SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_1530 FitnessBrowser__Putida:PP_1530 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

3r5cA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with coa and succinate (see paper)
87% identity, 100% coverage: 1:343/344 of query aligns to 2:338/338 of 3r5cA

query
sites
3r5cA
M
 
M
S
 
S
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
S
 
T
Q
 
Q
N
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
E
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
S
E
 
E
L
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
A
G
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
A
 
T
F
 
F
S
 
T
N
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
H
 
Q
K
 
K
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
P
S
 
S
S
 
S
T
 
T
P
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
P
 
P
H
 
H
G
 
A
V
 
V
S
 
N
L
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
I
F
 
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
V
A
 
A
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
K
M
 
M
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
 
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
M
 
M
I
 
I
E
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
C
 
C
S
 
S
T
 
T
M
|
M
G
 
G
T
 
T
L
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
I
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
C
L
|
L
I
 
I
G
|
G
A
|
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
N
T
 
I
V
 
V
E
|
E
A
|
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
T
|
T
A
 
A
G
|
G
T
 
T
K
|
K
V
 
V
N
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
N
 
Q
N
 
N
E
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
L
 
L
L
|
L
F
 
F
R
|
R
R
|
R
N
|
N
S
|
S
L
 
Q
N
 
N
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
E
C
 
C
K
 
K
T
 
T
H
 
N
K
 
K
S
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
H
A
 
A
H
 
H

3r5bA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with l-2-aminopimelate (see paper)
87% identity, 95% coverage: 3:329/344 of query aligns to 1:321/321 of 3r5bA

query
sites
3r5bA
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
S
 
T
Q
 
Q
N
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
E
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
S
E
 
E
L
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
A
G
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
A
 
T
F
 
F
S
 
T
N
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
H
 
Q
K
 
K
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
P
S
 
S
S
 
S
T
 
T
P
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
P
 
P
H
 
H
G
 
A
V
 
V
S
 
N
L
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
I
F
|
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
V
A
 
A
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
|
F
P
 
P
K
 
K
M
 
M
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
V
R
|
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
 
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
|
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
M
 
M
I
 
I
E
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
A
|
A
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
C
 
C
S
 
S
T
 
T
M
 
M
G
|
G
T
 
T
L
|
L
S
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
C
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
N
T
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
V
 
V
N
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
-
N
 
-
N
 
N
E
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
L
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
R
R
 
R
N
 
N
S
 
S
L
 
Q
N
 
N
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
E
C
 
C
K
 
K
T
 
T

3r5aA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with d-2-aminopimelate (see paper)
87% identity, 95% coverage: 3:329/344 of query aligns to 1:321/321 of 3r5aA

query
sites
3r5aA
N
 
Q
T
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
S
 
T
Q
 
Q
N
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
E
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
L
 
L
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
S
E
 
E
L
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
A
G
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
A
 
T
F
 
F
S
 
T
N
 
S
A
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
H
 
Q
K
 
K
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
P
S
 
S
S
 
S
T
 
T
P
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
P
 
P
H
 
H
G
 
A
V
 
V
S
 
N
L
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
I
F
|
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
V
A
 
A
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
F
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
K
M
 
M
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
V
 
V
R
|
R
I
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
V
R
|
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
|
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
|
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
G
 
G
M
|
M
I
 
I
E
|
E
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
A
|
A
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
K
 
K
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
C
 
C
S
 
S
T
 
T
M
 
M
G
 
G
T
 
T
L
|
L
S
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
C
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
N
T
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
V
 
V
N
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
-
N
 
-
N
 
N
E
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
P
D
 
D
L
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
R
R
 
R
N
 
N
S
 
S
L
 
Q
N
 
N
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
E
C
 
C
K
 
K
T
 
T

5e3rA Crystal structure of dapd in complex with 2-aminopimelate from corynebacterium glutamicum (see paper)
56% identity, 69% coverage: 87:325/344 of query aligns to 47:270/277 of 5e3rA

query
sites
5e3rA
K
 
R
P
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
I
A
 
D
E
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
P
S
 
T
S
 
D
T
 
T
P
 
Y
E
 
D
A
 
A
Y
 
W
L
 
L
K
 
R
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
V
V
 
F
K
 
R
P
 
P
H
 
H
G
 
T
V
 
I
S
 
N
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
F
P
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
N
N
 
N
V
 
V
A
 
V
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
F
G
 
G
-
 
P
-
 
C
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
G
G
 
F
E
 
A
L
 
L
A
 
T
E
 
R
L
 
A
Q
 
R
L
 
L
E
 
S
A
 
R
R
 
R
L
 
G
K
 
Q
G
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
V
E
 
T
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
R
M
 
M
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
S
G
 
G
V
 
V
R
|
R
I
 
I
A
 
G
D
 
D
T
 
A
A
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
L
G
 
A
E
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
|
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
G
 
S
M
 
M
I
 
V
E
|
E
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
T
V
 
V
G
 
D
K
 
D
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
C
 
A
S
 
S
T
 
I
M
 
M
G
 
G
T
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
I
 
-
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
L
G
 
G
E
 
K
G
 
R
C
 
C
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
S
G
 
G
I
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
D
N
 
C
T
 
I
V
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
V
 
V
N
 
-
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
G
N
 
S
N
 
-
E
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
L
V
 
H
K
 
K
A
 
A
R
 
S
D
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
S
T
 
N
D
 
G
L
 
L
L
 
I
F
 
F
R
 
R
R
 
R
N
 
D
S
 
S
L
 
V
N
 
S
G
 
G
A
 
Q
V
 
V

5e3qA Crystal structure of dapd in complex with succinyl-coa from corynebacterium glutamicum (see paper)
56% identity, 69% coverage: 87:325/344 of query aligns to 47:270/278 of 5e3qA

query
sites
5e3qA
K
 
R
P
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
I
A
 
D
E
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
P
S
 
T
S
 
D
T
 
T
P
 
Y
E
 
D
A
 
A
Y
 
W
L
 
L
K
 
R
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
V
V
 
F
K
 
R
P
 
P
H
 
H
G
 
T
V
 
I
S
 
N
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
F
P
 
G
L
 
L
L
 
L
P
 
N
N
 
N
V
 
V
A
 
V
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
F
G
 
G
-
 
P
-
 
C
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
G
G
 
F
E
 
A
L
 
L
A
 
T
E
 
R
L
 
A
Q
 
R
L
 
L
E
 
S
A
 
R
R
 
R
L
 
G
K
 
Q
G
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
V
E
 
T
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
R
M
 
M
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
D
 
D
T
 
A
A
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
L
G
 
A
E
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
 
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
G
 
S
M
 
M
I
 
V
E
|
E
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
T
V
 
V
G
 
D
K
 
D
G
 
G
S
 
T
D
 
D
L
 
V
G
|
G
G
|
G
G
 
G
C
 
A
S
 
S
T
 
I
M
 
M
G
 
G
T
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
I
 
-
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
L
G
 
G
E
 
K
G
 
R
C
 
C
L
|
L
I
 
L
G
|
G
A
|
A
N
 
N
A
 
S
G
 
G
I
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
D
N
 
C
T
 
I
V
 
I
E
|
E
A
|
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
V
 
V
N
 
-
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
G
N
 
S
N
 
-
E
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
L
V
 
H
K
 
K
A
 
A
R
 
S
D
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
S
T
 
N
D
 
G
L
 
L
L
 
I
F
 
F
R
|
R
R
|
R
N
x
D
S
|
S
L
 
V
N
 
S
G
 
G
A
 
Q
V
 
V

P9WP21 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase; Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase; THDP succinyltransferase; THP succinyltransferase; Tetrahydropicolinate succinylase; EC 2.3.1.117 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
53% identity, 81% coverage: 67:343/344 of query aligns to 43:317/317 of P9WP21

query
sites
P9WP21
A
 
A
L
 
V
K
 
S
G
 
D
V
 
V
D
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
T
 
G
R
 
R
L
 
D
A
 
D
E
 
D
S
 
R
H
 
R
K
 
T
P
 
E
L
 
T
V
 
I
A
 
A
-
 
V
-
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
S
D
 
L
A
 
D
A
 
D
L
 
V
S
 
A
S
 
A
T
 
D
P
 
P
-
 
Y
E
 
D
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
A
P
 
P
H
 
H
G
 
G
V
 
L
S
 
N
L
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
L
F
 
F
P
 
G
L
 
V
L
 
L
P
 
T
N
 
N
V
 
V
A
 
V
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
H
G
 
G
A
 
P
V
 
C
D
 
A
L
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
F
A
 
E
E
 
A
L
 
V
Q
 
R
L
 
A
E
 
R
A
 
L
R
 
R
L
 
R
K
 
R
G
 
G
E
 
P
L
 
V
L
 
-
E
 
T
V
 
V
F
 
Y
S
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
R
M
 
M
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
A
A
x
D
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
H
I
 
L
G
 
A
E
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
 
M
H
 
H
E
|
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
G
 
S
M
 
M
I
 
V
E
|
E
G
 
G
R
|
R
V
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
D
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
|
G
G
 
G
C
 
A
S
|
S
T
 
I
M
 
M
G
|
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
T
I
 
H
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
K
G
 
R
C
 
C
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
|
A
N
 
N
A
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
D
N
 
C
T
 
V
V
 
V
E
|
E
A
|
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
V
T
 
T
A
 
A
G
|
G
T
 
T
K
 
R
V
 
V
N
 
T
L
 
M
L
 
P
D
 
D
E
 
S
N
 
N
N
 
S
E
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
V
K
|
K
A
 
A
R
 
R
D
 
E
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Q
 
S
T
 
S
D
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
R
|
R
R
|
R
N
|
N
S
|
S
L
 
V
N
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
E
C
 
V
K
 
L
T
 
A
H
 
R
K
 
D
-
 
G
S
 
Q
A
 
G
I
 
I
E
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
D
L
 
L
H
 
H
A
 
A
H
 
N

3fsyD Structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase (rv1201c;dapd) in complex with succinyl-coa from mycobacterium tuberculosis (see paper)
54% identity, 76% coverage: 67:326/344 of query aligns to 41:297/308 of 3fsyD

query
sites
3fsyD
A
 
A
L
 
V
K
 
S
G
 
D
V
 
V
D
 
P
A
 
V
A
 
E
Q
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
T
 
G
R
 
R
L
 
D
A
 
D
E
 
D
S
 
R
H
 
R
K
 
T
P
 
E
L
 
T
V
 
I
A
 
A
-
 
V
-
 
R
T
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
S
D
 
L
A
 
D
A
 
D
L
 
V
S
 
A
S
 
A
T
 
D
P
 
P
-
 
Y
E
 
D
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
L
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
A
P
 
P
H
 
H
G
 
G
V
 
L
S
 
N
L
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
L
F
 
F
P
 
G
L
 
V
L
 
L
P
 
T
N
 
N
V
 
V
A
 
V
W
 
W
T
 
T
N
 
N
Q
 
H
G
 
G
A
 
P
V
 
C
D
 
A
L
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
F
A
 
E
E
 
A
L
 
V
Q
 
R
L
 
A
E
 
R
A
 
L
R
 
R
L
 
R
K
 
R
G
 
G
E
 
P
L
 
V
L
 
-
E
 
T
V
 
V
F
 
Y
S
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
K
 
R
M
 
M
T
 
V
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
A
A
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
H
I
 
L
G
 
A
E
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
V
M
 
M
H
 
H
E
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
V
N
 
N
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
G
 
S
M
 
M
I
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
D
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
C
 
A
S
 
S
T
 
I
M
 
M
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
T
I
 
H
V
 
V
I
 
I
K
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
K
G
 
R
C
 
C
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
D
N
 
C
T
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
I
 
V
T
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
R
V
 
V
N
 
T
L
 
M
L
x
P
D
 
D
E
 
S
N
 
N
N
 
S
E
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
R
D
 
E
L
 
L
A
 
S
G
 
G
Q
 
S
T
 
S
D
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
R
 
R
R
 
R
N
 
N
S
 
S
L
 
V
N
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_1530 FitnessBrowser__Putida:PP_1530
MSNTLFSLAFGVGSQNRQGAWLEVFYAQPLLNPSAELVAAVAPVLGYEGGNQAIAFSNAQ
AAQLAEALKGVDAAQAALLTRLAESHKPLVATLLAEDAALSSTPEAYLKLHLLSHRLVKP
HGVSLAGIFPLLPNVAWTNQGAVDLGELAELQLEARLKGELLEVFSVDKFPKMTDYVVPA
GVRIADTARVRLGAYIGEGTTIMHEGFVNFNAGTEGPGMIEGRVSAGVFVGKGSDLGGGC
STMGTLSGGGNIVIKVGEGCLIGANAGIGIPLGDRNTVEAGLYITAGTKVNLLDENNELV
KVVKARDLAGQTDLLFRRNSLNGAVECKTHKSAIELNEALHAHN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory