SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_2036 FitnessBrowser__Putida:PP_2036 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
71% identity, 98% coverage: 6:293/295 of query aligns to 3:290/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
I
 
I
R
 
H
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
P
A
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
R
S
 
S
I
 
I
D
 
E
S
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
D
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
S
|
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
P
E
 
E
W
 
W
E
 
D
T
 
E
V
 
V
V
 
V
R
 
D
F
 
F
S
 
T
Q
 
L
A
 
K
R
 
T
I
 
V
A
 
A
G
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
T
V
 
I
V
 
V
S
 
S
V
 
V
S
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
T
A
 
A
R
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
L
 
F
A
 
A
Q
 
E
A
 
S
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
A
V
 
V
M
 
M
V
 
V
L
 
L
P
 
P
I
 
I
S
 
S
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
L
T
 
N
E
 
E
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
F
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
N
P
 
P
G
 
G
T
|
T
S
 
S
G
 
G
T
 
I
D
 
D
L
 
M
S
 
S
V
 
V
E
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
I
L
x
V
G
 
R
E
 
E
V
|
V
P
x
D
N
 
N
V
|
V
T
 
T
M
 
M
V
 
V
K
|
K
E
 
E
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
H
 
H
R
 
K
L
 
L
F
 
R
T
 
L
A
 
L
T
 
G
D
 
E
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
A
 
P
F
 
F
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
C
 
C
N
 
N
P
 
P
L
 
L
T
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
L
 
F
V
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
K
G
 
G
W
 
W
C
|
C
T
 
S
A
 
A
A
 
A
P
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
G
A
 
Q
L
 
L
W
 
Y
D
 
Q
A
 
A
V
 
V
Q
 
L
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
L
E
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
D
Y
 
F
I
 
I
T
 
L
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
T
I
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
G
M
 
L
L
 
S
G
 
G
Q
 
L
D
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
A
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V
Q
 
Q
P
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
T
Q
 
E
G
 
G
S
 
C
N
 
R
H
 
Y
L
 
L
K
 
Q
S
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
E
A
 
E
L
 
L

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
34% identity, 92% coverage: 5:275/295 of query aligns to 1:270/292 of Q07607

query
sites
Q07607
V
 
M
I
 
F
R
 
E
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
T
Y
 
A
T
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
D
T
 
R
L
 
I
D
 
D
L
 
E
D
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
H
T
 
D
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
Q
I
 
I
A
 
E
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
F
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
L
 
C
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
K
S
 
S
E
 
E
W
 
H
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
E
F
 
I
S
 
T
Q
 
I
A
 
K
R
 
T
I
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
A
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
A
R
 
F
A
 
V
R
 
R
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
N
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
I
L
 
V
P
 
S
I
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
I
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
F
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
S
D
 
T
I
 
I
P
 
P
I
 
I
M
 
I
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
R
S
 
S
G
 
A
T
 
I
D
 
E
L
 
I
S
 
H
V
 
V
E
 
E
L
 
T
I
 
L
L
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
F
G
 
E
E
 
D
V
 
C
P
 
P
N
 
N
V
 
V
T
 
K
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
N
I
 
L
Q
 
L
R
 
R
-
 
P
-
 
S
M
 
L
H
 
E
R
 
R
L
 
M
F
 
A
T
 
C
A
 
G
T
 
E
D
 
D
G
 
-
Q
 
-
V
 
F
A
 
N
F
 
L
Y
 
L
N
 
T
G
 
G
C
 
E
N
 
D
P
 
G
L
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
G
A
 
Y
L
 
M
V
 
A
A
 
H
G
 
G
A
 
G
T
 
H
G
 
G
W
 
C
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
C
L
 
A
A
 
D
L
 
F
W
 
Q
D
 
Q
A
 
A
V
 
C
Q
 
L
Q
 
N
G
 
G
D
 
D
L
 
F
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
L
A
 
K
L
 
L
F
 
Q
Y
 
D
R
 
R
Q
 
L
Y
 
M
E
 
P
L
 
L
L
 
H
E
 
R
Y
 
A
I
 
L
T
 
F
R
 
L
R
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
T
 
A
T
 
G
I
 
A
K
 
K
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
K
 
Q
M
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
D
 
M
V
 
R
G
 
G
A
 
D
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
 
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
x
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
|
N
N
x
V
P
|
P
G
 
G
T
x
R
S
x
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
 
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
x
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
|
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
 
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
x
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
 
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
x
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
 
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
 
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
x
S
Y
 
T
L
|
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
x
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
 
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
 
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
|
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
x
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
30% identity, 97% coverage: 6:290/295 of query aligns to 2:285/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
M
T
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
W
D
 
K
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
W
L
 
H
I
 
I
A
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
A
 
S
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
A
A
 
S
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
M
S
 
E
E
 
E
W
 
H
E
 
T
T
 
Q
V
 
V
V
 
I
R
 
K
F
 
-
S
 
E
Q
 
I
A
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
G
 
N
-
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
I
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
A
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
R
R
 
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
A
M
 
L
V
 
L
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
L
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
N
E
 
D
L
 
T
I
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
-
L
 
L
G
 
A
E
 
E
V
 
I
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
P
R
 
R
M
 
G
H
 
K
R
 
A
L
 
L
F
 
I
T
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
A
 
A
F
 
V
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
E
L
 
T
T
 
A
L
 
W
E
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
N
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
T
P
 
A
N
 
N
L
 
I
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
A
N
 
M
L
 
S
A
 
E
L
 
V
W
 
C
D
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
I
Q
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
T
L
 
L
F
 
N
Y
 
N
R
 
K
Q
 
I
Y
 
A
E
 
N
L
 
L
L
 
H
E
 
N
Y
 
I
I
 
L
T
x
F
R
 
C
R
 
E
G
 
S
L
x
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
L
 
L
K
 
H
M
 
E
L
 
M
G
 
G
Q
 
L
D
 
I
V
 
D
G
 
T
A
 
G
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
A
 
E
Q
 
Q
G
 
Y
S
 
R
N
 
E
H
 
P
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
A
L
 
L

4pfmA Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
32% identity, 94% coverage: 5:281/295 of query aligns to 2:278/295 of 4pfmA

query
sites
4pfmA
V
 
M
I
 
I
R
 
N
G
 
G
V
 
S
I
 
I
G
 
V
Y
 
A
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
F
 
L
T
 
N
A
 
S
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
D
 
D
L
 
Y
D
 
T
A
 
S
L
 
L
G
 
E
T
 
K
S
 
L
I
 
V
D
 
E
S
 
Y
L
 
H
I
 
I
A
 
T
G
 
E
G
 
G
V
 
T
H
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
V
P
 
A
L
 
V
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
|
A
Y
 
T
L
|
L
S
 
P
D
 
I
S
 
S
E
 
E
W
x
H
E
 
I
T
 
A
V
 
V
V
 
V
R
 
G
F
 
Q
S
 
T
Q
 
V
A
 
K
R
 
F
I
 
A
A
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
I
P
 
P
S
 
V
V
 
I
V
 
G
S
 
G
V
 
N
S
 
G
D
 
A
L
x
N
T
 
A
T
 
T
A
 
A
R
x
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
T
R
 
K
L
 
A
A
 
Q
Q
 
N
A
 
K
C
 
L
G
 
G
A
 
V
T
 
A
A
 
A
V
 
M
M
 
L
V
 
G
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
S
E
 
P
A
 
K
E
 
G
V
 
L
V
 
I
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
K
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
A
A
 
A
A
 
S
I
 
T
D
 
D
I
 
I
P
 
P
I
 
Q
M
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
A
T
 
V
D
 
D
L
 
M
S
 
L
V
 
P
E
 
E
L
 
T
I
 
I
L
 
A
R
 
Q
I
 
L
L
 
V
G
 
-
E
 
E
V
 
V
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
Q
 
A
R
 
R
M
 
V
H
 
K
R
 
Q
L
 
L
F
 
R
T
 
D
A
 
L
T
 
C
D
 
G
G
 
N
Q
 
D
V
 
F
A
 
L
F
 
L
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
T
T
 
A
L
 
R
E
 
E
A
 
F
L
 
L
V
 
T
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
V
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
A
P
 
N
N
 
N
L
 
I
I
 
V
P
 
P
A
 
K
L
 
L
N
 
F
L
 
K
A
 
L
L
 
M
W
 
C
D
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
L
Q
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
T
A
 
Q
E
 
A
A
 
A
R
 
M
A
 
A
L
 
A
F
 
E
Y
 
D
R
 
Q
Q
 
I
Y
 
K
E
 
G
L
 
L
L
 
F
E
 
S
Y
 
A
I
 
L
T
 
F
R
 
C
R
 
E
G
 
A
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
-
 
W
A
 
A
G
 
A
L
 
H
K
 
K
M
 
M
L
 
G
G
 
L
Q
 
I
D
 
S
V
 
Q
G
 
G
A
 
D
P
 
I
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
E
L
 
L
D
 
S
A
 
T
Q
 
E

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
28% identity, 97% coverage: 5:290/295 of query aligns to 1:288/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
V
 
M
I
 
F
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
T
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
-
A
 
K
D
 
N
G
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
S
L
 
Y
G
 
E
T
 
R
S
 
L
I
 
V
D
 
R
S
 
Y
L
 
Q
I
 
L
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
H
 
N
A
 
A
I
 
L
A
 
I
P
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
S
 
D
E
 
E
W
 
R
E
 
E
T
 
K
V
 
L
V
 
V
R
 
S
F
 
R
S
 
T
Q
 
L
A
 
E
R
 
I
I
 
V
A
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
S
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
E
R
 
K
T
 
T
V
 
L
Q
 
K
R
 
L
A
 
V
R
 
K
L
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
N
A
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
Y
V
 
I
G
 
S
A
 
E
A
 
R
I
 
T
D
 
D
I
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
 
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
N
L
 
V
S
 
L
V
 
P
E
 
E
L
 
T
I
 
A
L
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
A
G
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
K
N
 
N
V
 
V
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
S
 
A
T
 
N
G
 
P
D
|
D
I
|
I
Q
x
D
R
 
Q
M
 
I
H
 
D
R
 
R
L
 
T
F
 
V
T
 
S
A
 
L
T
 
T
D
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
R
G
 
S
Q
 
D
V
 
F
A
 
M
F
 
V
Y
 
W
N
 
S
G
 
G
C
 
N
N
 
D
P
 
D
L
 
R
T
 
T
L
 
F
E
 
Y
A
 
L
L
 
L
V
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
V
C
 
I
T
 
S
A
 
V
A
 
V
P
 
S
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
Q
N
 
M
L
 
V
A
 
E
L
 
L
W
 
C
D
 
A
A
 
E
V
 
Y
Q
 
F
Q
 
S
G
 
G
D
 
N
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
S
R
 
R
A
 
E
L
 
V
F
 
H
Y
 
R
R
 
K
Q
 
L
Y
 
R
E
 
P
L
 
L
L
 
M
E
 
K
Y
 
A
I
 
L
T
 
F
R
 
V
R
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
L
L
 
M
G
 
G
Q
 
F
D
 
I
V
 
E
G
 
N
A
 
E
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
V
P
 
P
L
 
A
D
 
S
A
 
E
Q
 
K
G
 
T
S
 
V
N
 
E
H
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
V
L
 
L

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
28% identity, 97% coverage: 5:290/295 of query aligns to 2:289/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
V
 
M
I
 
F
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
T
Y
 
A
T
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
-
A
 
K
D
 
N
G
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
S
L
 
Y
G
 
E
T
 
R
S
 
L
I
 
V
D
 
R
S
 
Y
L
 
Q
I
 
L
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
H
 
N
A
 
A
I
 
L
A
 
I
P
 
V
L
 
L
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
S
 
D
E
 
E
W
 
R
E
 
E
T
 
K
V
 
L
V
 
V
R
 
S
F
 
R
S
 
T
Q
 
L
A
x
E
R
 
I
I
 
V
A
x
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
S
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
N
T
 
S
T
 
T
A
 
E
R
 
K
T
 
T
V
 
L
Q
 
K
R
 
L
A
 
V
R
 
K
L
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
N
A
 
G
V
 
V
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
G
V
 
L
V
 
Y
A
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
Y
V
 
I
G
 
S
A
 
E
A
 
R
I
 
T
D
 
D
I
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
L
 
V
Y
|
Y
N
 
N
N
 
V
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
D
 
N
L
 
V
S
 
L
V
 
P
E
 
E
L
 
T
I
 
A
L
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
A
G
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
K
N
 
N
V
 
V
T
 
V
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
E
S
 
A
T
 
N
G
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
D
R
 
Q
M
 
I
H
 
D
R
 
R
L
 
T
F
 
V
T
 
S
A
 
L
T
 
T
D
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
R
G
 
S
Q
 
D
V
 
F
A
 
M
F
 
V
Y
 
W
N
 
S
G
 
G
C
 
N
N
 
D
P
 
D
L
 
R
T
 
T
L
 
F
E
 
Y
A
 
L
L
 
L
V
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
V
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
V
P
 
S
N
 
N
L
 
V
I
 
A
P
 
P
A
 
K
L
 
Q
N
 
M
L
 
V
A
 
E
L
 
L
W
 
C
D
 
A
A
 
E
V
 
Y
Q
 
F
Q
 
S
G
 
G
D
 
N
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
S
R
 
R
A
 
E
L
 
V
F
 
H
Y
 
R
R
 
K
Q
 
L
Y
 
R
E
 
P
L
 
L
L
 
M
E
 
K
Y
 
A
I
 
L
T
 
F
R
 
V
R
 
E
G
 
T
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
L
L
 
M
G
 
G
Q
 
F
D
 
I
V
 
E
G
 
N
A
 
E
P
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
V
P
 
P
L
 
A
D
 
S
A
 
E
Q
 
K
G
 
T
S
 
V
N
 
E
H
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
L
 
V
L
 
L

5ud6C Crystal structure of dhdps from cyanidioschyzon merolae with lysine bound
29% identity, 96% coverage: 9:292/295 of query aligns to 7:294/299 of 5ud6C

query
sites
5ud6C
V
 
V
I
 
I
G
 
T
Y
 
A
T
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
K
A
 
L
D
 
T
G
 
G
T
 
V
-
 
E
L
 
V
D
 
D
L
 
Y
D
 
G
A
 
V
L
 
A
G
 
E
T
 
S
S
 
L
I
 
A
D
 
A
S
 
H
L
 
L
I
 
A
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
S
H
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
I
P
 
V
L
x
A
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
x
S
A
|
A
Y
 
T
L
 
L
S
 
T
D
x
W
S
 
S
E
 
E
W
x
E
E
 
Y
T
 
E
V
 
L
V
 
F
R
 
R
F
 
V
S
 
V
Q
 
K
A
 
S
R
 
A
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
T
V
 
K
P
 
C
S
 
R
V
 
V
V
 
I
S
 
A
-
x
G
V
 
A
S
 
G
D
 
S
L
x
N
T
 
S
T
 
T
A
 
E
R
x
E
T
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
A
A
 
T
R
 
K
L
 
K
A
 
S
Q
 
A
A
 
K
C
 
L
G
 
G
A
 
L
T
 
D
A
 
G
V
 
T
M
 
L
V
 
Q
L
 
V
P
 
V
I
 
P
S
x
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
L
 
P
T
 
P
E
 
Q
A
 
Q
E
 
G
V
 
I
V
 
M
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
R
A
 
A
V
 
I
G
 
A
-
 
N
A
 
A
A
 
A
I
 
P
D
 
D
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
I
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
I
D
 
N
L
 
M
S
 
T
V
 
A
E
 
E
L
 
T
I
 
S
L
 
I
R
 
K
I
 
L
L
 
A
G
 
E
E
 
M
V
 
C
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
A
V
 
L
K
|
K
E
 
E
S
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
L
Q
 
E
R
 
Q
M
 
F
H
 
A
R
 
R
L
 
I
F
 
R
T
 
R
A
 
A
T
 
T
D
 
S
G
 
P
Q
 
D
V
 
F
A
 
A
F
 
L
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
L
E
 
P
A
 
L
L
 
L
V
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
N
G
 
G
W
 
V
C
x
V
T
 
S
A
 
V
A
 
A
P
 
S
N
 
H
L
 
F
I
 
I
-
 
G
P
 
P
A
 
E
L
 
I
N
 
Q
L
 
R
A
 
M
L
 
I
W
 
E
D
 
H
A
 
F
V
 
V
Q
 
D
Q
 
L
G
 
G
D
 
N
L
 
P
A
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
F
A
 
R
L
 
I
F
 
H
Y
 
C
R
 
R
Q
 
Y
Y
 
M
E
 
D
L
 
L
L
 
F
E
 
E
Y
 
A
I
 
L
T
 
F
R
 
V
R
 
M
G
 
A
L
 
N
P
 
P
T
 
I
T
 
P
I
 
A
K
 
K
A
 
A
G
 
A
L
 
L
K
 
R
M
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
W
D
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
P
P
 
T
R
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
Q
 
T
P
 
D
L
 
I
D
 
T
A
 
A
Q
 
S
G
 
A
S
 
E
N
 
Q
H
 
Q
L
 
L
K
 
R
S
 
Q
L
 
A
L
 
M
V
 
I
A
 
A

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
F
P
 
F
L
 
L
G
 
G
S
|
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
|
G
C
x
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
 
S
A
|
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
x
F
P
 
F
L
 
L
G
|
G
S
|
S
T
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
|
G
C
x
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
x
S
A
 
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
F
P
 
F
L
 
L
G
|
G
S
|
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
|
G
C
 
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
 
S
A
 
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
F
P
 
F
L
 
L
G
|
G
S
|
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
|
G
C
 
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
 
S
A
 
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
F
P
 
F
L
 
L
G
|
G
S
|
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
 
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
 
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
 
G
C
 
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
 
S
A
 
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
29% identity, 92% coverage: 8:279/295 of query aligns to 5:281/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
P
Y
x
P
T
 
V
I
 
S
T
 
T
P
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
D
 
P
A
 
G
L
 
T
G
 
A
T
 
A
S
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
F
P
 
F
L
 
L
G
|
G
S
|
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
G
 
F
A
 
S
Y
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
S
 
E
E
 
E
W
 
R
E
 
K
T
 
A
V
 
I
V
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
A
Q
 
I
A
 
D
R
 
H
I
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
G
V
 
T
S
 
G
D
 
G
L
 
T
T
 
N
T
 
A
A
 
R
R
 
E
T
 
T
V
 
I
Q
 
E
R
 
L
A
 
S
R
 
Q
L
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
G
V
 
I
M
 
V
V
 
V
L
 
I
P
 
N
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
L
 
V
T
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
N
V
 
L
V
 
I
A
 
R
H
 
Y
Y
 
F
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
N
x
F
P
 
P
G
 
A
T
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
P
E
 
A
L
 
L
I
 
V
L
 
K
R
 
T
I
 
L
L
 
A
G
 
D
E
 
S
V
 
R
P
 
S
N
 
N
V
 
I
T
 
I
M
 
G
V
 
I
K
|
K
E
 
D
S
x
T
T
 
I
G
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
A
R
 
H
M
 
L
H
 
R
R
 
S
L
 
M
F
 
I
T
 
H
A
 
T
T
 
V
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
V
 
H
A
 
P
F
 
H
Y
 
F
N
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
C
G
|
G
C
 
Y
N
 
D
P
 
D
L
 
H
T
 
L
L
 
F
E
 
N
A
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
W
 
A
C
x
I
T
 
S
A
|
A
A
 
S
P
 
G
N
 
N
L
 
F
I
 
A
P
 
P
A
 
Q
L
 
V
N
 
S
L
 
V
A
 
N
L
 
L
W
 
L
D
 
K
A
 
A
V
 
W
Q
 
R
Q
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
G
L
 
-
F
 
-
Y
 
Y
R
 
H
Q
 
Q
Y
 
-
E
 
T
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
Y
 
I
I
 
P
T
 
Q
R
 
M
R
 
Y
G
 
Q
L
 
L
P
 
D
T
 
T
-
 
P
-
 
F
-
 
V
-
 
N
T
 
V
I
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
V
M
 
L
L
 
C
G
 
G
Q
 
R
D
 
P
V
 
V
G
 
S
A
 
T
P
 
H
R
 
V
L
 
L
-
 
P
P
 
P
L
 
A
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
D

5j5dA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid (see paper)
31% identity, 88% coverage: 14:274/295 of query aligns to 17:274/297 of 5j5dA

query
sites
5j5dA
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
S
A
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
D
 
A
A
 
T
L
 
A
G
 
A
T
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
S
 
H
L
 
L
I
 
V
A
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
E
W
 
K
E
 
I
T
 
E
V
 
L
V
 
L
R
 
R
F
 
A
S
 
V
Q
 
L
A
 
E
R
 
A
I
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
S
 
V
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
H
T
 
S
V
 
I
Q
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
H
A
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
T
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
V
 
L
V
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
L
 
I
S
 
E
V
 
P
E
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
L
 
L
G
 
A
E
 
S
V
 
H
P
 
P
N
 
N
V
 
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
R
 
Q
L
 
I
F
 
M
T
 
-
A
 
-
T
 
A
D
 
D
G
 
T
Q
 
G
V
 
L
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
|
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
T
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
L
 
L
V
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
W
 
F
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
W
 
L
D
 
S
A
 
A
V
 
F
Q
 
G
Q
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
I
A
 
A
E
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
L
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
Y
 
A
E
 
P
L
 
L
L
 
C
E
 
N
Y
 
A
I
 
M
T
 
S
R
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
T
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
R
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
Q
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
G
A
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1xxxA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
31% identity, 88% coverage: 14:274/295 of query aligns to 16:273/296 of 1xxxA

query
sites
1xxxA
I
 
V
T
 
T
P
 
P
F
 
F
T
 
S
A
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
D
 
A
A
 
T
L
 
A
G
 
A
T
 
R
S
 
L
I
 
A
D
 
N
S
 
H
L
 
L
I
 
V
A
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
C
H
 
D
A
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
V
L
 
S
G
 
G
S
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
G
 
S
A
 
P
Y
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
S
 
G
E
 
E
W
 
K
E
 
I
T
 
E
V
 
L
V
 
L
R
 
R
F
 
A
S
 
V
Q
 
L
A
 
E
R
 
A
I
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
S
 
V
V
 
I
V
 
A
S
 
G
V
 
A
S
 
G
D
 
T
L
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
H
T
 
S
V
 
I
Q
 
R
R
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
H
A
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
V
L
 
V
P
 
T
I
 
P
S
 
Y
Y
|
Y
W
 
S
K
 
K
L
 
P
T
 
P
E
 
Q
A
 
R
E
 
G
V
 
L
V
 
Q
A
 
A
H
 
H
Y
 
F
K
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
A
A
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
L
 
L
Y
|
Y
N
 
D
N
 
I
P
 
P
G
 
G
T
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
D
 
P
L
 
I
S
 
E
V
 
P
E
 
D
L
 
T
I
 
I
L
 
-
R
 
R
I
 
A
L
 
L
G
x
A
E
 
S
V
x
H
P
 
P
N
 
N
V
x
I
T
 
V
M
 
G
V
 
V
K
|
K
E
 
D
S
 
A
T
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
Q
 
H
R
 
S
M
 
G
H
 
A
R
 
Q
L
 
I
F
 
M
T
 
-
A
 
-
T
 
A
D
 
D
G
 
T
Q
 
G
V
 
L
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
G
 
G
C
 
D
N
 
D
P
 
A
L
 
L
T
 
N
L
 
L
E
 
P
A
 
W
L
 
L
V
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
W
 
F
C
x
I
T
 
S
A
 
V
A
 
I
P
 
A
N
 
H
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
G
L
 
Q
N
 
L
L
 
R
A
 
E
L
 
L
W
 
L
D
 
S
A
 
A
V
 
F
Q
 
G
Q
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
I
A
 
A
E
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
L
 
I
F
 
N
Y
 
I
R
 
A
Q
 
V
Y
 
A
E
 
P
L
 
L
L
 
C
E
 
N
Y
 
A
I
 
M
T
 
S
R
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
G
P
 
V
T
 
T
T
 
L
I
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
R
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
Q
 
I
D
 
D
V
 
V
G
 
G
A
 
D
P
 
P
R
 
R
L
 
L
P
 
P

Query Sequence

>PP_2036 FitnessBrowser__Putida:PP_2036
MSTPVIRGVIGYTITPFTADGTLDLDALGTSIDSLIAGGVHAIAPLGSTGEGAYLSDSEW
ETVVRFSQARIAGRVPSVVSVSDLTTARTVQRARLAQACGATAVMVLPISYWKLTEAEVV
AHYKAVGAAIDIPIMLYNNPGTSGTDLSVELILRILGEVPNVTMVKESTGDIQRMHRLFT
ATDGQVAFYNGCNPLTLEALVAGATGWCTAAPNLIPALNLALWDAVQQGDLAEARALFYR
QYELLEYITRRGLPTTIKAGLKMLGQDVGAPRLPLQPLDAQGSNHLKSLLVALTN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory