SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3601 FitnessBrowser__Putida:PP_3601 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

6u7lA 2.75 angstrom crystal structure of galactarate dehydratase from escherichia coli. (see paper)
56% identity, 98% coverage: 12:517/517 of query aligns to 6:460/460 of 6u7lA

query
sites
6u7lA
Y
 
Y
V
 
I
R
 
K
L
 
V
H
 
H
D
 
D
D
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
V
 
A
V
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
N
D
 
D
G
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
T
R
 
R
F
 
F
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
H
V
 
I
P
 
P
Q
 
Q
S
 
G
H
 
H
K
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
L
V
 
L
S
 
D
I
 
I
A
 
P
K
 
A
G
 
N
E
 
G
P
 
E
V
 
I
R
 
I
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
L
 
V
E
 
R
D
 
A
L
 
I
R
 
P
Q
 
R
G
 
G
S
 
S
W
 
W
V
 
I
Q
 
D
E
 
E
S
 
S
Q
 
M
L
 
V
A
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
E
A
 
A
P
 
P
E
 
P
L
 
L
D
 
H
S
 
T
L
 
L
P
 
P
R
 
L
C
 
A
D
 
T
A
 
K
V
 
V
P
 
P
Q
 
E
P
 
P
L
 
L
P
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
Y
T
 
T
F
 
F
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
S
V
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
K
N
 
N
I
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
I
T
 
T
T
 
T
T
 
S
V
 
V
Q
 
H
C
 
C
V
 
V
T
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
V
E
 
D
H
 
Y
A
 
V
V
 
V
K
 
K
R
 
I
I
 
I
R
 
E
N
 
R
E
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
G
I
 
L
T
 
N
H
 
H
S
 
L
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
G
 
G
V
 
-
A
 
-
I
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
P
D
 
A
A
 
A
Y
 
V
I
 
V
P
 
P
I
 
I
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
H
N
 
N
L
 
I
A
 
S
R
 
L
N
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
F
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
V
L
 
M
V
 
V
I
 
I
S
 
G
L
 
-
G
 
-
C
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
H
 
-
D
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
W
 
-
L
 
-
Y
 
-
R
 
-
L
 
-
Q
 
-
D
 
-
A
 
K
S
 
H
L
 
V
G
 
G
F
 
F
V
 
Q
E
 
S
M
 
M
I
 
V
E
 
E
Q
 
D
I
 
I
M
 
L
D
 
Q
L
 
I
A
 
A
E
 
E
T
 
R
R
 
H
L
 
L
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
D
 
N
Q
 
Q
R
 
R
R
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
T
V
 
C
P
 
P
A
 
A
S
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
V
L
 
V
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
C
|
C
G
 
G
G
 
G
S
 
S
D
 
D
A
 
A
F
 
F
S
 
S
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
L
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
A
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
C
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
M
F
 
F
S
 
S
E
|
E
V
 
V
T
 
T
E
 
E
V
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
 
H
M
 
L
L
 
L
T
 
T
S
 
P
R
 
R
A
 
A
E
 
V
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
K
A
 
R
L
 
L
V
 
L
R
 
E
E
 
E
M
 
M
D
 
E
W
 
W
Y
 
Y
D
 
D
R
 
N
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
N
Q
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
A
 
-
N
 
-
T
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
G
G
 
G
L
 
L
S
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
K
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
V
 
A
K
 
K
S
 
S
G
 
G
S
 
K
G
 
S
A
 
A
I
 
I
Q
 
V
G
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
S
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
A
 
P
N
 
T
R
 
K
K
 
R
G
 
G
L
 
L
I
 
I
F
 
Y
C
 
A
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
|
A
S
 
S
D
|
D
F
 
F
V
 
V
C
 
C
G
 
G
T
 
T
L
 
Q
Q
 
Q
L
 
V
A
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
I
N
 
T
L
 
V
H
 
Q
V
 
V
F
 
F
T
 
T
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
A
 
M
M
 
A
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
I
K
 
K
V
 
M
C
 
A
T
 
T
R
 
R
S
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
R
 
R
W
 
W
P
 
F
D
 
D
L
 
L
I
 
M
D
 
D
I
 
I
D
 
N
A
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
I
A
 
A
S
 
T
G
 
G
R
 
E
S
 
E
T
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
G
W
 
W
E
 
K
L
 
L
F
 
F
H
 
H
Y
 
F
Y
 
I
L
 
L
D
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Q
 
K
T
 
T
W
 
F
A
 
S
E
 
D
Q
 
Q
H
 
W
R
 
G
L
 
L
H
 
H
N
 
N
D
 
Q
I
 
L
T
 
A
L
 
V
F
 
F
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
P
I
 
V
T
 
T

Query Sequence

>PP_3601 FitnessBrowser__Putida:PP_3601
MQLIEHSDSPRYVRLHDDDNVVVVVNDGGLGEGARFADGLTLIEGVPQSHKVATVSIAKG
EPVRRYGQIIGYALEDLRQGSWVQESQLAMPAAPELDSLPRCDAVPQPLPPLEGFTFEGY
RNADGTVGTRNILGITTTVQCVTGVLEHAVKRIRNELLPKYPNVDDVVAITHSYGCGVAI
NARDAYIPIRTVRNLARNPNLGGEALVISLGCEKLQASQVMHDNDPSVDLSDPWLYRLQD
ASLGFVEMIEQIMDLAETRLKKLDQRRRETVPASELILGMQCGGSDAFSGITANPALGYA
ADLLVRAGATVLFSEVTEVRDAIYMLTSRAENQDVADALVREMDWYDRYLQQGAADRSAN
TTPGNKKGGLSNIVEKSLGSIVKSGSGAIQGVLGPGERANRKGLIFCATPASDFVCGTLQ
LAAGMNLHVFTTGRGTPYGLAMAPVVKVCTRSELAQRWPDLIDIDAGRIASGRSTIEELG
WELFHYYLDVASGRKQTWAEQHRLHNDITLFNPAPIT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory