SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_1378 FitnessBrowser__Putida:PP_1378 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9Y7Q9 Probable metabolite transporter C2H8.02 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
27% identity, 39% coverage: 62:230/429 of query aligns to 88:261/583 of Q9Y7Q9

query
sites
Q9Y7Q9
V
 
V
F
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
T
F
 
N
L
 
I
M
 
G
R
 
N
P
 
I
I
 
M
G
 
G
G
 
Q
W
 
L
I
 
L
F
 
F
G
 
G
R
 
F
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
F
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
K
N
 
F
S
 
V
L
 
Y
M
 
G
I
 
K
S
 
E
V
 
M
L
 
M
M
 
V
M
 
V
C
 
I
F
 
I
G
 
A
S
 
T
L
 
I
M
 
L
I
 
I
A
 
I
C
 
C
L
 
L
P
 
P
T
 
D
Y
 
R
A
 
I
S
 
P
I
 
T
G
 
P
T
 
T
W
 
A
A
 
K
P
 
M
A
 
M
L
 
W
L
 
L
L
 
F
L
 
A
A
 
F
R
 
R
L
 
V
I
 
M
Q
 
L
G
 
G
L
 
I
S
 
G
V
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
G
 
P
T
 
M
T
 
S
A
 
A
T
 
S
Y
 
I
M
 
T
S
 
S
E
 
E
V
 
Q
A
 
S
L
 
L
R
 
I
G
 
N
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
W
F
 
I
F
 
F
A
 
S
S
 
N
F
 
Q
Q
 
G
Y
 
W
V
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
C
Q
 
V
L
 
A
L
 
T
A
 
L
V
 
I
L
 
I
V
 
L
V
 
A
V
 
C
I
 
F
L
 
E
Q
 
K
Q
 
P
L
 
L
L
 
N
T
 
D
E
 
R
D
 
G
E
 
E
L
 
Y
R
 
T
A
 
K
W
 
L
G
 
N
-
 
G
-
 
V
W
 
W
R
 
R
I
 
I
P
 
Q
F
 
F
V
 
G
V
 
I
G
 
A
A
 
L
I
 
F
A
 
P
A
 
A
L
 
V
I
 
I
S
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
P
R
 
R
R
 
L
S
 
R
L
 
M
H
 
Q
E
 
E
T
 
-
S
 
-
S
 
S
A
 
E
E
 
Q
A
 
F
R
 
K
N
 
N
D
 
S
K
 
K
D
 
N
A
 
M
G
 
K
S
 
S
I
 
P
G
 
G

Sites not aligning to the query:

A0A0H2VG78 Glucose transporter GlcP; Glucose/H(+) symporter from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 12228 / FDA PCI 1200) (see paper)
24% identity, 77% coverage: 46:377/429 of query aligns to 32:381/446 of A0A0H2VG78

query
sites
A0A0H2VG78
F
 
F
F
 
I
P
 
H
S
 
K
D
 
D
D
 
I
P
 
P
T
 
L
V
 
N
Q
 
S
L
 
-
L
 
-
N
 
T
T
 
T
A
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
V
A
 
V
A
 
S
G
 
S
F
 
M
L
 
L
M
 
I
R
 
G
P
 
A
I
 
I
-
 
V
G
 
G
G
 
A
W
 
G
I
 
S
F
 
S
G
 
G
R
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
H
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
R
N
 
R
S
 
L
L
 
V
M
 
M
I
 
L
S
 
I
V
 
A
L
 
I
M
 
V
M
 
F
C
 
I
F
 
I
G
 
G
S
 
A
L
 
L
M
 
I
I
 
L
A
 
A
C
 
A
L
 
S
P
 
T
T
 
N
Y
 
L
A
 
A
S
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
W
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
I
A
 
G
R
|
R
L
 
L
I
 
I
Q
x
I
G
 
G
L
 
L
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
S
Y
 
M
G
 
S
T
 
T
T
 
V
A
 
P
T
 
V
Y
 
Y
M
 
L
S
 
S
E
|
E
V
 
M
A
 
A
L
 
P
R
 
T
G
 
E
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
F
 
S
F
 
L
A
 
G
S
 
S
F
 
L
Q
 
N
Y
x
Q
V
 
L
T
 
M
L
 
I
I
 
T
G
 
I
G
 
G
Q
 
I
L
 
L
L
 
A
A
 
A
V
 
Y
L
 
L
V
 
V
V
 
N
V
 
Y
I
 
A
L
 
F
Q
 
A
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
D
L
 
I
R
 
E
A
 
G
W
 
W
G
 
R
W
 
W
R
 
M
I
 
L
P
 
G
F
 
L
-
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
P
A
 
S
I
 
V
A
 
I
A
 
L
L
 
L
I
 
V
S
 
G
L
 
I
M
 
Y
L
 
F
R
 
M
-
 
P
-
 
E
-
 
S
-
 
P
R
 
R
S
 
W
L
 
L
H
 
L
E
 
E
T
 
N
S
 
R
S
 
N
A
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
A
N
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
M
-
 
K
-
 
I
-
 
T
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
I
D
 
D
K
 
K
D
 
E
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
M
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
A
-
 
I
A
 
S
G
 
E
S
 
S
I
 
T
G
 
W
G
 
T
L
 
V
F
 
I
R
 
K
N
 
S
H
 
P
A
 
W
A
 
L
A
 
G
F
 
R
I
 
I
T
 
L
V
 
I
L
 
V
G
 
G
-
 
C
-
 
I
-
 
F
-
 
A
-
 
I
-
 
F
-
x
Q
-
x
Q
Y
 
F
T
 
I
A
 
G
G
 
I
G
x
N
S
 
A
L
 
V
I
 
I
F
 
F
Y
 
Y
T
 
S
F
 
S
T
 
S
T
 
I
Y
 
F
M
 
A
Q
 
K
K
 
A
Y
 
G
L
 
L
V
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
G
M
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
S
N
 
I
A
 
L
S
 
G
Y
 
S
V
 
V
M
 
G
T
 
I
G
 
G
A
 
T
L
 
I
F
 
N
L
 
V
F
 
L
M
 
V
V
 
T
V
 
I
Q
 
V
P
 
A
F
 
I
F
 
F
G
 
-
M
 
-
L
 
V
S
 
V
D
 
D
R
 
K
I
 
I
G
 
D
R
 
R
R
 
K
N
 
K
S
 
-
M
 
L
L
 
L
L
 
V
F
 
G
G
 
G
G
 
N
L
 
I
G
 
G
T
 
M
L
 
I
C
 
A
T
 
S
V
 
L
P
 
-
L
 
L
L
 
I
M
 
M
A
 
A
L
 
I
K
 
L
T
 
I
V
 
W
T
 
T
S
 
I
P
 
G
I
 
I
M
 
A
A
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
W
F
 
I
V
 
I
L
 
I
I
 
V
S
 
C
L
 
L
A
 
S
L
 
L
C
 
F
I
 
I
V
 
V
S
 
F
F
 
F
Y
 
G
T
 
I
S
 
S
-
 
W
-
 
G
-
 
P
I
 
V
S
 
L
G
x
W
L
 
V
V
 
M
K
 
L
A
 
P
E
 
E
M
 
L
F
 
F
P
 
P
P
 
M
Q
 
R
V
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
A
G
 
A
V
 
T
G
 
G
L
 
I
A
 
S
Y
 
A
A
 
L
V
 
V
A
 
L
N
 
N

Sites not aligning to the query:

Q5EXK5 3-hydroxybenzoate transporter MhbT from Klebsiella oxytoca (see paper)
27% identity, 70% coverage: 78:378/429 of query aligns to 78:390/452 of Q5EXK5

query
sites
Q5EXK5
G
 
G
R
 
P
L
 
L
A
 
S
D
|
D
R
 
R
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
K
N
 
R
S
 
V
L
 
I
M
 
E
I
 
F
S
 
C
V
 
V
L
 
A
M
 
L
M
 
F
C
 
G
F
 
L
G
 
F
S
 
S
L
 
L
M
 
L
I
 
S
A
 
A
C
 
F
L
 
A
P
 
P
T
 
D
Y
 
L
A
 
Q
S
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
W
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
M
L
 
