SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_2416 FitnessBrowser__Putida:PP_2416 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
37% identity, 94% coverage: 12:256/262 of query aligns to 12:261/265 of P07821

query
sites
P07821
L
 
F
A
 
A
C
 
L
H
 
R
G
 
N
L
 
I
G
 
S
L
 
F
Q
 
R
L
 
V
A
 
P
G
 
G
N
 
R
T
 
T
V
 
L
L
 
L
S
 
H
D
 
P
I
 
L
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
F
V
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
K
T
 
V
L
 
T
G
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
M
L
 
L
A
 
G
G
 
R
L
 
H
R
 
Q
K
 
P
P
 
P
A
 
S
C
 
E
G
 
G
S
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
L
L
 
D
G
 
A
E
 
Q
P
 
P
L
 
L
A
 
E
Q
 
S
M
 
W
P
 
S
R
 
S
R
 
K
R
 
A
V
 
F
A
 
A
Q
 
R
A
 
K
L
 
V
A
 
A
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
D
 
P
T
 
P
L
 
A
D
 
E
A
 
G
I
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
R
D
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
Y
P
 
P
W
 
W
L
 
H
S
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
G
P
 
R
F
 
F
S
 
G
R
 
A
Q
 
A
D
 
D
C
 
R
A
 
E
I
 
K
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
S
D
 
L
L
 
V
D
 
G
A
 
L
L
 
K
H
 
P
L
 
L
R
 
A
T
 
H
R
 
R
L
 
L
W
 
V
G
 
D
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
H
 
W
I
 
I
A
 
A
R
 
M
A
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
D
P
 
S
Q
 
R
V
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
S
H
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
Q
 
A
H
 
H
Q
 
Q
L
 
V
S
 
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
Q
 
H
A
 
R
L
 
L
P
 
S
-
 
Q
-
 
E
-
 
R
-
 
G
V
 
L
T
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
A
A
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
Q
 
M
A
 
A
L
 
A
-
 
R
T
 
Y
C
 
C
D
 
D
R
 
Y
V
 
L
A
 
V
V
 
A
L
 
L
D
 
R
K
 
G
G
 
G
R
 
E
L
 
M
V
 
I
A
 
A
L
 
Q
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
M
T
 
R
P
 
G
E
 
E
R
 
T
L
 
L
L
 
E
S
 
M
T
 
I
F
 
Y
G
 
G
V
 
I
H
 
P
A
 
M
H
 
G
Y
 
I
L
 
L
T
 
P
D
 
H
P
 
P
F
 
A
D
 
G
G
 
A
A
 
A
R
 
P
I
 
V

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
38% identity, 92% coverage: 10:249/262 of query aligns to 3:246/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
P
 
P
P
 
I
L
 
L
A
 
A
C
 
A
H
 
E
G
 
A
L
 
L
G
 
T
L
 
Y
Q
 
A
L
x
F
A
 
P
G
 
G
N
 
G
T
x
V
-
 
K
V
x
A
L
 
L
S
 
D
D
 
D
I
 
L
D
 
S
L
 
L
R
 
A
V
 
V
V
 
P
A
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
G
 
A
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
K
 
L
L
 
H
L
 
L
A
 
N
G
 
G
L
 
T
R
 
L
K
 
R
P
 
P
A
 
Q
C
 
S
G
 
G
S
 
R
V
 
V
Q
 
L
L
 
L
L
 
G
G
 
G
E
 
T
P
 
A
L
 
T
A
 
G
Q
 
H
M
 
S
P
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
W
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
G
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
V
E
 
L
Q
|
Q
Q
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
D
-
 
Q
L
 
L
D
 
F
A
 
A
I
 
T
S
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
E
A
 
D
V
 
V
A
 
S
L
 
F
G
 
G
R
 
-
T
 
-
P
 
P
W
 
L
L
 
N
S
 
L
A
 
G
L
 
L
A
 
S
P
 
E
F
 
A
S
 
E
R
 
A
Q
 
R
D
 
-
C
 
-
A
 
A
I
 
R
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
A
L
 
L
D
 
S
A
 
I
L
 
S
H
 
D
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
R
L
 
P
W
 
T
G
x
H
S
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
M
R
 
R
P
 
P
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
N
 
A
H
 
G
L
 
L
D
 
D
I
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
T
Q
 
E
H
 
Q
Q
 
L
L
 
L
S
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
R
Q
 
G
V
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
A
P
 
G
V
 
M
T
 
T
T
 
L
L
 
V
V
 
F
A
 
S
L
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
V
N
 
E
-
 
L
Q
 
A
A
 
A
L
 
A
T
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
F
D
 
R
K
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
V
V
 
L
A
 
A
L
 
E
G
 
G
N
 
A
P
 
A
F
 
E
E
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
R
R
 
A
L
 
T
L
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
V
G
 
A
V
 
L
H
 
R
A
 
P
H
 
P
Y
 
L
L
 
V
T
 
I
D
 
D

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
29% identity, 86% coverage: 6:230/262 of query aligns to 1:216/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
A
 
V
V
 
I
R
 
K
I
 
M
P
 
V
P
 
E
L
 
V
A
 
K
C
 
L
H
 
E
G
 
N
L
 
L
G
 
T
L
 
K
Q
 
R
L
x
F
A
 
G
G
 
N
N
x
F
T
 
T
V
 
A
L
 
V
S
 
N
D
 
K
I
 
L
D
 
N
L
 
L
R
 
T
V
 
I
V
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
T
 
F
L
 
L
G
 
V
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
L
K
 
R
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
E
P
 
P
A
 
T
C
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
I
Q
 
Y
L
 
F
L
 
G
G
 
D
E
 
R
P
 
D
L
 
V
A
 
T
Q
 
Y
M
 
L
P
 
P
R
 
P
R
 
K
R
 
-
V
 
-
A
 
D
Q
 
R
A
 
N
L
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
A
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
E
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
P
L
 
L
A
 
K
P
 
K
F
 
F
S
 
P
R
 
K
Q
 
D
D
 
E
C
 
I
-
 
D
A
 
K
I
 
R
V
 
V
E
 
R
Q
 
W
A
 
A
L
 
A
A
 
E
D
 
L
L
 
L
D
 
Q
A
 
I
L
 
E
H
 
E
L
 
L
R
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
Y
W
 
P
G
 
A
S
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
Q
 
V
R
 
E
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
K
H
 
L
Q
 
R
L
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
R
Q
 
A
Q
 
E
V
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
Q
 
Q
A
 
K
L
 
L
P
 
K
V
 
V
T
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
T
 
T
C
 
M
-
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
N
K
 
R
G
 
G
R
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
Q
L
 
I
G
 
G
N
 
S
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
V

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
33% identity, 79% coverage: 25:230/262 of query aligns to 20:230/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
T
 
T
V
 
A
L
 
V
S
 
K
D
 
D
I
 
L
D
 
S
L
 
L
R
 
E
V
 
I
V
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
T
 
F
L
 
L
G
 
V
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
L
K
 
R
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
E
P
 
P
A
 
T
C
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
Q
 
-
L
 
Y
L
 
I
G
 
E
E
 
D
P
 
N
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
M
 
D
P
 
P
R
 
E
R
 
K
R
 
G
V
 
V
-
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
K
A
 
E
Q
 
R
A
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
H
I
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
P
W
 
L
L
 
K
S
 
L
A
 
R
L
 
K
A
 
V
P
 
P
F
 
K
S
 
Q
R
 
E
Q
 
I
D
 
D
C
 
K
A
 
R
I
 
V
V
 
R
E
 
E
Q
 
V
A
 
A
L
 
E
A
 
M
D
 
-
L
 
L
D
 
G
A
 
L
L
 
T
H
 
E
L
 
L
R
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
K
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
I
Q
 
R
R
 
R
P
 
P
Q
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
K
H
 
L
Q
 
R
L
 
V
S
 
K
L
 
M
L
 
R
Q
 
A
Q
 
E
V
 
L
Q
 
K
A
 
K
L
 
L
P
 
Q
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
-
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
T
 
T
C
 
M
-
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
N
K
 
K
G
 
G
R
 
E
L
 
L
V
 
Q
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
D
E
 
E
V
 
V

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
 
R
T
 
R
V
 
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
|
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
 
R
A
 
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
x
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
Q
 
I
H
 
S
Q
 
V
L
 
I
S
 
D
L
 
I
L
 
K
Q
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
A
 
H
L
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
 
Y
A
 
K
G
 
G
N
 
R
T
 
R
V
 
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
x
R
A
 
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
x
M
W
x
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
S
I
 
V
Q
 
I
H
 
D
Q
 
I
L
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
L
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
x
R
T
 
R
V
 
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
|
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
 
R
A
 
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
S
I
 
V
Q
 
I
H
 
D
Q
 
I
L
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
L
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
x
R
T
 
R
V
|
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
x
L
R
x
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
x
P
Q
|
Q
Q
 
E
A
|
A
D
x
S
T
 
I
L
x
F
D
x
R
A
x
R
I
x
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
x
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
Q
 
I
H
 
S
Q
 
V
L
 
I
S
 
D
L
 
I
L
 
K
Q
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
A
 
H
L
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
x
R
T
 
R
V
|
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
|
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
 
R
A
 
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
Q
 
I
H
 
S
Q
 
V
L
 
I
S
 
D
L
 
I
L
 
K
Q
 
R
Q
 
I
V
 
I
Q
 
E
A
 
H
L
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
x
R
T
 
R
V
|
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
x
F
D
x
R
A
x
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
S
I
 
V
Q
 
I
H
 
D
Q
 
I
L
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
L
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

1g291 Malk (see paper)
34% identity, 79% coverage: 25:230/262 of query aligns to 17:227/372 of 1g291

query
sites
1g291
T
 
T
V
 
A
L
 
V
S
 
R
D
 
E
I
 
M
D
 
S
L
 
L
R
 
E
V
 
V
V
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
T
 
F
L
 
M
G
 
I
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
L
K
 
R
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
E
P
 
P
A
 
S
C
 
R
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
Q
 
-
L
 
Y
L
 
I
G
 
G
E
 
D
P
 
K
L
 
L
A
 
V
Q
 
A
M
x
D
P
 
P
R
x
E
R
x
K
R
 
G
V
 
I
A
 
F
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
x
K
-
x
D
Q
 
R
A
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
H
I
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
P
W
 
L
L
 
-
S
 
-
A
 
K
L
 
L
A
 
R
P
 
K
F
 
V
S
 
P
R
 
R
Q
 
Q
D
 
E
C
 
I
A
 
D
I
 
Q
V
 
R
E
 
V
Q
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
L
A
 
G
L
 
L
-
 
T
H
 
E
L
 
L
R
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
K
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
Q
 
R
R
 
K
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
K
H
 
L
Q
 
R
L
 
V
S
 
R
L
 
M
-
 
R
-
 
A
-
 
E
L
 
L
Q
 
K
Q
 
K
V
 
L
Q
 
Q
-
 
R
A
 
Q
L
 
L
P
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
T
 
T
C
 
M
-
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
N
K
 
R
G
 
G
R
 
V
L
 
L
V
 
Q
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
S
P
 
P
F
 
D
E
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
29% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 3:233/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
L
A
 
K
C
 
A
H
 
Q
G
 
H
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
S
L
 
Y
A
 
K
G
 
K
N
 
R
T
 
K
V
 
V
L
 
V
S
 
S
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
Q
V
 
V
V
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
S
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
V
K
 
A
P
 
R
A
 
D
C
 
E
G
 
G
S
 
T
V
 
I
Q
 
T
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
N
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
I
M
 
L
P
 
P
-
 
M
R
 
H
R
 
S
R
 
R
V
 
S
A
 
R
Q
 
M
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
 
R
A
 
K
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
E
D
 
D
A
 
N
V
 
I
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
T
L
 
R
S
 
E
A
 
E
L
 
L
A
 
T
P
 
H
F
x
E
S
 
E
R
 
R
Q
 
Q
D
|
D
C
 
K
A
 
-
I
 
-
V
 
L
E
 
E
Q
 
D
A
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
Q
H
 
H
L
 
I
R
 
R
T
 
K
R
 
S
L
 
A
W
 
G
G
 
M
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
Q
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
F
-
 
A
-
 
G
-
 
V
E
 
D
P
 
P
T
 
I
N
 
S
H
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
I
Q
 
K
H
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
K
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
L
 
R
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
D
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
K
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
E
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
Q
E
 
D
V
 
V
L
 
L
T
 
N
P
 
N
E
 
E
R
 
Q
L
 
V
L
 
K
S
 
Q
T
 
V
F
 
Y

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
28% identity, 87% coverage: 12:240/262 of query aligns to 4:234/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
A
 
T
C
 
A
H
 
K
G
 
N
L
 
L
G
 
A
L
 
K
Q
 
A
L
x
Y
A
 
K
G
 
G
N
x
R
T
 
R
V
|
V
L
 
V
S
 
E
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
K
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
V
K
 
P
P
 
R
A
 
D
C
 
A
G
 
G
S
 
N
V
 
I
Q
 
I
L
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
Q
 
L
M
 
L
P
 
P
-
 
L
R
 
H
R
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
R
Q
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
E
 
P
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
S
T
 
I
L
 
F
D
 
R
A
 
R
I
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
T
 
L
P
 
Q
W
 
I
L
 
R
S
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
A
F
 
E
S
 
Q
R
 
R
Q
 
E
D
 
D
C
 
R
A
 
A
I
 
-
V
 
-
E
 
N
Q
 
E
A
 
L
L
 
M
A
 
E
D
 
E
L
 
F
D
 
H
A
 
I
L
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
D
R
 
S
L
 
M
W
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
N
 
A
H
 
G
L
 
V
D
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
S
I
 
V
Q
 
I
H
 
D
Q
 
I
L
 
K
S
 
R
L
 
I
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
A
 
D
L
 
S
P
 
G
V
 
L
T
 
G
T
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
-
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
K
 
Q
G
 
G
R
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
H
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
E
 
E
R
 
H
L
 
V
L
 
K
S
 
R
T
 
V
F
 
Y

Q5M243 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1; ECF transporter A component EcfA1; EC 7.-.-.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
32% identity, 79% coverage: 27:232/262 of query aligns to 20:226/276 of Q5M243

query
sites
Q5M243
L
 
L
S
 
N
D
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
F
R
 
H
V
 
V
V
 
K
A
 
H
G
 
G
E
 
E
T
 
W
L
 
L
G
 
S
I
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
T
L
 
A
K
 
R
L
 
L
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
L
R
 
L
K
 
V
P
 
A
A
 
D
C
 
S
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
Q
 
I
L
 
V
L
 
D
G
 
G
E
 
Q
P
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
E
M
 
E
P
 
T
R
 
V
R
 
W
R
 
D
V
 
I
A
 
R
Q
 
D
A
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
N
A
 
P
D
 
D
T
 
N
-
x
Q
L
 
F
D
 
V
A
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
V
F
 
E
D
 
D
A
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
L
T
 
E
P
 
-
W
 
-
L
 
-
S
 
N
A
 
K
L
 
G
A
 
L
P
 
P
F
 
Y
S
 
-
R
 
K
Q
 
E
D
 
M
C
 
V
A
 
S
I
 
R
V
 
V
E
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
S
D
 
F
L
 
V
D
 
G
A
 
M
L
 
M
H
 
D
L
 
F
R
 
K
T
 
D
R
 
R
L
 
E
W
 
P
G
 
A
S
 
R
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
I
L
 
I
A
 
A
Q
 
M
R
 
R
P
 
P
Q
 
S
V
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
N
 
S
H
 
M
L
 
L
D
 
D
I
 
P
Q
 
E
H
 
G
Q
 
R
L
 
Q
S
 
E
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
Y
V
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
R
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
Y
P
 
G
V
 
M
T
 
T
T
 
V
L
 
L
V
 
S
A
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
D
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
T
 
M
C
 
S
D
 
N
R
 
R
V
 
V
A
 
L
V
 
V
L
 
L
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
R
 
K
L
 
V
V
 
E
A
 
S
L
 
I
G
 
S
N
 
S
P
 
P
F
 
R
E
 
E
V
 
L
L
 
F
T
 
S

7qkrA Cryo-em structure of abc transporter ste6-2p from pichia pastoris with verapamil at 3.2 a resolution (see paper)
34% identity, 79% coverage: 25:231/262 of query aligns to 378:595/1199 of 7qkrA

query
sites
7qkrA
T
 
T
V
|
V
L
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
F
D
 
T
L
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
K
A
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
L
 
I
G
 
A
I
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
E
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
V
L
 
I
K
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
G
 
R
L
 
F
R
 
Y
K
 
E
P
 
Y
A
 
L
C
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
I
Q
 
L
L
 
L
L
 
D
G
 
G
E
 
V
P
 
D
L
 
L
A
 
K
Q
 
S
M
 
L
P
 
N
R
 
I
R
 
K
R
 
W
V
 
V
A
 
R
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
M
A
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
-
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
D
 
P
T
 
V
L
 
L
D
 
F
A
 
A
I
 
A
S
 
S
V
 
I
F
 
Y
D
 
E
A
 
N
V
 
V
A
 
C
L
 
Y
G
 
G
R
 
L
-
 
V
-
 
G
T
 
S
P
 
K
W
 
Y
L
 
E
S
 
N
A
 
V
L
 
T
A
 
E
P
 
K
F
 
V
S
 
K
R
 
R
Q
 
E
D
 
-
C
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
C
A
 
K
D
 
D
L
 
A
D
 
N
A
 
A
L
 
W
H
 
E
L
 
F
R
 
I
T
 
S
R
 
Q
L
 
M
W
 
S
G
 
N
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
T
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
H
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
I
Q
 
S
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
A
T
 
T
N
 
S
H
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
T
-
 
R
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
I
I
 
V
Q
 
Q
H
 
D
Q
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
R
L
 
L
Q
 
S
Q
 
E
V
 
T
Q
 
R
A
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
T
T
 
T
L
 
I
V
 
V
A
 
I
L
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
S
Q
 
T
A
 
I
L
 
Q
T
 
N
C
 
A
D
 
D
R
 
L
V
 
I
A
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
S
K
 
K
G
 
G
R
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
E
L
 
T
G
 
G
N
 
S
P
 
H
F
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 77% coverage: 27:227/262 of query aligns to 21:225/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
L
 
L
S
 
D
D
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
I
R
 
N
V
 
I
V
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
R
L
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
D
K
 
V
P
 
P
A
 
S
C
 
T
G
 
G
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
L
 
F
L
 
D
G
 
D
E
 
R
P
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
S
M
 
N
P
 
G
R
 
K
R
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
D
Q
 
R
A
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
|
Q
Q
 
T
A
 
W
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
N
I
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
T
 
T
P
 
N
W
 
M
L
 
K
S
 
M
A
 
S
L
 
K
A
 
E
P
 
E
F
 
I
S
 
R
R
 
K
Q
 
R
D
 
-
C
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
K
D
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
I
L
 
H
H
 
H
L
 
V
R
 
L
T
 
N
R
 
H
L
 
F
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
D
P
 
P
Q
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
R
H
 
M
Q
 
R
L
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
K
Q
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
-
 
R
L
 
L
P
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
Q
 
D
A
 
I
L
 
F
T
 
A
-
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 77% coverage: 27:227/262 of query aligns to 21:225/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
L
 
L
S
 
D
D
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
I
R
 
N
V
 
I
V
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
R
L
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
D
K
 
V
P
 
P
A
 
S
C
 
T
G
 
G
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
L
 
F
L
 
D
G
 
D
E
 
R
P
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
S
M
 
N
P
 
G
R
 
K
R
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
D
Q
 
R
A
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
A
 
W
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
N
I
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
T
 
T
P
 
N
W
 
M
L
 
K
S
 
M
A
 
S
L
 
K
A
 
E
P
 
E
F
 
I
S
 
R
R
 
K
Q
 
R
D
 
-
C
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
K
D
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
I
L
 
H
H
 
H
L
 
V
R
 
L
T
 
N
R
 
H
L
 
F
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
D
P
 
P
Q
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
R
H
 
M
Q
 
R
L
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
K
Q
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
-
 
R
L
 
L
P
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
Q
 
D
A
 
I
L
 
F
T
 
A
-
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
33% identity, 77% coverage: 27:227/262 of query aligns to 21:225/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
L
 
L
S
 
D
D
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
I
R
 
N
V
 
I
V
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
R
L
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
D
K
 
V
P
 
P
A
 
S
C
 
T
G
 
G
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
L
 
F
L
 
D
G
 
D
E
 
R
P
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
S
M
 
N
P
 
G
R
 
K
R
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
D
Q
 
R
A
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
A
 
W
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
N
I
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
T
 
T
P
 
N
W
 
M
L
 
K
S
 
M
A
 
S
L
 
K
A
 
E
P
 
E
F
 
I
S
 
R
R
 
K
Q
 
R
D
 
-
C
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
K
D
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
I
L
 
H
H
 
H
L
 
V
R
 
L
T
 
N
R
 
H
L
 
F
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
D
P
 
P
Q
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
R
H
 
M
Q
 
R
L
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
K
Q
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
-
 
R
L
 
L
P
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
Q
 
D
A
 
I
L
 
F
T
 
A
-
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
33% identity, 77% coverage: 27:227/262 of query aligns to 21:225/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
L
 
L
S
 
D
D
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
I
R
 
N
V
 
I
V
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
R
L
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
D
K
 
V
P
 
P
A
 
S
C
 
T
G
 
G
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
L
 
F
L
 
D
G
 
D
E
 
R
P
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
S
M
 
N
P
 
G
R
 
K
R
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
P
-
 
P
-
 
E
-
 
D
Q
 
R
A
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
A
 
W
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
N
I
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
T
 
T
P
 
N
W
 
M
L
 
K
S
 
M
A
 
S
L
 
K
A
 
E
P
 
E
F
 
I
S
 
R
R
 
K
Q
 
R
D
 
-
C
 
-
A
 
-
I
 
-
V
 
V
E
 
E
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
K
D
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
I
L
 
H
H
 
H
L
 
V
R
 
L
T
 
N
R
 
H
L
 
F
W
 
P
G
 
R
S
 
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
R
 
D
P
 
P
Q
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
A
Q
 
R
H
 
M
Q
 
R
L
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
R
-
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
K
Q
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
-
 
R
L
 
L
P
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
Q
 
D
A
 
I
L
 
F
T
 
A
-
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
V
K
 
K
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
L
 
V
G
 
G
N
 
K
P
 
P

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
33% identity, 79% coverage: 23:230/262 of query aligns to 16:222/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
G
 
G
N
 
H
T
 
T
V
 
A
L
 
V
S
 
R
D
 
D
I
 
L
D
 
N
L
 
L
R
 
T
V
 
I
V
 
A
A
 
D
G
 
G
E
 
E
T
 
F
L
 
L
G
 
I
I
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
T
L
 
L
K
 
N
L
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
E
K
 
D
P
 
I
A
 
S
C
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
L
Q
 
R
L
 
I
L
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
R
L
 
V
A
 
N
Q
 
E
M
 
K
-
 
A
P
 
P
R
 
K
R
 
D
R
 
R
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
M
V
 
V
E
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
D
 
A
T
 
L
L
 
Y
D
 
P
A
 
H
I
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
R
D
 
Q
A
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
F
G
 
P
R
 
L
T
 
T
P
 
-
W
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
P
 
K
F
 
M
S
 
R
R
 
K
Q
 
A
D
 
D
C
 
I
A
 
A
-
 
Q
I
 
K
V
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
T
L
 
A
A
 
K
D
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
L
L
 
T
H
 
N
L
 
L
R
 
L
T
 
D
R
 
R
L
 
K
W
 
P
G
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
I
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
Q
 
R
R
 
H
P
 
P
Q
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
N
 
S
H
 
N
L
 
L
D
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
R
I
 
V
Q
 
Q
H
 
M
Q
 
R
L
 
G
S
 
E
L
 
I
L
 
A
Q
 
Q
Q
 
L
V
 
Q
Q
 
R
A
 
R
L
 
L
P
 
G
V
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
V
V
 
Y
A
 
V
L
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
M
T
 
T
C
 
L
-
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
Y
K
 
G
G
 
G
R
 
I
L
 
A
V
 
Q
A
 
Q
L
 
I
G
 
G
N
 
T
P
 
P
F
 
E
E
 
E
V
 
L

Query Sequence

>PP_2416 FitnessBrowser__Putida:PP_2416
MTAMAAVRIPPLACHGLGLQLAGNTVLSDIDLRVVAGETLGIVGPNGSGKSSLLKLLAGL
RKPACGSVQLLGEPLAQMPRRRVAQALALVEQQADTLDAISVFDAVALGRTPWLSALAPF
SRQDCAIVEQALADLDALHLRTRLWGSLSGGERQRVHIARALAQRPQVLLLDEPTNHLDI
QHQLSLLQQVQALPVTTLVALHDLNQALTCDRVAVLDKGRLVALGNPFEVLTPERLLSTF
GVHAHYLTDPFDGARILRFRAP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory