SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3593 FitnessBrowser__Putida:PP_3593 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
36% identity, 98% coverage: 7:250/250 of query aligns to 11:259/260 of P02911

query
sites
P02911
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
A
L
 
A
A
 
S
G
 
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
L
A
 
P
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
x
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
|
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
|
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
x
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
x
L
S
 
Q
S
 
G
S
 
S
T
|
T
Q
 
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
36% identity, 92% coverage: 22:250/250 of query aligns to 1:234/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
x
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
x
K
S
 
Q
S
 
G
S
|
S
T
|
T
Q
 
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
36% identity, 93% coverage: 19:250/250 of query aligns to 1:237/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
A
 
A
S
 
L
A
 
P
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
x
L
S
 
Q
S
 
G
S
|
S
T
|
T
Q
|
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
36% identity, 93% coverage: 19:250/250 of query aligns to 1:237/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
A
 
A
S
 
L
A
 
P
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
S
 
Q
S
 
G
S
|
S
T
 
T
Q
|
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
36% identity, 93% coverage: 19:250/250 of query aligns to 1:237/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
A
 
A
S
 
L
A
 
P
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
x
S
S
|
S
M
x
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
x
L
S
 
Q
S
 
G
S
|
S
T
 
T
Q
|
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

1lafE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
36% identity, 93% coverage: 19:250/250 of query aligns to 1:237/238 of 1lafE

query
sites
1lafE
A
 
A
S
 
L
A
 
P
E
 
Q
T
 
T
L
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
x
D
G
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
K
N
 
G
K
 
E
L
 
F
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
W
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
x
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
L
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
x
L
S
 
Q
S
 
G
S
|
S
T
|
T
Q
|
Q
A
 
E
I
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
N
D
 
D
V
 
N
Y
 
W
G
 
R
K
 
T
A
 
K
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
P
 
A
T
 
N
M
 
Q
D
 
D
E
 
L
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
A
G
 
G
D
 
K
C
 
E
C
 
Y
K
 
A
I
 
F
L
 
A
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
K
K
 
K
A
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
D
E
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
A
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
T
Q
 
E
I
 
L
V
 
R
A
 
Q
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
M
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
N
 
G

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
35% identity, 89% coverage: 23:245/250 of query aligns to 5:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
A
A
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
G
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
E
D
 
N
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
K
A
 
A
L
 
I
C
 
A
E
 
K
Q
 
K
M
 
L
K
 
G
V
 
V
E
 
K
C
 
V
T
 
E
L
 
F
V
 
K
A
 
P
Q
 
M
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
V
I
 
V
V
 
I
A
|
A
S
x
G
M
|
M
I
x
T
D
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
R
 
K
K
 
K
K
 
Q
I
 
V
A
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
A
P
 
G
L
 
Q
T
 
A
V
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
N
K
 
D
I
 
S
D
 
I
S
 
K
A
 
S
Q
 
L
T
 
E
D
 
D
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
L
S
 
G
S
|
S
T
|
T
Q
 
S
A
 
E
I
 
Q
Y
 
H
A
 
V
E
 
K
D
 
K
V
 
V
Y
 
A
G
 
K
K
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
V
K
 
K
L
 
K
Y
 
F
P
 
D
T
 
N
M
 
F
D
 
S
E
 
E
A
 
A
N
 
F
A
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
D
|
D
K
 
N
F
 
A
P
 
V
L
 
A
H
 
L
E
 
A
W
 
Y
M
 
V
N
 
K
K
 
Q
N
 
N
G
 
P
G
 
N
D
 
A
C
 
G
C
 
V
K
 
K
I
 
I
L
 
V
G
 
G
D
 
E
V
 
T
A
 
F
D
 
S
T
 
G
K
 
E
A
 
P
D
 
-
A
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
G
D
 
N
E
 
S
A
 
E
L
 
L
R
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
I
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
E
I
 
M
V
 
K
A
 
K
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
Y
S
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
G

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
35% identity, 92% coverage: 19:249/250 of query aligns to 1:236/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
A
 
A
S
 
I
A
 
P
E
 
Q
T
 
K
L
 
I
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
E
Y
 
S
V
 
K
D
 
N
A
 
A
D
 
Q
N
 
G
K
 
E
L
 
L
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
K
A
 
E
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
I
K
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
 
C
T
 
T
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
N
D
 
P
W
x
L
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
x
S
S
|
S
M
x
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
V
T
 
A
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
S
 
Q
S
 
G
S
x
T
T
|
T
Q
 
Q
A
 
E
I
 
T
Y
 
F
A
 
G
E
 
N
D
 
E
V
 
H
Y
 
W
G
 
A
K
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
T
 
G
M
 
Q
D
 
D
E
 
N
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
F
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
V
G
 
G
D
 
K
C
 
D
C
 
Y
K
 
K
I
 
F
L
 
G
G
 
G
D
 
P
-
 
A
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
G
A
 
V
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
R
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
Q
 
E
I
 
M
V
 
R
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
35% identity, 91% coverage: 22:249/250 of query aligns to 26:258/260 of P02910

query
sites
P02910
E
 
Q
T
 
K
L
 
I
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
A
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
x
E
Y
 
S
V
x
K
D
 
N
A
 
A
D
 
Q
N
 
G
K
x
E
L
 
L
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
K
A
 
E
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
I
K
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
 
C
T
 
T
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
N
D
 
P
W
 
L
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
 
S
S
 
S
M
 
L
I
 
S
D
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
 
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
V
T
 
A
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
S
 
Q
S
 
G
S
 
T
T
 
T
Q
 
Q
A
 
E
I
 
T
Y
 
F
A
 
G
E
 
N
D
 
E
V
 
H
Y
 
W
G
 
A
K
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
T
 
G
M
 
Q
D
 
D
E
 
N
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
|
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
|
R
L
 
I
D
|
D
G
 
A
V
 
A
I
 
F
A
 
Q
D
 
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
V
G
 
G
D
 
K
C
 
D
C
 
Y
K
 
K
I
 
F
L
 
G
G
 
G
D
 
P
-
 
A
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
G
A
 
V
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
R
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
Q
 
E
I
 
M
V
 
R
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 91% coverage: 22:249/250 of query aligns to 26:258/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
E
 
Q
T
 
N
L
 
I
R
 
R
F
 
I
A
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
A
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
E
Y
 
S
V
 
K
D
 
N
A
 
S
D
 
Q
N
 
G
K
 
E
L
 
L
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
K
A
 
E
L
 
L
C
|
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
I
K
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
|
C
T
 
T
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
N
D
 
P
W
 
L
E
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
x
S
S
|
S
M
 
L
I
x
S
D
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
Q
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
H
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
T
 
A
P
 
D
L
 
S
T
 
R
V
 
L
A
 
V
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
I
 
I
D
 
Q
S
 
P
A
 
T
Q
 
V
T
 
E
D
 
S
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
 
L
S
 
Q
S
 
G
S
 
T
T
|
T
Q
 
Q
A
 
E
I
 
T
Y
 
F
A
 
G
E
 
N
D
 
E
V
 
H
Y
 
W
G
 
A
K
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
P
 
Q
T
 
G
M
 
Q
D
 
D
E
 
N
A
 
I
N
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
A
I
 
F
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
F
 
V
P
 
A
L
 
A
H
 
S
E
 
E
-
 
G
W
 
F
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
P
G
 
V
G
 
G
D
 
K
C
 
D
C
 
Y
K
 
K
I
 
F
L
 
G
G
 
G
-
 
P
D
 
S
V
 
V
A
 
K
D
 
D
T
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
G
A
 
V
D
 
G
A
 
T
A
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
R
 
A
L
 
L
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
Q
 
E
I
 
M
V
 
R
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
F
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
35% identity, 89% coverage: 23:245/250 of query aligns to 5:224/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
F
 
V
A
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
A
A
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
G
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
E
D
 
N
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
K
A
 
A
L
 
I
C
 
A
E
 
K
Q
 
K
M
 
L
K
 
G
V
 
V
E
 
K
C
 
V
T
 
E
L
 
F
V
 
K
A
 
P
Q
 
M
D
 
D
W
x
F
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
Y
 
I
D
 
D
A
 
V
I
 
V
V
 
I
A
 
A
S
x
G
M
|
M
I
x
T
D
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
R
 
K
K
 
K
K
 
Q
I
 
V
A
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
A
P
 
G
L
 
Q
T
 
A
V
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
N
K
 
D
I
 
S
D
 
I
S
 
K
A
 
S
Q
 
L
T
 
E
D
 
D
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
 
Q
S
 
L
S
 
G
S
|
S
T
|
T
Q
 
S
A
 
E
I
 
Q
Y
 
H
A
 
V
E
 
K
D
 
K
V
 
V
Y
 
A
G
 
-
K
 
-
A
 
A
G
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
V
K
 
K
L
 
K
Y
 
F
P
 
D
T
 
N
M
 
F
D
 
S
E
 
E
A
 
A
N
 
F
A
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
T
D
|
D
K
 
N
F
 
A
P
 
V
L
 
A
H
 
L
E
 
A
W
 
Y
M
 
V
N
 
K
K
 
Q
N
 
N
G
 
P
G
 
N
D
 
A
C
 
G
C
 
V
K
 
K
I
 
I
L
 
V
G
 
G
D
 
E
V
 
T
A
 
F
D
 
S
T
 
G
K
 
E
A
 
P
D
 
-
A
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
G
D
 
N
E
 
S
A
 
E
L
 
L
R
 
L
Q
 
E
R
 
K
L
 
I
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
E
I
 
M
V
 
K
A
 
K
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
Y
S
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
G

5orgA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) occj from a. Tumefaciens b6 in complex with octopine. (see paper)
35% identity, 91% coverage: 22:248/250 of query aligns to 4:254/257 of 5orgA

query
sites
5orgA
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
G
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
W
N
 
N
Y
 
F
V
 
S
D
 
G
A
 
P
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
D
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
H
 
N
A
 
A
L
 
L
C
 
C
E
 
E
Q
 
K
M
 
M
K
 
K
V
 
A
E
 
K
C
 
C
T
 
Q
L
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
N
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
M
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
|
A
S
x
A
M
|
M
I
x
S
D
 
V
T
 
T
E
 
P
E
 
K
R
|
R
R
 
Q
K
 
E
K
 
V
I
 
I
A
 
G
F
 
F
T
 
S
D
 
I
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
A
R
 
A
T
 
G
P
 
I
L
x
N
T
 
G
V
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
M
K
 
G
D
 
D
S
 
S
K
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
M
-
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
Y
-
 
S
I
 
L
D
 
D
S
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
I
-
 
A
A
 
D
Q
 
I
T
 
S
D
 
S
F
 
F
V
 
L
-
 
N
G
 
G
Y
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
G
S
 
S
S
x
T
T
|
T
Q
 
A
A
 
S
I
 
T
Y
 
F
A
 
L
E
 
-
D
 
D
V
 
K
Y
 
Y
G
 
F
K
 
K
A
 
G
G
 
S
A
 
V
D
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
E
Y
 
Y
P
 
K
T
 
S
M
 
V
D
 
E
E
 
E
A
 
H
N
 
N
A
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
A
D
x
N
K
 
A
F
 
T
P
 
V
L
 
L
H
 
A
E
 
A
W
 
A
M
 
I
N
 
E
K
 
K
N
 
P
G
 
E
G
 
M
D
 
K
C
 
G
C
 
A
K
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
G
D
 
P
V
 
L
A
 
F
D
 
S
T
 
G
K
 
G
A
 
E
D
 
F
A
 
G
A
 
V
I
 
V
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
L
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
D
L
 
F
N
 
D
T
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
Q
 
A
I
 
A
V
 
S
A
 
E
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
I
Q
 
K
K
 
T
I
 
L
A
 
S
S
 
L
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
K
F
 
V
D
 
D
I
 
V

3tqlA Structure of the amino acid abc transporter, periplasmic amino acid- binding protein from coxiella burnetii. (see paper)
34% identity, 89% coverage: 22:244/250 of query aligns to 2:225/225 of 3tqlA

query
sites
3tqlA
E
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
K
F
 
F
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
A
A
 
T
Y
|
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
N
 
V
Y
 
Y
V
 
M
D
 
G
A
 
G
D
 
-
N
 
-
K
 
Q
L
 
V
H
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
G
V
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
V
H
 
K
A
 
A
L
 
V
C
 
C
E
 
K
Q
 
Q
M
 
M
K
 
Q
V
 
A
E
 
V
C
 
C
T
 
T
L
 
I
V
 
S
A
 
N
Q
 
Q
D
 
P
W
|
W
E
 
D
G
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
K
A
 
L
R
 
G
K
 
K
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
F
A
x
G
S
x
G
M
 
M
I
x
N
D
 
I
T
 
T
E
 
T
E
 
A
R
|
R
R
 
Q
K
 
K
K
 
E
I
 
V
A
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
D
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
T
T
 
N
P
 
S
L
 
V
T
x
S
V
 
F
A
 
I
V
 
A
A
 
D
K
 
K
D
 
N
S
 
T
K
 
P
I
 
L
D
 
T
S
 
L
A
 
S
Q
 
K
T
 
Q
D
 
G
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
V
Q
 
Q
S
 
G
S
 
G
S
 
T
T
 
T
Q
 
F
A
 
D
I
 
S
Y
 
Y
A
 
L
E
 
Q
D
 
D
V
 
S
Y
 
F
G
 
G
K
 
N
A
 
S
G
 
-
A
 
I
D
 
T
V
 
I
K
 
Q
L
 
R
Y
 
Y
P
 
P
T
 
S
M
 
E
D
 
E
E
 
D
A
 
A
N
 
L
A
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
T
A
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
G
D
 
D
K
 
T
F
 
P
P
 
L
L
 
I
H
 
K
E
 
Q
W
 
W
M
 
L
N
 
K
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
G
 
R
D
 
R
C
 
E
C
 
Y
K
 
V
I
 
L
L
 
I
G
 
G
D
 
K
V
 
P
A
 
V
D
 
N
T
 
D
K
 
P
-
 
N
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
V
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
K
K
 
K
D
 
G
D
 
N
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
L
Q
 
L
R
 
K
L
 
L
N
 
N
T
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
Q
 
A
I
 
I
V
 
K
A
 
A
N
 
N
G
 
G
T
 
V
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
A
I
 
I
A
 
V
S
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
34% identity, 91% coverage: 18:244/250 of query aligns to 2:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
A
 
S
A
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
R
T
 
T
L
 
L
R
x
H
F
 
F
A
 
G
T
 
T
E
 
S
G
 
A
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
x
E
Y
 
F
V
 
V
D
|
D
A
 
A
D
|
D
N
 
N
K
 
K
L
 
I
H
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
V
T
 
A
H
 
N
A
 
A
L
 
V
C
 
C
E
 
K
Q
 
E
M
 
M
K
 
Q
V
 
A
E
 
E
C
 
C
T
 
S
L
 
F
V
 
T
A
 
N
Q
 
Q
D
 
S
W
x
F
E
x
D
G
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
R
A
 
F
R
 
K
K
 
K
Y
 
F
D
|
D
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
|
A
S
x
G
M
 
M
I
x
D
D
 
M
T
 
T
E
 
P
E
 
K
R
|
R
R
 
E
K
 
Q
K
 
Q
I
 
V
A
 
S
F
 
F
T
 
S
D
 
Q
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
E
T
 
G
P
 
L
L
 
S
T
 
A
V
 
V
A
 
V
V
 
V
A
 
T
K
 
R
D
 
K
S
 
G
K
 
A
I
 
Y
D
 
H
S
 
T
A
 
F
Q
 
-
T
 
A
D
 
D
F
 
L
V
 
K
G
 
G
Y
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
A
 
L
Q
x
E
S
 
N
S
 
G
S
x
T
T
|
T
Q
 
H
A
 
Q
I
 
R
Y
 
Y
A
 
L
E
 
Q
D
 
D
V
 
-
Y
 
-
G
 
-
K
 
K
A
 
Q
G
 
Q
A
 
A
D
 
I
V
 
T
K
 
P
L
 
V
-
 
A
Y
 
Y
P
x
D
T
 
S
M
 
Y
D
 
L
E
 
N
A
 
A
N
 
F
A
 
T
D
 
D
L
 
L
A
 
K
A
 
N
G
 
N
R
 
R
L
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
F
A
 
G
D
|
D
K
 
V
F
 
A
P
 
A
L
 
I
H
 
G
E
 
K
W
 
W
M
 
L
N
 
-
K
 
K
N
 
N
G
 
N
G
 
P
D
 
D
C
 
Y
C
 
A
K
 
I
I
 
M
L
 
D
G
 
E
D
 
R
V
 
A
A
 
S
D
 
D
T
 
P
K
 
D
-
 
Y
-
 
Y
-
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
D
D
 
N
E
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
L
Q
 
Q
R
 
E
L
 
I
N
 
N
T
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
D
Q
 
K
I
 
V
V
 
K
A
 
A
N
 
S
G
 
P
T
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
Q
I
 
M
A
 
Q
S
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

5otaA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with octopinic acid (see paper)
31% identity, 90% coverage: 22:247/250 of query aligns to 2:251/254 of 5otaA

query
sites
5otaA
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
D
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
N
V
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
Q
D
 
A
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
 
A
S
x
A
M
 
M
I
x
G
D
 
I
T
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
R
 
E
K
 
K
K
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
R
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
x
M
T
 
T
V
 
F
A
 
L
V
 
T
A
 
T
K
 
A
D
 
D
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
K
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
K
A
 
F
Q
 
T
T
 
K
D
 
I
F
 
F
V
 
E
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
A
S
 
G
S
x
T
T
x
S
Q
x
H
A
 
E
I
 
A
Y
 
F
A
 
M
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
Y
 
M
G
 
-
K
 
-
A
 
P
G
 
S
A
 
V
D
 
Q
V
 
I
K
 
S
L
 
T
Y
 
Y
P
 
D
T
 
T
M
 
I
D
 
D
E
 
N
A
 
V
N
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
S
I
 
L
A
 
A
D
x
S
K
 
V
F
 
S
P
 
F
L
 
L
H
 
K
E
 
P
W
 
L
M
 
T
N
 
D
K
 
K
N
 
P
G
 
D
G
 
N
D
 
K
C
 
D
C
 
L
K
 
K
I
 
M
L
 
F
G
 
G
D
 
P
V
 
R
A
 
M
D
 
T
T
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
F
K
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
V
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
I
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
L
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
Q
 
A
I
 
A
V
 
I
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
Q
 
Q
K
 
K
I
 
L
A
 
S
S
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
D
 
D

5ot9A Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from a.Tumefaciens c58 in complex with histopine. (see paper)
31% identity, 90% coverage: 22:247/250 of query aligns to 2:251/254 of 5ot9A

query
sites
5ot9A
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
D
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
N
V
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
Q
D
 
A
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
|
A
S
x
A
M
 
M
I
 
G
D
 
I
T
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
R
 
E
K
 
K
K
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
R
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
x
M
T
 
T
V
 
F
A
 
L
V
 
T
A
 
T
K
 
A
D
 
D
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
K
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
K
A
 
F
Q
 
T
T
 
K
D
 
I
F
 
F
V
 
E
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
A
S
 
G
S
x
T
T
x
S
Q
x
H
A
 
E
I
 
A
Y
 
F
A
 
M
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
Y
 
M
G
 
-
K
 
-
A
 
P
G
 
S
A
 
V
D
 
Q
V
 
I
K
 
S
L
 
T
Y
 
Y
P
 
D
T
 
T
M
 
I
D
 
D
E
 
N
A
 
V
N
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
S
I
 
L
A
 
A
D
x
S
K
 
V
F
 
S
P
 
F
L
 
L
H
 
K
E
 
P
W
 
L
M
 
T
N
 
D
K
 
K
N
 
P
G
 
D
G
 
N
D
 
K
C
 
D
C
 
L
K
 
K
I
 
M
L
 
F
G
 
G
D
 
P
V
 
R
A
 
M
D
 
T
T
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
F
K
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
V
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
I
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
L
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
Q
 
A
I
 
A
V
 
I
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
Q
 
Q
K
 
K
I
 
L
A
 
S
S
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
D
 
D

4powA Structure of the pbp noct in complex with pyronopaline (see paper)
31% identity, 90% coverage: 22:247/250 of query aligns to 2:251/254 of 4powA

query
sites
4powA
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
D
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
N
V
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
Q
D
 
A
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
|
A
S
x
A
M
 
M
I
x
G
D
 
I
T
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
R
 
E
K
 
K
K
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
R
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
x
M
T
 
T
V
 
F
A
 
L
V
 
T
A
 
T
K
 
A
D
 
D
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
K
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
K
A
 
F
Q
 
T
T
 
K
D
 
I
F
 
F
V
 
E
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
A
S
 
G
S
x
T
T
x
S
Q
x
H
A
 
E
I
 
A
Y
 
F
A
 
M
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
Y
 
M
G
 
-
K
 
-
A
 
P
G
 
S
A
 
V
D
 
Q
V
 
I
K
 
S
L
 
T
Y
 
Y
P
 
D
T
 
T
M
 
I
D
 
D
E
 
N
A
 
V
N
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
S
I
 
L
A
 
A
D
x
S
K
 
V
F
 
S
P
 
F
L
 
L
H
 
K
E
 
P
W
 
L
M
 
T
N
 
D
K
 
K
N
 
P
G
 
D
G
 
N
D
 
K
C
 
D
C
 
L
K
 
K
I
 
M
L
 
F
G
 
G
D
 
P
V
 
R
A
 
M
D
 
T
T
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
F
K
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
V
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
I
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
L
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
Q
 
A
I
 
A
V
 
I
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
Q
 
Q
K
 
K
I
 
L
A
 
S
S
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
D
 
D

5otcA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with noroctopinic acid. (see paper)
31% identity, 90% coverage: 22:247/250 of query aligns to 2:251/256 of 5otcA

query
sites
5otcA
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
D
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
N
V
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
Q
D
 
A
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
 
A
S
x
A
M
 
M
I
x
G
D
 
I
T
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
R
 
E
K
 
K
K
 
V
I
 
I
A
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
R
H
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
M
T
 
T
V
 
F
A
 
L
V
 
T
A
 
T
K
 
A
D
 
D
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
K
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
K
A
 
F
Q
 
T
T
 
K
D
 
I
F
 
F
V
 
E
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
A
S
 
G
S
x
T
T
x
S
Q
x
H
A
 
E
I
 
A
Y
 
F
A
 
M
E
 
K
D
 
Q
V
 
M
Y
 
M
G
 
-
K
 
-
A
 
P
G
 
S
A
 
V
D
 
Q
V
 
I
K
 
S
L
 
T
Y
 
Y
P
 
D
T
 
T
M
 
I
D
 
D
E
 
N
A
 
V
N
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
S
I
 
L
A
 
A
D
x
S
K
 
V
F
 
S
P
 
F
L
 
L
H
 
K
E
 
P
W
 
L
M
 
T
N
 
D
K
 
K
N
 
P
G
 
D
G
 
N
D
 
K
C
 
D
C
 
L
K
 
K
I
 
M
L
 
F
G
 
G
D
 
P
V
 
R
A
 
M
D
 
T
T
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
F
K
 
G
A
 
K
D
 
G
A
 
V
A
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
I
R
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
E
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
R
 
L
L
 
F
N
 
D
T
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
Q
 
A
I
 
A
V
 
I
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
Q
 
Q
K
 
K
I
 
L
A
 
S
S
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
D
 
D

5ovzA High resolution structure of the pbp noct in complex with nopaline (see paper)
31% identity, 90% coverage: 22:247/250 of query aligns to 3:252/259 of 5ovzA

query
sites
5ovzA
E
 
K
T
 
S
L
 
I
R
 
T
F
 
I
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
A
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
A
 
A
D
 
G
N
 
G
K
 
K
L
 
L
H
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
G
H
 
N
A
 
D
L
 
L
C
 
C
E
 
K
Q
 
R
M
 
M
K
 
N
V
 
I
E
 
E
C
 
C
T
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
E
Q
 
Q
D
 
A
W
|
W
E
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
M
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
M
A
|
A
S