SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_1649 FitnessBrowser__Putida:PP_1649 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5z20F The ternary structure of d-lactate dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa with nadh and oxamate (see paper)
77% identity, 96% coverage: 14:340/342 of query aligns to 8:334/336 of 5z20F

query
sites
5z20F
M
 
M
R
 
R
A
 
I
L
 
L
L
 
F
F
 
F
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
H
 
A
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
S
F
 
F
T
 
Q
K
 
A
A
 
S
A
 
N
G
 
H
G
 
R
T
 
H
A
 
G
L
 
F
E
 
E
L
 
L
H
 
H
F
 
F
Q
 
Q
P
 
Q
A
 
A
R
 
H
L
 
L
T
 
Q
L
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
A
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
V
C
 
C
A
 
A
F
 
F
I
 
V
N
 
N
D
 
D
E
 
D
L
 
L
D
 
S
A
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
I
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
H
 
H
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
R
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
P
V
 
V
V
 
V
R
 
H
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
H
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
I
L
 
L
A
 
T
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
R
L
 
L
H
 
H
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
R
E
 
E
G
 
G
D
 
D
F
 
F
T
 
S
L
 
L
H
 
H
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
L
 
L
H
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
|
Q
I
|
I
G
 
G
V
 
E
A
 
T
F
 
F
A
 
A
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
C
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
P
 
P
E
 
R
L
 
I
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
P
 
A
L
 
L
P
 
D
E
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
S
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
E
 
A
H
 
D
T
|
T
R
 
R
H
 
H
L
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
T
L
 
M
Q
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
M
 
M
L
 
L
I
 
I
N
 
N
T
|
T
G
|
G
R
|
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
N
T
 
A
P
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
E
E
|
E
A
 
A
Q
 
D
L
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
R
 
R
S
 
S
D
 
D
L
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
S
F
 
F
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
A
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
D
T
 
T
T
 
T
L
 
L
D
 
D
N
 
N
I
 
I
N
 
A
R
 
A
W
 
W
A
 
Q
A
 
D
G
 
G
N
 
T
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
L
 
R
V
 
V

4cukA Structure of salmonella d-lactate dehydrogenase in complex with nadh
53% identity, 94% coverage: 14:334/342 of query aligns to 1:321/330 of 4cukA

query
sites
4cukA
M
 
M
R
 
K
A
 
L
L
 
A
L
 
V
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
Q
 
K
H
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
K
E
 
K
S
 
Y
F
 
L
T
 
Q
K
 
Q
A
 
V
A
 
N
G
 
E
G
 
A
T
 
F
A
 
G
L
 
F
E
 
E
L
 
L
H
 
E
F
 
F
Q
 
F
P
 
D
A
 
F
R
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
E
D
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
K
L
 
T
A
 
A
D
 
N
G
 
G
F
 
C
E
 
E
V
 
A
V
 
V
C
 
C
A
 
I
F
 
F
I
 
V
N
 
N
D
 
D
E
 
D
L
 
G
D
 
S
A
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
R
 
E
L
 
L
A
 
K
A
 
K
A
 
H
G
 
G
T
 
V
R
 
K
L
 
Y
I
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
C
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
H
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
I
A
 
G
L
 
M
I
 
M
L
 
M
A
 
T
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
R
L
 
I
H
 
H
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
N
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
E
 
D
G
 
A
D
 
N
F
 
F
T
 
S
L
 
L
H
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
T
L
 
M
H
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
A
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
K
I
|
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
F
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
L
A
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
M
Q
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
x
F
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
P
 
T
E
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
E
Y
 
Y
L
 
V
P
 
D
L
 
L
P
 
Q
E
 
T
L
 
L
L
 
F
R
 
A
E
 
E
A
 
S
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
E
 
P
H
 
E
T
x
N
R
 
Y
H
 
H
L
 
L
I
 
L
N
 
N
A
 
H
Q
 
A
S
 
A
L
 
F
A
 
D
Q
 
Q
L
 
M
Q
 
K
P
 
N
G
 
G
A
 
V
M
 
M
L
 
I
I
 
I
N
 
N
T
|
T
G
 
S
R
|
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
S
P
 
Q
A
 
A
L
 
A
I
 
I
D
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
N
G
 
Q
Q
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
|
Y
E
 
E
E
 
N
E
|
E
A
 
R
Q
 
D
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
R
 
K
S
 
S
D
 
V
L
 
D
P
 
V
L
 
I
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
V
 
V
L
 
F
A
 
R
R
 
R
L
 
L
L
 
S
T
 
A
F
 
C
P
 
H
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
F
T
 
T
A
 
G
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
R
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
I
A
 
S
I
 
I
A
 
S
A
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
L
D
 
Q
N
 
N
I
 
L
N
 
S
R
 
Q
W
 
L
A
 
E
A
 
K
G
 
G

5z21B The ternary structure of d-lactate dehydrogenase from fusobacterium nucleatum with nadh and oxamate (see paper)
46% identity, 94% coverage: 15:336/342 of query aligns to 3:324/331 of 5z21B

query
sites
5z21B
R
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
F
F
 
F
S
 
D
S
 
I
Q
 
K
H
 
D
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
K
E
 
E
S
 
F
F
 
F
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
A
 
G
G
 
A
G
 
D
T
 
Y
A
 
N
L
 
F
E
 
E
L
 
M
H
 
T
F
 
F
Q
 
L
P
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
L
T
 
T
L
 
E
D
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
N
L
 
L
A
 
T
D
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
V
 
V
C
 
C
A
 
G
F
 
F
I
 
A
N
 
N
D
 
D
E
 
N
L
 
I
D
 
N
A
 
K
P
 
E
V
 
T
L
 
I
Q
 
D
R
 
I
L
 
M
A
 
A
A
 
E
A
 
N
G
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
A
L
 
M
R
 
R
S
 
C
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
H
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
V
Q
 
N
R
 
E
L
 
-
G
 
R
L
 
F
A
 
K
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
H
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
Y
A
 
T
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
I
L
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
N
R
 
R
R
 
K
L
 
I
H
 
N
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
N
 
V
R
 
R
T
 
T
R
 
R
E
 
E
G
 
G
D
 
N
F
 
F
T
 
S
L
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
M
G
 
G
F
 
I
D
 
D
L
 
L
H
 
Y
G
 
E
K
 
K
T
 
T
V
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
K
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
I
F
 
L
A
 
I
R
 
K
I
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
D
C
 
M
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
x
L
Y
 
F
P
 
P
N
 
N
P
 
Q
E
 
K
L
 
V
L
 
A
-
 
D
A
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
F
R
 
E
Y
 
Y
L
 
V
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
Y
R
 
A
E
 
N
A
 
S
R
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
N
C
 
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
E
 
K
H
 
D
T
|
T
R
 
K
H
 
Y
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
R
Q
 
R
S
 
S
L
 
M
A
 
L
Q
 
K
L
 
M
Q
 
K
P
 
D
G
 
G
A
 
V
M
 
I
L
 
L
I
 
V
N
 
N
T
|
T
G
|
G
R
|
R
G
 
G
A
 
M
L
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
S
P
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
D
G
 
K
Q
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
L
 
V
G
 
A
L
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
E
E
|
E
A
 
E
Q
 
N
L
 
Y
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
R
 
K
S
 
S
D
 
T
L
 
Q
P
 
V
L
 
I
Q
 
E
D
 
D
D
 
D
V
 
I
L
 
L
A
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
S
F
 
F
P
 
Y
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
I
T
 
T
A
 
S
H
|
H
Q
 
Q
A
 
A
F
x
Y
L
 
F
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
T
A
 
V
T
 
T
T
 
T
L
 
L
D
 
N
N
 
N
I
 
I
N
 
K
R
 
D
W
 
F
A
 
V
A
 
E
G
 
G
N
 
R
P
 
P

4zgsA Identification of the pyruvate reductase of chlamydomonas reinhardtii (see paper)
47% identity, 96% coverage: 10:336/342 of query aligns to 7:339/346 of 4zgsA

query
sites
4zgsA
R
 
K
S
 
V
S
 
A
T
 
T
M
 
T
R
 
R
A
 
C
L
 
I
L
 
C
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
Q
 
T
H
 
Q
Y
 
Y
D
 
V
Q
 
K
E
 
D
S
 
F
F
 
L
T
 
A
K
 
G
A
 
P
A
 
M
G
 
Q
G
 
K
T
 
V
A
 
F
L
 
T
E
 
D
L
 
T
H
 
Y
F
 
F
Q
 
V
P
 
E
A
 
P
R
 
P
L
 
L
T
 
D
L
 
K
D
 
D
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
V
 
A
C
 
V
A
 
L
F
 
F
I
 
V
N
 
N
D
 
D
E
 
R
L
 
A
D
 
D
A
 
A
P
 
S
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
C
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
N
 
D
H
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
H
A
 
A
A
 
C
Q
 
A
R
 
E
L
 
H
G
 
G
L
 
V
A
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
T
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
E
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
F
A
 
A
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
H
L
 
L
H
 
T
R
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
I
R
 
R
T
 
V
R
 
R
E
 
M
G
 
G
D
 
N
F
 
Y
T
 
S
L
 
L
H
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
V
D
 
E
L
 
M
H
 
R
G
 
H
K
 
K
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
A
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
Q
F
 
A
A
 
A
R
 
R
I
 
I
M
 
L
A
 
K
G
 
G
F
 
I
G
 
G
C
 
C
Q
 
K
L
 
V
L
 
F
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
K
P
 
P
N
 
N
P
 
P
E
 
A
L
 
V
L
 
E
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
I
R
 
P
Y
 
Y
L
 
V
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
A
E
 
M
A
 
S
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
 
T
L
 
L
H
 
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
x
L
E
 
P
H
x
S
T
|
T
R
 
R
H
 
Q
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
K
Q
 
E
S
 
S
L
 
I
A
 
Q
Q
 
K
L
 
M
Q
 
K
P
 
K
G
 
G
A
 
V
M
 
M
L
 
L
I
 
I
N
 
N
T
 
V
G
x
S
R
|
R
G
 
G
A
 
G
L
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
N
E
|
E
A
 
G
Q
 
G
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
V
D
 
D
R
 
H
S
 
T
D
 
K
-
 
F
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
R
L
 
M
P
 
Q
L
 
K
Q
 
W
D
 
D
D
 
R
V
 
Q
L
 
F
A
 
R
R
 
T
L
 
L
L
 
L
T
 
S
F
 
Y
P
 
P
N
 
Q
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
|
F
L
 
L
T
 
T
R
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
N
A
 
N
I
 
I
A
 
C
A
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
I
D
 
Q
N
 
N
I
 
I
N
 
A
R
 
D
W
 
Y
A
 
V
A
 
L
G
 
D
N
 
R
P
 
P

8grvA Dictyostelium discoideum lactate dehydrogenase (dicldha)with NAD
41% identity, 92% coverage: 14:327/342 of query aligns to 3:317/336 of 8grvA

query
sites
8grvA
M
 
M
R
 
K
A
 
I
L
 
T
L
 
L
F
 
F
S
 
S
S
 
S
Q
 
K
H
 
P
Y
 
Y
D
 
W
Q
 
V
E
 
K
S
 
W
F
 
F
T
 
N
K
 
E
A
 
L
A
 
-
G
 
N
G
 
K
T
 
F
A
 
S
L
 
Y
E
 
E
L
 
I
H
 
N
F
 
Y
Q
 
V
P
 
T
A
 
S
R
 
A
L
 
C
T
 
D
L
 
I
D
 
K
T
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
E
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
S
E
 
E
V
 
A
V
 
V
C
 
C
A
 
C
F
 
F
I
 
V
N
 
N
D
 
D
E
 
D
L
 
L
D
 
S
A
 
K
P
 
E
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
R
 
T
L
 
L
A
 
H
A
 
S
A
 
N
G
 
G
T
 
T
R
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
L
L
 
M
R
 
R
S
 
C
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
H
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
D
A
 
T
A
 
A
Q
 
N
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
H
 
N
A
 
A
V
|
V
A
 
S
E
 
E
H
 
Y
A
 
A
V
 
L
A
 
S
L
 
L
I
 
I
L
 
M
A
 
A
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
K
L
 
T
H
 
H
R
 
K
A
 
A
Y
 
H
N
 
D
R
 
R
T
 
V
R
 
R
E
 
D
G
 
A
D
 
N
F
 
F
T
 
E
L
 
I
H
 
N
G
 
G
L
 
M
T
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
N
L
 
M
H
 
V
G
 
S
K
 
K
T
 
V
V
 
Y
G
 
G
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
N
I
|
I
G
 
G
V
 
E
A
 
Q
F
 
L
A
 
C
R
 
R
I
 
V
M
 
L
A
 
K
-
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
x
I
Y
x
I
P
 
E
N
 
N
P
 
K
E
 
A
L
 
V
L
 
T
A
 
D
L
 
I
G
 
G
A
 
I
R
 
E
Y
 
Y
L
 
V
P
 
K
-
 
T
L
 
L
P
 
D
E
 
E
L
 
I
L
 
W
R
 
K
E
 
Q
A
 
C
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
N
E
 
S
H
 
Q
T
|
T
R
 
K
H
 
Y
L
 
M
I
 
V
N
 
N
A
 
S
Q
 
E
S
 
S
L
 
I
A
 
E
Q
 
K
L
 
M
Q
 
R
P
 
D
G
 
G
A
 
V
M
 
M
L
 
I
I
 
I
N
 
N
T
x
V
G
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
N
T
 
A
P
 
S
A
 
D
L
 
A
I
 
I
D
 
V
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
S
Y
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
M
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
N
E
 
E
A
 
T
Q
 
D
L
 
Y
F
 
F
F
 
Y
E
 
Q
D
 
D
R
 
H
S
 
N
D
 
G
L
 
S
P
 
I
L
 
I
Q
 
K
D
 
D
D
 
D
V
 
N
L
 
L
A
 
S
R
 
L
L
 
L
L
 
I
T
 
S
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
M
I
 
I
T
 
T
A
 
S
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
x
W
L
 
Y
T
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
I
D
 
S
A
 
C
I
 
I
A
 
C
A
 
G
T
 
T
T
 
S
L
 
L
D
 
Q
N
 
N

2dldA D-lactate dehydrogenase complexed with nadh and oxamate
37% identity, 85% coverage: 38:327/342 of query aligns to 27:316/337 of 2dldA

query
sites
2dldA
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
D
F
 
Y
Q
 
T
P
 
D
A
 
K
R
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
P
D
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
G
V
 
V
C
 
V
A
 
V
F
 
Y
I
 
Q
N
 
Q
D
 
L
E
 
D
L
 
Y
D
 
T
A
 
A
P
 
D
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
T
L
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
S
 
N
A
 
V
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
D
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
A
A
 
I
L
 
Q
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
V
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
D
H
 
K
R
 
R
A
 
M
Y
 
D
N
 
E
R
 
K
T
 
M
R
 
A
E
 
K
G
 
R
D
 
D
F
 
L
T
 
R
L
 
W
H
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
D
 
E
L
 
V
H
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
|
T
G
|
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
F
A
 
M
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
x
I
Y
 
F
P
 
K
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
E
A
 
K
L
 
K
G
 
G
A
 
Y
R
 
Y
Y
 
V
L
 
D
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
Y
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
E
 
P
H
 
A
T
x
N
R
 
V
H
 
H
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
D
Q
 
K
S
 
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
L
 
M
Q
 
K
P
 
D
G
 
G
A
 
V
M
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
x
C
G
x
S
R
|
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
D
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
F
Y
 
G
L
 
F
G
 
V
L
 
M
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
E
 
D
E
|
E
A
 
V
Q
 
G
L
 
V
F
 
F
F
 
N
E
 
K
D
 
D
R
 
W
S
 
E
D
 
G
L
 
K
P
 
E
L
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
K
V
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
D
F
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
R
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
V
A
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
D
 
N
N
 
N

Sites not aligning to the query:

P30901 D-lactate dehydrogenase; D-LDH; D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase; EC 1.1.1.28 from Lactobacillus helveticus (Lactobacillus suntoryeus) (see paper)
37% identity, 85% coverage: 38:327/342 of query aligns to 27:316/337 of P30901

query
sites
P30901
L
 
I
E
 
D
L
 
V
H
 
D
F
 
Y
Q
 
T
P
 
D
A
 
K
R
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
P
D
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
G
V
 
V
C
 
V
A
 
V
F
 
Y
I
 
Q
N
 
Q
D
 
L
E
 
D
L
 
Y
D
 
T
A
 
A
P
 
D
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
T
L
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
S
 
N
A
 
V
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
D
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
H
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
A
A
 
I
L
 
Q
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
V
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
D
H
 
K
R
 
R
A
 
M
Y
 
D
N
 
E
R
 
K
T
 
M
R
 
A
E
 
K
G
 
R
D
 
D
F
 
L
T
 
R
L
 
W
H
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
D
 
E
L
 
V
H
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
Q
 
H
I
 
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
F
A
 
M
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
F
P
 
K
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
E
A
 
K
L
 
K
G
 
G
A
 
Y
R
 
Y
Y
 
V
L
 
D
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
Y
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
E
 
P
H
 
A
T
x
N
R
 
V
H
 
H
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
D
Q
 
K
S
 
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
L
 
M
Q
 
K
P
 
D
G
 
G
A
 
V
M
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
 
C
G
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
D
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
F
Y
 
G
L
 
F
G
 
V
L
 
M
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
E
 
D
E
 
E
A
 
V
Q
 
G
L
 
V
F
 
F
F
 
N
E
 
K
D
 
D
R
 
W
S
 
E
D
 
G
L
 
K
P
 
E
L
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
K
V
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
D
F
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
 
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
R
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
V
A
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
D
 
N
N
 
N

Sites not aligning to the query:

P26297 D-lactate dehydrogenase; D-LDH; D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase; EC 1.1.1.28 from Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / BCRC 10696 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778 / NCTC 12712 / WDCM 00102 / Lb 14) (see 2 papers)
37% identity, 85% coverage: 38:327/342 of query aligns to 27:316/333 of P26297

query
sites
P26297
L
 
V
E
 
E
L
 
V
H
 
E
F
 
Y
Q
 
T
P
 
D
A
 
K
R
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
P
D
 
E
T
 
T
A
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
G
V
 
V
C
 
V
A
 
V
F
 
Y
I
 
Q
N
 
Q
D
 
L
E
 
D
L
 
Y
D
 
T
A
 
A
P
 
E
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
N
G
 
G
T
 
I
R
 
T
L
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
S
 
N
A
 
V
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
H
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
A
A
 
I
L
 
Q
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
D
H
 
K
R
 
A
A
 
M
Y
 
D
N
 
E
R
 
K
T
 
V
R
 
A
E
 
R
G
 
H
D
 
D
F
 
L
T
 
R
L
 
W
H
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
D
 
E
L
 
V
H
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
F
A
 
M
R
 
Q
I
 
I
M
 
M
A
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
F
P
 
R
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
E
A
 
K
L
 
K
G
 
G
A
 
Y
R
 
Y
Y
 
V
L
 
D
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
Y
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
E
 
P
H
 
A
T
x
N
R
 
V
H
 
H
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
L
 
M
Q
 
K
P
 
Q
G
 
D
A
 
V
M
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
 
V
G
 
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
D
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
F
Y
 
G
L
 
Y
G
 
A
L
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
G
E
|
E
A
 
V
Q
 
G
L
 
I
F
 
F
F
 
N
E
 
E
D
 
D
R
 
W
S
 
E
D
 
G
L
 
K
P
 
E
L
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
A
V
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
A
F
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
R
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
V
A
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
D
 
D
N
 
N

1j49A Insights into domain closure, substrate specificity and catalysis of d-lactate dehydrogenase from lactobacillus bulgaricus (see paper)
37% identity, 85% coverage: 38:327/342 of query aligns to 27:316/332 of 1j49A

query
sites
1j49A
L
 
V
E
 
E
L
 
V
H
 
E
F
 
Y
Q
 
T
P
 
D
A
 
K
R
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
P
D
 
E
T
 
T
A
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
G
V
 
V
C
 
V
A
 
V
F
 
Y
I
 
Q
N
 
Q
D
 
L
E
 
D
L
 
Y
D
 
I
A
 
A
P
 
E
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
N
G
 
G
T
 
I
R
 
T
L
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
S
 
N
A
 
V
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
A
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
N
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
V
 
A
A
 
I
L
 
Q
I
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
I
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
L
 
D
H
 
K
R
 
A
A
 
M
Y
 
D
N
 
E
R
 
K
T
 
V
R
 
A
E
 
R
G
 
H
D
 
D
F
 
L
T
 
R
L
 
W
H
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
D
 
E
L
 
V
H
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
V
G
|
G
T
 
T
G
|
G
Q
 
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
F
A
 
M
R
 
Q
I
 
I
M
 
M
A
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
T
Y
|
Y
D
|
D
P
x
I
Y
 
F
P
 
R
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
E
A
 
K
L
 
K
G
 
G
A
 
Y
R
 
Y
Y
 
V
L
 
D
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
Y
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
E
 
P
H
 
A
T
x
N
R
 
V
H
 
H
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
L
 
I
A
 
A
Q
 
K
L
 
M
Q
 
K
P
 
Q
G
 
D
A
 
V
M
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
x
V
G
x
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
D
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
I
G
 
F
Y
 
G
L
 
Y
G
 
A
L
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
E
 
G
E
|
E
A
 
V
Q
 
G
L
 
I
F
 
F
F
 
N
E
 
E
D
 
D
R
 
W
S
 
E
D
 
G
L
 
K
P
 
E
L
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
A
V
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
D
L
 
L
L
 
I
T
 
A
F
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
|
A
F
|
F
L
 
Y
T
 
T
R
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
V
A
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
D
 
D
N
 
N

3kb6B Crystal structure of d-lactate dehydrogenase from aquifex aeolicus complexed with NAD and lactic acid (see paper)
36% identity, 83% coverage: 59:342/342 of query aligns to 44:332/334 of 3kb6B

query
sites
3kb6B
E
 
E
V
 
L
V
 
I
C
 
S
A
 
V
F
|
F
I
 
V
N
 
Y
D
 
D
E
 
K
L
 
L
D
 
T
A
 
E
P
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
S
R
 
K
L
 
M
A
 
P
A
 
R
A
 
L
G
 
-
T
 
-
R
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
H
L
 
T
R
 
R
S
|
S
A
x
V
G
|
G
Y
 
F
N
 
D
H
 
H
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
D
A
 
Y
A
 
C
Q
 
K
R
 
K
L
 
K
G
 
G
L
 
I
A
 
L
V
 
V
V
 
T
R
 
H
V
 
I
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
E
A
 
S
V
|
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
T
V
 
F
A
 
A
L
 
M
I
 
I
L
 
L
A
 
T
L
 
L
N
 
V
R
 
K
R
 
R
L
 
L
H
 
K
R
 
R
A
 
I
Y
 
E
N
 
D
R
 
R
T
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
L
D
 
N
F
 
F
T
 
S
L
 
Q
H
 
D
G
 
S
-
 
E
L
 
I
T
 
L
G
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
L
H
 
N
G
 
R
K
 
L
T
 
T
V
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
R
I
|
I
G
 
G
V
 
S
A
 
R
F
 
V
A
 
A
R
 
M
I
 
Y
M
 
G
A
 
L
G
 
A
F
 
F
G
 
G
C
 
M
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
C
Y
 
Y
D
|
D
P
x
V
Y
 
V
P
 
K
N
 
R
P
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
E
L
 
K
G
 
G
A
 
C
R
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
S
L
 
L
P
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
S
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
 
V
P
|
P
L
 
Y
T
 
T
E
 
K
H
 
E
T
 
T
R
 
H
H
 
H
L
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
E
Q
 
E
S
 
R
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
L
 
M
Q
 
K
P
 
D
G
 
G
A
 
V
M
 
Y
L
 
L
I
 
I
N
 
N
T
|
T
G
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
K
L
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
Y
D
 
R
A
 
A
L
 
Y
K
 
Q
S
 
R
G
 
G
Q
 
K
L
 
F
G
 
S
Y
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
E
 
D
E
|
E
A
 
E
Q
 
I
L
 
L
F
 
I
F
 
L
E
 
K
D
 
K
R
 
Y
S
 
T
D
 
E
L
 
G
P
 
K
L
 
A
Q
 
T
D
 
D
D
 
K
V
 
N
L
 
L
A
 
K
-
 
I
-
 
L
R
 
E
L
 
L
L
 
A
T
 
C
F
 
K
P
 
D
N
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
|
A
F
x
Y
L
 
Y
T
 
T
R
 
D
E
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
R
I
 
I
A
 
R
A
 
E
T
 
E
T
 
T
L
 
V
D
 
K
N
 
V
I
 
V
N
 
K
R
 
A
W
 
F
A
 
V
A
 
K
G
 
G
N
 
D
P
 
L
Q
 
E
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
G
N
 
N
L
 
F
V
 
V
M
 
V
G
 
G

P17584 D-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase; D-HICDH; EC 1.1.1.- from Lacticaseibacillus paracasei (Lactobacillus paracasei) (see paper)
32% identity, 89% coverage: 14:317/342 of query aligns to 1:304/333 of P17584

query
sites
P17584
M
 
M
R
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
A
F
 
Y
S
 
G
S
 
A
Q
 
R
H
 
V
Y
 
D
D
 
E
Q
 
I
E
 
Q
S
 
Y
F
 
F
T
 
K
K
 
Q
A
 
W
A
 
A
G
 
K
G
 
D
T
 
T
A
 
G
L
 
N
E
 
T
L
 
L
H
 
E
F
 
Y
Q
 
H
P
 
T
A
 
E
R
 
F
L
 
L
T
 
D
L
 
E
D
 
N
T
 
T
A
 
V
A
 
E
L
 
W
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
G
V
 
I
C
 
N
A
 
S
F
 
L
I
 
Q
N
 
T
D
 
T
E
 
P
L
 
Y
D
 
A
A
 
A
P
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
E
R
 
K
L
 
M
A
 
H
A
 
A
A
 
Y
G
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
F
I
 
L
A
 
T
L
 
I
R
 
R
S
 
N
A
 
V
G
 
G
Y
 
T
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
T
A
 
A
A
 
M
Q
 
K
R
 
Q
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
R
V
 
L
V
 
S
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
H
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
T
L
 
D
I
 
T
L
 
L
A
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
N
L
 
M
H
 
G
R
 
K
A
 
V
Y
 
Q
N
 
A
R
 
Q
T
 
L
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
T
 
E
L
 
K
H
 
A
G
 
G
-
 
T
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
K
D
 
E
L
 
L
H
 
G
G
 
Q
K
 
Q
T
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
M
G
 
G
T
 
T
G
 
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
A
A
 
I
R
 
K
I
 
L
M
 
F
A
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
-
 
M
-
 
K
-
 
G
-
 
D
N
 
H
P
 
P
E
 
D
L
 
F
L
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
D
Y
 
Y
L
 
V
P
 
S
L
 
L
P
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
R
 
K
E
 
Q
A
 
S
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
 
P
L
 
G
T
 
I
E
 
E
H
 
Q
T
x
N
R
 
T
H
 
H
L
 
I
I
 
I
N
 
N
A
 
E
Q
 
A
S
 
A
L
 
F
A
 
N
Q
 
L
L
 
M
Q
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
M
 
I
L
 
V
I
 
I
N
 
N
T
|
T
G
x
A
R
|
R
G
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
Q
A
 
A
L
 
M
I
 
L
D
 
S
A
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
G
 
A
Y
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
I
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
E
 
Y
E
 
E
A
 
T
Q
 
E
L
 
D
F
 
L
F
 
L
E
 
N
D
 
L
R
 
A
S
 
K
D
 
H
L
 
G
P
 
S
L
 
F
Q
 
K
D
 
D
D
 
P
V
 
L
L
 
W
A
 
D
R
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
G
F
 
M
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
L
T
 
S
A
 
P
H
 
H
Q
 
I
A
 
A
F
 
Y
L
 
Y
T
 
T
R
 
E
E
 
T
A
 
A
L
 
V

1dxyA Structure of d-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase (see paper)
32% identity, 89% coverage: 14:317/342 of query aligns to 1:304/330 of 1dxyA

query
sites
1dxyA
M
 
M
R
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
A
F
 
Y
S
 
G
S
 
A
Q
 
R
H
 
V
Y
 
D
D
 
E
Q
 
I
E
 
Q
S
 
Y
F
 
F
T
 
K
K
 
Q
A
 
W
A
 
A
G
 
K
G
 
D
T
 
T
A
 
G
L
 
N
E
 
T
L
 
L
H
 
E
F
 
Y
Q
 
H
P
 
T
A
 
E
R
 
F
L
 
L
T
 
D
L
 
E
D
 
N
T
 
T
A
 
V
A
 
E
L
 
W
A
 
A
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
G
V
 
I
C
 
N
A
 
S
F
 
L
I
 
Q
N
 
T
D
 
T
E
 
P
L
 
Y
D
 
A
A
 
A
P
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
E
R
 
K
L
 
M
A
 
H
A
 
A
A
 
Y
G
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
F
I
 
L
A
 
T
L
 
I
R
 
R
S
 
N
A
x
V
G
 
G
Y
 
T
N
 
D
H
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
T
A
 
A
A
 
M
Q
 
K
R
 
Q
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
R
V
 
L
V
 
S
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
F
A
 
A
V
 
L
A
 
T
L
 
D
I
 
T
L
 
L
A
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
N
L
 
M
H
 
G
R
 
K
A
 
V
Y
 
Q
N
 
A
R
 
Q
T
 
L
R
 
Q
E
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
T
 
E
L
 
K
H
 
A
G
 
G
-
 
T
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
K
D
 
E
L
 
L
H
 
G
G
 
Q
K
 
Q
T
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
M
G
|
G
T
 
T
G
|
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
F
 
A
A
 
I
R
 
K
I
 
L
M
 
F
A
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
|
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
-
 
M
-
 
K
-
 
G
-
 
D
N
 
H
P
 
P
E
 
D
L
 
F
L
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
D
Y
 
Y
L
 
V
P
 
S
L
 
L
P
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
R
 
K
E
 
Q
A
 
S
R
 
D
I
 
V
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
|
H
C
x
V
P
|
P
L
 
G
T
 
I
E
 
E
H
 
Q
T
x
N
R
 
T
H
 
H
L
 
I
I
 
I
N
 
N
A
 
E
Q
 
A
S
 
A
L
 
F
A
 
N
Q
 
L
L
 
M
Q
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
A
M
 
I
L
 
V
I
 
I
N
 
N
T
|
T
G
x
A
R
|
R
G
 
P
A
 
N
L
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
Q
A
 
A
L
 
M
I
 
L
D
 
S
A
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
G
 
A
Y
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
I
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
E
 
Y
E
|
E
A
 
T
Q
 
E
L
 
D
F
 
L
F
 
L
E
 
N
D
 
L
R
 
A
S
 
K
D
 
H
L
 
G
P
 
S
L
 
F
Q
 
K
D
 
D
D
 
P
V
 
L
L
 
W
A
 
D
R
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
G
F
 
M
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
L
T
 
S
A
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
 
A
F
x
Y
L
 
Y
T
 
T
R
 
E
E
 
T
A
 
A
L
 
V

4prlA Crystal structure of d-lactate dehydrogenase with NAD+ from lactobacillus jensenii (see paper)
36% identity, 80% coverage: 70:342/342 of query aligns to 58:329/330 of 4prlA

query
sites
4prlA
D
 
D
A
 
E
P
 
I
V
 
V
L
 
Y
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
Y
G
 
G
T
 
I
R
 
K
L
 
S
I
 
I
A
 
G
L
 
L
R
 
R
S
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
T
N
 
N
H
 
T
V
 
I
D
 
D
L
 
F
A
 
D
A
 
L
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
L
 
Y
G
 
H
L
 
L
A
 
T
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
S
 
S
P
 
P
H
 
R
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
M
A
 
A
V
 
V
A
 
T
L
 
Q
I
 
A
L
 
M
A
 
Y
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
K
L
 
I
H
 
G
R
 
E
A
 
F
Y
 
K
N
 
A
R
 
N
T
 
M
R
 
D
E
 
K
G
 
G
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
N
-
 
P
H
 
D
G
 
S
L
 
L
T
 
I
G
 
S
F
 
N
D
 
E
L
 
I
H
 
Y
G
 
N
K
 
K
T
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
T
x
V
G
|
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
S
A
 
A
F
 
V
A
 
A
R
 
Q
I
 
I
M
 
F
A
 
S
G
 
A
F
 
M
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
|
Y
D
|
D
P
 
V
Y
 
I
P
 
Y
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
E
A
 
P
L
 
Y
G
 
-
A
 
L
R
 
T
Y
 
Y
L
 
A
P
 
D
L
 
F
P
 
D
E
 
T
L
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
L
E
 
K
H
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
N
L
 
M
I
 
I
N
 
G
A
 
K
Q
 
K
S
 
Q
L
 
F
A
 
A
Q
 
E
L
 
M
Q
 
K
P
 
N
G
 
D
A
 
A
M
 
I
L
 
L
I
 
I
N
 
N
T
x
A
G
x
A
R
 
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
E
S
 
K
G
 
H
Q
 
E
L
 
I
G
 
A
Y
 
A
L
 
A
G
 
G
L
 
L
D
|
D
V
 
T
Y
 
L
E
 
A
E
 
H
E
 
E
A
 
S
Q
 
S
L
 
Y
F
 
F
F
 
F
E
 
K
D
 
K
R
 
V
S
 
D
D
 
D
L
 
A
P
 
Q
L
 
I
Q
 
P
D
 
A
D
 
D
V
 
-
L
 
Y
A
 
K
R
 
K
L
 
L
L
 
A
T
 
A
F
 
M
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
I
I
 
V
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
S
A
|
A
F
 
Y
L
 
F
T
 
T
R
 
K
E
 
T
A
 
S
L
 
V
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
I
A
 
E
T
 
I
T
 
S
L
 
L
D
 
R
N
 
D
I
 
T
N
 
I
R
 
A
W
 
L
A
 
A
A
 
N
G
 
G
N
 
E
P
 
R
Q
 
A
N
 
H
L
 
F
V
 
V
M
 
V
G
 
S

2yq5C Crystal structure of d-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from lactobacillus delbrueckii ssp. Bulgaricus: NAD complexed form (see paper)
34% identity, 89% coverage: 38:340/342 of query aligns to 25:330/331 of 2yq5C

query
sites
2yq5C
L
 
V
E
 
E
L
 
I
H
 
K
F
 
T
Q
 
T
P
 
D
A
 
Q
R
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
S
D
 
A
T
 
T
A
 
V
A
 
D
L
 
L
A
 
A
D
 
E
G
 
G
F
 
C
E
 
S
V
 
S
V
 
V
C
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
P
-
 
L
A
 
G
F
 
P
I
 
V
N
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
V
D
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
V
L
 
Y
Q
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
S
A
 
E
A
 
Y
G
 
G
T
 
V
R
 
K
L
 
C
I
 
I
A
 
G
L
 
L
R
 
R
S
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
H
 
T
V
 
I
D
 
N
L
 
F
A
 
D
A
 
W
A
 
T
Q
 
K
R
 
K
L
 
Y
G
 
N
L
 
L
A
 
L
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
S
|
S
P
 
P
H
 
R
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
M
A
 
T
V
 
V
A
 
T
L
 
Q
I
 
A
L
 
M
A
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
K
L
 
I
H
 
G
R
 
E
-
 
F
A
 
R
Y
 
Y
N
 
R
R
 
M
T
 
D
R
 
H
E
 
D
G
 
H
D
 
D
F
 
F
T
 
T
L
 
W
-
 
P
H
 
S
G
 
N
L
 
L
T
 
I
G
 
S
F
 
N
D
 
E
L
 
I
H
 
Y
G
 
N
K
 
L
T
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
T
x
V
G
|
G
Q
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
S
A
 
A
F
 
V
A
 
A
R
 
E
I
 
I
M
 
F
A
 
S
G
 
A
F
 
M
G
 
G
C
 
A
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
|
Y
D
|
D
P
x
V
Y
 
A
P
 
Y
N
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
F
L
 
E
A
 
P
L
 
F
G
 
-
A
 
L
R
 
T
Y
 
Y
L
 
T
P
 
D
L
 
F
P
 
D
E
 
T
L
 
V
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
D
I
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
F
E
 
P
H
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
N
L
 
M
I
 
I
N
 
G
A
 
E
Q
 
K
S
 
Q
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
L
 
M
Q
 
K
P
 
K
G
 
S
A
 
A
M
 
Y
L
 
L
I
 
I
N
 
N
T
 
C
G
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
T
P
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
D
G
 
G
Q
 
E
L
 
I
G
 
A
Y
 
G
L
 
A
G
 
G
L
 
L
D
|
D
V
 
T
Y
 
L
E
 
A
E
 
G
E
|
E
A
 
S
Q
 
S
L
 
Y
F
 
F
F
 
G
E
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
L
D
 
T
R
 
D
S
 
S
D
 
E
L
 
I
P
 
P
L
 
E
Q
 
D
D
 
Y
D
 
K
V
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
M
L
 
-
T
 
-
F
 
-
P
 
P
N
 
N
V
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
P
H
|
H
Q
 
S
A
 
A
F
|
F
L
 
Y
T
 
T
R
 
E
E
 
T
A
 
S
L
 
I
D
 
R
A
 
N
I
 
M
A
 
V
A
 
Q
T
 
I
T
 
C
L
 
L
-
 
T
D
 
D
N
 
Q
I
 
L
N
 
T
R
 
I
W
 
A
A
 
K
A
 
G
G
 
G
N
 
R
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
L
 
I
V
 
V