L
L
 
V
L
 
F
A
 
L
R
 
R
L
 
F
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
L
 
L
S
 
G
V
 
L
G
 
G
G
 
G
E
 
A
Y
 
M
G
 
P
T
 
N
T
 
T
A
 
I
T
 
T
Y
 
M
M
 
T
S
 
S
E
 
E
V
 
Y
A
 
L
L
 
P
R
 
A
G
 
R
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
T
-
 
L
F
 
M
F
 
F
A
 
C
S
 
G
F
 
F
Q
 
T
Y
 
L
V
 
G
T
 
S
L
 
A
I
 
F
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
L
 
V
L
 
S
A
 
A
V
 
Q
L
 
L
V
 
V
V
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
W
 
-
G
 
G
W
 
W
R
 
H
I
 
G
P
 
I
F
 
L
V
 
V
V
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
I
-
 
L
-
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
L
I
 
V
S
 
P
L
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
R
-
 
W
-
 
Q
L
 
I
R
 
R
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
H
 
P
E
 
Q
T
 
A
S
 
T
S
 
I
A
 
A
-
 
R
-
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
A
-
 
I
-
 
T
-
 
G
E
 
E
A
 
R
R
 
Y
N
 
N
D
 
D
K
 
T
D
 
H
-
 
F
-
 
W
-
 
L
-
 
D
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
A
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
S
G
 
Q
L
 
L
F
 
F
R
 
A
N
 
G
H
 
R
A
 
Q
A
 
L
A
 
A
F
 
I
I
 
T
T
 
L
V
 
M
L
 
L
G
 
W
Y
 
V
T
 
V
A
 
F
G
 
F
G
 
M
S
 
S
-
 
L
L
 
L
I
 
I
F
 
I
Y
 
Y
T
 
L
F
 
L
T
 
S
T
 
S
Y
 
W
M
 
M
Q
 
P
K
 
T
Y
 
-
L
 
L
V
 
L
N
 
N
T
 
H
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
D
A
 
L
K
 
Q
N
 
H
A
 
A
S
 
S
Y
 
W
V
 
V
M
 
T
T
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
T
-
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
L
L
 
L
F
 
-
M
 
-
V
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
G
 
G
M
x
V
L
 
L
S
 
M
D
|
D
R
 
R
I
 
F
G
 
N
R
 
P
R
 
Y
N
 
R
S
 
V
M
 
L
L
 
A
L
 
L
F
 
S
G
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
A
L
 
V
C
 
C
T
 
I
V
 
V
P
 
-
L
 
-
L
 
M
M
 
I
A
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
E
V
 
N
T
 
G
S
 
L
P
 
W
I
 
L
M
 
M
A
 
A
F
 
L
V
 
A
L
 
I
I
 
F
S
 
G
L
 
T
A
 
G
L
 
I
C
 
G
I
 
I
V
 
S
S
 
G
F
 
S
Y
 
Q
T
 
V
S
 
G
I
 
L
S
 
N
G
 
A
L
 
L
V
 
-
K
 
T
A
 
A
E
 
T
M
 
L
F
 
Y
P
 
P
P
 
T
Q
 
Q
V
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
S
L
 
W
A
 
S
Y
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
G
N
 
R
A
 
C

Q8NLB7 Gentisate transporter from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (see paper)
28% identity, 36% coverage: 72:227/429 of query aligns to 92:241/444 of Q8NLB7

query
sites
Q8NLB7
I
 
I
G
 
G
G
 
A
W
 
V
I
 
F
F
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
|
R
H
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
K
N
 
A
S
 
A
L
 
V
M
 
I
I
 
G
S
 
S
V
 
V
L
 
L
M
 
I
M
 
L
C
 
S
F
 
V
G
 
F
S
 
T
L
 
M
M
 
L
I
 
C
A
 
A
C
 
F
L
 
A
P
 
P
T
 
N
Y
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
W
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
W
L
 
V
L
 
F
L
 
G
L
 
A
A
 
F
R
 
R
L
 
F
I
 
I
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
G
V
 
L
G
 
G
G
 
G
E
 
L
Y
 
V
G
 
P
T
 
S
T
 
V
A
 
N
T
 
A
Y
 
M
M
 
T
S
 
S
E
 
D
V
 
L
A
 
V
L
 
P
R
 
R
G
 
K
Q
 
T
R
 
M
G
 
S
F
 
A
F
 
W
A
 
A
S
 
T
F
 
V
Q
 
M
Y
 
M
V
 
S
T
 
G
L
 
V
-
 
P
I
 
I
G
 
G
G
 
G
Q
 
S
L
 
I
L
 
A
A
 
A
V
 
V
L
 
L
V
 
A
V
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
V
Q
 
P
Q
 
S
L
 
-
L
 
-
T
 
S
E
 
E
D
 
E
E
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
W
 
W
G
 
G
W
 
W
R
 
R
-
 
F
-
 
M
-
 
F
-
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
L
I
 
P
A
 
I
A
 
A
L
 
M
I
 
K
S
 
V
L
 
I
M
 
P
L
 
S
R
 
D
R
 
K
S
 
A
L
 
I
H
 
K
E
 
A
T
 
D
S
 
H
S
 
D
A
 
I
E
 
R
A
 
E
R
 
G
N
 
H
D
 
D
K
 
E
D
 
P
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

O23492 Inositol transporter 4; Myo-inositol-proton symporter INT4; Protein INOSITOL TRANSPORTER 4 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
25% identity, 37% coverage: 80:238/429 of query aligns to 90:233/582 of O23492

query
sites
O23492
L
 
I
A
 
N
D
 
D
R
 
K
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
R
N
 
M
S
 
S
L
 
I
M
 
L
I
 
I
S
 
A
V
 
D
L
 
V
M
 
L
M
 
F
C
 
L
F
 
I
G
 
G
S
 
A
L
 
I
M
 
V
I
 
M
A
 
A
C
 
F
L
 
A
P
 
P
T
 
-
Y
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
W
 
-
A
 
A
P
 
P
A
 
W
L
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
V
A
 
G
R
 
R
L
 
I
I
 
F
Q
 
V
G
 
G
L
 
F
S
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
M
E
 
A
Y
 
S
G
 
M
T
 
T
T
 
S
A
 
P
T
 
L
Y
 
Y
M
 
I
S
 
S
E
 
E
V
 
A
A
 
S
L
 
P
R
 
A
G
 
R
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
F
 
A
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
T
Q
 
N
Y
 
G
V
 
L
T
 
L
L
 
I
I
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
F
L
 
F
A
 
S
V
 
Y
L
 
L
V
 
I
V
 
N
V
 
L
I
 
A
L
 
F
Q
 
V
Q
 
H
L
 
T
L
 
P
T
 
G
E
 
T
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
W
 
-
G
 
-
W
 
W
R
 
R
I
 
W
P
 
M
F
 
L
V
 
G
V
 
V
G
 
A
A
 
G
I
 
V
A
 
P
A
 
A
L
 
I
I
 
V
S
 
Q
L
 
F
M
 
V
L
 
L
R
 
M
R
 
L
S
 
S
L
 
L
H
 
P
E
 
E
T
 
S
S
 
P
S
 
R
A
 
W
E
 
L
A
 
Y
R
 
R
N
 
K
D
 
D
K
 
R
D
 
I
A
 
A
G
 
E
S
 
S
I
 
R
G
 
A
G
 
I
L
 
L
F
 
E
R
 
R
N
 
I
H
 
Y
A
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P0AGF4 D-xylose-proton symporter; D-xylose transporter from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 34% coverage: 72:215/429 of query aligns to 70:223/491 of P0AGF4

query
sites
P0AGF4
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
A
I
 
L
F
 
G
G
 
G
R
 
Y
L
 
C
A
 
S
D
 
N
R
 
R
H
 
F
G
|
G
R
 
R
K
 
R
N
 
D
S
 
S
L
 
L
M
 
K
I
 
I
S
 
A
V
 
A
L
 
V
M
 
L
M
 
F
C
 
F
F
 
I
G
 
S
S
 
G
L
 
V
M
 
G
I
 
S
A
 
A
-
 
W
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
C
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
A
 
-
S
 
-
I
 
L
G
 
A
T
 
G
W
 
Y
A
 
V
P
 
P
A
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
I
L
 
Y
A
 
-
R
|
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
Y
 
S
G
 
M
T
 
L
T
 
S
A
 
P
T
 
M
Y
 
Y
M
 
I
S
 
A
E
|
E
V
 
L
A
 
A
L
 
P
R
 
A
G
 
H
Q
 
I
R
|
R
G
 
G
F
 
K
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
Y
x
Q
V
 
F
T
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
F
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
V
V
 
Y
L
 
C
V
 
V
V
 
N
V
 
Y
I
 
F
L
 
I
Q
 
A
Q
 
R
L
 
S
L
 
G
T
 
D
E
 
A
D
 
S
E
 
W
L
 
L
R
 
N
A
 
T
W
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
I
 
Y
P
 
M
F
 
F
V
 
A
V
 
S
G
 
E
A
 
C
I
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
F
L
 
L
M
 
M
L
 
L
R
 
L
R
 
Y
S
 
T
L
 
V
H
 
P
E
 
E
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4gc0A The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to 6-bromo-6-deoxy-d-glucose (see paper)
28% identity, 34% coverage: 72:215/429 of query aligns to 66:219/475 of 4gc0A

query
sites
4gc0A
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
A
I
 
L
F
 
G
G
 
G
R
 
Y
L
 
C
A
 
S
D
 
N
R
 
R
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
R
N
 
D
S
 
S
L
 
L
M
 
K
I
 
I
S
 
A
V
 
A
L
 
V
M
 
L
M
 
F
C
 
F
F
 
I
G
 
S
S
 
G
L
 
V
M
 
G
I
 
S
A
 
A
-
 
W
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
C
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
A
 
-
S
 
-
I
 
L
G
 
A
T
 
G
W
 
Y
A
 
V
P
 
P
A
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
I
L
 
Y
A
 
-
R
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
Y
 
S
G
 
M
T
 
L
T
 
S
A
 
P
T
 
M
Y
 
Y
M
 
I
S
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
A
L
 
P
R
 
A
G
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
F
 
K
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
Y
x
Q
V
 
F
T
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
F
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
V
V
 
Y
L
 
C
V
 
V
V
 
N
V
 
Y
I
 
F
L
 
I
Q
 
A
Q
 
R
L
 
S
L
 
G
T
 
D
E
 
A
D
 
S
E
 
W
L
 
L
R
 
N
A
 
T
W
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
I
 
Y
P
 
M
F
 
F
V
 
A
V
 
S
G
 
E
A
 
C
I
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
F
L
 
L
M
 
M
L
 
L
R
 
L
R
 
Y
S
 
T
L
 
V
H
 
P
E
 
E
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4gbzA The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to d-glucose (see paper)
28% identity, 34% coverage: 72:215/429 of query aligns to 66:219/475 of 4gbzA

query
sites
4gbzA
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
A
I
 
L
F
 
G
G
 
G
R
 
Y
L
 
C
A
 
S
D
 
N
R
 
R
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
R
N
 
D
S
 
S
L
 
L
M
 
K
I
 
I
S
 
A
V
 
A
L
 
V
M
 
L
M
 
F
C
 
F
F
 
I
G
 
S
S
 
G
L
 
V
M
 
G
I
 
S
A
 
A
-
 
W
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
C
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
A
 
-
S
 
-
I
 
L
G
 
A
T
 
G
W
 
Y
A
 
V
P
 
P
A
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
I
L
 
Y
A
 
-
R
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
Y
 
S
G
 
M
T
 
L
T
 
S
A
 
P
T
 
M
Y
 
Y
M
 
I
S
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
A
L
 
P
R
 
A
G
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
F
 
K
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
Y
x
Q
V
 
F
T
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
F
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
V
V
 
Y
L
 
C
V
 
V
V
 
N
V
 
Y
I
 
F
L
 
I
Q
 
A
Q
 
R
L
 
S
L
 
G
T
 
D
E
 
A
D
 
S
E
 
W
L
 
L
R
 
N
A
 
T
W
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
I
 
Y
P
 
M
F
 
F
V
 
A
V
 
S
G
 
E
A
 
C
I
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
F
L
 
L
M
 
M
L
 
L
R
 
L
R
 
Y
S
 
T
L
 
V
H
 
P
E
 
E
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4gbyA The structure of the mfs (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter xyle bound to d-xylose (see paper)
28% identity, 34% coverage: 72:215/429 of query aligns to 66:219/475 of 4gbyA

query
sites
4gbyA
I
 
I
G
 
G
G
 
G
W
 
A
I
 
L
F
 
G
G
 
G
R
 
Y
L
 
C
A
 
S
D
 
N
R
 
R
H
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
R
N
 
D
S
 
S
L
 
L
M
 
K
I
 
I
S
 
A
V
 
A
L
 
V
M
 
L
M
 
F
C
 
F
F
 
I
G
 
S
S
 
G
L
 
V
M
 
G
I
 
S
A
 
A
-
 
W
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
N
C
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
V
Y
 
Y
A
 
-
S
 
-
I
 
L
G
 
A
T
 
G
W
 
Y
A
 
V
P
 
P
A
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
I
L
 
Y
A
 
-
R
 
R
L
 
I
I
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
L
E
 
A
Y
 
S
G
 
M
T
 
L
T
 
S
A
 
P
T
 
M
Y
 
Y
M
 
I
S
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
A
L
 
P
R
 
A
G
 
H
Q
 
I
R
 
R
G
 
G
F
 
K
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
Y
x
Q
V
 
F
T
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
F
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
V
V
 
Y
L
 
C
V
 
V
V
 
N
V
 
Y
I
 
F
L
 
I
Q
 
A
Q
 
R
L
 
S
L
 
G
T
 
D
E
 
A
D
 
S
E
 
W
L
 
L
R
 
N
A
 
T
W
 
D
G
 
G
W
 
W
R
 
R
I
 
Y
P
 
M
F
 
F
V
 
A
V
 
S
G
 
E
A
 
C
I
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
F
L
 
L
M
 
M
L
 
L
R
 
L
R
 
Y
S
 
T
L
 
V
H
 
P
E
 
E
T
 
S

Sites not aligning to the query:

Q9Z2I6 Synaptic vesicle glycoprotein 2C; Synaptic vesicle protein 2C from Rattus norvegicus (Rat) (see 3 papers)
33% identity, 19% coverage: 72:153/429 of query aligns to 203:276/727 of Q9Z2I6

query
sites
Q9Z2I6
I
 
V
G
 
G
G
 
A
W
 
F
I
 
F
F
 
W
G
 
G
R
 
G
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
H
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
K
N
 
Q
S
 
S
L
 
L
M
 
L
I
 
I
S
 
C
V
 
M
L
 
S
M
 
V
M
 
N
C
 
G
F
 
F
G
 
F
S
 
A
L
 
F
M
 
L
I
 
S
A
 
S
C
 
F
L
 
V
P
 
Q
T
 
G
Y
 
Y
A
 
G
S
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
-
W
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
F
L
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
C
R
 
R
L
 
L
I
 
L
Q
 
S
G
 
G
L
 
F
S
 
G
V
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
A
Y
 
I
G
 
P
T
 
T
T
 
V
A
 
F
T
 
S
Y
 
Y
M
 
F
S
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
L
L
 
A
R
 
R
G
 
E
Q
 
K
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_1378 FitnessBrowser__Putida:PP_1378
MTSTYYTGEERSKRIFAIVGASSGNLVEWFDFYVYAFCAIYFAPAFFPSDDPTVQLLNTA
GVFAAGFLMRPIGGWIFGRLADRHGRKNSLMISVLMMCFGSLMIACLPTYASIGTWAPAL
LLLARLIQGLSVGGEYGTTATYMSEVALRGQRGFFASFQYVTLIGGQLLAVLVVVILQQL
LTEDELRAWGWRIPFVVGAIAALISLMLRRSLHETSSAEARNDKDAGSIGGLFRNHAAAF
ITVLGYTAGGSLIFYTFTTYMQKYLVNTAGMTAKNASYVMTGALFLFMVVQPFFGMLSDR
IGRRNSMLLFGGLGTLCTVPLLMALKTVTSPIMAFVLISLALCIVSFYTSISGLVKAEMF
PPQVRALGVGLAYAVANAAFGGSAEYVALGLKTLGMENTFYWYVTAMMAIAFLFSLRLPK
QAAYLHHDD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory