SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3540 FitnessBrowser__Putida:PP_3540 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

P35914 Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase, mitochondrial; HL; HMG-CoA lyase; 3-hydroxy-3-methylglutarate-CoA lyase; EC 4.1.3.4 from Homo sapiens (Human) (see 11 papers)
59% identity, 98% coverage: 2:295/299 of query aligns to 28:321/325 of P35914

query
sites
P35914
S
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
H
 
R
V
 
V
R
 
K
L
 
I
V
 
V
E
|
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
|
R
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
x
K
Q
 
N
P
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
T
A
 
P
D
 
V
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
L
V
 
I
N
 
D
D
 
M
L
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
Y
 
V
I
 
I
E
|
E
V
 
T
G
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
K
 
K
W
 
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
G
G
 
D
S
 
H
A
 
T
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
R
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
I
T
 
N
Y
 
Y
A
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
T
Q
 
K
R
 
K
N
 
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
|
S
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
S
L
 
F
K
 
Q
R
 
R
F
 
F
E
 
D
P
 
A
I
 
I
M
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
S
 
S
H
 
A
G
 
N
M
 
I
R
 
S
V
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
C
 
C
V
 
A
L
 
L
G
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
P
E
 
A
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
E
V
 
V
A
 
T
R
 
K
A
 
K
L
x
F
H
 
Y
D
 
S
M
 
M
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
x
I
S
 
S
L
 
L
G
|
G
D
|
D
T
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
I
T
 
M
R
 
K
R
 
D
L
 
M
F
 
L
E
 
S
V
 
A
V
 
V
S
 
M
A
 
Q
Q
 
E
V
 
V
P
 
P
R
 
L
E
 
A
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
V
H
|
H
F
 
C
H
 
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
T
Y
 
L
A
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
E
 
M
G
 
G
I
 
V
S
 
S
V
 
V
F
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
T
E
|
E
D
|
D
V
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
G
 
Q
L
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
N
R
 
F
I
 
I
S
 
C
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
R
 
R
D
 
K
N
 
T
G
 
S
S
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3mp3B Crystal structure of human lyase in complex with inhibitor hg-coa (see paper)
59% identity, 98% coverage: 2:295/299 of query aligns to 1:294/296 of 3mp3B

query
sites
3mp3B
S
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
H
 
R
V
 
V
R
 
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
|
R
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
|
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
K
Q
 
N
P
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
T
A
 
P
D
 
V
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
L
V
 
I
N
 
D
D
 
M
L
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
Y
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
T
G
 
T
S
 
S
F
|
F
V
|
V
S
|
S
P
 
P
K
 
K
W
|
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
G
G
 
D
S
 
H
A
 
T
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
R
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
I
T
 
N
Y
 
Y
A
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
T
P
|
P
N
|
N
L
 
L
R
x
K
G
|
G
F
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
T
Q
 
K
R
 
K
N
|
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
 
S
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
S
L
 
F
K
 
Q
R
|
R
F
 
F
E
 
D
P
 
A
I
 
I
M
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
S
 
S
H
 
A
G
 
N
M
 
I
R
 
S
V
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
S
|
S
C
 
C
V
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
P
E
 
A
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
E
V
 
V
A
 
T
R
 
K
A
 
K
L
 
F
H
 
Y
D
 
S
M
 
M
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
|
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
I
T
 
M
R
 
K
R
 
D
L
 
M
F
 
L
E
 
S
V
 
A
V
 
V
S
 
M
A
 
Q
Q
 
E
V
 
V
P
 
P
R
 
L
E
 
A
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
V
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
T
Y
 
L
A
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
E
 
M
G
 
G
I
 
V
S
 
S
V
 
V
F
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
G
 
Q
L
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
N
R
 
F
I
 
I
S
 
C
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
R
 
R
D
 
K
N
 
T
G
 
S
S
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
A

2cw6A Crystal structure of human hmg-coa lyase: insights into catalysis and the molecular basis for hydroxymethylglutaric aciduria (see paper)
59% identity, 98% coverage: 2:295/299 of query aligns to 1:294/296 of 2cw6A

query
sites
2cw6A
S
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
H
 
R
V
 
V
R
 
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
 
R
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
|
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
K
Q
 
N
P
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
T
A
 
P
D
 
V
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
L
V
 
I
N
 
D
D
 
M
L
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
Y
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
T
G
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
K
 
K
W
 
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
G
G
 
D
S
 
H
A
 
T
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
R
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
I
T
 
N
Y
 
Y
A
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
V
V
 
I
F
|
F
A
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
T
Q
 
K
R
 
K
N
 
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
 
S
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
S
L
 
F
K
 
Q
R
 
R
F
 
F
E
 
D
P
 
A
I
 
I
M
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
S
 
S
H
 
A
G
 
N
M
 
I
R
 
S
V
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
C
 
C
V
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
P
E
 
A
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
E
V
 
V
A
 
T
R
 
K
A
 
K
L
 
F
H
 
Y
D
 
S
M
 
M
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
I
T
 
M
R
 
K
R
 
D
L
 
M
F
 
L
E
 
S
V
 
A
V
 
V
S
 
M
A
 
Q
Q
 
E
V
 
V
P
 
P
R
 
L
E
 
A
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
V
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
T
Y
 
L
A
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
E
 
M
G
 
G
I
 
V
S
 
S
V
 
V
F
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
|
N
I
 
L
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
G
 
Q
L
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
N
R
 
F
I
 
I
S
 
C
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
R
 
R
D
 
K
N
 
T
G
 
S
S
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
A

3mp5B Crystal structure of human lyase r41m in complex with hmg-coa (see paper)
59% identity, 98% coverage: 2:295/299 of query aligns to 1:294/296 of 3mp5B

query
sites
3mp5B
S
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
H
 
R
V
 
V
R
 
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
 
M
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
|
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
K
Q
 
N
P
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
T
A
 
P
D
 
V
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
L
V
 
I
N
 
D
D
 
M
L
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
S
Y
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
T
G
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
V
S
|
S
P
 
P
K
 
K
W
|
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
G
G
 
D
S
 
H
A
 
T
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
Q
 
K
R
 
F
P
 
P
G
 
G
V
 
I
T
 
N
Y
 
Y
A
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
V
V
 
I
F
|
F
A
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
T
Q
 
K
R
 
K
N
|
N
I
 
I
N
|
N
C
 
C
S
 
S
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
S
L
 
F
K
 
Q
R
 
R
F
 
F
E
 
D
P
 
A
I
 
I
M
 
L
D
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
S
 
S
H
 
A
G
 
N
M
 
I
R
 
S
V
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
S
|
S
C
 
C
V
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
P
E
 
A
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
E
V
 
V
A
 
T
R
 
K
A
 
K
L
 
F
H
 
Y
D
 
S
M
 
M
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
|
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
I
T
 
M
R
 
K
R
 
D
L
 
M
F
 
L
E
 
S
V
 
A
V
 
V
S
 
M
A
 
Q
Q
 
E
V
 
V
P
 
P
R
 
L
E
 
A
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
V
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
T
Y
 
L
A
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
E
 
M
G
 
G
I
 
V
S
 
S
V
 
V
F
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
I
E
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
G
 
Q
L
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
N
R
 
F
I
 
I
S
 
C
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
R
 
R
D
 
K
N
 
T
G
 
S
S
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
A

Q8TB92 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, cytoplasmic; 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase-like protein 1; HMGCL-like 1; Endoplasmic reticulum 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase; er-cHL; EC 4.1.3.4 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
54% identity, 98% coverage: 3:295/299 of query aligns to 74:366/370 of Q8TB92

query
sites
Q8TB92
L
 
L
P
 
P
K
 
E
H
 
F
V
 
V
R
 
K
L
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
|
R
D
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
K
Q
 
V
P
 
I
I
 
V
S
 
P
V
 
T
A
 
D
D
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
E
L
 
F
V
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
L
T
 
S
E
 
Q
A
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
S
Y
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
S
K
 
R
W
 
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
A
G
 
D
S
 
H
A
 
T
E
 
E
V
 
V
F
 
M
A
 
K
G
 
G
I
 
I
Q
 
H
Q
 
Q
R
 
Y
P
 
P
G
 
G
V
 
V
T
 
R
Y
 
Y
A
 
P
A
 
V
L
 
L
A
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
H
D
 
H
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
T
E
 
E
V
 
I
A
 
S
V
 
V
F
 
F
A
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
S
F
 
F
S
 
S
Q
 
K
R
 
K
N
 
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
 
S
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
S
L
 
M
K
 
G
R
 
K
F
 
F
E
 
E
P
 
E
I
 
V
M
 
V
D
 
K
A
 
S
A
 
A
R
 
R
S
 
H
H
 
M
G
 
N
M
 
I
R
 
P
V
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
C
 
C
V
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
K
 
S
V
 
I
S
 
T
A
 
P
E
 
Q
Q
 
K
V
 
V
A
 
T
P
 
E
V
 
V
A
 
S
R
 
K
A
 
R
L
|
L
H
 
Y
D
 
G
M
 
M
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
S
T
 
M
R
 
K
R
 
R
L
 
M
F
 
L
E
 
E
V
 
S
V
 
V
S
 
M
A
 
K
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
R
 
P
E
 
G
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
V
H
|
H
F
 
C
H
 
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
I
Y
 
L
A
 
T
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
E
 
M
G
 
G
I
 
I
S
 
N
V
 
V
F
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
A
V
 
V
A
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
I
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
L
E
 
N
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
G
 
Y
L
 
K
L
 
V
I
 
M
A
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
D
R
 
F
I
 
I
S
 
C
G
 
K
V
 
A
L
 
V
G
 
N
R
 
K
D
 
T
N
 
T
G
 
N
S
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P13703 Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase; HL; HMG-CoA lyase; 3-hydroxy-3-methylglutarate-CoA lyase; EC 4.1.3.4 from Pseudomonas mevalonii (see paper)
60% identity, 98% coverage: 7:299/299 of query aligns to 4:296/301 of P13703

query
sites
P13703
V
 
V
R
 
K
L
 
V
V
 
F
E
 
E
V
 
V
G
 
G
P
 
P
R
 
R
D
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
R
Q
 
Q
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
D
 
A
K
 
R
V
 
V
R
 
G
L
 
L
V
 
I
N
 
G
D
 
E
L
 
L
T
 
A
E
 
G
A
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
R
Y
 
H
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
G
S
 
A
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
K
 
R
W
 
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
A
G
 
G
S
 
S
A
 
D
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
R
G
 
Q
I
 
L
Q
 
P
Q
 
S
R
 
N
P
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
S
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
R
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
Q
A
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
C
K
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
A
F
 
F
S
 
S
Q
 
R
R
 
N
N
 
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
 
S
I
 
I
S
 
D
E
 
E
S
 
S
L
 
F
K
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
T
P
 
P
I
 
V
M
 
L
D
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
N
S
 
E
H
 
A
G
 
S
M
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
C
 
C
V
 
V
L
 
L
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
F
E
 
S
G
 
G
K
 
A
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
K
V
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
R
L
 
L
H
 
Y
D
 
E
M
 
L
G
 
G
C
 
C
Y
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
A
G
 
G
T
 
R
A
 
P
G
 
D
D
 
E
T
 
T
R
 
A
R
 
Q
L
 
L
F
 
F
E
 
E
V
 
L
V
 
C
S
 
A
A
 
R
Q
 
Q
V
 
L
P
 
P
R
 
V
E
 
A
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
F
 
F
H
 
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
W
G
 
G
Q
 
M
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
H
A
 
A
S
 
A
L
 
L
L
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
S
 
R
V
 
T
F
 
F
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
A
 
S
K
 
P
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
L
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
Q
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
I
 
Y
E
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
E
L
 
A
L
 
V
I
 
A
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
Q
 
V
R
 
R
I
 
I
S
 
S
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
T
D
 
A
N
 
N
G
 
R
S
 
S
R
 
R
V
 
A
A
 
G
R
 
L
A
 
A
C
 
L
S
 
A
A
 
A
Q
 
R

1ydnA Crystal structure of the hmg-coa lyase from brucella melitensis, northeast structural genomics target lr35. (see paper)
53% identity, 91% coverage: 5:277/299 of query aligns to 2:274/283 of 1ydnA

query
sites
1ydnA
K
 
E
H
 
H
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
V
E
 
E
V
 
M
G
 
A
P
 
A
R
 
R
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
A
 
K
Q
 
R
P
 
F
I
 
V
S
 
P
V
 
T
A
 
A
D
 
D
K
 
K
V
 
I
R
 
A
L
 
L
V
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
L
T
 
S
E
 
D
A
 
C
G
 
G
L
 
Y
A
 
A
Y
 
R
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
T
S
 
S
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
K
 
K
W
 
W
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
M
 
L
A
 
A
G
 
D
S
 
S
A
 
R
E
 
E
V
 
V
F
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
R
Q
 
R
R
 
A
P
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
R
Y
 
Y
A
 
S
A
 
V
L
 
L
A
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
M
R
 
K
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
D
 
A
A
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
H
V
 
A
K
 
D
E
 
E
V
 
I
A
 
A
V
 
V
F
 
F
A
 
I
A
 
S
A
 
A
S
 
S
E
 
E
A
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
K
R
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
N
C
 
C
S
 
T
I
 
I
S
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
I
K
 
E
R
 
R
F
 
L
E
 
S
P
 
P
I
 
V
M
 
I
D
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
I
S
 
N
H
 
D
G
 
G
M
 
L
R
 
A
V
 
I
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
C
 
C
V
 
V
L
 
V
G
 
E
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
K
 
P
V
 
V
S
 
T
A
 
P
E
 
Q
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
S
V
 
V
A
 
T
R
 
E
A
 
Q
L
 
L
H
 
F
D
 
S
M
 
L
G
 
G
C
 
C
Y
 
H
E
 
E
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
R
G
 
G
T
 
T
A
 
P
G
 
D
D
 
T
T
 
V
R
 
A
R
 
A
L
 
M
F
 
L
E
 
D
V
 
A
V
 
V
S
 
L
A
 
A
Q
 
I
V
 
A
P
 
P
R
 
A
E
 
H
Q
 
S
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
|
H
F
 
Y
H
|
H
D
 
D
T
 
T
Y
 
G
G
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
D
N
 
N
V
 
I
Y
 
R
A
 
V
S
 
S
L
 
L
L
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
L
S
 
R
V
 
V
F
 
F
D
 
D
S
 
A
S
 
S
V
 
V
A
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
A
T
 
K
G
 
G
N
|
N
I
 
V
A
 
D
S
 
T
E
 
V
D
 
A
V
 
V
V
 
V
Y
 
E
L
 
M
L
 
L
Q
 
H
G
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
G
 
D
L
 
R
L
 
L
I
 
R
A
 
S
A
 
A
G
 
G

6ndsA Structure of an hmg-coa lyase from acenitobacter baumannii in complex with coenzyme a and 3-methylmalate
37% identity, 95% coverage: 11:295/299 of query aligns to 12:295/305 of 6ndsA

query
sites
6ndsA
E
 
E
V
 
V
G
 
S
P
 
P
R
 
R
D
|
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
N
 
I
E
 
E
A
 
P
Q
 
T
P
 
W
I
 
V
S
 
P
V
 
T
A
 
D
D
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
D
L
 
L
V
 
I
N
 
N
D
 
Q
L
 
L
T
 
S
E
 
T
A
 
M
G
 
G
L
 
F
A
 
S
Y
 
R
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
G
S
 
S
F
 
F
V
|
V
S
|
S
P
 
P
K
 
K
W
 
A
V
x
I
P
 
P
Q
 
N
M
 
L
A
 
R
G
 
D
S
 
G
A
 
E
E
 
E
V
 
V
F
 
F
A
 
T
G
 
G
I
 
I
Q
 
T
Q
 
R
R
 
H
P
 
K
G
 
D
V
 
I
T
 
I
Y
 
Y
A
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
I
P
 
P
N
|
N
L
 
L
R
 
K
G
|
G
F
 
A
E
 
L
D
x
R
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
A
G
 
N
V
 
A
K
 
N
E
 
E
V
 
L
A
 
N
V
 
L
F
 
V
A
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
S
E
 
Q
A
 
T
F
 
H
S
 
N
Q
 
L
R
 
A
N
|
N
I
x
M
N
x
R
C
 
M
S
 
T
I
 
K
S
 
A
E
 
Q
S
 
S
L
 
F
K
 
A
R
 
G
F
 
F
E
 
T
P
 
E
I
 
I
M
 
V
D
 
E
A
 
Q
A
 
L
R
 
Q
S
 
G
H
 
K
G
 
-
M
 
T
R
 
Q
V
 
F
R
 
N
G
 
G
Y
 
T
V
 
V
S
 
A
C
 
T
V
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
E
E
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
F
P
 
S
V
 
L
A
 
V
R
 
E
A
 
H
L
 
Y
H
 
L
D
 
K
M
 
L
G
 
G
C
 
I
Y
 
H
E
 
N
V
 
I
S
 
T
L
 
L
G
 
A
D
 
D
T
 
T
I
 
T
G
 
G
T
 
M
G
 
A
T
 
N
A
 
P
G
 
V
D
 
Q
T
 
V
R
 
K
R
 
R
L
 
I
F
 
V
E
 
S
V
 
H
V
 
V
S
 
L
A
 
S
Q
 
L
V
 
I
P
 
S
R
 
P
E
 
E
Q
 
Q
L
 
L
A
 
T
G
 
L
H
|
H
F
 
F
H
|
H
D
 
N
T
 
T
Y
 
R
G
 
G
Q
 
L
A
 
G
L
 
L
A
 
T
N
 
N
V
 
V
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
Y
L
 
E
E
 
V
G
 
G
I
 
A
S
 
R
V
 
R
F
 
F
D
 
D
S
 
A
S
 
A
V
 
L
A
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
C
 
C
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
P
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
C
S
 
T
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
Y
 
N
L
 
M
L
 
C
Q
 
E
G
 
E
L
 
I
G
 
G
I
 
I
E
 
P
T
 
T
G
 
T
I
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
D
L
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
L
G
 
S
Q
 
R
R
 
T
I
 
L
S
 
P
G
 
A
V
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
H
D
 
D
N
 
T
G
 
P
S
 
S
R
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A

6ktqA Crystal structure of catalytic domain of homocitrate synthase from sulfolobus acidocaldarius (sahcs(dram)) in complex with alpha- ketoglutarate/zn2+/coa (see paper)
24% identity, 79% coverage: 2:238/299 of query aligns to 17:247/399 of 6ktqA

query
sites
6ktqA
S
 
S
L
 
L
P
 
H
K
 
M
H
 
K
V
 
V
R
 
G
L
 
I
V
 
L
E
 
D
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
 
Q
N
 
T
E
 
P
A
 
G
Q
 
V
P
 
V
I
 
F
S
 
T
V
 
T
A
 
D
D
 
Q
K
 
R
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
S
E
 
D
A
 
I
G
 
G
L
 
V
A
 
Q
Y
 
M
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
G
S
 
-
F
 
-
V
 
-
S
 
-
P
 
-
K
 
-
W
 
-
V
 
-
P
 
-
Q
 
H
M
 
P
A
 
A
G
x
V
S
 
S
A
 
P
E
 
D
V
 
I
F
 
Y
A
 
E
G
 
G
I
 
I
Q
 
R
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
K
-
 
L
Q
 
K
R
 
R
P
 
E
G
 
G
V
 
V
T
 
I
Y
 
K
A
 
S
A
 
E
L
 
I
A
 
V
P
 
A
N
 
H
L
 
S
R
|
R
G
x
A
F
 
V
E
 
K
D
 
R
A
 
D
L
 
I
A
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
A
K
 
E
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
E
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
F
|
F
A
 
Y
A
 
G
A
 
I
S
 
S
E
 
D
A
 
T
F
 
H
S
 
L
Q
 
K
R
 
A
N
 
K
I
x
H
N
 
H
C
 
T
S
 
T
I
 
R
S
 
D
E
 
E
S
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
S
F
 
I
E
 
A
P
 
E
I
 
T
M
 
V
D
 
S
A
 
Y
A
 
A
R
 
K
S
 
S
H
 
H
G
 
G
M
 
V
R
 
K
V
 
V
R
|
R
G
 
F
Y
x
T
V
 
A
S
x
E
C
 
D
V
 
A
L
 
T
G
 
R
C
 
A
P
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
G
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
Q
 
Y
V
 
L
A
 
L
P
 
E
V
 
V
A
 
I
R
 
K
A
 
T
L
 
V
H
 
R
D
 
D
M
 
A
G
 
G
C
 
A
Y
 
D
E
 
R
V
 
V
S
|
S
L
 
I
G
 
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
V
G
 
L
T
 
Y
A
 
P
G
 
S
D
 
R
T
 
T
R
 
R
R
 
E
L
 
L
F
 
F
E
 
K
V
 
D
V
 
L
S
 
T
A
 
S
Q
 
R
V
 
F
P
 
P
R
 
D
E
 
I
Q
 
E
L
 
F
A
 
D
G
 
I
H
|
H
F
 
A
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
L
G
 
G
Q
 
M
A
 
A
L
 
V
A
 
A
N
 
N
V
 
V
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
A
L
 
E
E
 
G
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
I
F
 
I
D
 
H
S
 
T
S
 
T
V
 
L
A
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G

2zyfA Crystal structure of homocitrate synthase from thermus thermophilus complexed with magnesuim ion and alpha-ketoglutarate (see paper)
27% identity, 77% coverage: 8:238/299 of query aligns to 5:220/314 of 2zyfA

query
sites
2zyfA
R
 
K
L
 
I
V
 
I
E
 
D
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
|
Q
N
 
F
E
 
E
A
 
K
Q
 
A
P
 
N
I
 
F
S
 
S
V
 
T
A
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
L
 
I
A
 
E
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
T
S
 
T
P
 
P
K
 
V
W
 
A
V
 
S
P
 
P
Q
 
Q
M
 
S
A
 
R
G
 
K
S
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
A
G
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
G
 
K
V
 
V
T
 
V
Y
 
-
A
 
T
A
x
H
L
 
I
A
 
Q
P
 
C
N
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
K
D
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
E
 
G
V
 
I
A
 
D
V
 
L
F
x
L
A
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
S
E
 
K
A
 
G
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
R
 
R
N
 
D
I
 
I
N
 
P
C
 
R
S
 
I
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
A
L
 
K
K
 
E
R
 
V
F
 
I
E
 
A
P
 
Y
I
 
I
M
 
R
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
P
S
 
H
H
 
-
G
 
-
M
 
V
R
 
E
V
 
V
R
|
R
G
 
F
Y
 
S
V
 
A
S
 
E
C
 
D
V
 
T
L
 
F
G
 
R
C
 
S
P
 
E
Y
 
E
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
V
-
 
Y
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
Y
A
 
V
R
 
D
A
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
G
 
-
C
 
-
Y
 
-
E
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
L
G
 
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
P
G
 
R
D
 
Q
T
 
V
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
V
S
 
R
A
 
R
Q
 
V
V
 
V
-
 
G
P
 
P
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
L
 
I
A
 
E
G
 
F
H
|
H
F
 
G
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
T
G
 
G
Q
 
C
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
A
Y
 
Y
A
 
E
S
 
A
L
 
I
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
H
F
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
T
V
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G

Q9JZG1 2-isopropylmalate synthase; Alpha-IPM synthase; Alpha-isopropylmalate synthase; EC 2.3.3.13 from Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (see 2 papers)
23% identity, 95% coverage: 1:285/299 of query aligns to 1:280/517 of Q9JZG1

query
sites
Q9JZG1
M
 
M
S
 
T
L
 
Q
P
 
T
K
 
N
H
 
R
V
 
V
R
 
I
L
 
I
V
 
F
E
 
D
V
 
T
G
 
T
P
 
L
R
 
R
D
|
D
G
 
G
L
 
E
Q
 
Q
N
 
S
E
 
P
A
 
G
Q
 
A
P
 
A
I
 
M
S
 
T
V
 
K
A
 
E
D
 
E
K
 
K
V
 
I
R
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
L
T
 
E
E
 
K
A
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
D
Y
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
G
-
 
F
S
 
A
F
 
A
V
 
A
S
 
S
P
 
P
K
 
-
W
 
-
V
 
-
P
 
-
Q
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
D
A
 
F
E
 
E
V
 
A
F
 
V
A
 
N
G
 
A
I
 
I
Q
 
A
Q
 
K
R
 
T
P
 
I
G
 
T
V
 
K
T
 
S
Y
 
T
A
 
V
-
 
C
-
 
S
-
 
L
-
 
S
-
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
E
P
 
R
N
 
D
L
 
I
R
 
R
G
 
Q
F
 
A
E
 
G
D
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
-
 
P
A
 
A
G
 
P
V
 
K
K
 
K
E
 
R
V
 
I
A
 
H
V
 
T
F
 
F
A
 
I
A
 
A
A
 
T
S
 
S
E
 
P
A
 
I
F
 
H
S
 
M
Q
 
E
R
 
Y
N
 
K
I
 
L
N
 
K
C
 
M
S
 
-
I
 
-
S
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
K
F
 
P
E
 
K
P
 
Q
I
 
V
M
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
V
S
 
K
H
 
A
G
 
V
M
 
K
R
 
I
V
 
A
R
 
R
G
 
E
Y
 
Y
V
 
T
S
 
D
C
 
D
V
 
V
-
 
E
L
 
F
G
 
S
C
 
C
P
 
E
Y
 
D
E
 
A
G
 
L
K
 
R
V
 
S
S
 
E
A
 
I
E
 
D
Q
 
F
V
 
L
A
 
A
P
 
E
V
 
I
A
 
C
R
 
G
A
 
A
L
 
V
H
 
I
D
 
E
M
 
A
G
 
G
C
 
A
Y
 
T
E
 
T
V
 
I
S
 
N
L
 
I
G
 
P
D
 
D
T
 
T
I
 
V
G
 
G
T
 
Y
G
 
S
T
 
I
A
 
P
G
 
Y
D
 
K
T
 
T
R
 
E
R
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
R
V
 
E
V
 
L
S
 
I
A
 
A
Q
 
K
V
 
T
P
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
G
R
 
K
E
 
V
Q
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
A
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
L
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
N
 
N
V
 
S
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
L
L
 
K
E
 
G
G
 
G
I
 
A
S
 
R
V
 
Q
F
 
V
D
 
E
S
 
C
S
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
-
C
 
-
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
E
A
 
R
T
 
A
G
 
G
N
|
N
I
 
A
A
 
S
S
 
V
E
 
E
D
 
E
V
 
I
V
 
V
Y
 
M
L
 
A
L
 
L
Q
 
K
G
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
D
-
 
L
L
 
F
G
 
G
I
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
T
G
 
T
L
 
Q
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
S
G
 
S
Q
 
K
R
 
L
I
 
V
S
 
S
G
 
T
V
 
I
L
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

O87198 Homocitrate synthase; HCS; EC 2.3.3.14 from Thermus thermophilus (strain ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27) (see paper)
27% identity, 77% coverage: 8:238/299 of query aligns to 5:226/376 of O87198

query
sites
O87198
R
 
K
L
 
I
V
 
I
E
 
D
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
 
Q
N
 
F
E
 
E
A
 
K
Q
 
A
P
 
N
I
 
F
S
 
S
V
 
T
A
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
L
 
I
A
 
E
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
T
S
 
T
P
 
P
K
 
V
W
 
A
V
 
S
P
 
P
Q
 
Q
M
 
S
A
 
R
G
 
K
S
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
A
G
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
G
 
K
V
 
V
T
 
V
Y
 
-
A
 
T
A
x
H
L
 
I
A
 
Q
P
 
C
N
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
K
D
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
E
 
G
V
 
I
A
x
D
V
 
L
F
 
L
A
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
S
E
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
R
A
 
A
F
 
A
S
 
H
Q
 
G
R
 
R
N
 
D
I
 
I
N
 
P
C
 
R
S
 
I
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
A
L
 
K
K
 
E
R
 
V
F
 
I
E
 
A
P
 
Y
I
 
I
M
 
R
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
P
S
 
H
H
 
-
G
 
-
M
 
V
R
 
E
V
 
V
R
|
R
G
 
F
Y
x
S
V
 
A
S
 
E
C
 
D
V
 
T
L
 
F
G
 
R
C
 
S
P
 
E
Y
 
E
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
V
-
 
Y
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
Y
A
 
V
R
 
D
A
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
G
 
-
C
 
-
Y
 
-
E
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
L
G
 
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
P
G
 
R
D
 
Q
T
 
V
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
V
S
 
R
A
 
R
Q
 
V
V
 
V
-
 
G
P
 
P
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
L
 
I
A
 
E
G
 
F
H
|
H
F
 
G
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
T
G
 
G
Q
 
C
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
A
Y
 
Y
A
 
E
S
 
A
L
 
I
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
H
F
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
T
V
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G

3rmjB Crystal structure of truncated alpha-isopropylmalate synthase from neisseria meningitidis (see paper)
23% identity, 91% coverage: 15:285/299 of query aligns to 12:277/308 of 3rmjB

query
sites
3rmjB
R
 
R
D
|
D
G
 
G
L
 
E
Q
|
Q
N
 
S
E
 
P
A
 
G
Q
 
A
P
 
A
I
 
M
S
 
T
V
 
K
A
 
E
D
 
E
K
 
K
V
 
I
R
 
R
L
 
V
V
 
A
N
 
R
D
 
Q
L
 
L
T
 
E
E
 
K
A
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
D
Y
 
I
I
 
I
E
 
E
V
 
A
G
 
G
-
 
F
S
 
A
F
 
A
V
 
A
S
 
S
P
 
P
K
 
-
W
 
-
V
 
-
P
 
-
Q
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
G
S
 
D
A
 
F
E
 
E
V
 
A
F
 
V
A
 
N
G
 
A
I
 
I
Q
 
A
Q
 
K
R
 
T
P
 
I
G
 
T
V
 
K
T
 
S
Y
 
T
A
 
V
-
 
C
-
 
S
-
 
L
-
 
S
-
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
E
P
 
R
N
 
D
L
 
I
R
 
R
G
 
Q
F
 
A
E
 
G
D
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
-
 
P
A
 
A
G
 
P
V
 
K
K
 
K
E
 
R
V
 
I
A
 
H
V
 
T
F
 
F
A
 
I
A
 
A
A
 
T
S
 
S
E
 
P
A
 
I
F
 
H
S
 
M
Q
 
E
R
 
Y
N
 
K
I
 
L
N
 
K
C
 
M
S
 
-
I
 
-
S
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
K
F
 
P
E
 
K
P
 
Q
I
 
V
M
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
V
S
 
K
H
 
A
G
 
V
M
 
K
R
 
I
V
 
A
R
 
R
G
 
E
Y
 
Y
V
 
T
S
 
D
C
 
D
V
 
V
-
 
E
L
 
F
G
 
S
C
 
C
P
 
E
Y
 
D
E
 
A
G
 
L
K
 
R
V
 
S
S
 
E
A
 
I
E
 
D
Q
 
F
V
 
L
A
 
A
P
 
E
V
 
I
A
 
C
R
 
G
A
 
A
L
 
V
H
 
I
D
 
E
M
 
A
G
 
G
C
 
A
Y
 
T
E
 
T
V
 
I
S
 
N
L
 
I
G
 
P
D
 
D
T
 
T
I
 
V
G
 
G
T
 
Y
G
 
S
T
 
I
A
 
P
G
 
Y
D
 
K
T
 
T
R
 
E
R
 
E
L
 
F
F
 
F
E
 
R
V
 
E
V
 
L
S
 
I
A
 
A
Q
 
K
V
 
T
P
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
G
R
 
K
E
 
V
Q
 
V
L
 
W
A
 
S
G
 
A
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
L
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
N
 
N
V
 
S
Y
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
L
L
 
K
E
 
G
G
 
G
I
 
A
S
 
R
V
 
Q
F
 
V
D
 
E
S
 
C
S
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
-
C
 
-
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
E
A
 
R
T
 
A
G
 
G
N
|
N
I
 
A
A
 
S
S
 
V
E
 
E
D
 
E
V
 
I
V
 
V
Y
 
M
L
 
A
L
 
L
Q
 
K
G
 
V
-
 
R
-
 
H
-
 
D
-
 
L
L
 
F
G
 
G
I
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
T
G
 
T
L
 
Q
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
S
G
 
S
Q
 
K
R
 
L
I
 
V
S
 
S
G
 
T
V
 
I
L
 
T
G
 
G

3a9iA Crystal structure of homocitrate synthase from thermus thermophilus complexed with lys (see paper)
27% identity, 77% coverage: 8:238/299 of query aligns to 4:219/347 of 3a9iA

query
sites
3a9iA
R
 
K
L
 
I
V
 
I
E
 
D
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
 
Q
N
 
F
E
 
E
A
 
K
Q
 
A
P
 
N
I
 
F
S
 
S
V
 
T
A
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
L
 
I
A
 
E
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
T
S
 
T
P
 
P
K
 
V
W
 
A
V
 
S
P
 
P
Q
 
Q
M
 
S
A
 
R
G
 
K
S
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
A
G
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
G
 
K
V
 
V
T
 
V
Y
 
-
A
 
T
A
 
H
L
 
I
A
 
Q
P
 
C
N
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
K
D
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
E
 
G
V
 
I
A
x
D
V
 
L
F
 
L
A
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
S
E
 
K
A
 
Y
F
 
L
S
 
-
Q
 
-
R
 
-
N
 
D
I
 
I
N
 
P
C
 
R
S
 
I
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
A
L
 
K
K
 
E
R
 
V
F
 
I
E
 
A
P
 
Y
I
 
I
M
 
R
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
P
S
 
H
H
 
-
G
 
-
M
 
V
R
 
E
V
 
V
R
 
R
G
 
F
Y
x
S
V
 
A
S
 
E
C
 
D
V
 
T
L
 
F
G
 
R
C
 
S
P
 
E
Y
 
E
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
V
-
 
Y
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
Y
A
 
V
R
 
D
A
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
G
 
-
C
 
-
Y
 
-
E
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
L
G
 
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
P
G
 
R
D
 
Q
T
 
V
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
V
S
 
R
A
 
R
Q
 
V
V
 
V
-
 
G
P
 
P
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
L
 
I
A
 
E
G
 
F
H
|
H
F
 
G
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
T
G
 
G
Q
 
C
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
A
Y
 
Y
A
 
E
S
 
A
L
 
I
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
H
F
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
T
V
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G

2ztjA Crystal structure of homocitrate synthase from thermus thermophilus complexed with alpha-ketoglutarate (see paper)
27% identity, 77% coverage: 8:238/299 of query aligns to 5:218/312 of 2ztjA

query
sites
2ztjA
R
 
K
L
 
I
V
 
I
E
 
D
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
|
Q
N
 
F
E
 
E
A
 
K
Q
 
A
P
 
N
I
 
F
S
 
S
V
 
T
A
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
E
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
L
 
I
A
 
E
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
V
G
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
T
S
 
T
P
 
P
K
 
V
W
 
A
V
 
S
P
 
P
Q
 
Q
M
 
S
A
 
R
G
 
K
S
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
A
G
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
L
R
 
K
P
 
A
G
 
K
V
 
V
T
 
V
Y
 
-
A
 
T
A
x
H
L
 
I
A
 
Q
P
 
C
N
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
A
F
 
A
E
 
K
D
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
E
 
G
V
 
I
A
 
D
V
 
L
F
x
L
A
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
G
E
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
R
 
R
N
 
D
I
 
I
N
 
P
C
 
R
S
 
I
I
 
I
S
 
E
E
 
E
S
 
A
L
 
K
K
 
E
R
 
V
F
 
I
E
 
A
P
 
Y
I
 
I
M
 
R
D
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
P
S
 
H
H
 
-
G
 
-
M
 
V
R
 
E
V
 
V
R
|
R
G
 
F
Y
 
S
V
 
A
S
 
E
C
 
D
V
 
T
L
 
F
G
 
R
C
 
S
P
 
E
Y
 
E
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
V
-
 
Y
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
Y
A
 
V
R
 
D
A
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
M
 
-
G
 
-
C
 
-
Y
 
-
E
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
L
G
x
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
V
G
 
A
T
 
T
A
 
P
G
 
R
D
 
Q
T
 
V
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
V
S
 
R
A
 
R
Q
 
V
V
 
V
-
 
G
P
 
P
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
L
 
I
A
 
E
G
 
F
H
|
H
F
 
G
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
T
G
 
G
Q
 
C
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
A
Y
 
Y
A
 
E
S
 
A
L
 
I
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
H
F
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
T
V
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G

3ivtB Homocitrate synthase lys4 bound to 2-og (see paper)
21% identity, 80% coverage: 1:238/299 of query aligns to 24:250/400 of 3ivtB

query
sites
3ivtB
M
 
L
S
 
S
L
 
R
P
 
V
K
 
N
H
 
N
V
 
F
R
 
S
L
 
I
V
 
I
E
 
E
V
 
S
G
 
T
P
 
L
R
|
R
D
x
E
G
 
G
L
 
E
Q
|
Q
N
 
F
E
 
A
A
 
N
Q
 
A
P
 
F
I
 
F
S
 
D
V
 
T
A
 
E
D
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
Q
L
 
I
V
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
L
T
 
D
E
 
N
A
 
F
G
 
G
L
 
V
A
 
D
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
L
G
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
T
S
 
S
P
 
P
K
 
V
W
 
A
V
 
S
P
 
E
Q
 
Q
M
 
S
A
 
R
G
 
Q
S
 
D
A
 
C
E
 
E
V
 
A
F
 
I
A
 
C
G
 
K
I
 
L
Q
 
G
Q
 
L
R
 
K
P
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
Y
 
-
A
 
C
A
 
K
L
 
I
A
 
L
P
 
T
N
x
H
L
 
I
R
 
R
G
 
C
F
 
H
E
 
M
D
 
D
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
G
V
 
V
K
 
D
E
 
G
V
 
V
A
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
I
A
 
G
A
 
T
S
 
S
E
 
Q
A
 
Y
F
 
L
S
 
R
Q
 
K
R
 
Y
N
 
S
I
 
H
N
 
G
C
 
K
S
 
D
I
 
M
S
 
T
E
 
Y
S
 
I
L
 
I
K
 
D
R
 
S
F
 
A
E
 
T
P
 
E
I
 
V
M
 
I
D
 
N
A
 
F
A
 
V
R
 
K
S
 
S
H
 
K
G
 
G
M
 
I
R
 
E
V
 
V
R
|
R
G
 
-
Y
 
-
V
 
-
S
 
-
C
 
-
V
 
-
L
 
F
G
x
S
C
 
S
P
 
E
Y
 
D
E
 
S
G
 
F
K
 
R
V
 
S
S
 
D
A
 
L
E
 
V
Q
 
D
V
 
L
A
 
L
P
 
S
V
 
L
A
 
Y
R
 
K
A
 
A
L
 
V
H
 
D
D
 
K
M
 
I
G
 
G
C
 
V
Y
 
N
E
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
I
G
 
A
D
 
D
T
|
T
I
 
V
G
 
G
T
 
C
G
 
A
T
 
T
A
 
P
G
 
R
D
 
Q
T
 
V
R
 
Y
R
 
D
L
 
L
F
 
I
E
 
R
V
 
T
V
 
L
S
 
R
A
 
G
Q
 
V
V
 
V
P
 
S
R
 
C
E
 
D
Q
 
-
L
 
I
A
 
E
G
 
C
H
|
H
F
 
F
H
|
H
D
 
N
T
 
D
Y
 
T
G
 
G
Q
 
M
A
 
A
L
 
I
A
 
A
N
 
N
V
 
A
Y
 
Y
A
 
C
S
 
A
L
 
L
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
T
V
 
H
F
 
I
D
 
D
S
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
G
 
G

2nx9B Crystal structure of the carboxyltransferase domain of the oxaloacetate decarboxylase na+ pump from vibrio cholerae (see paper)
25% identity, 52% coverage: 120:273/299 of query aligns to 124:266/453 of 2nx9B

query
sites
2nx9B
S
 
D
L
 
V
K
 
R
R
 
N
F
 
M
E
 
Q
P
 
Q
I
 
A
M
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
V
R
 
K
S
 
K
H
 
M
G
 
G
M
 
A
R
 
H
V
 
A
R
 
Q
G
 
G
Y
 
T
V
 
L
S
 
-
C
 
C
V
 
Y
L
 
T
G
 
T
C
 
S
P
 
P
Y
 
V
E
 
H
G
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
N
A
 
L
E
 
Q
Q
 
T
V
 
W
A
 
V
P
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
L
 
L
H
 
A
D
 
E
M
 
L
G
 
G
C
 
V
Y
 
D
E
 
S
V
 
I
S
 
A
L
 
L
G
x
K
D
 
D
T
 
M
I
 
A
G
 
G
T
 
I
G
 
L
T
 
T
A
 
P
G
 
Y
D
 
A
T
 
A
R
 
E
R
 
E
L
 
L
F
 
V
E
 
S
V
 
T
V
 
L
S
 
K
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
P
 
D
R
 
V
E
 
E
Q
 
-
L
 
L
A
 
H
G
 
L
H
|
H
F
 
C
H
|
H
D
 
S
T
 
T
Y
 
A
G
 
G
Q
 
L
A
 
A
L
 
D
A
 
M
N
 
T
V
 
L
Y
 
L
A
 
K
S
 
A
L
 
I
L
 
E
E
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
D
V
 
R
F
 
V
D
 
D
S
 
T
S
 
A
V
 
I
A
 
S
G
 
S
L
 
M
G
 
S
G
 
G
C
 
T
P
 
-
Y
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
Y
G
 
G
N
 
H
I
 
P
A
 
A
S
 
T
E
 
E
D
 
S
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
L
 
T