SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3446 FitnessBrowser__Putida:PP_3446 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04968 L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA; Threonine deaminase; EC 4.3.1.19 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
55% identity, 95% coverage: 29:529/530 of query aligns to 14:512/514 of P04968

query
sites
P04968
S
 
A
E
 
E
Q
 
Y
V
 
L
R
 
R
R
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
A
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
D
 
E
L
 
A
A
 
A
I
 
Q
E
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
K
A
 
M
P
 
E
A
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
S
A
 
R
L
 
L
G
 
D
N
 
N
Q
 
V
V
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
R
Q
 
Q
P
 
P
T
 
V
F
 
H
S
 
S
F
 
F
K
|
K
I
 
L
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
R
 
M
L
 
M
S
 
A
R
 
G
L
 
L
T
 
T
D
 
E
V
 
E
Q
 
Q
R
 
K
E
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
A
 
A
G
 
G
N
|
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
F
A
 
S
A
 
S
S
 
A
H
 
R
L
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
K
A
 
A
T
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
P
 
P
T
 
T
T
 
A
T
 
T
P
 
A
S
 
D
L
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
D
G
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
G
R
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
E
V
 
V
V
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
A
S
 
N
F
 
F
P
 
D
H
 
E
A
 
A
L
 
K
T
 
A
H
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
S
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
F
T
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
M
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
L
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
-
P
 
D
G
 
A
A
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
R
I
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
V
Y
 
L
V
 
I
K
 
K
Y
 
Q
L
 
L
R
 
M
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
A
V
 
V
E
 
E
P
 
A
A
 
E
D
 
D
S
 
S
N
 
A
C
 
C
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
L
A
 
D
V
 
A
G
 
G
E
 
H
R
 
P
V
 
V
I
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
L
F
 
F
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
D
H
 
E
C
 
T
F
 
F
E
 
R
L
 
L
C
 
C
R
 
Q
H
 
E
F
 
Y
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
I
T
 
T
V
 
V
S
 
D
S
 
S
D
 
D
E
 
A
L
 
I
C
 
C
A
 
A
A
 
A
I
 
M
K
 
K
D
 
D
I
 
L
Y
 
F
D
 
E
D
 
D
T
 
V
R
 
R
S
 
A
I
 
V
T
 
A
E
 
E
P
 
P
S
 
S
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
M
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
R
 
L
E
 
H
G
 
N
V
 
I
Q
 
R
G
 
G
Q
 
E
T
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
H
I
 
I
D
 
L
S
|
S
G
 
G
A
 
A
N
 
N
V
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
H
R
 
G
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
V
 
V
A
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
C
E
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
P
 
K
G
 
G
S
 
S
F
 
F
R
 
L
A
 
K
F
 
F
C
 
C
H
 
Q
A
 
L
L
 
L
G
 
G
K
 
G
R
 
R
Q
 
S
I
 
V
T
 
T
E
 
E
F
 
F
N
 
N
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
Y
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
K
E
 
N
A
 
A
R
 
C
L
 
I
F
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
R
T
 
L
H
 
S
P
 
R
V
 
G
H
 
L
D
 
E
P
 
E
R
 
R
E
 
K
Q
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
S
 
M
L
 
L
R
 
N
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
D
 
D
N
 
D
E
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
H
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
T
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
H
 
R
A
 
P
A
 
S
S
 
H
G
 
P
A
 
L
D
 
Q
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
Y
R
 
S
F
 
F
E
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
R
 
S
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
N
R
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
T
R
 
Y
W
 
W
N
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
N
 
S
H
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
D
E
 
Y
A
 
G
R
 
R
V
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
F
E
 
E
V
 
L
P
 
-
A
 
G
D
 
D
E
 
H
L
 
E
A
 
P
G
 
D
L
 
F
P
 
E
S
 
T
T
 
R
L
 
L
D
 
N
E
 
E
M
 
L
G
 
G
Y
 
Y
R
 
D
Y
 
C
W
 
H
D
 
D
E
 
E
T
 
T
D
 
N
N
 
N
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
K
 
R
L
 
F
F
 
F
L
 
L

1tdjA Threonine deaminase (biosynthetic) from e. Coli (see paper)
54% identity, 95% coverage: 29:529/530 of query aligns to 10:492/494 of 1tdjA

query
sites
1tdjA
S
 
A
E
 
E
Q
 
Y
V
 
L
R
 
R
R
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
A
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
D
 
E
L
 
A
A
 
A
I
 
Q
E
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
K
A
 
M
P
 
E
A
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
S
A
 
R
L
 
L
G
 
D
N
 
N
Q
 
V
V
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
R
Q
 
Q
P
 
P
T
 
V
F
 
H
S
 
S
F
|
F
K
|
K
I
 
L
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
R
 
M
L
 
M
S
 
A
R
 
G
L
 
L
T
 
T
D
 
E
V
 
E
Q
 
Q
R
 
K
E
 
A
R
 
H
G
 
G
V
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
A
|
A
G
 
G
N
|
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
F
A
 
S
A
 
S
S
 
A
H
 
R
L
 
L
G
 
G
M
 
V
K
 
K
A
 
A
T
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
P
 
P
T
 
T
T
 
A
T
 
T
P
 
A
S
 
D
L
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
D
G
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
G
R
 
F
G
 
G
G
 
G
H
 
E
V
 
V
V
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
A
S
 
N
F
 
F
P
 
D
H
 
E
A
 
A
L
 
K
T
 
A
H
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
S
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
F
T
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
P
P
 
P
F
|
F
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
M
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
L
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
-
P
 
D
G
 
A
A
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
R
I
 
V
F
 
F
V
 
V
P
|
P
V
|
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
V
Y
 
L
V
 
I
K
 
K
Y
 
Q
L
 
L
R
 
M
P
 
P
D
 
Q
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
A
V
 
V
E
|
E
P
 
A
A
 
E
D
 
D
S
|
S
N
 
A
C
|
C
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
L
A
 
D
V
 
A
G
 
G
E
 
H
R
 
P
V
 
V
I
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
L
F
 
F
A
 
A
D
 
E
G
|
G
V
|
V
A
 
A
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
D
H
 
E
C
 
T
F
 
F
E
 
R
L
 
L
C
 
C
R
 
Q
H
 
E
F
 
Y
V
 
L
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
I
T
 
T
V
 
V
S
 
D
S
 
S
D
 
D
E
 
A
L
 
I
C
 
C
A
 
A
A
 
A
I
 
M
K
 
K
D
 
D
I
 
L
Y
 
F
D
 
E
D
 
D
T
 
V
R
 
R
S
 
A
I
 
V
T
 
A
E
|
E
P
 
P
S
|
S
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
M
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
R
 
L
E
 
H
G
 
N
V
 
I
Q
 
R
G
 
G
Q
 
E
T
 
R
L
 
L
V
 
A
A
 
H
I
 
I
D
x
L
S
|
S
G
|
G
A
 
A
N
 
N
V
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
H
R
 
G
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
V
 
V
A
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
C
E
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
P
 
K
G
 
G
S
 
S
F
 
F
R
 
L
A
 
K
F
 
F
C
 
C
H
 
Q
A
 
L
L
 
L
G
 
G
K
 
G
R
 
R
Q
 
S
I
 
V
T
 
T
E
 
E
F
 
F
N
 
N
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
Y
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
K
E
 
N
A
 
A
R
 
C
L
 
I
F
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
R
T
 
L
H
 
S
P
 
R
V
 
G
H
 
L
D
 
E
P
 
E
R
 
R
E
 
K
Q
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
S
 
M
L
 
L
R
 
N
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
D
 
D
N
 
D
E
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
H
V
 
V
R
 
R
H
 
Y
T
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
H
 
R
A
 
P
A
 
S
S
 
H
G
 
P
A
 
L
D
 
Q
E
 
E
R
 
R
V
 
L
L
 
Y
R
 
S
F
 
F
E
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
R
 
S
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
N
R
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
T
R
 
Y
W
 
W
N
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
N
 
S
H
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
D
E
 
Y
A
 
G
R
 
R
V
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
F
E
 
E
V
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
M
 
-
G
 
-
Y
 
Y
R
 
D
Y
 
C
W
 
H
D
 
D
E
 
E
T
 
T
D
 
N
N
 
N
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
K
 
R
L
 
F
F
 
F
L
 
L

A4F2N8 L-threo-3-hydroxyaspartate ammonia-lyase; L-threo-3-hydroxyaspartate dehydratase; L-THA DH; EC 4.3.1.16 from Pseudomonas sp. (see paper)
40% identity, 56% coverage: 43:339/530 of query aligns to 19:312/319 of A4F2N8

query
sites
A4F2N8
L
 
F
A
 
A
I
 
N
E
 
R
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
F
A
 
T
A
 
S
P
 
R
A
 
T
L
 
L
S
 
D
A
 
A
A
 
E
L
 
T
G
 
G
N
 
A
Q
 
Q
V
 
V
L
 
F
L
 
I
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
L
Q
 
Q
P
 
R
T
 
T
F
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
R
L
 
F
T
 
D
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
V
T
 
A
A
 
F
S
 
S
A
 
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
R
H
 
L
L
 
L
G
 
Q
M
 
M
K
 
P
A
 
A
T
 
T
I
 
I
V
 
V
M
 
M
P
 
P
T
 
T
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
A
L
 
A
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
A
V
 
T
R
 
R
S
 
E
R
 
Y
G
 
G
G
 
A
H
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
F
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
I
F
 
T
P
 
E
H
 
D
A
 
R
L
 
E
T
 
Q
H
 
I
A
 
G
L
 
R
K
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
E
S
 
Q
E
 
H
G
 
G
A
 
M
T
 
T
F
 
L
V
 
I
P
 
P
P
 
S
F
 
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
L
R
 
-
Q
 
E
R
 
F
P
 
T
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
 
G
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
T
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
T
K
 
R
Y
 
A
L
 
L
R
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
C
K
 
L
V
 
L
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
 
G
N
 
N
C
 
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
R
A
 
S
M
 
F
A
 
Q
V
 
T
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
A
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
A
A
 
Q
V
 
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
H
C
 
T
F
 
F
E
 
P
L
 
I
C
 
I
R
 
R
H
 
E
F
 
N
V
 
V
D
 
N
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
A
E
 
E
L
 
L
C
 
V
A
 
E
A
 
S
I
 
M
K
 
R
D
 
F
I
 
F
Y
 
M
D
 
Q
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
M
I
 
V
T
 
V
E
 
E
P
 
P
S
 
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
G
V
 
L
A
 
A
G
 
A
I
 
L
K
 
R
K
 
N
Y
 
L
V
 
-
A
 
-
R
 
K
E
 
Q
G
 
Q
V
 
F
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
T
 
R
L
 
V
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
 
V
S
 
T
G
 
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
K

2gn2A Crystal structure of tetrameric biodegradative threonine deaminase (tdcb) from salmonella typhimurium in complex with cmp at 2.5a resolution (hexagonal form) (see paper)
38% identity, 59% coverage: 31:344/530 of query aligns to 14:322/326 of 2gn2A

query
sites
2gn2A
Q
 
E
V
 
A
R
 
K
R
 
K
I
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
G
P
 
K
V
 
I
Y
 
Y
D
 
-
L
 
-
A
 
-
I
 
-
E
 
K
T
 
T
P
 
G
L
 
M
Q
 
P
A
 
R
A
 
S
P
 
N
A
 
Y
L
 
F
S
 
S
A
 
E
A
 
R
L
 
C
G
 
K
N
 
G
Q
 
E
V
 
I
L
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
F
E
 
E
D
 
N
L
 
M
Q
 
Q
P
x
R
T
|
T
F
x
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
I
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
T
 
N
R
 
K
L
 
L
S
 
S
R
 
S
L
 
L
T
 
T
D
 
E
V
 
A
Q
 
E
R
 
K
E
 
R
R
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
V
T
 
A
A
 
C
S
 
S
A
|
A
G
 
G
N
 
N
H
 
H
A
 
A
Q
|
Q
G
 
G
V
 
V
A
 
S
L
 
L
A
 
S
A
 
C
S
 
A
H
 
M
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
D
A
 
G
T
 
K
I
 
V
V
 
V
M
 
M
P
 
P
T
 
K
T
 
G
T
 
A
P
 
P
S
 
K
L
 
S
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
x
A
V
 
T
R
 
C
S
x
D
R
x
Y
G
 
S
G
 
A
H
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
D
S
 
N
F
 
F
P
 
N
H
 
D
A
 
T
L
 
I
T
 
A
H
 
K
A
 
V
L
 
S
K
 
E
L
 
I
A
 
V
D
 
E
S
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
R
T
 
I
F
 
F
V
 
I
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
D
 
D
D
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
G
M
 
L
E
 
E
I
 
I
L
 
M
R
 
E
Q
 
D
R
 
L
P
 
Y
G
 
D
A
 
-
L
 
V
D
 
D
A
 
N
I
 
V
F
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
I
Y
 
A
V
 
I
K
 
K
Y
 
S
L
 
I
R
 
N
P
 
P
D
 
T
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
x
Q
P
 
A
A
 
E
D
 
N
S
x
V
N
 
H
C
x
G
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
A
 
S
M
 
Y
A
 
Y
V
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
I
V
 
T
I
 
T
L
 
H
P
 
R
Q
 
T
V
 
T
G
 
G
T
 
T
F
 
L
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
C
A
 
D
V
 
V
A
 
S
Q
 
R
I
 
P
G
 
G
A
 
N
H
 
L
C
 
T
F
 
Y
E
 
E
L
 
I
C
 
V
R
 
R
H
 
E
F
 
L
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
V
T
 
L
V
 
V
S
 
S
S
 
E
D
 
D
E
 
E
L
 
I
C
 
R
A
 
N
A
 
S
I
 
M
K
 
I
D
 
A
I
 
L
Y
 
I
D
 
Q
D
 
R
T
 
N
R
 
K
S
 
V
I
 
I
T
 
T
E
 
E
P
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
C
A
 
A
G
 
A
I
 
L
K
 
L
K
 
S
Y
 
G
V
 
K
A
 
L
R
 
D
E
 
S
G
 
H
V
 
I
Q
 
Q
G
 
N
Q
 
R
T
 
K
L
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
D
x
I
S
|
S
G
 
G
A
 
G
N
|
N
V
 
I
N
 
D
F
 
L
D
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
S
H
 
Q
V
 
I
A
 
T

O59791 Serine racemase; D-serine ammonia-lyase; D-serine dehydratase; L-serine ammonia-lyase; L-serine dehydratase; EC 4.3.1.17; EC 4.3.1.18; EC 5.1.1.18 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
35% identity, 58% coverage: 36:342/530 of query aligns to 5:319/323 of O59791

query
sites
O59791
L
 
L
A
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
T
Y
 
Y
D
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
F
A
 
A
I
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
T
L
 
V
S
 
N
A
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
V
N
 
A
Q
 
E
V
 
V
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
M
F
 
G
S
 
A
F
 
F
K
 
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
L
 
L
T
 
N
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
F
S
 
S
A
x
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
K
H
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
K
I
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
E
L
 
A
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
A
V
 
T
R
 
K
S
 
G
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
V
 
I
L
 
M
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
Y
F
 
K
P
 
D
H
 
D
A
 
R
L
 
E
T
 
K
H
 
M
A
 
A
L
 
K
K
 
E
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
E
 
E
G
 
G
A
 
L
T
 
T
F
 
I
V
 
I
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
H
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
F
R
 
-
Q
 
E
R
 
E
P
 
V
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
 
C
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
S
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
R
Y
 
H
L
 
F
R
 
A
P
 
P
D
 
N
V
 
C
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
 
G
N
 
N
C
 
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
S
M
 
F
A
 
R
V
 
K
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
K
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
A
A
 
Q
V
 
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
Y
C
 
T
F
 
F
E
 
S
L
 
I
C
 
I
R
 
K
H
 
E
F
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
A
 
C
I
 
L
K
 
K
D
 
F
I
 
Y
Y
 
A
D
 
A
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
I
I
 
V
T
 
V
E
 
E
P
 
P
S
 
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
S
V
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
A
K
 
R
K
 
-
Y
 
-
V
 
A
A
 
M
R
 
K
E
 
E
G
 
K
V
 
L
Q
 
K
G
 
N
Q
 
K
T
 
R
L
 
I
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
Y
R
 
A
H
 
H

2zr8A Crystal structure of modified serine racemase complexed with serine (see paper)
35% identity, 58% coverage: 36:342/530 of query aligns to 1:315/319 of 2zr8A

query
sites
2zr8A
L
 
L
A
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
T
Y
 
Y
D
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
F
A
 
A
I
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
T
L
 
V
S
 
N
A
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
V
N
 
A
Q
 
E
V
 
V
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
M
F
 
G
S
 
A
F
|
F
K
|
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
L
 
L
T
 
N
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
F
S
|
S
A
x
S
G
|
G
N
|
N
H
|
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
K
H
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
K
I
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
E
L
 
A
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
A
V
 
T
R
 
K
S
 
G
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
V
 
I
L
 
M
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
Y
F
 
K
P
 
D
H
 
D
A
x
R
L
 
E
T
 
K
H
 
M
A
 
A
L
 
K
K
 
E
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
E
 
E
G
 
G
A
 
L
T
 
T
F
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
F
x
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
H
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
F
R
 
-
Q
 
E
R
 
E
P
 
V
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
 
C
V
x
L
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
S
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
R
Y
 
H
L
 
F
R
 
A
P
 
P
D
 
N
V
 
C
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
|
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
x
G
N
 
N
C
x
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
S
M
 
F
A
 
R
V
 
K
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
K
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
|
D
G
|
G
V
x
A
A
x
Q
V
x
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
Y
C
 
T
F
 
F
E
 
S
L
 
I
C
 
I
R
 
K
H
 
E
F
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
A
 
C
I
 
L
K
 
K
D
 
F
I
 
Y
Y
 
A
D
 
A
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
I
I
 
V
T
 
V
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
S
V
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
A
K
 
R
K
 
-
Y
 
-
V
 
A
A
 
M
R
 
K
E
 
E
G
 
K
V
 
L
Q
 
K
G
 
N
Q
 
K
T
 
R
L
 
I
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
x
I
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
Y
R
 
A
H
 
H

2zpuA Crystal structure of modified serine racemase from s.Pombe. (see paper)
35% identity, 58% coverage: 36:342/530 of query aligns to 1:315/319 of 2zpuA

query
sites
2zpuA
L
 
L
A
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
T
Y
 
Y
D
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
K
L
 
F
A
 
A
I
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
T
L
 
V
S
 
N
A
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
V
N
 
A
Q
 
E
V
 
V
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
M
F
 
G
S
 
A
F
|
F
K
|
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
L
 
L
T
 
N
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
F
S
|
S
A
x
S
G
|
G
N
|
N
H
|
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
K
H
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
K
I
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
E
L
 
A
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
A
V
 
T
R
 
K
S
 
G
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
V
 
I
L
 
M
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
Y
F
 
K
P
 
D
H
 
D
A
 
R
L
 
E
T
 
K
H
 
M
A
 
A
L
 
K
K
 
E
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
E
 
E
G
 
G
A
 
L
T
 
T
F
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
F
x
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
H
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
F
R
 
-
Q
 
E
R
 
E
P
 
V
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
x
C
V
x
L
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
S
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
R
Y
 
H
L
 
F
R
 
A
P
 
P
D
 
N
V
 
C
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
|
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
x
G
N
 
N
C
x
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
S
M
 
F
A
 
R
V
 
K
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
K
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
A
A
 
Q
V
 
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
Y
C
 
T
F
 
F
E
 
S
L
 
I
C
 
I
R
 
K
H
 
E
F
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
A
 
C
I
 
L
K
 
K
D
 
F
I
 
Y
Y
 
A
D
 
A
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
I
I
 
V
T
 
V
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
S
V
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
A
K
 
R
K
 
-
Y
 
-
V
 
A
A
 
M
R
 
K
E
 
E
G
 
K
V
 
L
Q
 
K
G
 
N
Q
 
K
T
 
R
L
 
I
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
x
I
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
Y
R
 
A
H
 
H

1wtcA Crystal structure of s.Pombe serine racemase complex with amppcp (see paper)
35% identity, 57% coverage: 40:342/530 of query aligns to 15:314/318 of 1wtcA

query
sites
1wtcA
V
 
I
Y
 
K
D
 
K
L
 
F
A
 
A
I
x
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
T
L
 
V
S
 
N
A
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
V
N
 
A
Q
 
E
V
 
V
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
F
Q
 
Q
P
x
K
T
x
M
F
x
G
S
 
A
F
|
F
K
|
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
L
 
L
T
 
N
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
F
S
 
S
A
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
K
H
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
K
I
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
E
L
x
A
K
 
K
V
 
V
E
x
A
G
x
A
V
 
T
R
 
K
S
 
G
R
x
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
V
 
I
L
 
M
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
Y
F
 
K
P
 
D
H
 
D
A
 
R
L
 
E
T
 
K
H
 
M
A
 
A
L
 
K
K
 
E
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
E
 
E
G
 
G
A
 
L
T
 
T
F
 
I
V
 
I
P
 
P
P
 
P
F
x
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
H
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
F
R
 
-
Q
 
E
R
 
E
P
 
V
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
 
C
V
x
L
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
S
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
R
Y
 
H
L
 
F
R
 
A
P
 
P
D
 
N
V
 
C
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
|
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
x
G
N
 
N
C
x
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
S
M
 
F
A
 
R
V
 
K
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
K
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
A
A
 
Q
V
 
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
Y
C
 
T
F
 
F
E
 
S
L
 
I
C
 
I
R
 
K
H
 
E
F
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
A
 
C
I
 
L
K
 
K
D
 
F
I
 
Y
Y
 
A
D
 
A
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
I
I
 
V
T
 
V
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
S
V
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
A
K
 
R
K
 
-
Y
 
-
V
 
A
A
 
M
R
 
K
E
 
E
G
 
K
V
 
L
Q
 
K
G
 
N
Q
 
K
T
 
R
L
 
I
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
x
I
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
|
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
Y
R
 
A
H
 
H

1v71A Crystal structure of s.Pombe serine racemase
35% identity, 57% coverage: 40:342/530 of query aligns to 15:314/318 of 1v71A

query
sites
1v71A
V
 
I
Y
 
K
D
 
K
L
 
F
A
 
A
I
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
T
L
 
V
S
 
N
A
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
V
N
 
A
Q
 
E
V
 
V
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
N
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
M
F
 
G
S
 
A
F
|
F
K
|
K
I
 
F
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
L
 
L
T
 
N
D
 
E
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
L
T
 
T
A
 
F
S
 
S
A
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
V
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
K
H
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
K
I
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
D
T
 
A
P
 
P
S
 
E
L
 
A
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
A
V
 
T
R
 
K
S
 
G
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
V
 
I
L
 
M
H
 
Y
G
 
D
E
 
R
S
 
Y
F
 
K
P
 
D
H
 
D
A
 
R
L
 
E
T
 
K
H
 
M
A
 
A
L
 
K
K
 
E
L
 
I
A
 
S
D
 
E
S
 
R
E
 
E
G
 
G
A
 
L
T
 
T
F
 
I
V
 
I
P
 
P
P
 
P
F
x
Y
D
 
D
D
 
H
P
 
P
D
 
H
V
 
V
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
A
A
 
A
M
 
K
E
 
E
I
 
L
L
 
F
R
 
-
Q
 
E
R
 
E
P
 
V
G
 
G
A
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
F
V
 
V
P
 
C
V
x
L
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
|
L
I
 
L
A
 
S
G
 
G
I
 
S
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
R
Y
 
H
L
 
F
R
 
A
P
 
P
D
 
N
V
 
C
K
 
E
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
V
 
V
E
|
E
P
 
P
A
 
E
D
 
A
S
x
G
N
 
N
C
x
D
L
 
G
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
S
M
 
F
A
 
R
V
 
K
G
 
G
E
 
S
R
 
I
V
 
V
I
 
H
L
 
I
P
 
D
Q
 
T
V
 
P
G
 
K
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
 
A
A
 
Q
V
 
T
A
 
Q
Q
 
H
I
 
L
G
 
G
A
 
N
H
 
Y
C
 
T
F
 
F
E
 
S
L
 
I
C
 
I
R
 
K
H
 
E
F
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
L
T
 
T
V
 
V
S
 
S
S
 
D
D
 
E
E
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
A
 
C
I
 
L
K
 
K
D
 
F
I
 
Y
Y
 
A
D
 
A
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
I
I
 
V
T
 
V
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
G
A
 
C
L
 
L
A
 
S
V
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
A
K
 
R
K
 
-
Y
 
-
V
 
A
A
 
M
R
 
K
E
 
E
G
 
K
V
 
L
Q
 
K
G
 
N
Q
 
K
T
 
R
L
 
I
V
 
G
A
 
I
I
 
I
D
x
I
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
I
D
 
E
R
 
R
L
 
Y
R
 
A
H
 
H

Q7XSN8 Serine racemase; D-serine dehydratase; D-serine ammonia-lyase; L-serine dehydratase; L-serine ammonia-lyase; EC 5.1.1.18; EC 4.3.1.18; EC 4.3.1.17 from Oryza sativa subsp. japonica (Rice) (see paper)
36% identity, 50% coverage: 46:310/530 of query aligns to 37:299/339 of Q7XSN8

query
sites
Q7XSN8
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
S
A
 
S
P
 
T
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
A
 
I
L
 
V
G
 
G
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
C
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
A
F
 
G
S
 
A
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
S
T
 
N
R
 
S
L
 
I
S
 
F
R
 
A
L
 
L
T
 
D
D
 
D
V
 
D
Q
 
E
R
 
A
E
 
S
R
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
H
S
 
S
A
 
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
A
 
A
Q
 
A
G
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
K
H
 
L
L
 
R
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
V
 
V
M
 
I
P
 
P
T
 
R
T
 
N
T
 
A
P
 
P
S
 
A
L
 
C
K
 
K
V
 
V
E
 
D
G
 
N
V
 
V
R
 
K
S
 
R
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
H
 
H
V
 
I
V
 
I
L
 
W
H
 
S
G
 
D
E
 
V
S
 
S
F
 
I
P
 
E
H
 
S
A
 
R
L
 
E
T
 
S
H
 
V
A
 
A
L
 
K
K
 
R
L
 
V
A
 
Q
D
 
E
S
 
E
E
 
T
G
 
G
A
 
A
T
 
I
F
 
L
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
 
F
D
 
N
D
 
N
P
 
K
D
 
N
V
 
T
I
 
I
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
S
M
 
L
E
 
E
I
 
L
L
 
L
R
 
E
Q
 
E
R
 
V
P
 
P
G
 
-
A
 
E
L
 
I
D
 
D
A
 
T
I
 
I
F
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
S
G
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
L
Y
 
A
V
 
A
K
 
K
Y
 
A
L
 
I
R
 
N
P
 
P
D
 
S
V
 
I
K
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
K
D
 
G
S
 
A
N
 
D
C
x
D
L
 
S
Q
 
A
A
 
Q
A
 
S
M
 
K
A
 
A
V
 
A
G
 
G
E
 
K
R
 
I
V
 
I
I
 
T
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
V
 
T
G
 
N
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
L
A
 
R
V
 
-
A
 
A
Q
 
F
I
 
L
G
 
G
A
 
D
H
 
L
C
 
T
F
 
W
E
 
P
L
 
V
C
 
V
R
 
R
H
 
D
F
 
L
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
I
T
 
V
V
 
V
S
 
D
S
 
D
D
 
N
E
 
A
L
 
I
C
 
V
A
 
D
A
 
A
I
 
M
K
 
K
D
 
M
I
 
C
Y
 
Y
D
 
E
D
 
M
T
 
L
R
 
K
S
 
V
I
 
A
T
 
V
E
 
E
P
 
P
S
 
S
G
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
G
V
 
L
A
 
A

3l6bA X-ray crystal structure of human serine racemase in complex with malonate a potent inhibitor (see paper)
34% identity, 55% coverage: 47:337/530 of query aligns to 24:312/322 of 3l6bA

query
sites
3l6bA
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
I
L
 
L
S
 
N
A
 
Q
A
 
L
L
 
T
G
 
G
N
 
R
Q
 
N
V
 
L
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
L
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
T
F
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
I
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
V
S
 
R
R
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
K
E
 
P
R
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
H
S
|
S
A
x
S
G
|
G
N
|
N
H
|
H
A
 
G
Q
 
Q
G
 
A
V
 
L
A
 
T
L
 
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
K
H
 
L
L
 
E
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
V
 
V
M
 
V
P
 
P
T
 
Q
T
 
T
T
 
A
P
 
P
S
 
D
L
 
C
K
 
K
V
 
K
E
 
L
G
 
A
V
 
I
R
 
Q
S
 
A
R
 
Y
G
 
G
G
 
A
H
 
S
V
 
I
V
 
V
L
 
Y
H
 
C
G
 
E
E
 
P
S
 
S
F
 
D
P
 
E
H
 
S
A
x
R
L
 
E
T
 
N
H
 
V
A
 
A
L
 
K
K
 
R
L
 
V
A
 
T
D
 
E
S
 
E
E
 
T
G
 
E
A
 
G
T
 
I
F
 
M
V
 
V
P
 
H
P
|
P
F
x
N
D
 
Q
D
 
E
P
 
P
D
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
N
Q
 
Q
R
 
V
P
 
P
G
 
-
A
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
V
V
 
V
P
|
P
V
|
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
I
Y
 
T
V
 
V
K
 
K
Y
 
A
L
 
L
R
 
K
P
 
P
D
 
S
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
S
D
 
N
S
x
A
-
 
D
N
x
D
C
 
C
L
 
Y
Q
 
Q
A
 
S
A
 
K
M
 
L
A
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
K
R
 
G
V
 
K
I
 
L
L
 
M
P
 
P
Q
 
N
V
 
L
-
 
Y
-
 
P
-
 
P
G
 
E
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
|
V
A
 
K
V
 
-
A
x
S
Q
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
L
H
 
N
C
 
T
F
 
W
E
 
P
L
 
I
C
 
I
R
 
R
H
 
D
F
 
L
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
F
T
 
T
V
 
V
S
 
T
S
 
E
D
 
D
E
 
E
L
 
I
C
 
K
A
 
C
A
 
A
I
 
T
K
 
Q
D
 
L
I
 
V
Y
 
W
D
 
E
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
L
I
 
L
T
 
I
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
A
A
 
G
L
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
A
I
 
V
-
 
L
K
 
S
K
 
Q
Y
 
H
V
 
F
A
 
Q
R
 
T
E
 
V
G
 
S
V
 
P
Q
 
E
G
 
V
Q
 
K
T
 
N
L
 
I
V
 
C
A
 
I
I
 
V
D
x
L
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D
F
 
L

7nbgDDD structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen (see paper)
34% identity, 55% coverage: 47:336/530 of query aligns to 23:310/310 of 7nbgDDD

query
sites
7nbgDDD
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
 
S
P
 
S
A
 
I
L
 
L
S
 
N
A
 
Q
A
 
L
L
 
T
G
 
G
N
 
R
Q
 
N
V
 
L
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
L
L
 
F
Q
 
Q
P
 
K
T
 
T
F
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
I
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
V
S
 
R
R
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
K
E
 
P
R
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
H
S
 
S
A
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
A
x
G
Q
|
Q
G
 
A
V
 
L
A
x
T
L
 
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
K
H
 
L
L
 
E
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
|
I
V
 
V
M
 
V
P
 
P
T
 
Q
T
 
T
T
 
A
P
 
P
S
 
D
L
 
C
K
 
K
V
 
K
E
 
L
G
 
A
V
x
I
R
 
Q
S
 
A
R
x
Y
G
 
G
G
 
A
H
 
S
V
 
I
V
 
V
L
 
Y
H
 
C
G
 
E
E
 
P
S
 
S
F
 
D
P
 
E
H
 
S
A
 
R
L
 
E
T
 
N
H
 
V
A
 
A
L
 
K
K
 
R
L
 
V
A
 
T
D
 
E
S
 
E
E
 
T
G
 
E
A
 
G
T
 
I
F
 
M
V
 
V
P
 
H
P
 
P
F
x
N
D
 
Q
D
 
E
P
 
P
D
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
N
Q
 
Q
R
 
V
P
 
P
G
 
-
A
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
V
V
 
V
P
 
P
V
|
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
I
Y
 
T
V
 
V
K
 
K
Y
 
A
L
 
L
R
 
K
P
 
P
D
 
S
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
Y
G
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
A
 
S
D
 
N
S
x
A
-
 
D
N
x
D
C
 
C
L
 
Y
Q
 
Q
A
 
S
A
 
K
M
 
L
A
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
K
R
 
G
V
 
K
I
 
L
L
 
M
P
 
P
Q
 
N
V
 
L
-
 
Y
-
 
P
-
 
P
G
 
E
T
 
T
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
|
G
V
|
V
A
 
K
V
 
-
A
 
S
Q
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
L
H
x
N
C
 
T
F
 
W
E
 
P
L
 
I
C
 
I
R
 
R
H
 
D
F
 
L
V
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
I
V
 
F
T
 
T
V
 
V
S
 
T
S
 
E
D
 
D
E
 
E
L
 
I
C
 
K
A
 
C
A
 
A
I
 
T
K
 
Q
D
 
L
I
 
V
Y
 
W
D
 
E
D
 
R
T
 
M
R
 
K
S
 
L
I
 
L
T
 
I
E
|
E
P
 
P
S
x
T
G
 
A
A
 
G
L
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
A
I
 
V
-
 
L
K
 
S
K
 
Q
Y
 
H
V
 
F
A
 
Q
R
 
T
E
 
V
G
 
S
V
 
P
Q
 
E
G
 
V
Q
 
K
T
 
N
L
 
I
V
 
C
A
 
I
I
 
V
D
x
L
S
|
S
G
|
G
A
 
G
N
 
N
V
 
V
N
 
D

Sites not aligning to the query:

6zspAAA serine racemase bound to atp and malonate. (see paper)
33% identity, 57% coverage: 47:348/530 of query aligns to 23:320/320 of 6zspAAA

query
sites
6zspAAA
T
 
T
P
 
P
L
 
V
Q
 
L
A
 
T
A
x
S
P
x
S
A
x
I
L
 
L
S
 
N
A
 
Q
A
 
L
L
 
T
G
 
G
N
 
R
Q
 
N
V
 
L
L
 
F
L
 
F
K
 
K
R
 
C
E
 
E
D
 
L
L
 
F
Q
 
Q
P
x
K
T
|
T
F
x
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
I
 
I
R
 
R
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
T
 
N
R
 
A
L
 
V
S
 
R
R
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
R
 
K
E
 
P
R
 
K
G
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
H
S
|
S
A
x
S
G
|
G
N
|
N
H
|
H
A
 
G
Q
|
Q
G
 
A
V
 
L
A
 
T
L
 
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
K
H
 
L
L
 
E
G
 
G
M
 
I
K
 
P
A
 
A
T
 
Y
I
 
I
V
 
V
M
 
V
P
 
P
T
 
Q
T
 
T
T
 
A
P
 
P
S
 
D
L
 
C
K
 
K
V
 
K
E
 
L
G
x
A
V
 
I
R
 
Q
S
x
A
R
x
Y
G
 
G
G
 
A
H
 
S
V
 
I
V
 
V
L
 
Y
H
 
C
G
 
E
E
 
P
S
 
S
F
 
D
P
 
E
H
 
S
A
x
R
L
 
E
T
 
N
H
 
V
A
 
A
L
 
K
K
 
R
L
 
V
A
 
T
D
 
E
S
 
E
E
 
T
G
 
E
A
 
G
T
 
I
F
 
M
V
 
V
P
 
H
P
|
P
F
 
N
D
 
Q
D
 
E
P
 
P
D
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
V
L
 
L
R
 
N
Q
 
Q
R
 
V
P
 
P
G
 
-
A
 
L
L
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
L
F
 
V
V
 
V
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
I
Y
 
T
V
 
V
K
 
K
Y
 
A