SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_2454 FitnessBrowser__Putida:PP_2454 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
36% identity, 85% coverage: 31:300/319 of query aligns to 1:269/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
D
 
D
K
 
K
P
 
P
K
 
Q
V
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
M
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
E
F
x
Y
F
 
F
R
 
I
T
 
S
M
 
M
E
 
R
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
E
D
 
E
Y
 
T
Q
 
A
K
 
K
T
 
Q
H
 
K
A
 
-
D
 
-
E
 
D
F
 
I
E
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
V
N
 
Q
G
 
V
I
 
A
K
 
E
N
 
K
E
 
E
T
 
D
D
 
S
T
 
T
G
 
E
E
 
Q
Q
 
L
I
 
V
R
 
G
I
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
N
M
 
M
V
 
I
N
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
T
P
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
S
 
P
A
 
A
V
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
M
 
E
D
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
D
I
 
L
D
|
D
N
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
A
D
 
K
L
 
A
L
 
A
K
 
E
S
 
A
K
 
A
G
 
G
I
 
L
S
 
K
V
 
F
P
 
N
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
P
 
V
D
 
D
N
 
N
R
 
F
K
 
N
G
 
G
A
 
G
R
 
Y
L
 
L
V
 
E
G
 
A
D
 
K
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
S
 
E
Q
 
A
K
 
I
L
 
G
K
 
K
A
 
K
G
 
G
D
 
N
Q
 
-
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
P
T
 
G
T
 
V
T
 
D
N
|
N
A
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
R
|
R
T
 
K
A
 
G
G
 
G
-
 
A
F
 
L
K
 
K
D
 
A
A
 
F
M
 
A
D
 
E
A
 
Y
A
 
P
Q
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
E
I
 
T
D
 
E
K
 
Q
G
 
A
N
 
L
A
 
N
V
 
V
A
 
T
A
 
T
S
 
N
M
 
I
L
 
L
N
 
T
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
A
N
 
N
D
 
D
S
 
N
M
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
|
D
N
 
G
I
 
I
N
 
P
A
 
L
I
 
A
K
 
I
P
 
E
M
 
Y
L
 
V
E
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
M
L
 
Q
A
 
N
T
 
T
L
 
I
D
 
D
Q
|
Q
A
 
L
A
 
P
S
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
V
 
A
Y
 
I
G
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
H
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
Q
V
 
I
-
 
N
K
 
K
G
 
Q
E
 
E
K
 
I
P
 
P

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
35% identity, 83% coverage: 36:299/319 of query aligns to 5:265/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
 
W
R
 
V
T
 
D
M
 
M
E
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
D
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
T
 
T
H
 
L
A
 
G
D
 
V
E
 
S
F
 
V
E
 
D
L
 
I
I
 
F
A
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
|
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
G
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
S
N
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
Y
V
 
L
I
 
V
N
 
N
I
 
L
D
|
D
N
 
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
G
 
G
I
 
G
S
 
N
V
 
V
P
 
E
-
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
S
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
D
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
A
Q
 
E
K
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
S
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
x
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
|
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
F
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
-
 
K
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
|
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
A
N
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
A
 
T
S
 
N
M
 
V
L
 
L
N
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
|
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
|
D
N
 
G
I
 
I
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
E
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
S
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
Y
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
A
 
L
A
 
-
L
 
-
K
 
-
M
 
M
V
 
V
K
 
D
G
 
A
E
 
E
K
 
K

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
35% identity, 83% coverage: 36:299/319 of query aligns to 5:265/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
 
N
E
 
P
F
 
F
F
 
W
R
 
V
T
 
D
M
 
M
E
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
D
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
T
 
T
H
 
L
A
 
G
D
 
V
E
 
S
F
 
V
E
x
D
L
 
I
I
 
F
A
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
 
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
G
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
S
N
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
Y
V
 
L
I
 
V
N
 
N
I
 
L
D
 
D
N
 
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
G
 
G
I
 
G
S
 
N
V
 
V
P
 
E
-
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
S
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
D
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
A
Q
 
E
K
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
S
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
 
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
 
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
F
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
-
 
K
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
 
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
A
N
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
A
 
T
S
 
N
M
 
V
L
 
L
N
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
 
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
 
D
N
 
G
I
 
I
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
E
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
 
Q
A
 
N
A
 
P
S
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
Y
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
A
 
L
A
 
-
L
 
-
K
 
-
M
 
M
V
 
V
K
 
D
G
 
A
E
 
E
K
 
K

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
33% identity, 84% coverage: 32:299/319 of query aligns to 1:256/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
K
 
K
P
 
D
K
 
T
V
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
M
 
V
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
 
F
R
 
V
T
 
S
M
 
L
E
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
D
 
-
Y
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
K
H
 
E
A
 
A
D
 
D
E
 
K
F
 
L
E
 
G
L
 
Y
I
 
N
A
 
L
N
 
V
G
 
V
I
 
L
K
 
D
N
 
S
E
 
Q
T
 
N
D
 
N
T
 
P
G
 
A
E
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
A
I
 
N
V
 
V
E
 
Q
Q
 
D
M
 
L
V
 
T
N
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
A
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
D
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
M
A
 
A
M
 
N
D
 
Q
Q
 
A
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
Q
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
A
S
 
T
K
 
K
G
 
G
I
 
E
S
 
V
V
 
V
P
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
L
G
 
G
A
 
G
R
 
K
L
 
I
V
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
S
 
K
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
E
Q
 
G
V
 
A
G
 
K
I
 
V
I
 
I
E
 
E
-
 
L
-
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
S
N
 
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
R
|
R
T
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
Q
D
 
Q
A
 
A
M
 
V
D
 
A
A
 
A
A
 
H
Q
 
K
M
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
G
N
 
L
A
 
N
V
 
V
A
 
M
A
 
Q
S
 
N
M
 
L
L
 
L
N
 
T
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
S
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
G
 
-
Q
 
D
V
 
V
Q
 
M
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
N
 
P
A
 
D
I
 
G
K
 
E
P
 
K
M
 
A
L
 
V
E
 
N
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
I
D
 
A
Q
 
Q
A
 
L
A
 
P
S
 
D
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
Y
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
V
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
34% identity, 80% coverage: 36:289/319 of query aligns to 5:258/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
A
 
A
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
x
W
R
 
V
T
 
D
M
 
M
E
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
D
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
T
 
T
H
 
L
A
 
G
D
 
V
E
 
S
F
 
V
E
 
D
L
 
I
I
 
F
A
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
 
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
G
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
S
N
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
Q
Q
 
K
G
 
G
V
 
L
V
 
Y
V
 
L
I
 
V
N
 
N
I
 
L
D
|
D
N
x
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
G
 
G
I
 
G
S
 
N
V
 
V
P
 
E
-
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
D
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
N
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
A
Q
 
E
K
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
S
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
x
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
|
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
F
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
A
 
K
A
 
A
-
 
N
Q
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
 
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
A
N
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
A
 
T
S
 
N
M
 
V
L
 
L
N
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
A
L
 
F
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
|
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
I
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
|
D
N
 
G
I
 
I
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
E
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
S
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
Y
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
34% identity, 80% coverage: 36:289/319 of query aligns to 5:258/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
A
 
A
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
 
W
R
 
V
T
 
D
M
 
M
E
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
D
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
T
 
T
H
 
L
A
 
G
D
 
V
E
 
S
F
 
V
E
 
D
L
 
I
I
 
F
A
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
 
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
G
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
L
V
 
F
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
S
N
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
W
D
 
Q
Q
 
K
G
 
G
V
 
L
V
 
Y
V
 
L
I
 
V
N
 
N
I
 
L
D
|
D
N
 
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
L
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
G
 
G
I
 
G
S
 
N
V
 
V
P
 
E
-
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
D
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
N
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
A
Q
 
E
K
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
S
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
 
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
|
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
F
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
A
 
K
A
 
A
-
 
N
Q
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
|
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
K
 
K
G
 
A
N
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
A
 
T
S
 
N
M
 
V
L
 
L
N
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
A
L
 
F
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
|
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
I
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
|
D
N
 
G
I
 
I
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
E
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
S
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
Y
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
33% identity, 84% coverage: 35:301/319 of query aligns to 5:258/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
T
M
 
V
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
R
 
V
T
 
S
M
 
L
E
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
D
 
-
Y
 
-
Q
 
K
K
 
K
T
 
A
H
 
T
A
 
E
D
 
L
E
 
G
F
 
Y
E
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
V
N
 
-
G
 
-
I
 
L
K
 
D
N
 
S
E
 
Q
T
 
N
D
 
D
T
 
P
G
 
S
E
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
S
I
 
N
V
 
V
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
T
N
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
A
A
 
A
L
 
V
V
 
S
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
A
K
 
I
A
 
A
M
 
N
D
 
R
Q
 
N
G
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
A
S
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
E
S
 
V
V
 
V
P
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
G
A
 
G
R
 
K
L
 
M
V
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
S
 
-
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
K
 
G
A
 
D
G
 
G
D
 
A
Q
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
Q
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
L
S
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
S
N
 
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
R
|
R
T
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
F
K
 
K
D
 
Q
A
 
A
M
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
H
Q
 
K
M
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
S
 
A
V
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
T
K
 
K
G
 
G
N
 
L
A
 
N
V
 
V
A
 
T
A
 
E
S
 
N
M
 
L
L
 
L
N
 
A
E
 
S
Y
 
K
P
 
G
D
 
S
L
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
S
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
-
G
 
-
Q
 
K
V
 
V
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
N
 
E
A
 
D
I
 
G
K
 
V
P
 
K
M
 
A
L
 
V
E
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
S
 
E
Q
 
L
Q
 
I
A
 
G
V
 
S
Y
 
L
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
A
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
I
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
P
 
V
D
 
D

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
31% identity, 89% coverage: 35:318/319 of query aligns to 3:271/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
A
 
G
L
 
L
V
 
V
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
R
 
V
T
 
T
M
 
L
E
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
E
D
 
E
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
T
 
E
H
 
L
A
 
G
D
 
-
E
 
-
F
 
Y
E
 
K
L
 
I
I
 
I
A
 
V
N
 
E
G
 
D
I
 
S
K
 
Q
N
 
N
E
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
S
G
 
S
E
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
S
I
 
N
V
 
V
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
I
N
 
Q
A
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
M
 
N
D
 
S
Q
 
K
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
T
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
S
L
 
A
D
 
N
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
G
G
 
G
I
 
D
S
 
V
V
 
V
P
 
C
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
K
G
 
G
A
 
G
R
 
E
L
 
M
V
 
A
G
 
A
D
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
S
 
-
Q
 
K
K
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
G
G
 
K
D
 
G
Q
 
N
V
 
V
G
 
V
I
 
E
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
P
T
 
G
T
 
A
T
 
S
N
x
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
D
R
|
R
T
 
G
A
 
K
G
 
G
F
 
F
K
 
D
D
 
E
A
 
A
M
 
I
-
 
A
D
 
K
A
 
Y
A
 
P
Q
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
K
Q
 
Q
S
 
A
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
S
K
 
K
G
 
G
N
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
M
A
 
E
S
 
N
M
 
I
L
 
L
N
 
Q
E
 
A
Y
 
Q
P
 
P
D
 
K
L
 
I
K
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
S
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
K
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
T
 
Q
G
 
G
Q
 
-
V
 
I
Q
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
N
 
E
A
 
D
I
 
A
K
 
L
P
 
K
M
 
A
L
 
I
E
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
M
L
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
I
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
S
 
A
Q
 
L
Q
 
M
A
 
G
V
 
S
Y
 
L
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
A
 
M
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
Y
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
P
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
A
 
I
D
 
P
N
 
N
V
 
F
I
 
I
Q
 
P
T
 
A
P
 
E
V
 
L
E
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
E

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
27% identity, 90% coverage: 32:318/319 of query aligns to 1:281/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
P
 
G
K
 
K
V
 
M
A
 
A
L
 
I
V
 
V
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
x
W
F
|
F
R
 
V
T
 
V
M
 
L
E
 
A
D
 
E
G
 
T
A
 
A
K
 
K
D
 
Q
Y
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
H
 
R
A
 
A
D
 
E
E
 
Q
F
 
L
E
 
G
L
 
Y
I
 
E
A
 
A
N
 
T
G
 
I
I
 
F
K
 
D
N
 
S
E
 
Q
T
 
N
D
 
D
T
 
T
G
 
A
E
 
K
Q
 
E
I
 
S
R
 
A
I
 
H
V
 
F
E
 
D
Q
 
A
M
 
I
V
 
I
N
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
F
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
A
K
 
D
A
 
G
L
 
S
V
 
I
S
 
A
A
 
N
V
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
K
D
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
F
N
 
C
I
 
V
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
R
G
 
G
I
 
L
S
 
A
V
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
Y
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Y
G
 
G
A
 
G
R
 
V
L
 
L
V
 
M
G
 
G
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
A
 
V
S
 
K
-
 
F
-
 
L
-
 
K
Q
 
E
K
 
K
L
 
Y
K
 
P
A
 
D
G
 
A
D
 
K
Q
 
E
V
 
I
G
 
P
I
 
Y
I
 
A
E
 
E
-
 
L
-
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
L
T
 
S
T
 
A
T
 
Q
N
 
P
A
 
T
Q
 
W
Q
 
D
R
|
R
T
 
S
A
 
N
G
 
G
F
 
F
K
 
H
D
 
S
A
 
V
M
 
V
D
 
D
A
 
Q
A
 
Y
-
 
P
Q
 
E
M
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
S
 
A
V
 
Q
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
E
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
D
K
 
T
G
 
A
N
 
Y
A
 
K
V
 
V
A
 
T
A
 
E
S
 
Q
M
 
I
L
 
L
N
 
Q
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
W
A
 
C
G
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
S
 
K
A
 
A
V
 
C
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
G
 
-
Q
 
D
V
 
I
Q
 
Y
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
A
I
 
I
K
 
K
P
 
-
M
 
-
L
 
-
E
 
E
D
 
G
G
 
K
R
 
Q
V
 
I
L
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
I
D
 
M
Q
|
Q
A
 
F
A
 
P
S
 
K
Q
 
L
Q
 
M
A
 
A
V
 
R
Y
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
W
A
 
A
L
 
D
K
 
Q
M
 
Y
V
 
L
K
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
R
P
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
S
A
 
F
D
 
P
N
 
E
V
 
I
I
 
V
Q
 
P
T
 
V
P
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
R
K
 
E

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
30% identity, 82% coverage: 35:296/319 of query aligns to 5:256/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
V
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
K
 
P
S
 
A
L
 
H
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
 
F
R
 
K
T
 
A
M
 
E
E
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
E
D
 
A
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
T
 
E
H
 
L
A
 
G
D
 
-
E
 
-
F
 
Y
E
 
E
L
 
T
I
 
L
A
 
V
N
 
-
G
 
-
I
 
M
K
 
T
N
 
H
E
 
D
T
 
D
D
 
D
T
 
A
G
 
N
E
 
K
Q
 
Q
I
 
S
R
 
E
I
 
M
V
 
I
E
 
D
Q
 
T
M
 
A
V
 
I
N
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
P
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
K
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
K
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
S
I
 
F
N
 
L
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
V
S
 
A
V
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
V
P
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
A
D
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
S
 
K
Q
 
L
K
 
M
L
 
G
K
 
E
A
 
K
G
 
G
D
 
N
Q
 
Y
V
 
V
G
 
E
I
 
L
I
 
V
E
 
-
G
 
G
V
 
K
S
 
E
T
 
S
T
x
D
T
 
T
N
|
N
A
 
A
Q
 
G
Q
 
I
R
|
R
T
 
S
A
 
Q
G
 
G
F
 
Y
K
 
H
D
|
D
A
 
V
M
 
I
D
|
D
-
x
D
A
 
Y
A
 
P
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
I
 
S
V
 
V
S
 
A
V
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
S
I
 
Q
D
 
T
K
 
E
G
 
A
N
 
Y
A
 
S
V
 
K
A
 
M
A
 
E
S
 
T
M
 
I
L
 
L
N
 
Q
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
V
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
K
G
 
-
Q
 
D
V
 
V
Q
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
S
N
 
N
A
 
D
I
 
V
K
 
R
P
 
D
M
 
S
L
 
I
E
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
G
V
 
I
L
 
K
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
L
Q
 
Q
A
 
P
A
 
A
S
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
Y
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
D
K
 
A
M
 
Y
V
 
I
K
 
K

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
30% identity, 82% coverage: 35:296/319 of query aligns to 5:256/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
V
 
I
A
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
K
 
P
S
 
A
L
 
H
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
 
F
F
|
F
R
 
K
T
 
A
M
 
E
E
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
E
D
 
A
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
T
 
E
H
 
L
A
 
G
D
 
-
E
 
-
F
 
Y
E
 
E
L
 
T
I
 
L
A
 
V
N
 
-
G
 
-
I
 
M
K
 
T
N
 
H
E
 
D
T
 
D
D
 
D
T
 
A
G
 
N
E
 
K
Q
 
Q
I
 
S
R
 
E
I
 
M
V
 
I
E
 
D
Q
 
T
M
 
A
V
 
I
N
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
P
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
K
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
K
D
 
D
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
S
I
 
F
N
 
L
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
V
S
 
A
V
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
V
P
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
A
D
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
S
 
K
Q
 
L
K
 
M
L
 
G
K
 
E
A
 
K
G
 
G
D
 
N
Q
 
Y
V
 
V
G
 
E
I
 
L
I
 
V
E
 
-
G
 
G
V
 
K
S
 
E
T
 
S
T
x
D
T
 
T
N
 
N
A
 
A
Q
 
G
Q
 
I
R
|
R
T
 
S
A
 
Q
G
 
G
F
 
Y
K
 
H
D
|
D
A
 
V
M
 
I
D
|
D
-
x
D
A
 
Y
A
 
P
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
I
 
S
V
 
V
S
 
A
V
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
S
I
 
Q
D
 
T
K
 
E
G
 
A
N
 
Y
A
 
S
V
 
K
A
 
M
A
 
E
S
 
T
M
 
I
L
 
L
N
 
Q
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
V
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
K
G
 
-
Q
 
D
V
 
V
Q
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
S
N
 
N
A
 
D
I
 
V
K
 
R
P
 
D
M
 
S
L
 
I
E
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
G
V
 
I
L
 
K
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
L
Q
|
Q
A
 
P
A
 
A
S
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
Y
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
D
K
 
A
M
 
Y
V
 
I
K
 
K

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
27% identity, 89% coverage: 34:318/319 of query aligns to 2:278/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
K
 
E
V
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
I
M
 
V
K
|
K
S
 
T
L
 
V
A
 
N
N
 
S
E
 
T
F
 
F
F
x
W
R
 
Q
T
 
N
M
 
V
E
 
Q
D
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
I
D
 
G
Y
 
K
Q
 
Q
K
 
K
T
 
A
H
 
H
A
 
T
D
 
I
E
 
T
F
 
F
E
 
Q
L
 
-
I
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
G
I
 
P
K
 
A
N
 
A
E
|
E
T
 
S
D
 
A
T
 
I
G
 
A
E
 
D
Q
 
Q
I
 
V
R
 
N
I
 
M
V
 
V
E
 
E
Q
 
N
M
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
R
G
 
K
A
 
V
K
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
L
I
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
P
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
W
D
 
E
Q
 
A
G
 
R
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
V
N
 
I
I
 
I
D
|
D
N
 
S
R
 
M
L
 
L
D
 
S
P
 
K
D
 
D
L
 
A
L
 
E
K
 
K
S
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
Y
S
 
Y
V
 
Q
P
 
A
F
 
F
V
 
L
G
 
A
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
K
K
 
A
G
 
A
A
 
G
R
 
E
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
L
 
M
A
 
I
S
 
-
Q
 
Q
K
 
K
L
 
V
K
 
G
A
 
T
G
 
E
D
 
G
Q
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
V
I
 
M
E
 
S
G
 
Y
V
 
V
S
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
N
 
S
A
 
E
Q
 
I
Q
 
G
R
|
R
T
 
V
A
 
G
G
 
G
F
 
F
K
 
T
D
 
D
A
 
Y
M
 
I
D
x
K
A
 
A
-
 
N
A
x
S
Q
 
K
M
 
L
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
P
Q
 
Y
S
 
Y
G
 
S
N
 
Q
W
 
S
E
 
Q
I
 
M
D
 
A
K
 
T
G
 
A
N
 
L
A
x
N
V
 
Q
A
 
T
A
 
T
S
x
D
M
 
V
L
 
L
N
 
A
E
 
A
Y
 
N
P
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
I
L
 
F
A
 
G
G
 
A
N
|
N
D
 
E
S
 
P
M
 
T
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
M
V
 
G
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
L
Q
 
V
V
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
N
N
 
Q
A
 
D
I
 
L
K
 
Q
P
 
E
M
 
F
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
T
V
 
L
L
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
V
Q
|
Q
A
 
G
A
 
S
S
 
Y
Q
 
Q
Q
 
M
A
 
G
V
 
E
Y
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
A
 
T
A
 
L
L
 
L
K
 
K
M
 
L
V
 
L
K
 
S
G
 
K
E
 
E
K
 
K
P
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
A
 
V
D
 
E
N
 
K
V
 
F
I
 
I
Q
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
V
L
 
V
I
 
V
T
 
T
K
 
K
K
 
Q

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
29% identity, 82% coverage: 34:296/319 of query aligns to 10:267/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
K
 
E
V
 
V
A
 
V
L
 
V
V
 
S
M
 
F
K
 
N
S
 
D
L
 
L
A
 
S
N
x
Q
E
 
P
F
|
F
F
 
F
R
 
V
T
 
A
M
 
M
E
 
R
D
 
R
G
 
E
A
 
L
K
 
E
D
 
D
Y
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
H
 
E
A
 
A
D
 
A
E
 
K
F
 
L
E
 
G
L
 
V
I
 
K
A
 
V
N
 
Q
G
 
V
I
 
L
K
 
D
N
 
A
E
 
Q
T
 
N
D
 
N
T
 
S
G
 
S
E
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
I
 
D
V
 
L
E
 
Q
Q
 
A
M
 
A
V
 
A
N
 
V
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
V
V
 
I
I
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
A
S
 
G
A
 
A
V
 
A
K
 
D
K
 
D
A
 
L
M
 
V
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
I
N
 
S
I
 
V
D
|
D
N
x
R
R
 
N
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
I
K
 
A
S
 
G
K
 
G
G
 
K
I
 
T
S
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
V
G
 
G
P
 
A
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
G
A
 
G
R
 
R
L
 
A
V
 
M
G
 
A
D
 
D
Y
 
W
L
 
V
A
 
V
S
 
-
Q
 
K
K
 
T
L
 
Y
K
 
P
A
 
A
G
 
G
D
 
A
Q
 
R
V
 
V
G
 
V
I
 
V
I
 
I
E
 
T
G
x
N
V
x
D
S
 
P
T
 
G
T
 
S
T
 
S
N
x
S
A
 
S
Q
 
I
Q
 
E
R
|
R
T
 
V
A
 
K
G
 
G
F
 
V
K
 
H
D
 
D
A
 
G
M
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
G
-
 
G
-
 
P
Q
 
A
M
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
T
V
 
E
Q
 
Q
S
 
T
G
 
A
N
 
N
W
x
S
E
 
K
I
 
R
D
 
D
K
 
Q
G
 
A
N
 
L
A
 
T
V
 
V
A
 
T
-
 
Q
-
 
N
-
 
I
-
 
L
A
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
R
N
 
D
E
 
T
Y
 
P
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
-
A
 
-
L
 
I
L
 
L
A
 
C
G
 
L
N
|
N
D
 
D
S
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
L
K
 
D
T
 
S
G
 
A
Q
 
K
V
 
V
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
A
I
 
I
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
R
L
 
I
E
 
K
D
 
A
G
 
G
R
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
V
D
 
E
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
S
 
G
Q
 
L
Q
 
Q
A
 
I
V
 
R
Y
 
T
G
 
A
I
 
L
Q
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
D
M
 
K
V
 
I
K
 
K

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
27% identity, 88% coverage: 35:316/319 of query aligns to 4:285/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
V
 
I
A
 
G
L
 
V
V
 
I
M
 
G
K
|
K
S
 
S
L
 
V
A
 
-
N
 
H
E
 
P
F
 
Y
F
x
W
R
 
S
T
 
Q
M
 
V
E
 
E
D
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
K
D
 
A
Y
 
A
Q
 
G
K
 
K
T
 
A
H
 
L
A
 
G
D
 
V
E
 
D
F
 
T
E
 
K
L
 
F
I
 
F
A
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
P
N
 
Q
E
 
K
T
 
C
D
 
D
T
 
I
G
 
N
E
 
A
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
M
V
 
L
E
 
E
Q
 
S
M
 
F
V
 
I
N
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
S
 
P
A
 
T
V
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
E
Q
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
V
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
 
T
R
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
S
G
 
G
I
 
R
S
 
Y
V
 
V
P
 
-
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
A
A
 
G
R
 
Y
L
 
T
V
 
A
G
 
G
D
 
-
Y
 
-
L
 
L
A
 
I
S
 
M
Q
 
K
K
 
E
L
 
L
K
 
L
A
 
G
G
 
G
D
 
K
-
 
G
Q
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
I
I
 
G
E
 
T
G
 
G
V
 
S
S
 
L
T
 
T
T
 
A
T
 
M
N
|
N
A
 
S
Q
 
L
Q
 
Q
R
|
R
T
 
I
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
A
M
 
I
D
 
K
A
 
D
A
 
S
Q
 
E
M
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
S
 
D
V
 
I
Q
 
L
S
 
N
G
 
D
N
 
C
W
x
E
E
 
D
I
 
G
D
 
A
K
 
R
G
 
A
N
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
A
 
E
S
 
A
M
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
F
A
 
G
G
 
V
N
x
Y
D
x
A
S
 
Y
M
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
Q
V
 
A
S
 
L
A
 
V
V
 
V
R
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
V
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
C
Y
 
F
D
|
D
N
 
T
I
 
T
N
 
P
A
 
D
I
 
I
K
 
L
P
 
Q
M
 
Y
L
 
V
E
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
L
 
M
D
 
G
Q
|
Q
-
 
R
-
 
P
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
G
A
 
Y
A
 
L
S
 
S
Q
 
V
Q
 
T
A
 
V
V
 
L
Y
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
A
 
N
A
 
T
L
 
L
K
 
M
M
 
M
V
 
L
K
 
P
G
 
K
E
 
V
K
 
K
P
 
V
D
 
D
V
 
G
D
 
K
A
 
V
D
 
D
N
 
Y
V
 
V
I
 
I
Q
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
T

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
29% identity, 77% coverage: 72:316/319 of query aligns to 37:285/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
I
 
V
K
 
P
N
 
Q
E
 
K
T
 
E
D
 
D
T
 
I
G
 
N
E
 
A
Q
 
Q
I
 
L
R
 
Q
I
 
M
V
 
L
E
 
E
Q
 
S
M
 
F
V
 
I
N
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
S
 
P
A
 
T
V
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
E
Q
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
V
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
 
T
R
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
S
G
 
G
I
 
R
S
 
Y
V
 
V
P
 
-
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
A
A
 
G
R
 
Y
L
 
T
V
 
A
G
 
G
D
 
-
Y
 
-
L
 
L
A
 
I
S
 
M
Q
 
K
K
 
E
L
 
L
K
 
L
A
 
G
G
 
G
D
 
K
-
 
G
Q
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
I
I
 
G
E
 
T
G
 
G
V
 
S
S
 
L
T
 
T
T
 
A
T
 
M
N
|
N
A
 
S
Q
 
L
Q
 
Q
R
|
R
T
 
I
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
A
M
 
I
D
 
K
A
 
D
A
 
S
Q
 
E
M
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
S
 
D
V
 
I
Q
 
L
S
 
N
G
 
D
N
 
E
W
x
E
E
 
D
I
 
G
D
 
A
K
 
R
G
 
A
N
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
A
 
E
S
 
A
M
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
F
A
 
G
G
 
V
N
x
Y
D
x
A
S
 
Y
M
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
Q
V
 
A
S
 
L
A
 
V
V
 
V
R
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
V
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
Q
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
C
Y
 
F
D
|
D
N
 
T
I
 
T
N
 
P
A
 
D
I
 
I
K
 
L
P
 
Q
M
 
Y
L
 
V
E
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
L
 
M
D
 
G
Q
|
Q
-
 
R
-
 
P
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
G
A
 
Y
A
 
L
S
 
S
Q
 
V
Q
 
T
A
 
V
V
 
L
Y
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
A
 
N
A
 
T
L
 
L
K
 
M
M
 
M
V
 
L
K
 
P
G
 
K
E
 
V
K
 
K
P
 
V
D
 
D
V
 
G
D
 
K
A
 
V
D
 
D
N
 
Y
V
 
V
I
 
I
Q
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
V
I
 
V
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 84% coverage: 34:302/319 of query aligns to 4:271/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
K
 
K
V
 
I
A
 
G
L
 
V
V
 
S
M
 
M
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
 
A
E
 
P
F
x
Y
F
|
F
R
 
A
T
 
A
M
 
Q
E
 
M
D
 
E
G
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
A
Y
 
R
Q
 
G
K
 
K
T
 
E
H
 
L
A
 
G
D
 
-
E
 
-
F
 
Y
E
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
T
G
 
D
I
 
A
K
 
Q
N
 
G
E
 
K
T
 
L
D
 
Q
T
 
-
G
 
-
E
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
I
 
D
V
 
V
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
V
N
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
A
D
|
D
S
|
S
K
 
E
A
 
G
L
 
L
V
 
V
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
M
 
S
D
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
K
V
 
V
I
 
V
N
 
V
I
 
I
D
|
D
N
x
S
R
x
T
L
 
L
D
 
N
P
 
P
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
R
G
 
A
I
 
N
S
 
F
V
 
V
P
 
T
F
 
Q
V
 
V
G
 
Q
P
 
S
D
 
S
N
 
N
R
 
S
K
 
I
G
 
N
A
 
G
R
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
H
Y
 
W
L
 
V
A
 
I
S
 
E
Q
 
E
K
 
V
L
 
G
K
 
N
A
 
K
G
 
S
D
 
L
Q
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
I
 
L
E
 
S
G
 
G
V
 
E
S
 
K
T
 
G
T
x
N
T
x
P
N
 
V
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
E
R
|
R
T
 
R
A
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
L
D
 
S
A
 
G
M
 
I
D
 
I
A
 
E
A
 
A
Q
 
Q
M
 
L
K
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
T
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
Q
Q
 
G
S
 
W
G
 
G
N
 
H
W
|
W
E
 
N
I
 
D
D
 
E
K
 
G
G
 
G
N
 
L
A
 
K
V
 
A
A
 
M
A
 
E
S
 
D
M
 
L
L
 
L
N
 
V
E
 
A
Y
 
N
P
 
K
D
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
M
L
 
V
L
 
L
A
 
G
G
 
E
N
|
N
D
 
D
S
 
S
M
 
M
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
R
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
I
V
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
A
G
 
A
Y
 
A
D
|
D
N
 
A
I
 
Q
N
 
K
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
L
L
 
I
E
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
Y
L
 
G
A
 
V
T
 
T
L
 
G
D
 
L
Q
 
N
A
 
D
A
 
P
S
 
A
Q
 
L
Q
 
V
A
 
A
V
 
R
Y
 
T
G
 
A
I
 
I
Q
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
V
V
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
V

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 84% coverage: 34:302/319 of query aligns to 4:271/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
K
 
K
V
 
I
A
 
G
L
 
V
V
 
S
M
 
M
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
 
A
E
 
P
F
x
Y
F
|
F
R
 
A
T
 
A
M
 
Q
E
 
M
D
 
E
G
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
A
Y
 
R
Q
 
G
K
 
K
T
 
E
H
 
L
A
 
G
D
 
-
E
 
-
F
 
Y
E
 
E
L
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
T
G
 
D
I
 
A
K
 
Q
N
 
G
E
 
K
T
 
L
D
 
Q
T
 
-
G
 
-
E
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
I
 
D
V
 
V
E
 
E
Q
 
D
M
 
L
V
 
V
N
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
A
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
D
S
 
S
K
 
E
A
 
G
L
 
L
V
 
V
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
M
 
S
D
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
K
V
 
V
I
 
V
N
 
V
I
 
I
D
|
D
N
x
S
R
 
T
L
 
L
D
 
N
P
 
P
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
R
G
 
A
I
 
N
S
 
F
V
 
V
P
 
T
F
 
Q
V
 
V
G
 
Q
P
 
S
D
 
S
N
 
N
R
 
S
K
 
I
G
 
N
A
 
G
R
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
H
Y
 
W
L
 
V
A
 
I
S
 
E
Q
 
E
K
 
V
L
 
G
K
 
N
A
 
K
G
 
S
D
 
L
Q
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
I
 
L
E
 
S
G
 
G
V
 
E
S
 
K
T
 
G
T
x
N
T
 
P
N
 
V
A
 
G
Q
 
Q
Q
 
E
R
|
R
T
 
R
A
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
L
D
 
S
A
 
G
M
 
I
D
 
I
A
 
E
A
 
A
Q
 
Q
M
 
L
K
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
T
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
Q
Q
 
G
S
 
W
G
 
G
N
 
H
W
|
W
E
 
N
I
 
D
D
 
E
K
 
G
G
 
G
N
 
L
A
 
K
V
 
A
A
 
M
A
 
E
S
 
D
M
 
L
L
 
L
N
 
V
E
 
A
Y
 
N
P
 
K
D
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
M
L
 
V
L
 
L
A
 
G
G
 
E
N
|
N
D
 
D
S
 
S
M
 
M
A
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
R
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
I
V
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
A
G
 
A
Y
 
A
D
|
D
N
 
A
I
 
Q
N
 
K
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
L
L
 
I
E
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
Y
L
 
G
A
 
V
T
 
T
L
 
G
D
 
L
Q
 
N
A
 
D
A
 
P
S
 
A
Q
 
L
Q
 
V
A
 
A
V
 
R
Y
 
T
G
 
A
I
 
I
Q
 
D
A
 
L
A
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
V
V
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
27% identity, 89% coverage: 34:317/319 of query aligns to 10:276/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
K
 
K
V
 
L
A
 
G
L
 
V
V
 
S
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
T
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
x
Y
F
|
F
R
 
V
T
 
A
M
 
M
E
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
I
K
 
D
D
 
K
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
S
T
 
N
H
 
K
A
 
K
D
 
I
E
 
S
F
 
I
E
 
K
L
 
-
I
 
V
A
 
A
N
 
D
G
 
A
I
 
-
K
 
-
N
 
-
E
 
Q
T
 
D
D
 
D
T
 
A
G
 
A
E
 
R
Q
 
Q
I
 
A
R
 
D
I
 
D
V
 
V
E
 
Q
Q
 
N
M
 
F
V
 
I
N
 
S
A
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
I
V
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
A
M
 
N
D
 
N
Q
 
A
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
L
I
 
M
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
S
D
 
E
P
 
G
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
G
I
 
K
S
 
V
V
 
L
P
 
T
F
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
A
A
 
G
R
 
K
L
 
M
V
 
A
G
 
A
D
 
D
Y
 
Y
L
 
-
A
 
A
S
 
V
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
G
A
 
K
G
 
K
D
 
A
Q
 
K
V
 
A
G
 
F
I
 
E
I
 
L
E
 
S
G
 
G
V
 
V
S
 
P
T
 
G
T
 
A
T
 
S
N
 
A
A
 
T
Q
 
V
Q
 
D
R
|
R
T
 
G
A
 
K
G
 
G
F
 
F
K
 
H
D
 
-
A
 
S
M
 
V
D
 
A
A
 
K
A
 
S
Q
 
K
M
 
L
K
 
D
I
 
M
V
 
L
S
 
S
V
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
A
N
 
L
A
 
N
V
 
T
A
 
T
A
 
Q
S
 
N
M
 
M
L
 
I
N
 
Q
E
 
G
Y
 
H
P
 
K
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
A
 
I
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
S
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
-
T
 
L
G
 
Q
Q
 
N
V
 
V
Q
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
N
 
G
I
 
Q
N
 
P
A
 
D
I
 
A
K
 
H
P
 
D
M
 
A
L
 
I
E
 
K
D
 
K
G
 
G
R
 
D
V
 
I
L
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
I
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
S
 
A
Q
 
K
Q
 
M
A
 
G
V
 
E
Y
 
I
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
I
K
 
D
M
 
Y
V
 
Y
K
 
K
G
 
G
E
 
K
K
 
K
P
 
-
D
 
-
V
 
V
D
 
E
A
 
K
D
 
E
N
 
T
V
 
I
I
 
-
Q
 
-
T
 
S
P
 
P
V
 
I
E
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
K

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
29% identity, 70% coverage: 75:297/319 of query aligns to 41:256/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
E
 
Q
T
 
S
D
 
S
T
 
S
G
 
T
E
 
K
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
I
 
D
V
 
L
E
 
E
Q
 
N
M
 
A
V
 
I
N
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
I
I
 
I
A
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
S
S
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
I
M
 
I
D
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
A
I
 
A
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
K
L
 
V
D
 
E
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
S
S
 
S
K
 
K
G
 
-
I
 
-
S
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
F
G
 
G
P
 
A
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
T
G
 
G
A
 
G
R
 
Q
L
 
E
V
 
V
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
L
 
V
A
 
K
S
 
A
Q
 
-
K
 
K
L
 
Y
K
 
P
A
 
N
G
 
G
D
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
I
I
 
L
I
 
L
E
 
T
G
 
G
V
 
Q
S
 
P
T
 
G
T
 
S
T
 
T
N
x
S
A
 
N
Q
 
I
Q
 
E
R
|
R
T
 
T
A
 
K
G
 
G
F
 
I
K
 
R
D
 
D
A
 
E
M
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
G
-
 
G
-
 
D
Q
 
K
M
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
V
V
 
D
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
N
 
N
W
|
W
E
 
L
I
 
R
D
 
S
K
 
E
G
 
G
N
 
L
A
 
R
V
 
I
A
 
I
A
 
E
S
 
S
M
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
T
L
|
L
N
x
K
E
|
E
Y
 
K
P
 
P
D
 
E
L
 
V
K
 
-
A
 
-
L
 
I
L
 
I
A
 
S
G
 
A
N
|
N
D
 
D
S
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
-
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
D
V
 
I
Q
 
L
V
 
V
V
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
S
I
 
T
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
R
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
W
V
 
L
L
 
Y
A
 
L
T
 
T
L
 
A
D
 
D
Q
|
Q
A
 
R
A
 
P
S
 
S
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
Q
 
S
A
 
T
A
 
A
L
 
L
K
 
E
M
 
Q
V
 
V
K
 
V
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
29% identity, 70% coverage: 75:297/319 of query aligns to 43:258/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
E
 
Q
T
 
S
D
 
S
T
 
S
G
 
T
E
 
K
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
I
 
D
V
 
L
E
 
E
Q
 
N
M
 
A
V
 
I
N
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
I
I
 
I
A
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
S
S
 
G
A
 
A
V
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
I
M
 
I
D
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
A
I
 
A
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
K
L
 
V
D
 
E
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
S
S
 
S
K
 
K
G
 
-
I
 
-
S
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
F
G
 
G
P
 
A
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
T
G
 
G
A
 
G
R
 
Q
L
 
E
V
 
V
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
L
 
V
A
 
K
S
 
A
Q
 
-
K
 
K
L
 
Y
K
 
P
A
 
N
G
 
G
D
 
A
Q
 
K
V
 
I
G
 
I
I
 
L
I
 
L
E
 
T
G
 
G
V
 
Q
S
 
P
T
 
G
T
 
S
T
 
T
N
x
S
A
 
N
Q
 
I
Q
 
E
R
|
R
T
 
T
A
 
K
G
 
G
F
 
I
K
 
R
D
 
D
A
 
E
M
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
G
-
 
G
-
 
D
Q
 
K
M
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
V
V
 
D
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
N
 
N
W
|
W
E
 
L
I
 
R
D
 
S
K
 
E
G
 
G
N
 
L
A
 
R
V
 
I
A
 
I
A
 
E
S
 
S
M
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
T
L
 
L
N
 
K
E
 
E
Y
 
K
P
 
P
D
 
E
L
 
V
K
 
-
A
 
-
L
 
I
L
 
I
A
 
S
G
 
A
N
|
N
D
 
D
S
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
-
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
Q
 
D
V
 
I
Q
 
L
V
 
V
V
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
S
I
 
T
N
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
R
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
W
V
 
L
L
 
Y
A
 
L
T
 
T
L
 
A
D
 
D
Q
|
Q
A
 
R
A
 
P
S
 
S
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
Q
 
S
A
 
T
A
 
A
L
 
L
K
 
E
M
 
Q
V
 
V
K
 
V
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_2454 FitnessBrowser__Putida:PP_2454
MKLPFPGRLLALAVISSLSLALPLSAAHAEDKPKVALVMKSLANEFFRTMEDGAKDYQKT
HADEFELIANGIKNETDTGEQIRIVEQMVNAGAKALVIAPADSKALVSAVKKAMDQGVVV
INIDNRLDPDLLKSKGISVPFVGPDNRKGARLVGDYLASQKLKAGDQVGIIEGVSTTTNA
QQRTAGFKDAMDAAQMKIVSVQSGNWEIDKGNAVAASMLNEYPDLKALLAGNDSMALGAV
SAVRAAGKTGQVQVVGYDNINAIKPMLEDGRVLATLDQAASQQAVYGIQAALKMVKGEKP
DVDADNVIQTPVELITKKP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory