SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_2909 FitnessBrowser__Putida:PP_2909 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

P76621 Glutarate 2-hydroxylase; G-2-H; Carbon starvation induced protein D; EC 1.14.11.64 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
68% identity, 100% coverage: 1:325/325 of query aligns to 1:325/325 of P76621

query
sites
P76621
M
 
M
N
 
N
A
 
A
F
 
L
T
 
T
Q
 
A
I
 
V
D
 
Q
E
 
N
L
 
N
V
 
A
M
 
V
P
 
D
L
 
S
P
 
G
L
 
Q
E
 
D
P
 
Y
Q
 
S
G
 
G
Y
 
F
T
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
T
R
 
E
E
 
Q
T
 
T
V
 
T
E
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
L
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
W
 
W
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
F
 
F
L
 
L
R
 
R
F
 
F
R
 
R
V
 
V
G
 
A
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
L
C
 
C
Q
 
A
G
 
N
T
 
Q
L
 
L
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
K
T
 
T
I
 
L
L
 
L
D
 
N
R
 
R
A
 
A
T
 
E
G
 
G
G
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
V
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
K
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
K
F
 
L
T
 
A
T
 
T
A
 
A
C
 
V
A
 
A
H
 
H
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
 
K
N
 
N
S
 
V
D
 
D
N
 
N
S
 
S
D
 
D
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
H
 
H
R
 
R
V
 
V
M
 
M
E
 
E
L
 
L
H
|
H
N
 
N
D
|
D
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
V
 
V
N
 
E
Q
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
M
K
 
K
I
 
I
D
 
D
E
 
E
K
 
Q
N
 
N
M
 
M
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
S
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
D
D
 
D
W
 
W
E
 
E
Q
 
H
C
 
L
E
 
D
A
 
N
F
 
Y
F
 
F
R
 
R
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
E
 
P
M
 
M
R
 
R
W
 
F
T
 
A
A
 
A
P
 
P
P
 
P
S
 
S
K
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
S
E
 
K
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
S
 
P
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
V
D
 
D
A
 
Q
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
V
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
E
 
K
N
 
D
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
E
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
T
S
 
S
G
 
K
K
 
G
K
 
I
V
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
L
 
L
F
 
F
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
T
 
T
P
 
P
H
 
H
E
 
P
G
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
F
A
 
A
F
 
Y
P
 
A
K
 
S
P
 
N
L
 
H
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
T
G
 
H
Q
 
Q

1jr7A Crystal structure of gab reveals oxidoreductase fold (see paper)
69% identity, 94% coverage: 20:325/325 of query aligns to 6:306/306 of 1jr7A

query
sites
1jr7A
G
 
G
Y
 
F
T
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
T
R
 
E
E
 
Q
T
 
T
V
 
T
E
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
L
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
W
 
W
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
F
 
F
L
 
L
R
 
R
F
 
F
R
 
R
V
 
V
G
 
A
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
L
C
 
C
Q
 
A
G
 
N
T
 
Q
L
 
L
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
K
T
 
T
I
 
L
L
 
L
D
 
N
R
 
R
A
 
A
T
 
E
G
 
G
G
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
V
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
K
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
K
F
 
L
T
 
A
T
 
T
A
 
A
C
 
V
A
 
A
H
 
H
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
 
K
N
 
N
S
 
V
D
 
-
N
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
H
 
H
R
 
R
V
 
V
M
 
M
E
 
E
L
 
L
H
|
H
N
 
N
D
|
D
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
V
 
V
N
 
E
Q
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
M
K
 
K
I
 
I
D
 
D
E
 
E
K
 
Q
N
 
N
M
 
M
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
S
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
D
D
 
D
W
 
W
E
 
E
Q
 
H
C
 
L
E
 
D
A
 
N
F
 
Y
F
 
F
R
 
R
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
E
 
P
M
 
M
R
 
R
W
 
F
T
 
A
A
 
A
P
 
P
P
 
P
S
 
S
K
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
S
E
 
K
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
S
 
P
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
V
D
 
D
A
 
Q
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
V
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
E
 
K
N
 
D
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
E
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
T
S
 
S
G
 
K
K
 
G
K
 
I
V
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
L
 
L
F
 
F
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
T
 
T
P
 
P
H
 
H
E
 
P
G
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
F
A
 
A
F
 
Y
P
 
A
K
 
S
P
 
N
L
 
H
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
T
G
 
H
Q
 
Q

2r6sA Crystal structure of gab protein (see paper)
68% identity, 94% coverage: 20:325/325 of query aligns to 6:299/299 of 2r6sA

query
sites
2r6sA
G
 
G
Y
 
F
T
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
T
R
 
E
E
 
Q
T
 
T
V
 
T
E
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
L
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
W
 
W
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
F
 
F
L
 
L
R
|
R
F
 
F
R
 
R
V
 
V
G
 
G
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
L
C
 
C
Q
 
A
G
 
N
T
 
Q
L
 
L
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
K
T
 
T
I
 
L
L
 
L
D
 
N
R
 
R
A
 
A
T
 
E
G
 
G
G
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
A
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
K
F
 
L
T
 
A
T
 
T
A
 
A
C
 
V
A
 
A
H
 
H
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
S
N
 
N
Y
x
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
F
x
Y
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
x
K
N
 
N
S
 
-
D
 
-
N
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
H
 
H
R
 
R
V
 
V
M
|
M
E
 
E
L
 
L
H
|
H
N
 
N
D
|
D
G
|
G
T
 
T
F
x
Y
V
 
V
N
 
E
Q
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
M
K
 
K
I
 
I
D
 
D
E
 
E
K
 
Q
N
 
N
M
 
M
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
S
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
D
D
 
D
W
 
W
E
 
E
Q
 
H
C
 
L
E
 
D
A
 
H
F
 
Y
F
 
F
R
 
R
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
E
 
P
M
 
M
R
 
R
W
 
F
T
 
A
A
 
A
P
 
P
P
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
K
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
S
 
P
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
V
D
 
D
A
 
Q
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
V
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
E
 
K
N
 
D
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
E
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
T
S
 
S
G
 
K
K
 
G
K
 
I
V
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
L
 
L
F
 
F
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
T
 
T
P
 
P
H
 
H
E
 
P
G
 
D
L
 
L
R
|
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
F
A
 
A
F
 
Y
P
 
A
K
 
T
P
 
H
L
 
H
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
T
G
 
H
Q
 
Q

6hl8A Crystal structure of the csid glutarate hydroxylase in complex with glutarate (see paper)
65% identity, 94% coverage: 20:325/325 of query aligns to 5:291/291 of 6hl8A

query
sites
6hl8A
G
 
G
Y
 
F
T
 
T
I
 
L
A
 
T
P
 
P
S
 
S
K
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
T
R
 
E
E
 
Q
T
 
T
V
 
T
E
 
K
A
 
Q
F
 
F
V
 
L
Q
 
E
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
W
 
W
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
F
 
F
L
 
L
R
 
R
F
 
F
R
 
R
V
 
V
G
 
A
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
D
L
 
L
C
 
C
Q
 
A
G
 
N
T
 
Q
L
 
L
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
K
T
 
T
I
 
L
L
 
L
D
 
N
R
 
R
A
 
A
T
 
E
G
 
G
G
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
V
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
K
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
D
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
K
F
 
L
T
 
A
T
 
T
A
 
A
C
 
V
A
 
A
H
 
H
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
R
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
V
V
 
-
N
 
-
S
 
-
D
 
-
N
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
-
P
 
K
H
 
H
R
 
R
V
 
V
M
 
M
E
 
E
L
 
L
H
|
H
N
 
N
D
|
D
G
|
G
T
 
T
F
x
Y
V
 
V
N
 
E
Q
 
E
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
M
K
 
K
I
 
I
D
 
D
E
 
E
K
 
Q
N
 
N
M
 
M
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
S
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
L
D
 
D
D
 
D
W
 
W
E
 
E
Q
 
H
C
 
L
E
 
D
A
 
N
F
 
Y
F
 
F
R
 
R
H
 
H
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
R
 
R
E
 
P
M
 
M
R
 
R
W
 
F
T
 
A
A
 
-
P
 
-
P
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
K
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
S
 
P
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
V
D
 
D
A
 
Q
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
V
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
E
 
K
N
 
D
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
E
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
E
G
 
T
S
 
S
G
 
K
K
 
G
K
 
I
V
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
F
 
F
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
L
 
L
F
 
F
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
R
 
R
D
 
D
R
 
R
F
 
F
T
 
T
P
 
P
H
 
H
E
 
P
G
 
D
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
F
A
 
A
F
 
Y
P
 
A
K
 
S
P
 
N
L
 
H
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
T
G
 
H
Q
 
Q

Query Sequence

>PP_2909 FitnessBrowser__Putida:PP_2909
MNAFTQIDELVMPLPLEPQGYTIAPSKQSPRLLELTFARETVEAFVQAVAQWPVQALEYK
SFLRFRVGEILDELCQGTLRPVLLNTILDRATGGMLITPIGLDDVSQAEDMVKFTTACAH
LIGRSNYDAMSGQFYARFVVVNSDNSDSYLRQPHRVMELHNDGTFVNQITDYVLMLKIDE
KNMEGGNSLLLHLDDWEQCEAFFRHPLARREMRWTAPPSKKVAEDVFHSVFDTDAEGRPT
MRYIDQFVQPENYEEGIWLNALSESLEGSGKKVSVPVGVGSFLLINNLFWLHGRDRFTPH
EGLRRELMRQRGYVAFPKPLYQRGQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory