
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
E
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
-
A
 
-
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
Y
 
R
A
 
A
A
 
K
E
 
E
H
 
V
I
 
I
T
 
E
S
 
R
K
 
V
D
 
G
D
 
K
D
 
D
V
 
F
T
 
L
L
 
V
M
 
Y
V
 
S
G
 
G
V
 
D
D
 
D
T
 
A
Q
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
E
G
 
-
F
 
L
V
 
M
N
 
L
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
K
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V
L
 
A
P
 
P
R
 
R
E
 
A
V
 
M
L
 
S
Q
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
F
Y
 
F
C
 
L
G
 
G
S
|
S
M
x
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
 
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
|
G
V
x
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
G
x
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
x
F
Y
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
M
 
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
 
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
|
G
V
x
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
x
S
G
 
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
F
Y
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
M
x
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
x
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
x
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
G
 
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
F
Y
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
M
x
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
x
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
x
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
G
 
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
F
Y
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
M
x
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
 
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
G
 
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
29% identity, 70% coverage: 5:224/315 of query aligns to 2:223/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
I
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
I
M
 
I
P
 
P
A
x
P
L
 
V
M
 
S
T
 
T
P
 
I
C
 
F
T
 
T
A
 
A
E
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
R
 
D
K
 
K
P
 
P
D
 
G
F
 
T
D
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
I
R
 
D
K
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
F
Y
 
F
C
 
L
G
|
G
S
|
S
M
x
G
G
 
G
D
 
E
W
 
F
P
 
S
L
 
Q
L
 
L
T
 
G
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
H
V
 
V
A
 
D
A
 
R
G
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
G
V
 
T
N
 
N
T
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
S
 
E
H
 
L
A
 
S
A
 
Q
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
Q
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
N
R
 
P
V
 
Y
L
x
Y
S
 
W
R
 
K
-
 
V
-
 
S
G
 
E
A
 
A
S
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
H
 
R
H
 
Y
F
 
F
S
 
E
A
 
Q
I
 
V
L
 
-
A
 
A
A
 
D
A
 
S
P
 
V
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
V
V
 
M
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
x
F
P
 
P
-
 
A
Y
x
L
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
D
T
 
L
R
 
T
A
 
P
D
 
A
L
 
L
F
 
V
F
 
K
E
 
T
L
 
L
R
 
A
S
 
D
Q
 
S
F
 
R
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
E
 
D
-
x
T
F
 
I
G
 
D
G
 
S
G
 
V
A
 
A
D
 
H
L
 
L
R
 
R
Y
 
S
A
 
M
A
 
I
E
 
H
H
 
T
I
 
V
T
 
K
S
 
G
K
 
A
D
 
H
D
 
P
D
 
H
V
 
F
T
 
T
L
 
V
M
 
L
V
 
C
G
|
G
V
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
H
V
 
L
V
 
F
H
 
N
G
 
T
F
 
L
V
 
L
N
 
-
C
 
L
N
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
G
x
A
I
 
S
G
 
G
N
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
P
R
 
Q
E
 
V
V
 
S
L
 
V
Q
 
N
L
 
L
V
 
L

5ktlA Dihydrodipicolinate synthase from the industrial and evolutionarily important cyanobacteria anabaena variabilis. (see paper)
30% identity, 58% coverage: 6:188/315 of query aligns to 5:196/295 of 5ktlA

query
sites
5ktlA
F
 
F
T
 
G
G
 
T
T
 
V
M
 
L
P
 
T
A
 
A
L
 
M
M
 
I
T
 
T
P
 
P
C
 
F
T
 
K
A
 
A
E
 
D
R
 
G
K
 
S
P
 
V
D
 
N
F
 
Y
D
 
A
A
 
V
L
 
A
V
 
A
R
 
E
K
 
L
G
 
A
R
 
A
E
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
A
 
N
G
 
G
M
 
T
S
 
D
A
 
T
V
 
L
V
 
V
Y
 
V
C
 
C
G
 
G
S
x
T
M
 
T
G
 
G
D
 
E
W
x
S
P
 
P
L
 
T
L
|
L
T
 
S
E
 
W
A
 
D
E
 
E
R
x
E
Q
 
Y
E
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
V
G
x
E
V
 
V
A
 
L
R
x
Q
L
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
K
I
 
A
P
 
K
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
C
G
 
G
A
 
S
V
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
A
H
 
A
A
 
T
A
 
Q
H
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
H
G
 
G
-
 
T
L
 
L
M
 
Q
V
 
V
I
 
V
P
 
P
R
 
Y
V
x
Y
L
 
N
S
 
K
R
 
P
G
 
P
A
 
Q
S
 
A
L
 
G
I
 
L
A
 
Y
Q
 
Q
K
 
-
H
 
-
H
 
H
F
 
F
S
 
Q
A
 
A
I
 
I
L
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
C
P
 
P
K
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
L
V
 
L
I
 
L
Y
|
Y
N
 
N
S
 
V
P
 
P
-
 
G
Y
x
R
Y
 
T
G
 
G
F
 
Q
A
 
N
T
 
L
R
 
S
A
 
P
D
 
E
L
 
T
F
 
V
F
 
V
E
 
R
L
 
L
R
 
-
S
 
A
Q
 
E
F
 
I
P
 
D
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
E
F
 
A
G
 
S
G
 
G
G
 
N
A
 
L
D
 
D
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
E
L
 
I
R
 
R
Y
 
R
A
 
S
A
 
T
E
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
F
H
 
Q
I
 
I
T
 
Y
S
 
A
K
 
G
D
 
D
D
 
D
D
 
S
V
 
L
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
28% identity, 68% coverage: 5:217/315 of query aligns to 1:211/292 of Q07607

query
sites
Q07607
I
 
M
F
 
F
T
 
E
G
 
G
T
 
S
M
 
I
P
 
T
A
 
A
L
 
L
M
 
V
T
 
T
P
 
P
C
 
-
T
 
F
A
 
A
E
 
D
R
 
D
K
 
R
P
 
I
D
 
D
F
 
E
D
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
H
R
 
D
K
 
L
G
 
V
R
 
E
E
 
W
L
 
Q
I
 
I
E
 
E
A
 
E
G
 
G
M
 
S
S
 
F
A
 
G
V
 
L
V
 
V
Y
 
P
C
 
C
G
 
G
S
 
T
M
 
T
G
 
G
D
 
E
W
 
S
P
 
P
L
 
T
L
 
L
T
 
S
E
 
K
A
 
S
E
 
E
R
 
H
Q
 
E
E
 
Q
G
 
V
V
 
V
A
 
E
R
 
I
L
 
T
V
 
I
A
 
K
A
 
T
G
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
R
I
 
V
P
 
P
T
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
A
G
 
G
A
 
S
V
 
N
N
 
S
T
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
A
H
 
F
A
 
V
A
 
R
H
 
H
A
 
A
A
 
Q
K
 
N
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
I
 
V
P
 
S
R
 
P
V
 
Y
L
 
Y
S
 
N
R
 
K
G
 
-
A
 
P
S
 
T
L
 
Q
I
 
E
A
 
G
Q
 
I
K
 
Y
H
 
Q
H
 
H
F
 
F
S
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
S
P
 
-
K
 
T
L
 
I
P
 
P
A
 
I
V
 
I
I
 
V
Y
 
Y
N
 
N
S
 
I
P
 
P
-
 
G
Y
 
R
Y
 
S
G
 
A
F
 
I
A
 
E
T
 
I
R
 
H
A
 
V
D
 
E
L
 
T
F
 
L
F
 
A
E
 
R
L
 
I
R
 
F
S
 
E
Q
 
D
F
 
C
P
 
P
N
 
N
L
 
V
I
 
K
G
 
G
F
 
V
K
|
K
E
 
D
F
 
A
G
 
T
G
 
G
G
 
N
A
 
L
D
 
-
L
 
L
R
 
R
Y
 
P
A
 
S
A
 
L
E
 
E
H
 
R
I
 
M
T
 
A
S
 
C
K
 
G
D
 
-
D
 
E
D
 
D
V
 
F
T
 
N
L
 
L
M
 
L
V
 
T
G
 
G
V
 
E
D
 
D
T
 
G
Q
 
T
V
 
A
V
 
L
H
 
-
G
 
G
F
 
Y
V
 
M
N
 
A
C
 
H
N
 
G
A
 
G
T
 
H
G
 
G
A
 
C
I
 
I
T
 
S
G
 
V
I
 
T
G
 
A
N
 
N
A
 
V