SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_2264 FitnessBrowser__Putida:PP_2264 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

Q7LYW7 Trehalose/maltose-binding protein MalE; TMBP from Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) (see paper)
24% identity, 71% coverage: 110:521/579 of query aligns to 92:448/450 of Q7LYW7

query
sites
Q7LYW7
D
 
D
V
 
L
V
 
V
E
 
N
K
 
A
L
 
L
Q
 
R
T
 
G
Q
 
K
M
 
-
Q
 
S
S
 
S
D
 
D
K
 
P
N
 
D
I
 
V
Y
 
F
D
 
-
G
 
-
W
 
-
V
 
L
N
 
M
D
|
D
S
 
V
D
 
A
L
 
W
I
 
L
G
 
G
T
 
Q
H
 
F
F
 
I
R
 
A
Y
 
S
G
 
G
K
 
W
V
 
L
E
 
E
S
 
P
I
 
L
T
 
D
D
 
D
L
 
Y
M
 
V
A
 
Q
N
 
K
E
 
D
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
T
 
N
L
 
Y
D
 
D
L
 
L
K
 
S
D
 
V
F
 
F
I
 
F
G
 
Q
-
 
S
-
 
V
I
 
I
S
 
N
F
 
L
T
 
A
T
 
D
A
 
K
P
 
Q
D
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
L
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
V
Q
x
Y
Q
 
I
F
x
D
A
 
A
N
 
G
L
 
L
Y
 
L
W
 
Y
F
 
Y
R
 
R
A
 
K
D
 
D
W
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
R
 
-
F
 
-
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
-
G
 
K
V
 
P
P
 
P
V
 
E
N
 
T
W
 
W
S
 
Q
A
 
E
Y
 
L
E
 
V
D
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
Q
F
 
K
F
 
I
T
 
Q
E
 
S
D
 
G
V
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
T
D
 
N
G
 
-
K
 
P
R
 
N
V
 
F
Y
 
W
G
 
G
H
 
F
M
 
V
D
 
W
Y
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
D
x
Y
P
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
V
W
 
C
R
 
D
F
 
F
T
 
V
D
 
E
A
 
Y
W
 
V
F
 
Y
S
 
S
M
 
-
A
 
-
G
 
N
G
 
G
G
 
G
D
 
S
K
 
L
G
 
G
L
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
E
V
 
F
E
 
K
D
 
D
C
 
G
H
 
K
P
 
W
V
 
V
G
 
P
S
 
T
S
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
L
N
 
N
G
 
K
P
 
P
A
 
E
A
 
N
V
 
V
Y
 
E
A
 
A
T
 
L
Q
 
Q
K
 
F
Y
 
M
V
 
V
D
 
D
W
 
L
M
 
I
R
 
H
A
 
K
Y
 
Y
A
 
K
-
 
I
-
 
S
-
 
P
P
 
P
K
 
N
E
 
T
A
 
Y
Q
 
T
G
 
E
M
 
M
T
 
T
F
x
E
S
 
E
E
 
P
A
 
V
G
 
R
P
 
L
V
 
M
P
 
F
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
I
 
A
A
 
A
Q
 
F
Q
 
E
I
 
R
F
 
N
W
|
W
Y
 
P
T
x
Y
A
 
A
F
 
W
T
 
-
A
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
L
 
L
P
 
H
V
 
-
V
 
-
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
D
T
 
S
P
 
P
-
 
V
-
 
K
-
 
G
K
 
K
W
 
V
R
 
G
M
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
L
P
 
P
K
 
H
G
 
F
P
 
P
Y
 
G
W
 
H
E
 
K
E
 
S
G
 
A
M
 
A
K
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
-
Q
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
S
x
G
W
|
W
T
 
H
F
 
I
F
 
G
K
 
I
S
 
S
T
 
K
P
 
Y
E
 
S
K
 
D
Q
 
N
R
 
K
L
 
A
A
 
L
A
 
A
W
 
W
L
 
E
Y
 
F
A
 
V
Q
 
K
F
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
S
K
 
Y
T
 
S
V
 
V
S
 
Q
L
 
K
K
 
G
K
 
F
T
 
A
I
 
M
-
 
N
V
 
L
G
 
G
L
x
W
T
 
N
P
 
P
I
 
G
R
 
R
E
 
V
S
 
D
D
 
V
I
 
Y
N
 
D
S
 
D
Q
 
P
A
 
A
M
 
V
T
 
V
E
 
S
L
 
K
A
 
S
P
 
P
K
 
H
L
 
L
G
 
K
G
 
E
L
 
L
V
 
R
E
 
A
F
 
V
Y
 
F
R
 
E
S
 
N
P
 
A
A
 
V
R
 
P
V
 
-
Q
 
-
W
 
-
T
x
R
P
 
P
T
 
I
G
 
-
T
 
-
N
 
-
V
 
V
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
R
 
Q
L
 
L
A
 
S
Q
 
E
L
 
I
W
 
I
W
 
Q
S
 
K
H
 
Y
I
 
V
A
 
N
E
 
S
V
 
A
A
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
K
K
 
I
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
A
 
Q
R
 
K
D
 
E
Q
 
A
D
 
E
R
 
E
M
 
L
M
 
V
E
 
K
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

1eu8A Structure of trehalose maltose binding protein from thermococcus litoralis (see paper)
24% identity, 71% coverage: 110:521/579 of query aligns to 51:407/407 of 1eu8A

query
sites
1eu8A
D
 
D
V
 
L
V
 
V
E
 
N
K
 
A
L
 
L
Q
 
R
T
 
G
Q
 
K
M
 
-
Q
 
S
S
 
S
D
 
D
K
 
P
N
 
D
I
 
V
Y
 
F
D
 
-
G
 
-
W
 
-
V
 
L
N
 
M
D
|
D
S
 
V
D
 
A
L
 
W
I
 
L
G
 
G
T
 
Q
H
 
F
F
 
I
R
 
A
Y
 
S
G
 
G
K
 
W
V
 
L
E
 
E
S
 
P
I
 
L
T
 
D
D
 
D
L
 
Y
M
 
V
A
 
Q
N
 
K
E
 
D
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
T
 
N
L
 
Y
D
 
D
L
 
L
K
 
S
D
 
V
F
 
F
I
 
F
G
 
Q
-
 
S
-
 
V
I
 
I
S
 
N
F
 
L
T
 
A
T
 
D
A
 
K
P
 
Q
D
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
L
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
V
Q
x
Y
Q
 
I
F
x
D
A
 
A
N
 
G
L
 
L
Y
 
L
W
 
Y
F
 
Y
R
 
R
A
 
K
D
 
D
W
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
R
 
-
F
 
-
K
 
-
E
 
-
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
-
G
 
K
V
 
P
P
 
P
V
 
E
N
 
T
W
 
W
S
 
Q
A
 
E
Y
 
L
E
 
V
D
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
Q
F
 
K
F
 
I
T
 
Q
E
 
S
D
 
G
V
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
T
D
 
N
G
 
-
K
 
P
R
 
N
V
 
F
Y
 
W
G
 
G
H
 
F
M
 
V
D
 
W
Y
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
D
 
Y
P
 
E
S
x
G
L
 
L
G
 
V
W
 
C
R
 
D
F
 
F
T
 
V
D
 
E
A
 
Y
W
 
V
F
 
Y
S
 
S
M
 
-
A
 
-
G
 
N
G
 
G
G
 
G
D
 
S
K
 
L
G
 
G
L
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
E
V
 
F
E
 
K
D
 
D
C
 
G
H
 
K
P
 
W
V
 
V
G
 
P
S
 
T
S
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
L
N
 
N
G
 
K
P
 
P
A
 
E
A
 
N
V
 
V
Y
 
E
A
 
A
T
 
L
Q
 
Q
K
 
F
Y
 
M
V
 
V
D
 
D
W
 
L
M
 
I
R
 
H
A
 
K
Y
 
Y
A
 
K
-
 
I
-
 
S
-
 
P
P
 
P
K
 
N
E
 
T
A
 
Y
Q
 
T
G
 
E
M
 
M
T
 
T
F
x
E
S
 
E
E
 
P
A
 
V
G
 
R
P
 
L
V
 
M
P
 
F
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
I
 
A
A
 
A
Q
 
F
Q
 
E
I
 
R
F
 
N
W
|
W
Y
 
P
T
x
Y
A
 
A
F
 
W
T
 
G
A
 
-
D
 
-
M
 
-
T
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
L
V
 
H
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
D
T
 
S
P
 
P
-
 
V
-
 
K
-
 
G
K
 
K
W
 
V
R
 
G
M
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
L
P
 
P
K
 
H
G
 
F
P
 
P
Y
 
G
W
 
H
E
 
K
E
 
S
G
 
A
M
 
A
K
 
T
L
 
L
G
|
G
Y
 
-
Q
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
S
x
G
W
|
W
T
 
H
F
 
I
F
 
G
K
 
I
S
 
S
T
 
K
P
 
Y
E
 
S
K
 
D
Q
 
N
R
 
K
L
 
A
A
 
L
A
 
A
W
 
W
L
 
E
Y
 
F
A
 
V
Q
 
K
F
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
S
K
 
Y
T
 
S
V
 
V
S
 
Q
L
 
K
K
 
G
K
 
F
T
 
A
I
 
M
-
 
N
V
 
L
G
 
G
L
 
W
T
 
N
P
 
P
I
 
G
R
 
R
E
 
V
S
 
D
D
 
V
I
 
Y
N
 
D
S
 
D
Q
 
P
A
 
A
M
 
V
T
 
V
E
 
S
L
 
K
A
 
S
P
 
P
K
 
H
L
 
L
G
 
K
G
 
E
L
 
L
V
 
R
E
 
A
F
 
V
Y
 
F
R
 
E
S
 
N
P
 
A
A
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
W
 
-
T
 
V
P
 
P
T
x
R
G
 
P
T
 
I
N
 
-
V
 
V
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
R
 
Q
L
 
L
A
 
S
Q
 
E
L
 
I
W
 
I
W
 
Q
S
 
K
H
 
Y
I
 
V
A
 
N
E
 
S
V
 
A
A
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
K
K
 
I
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
G
 
K
L
 
A
A
 
Q
R
 
K
D
 
E
Q
 
A
D
 
E
R
 
E
M
 
L
M
 
V
E
 
K
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_2264 FitnessBrowser__Putida:PP_2264
MFDNKHNRRHLTLAALLVLASVQGTAWADQYEEAAKKWIGSEFKPSTLTPEQQLAELQWF
IKAAEPFRGMKINVVSETITTHEYESKVLAKAFSEITGIQLTHDLLQEGDVVEKLQTQMQ
SDKNIYDGWVNDSDLIGTHFRYGKVESITDLMANEGKAYTSPTLDLKDFIGISFTTAPDG
KVYQLPDQQFANLYWFRADWFERPELKARFKEKYGYELGVPVNWSAYEDIAKFFTEDVKE
IDGKRVYGHMDYGKKDPSLGWRFTDAWFSMAGGGDKGLPNGLPVDEWGIRVEDCHPVGSS
VTRGGDTNGPAAVYATQKYVDWMRAYAPKEAQGMTFSEAGPVPAQGNIAQQIFWYTAFTA
DMTKPGLPVVNADGTPKWRMAPSPKGPYWEEGMKLGYQDTGSWTFFKSTPEKQRLAAWLY
AQFVTSKTVSLKKTIVGLTPIRESDINSQAMTELAPKLGGLVEFYRSPARVQWTPTGTNV
PDYPRLAQLWWSHIAEVASGEKTPQEALDGLARDQDRMMERLQRSNAQATCAPKLNPEKD
AQYWFDQPGAPKAKLANEKPMGETVSYNELLKSWEAARK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory