SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3146 FitnessBrowser__Putida:PP_3146 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
24% identity, 85% coverage: 31:396/431 of query aligns to 25:374/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
V
 
V
I
x
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
L
x
I
T
x
L
G
 
G
V
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
R
 
G
R
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
 
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
 
R
N
x
F
G
x
Y
G
 
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
I
 
K
G
 
M
H
 
P
D
 
D
V
 
E
S
 
T
G
 
F
F
 
L
A
 
L
R
 
H
H
 
H
V
 
L
G
 
G
Q
 
K
D
 
H
G
 
R
V
 
W
R
 
R
Y
 
E
L
 
M
K
 
N
-
 
A
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
T
V
 
T
E
 
Y
L
 
R
V
 
T
A
 
Q
E
 
G
R
 
R
I
 
V
A
 
E
R
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
A
 
P
C
 
L
D
 
D
L
 
E
R
 
E
W
 
-
G
 
-
F
 
-
C
 
-
E
 
D
L
 
L
A
 
V
N
 
N
T
 
V
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
A
 
R
A
 
K
F
 
W
K
 
I
E
 
D
E
 
E
Q
 
R
D
 
S
D
 
K
L
 
N
A
 
V
A
 
G
L
 
S
G
 
D
Y
 
I
R
 
P
H
 
F
E
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
V
 
I
S
 
E
A
 
G
G
 
A
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
Q
I
 
R
V
 
L
-
 
R
-
 
G
A
 
A
S
 
T
D
 
T
Q
 
D
Y
 
W
A
 
K
G
 
I
G
 
A
L
 
G
V
 
F
D
 
E
M
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
D
 
V
L
 
A
V
 
T
Q
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
Y
A
 
A
H
 
K
S
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
F
 
Y
E
 
T
Q
 
Q
S
 
C
P
x
A
V
x
A
-
 
R
-
 
G
L
 
L
R
 
E
I
 
T
E
 
Q
H
 
A
G
 
G
P
 
V
R
 
I
L
 
S
T
 
D
L
 
V
H
 
V
T
 
T
A
 
E
R
 
K
G
 
G
K
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
S
 
S
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
-
 
A
-
x
G
G
|
G
C
 
V
N
x
W
A
 
S
H
 
R
L
 
L
D
 
F
E
 
M
L
 
Q
E
 
N
P
 
L
R
 
N
L
 
V
S
 
D
G
 
V
K
 
P
V
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
Y
S
x
Q
Y
 
S
V
x
Q
V
 
Q
A
 
L
T
 
I
E
 
S
P
 
G
L
 
S
P
 
P
E
 
T
A
 
A
L
 
P
A
 
G
S
 
G
S
 
-
L
 
-
I
 
-
P
 
-
Q
 
-
N
 
N
M
 
V
A
 
A
L
 
L
C
x
P
D
 
-
Q
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
G
L
 
G
D
 
I
Y
 
F
Y
 
F
R
 
R
L
 
E
T
 
Q
A
 
A
D
 
D
R
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
P
A
 
R
C
 
V
H
 
I
Y
 
V
S
 
A
G
 
L
R
 
P
H
 
D
P
 
L
K
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
N
A
 
A
Y
 
S
M
 
L
R
 
E
P
 
-
K
 
K
V
 
L
L
 
K
K
 
A
V
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
A
 
K
N
 
E
V
 
S
R
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
Q
 
Q
W
 
W
G
 
S
G
|
G
M
 
A
I
x
M
G
 
A
I
 
I
T
 
A
A
 
P
N
 
D
R
 
E
F
 
N
P
 
P
Q
 
I
V
 
I
G
 
S
R
 
E
L
 
V
N
 
K
Q
 
E
H
 
Y
P
 
P
N
 
G
V
 
L
Y
 
V
Y
 
I
A
 
N
Q
 
T
G
 
A
Y
 
-
S
x
T
G
|
G
H
x
W
G
|
G
L
x
M
N
x
T
V
 
E
T
 
S
H
 
P
W
 
V
T
 
S
A
 
A
K
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
A
E
 
D
S
 
-
I
 
L
A
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
K
S
 
K
H
 
P
G
 
V
L
 
L
D
 
D

1y56B Crystal structure of l-proline dehydrogenase from p.Horikoshii (see paper)
23% identity, 81% coverage: 46:393/431 of query aligns to 20:357/374 of 1y56B

query
sites
1y56B
A
 
A
L
 
H
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
E
S
 
E
V
 
V
V
 
T
L
 
V
L
x
I
E
|
E
A
x
K
R
 
R
R
 
F
I
 
I
G
 
G
W
 
S
G
 
G
A
x
S
S
x
T
G
x
F
R
|
R
N
x
C
G
|
G
G
 
-
Q
 
-
L
 
-
I
 
-
R
x
T
G
|
G
I
 
I
G
 
R
H
 
Q
D
 
Q
V
 
F
S
 
N
G
 
D
F
 
E
A
 
A
R
 
-
H
 
-
V
 
-
G
 
-
Q
 
-
D
 
-
G
 
N
V
 
V
R
 
R
Y
 
V
L
 
M
K
 
K
Q
 
R
A
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
S
V
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
W
A
 
K
E
 
K
R
 
Y
I
 
S
A
 
E
R
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
S
C
 
F
D
 
K
L
 
-
R
 
Q
W
 
T
G
 
G
F
 
Y
C
 
L
E
 
F
L
 
L
A
 
L
N
 
Y
T
 
D
A
 
D
A
 
E
Q
 
E
F
 
V
A
 
K
A
 
T
F
 
F
K
 
K
E
 
R
E
 
N
Q
 
I
D
 
E
D
 
I
L
 
Q
A
 
N
A
 
K
L
 
F
G
 
G
Y
 
V
R
 
-
H
 
-
E
 
P
T
 
T
R
 
K
L
 
L
V
 
I
S
 
T
A
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
A
N
 
K
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
I
S
 
S
D
 
E
Q
 
V
Y
 
I
A
 
A
G
 
A
G
 
S
L
 
W
V
 
-
D
 
N
M
 
P
G
 
T
S
 
D
G
 
G
H
 
K
L
 
A
H
 
D
P
 
P
L
 
F
D
 
E
L
 
A
V
 
T
Q
 
T
G
 
A
E
 
F
A
 
A
R
 
V
A
 
K
A
 
A
H
 
K
S
 
E
L
 
Y
G
 
G
V
 
A
R
 
K
I
 
L
F
 
L
E
 
E
Q
 
Y
S
 
T
P
x
E
V
|
V
-
 
K
-
 
G
L
 
F
R
 
L
I
 
I
E
 
E
H
 
N
G
 
N
P
 
E
R
 
I
L
 
K
T
 
G
L
 
V
H
 
K
T
 
T
A
 
N
R
 
K
G
 
G
K
 
I
V
 
I
R
 
K
A
 
T
S
 
G
S
 
I
L
 
V
V
 
V
L
 
N
G
 
A
C
x
T
N
|
N
A
 
A
H
x
W
L
 
A
D
 
N
E
 
L
L
 
I
E
 
N
P
 
A
R
 
M
L
 
A
S
 
G
G
 
I
K
 
K
V
 
T
-
 
K
L
 
I
P
 
P
A
 
I
G
 
E
S
 
P
Y
 
Y
-
 
K
-
x
H
-
 
Q
V
 
A
V
 
V
A
 
I
T
 
T
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
P
 
K
E
 
R
A
 
G
L
 
T
A
 
I
S
 
N
S
x
P
L
 
M
I
 
V
P
 
-
Q
 
-
N
 
-
M
 
-
A
 
-
L
 
-
C
 
I
D
 
S
Q
 
F
K
 
K
V
 
Y
G
 
G
L
 
H
D
 
A
Y
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
T
-
 
F
-
 
H
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
x
I
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
P
-
 
T
Y
 
Y
R
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
P
D
 
T
R
 
Y
R
 
E
L
 
F
L
 
L
F
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
C
 
-
H
 
-
Y
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
S
A
 
Y
Y
 
Y
M
 
F
R
 
-
P
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
T
K
 
K
V
 
I
F
 
I
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
A
 
K
N
 
N
V
 
L
R
 
L
I
 
I
D
 
L
Y
x
R
Q
 
T
W
|
W
G
 
A
G
|
G
M
x
Y
I
x
Y
G
 
A
I
 
K
T
 
T
A
 
P
N
 
D
R
 
S
F
 
N
P
 
P
Q
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
I
N
 
E
Q
 
E
H
 
L
P
 
N
N
 
D
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
I
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
Y
 
F
S
 
S
G
|
G
H
|
H
G
|
G
L
x
F
N
x
M
V
 
M
T
 
A
H
 
P
W
 
A
T
 
V
A
 
G
K
 
E
L
 
M
L
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
L
I
 
I
A
 
T
L
 
K
G
 
G
H
 
K
S
 
T
H
 
K

Sites not aligning to the query:

5hxwA L-amino acid deaminase from proteus vulgaris (see paper)
27% identity, 48% coverage: 31:236/431 of query aligns to 17:216/433 of 5hxwA

query
sites
5hxwA
A
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
V
 
V
I
x
V
G
|
G
G
 
A
G
|
G
L
x
I
T
x
L
G
 
G
V
 
I
N
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
V
E
|
E
A
x
K
R
 
G
R
 
N
I
 
I
G
 
A
W
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
L
x
A
I
 
I
R
 
S
G
 
Y
I
 
K
G
 
M
H
 
P
D
 
D
V
 
E
S
 
T
G
 
F
F
 
L
A
 
L
R
 
H
H
 
H
V
 
L
G
 
G
Q
 
K
D
 
H
G
 
R
V
 
W
R
 
R
Y
 
E
L
 
M
K
 
N
-
 
A
Q
 
K
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
T
V
 
T
E
 
Y
L
 
R
V
 
T
A
 
Q
E
 
G
R
 
R
I
 
V
A
 
E
R
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
A
 
P
C
 
L
D
 
D
L
 
E
R
 
E
W
 
-
G
 
-
F
 
-
C
 
-
E
 
D
L
 
L
A
 
V
N
 
N
T
 
V
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
A
 
R
A
 
K
F
 
W
K
 
I
E
 
D
E
 
E
Q
 
R
D
 
S
D
 
K
L
 
N
A
 
V
A
 
G
L
 
S
G
 
D
Y
 
I
R
 
P
H
 
F
E
 
K
T
 
T
R
 
R
L
 
I
V
 
I
S
 
E
A
 
G
G
 
A
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
Q
I
 
R
V
 
L
-
 
R
-
 
G
A
 
A
S
 
T
D
 
T
Q
 
D
Y
 
W
A
 
K
G
 
I
G
 
A
L
 
G
V
 
F
D
 
E
M
 
E
G
 
D
S
 
S
G
 
G
H
 
S
L
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
D
 
V
L
 
A
V
 
T
Q
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
Y
A
 
A
H
 
K
S
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
F
 
Y
E
 
T
Q
 
Q
S
 
C
P
x
A
V
x
A
-
 
R
-
 
G
L
 
L
R
 
E
I
 
T
E
 
Q
H
 
A
G
 
G
P
 
V
R
 
I
L
 
S
T
 
D
L
 
V
H
 
V
T
 
T
A
 
E
R
 
K
G
 
G
K
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
S
 
S
S
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
26% identity, 63% coverage: 31:302/431 of query aligns to 43:303/857 of Q63342

query
sites
Q63342
A
 
A
D
 
E
V
 
T
C
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
x
C
T
x
V
G
 
G
V
 
V
N
 
S
T
 
L
A
 
A
L
 
Y
E
 
H
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
M
-
 
R
S
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
L
 
L
E
|
E
A
x
K
R
 
S
R
 
E
I
 
L
G
 
T
W
 
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
x
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
x
L
L
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
T
S
 
T
G
 
Y
F
 
F
A
 
-
R
 
-
H
 
H
V
 
P
G
 
G
Q
 
I
D
 
N
G
 
-
V
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
A
 
I
G
 
H
I
 
Y
D
 
D
S
 
S
V
 
I
E
 
K
L
 
L
V
 
Y
A
 
E
E
 
R
R
 
L
I
 
E
A
 
E
R
 
E
Y
 
T
G
 
G
I
 
Q
A
 
V
C
 
V
D
 
G
L
 
F
-
 
H
R
 
Q
W
 
P
G
 
G
F
 
S
C
 
I
E
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
T
T
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
R
F
 
V
A
 
D
A
 
E
F
 
F
K
 
K
E
 
Y
E
 
Q
Q
 
M
D
 
T
D
 
R
L
 
T
A
 
N
A
 
W
L
 
-
G
 
-
Y
 
H
R
 
A
H
 
T
E
 
E
T
 
Q
R
 
Y
L
 
I
V
 
I
S
 
E
A
 
P
G
 
E
Q
 
K
L
 
I
N
 
H
E
 
E
I
 
L
-
 
F
-
 
P
-
 
L
V
 
L
A
 
N
S
 
M
D
 
D
Q
 
K
Y
 
I
A
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
N
M
 
P
G
 
G
S
 
D
G
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
D
 
S
L
 
L
V
 
T
Q
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
A
H
 
R
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
R
 
L
I
 
L
F
 
K
E
 
Y
Q
 
P
S
 
A
P
 
P
V
|
V
L
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
H
 
P
G
 
R
P
 
P
R
 
D
L
 
G
T
 
T
-
 
W
-
 
D
L
 
V
H
 
E
T
 
T
A
 
P
R
 
Q
G
 
G
K
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
S
 
N
S
 
R
L
 
I
V
 
V
L
 
N
G
 
A
C
 
A
N
 
G
A
 
F
H
x
W
L
 
A
D
 
R
E
 
E
L
 
V
E
 
G
P
 
K
R
 
M
-
 
I
-
 
G
L
 
L
S
 
D
G
 
H
K
 
P
V
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
 
H
Y
 
Q
V
 
Y
V
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
V
L
 
K
A
 
A
S
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
P
 
K
Q
 
R
N
 
E
M
 
L
A
 
P
L
 
V
C
 
L
D
 
R
Q
 
D
K
 
L
V
 
E
G
 
G
L
 
S
D
 
Y
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
R
L
 
Q
T
 
E
A
 
R
D
 
D
R
 
-
R
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4pabB Crystal structure of the precursor form of rat dmgdh complexed with tetrahydrofolate (see paper)
26% identity, 63% coverage: 31:302/431 of query aligns to 6:266/824 of 4pabB

query
sites
4pabB
A
 
A
D
 
E
V
 
T
C
 
V
V
 
I
I
|
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
L
x
C
T
x
V
G
 
G
V
 
V
N
 
S
T
 
L
A
 
A
L
 
Y
E
 
H
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
M
-
 
R
S
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
L
|
L
E
|
E
A
x
K
R
 
S
R
 
E
I
 
L
G
 
T
W
 
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
 
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
x
L
L
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
T
S
x
T
G
 
Y
F
 
F
A
 
-
R
 
-
H
 
H
V
 
P
G
 
G
Q
 
I
D
 
N
G
 
-
V
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
A
 
I
G
 
H
I
 
Y
D
 
D
S
 
S
V
 
I
E
 
K
L
 
L
V
 
Y
A
 
E
E
 
R
R
 
L
I
 
E
A
 
E
R
 
E
Y
 
T
G
 
G
I
 
Q
A
 
V
C
 
V
D
 
G
L
 
F
-
 
H
R
 
Q
W
 
P
G
 
G
F
 
S
C
 
I
E
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
T
T
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
R
F
 
V
A
 
D
A
x
E
F
 
F
K
 
K
E
 
Y
E
 
Q
Q
 
M
D
 
T
D
 
R
L
 
T
A
 
N
A
 
W
L
 
-
G
 
-
Y
 
H
R
 
A
H
 
T
E
 
E
T
 
Q
R
 
Y
L
 
I
V
 
I
S
 
E
A
 
P
G
 
E
Q
 
K
L
 
I
N
 
H
E
 
E
I
 
L
-
 
F
-
 
P
-
 
L
V
 
L
A
 
N
S
 
M
D
 
D
Q
 
K
Y
 
I
A
 
L
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
N
M
 
P
G
 
G
S
 
D
G
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
D
 
S
L
 
L
V
 
T
Q
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
R
 
T
A
 
G
A
 
A
H
 
R
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
V
 
V
R
 
L
I
 
L
F
 
K
E
 
Y
Q
 
P
S
 
A
P
 
P
V
|
V
L
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
H
 
P
G
 
R
P
 
P
R
 
D
L
 
G
T
 
T
-
 
W
-
 
D
L
 
V
H
 
E
T
 
T
A
 
P
R
 
Q
G
 
G
K
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
S
 
N
S
 
R
L
 
I
V
 
V
L
 
N
G
 
A
C
x
A
N
x
G
A
 
F
H
x
W
L
 
A
D
 
R
E
 
E
L
 
V
E
 
G
P
 
K
R
 
M
-
 
I
-
 
G
L
 
L
S
 
D
G
 
H
K
 
P
V
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
V
G
 
Q
S
x
H
Y
 
Q
V
x
Y
V
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
V
L
 
K
A
 
A
S
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
P
 
K
Q
 
R
N
 
E
M
 
L
A
 
P
L
 
V
C
 
L
D
 
R
Q
 
D
K
 
L
V
 
E
G
 
G
L
 
S
D
 
Y
Y
|
Y
Y
 
L
R
 
R
L
 
Q
T
 
E
A
 
R
D
 
D
R
 
-
R
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Q8GAI3 4-methylaminobutanoate oxidase (formaldehyde-forming); MABO; Demethylating gamma-N-methylaminobutyrate oxidase; Gamma-N-methylaminobutyrate oxidase 1; EC 1.5.3.19 from Paenarthrobacter nicotinovorans (Arthrobacter nicotinovorans) (see paper)
26% identity, 98% coverage: 8:431/431 of query aligns to 10:419/824 of Q8GAI3

query
sites
Q8GAI3
T
 
S
A
 
A
S
 
S
Y
 
M
Y
 
F
A
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
S
R
 
H
D
 
D
A
 
-
A
 
-
P
 
P
Y
 
L
P
 
P
S
 
T
L
 
-
D
 
-
S
 
-
E
 
-
L
 
-
T
 
H
A
 
V
D
 
R
V
 
T
C
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
I
T
 
I
G
 
G
V
 
A
N
 
S
T
 
I
A
 
A
L
 
Y
E
 
H
L
 
L
A
 
S
E
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
E
S
 
N
-
 
D
V
 
T
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
S
R
 
N
R
 
V
I
 
L
G
 
G
W
 
S
G
 
G
A
 
T
S
 
S
G
x
W
R
x
H
N
 
A
G
 
A
G
 
G
Q
 
-
L
 
L
I
 
V
R
 
T
G
 
G
I
 
-
G
 
-
H
 
-
D
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
A
R
 
R
H
 
-
V
 
-
G
 
G
Q
 
T
D
 
T
G
 
T
V
 
M
R
 
T
Y
 
K
L
 
L
K
 
A
Q
 
K
A
 
Y
G
 
G
I
 
L
D
 
D
S
 
F
V
 
Y
E
 
S
L
 
R
V
 
L
A
 
-
E
 
E
R
 
Q
I
 
M
A
 
S
R
 
G
Y
 
L
G
 
D
I
 
V
A
 
S
C
 
F
D
 
Q
L
 
-
R
 
R
W
 
C
G
 
G
F
 
S
C
 
L
E
 
S
L
 
V
A
 
A
N
 
R
T
 
T
A
 
A
A
 
G
Q
 
R
F
 
V
A
 
D
A
 
E
F
 
L
K
 
L
E
 
Y
E
 
A
Q
 
K
D
 
D
D
 
V
L
 
A
A
 
D
A
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
V
R
 
R
H
 
-
E
 
-
T
 
T
R
 
E
L
 
W
V
 
L
S
 
T
A
 
E
G
 
D
Q
 
R
L
 
Y
N
 
K
E
 
E
I
 
L
V
 
W
A
 
P
S
 
L
D
 
A
Q
 
T
Y
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
L
V
 
L
D
 
L
M
 
P
G
 
D
S
 
D
G
 
G
H
 
H
L
 
I
H
 
N
P
 
P
L
 
G
D
 
H
L
 
A
V
 
T
Q
 
V
G
 
A
E
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
L
A
 
A
H
 
H
S
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
T
R
 
Q
I
 
I
F
 
R
E
 
E
Q
 
N
S
 
V
P
 
A
V
 
V
L
 
H
R
 
K
I
 
V
E
 
L
H
 
R
G
 
Q
P
 
G
R
 
D
L
 
L
T
 
V
L
 
V
H
 
G
-
 
V
-
 
L
T
 
T
A
 
D
R
 
Q
G
 
G
K
 
I
V
 
V
R
 
H
A
 
C
S
 
D
S
 
R
L
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
A
C
 
C
N
 
G
A
 
L
H
 
W
L
 
T
D
 
R
E
 
D
L
 
L
E
 
A
P
 
A
R
 
T
L
 
A
S
 
G
G
 
V
K
 
K
V
 
V
-
 
P
L
 
L
P
 
Y
A
 
A
G
 
A
S
 
E
Y
 
H
V
 
I
V
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
H
L
 
V
P
 
R
E
 
S
A
 
A
L
 
E
A
 
I
S
 
D
S
 
G
L
 
A
I
 
V
P
 
P
Q
 
E
N
 
L
M
 
P
A
 
V
L
 
Y
C
 
R
D
 
D
Q
 
L
K
 
D
V
 
N
G
 
S
L
 
Y
D
 
-
Y
 
Y
Y
 
I
R
 
R
L
 
H
T
 
E
A
 
A
D
 
G
R
 
R
R
 
L
L
 
L
L
 
V
F
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
A
C
 
F
H
 
E
Y
 
P
S
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
P
R
 
R
H
 
P
P
 
V
K
 
E
D
 
E
I
 
I
A
 
P
-
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
W
-
 
E
-
 
H
-
 
F
A
 
A
Y
 
P
M
 
I
R
 
R
P
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
E
K
 
G
V
 
V
F
 
V
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
S
V
 
A
R
 
G
I
 
F
D
 
D
Y
 
R
Q
 
F
W
 
L
G
 
N
G
 
A
M
 
P
I
 
E
G
 
S
I
 
F
T
 
T
A
 
P
N
 
D
R
 
A
F
 
N
P
 
F
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
E
L
 
T
N
 
S
Q
 
E
H
 
L
P
 
S
N
 
N
V
 
L
Y
 
F
Y
 
V
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
Y
 
F
S
 
N
G
 
S
H
 
Q
G
 
G
L
 
I
N
 
I
V
 
F
T
 
A
H
 
P
W
 
G
T
 
I
A
 
G
K
 
K
L
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
W
I
 
V
A
 
I
L
 
S
G
 
G
H
 
-
S
 
T
H
 
P
G
 
G
L
 
F
D
 
D
V
 
S
F
 
-
S
 
S
A
 
A
V
 
V
P
 
D
H
 
V
L
 
Q
T
 
R
F
 
F
P
 
S
G
 
G
G
 
H
K
 
Q
A
 
N
L
 
N
R
 
R
S
 
N
P
 
Y
L
 
L
L
 
K
A
 
A
L
 
-
G
 
-
M
 
-
L
 
-
W
 
-
Y
 
-
R
 
R
L
 
T
R
 
K
E
 
E
A
 
G
L
 
L
G
 
G

Query Sequence

>PP_3146 FitnessBrowser__Putida:PP_3146
MSFNTQHTASYYAATARDAAPYPSLDSELTADVCVIGGGLTGVNTALELAERGLSVVLLE
ARRIGWGASGRNGGQLIRGIGHDVSGFARHVGQDGVRYLKQAGIDSVELVAERIARYGIA
CDLRWGFCELANTAAQFAAFKEEQDDLAALGYRHETRLVSAGQLNEIVASDQYAGGLVDM
GSGHLHPLDLVQGEARAAHSLGVRIFEQSPVLRIEHGPRLTLHTARGKVRASSLVLGCNA
HLDELEPRLSGKVLPAGSYVVATEPLPEALASSLIPQNMALCDQKVGLDYYRLTADRRLL
FGGACHYSGRHPKDIAAYMRPKVLKVFPQLANVRIDYQWGGMIGITANRFPQVGRLNQHP
NVYYAQGYSGHGLNVTHWTAKLLAESIALGHSHGLDVFSAVPHLTFPGGKALRSPLLALG
MLWYRLREALG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory