SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3533 FitnessBrowser__Putida:PP_3533 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q88H32 Ornithine cyclodeaminase; OCD; EC 4.3.1.12 from Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440) (see paper)
100% identity, 100% coverage: 1:350/350 of query aligns to 1:350/350 of Q88H32

query
sites
Q88H32
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
F
 
F
I
 
I
D
 
D
V
 
V
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
F
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
F
K
 
K
R
 
R
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
D
 
D
K
 
K
S
 
S
A
 
A
R
|
R
V
 
V
A
 
A
S
 
S
H
 
H
S
 
S
E
 
E
V
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
V
A
 
A
D
 
D
K
 
K
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
K
|
K
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
G
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
T
A
 
A
R
 
R
N
 
N
L
 
L
H
 
H
T
|
T
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
M
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
N
A
 
A
R
 
R
K
 
K
M
 
M
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
S
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
F
 
F
H
 
H
K
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
T
 
T
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
I
T
 
T
T
 
T
V
 
V
T
|
T
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
I
 
I
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
M
 
M
H
 
H
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
G
|
G
D
|
D
C
 
C
P
 
P
G
 
G
K
|
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
R
N
 
N
A
 
A
R
 
R
V
 
V
F
 
F
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
R
 
R
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
F
P
 
P
V
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
W
 
W
R
 
R
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
T
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
|
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
I
D
 
D
L
 
L
V
 
V
P
 
P
W
 
W
V
 
V
E
 
E
D
 
D
D
 
D
P
 
P
K
|
K
D
 
D
L
 
L
F
 
F
S
 
S
H
 
H
T
 
T
R
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
R
 
R
R
 
R
I
 
I
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A

1u7hA Structure and a proposed mechanism for ornithine cyclodeaminase from pseudomonas putida (see paper)
100% identity, 97% coverage: 2:342/350 of query aligns to 1:341/341 of 1u7hA

query
sites
1u7hA
T
 
T
Y
 
Y
F
 
F
I
 
I
D
 
D
V
 
V
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
F
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
F
K
 
K
R
 
R
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
D
 
D
K
 
K
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
S
H
 
H
S
 
S
E
 
E
V
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
L
M
 
M
P
 
P
V
 
V
A
 
A
D
 
D
K
 
K
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
K
 
K
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
G
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
T
A
 
A
R
 
R
N
 
N
L
 
L
H
 
H
T
|
T
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
M
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
N
A
 
A
R
 
R
K
 
K
M
 
M
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
N
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
S
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
F
 
F
H
 
H
K
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
I
T
 
T
T
 
T
V
|
V
T
|
T
A
|
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
I
|
I
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
M
 
M
H
 
H
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
G
 
G
D
|
D
C
 
C
P
 
P
G
 
G
K
|
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
R
N
 
N
A
 
A
R
 
R
V
 
V
F
 
F
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
R
 
R
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
F
P
 
P
V
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
W
 
W
R
 
R
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
T
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
|
V
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
I
D
 
D
L
 
L
V
 
V
P
 
P
W
 
W
V
 
V
E
 
E
D
 
D
D
 
D
P
 
P
K
 
K
D
 
D
L
 
L
F
 
F
S
 
S
H
 
H
T
 
T
R
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
A
G
 
G

1x7dA Crystal structure analysis of ornithine cyclodeaminase complexed with NAD and ornithine to 1.6 angstroms (see paper)
100% identity, 97% coverage: 2:341/350 of query aligns to 1:340/340 of 1x7dA

query
sites
1x7dA
T
 
T
Y
 
Y
F
 
F
I
 
I
D
 
D
V
 
V
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
F
 
F
I
 
I
G
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
D
F
 
F
K
 
K
R
 
R
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
D
 
D
K
 
K
S
 
S
A
 
A
R
|
R
V
 
V
A
 
A
S
 
S
H
 
H
S
 
S
E
 
E
V
 
V
G
 
G
V
|
V
I
 
I
E
|
E
L
 
L
M
|
M
P
 
P
V
 
V
A
 
A
D
 
D
K
 
K
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
K
|
K
Y
 
Y
V
|
V
N
|
N
G
|
G
H
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
T
A
 
A
R
 
R
N
 
N
L
 
L
H
 
H
T
|
T
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
M
 
M
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
N
A
 
A
R
 
R
K
 
K
M
 
M
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
N
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
S
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
F
 
F
H
 
H
K
 
K
H
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
I
T
 
T
T
 
T
V
|
V
T
|
T
A
|
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
I
|
I
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
M
 
M
H
 
H
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
G
 
G
D
|
D
C
 
C
P
 
P
G
 
G
K
|
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
H
A
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
R
N
 
N
A
 
A
R
 
R
V
 
V
F
 
F
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
R
 
R
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
F
 
F
P
 
P
V
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
W
 
W
R
 
R
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
T
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
|
V
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
L
 
L
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
K
 
K
R
 
R
G
 
G
M
 
M
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
I
D
 
D
L
 
L
V
 
V
P
 
P
W
 
W
V
 
V
E
 
E
D
 
D
D
 
D
P
 
P
K
 
K
D
 
D
L
 
L
F
 
F
S
 
S
H
 
H
T
 
T
R
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
A

1omoA Alanine dehydrogenase dimer w/bound NAD (archaeal) (see paper)
32% identity, 78% coverage: 51:322/350 of query aligns to 47:319/320 of 1omoA

query
sites
1omoA
E
 
E
V
 
K
G
 
G
V
 
D
I
 
L
E
x
R
L
 
A
M
 
M
P
 
P
V
 
A
A
 
H
D
 
L
K
 
M
S
 
G
R
 
Y
Y
 
A
A
 
G
F
 
L
K
 
K
Y
 
W
V
 
V
N
 
N
G
 
S
H
 
H
P
 
P
A
 
G
N
 
N
T
 
P
A
 
D
R
 
K
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
 
T
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
L
G
 
M
V
 
I
L
 
L
A
 
N
D
 
S
V
 
P
D
 
E
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
L
L
 
A
L
 
V
S
 
M
E
 
D
L
 
A
T
 
T
I
 
Y
A
 
T
T
 
T
A
 
S
L
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
G
L
 
G
M
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
K
N
 
N
A
 
S
R
 
S
K
 
V
M
 
F
A
 
G
L
 
F
I
 
I
G
 
G
N
 
C
G
|
G
A
x
T
Q
|
Q
S
 
A
E
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
A
 
L
L
 
E
A
 
A
F
 
L
H
 
R
K
 
R
H
 
V
L
 
F
G
 
D
I
 
I
E
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
|
D
T
x
V
D
x
R
P
 
E
L
 
K
A
 
A
T
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
F
I
 
V
A
 
S
N
 
Y
L
 
C
K
 
E
E
 
D
Y
 
R
S
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
-
I
 
I
R
 
S
R
 
A
A
 
S
S
 
V
S
 
Q
V
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
E
V
 
A
K
 
S
G
 
R
V
 
C
D
 
D
I
 
V
I
 
L
T
 
V
T
 
T
V
 
T
T
|
T
A
x
P
D
 
S
K
 
R
A
 
-
Y
 
-
A
 
K
T
 
P
I
 
V
I
 
V
T
 
K
P
 
A
D
 
E
M
 
W
L
 
V
E
 
E
P
 
E
G
 
G
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
 
I
G
|
G
G
 
A
D
|
D
C
 
G
P
 
P
G
 
G
K
|
K
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
V
D
 
E
V
 
I
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
I
F
 
V
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
E
 
L
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
K
I
 
H
E
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Q
 
N
Q
 
V
L
 
A
P
 
V
A
 
S
D
 
K
F
 
G
P
 
V
V
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
H
V
 
A
D
 
T
L
 
I
W
 
G
R
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
L
T
 
K
E
 
D
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
S
 
S
D
 
D
S
 
E
Q
 
E
V
 
I
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
x
T
G
|
G
F
 
L
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
D
 
D
Y
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
K
Y
 
V
V
 
V
L
 
Y
Q
 
E
Q
 
N
A
 
A
E
 
L
K
 
S
R
 
K
G
 
N
M
 
V
G
 
G
T
 
S
K
 
K
I
 
I
D
 
K
L
 
F

O28608 Alanine dehydrogenase; AlaDH; EC 1.4.1.1 from Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16) (see paper)
32% identity, 78% coverage: 51:322/350 of query aligns to 47:319/322 of O28608

query
sites
O28608
E
 
E
V
 
K
G
 
G
V
 
D
I
 
L
E
 
R
L
 
A
M
 
M
P
 
P
V
 
A
A
 
H
D
 
L
K
 
M
S
 
G
R
 
Y
Y
 
A
A
 
G
F
 
L
K
 
K
Y
 
W
V
 
V
N
 
N
G
 
S
H
 
H
P
 
P
A
 
G
N
 
N
T
 
P
A
 
D
R
 
K
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
 
T
V
 
V
M
 
M
A
 
A
F
 
L
G
 
M
V
 
I
L
 
L
A
 
N
D
 
S
V
 
P
D
 
E
S
 
T
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
V
 
L
L
 
A
L
 
V
S
 
M
E
 
D
L
 
A
T
 
T
I
 
Y
A
 
T
T
 
T
A
 
S
L
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
G
L
 
G
M
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
K
N
 
N
A
 
S
R
 
S
K
 
V
M
 
F
A
 
G
L
 
F
I
 
I
G
 
G
N
 
C
G
 
G
A
x
T
Q
|
Q
S
 
A
E
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
A
 
L
L
 
E
A
 
A
F
 
L
H
 
R
K
 
R
H
 
V
L
 
F
G
 
D
I
 
I
E
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
K
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
T
x
V
D
x
R
P
 
E
L
 
K
A
 
A
T
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
F
I
 
V
A
 
S
N
 
Y
L
 
C
K
 
E
E
 
D
Y
 
R
S
 
G
G
 
-
L
 
-
T
 
-
I
 
I
R
 
S
R
 
A
A
 
S
S
 
V
S
 
Q
V
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
E
V
 
A
K
 
S
G
 
R
V
 
C
D
 
D
I
 
V
I
 
L
T
 
V
T
 
T
V
 
T
T
 
T
A
 
P
D
 
S
K
 
R
A
 
-
Y
 
-
A
 
K
T
 
P
I
 
V
I
 
V
T
 
K
P
 
A
D
 
E
M
 
W
L
 
V
E
 
E
P
 
E
G
 
G
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
 
I
G
|
G
G
x
A
D
|
D
C
 
G
P
 
P
G
 
G
K
|
K
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
V
D
 
E
V
 
I
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
I
F
 
V
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
E
 
L
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
K
I
 
H
E
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Q
 
N
Q
 
V
L
 
A
P
 
V
A
 
S
D
 
K
F
 
G
P
 
V
V
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
H
V
 
A
D
 
T
L
 
I
W
 
G
R
 
E
V
 
V
L
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
L
T
 
K
E
 
D
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
S
 
S
D
 
D
S
 
E
Q
 
E
V
 
I
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
 
T
G
 
G
F
 
L
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
D
 
D
Y
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
K
Y
 
V
V
 
V
L
 
Y
Q
 
E
Q
 
N
A
 
A
E
 
L
K
 
S
R
 
K
G
 
N
M
 
V
G
 
G
T
 
S
K
 
K
I
 
I
D
 
K
L
 
F

6t3eB Structure of thermococcus litoralis delta(1)-pyrroline-2-carboxylate reductase in complex with nadh and l-proline (see paper)
29% identity, 77% coverage: 53:322/350 of query aligns to 49:325/325 of 6t3eB

query
sites
6t3eB
G
 
G
V
 
F
I
 
I
E
 
L
L
 
Y
M
|
M
P
 
P
-
 
S
-
 
Y
V
 
L
A
 
E
D
 
D
K
 
S
S
 
E
R
 
A
Y
 
L
A
 
A
F
 
V
K
|
K
Y
 
V
V
 
V
N
 
S
G
 
L
H
 
Y
P
 
P
A
 
E
N
 
N
T
 
T
A
 
K
R
 
K
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
x
S
V
 
V
M
 
L
A
 
A
F
 
S
G
 
I
V
 
L
L
 
L
A
 
N
D
 
D
V
 
P
D
 
K
S
 
T
G
 
G
Y
 
A
P
 
P
V
 
L
L
 
A
L
 
L
S
 
M
E
 
E
L
 
G
T
 
T
I
 
F
A
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
G
M
 
V
A
 
A
A
 
T
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
K
N
 
D
A
 
S
R
 
K
K
 
I
M
 
A
A
 
G
L
 
I
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
|
G
A
x
V
Q
|
Q
S
 
A
E
 
R
F
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
W
A
 
A
F
 
V
H
 
C
K
 
E
H
 
V
L
 
R
G
 
N
I
 
I
E
 
E
E
 
K
I
 
A
V
 
L
A
 
V
Y
 
Y
D
|
D
T
x
I
D
 
N
P
 
P
L
 
K
A
 
N
T
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
F
I
 
A
A
 
E
N
 
E
L
 
M
K
 
S
E
 
K
Y
 
K
S
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
E
I
 
I
R
 
K
R
 
T
A
 
V
S
 
E
S
 
S
V
 
A
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
T
K
 
E
G
 
K
V
 
S
D
 
D
I
 
I
I
 
L
T
 
-
T
 
-
V
 
I
T
 
V
A
|
A
D
x
T
K
x
T
A
|
A
Y
 
R
A
 
E
T
 
P
I
x
V
I
 
V
T
 
K
P
 
G
D
 
G
M
 
W
L
 
I
E
 
R
P
 
E
G
 
G
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
S
V
|
V
G
|
G
G
x
W
D
 
V
C
 
G
P
 
R
G
 
D
K
 
A
T
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
S
D
 
E
V
 
T
L
 
V
R
 
R
N
 
K
A
 
S
R
 
K
V
 
L
F
 
V
V
 
V
E
 
D
Y
 
S
E
 
K
P
 
E
Q
 
G
T
 
V
R
 
L
I
 
N
E
 
E
G
 
S
E
 
G
I
 
D
Q
 
I
Q
 
I
L
 
I
P
 
P
A
 
M
D
 
K
F
 
E
P
 
G
V
 
V
V
 
I
D
 
D
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
I
-
 
H
-
 
A
-
 
E
L
 
L
W
 
A
R
 
E
V
 
I
L
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
V
T
 
K
E
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
S
 
N
D
 
N
S
 
R
Q
 
E
V
 
I
T
 
T
V
 
L
F
 
F
D
 
K
S
|
S
V
|
V
G
|
G
F
 
L
A
 
A
L
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
A
T
 
I
V
 
T
L
 
A
R
 
K
Y
 
L
V
 
A
L
 
Y
Q
 
E
Q
 
K
A
 
A
E
 
L
K
 
E
R
 
H
G
 
G
M
 
V
G
 
G
T
 
T
K
 
N
I
 
V
D
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5gziA Cyclodeaminase_pa
33% identity, 80% coverage: 53:332/350 of query aligns to 64:340/354 of 5gziA

query
sites
5gziA
G
 
G
V
 
I
I
 
W
E
 
E
L
 
W
M
 
M
P
 
P
V
 
H
A
 
R
D
 
E
K
 
P
S
 
G
R
 
D
Y
 
H
-
 
I
A
 
T
F
 
L
K
|
K
Y
 
T
V
 
V
N
 
G
G
x
Y
H
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
P
A
 
A
R
 
R
-
 
F
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
|
T
V
 
I
M
 
L
A
 
G
F
 
T
G
 
V
V
 
A
L
 
R
A
 
Y
D
 
D
V
 
D
D
 
T
S
 
T
G
 
G
Y
 
A
P
 
L
V
 
T
L
 
A
L
 
L
S
 
M
E
 
D
L
 
G
T
 
V
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
A
A
 
S
Q
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
D
A
 
S
R
 
H
K
 
T
M
 
L
A
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
T
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
A
E
 
V
F
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
H
A
 
A
F
 
L
H
 
S
K
 
L
H
 
V
L
 
L
G
 
P
I
 
L
E
 
Q
E
 
R
I
 
A
V
 
L
A
 
V
Y
 
W
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
-
A
 
A
T
x
H
A
 
R
K
 
E
L
 
S
I
 
F
A
 
A
N
 
R
L
 
R
K
 
A
E
 
A
Y
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
V
T
 
S
I
 
V
R
 
E
R
 
I
A
 
A
S
 
E
S
 
P
V
 
A
A
 
R
E
 
I
A
 
A
V
 
A
K
 
E
G
 
-
V
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
S
T
 
T
V
x
A
T
|
T
A
x
S
D
x
V
K
 
A
A
 
V
Y
 
G
A
 
Q
T
 
G
I
 
P
I
 
V
T
 
L
P
 
P
D
 
D
M
 
T
-
 
G
L
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
G
x
A
D
 
D
C
 
L
P
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
P
A
 
L
D
 
G
V
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
R
A
 
A
R
 
F
V
 
V
F
 
T
V
 
A
E
 
D
Y
 
H
E
 
P
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
L
I
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
A
D
 
D
F
 
R
P
 
L
V
 
G
V
 
P
D
 
Q
L
 
L
W
 
A
R
 
H
V
 
L
L
 
C
R
 
A
G
 
D
E
 
P
T
 
A
E
 
A
G
 
A
R
 
A
Q
 
G
S
 
R
D
 
Q
S
 
D
Q
 
T
V
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
x
T
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
Y
 
A
T
 
L
V
 
A
L
 
M
R
 
E
Y
 
V
V
 
F
L
 
L
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
E
R
 
R
G
 
D
M
 
L
G
 
G
T
 
I
K
 
R
I
 
V
D
 
G
L
 
-
V
 
-
P
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
E
D
 
H
D
 
H
P
 
P
K
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5gzlA Cyclodeaminase_pa
33% identity, 80% coverage: 53:332/350 of query aligns to 64:340/357 of 5gzlA

query
sites
5gzlA
G
 
G
V
x
I
I
 
W
E
|
E
L
 
W
M
 
M
P
 
P
V
 
H
A
 
R
D
 
E
K
 
P
S
 
G
R
 
D
Y
 
H
-
 
I
A
 
T
F
 
L
K
 
K
Y
 
T
V
 
V
N
 
G
G
x
Y
H
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
P
A
 
A
R
 
R
-
 
F
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
|
T
V
x
I
M
 
L
A
 
G
F
 
T
G
 
V
V
 
A
L
 
R
A
 
Y
D
 
D
V
 
D
D
 
T
S
 
T
G
 
G
Y
 
A
P
 
L
V
 
T
L
 
A
L
 
L
S
 
M
E
 
D
L
 
G
T
 
V
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
A
A
 
S
Q
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
D
A
 
S
R
 
H
K
 
T
M
 
L
A
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
T
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
A
E
 
V
F
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
H
A
 
A
F
 
L
H
 
S
K
 
L
H
 
V
L
 
L
G
 
P
I
 
L
E
 
Q
E
 
R
I
 
A
V
 
L
A
 
V
Y
 
W
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
-
A
 
A
T
x
H
A
 
R
K
 
E
L
 
S
I
 
F
A
 
A
N
 
R
L
 
R
K
 
A
E
 
A
Y
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
V
T
 
S
I
 
V
R
 
E
R
 
I
A
 
A
S
 
E
S
 
P
V
 
A
A
 
R
E
 
I
A
 
A
V
 
A
K
 
E
G
 
-
V
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
S
T
 
T
V
x
A
T
|
T
A
x
S
D
 
V
K
 
A
A
 
V
Y
 
G
A
 
Q
T
 
G
I
 
P
I
x
V
T
 
L
P
 
P
D
 
D
M
 
T
-
 
G
L
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
G
x
A
D
|
D
C
 
L
P
 
V
G
 
G
K
|
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
P
A
 
L
D
 
G
V
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
R
A
 
A
R
 
F
V
 
V
F
 
T
V
 
A
E
 
D
Y
 
H
E
 
P
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
L
I
x
R
E
|
E
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
A
D
 
D
F
 
R
P
 
L
V
 
G
V
 
P
D
 
Q
L
 
L
W
 
A
R
 
H
V
 
L
L
 
C
R
 
A
G
 
D
E
 
P
T
 
A
E
 
A
G
 
A
R
 
A
Q
 
G
S
 
R
D
 
Q
S
 
D
Q
 
T
V
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
x
T
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
Y
 
A
T
 
L
V
 
A
L
 
M
R
 
E
Y
 
V
V
 
F
L
 
L
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
E
R
 
R
G
 
D
M
 
L
G
 
G
T
 
I
K
 
R
I
 
V
D
 
G
L
 
-
V
 
-
P
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
E
D
 
H
D
 
H
P
 
P
K
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5yu4A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
33% identity, 80% coverage: 53:332/350 of query aligns to 60:336/344 of 5yu4A

query
sites
5yu4A
G
 
G
V
 
I
I
 
W
E
|
E
L
 
W
M
 
M
P
 
P
V
 
H
A
 
R
D
 
E
K
 
P
S
 
G
R
 
D
Y
 
H
-
 
I
A
 
T
F
 
L
K
|
K
Y
 
T
V
 
V
N
 
G
G
x
Y
H
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
P
A
 
A
R
 
R
-
 
F
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
|
T
V
x
I
M
 
L
A
 
G
F
 
T
G
 
V
V
 
A
L
 
R
A
 
Y
D
 
D
V
 
D
D
 
T
S
 
T
G
 
G
Y
 
A
P
 
L
V
 
T
L
 
A
L
 
L
S
 
M
E
 
D
L
 
G
T
 
V
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
A
A
 
S
Q
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
D
A
 
S
R
 
H
K
 
T
M
 
L
A
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
T
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
A
E
 
V
F
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
H
A
 
A
F
 
L
H
 
S
K
 
L
H
 
V
L
 
L
G
 
P
I
 
L
E
 
Q
E
 
R
I
 
A
V
 
L
A
 
V
Y
 
W
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
-
A
 
A
T
x
H
A
 
R
K
 
E
L
 
S
I
 
F
A
 
A
N
 
R
L
 
R
K
 
A
E
 
A
Y
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
V
T
 
S
I
 
V
R
 
E
R
 
I
A
 
A
S
 
E
S
 
P
V
 
A
A
 
R
E
 
I
A
 
A
V
 
A
K
 
E
G
 
-
V
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
S
T
 
T
V
x
A
T
|
T
A
x
S
D
x
V
K
 
A
A
 
V
Y
 
G
A
 
Q
T
 
G
I
 
P
I
x
V
T
 
L
P
 
P
D
 
D
M
 
T
-
 
G
L
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
 
G
G
x
A
D
 
D
C
 
L
P
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
P
A
 
L
D
 
G
V
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
R
A
 
A
R
 
F
V
 
V
F
 
T
V
 
A
E
 
D
Y
 
H
E
 
P
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
L
I
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
A
D
 
D
F
 
R
P
 
L
V
 
G
V
 
P
D
 
Q
L
 
L
W
 
A
R
 
H
V
 
L
L
 
C
R
 
A
G
 
D
E
 
P
T
 
A
E
 
A
G
 
A
R
 
A
Q
 
G
S
 
R
D
 
Q
S
 
D
Q
 
T
V
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
x
T
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
Y
 
A
T
 
L
V
 
A
L
 
M
R
 
E
Y
 
V
V
 
F
L
 
L
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
E
R
 
R
G
 
D
M
 
L
G
 
G
T
 
I
K
 
R
I
 
V
D
 
G
L
 
-
V
 
-
P
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
E
D
 
H
D
 
H
P
 
P
K
 
G
D
 
D

5yu3A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
33% identity, 80% coverage: 53:332/350 of query aligns to 60:336/344 of 5yu3A

query
sites
5yu3A
G
 
G
V
 
I
I
 
W
E
 
E
L
 
W
M
|
M
P
 
P
V
 
H
A
 
R
D
 
E
K
 
P
S
 
G
R
 
D
Y
 
H
-
 
I
A
 
T
F
 
L
K
|
K
Y
 
T
V
 
V
N
 
G
G
x
Y
H
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
T
 
P
A
 
A
R
 
R
-
 
F
N
 
G
L
 
L
H
 
P
T
|
T
V
x
I
M
 
L
A
 
G
F
 
T
G
 
V
V
 
A
L
 
R
A
 
Y
D
 
D
V
 
D
D
 
T
S
 
T
G
 
G
Y
 
A
P
 
L
V
 
T
L
 
A
L
 
L
S
 
M
E
 
D
L
 
G
T
 
V
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
A
A
 
S
Q
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
D
A
 
S
R
 
H
K
 
T
M
 
L
A
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
T
G
|
G
A
|
A
Q
|
Q
S
 
A
E
 
V
F
 
T
Q
 
Q
A
 
L
L
 
H
A
 
A
F
 
L
H
 
S
K
 
L
H
 
V
L
 
L
G
 
P
I
 
L
E
 
Q
E
 
R
I
 
A
V
 
L
A
 
V
Y
 
W
D
|
D
T
|
T
D
 
D
P
 
P
L
 
-
A
 
A
T
 
H
A
 
R
K
 
E
L
 
S
I
 
F
A
 
A
N
 
R
L
 
R
K
 
A
E
 
A
Y
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
V
T
 
S
I
 
V
R
 
E
R
 
I
A
 
A
S
 
E
S
 
P
V
 
A
A
 
R
E
 
I
A
 
A
V
 
A
K
 
E
G
 
-
V
 
A
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
S
T
 
T
V
x
A
T
|
T
A
x
S
D
x
V
K
 
A
A
 
V
Y
 
G
A
 
Q
T
 
G
I
 
P
I
 
V
T
 
L
P
 
P
D
 
D
M
 
T
-
 
G
L
 
V
E
 
R
P
 
E
G
 
H
M
 
L
H
 
H
L
 
I
N
 
N
A
 
A
V
|
V
G
 
G
G
x
A
D
 
D
C
 
L
P
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
H
 
P
A
 
L
D
 
G
V
 
L
L
 
L
R
 
E
N
 
R
A
 
A
R
 
F
V
 
V
F
 
T
V
 
A
E
 
D
Y
 
H
E
 
P
P
 
E
Q
 
Q
T
 
A
R
 
L
I
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
A
D
 
D
F
 
R
P
 
L
V
 
G
V
 
P
D
 
Q
L
 
L
W
 
A
R
 
H
V
 
L
L
 
C
R
 
A
G
 
D
E
 
P
T
 
A
E
 
A
G
 
A
R
 
A
Q
 
G
S
 
R
D
 
Q
S
 
D
Q
 
T
V
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
|
S
V
x
T
G
|
G
F
 
F
A
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
Y
 
A
T
 
L
V
 
A
L
 
M
R
 
E
Y
 
V
V
 
F
L
 
L
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
E
R
 
R
G
 
D
M
 
L
G
 
G
T
 
I
K
 
R
I
 
V
D
 
G
L
 
-
V
 
-
P
 
-
W
 
-
V
 
I
E
 
E
D
 
H
D
 
H
P
 
P
K
 
G
D
 
D

6rqaB Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
27% identity, 71% coverage: 75:322/350 of query aligns to 75:322/322 of 6rqaB

query
sites
6rqaB
P
 
P
A
x
N
N
 
N
T
 
Q
A
 
K
R
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
I
T
 
N
V
 
H
M
 
Q
A
 
S
F
 
T
G
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
F
D
 
D
V
 
P
D
 
D
S
 
T
G
 
G
Y
 
R
P
 
V
V
 
S
L
 
A
L
 
A
S
 
V
E
 
G
L
 
G
T
 
N
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
S
A
 
I
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
P
 
K
N
 
G
A
 
A
R
 
K
K
 
V
M
 
L
A
 
G
L
 
M
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
|
G
A
 
H
Q
|
Q
S
 
S
E
 
A
F
 
F
Q
 
Q
A
 
M
L
 
R
A
 
A
F
 
A
H
 
A
K
 
N
H
 
V
L
 
H
G
 
R
I
 
F
E
 
E
E
 
K
I
 
V
V
 
I
A
 
G
Y
 
W
D
 
N
T
x
P
D
x
H
P
 
P
L
 
E
A
 
M
T
 
L
A
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
A
K
 
A
E
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
P
Y
 
F
S
 
E
G
 
A
L
 
V
T
 
E
I
 
L
R
 
D
R
 
R
A
 
L
S
 
G
S
 
A
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
V
T
 
S
V
x
I
T
|
T
A
x
S
D
 
-
K
 
-
A
x
S
Y
 
F
A
 
S
T
 
P
I
 
L
I
 
L
T
 
M
P
 
N
D
 
E
M
 
H
L
 
V
E
 
K
P
 
G
G
 
P
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
G
 
T
D
|
D
C
 
T
P
 
K
G
 
G
K
|
K
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
P
D
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
A
N
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
F
 
F
V
 
T
E
 
D
Y
 
E
E
 
V
P
 
A
Q
 
Q
T
 
S
R
 
V
I
 
S
E
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
H
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
G
L
 
L
P
 
I
A
 
R
D
 
E
F
 
D
P
 
Q
V
 
V
V
 
G
D
 
E
L
 
L
W
 
G
R
 
A
V
 
V
L
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
D
T
 
D
E
 
P
G
 
G
R
 
R
Q
 
-
S
 
G
D
 
D
S
 
A
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
S
x
G
V
x
T
G
|
G
F
 
V
A
 
G
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
Y
 
L
T
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
Q
Y
 
A
V
 
V
L
 
V
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
H
R
 
K
G
 
G
M
 
V
G
 
A
T
 
Q
K
 
E
I
 
V
D
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

6rqaA Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
27% identity, 71% coverage: 75:322/350 of query aligns to 75:322/322 of 6rqaA

query
sites
6rqaA
P
 
P
A
 
N
N
 
N
T
 
Q
A
 
K
R
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
I
T
 
N
V
x
H
M
 
Q
A
 
S
F
 
T
G
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
F
D
 
D
V
 
P
D
 
D
S
 
T
G
 
G
Y
 
R
P
 
V
V
 
S
L
 
A
L
 
A
S
 
V
E
 
G
L
 
G
T
 
N
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
S
A
 
I
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
P
 
K
N
 
G
A
 
A
R
 
K
K
 
V
M
 
L
A
 
G
L
 
M
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
|
G
A
x
H
Q
|
Q
S
 
S
E
 
A
F
 
F
Q
 
Q
A
 
M
L
 
R
A
 
A
F
 
A
H
 
A
K
 
N
H
 
V
L
 
H
G
 
R
I
 
F
E
 
E
E
 
K
I
 
V
V
 
I
A
 
G
Y
 
W
D
x
N
T
x
P
D
x
H
P
 
P
L
 
E
A
x
M
T
 
L
A
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
A
K
 
A
E
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
P
Y
 
F
S
 
E
G
 
A
L
 
V
T
 
E
I
 
L
R
 
D
R
 
R
A
 
L
S
 
G
S
 
A
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
V
T
 
S
V
x
I
T
|
T
A
x
S
D
 
-
K
 
-
A
x
S
Y
 
F
A
 
S
T
 
P
I
 
L
I
 
L
T
 
M
P
 
N
D
 
E
M
 
H
L
 
V
E
 
K
P
 
G
G
 
P
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
G
 
T
D
|
D
C
 
T
P
 
K
G
 
G
K
|
K
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
P
D
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
A
N
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
F
 
F
V
 
T
E
 
D
Y
 
E
E
 
V
P
 
A
Q
 
Q
T
 
S
R
 
V
I
 
S
E
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
H
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
G
L
 
L
P
 
I
A
 
R
D
 
E
F
 
D
P
 
Q
V
 
V
V
 
G
D
 
E
L
 
L
W
 
G
R
 
A
V
 
V
L
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
D
T
 
D
E
 
P
G
 
G
R
 
R
Q
 
-
S
 
G
D
 
D
S
 
A
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
S
x
G
V
 
T
G
 
G
F
 
V
A
 
G
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
Y
 
L
T
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
Q
Y
 
A
V
 
V
L
 
V
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
H
R
 
K
G
 
G
M
 
V
G
 
A
T
 
Q
K
 
E
I
 
V
D
 
E
L
 
I

A1B8Z0 Iminosuccinate reductase; EC 1.4.1.- from Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (see paper)
27% identity, 71% coverage: 75:322/350 of query aligns to 73:320/320 of A1B8Z0

query
sites
A1B8Z0
P
 
P
A
 
N
N
 
N
T
 
Q
A
 
K
R
 
H
N
 
N
L
 
L
H
 
I
T
 
N
V
 
H
M
 
Q
A
 
S
F
 
T
G
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
F
D
 
D
V
 
P
D
 
D
S
 
T
G
 
G
Y
 
R
P
 
V
V
 
S
L
 
A
L
 
A
S
 
V
E
 
G
L
 
G
T
 
N
I
 
L
A
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
A
S
 
S
L
 
A
M
 
V
A
 
S
A
 
I
Q
 
K
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
P
 
K
N
 
G
A
 
A
R
 
K
K
 
V
M
 
L
A
 
G
L
 
M
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
x
H
Q
|
Q
S
 
S
E
 
A
F
 
F
Q
 
Q
A
 
M
L
 
R
A
 
A
F
 
A
H
 
A
K
 
N
H
 
V
L
 
H
G
 
R
I
 
F
E
 
E
E
 
K
I
 
V
V
 
I
A
 
G
Y
 
W
D
x
N
T
 
P
D
 
H
P
 
P
L
 
E
A
 
M
T
 
L
A
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
A
K
 
A
E
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
P
Y
 
F
S
 
E
G
 
A
L
 
V
T
 
E
I
 
L
R
 
D
R
 
R
A
 
L
S
 
G
S
 
A
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
V
I
 
I
T
 
V
T
 
S
V
 
I
T
 
T
A
x
S
D
 
-
K
 
-
A
 
S
Y
 
F
A
 
S
T
 
P
I
 
L
I
 
L
T
 
M
P
 
N
D
 
E
M
 
H
L
 
V
E
 
K
P
 
G
G
 
P
M
 
T
H
 
H
L
 
I
N
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
G
x
T
D
|
D
C
 
T
P
 
K
G
 
G
K
|
K
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
H
 
D
A
 
P
D
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
A
N
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
F
 
F
V
 
T
E
 
D
Y
 
E
E
 
V
P
 
A
Q
 
Q
T
 
S
R
 
V
I
 
S
E
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
C
Q
 
Q
Q
 
H
L
 
A
P
 
I
A
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
I
-
 
R
D
 
E
F
 
D
P
 
Q
V
 
V
V
 
G
D
 
E
L
 
L
W
 
G
R
 
A
V
 
V
L
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
D
T
 
D
E
 
P
G
 
G
R
 
R
Q
 
-
S
 
G
D
 
D
S
 
A
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
S
x
G
V
 
T
G
 
G
F
 
V
A
 
G
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
Y
 
L
T
 
A
V
 
V
L
 
A
R
 
Q
Y
 
A
V
 
V
L
 
V
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
H
R
 
K
G
 
G
M
 
V
G
 
A
T
 
Q
K
 
E
I
 
V
D
 
E
L
 
I

4m54A The structure of the staphyloferrin b precursor biosynthetic enzyme sbnb bound to n-(1-amino-1-carboxyl-2-ethyl)-glutamic acid and nadh (see paper)
24% identity, 71% coverage: 74:322/350 of query aligns to 77:309/310 of 4m54A

query
sites
4m54A
H
 
H
P
 
D
A
 
N
N
 
P
T
 
S
A
 
K
R
 
R
N
 
N
L
 
M
H
 
E
T
x
R
V
 
A
M
 
S
A
 
G
F
 
V
G
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
N
D
 
D
V
 
P
D
 
E
S
 
T
G
 
N
Y
 
Y
P
 
P
V
 
I
L
 
A
L
 
V
S
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
S
I
 
L
A
 
I
T
 
S
A
 
S
L
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
V
S
 
S
L
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
P
 
K
N
 
G
A
 
F
R
 
K
K
 
D
M
 
L
A
 
T
L
 
I
I
 
I
G
 
G
N
 
C
G
|
G
A
x
L
Q
x
I
S
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
Q
A
 
L
L
 
Q
A
 
S
F
 
M
H
 
L
K
 
E
H
 
Q
L
 
F
G
 
D
-
 
H
I
 
I
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
F
A
 
V
Y
 
Y
D
|
D
T
x
Q
D
 
F
P
 
S
L
 
E
A
 
A
T
 
C
A
 
A
K
 
R
L
 
F
I
 
V
A
 
D
N
 
R
L
 
W
K
 
Q
E
 
Q
Y
 
Q
S
 
R
-
 
P
G
 
E
L
 
I
T
 
N
I
 
F
R
 
I
R
 
A
A
 
T
S
 
E
S
 
N
V
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
S
G
 
N
V
 
G
D
 
E
I
 
V
I
 
V
T
 
I
T
 
T
V
 
C
T
|
T
-
 
V
A
x
T
D
 
D
K
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
I
T
 
E
P
 
Y
D
 
D
M
 
W
L
 
L
E
 
Q
P
 
K
G
 
G
M
 
A
H
 
F
L
 
I
N
 
S
A
 
N
V
x
I
G
 
-
G
 
-
D
 
-
C
 
-
P
 
-
G
 
S
K
 
I
T
x
M
E
 
D
L
 
V
H
 
H
A
 
K
D
 
E
V
 
V
L
 
F
R
 
I
N
 
K
A
 
A
-
 
D
R
 
K
V
 
V
F
 
V
V
 
V
E
 
D
Y
 
D
E
 
W
P
 
S
Q
 
Q
T
 
C
R
 
N
I
 
L
E
 
H
G
 
A
E
 
E
I
 
L
Q
 
G
Q
 
Q
L
 
L
P
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
W
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
V
R
 
T
G
 
G
E
 
D
T
 
I
E
 
P
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
S
 
D
D
 
D
S
 
D
Q
 
E
V
 
I
T
 
I
V
 
L
F
 
L
D
 
N
S
 
P
V
 
M
G
 
G
F
 
M
A
 
A
L
 
I
E
 
E
D
 
D
Y
 
I
T
 
S
V
 
S
L
 
A
R
 
Y
Y
 
F
V
 
I
L
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
K
 
Q
R
 
Q
G
 
N
M
 
I
G
 
G
T
 
T
K
 
T
I
 
L
D
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4mp6A Staphyloferrin b precursor biosynthetic enzyme sbnb bound to citrate and NAD+ (see paper)
23% identity, 71% coverage: 74:322/350 of query aligns to 82:333/334 of 4mp6A

query
sites
4mp6A
H
 
H
P
 
D
A
 
N
N
 
P
T
 
S
A
 
K
R
 
R
N
 
N
L
 
M
H
 
E
T
x
R
V
 
A
M
 
S
A
 
G
F
 
V
G
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
N
D
 
D
V
 
P
D
 
E
S
 
T
G
 
N
Y
 
Y
P
 
P
V
 
I
L
 
A
L
 
V
S
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
S
I
 
L
A
 
I
T
 
S
A
 
S
L
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
T
 
V
S
 
S
L
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
P
 
K
N
 
G
A
 
F
R
 
K
K
 
D
M
 
L
A
 
T
L
 
I
I
 
I
G
 
G
N
 
C
G
|
G
A
x
L
Q
x
I
S
 
G
E
 
D
F
 
K
Q
 
Q
A
 
L
L
 
Q
A
 
S
F
 
M
H
 
L
K
 
E
H
 
Q
L
 
F
G
 
D
-
 
H
I
 
I
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
F
A
 
V
Y
 
Y
D
|
D
T
x
Q
D
 
F
P
 
S
L
 
E
A
 
A
T
 
C
A
 
A
K
 
R
L
 
F
I
 
V
A
 
D
N
 
R
L
 
W
K
 
Q
E
 
Q
Y
 
Q
S
 
R
-
 
P
G
 
E
L
 
I
T
 
N
I
 
F
R
 
I
R
 
A
A
 
T
S
 
E
S
 
N
V
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
S
G
 
N
V
 
G
D
 
E
I
 
V
I
 
V
T
 
I
T
 
T
V
x
C
T
|
T
-
x
V
A
 
T
D
 
D
K
 
Q
A
 
P
Y
 
Y
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
I
T
 
E
P
 
Y
D
 
D
M
 
W
L
 
L
E
 
Q
P
 
K
G
 
G
M
 
A
H
 
F
L
 
I
N
 
S
A
 
N