SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3722 FitnessBrowser__Putida:PP_3722 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

I6LNY0 Broad specificity amino-acid racemase; EC 5.1.1.10 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see paper)
97% identity, 100% coverage: 1:409/409 of query aligns to 1:409/409 of I6LNY0

query
sites
I6LNY0
M
 
M
P
 
P
F
 
F
R
 
R
R
 
R
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
P
 
P
P
 
P
L
 
L
S
 
S
M
 
M
D
 
D
N
 
N
G
 
G
T
 
T
N
 
N
T
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
Q
 
Q
N
 
N
S
 
S
N
 
N
A
 
A
W
 
W
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
H
 
H
N
 
N
I
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
K
 
R
L
 
L
C
|
C
A
 
A
V
 
V
L
 
L
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
M
 
M
P
 
P
S
 
S
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
|
C
V
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
E
 
E
F
 
F
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
R
H
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
R
 
R
I
 
I
H
 
H
M
 
L
A
 
A
L
 
F
N
 
N
S
 
S
S
 
S
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
N
|
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
M
 
M
A
 
A
T
 
T
W
 
W
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Q
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
E
D
 
D
K
 
K
D
 
D
D
 
D
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
F
N
 
N
E
 
E
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
W
 
W
L
 
L
I
 
I
K
 
K
H
 
H
A
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
G
R
 
R
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
F
 
F
K
 
K
S
 
S
H
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
I
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
N
 
N
K
 
K
G
 
G
H
 
H
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
S
M
 
M
N
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
F
P
 
P
D
 
D
V
 
V
K
 
K
G
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
M
 
M
E
 
E
E
 
E
I
 
I
N
 
N
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
|
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
W
 
W
G
 
G
N
 
S
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
I
L
 
L
V
 
V
D
 
D

4fs9A Complex structure of a broad specificity amino acid racemase (bar) within the reactive intermediate (see paper)
98% identity, 94% coverage: 26:409/409 of query aligns to 1:384/384 of 4fs9A

query
sites
4fs9A
P
 
P
P
 
P
L
 
L
S
 
S
M
 
M
D
 
D
N
 
N
G
 
G
T
 
T
N
 
N
T
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
Q
 
Q
N
 
N
S
 
S
N
 
N
A
 
A
W
 
W
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
H
 
H
N
 
N
I
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
K
 
R
L
 
L
C
 
C
A
 
A
V
 
V
L
 
L
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
M
 
M
P
 
P
S
 
S
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
 
C
V
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
V
|
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
E
 
E
F
 
F
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
R
H
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
R
 
R
I
 
I
H
 
H
M
 
M
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
S
 
S
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
M
 
M
A
 
A
T
 
T
W
 
W
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Q
 
Q
K
 
K
H
 
H
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
E
D
 
D
K
 
K
D
 
D
D
 
D
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
F
N
 
N
E
 
E
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
W
 
W
L
 
L
I
 
I
K
 
K
H
 
H
A
 
A
R
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
|
S
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
T
G
|
G
G
|
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
R
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
Q
R
 
R
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
F
 
F
K
 
K
S
 
S
H
 
H
V
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
D
 
D
R
 
R
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
I
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
N
 
N
K
 
K
G
 
G
H
 
H
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
S
|
S
M
|
M
N
|
N
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
F
P
 
P
D
 
D
V
 
V
K
 
K
G
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
M
 
M
E
 
E
E
 
E
I
 
I
N
 
N
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
W
 
W
G
 
G
N
 
S
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
I
L
 
L
V
 
V
D
 
D

I0J1I6 Broad specificity amino-acid racemase; Arginine racemase; Broad substrate specificity racemase; EC 5.1.1.10 from Pseudomonas taetrolens (see 2 papers)
73% identity, 100% coverage: 1:409/409 of query aligns to 1:408/409 of I0J1I6

query
sites
I0J1I6
M
|
M
P
|
P
F
|
F
R
x
S
R
|
R
T
|
T
L
|
L
L
|
L
A
|
A
A
x
L
S
|
S
L
|
L
A
x
G
L
x
M
L
x
A
I
x
L
T
x
L
G
 
-
Q
|
Q
A
x
N
P
|
P
L
x
A
Y
x
F
A
|
A
A
 
A
P
 
P
P
 
P
L
 
L
S
 
S
M
 
M
D
 
T
N
 
D
G
 
G
T
 
V
N
 
A
T
 
Q
L
 
V
T
 
N
V
 
T
Q
 
Q
N
 
D
S
 
S
N
 
N
A
 
A
W
 
W
V
 
V
E
 
E
V
 
I
S
 
N
A
 
K
S
 
A
A
 
A
L
 
F
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
K
 
Q
L
 
I
C
|
C
A
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
L
M
 
M
P
 
P
S
 
S
I
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
M
G
 
G
V
 
V
P
 
P
C
|
C
V
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
R
A
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
T
A
 
A
S
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
E
D
 
A
G
 
A
L
 
L
Q
 
P
Y
 
Y
D
 
N
M
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
N
A
 
L
E
 
D
F
 
F
A
 
A
R
 
V
Q
 
K
A
 
A
D
 
S
A
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
E
R
 
D
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
P
L
 
L
R
 
V
I
 
V
H
 
H
M
 
L
A
 
G
L
 
L
N
 
N
S
 
S
S
 
S
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
D
M
 
M
A
 
T
T
 
T
W
 
A
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
G
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
I
 
I
T
 
T
D
 
K
Q
 
V
K
 
P
H
 
N
L
 
L
K
 
E
L
 
V
V
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
M
T
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
A
V
 
V
E
 
E
D
 
D
K
 
A
D
 
A
D
 
D
V
 
V
R
 
R
K
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
A
F
 
F
N
 
N
E
 
Q
Q
 
Q
T
 
A
D
 
Q
W
 
W
L
 
L
I
 
M
K
 
N
H
 
V
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
S
R
 
H
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
 
R
T
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
S
R
 
H
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
V
M
 
M
Q
 
Q
F
 
F
K
 
K
S
 
S
H
 
H
V
 
V
A
 
A
A
 
S
V
 
V
H
 
N
S
 
S
Y
 
Y
P
 
P
A
 
K
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
G
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
T
 
T
L
 
L
A
 
G
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
I
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
A
F
 
F
T
 
T
N
 
N
K
 
K
G
 
G
H
 
I
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
S
M
 
M
N
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
A
P
 
P
D
 
D
V
 
V
K
 
K
G
 
S
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
H
Q
 
Q
A
 
G
G
 
K
G
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
M
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
I
N
 
N
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
W
 
W
G
 
G
N
 
N
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
I
L
 
L
V
 
K
D
 
D

A0KLG5 Broad specificity amino-acid racemase; Broad spectrum racemase; EC 5.1.1.10 from Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (strain ATCC 7966 / DSM 30187 / BCRC 13018 / CCUG 14551 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240 / NCTC 8049) (see paper)
57% identity, 95% coverage: 18:405/409 of query aligns to 17:404/408 of A0KLG5

query
sites
A0KLG5
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
P
 
-
L
 
-
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
P
 
Y
L
 
L
S
 
P
M
 
L
D
 
A
N
 
S
G
 
D
T
 
H
N
 
R
T
 
N
L
 
G
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
N
 
T
-
 
A
S
 
S
N
 
N
A
 
A
W
 
W
V
 
L
E
 
E
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
F
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
I
R
 
Q
T
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
D
E
 
R
L
 
L
A
 
G
G
 
D
K
 
K
-
 
G
S
 
P
K
 
K
L
 
I
C
 
C
A
 
A
V
 
I
L
 
M
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
D
L
 
L
V
 
L
M
 
V
P
 
P
S
 
S
I
 
V
I
 
V
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
C
 
C
V
 
I
A
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
A
R
 
R
A
 
E
S
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
M
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
A
A
 
A
S
 
T
L
 
P
S
 
A
E
 
E
L
 
V
E
 
E
D
 
Q
G
 
A
L
 
L
Q
 
P
Y
 
Y
D
 
K
M
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
L
E
 
V
F
 
S
A
 
A
R
 
Q
Q
 
G
A
 
I
D
 
A
A
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
Q
R
 
R
H
 
H
G
 
H
K
 
T
T
 
N
L
 
I
R
 
P
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
S
 
A
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
D
M
 
L
A
 
R
T
 
L
W
 
A
S
 
D
G
 
S
R
 
K
G
 
E
E
 
D
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
I
 
M
T
 
L
D
 
K
Q
 
L
K
 
K
H
 
G
L
 
I
K
 
T
L
 
P
V
 
V
A
 
G
L
 
I
M
 
M
T
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
P
V
 
V
E
 
E
D
 
E
K
 
K
D
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
K
K
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
N
 
K
E
 
L
Q
 
D
T
 
S
D
 
Q
W
 
W
L
 
L
I
 
L
K
 
E
H
 
A
A
 
G
R
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
T
L
 
I
H
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
L
 
F
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
 
R
T
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
L
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
T
 
S
V
 
I
P
 
P
A
 
S
R
 
Y
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
V
M
 
M
Q
 
A
F
 
F
K
 
K
S
 
T
H
 
Q
V
 
V
A
 
A
A
 
S
V
 
V
H
 
N
S
 
H
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
W
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
L
T
 
P
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
A
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
K
G
 
A
H
 
Y
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
H
 
Q
R
 
K
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
T
S
 
S
M
 
M
N
 
N
T
 
T
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
L
P
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
K
G
 
P
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
A
 
G
G
 
E
G
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
K
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
M
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
Y
N
 
N
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
Y
 
Y
T
 
T
V
 
I
W
 
W
G
 
G
N
 
Y
S
 
T
N
 
N
P
 
P
K
 
K

4bf5A Structure of broad spectrum racemase from aeromonas hydrophila (see paper)
57% identity, 93% coverage: 25:405/409 of query aligns to 1:383/396 of 4bf5A

query
sites
4bf5A
A
 
A
P
 
P
P
 
Y
L
 
L
S
 
P
M
 
L
D
 
A
N
 
S
G
 
D
T
 
H
N
 
R
T
 
N
L
 
G
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
N
 
T
-
 
A
S
 
S
N
 
N
A
 
A
W
 
W
V
 
L
E
 
E
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
F
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
I
R
 
Q
T
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
D
E
 
R
L
 
L
A
 
G
G
 
D
K
 
K
-
 
G
S
 
P
K
 
K
L
 
I
C
 
C
A
 
A
V
 
I
L
 
M
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
D
L
 
L
V
 
L
M
 
V
P
 
P
S
 
S
I
 
V
I
 
V
A
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
C
 
C
V
 
I
A
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
A
R
 
R
A
 
E
S
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
M
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
A
A
 
A
S
 
T
L
 
P
S
 
A
E
 
E
L
 
V
E
 
E
D
 
Q
G
 
A
L
 
L
Q
 
P
Y
 
Y
D
 
K
M
 
M
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
S
A
 
L
E
 
V
F
 
S
A
 
A
R
 
Q
Q
 
G
A
 
I
D
 
A
A
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
Q
R
 
R
H
 
H
G
 
H
K
 
T
T
 
N
L
 
I
R
 
P
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
S
 
A
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
D
M
 
L
A
 
R
T
 
L
W
 
A
S
 
D
G
 
S
R
 
K
G
 
E
E
 
D
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
I
 
M
T
 
L
D
 
K
Q
 
L
K
 
K
H
 
G
L
 
I
K
 
T
L
 
P
V
 
V
A
 
G
L
 
I
M
 
M
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
P
V
 
V
E
 
E
D
 
E
K
 
K
D
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
K
K
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
N
 
K
E
 
L
Q
 
D
T
 
S
D
 
Q
W
 
W
L
 
L
I
 
L
K
 
E
H
 
A
A
 
G
R
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
T
L
 
I
H
 
H
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
|
S
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
L
 
F
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
P
G
|
G
G
|
G
A
 
L
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
T
 
S
V
 
I
P
 
P
A
 
S
R
 
Y
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
V
M
 
M
Q
 
A
F
 
F
K
 
K
S
 
T
H
 
Q
V
 
V
A
 
A
A
 
S
V
 
V
H
 
N
S
 
H
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
D
 
D
R
 
R
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
W
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
L
T
 
P
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
A
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
K
G
 
A
H
 
Y
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
H
 
Q
R
 
K
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
T
S
|
S
M
 
M
N
|
N
T
 
T
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
L
P
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
K
G
 
P
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
A
 
G
G
 
E
G
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
K
Q
 
Q
A
 
A
E
 
D
M
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
Y
N
 
N
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
Y
 
Y
T
 
T
V
 
I
W
 
W
G
 
G
N
 
Y
S
 
T
N
 
N
P
 
P
K
 
K

M4GGR9 Lysine racemase; EC 5.1.1.5 from Proteus mirabilis (see paper)
49% identity, 99% coverage: 5:409/409 of query aligns to 6:407/407 of M4GGR9

query
sites
M4GGR9
R
 
R
T
 
Y
L
 
L
L
 
A
A
 
L
A
 
L
S
 
P
L
 
L
A
 
F
L
 
V
L
 
I
I
 
T
T
 
A
G
 
C
Q
 
Q
A
 
Q
P
 
P
L
 
V
Y
 
N
A
 
Y
A
 
N
P
 
P
P
 
P
L
 
A
S
 
T
M
 
Q
D
 
V
N
 
A
G
 
Q
T
 
V
N
 
Q
T
 
P
L
 
A
T
 
I
V
 
V
Q
 
N
N
 
N
S
 
S
N
 
-
A
 
-
W
 
W
V
 
I
E
 
E
V
 
I
S
 
S
A
 
R
S
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
D
H
 
F
N
 
N
I
 
V
R
 
K
T
 
K
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
E
 
L
L
 
L
A
 
G
G
 
K
K
 
Q
S
 
S
K
 
S
L
 
L
C
 
C
A
 
A
V
 
V
L
 
L
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
I
 
L
G
 
S
L
 
L
V
 
V
M
 
A
P
 
P
S
 
I
I
 
M
I
 
I
A
 
E
Q
 
N
G
 
N
V
 
V
P
 
K
C
 
C
V
 
I
A
 
G
V
 
V
A
 
T
S
 
N
N
 
N
E
 
Q
E
 
E
A
 
L
R
 
K
V
 
E
V
 
V
R
 
R
A
 
D
S
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
Q
 
R
L
 
L
V
 
M
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
N
A
 
A
S
 
T
L
 
E
S
 
Q
E
 
E
L
 
M
E
 
A
D
 
Q
G
 
A
L
 
T
Q
 
N
Y
 
Y
D
 
N
M
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
D
A
 
L
E
 
D
F
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
A
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
R
 
Q
H
 
Q
G
 
N
K
 
K
T
 
V
L
 
I
R
 
P
I
 
I
H
 
H
M
 
L
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
S
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
N
|
N
G
 
G
V
 
L
E
 
E
M
 
V
A
 
D
T
 
N
W
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
L
G
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
T
 
S
D
 
Q
Q
 
L
K
 
A
H
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
V
V
 
V
A
 
G
L
 
I
M
 
M
T
 
S
H
 
H
F
 
Y
A
 
P
V
 
E
E
 
E
D
 
D
K
 
A
D
 
N
D
 
K
V
 
V
R
 
R
K
 
E
G
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
R
F
 
F
N
 
K
E
 
Q
Q
 
Q
T
 
S
D
 
Q
W
 
Q
L
 
V
I
 
L
K
 
E
H
 
V
A
 
M
R
 
G
L
 
L
D
 
E
R
 
R
S
 
N
K
 
N
L
 
V
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
M
A
 
A
N
 
N
S
 
T
F
 
F
A
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
T
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
S
R
 
W
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
 
R
T
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
I
L
 
F
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
T
 
T
V
 
I
P
 
-
A
 
A
R
 
S
T
 
T
E
 
D
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
V
M
 
M
Q
 
T
F
 
F
K
 
K
S
 
S
H
 
N
V
 
I
A
 
A
A
 
S
V
 
I
H
 
N
S
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
A
 
K
G
 
G
N
 
N
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
T
 
T
F
 
Y
T
 
T
L
 
L
A
 
K
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
I
T
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
S
N
 
N
K
 
A
G
 
G
H
 
H
V
 
A
L
 
L
I
 
I
N
 
A
G
 
G
H
 
Q
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
L
G
 
G
K
 
K
V
 
T
S
 
S
M
 
M
N
 
N
T
 
T
L
 
V
M
 
I
V
 
V
D
 
D
V
 
I
T
 
T
D
 
S
F
 
L
P
 
N
D
 
N
V
 
I
K
 
K
G
 
P
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
F
F
 
F
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
G
 
N
G
 
S
E
 
E
I
 
I
T
 
T
Q
 
A
A
 
E
E
 
E
M
 
I
E
 
E
E
 
D
I
 
I
N
 
S
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
F
A
x
T
D
 
E
L
 
M
Y
x
S
T
 
I
V
 
L
W
 
W
G
 
G
N
 
A
S
 
T
N
 
N
P
 
Q
K
 
R
I
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D

Q9KSE5 Broad specificity amino-acid racemase; Broad spectrum racemase; EC 5.1.1.10 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (see paper)
49% identity, 100% coverage: 1:408/409 of query aligns to 1:406/407 of Q9KSE5

query
sites
Q9KSE5
M
 
M
P
 
H
F
 
F
R
 
K
R
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
 
L
S
 
S
L
 
I
A
 
A
L
 
A
L
 
T
I
 
L
T
 
P
G
 
S
Q
 
F
A
 
S
P
 
-
L
 
-
Y
 
L
A
 
S
A
 
A
P
 
A
P
|
P
L
 
L
S
 
H
M
 
I
D
 
D
N
 
T
G
 
A
-
 
L
T
 
P
N
 
D
T
 
A
L
 
A
T
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
N
 
Q
S
 
S
N
 
N
A
 
S
W
 
W
V
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
S
A
 
L
S
 
G
A
 
Q
L
 
F
Q
 
Q
H
 
S
N
 
N
I
 
I
R
 
E
T
 
Q
L
 
F
Q
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
M
A
 
N
G
 
A
K
 
N
S
 
T
K
 
K
L
 
I
C
|
C
A
 
A
V
 
I
L
 
M
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
N
G
 
G
I
 
I
G
 
R
L
 
G
V
 
L
M
 
M
P
 
P
S
 
T
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
P
C
 
C
V
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
V
 
I
R
|
R
V
 
V
R
|
R
L
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
M
E
 
S
D
 
S
G
 
A
L
 
L
Q
 
D
Y
 
L
D
 
N
M
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
T
A
 
H
E
 
Q
F
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
D
A
 
L
D
 
A
A
 
E
I
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
Q
H
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
R
 
K
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
|
A
L
 
L
N
|
N
S
 
D
S
x
G
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
|
N
G
 
G
V
 
I
E
 
D
M
 
M
A
 
T
T
 
T
W
 
E
S
 
A
G
 
G
R
 
K
G
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
S
I
 
I
T
 
A
D
 
T
Q
 
Q
K
 
P
H
 
S
L
 
L
K
 
S
L
 
V
V
 
V
A
 
G
L
 
I
M
 
M
T
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
P
V
 
N
E
 
Y
D
 
N
K
 
A
D
 
D
D
 
E
V
 
V
R
 
R
K
 
A
G
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
N
 
K
E
 
E
Q
 
S
T
 
S
D
 
T
W
 
W
L
 
L
I
 
M
K
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
N
L
 
L
D
 
K
R
 
R
S
 
E
K
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
V
A
 
A
N
 
N
S
 
S
F
 
Y
A
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
N
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
 
R
T
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
-
V
 
L
P
 
P
A
 
T
R
 
N
T
 
P
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
R
 
S
A
 
I
M
 
V
Q
 
S
F
 
F
K
 
K
S
 
T
H
 
R
V
 
V
A
 
S
A
 
S
V
 
L
H
 
H
S
 
H
Y
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
D
N
 
S
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
T
A
 
S
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
L
T
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
P
R
 
R
V
 
K
F
 
M
T
 
G
N
 
N
K
 
K
G
 
A
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
Q
R
 
R
V
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
V
V
 
T
S
 
S
M
 
M
N
 
N
T
 
T
L
 
T
M
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
E
F
 
I
P
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
P
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
K
G
 
Q
E
 
S
I
 
I
T
 
A
Q
 
V
A
 
S
E
 
E
M
 
M
E
 
E
E
 
N
I
 
N
N
 
A
G
 
E
A
 
L
L
 
I
L
 
F
A
x
P
D
 
E
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
V
 
L
W
 
W
G
 
G
N
 
T
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
I
 
F
L
 
Y
V
 
V

4beuA Structure of vibrio cholerae broad spectrum racemase (see paper)
50% identity, 93% coverage: 27:408/409 of query aligns to 2:383/392 of 4beuA

query
sites
4beuA
P
 
P
L
 
L
S
 
H
M
 
I
D
 
D
N
 
T
G
 
A
-
 
L
T
 
P
N
 
D
T
 
A
L
 
A
T
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
N
 
Q
S
 
S
N
 
N
A
 
S
W
 
W
V
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
S
A
 
L
S
 
G
A
 
Q
L
 
F
Q
 
Q
H
 
S
N
 
N
I
 
I
R
 
E
T
 
Q
L
 
F
Q
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
M
A
 
N
G
 
A
K
 
N
S
 
T
K
 
K
L
 
I
C
 
C
A
 
A
V
 
I
L
 
M
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
N
G
 
G
I
 
I
G
 
R
L
 
G
V
 
L
M
 
M
P
 
P
S
 
T
I
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
P
C
 
C
V
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
E
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
V
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
E
S
 
S
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
V
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
L
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
M
E
 
S
D
 
S
G
 
A
L
 
L
Q
 
D
Y
 
L
D
 
N
M
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
I
G
 
G
S
 
T
A
 
H
E
 
Q
F
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
D
A
 
L
D
 
A
A
 
E
I
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
Q
H
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
R
 
K
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
D
S
 
G
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
D
M
 
M
A
 
T
T
 
T
W
 
E
S
 
A
G
 
G
R
 
K
G
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
S
I
 
I
T
 
A
D
 
T
Q
 
Q
K
 
P
H
 
S
L
 
L
K
 
S
L
 
V
V
 
V
A
 
G
L
 
I
M
 
M
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
P
V
 
N
E
 
Y
D
 
N
K
 
A
D
 
D
D
 
E
V
 
V
R
 
R
K
 
A
G
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
F
 
F
N
 
K
E
 
E
Q
 
S
T
 
S
D
 
T
W
 
W
L
 
L
I
 
M
K
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
N
L
 
L
D
 
K
R
 
R
S
 
E
K
 
E
L
 
I
T
 
T
L
 
L
H
 
H
A
 
V
A
 
A
N
|
N
S
|
S
F
 
Y
A
 
T
T
 
A
L
 
L
E
 
N
V
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
P
G
|
G
G
|
G
A
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
-
V
 
L
P
 
P
A
 
T
R
 
N
T
 
P
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
R
 
S
A
 
I
M
 
V
Q
 
S
F
 
F
K
 
K
S
 
T
H
 
R
V
 
V
A
 
S
A
 
S
V
 
L
H
 
H
S
 
H
Y
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
D
N
 
S
T
 
T
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
D
 
D
R
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
T
L
 
T
A
 
S
R
 
R
D
 
D
S
 
S
R
 
V
L
 
L
A
 
A
N
 
N
I
 
L
T
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
P
R
 
R
V
 
K
F
 
M
T
 
G
N
 
N
K
 
K
G
 
A
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
Q
R
 
R
V
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
V
V
 
T
S
|
S
M
 
M
N
|
N
T
 
T
L
 
T
M
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
E
F
 
I
P
 
K
D
 
G
V
 
V
K
 
L
G
 
P
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
G
 
K
G
 
Q
E
 
S
I
 
I
T
 
A
Q
 
V
A
 
S
E
 
E
M
 
M
E
 
E
E
 
N
I
 
N
N
 
A
G
 
E
A
 
L
L
 
I
L
 
F
A
 
P
D
 
E
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
V
 
L
W
 
W
G
 
G
N
 
T
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
I
 
F
L
 
Y
V
 
V

4y2wA Crystal structure of a thermostable alanine racemase from thermoanaerobacter tengcongensis mb4 (see paper)
30% identity, 88% coverage: 46:406/409 of query aligns to 11:373/388 of 4y2wA

query
sites
4y2wA
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
Y
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
I
Q
 
T
H
 
H
N
 
N
I
 
F
R
 
R
T
 
E
L
 
I
Q
 
K
A
 
K
E
 
I
L
 
V
A
 
G
G
 
K
K
 
N
S
 
V
K
 
K
L
 
I
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
S
L
 
Y
V
 
V
M
 
A
P
 
K
S
 
F
I
 
L
I
 
E
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
D
C
 
Y
V
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
E
V
 
L
R
 
R
A
 
E
S
 
K
G
 
G
F
 
I
T
 
K
G
 
T
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
I
V
 
F
R
 
G
L
 
Y
A
 
T
S
 
P
L
 
P
S
 
T
E
 
Q
L
 
L
E
 
R
D
 
Q
G
 
I
L
 
V
Q
 
K
Y
 
H
D
 
D
M
 
L
E
 
T
E
 
Q
L
 
T
V
 
V
G
 
Y
S
 
D
A
 
I
E
 
K
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
A
 
L
D
 
E
A
 
K
I
 
E
A
 
S
A
 
L
R
 
K
H
 
Q
G
 
N
K
 
K
T
 
R
L
 
A
R
 
K
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
K
L
 
I
N
 
D
S
 
T
S
 
-
G
 
G
M
 
L
S
 
G
R
|
R
N
 
I
G
 
G
V
 
Y
E
 
-
M
 
I
A
 
D
T
 
F
W
 
D
S
 
L
G
 
A
R
 
Q
G
 
K
E
 
E
A
 
I
L
 
L
Q
 
E
I
 
M
T
 
A
D
 
N
Q
 
M
K
 
R
H
 
G
L
 
L
K
 
I
L
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
I
M
 
Y
T
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
A
E
 
A
D
 
S
K
 
E
D
 
D
D
 
D
V
 
R
R
 
D
K
 
Y
G
 
C
L
 
K
A
 
E
A
 
Q
F
 
F
N
 
D
E
 
K
Q
 
F
T
 
M
D
 
N
W
 
-
L
 
L
I
 
I
K
 
S
H
 
S
A
 
L
R
 
E
L
 
K
D
 
K
R
 
R
S
 
L
K
 
K
L
 
I
T
 
P
L
 
L
-
 
K
H
 
H
A
 
I
A
 
A
N
|
N
S
x
A
F
 
A
A
 
A
T
 
I
L
 
L
E
 
N
V
 
L
P
 
N
E
 
Y
A
 
S
R
 
H
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
P
G
 
G
G
x
I
A
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
-
 
A
-
 
Y
-
 
P
-
 
S
D
 
K
T
 
R
V
 
V
P
 
E
A
 
R
R
 
K
T
 
V
E
 
E
Y
 
L
K
 
R
R
 
E
A
 
T
M
 
L
Q
 
R
F
 
F
K
 
T
S
 
T
H
 
R
V
 
V
A
 
V
A
 
H
V
 
L
H
 
K
S
 
D
Y
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
F
T
 
F
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
D
 
G
R
 
K
T
 
S
F
 
F
T
 
V
L
 
T
A
 
K
R
 
R
D
 
K
S
 
S
R
 
V
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
I
T
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
L
R
 
D
R
 
R
V
 
R
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
N
G
 
Y
H
 
K
V
 
L
L
 
L
I
 
L
N
 
K
G
 
G
H
 
K
R
 
Y
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
C
M
|
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
C
M
 
M
V
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
V
P
 
E
D
 
G
V
 
V
K
 
E
G
 
I
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
I
F
 
I
G
 
G
K
 
T
Q
 
Q
A
 
N
G
 
N
G
 
E
E
 
T
I
 
V
T
 
S
Q
 
V
A
 
E
E
 
S
M
 
M
E
 
A
E
 
D
I
 
K
N
 
I
G
 
E
A
 
T
L
 
I
L
 
P
A
 
Q
D
 
E
L
 
V
Y
 
F
T
 
S
V
 
R
W
 
I
G
 
S
N
 
R
S
 
R
N
 
V
P
 
P
K
 
R
I
 
V

6q70A Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis in the presence of hepes (see paper)
28% identity, 89% coverage: 45:408/409 of query aligns to 9:379/386 of 6q70A

query
sites
6q70A
W
 
W
V
 
I
E
 
E
V
 
V
S
 
N
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
H
 
K
N
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
A
L
 
I
Q
 
R
A
 
R
E
 
H
L
 
I
A
 
P
G
 
H
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
I
C
 
M
A
 
A
V
|
V
L
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
S
G
 
I
L
 
E
V
 
V
M
 
A
P
 
R
S
 
H
I
 
A
I
 
L
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
V
 
A
P
 
S
C
 
E
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
R
 
I
V
 
V
V
 
L
R
 
R
A
 
K
S
 
A
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
V
V
x
L
R
 
G
L
 
F
A
 
T
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
C
L
 
V
E
 
K
D
 
K
G
 
S
L
 
A
Q
 
A
Y
 
W
D
 
N
M
 
I
E
 
T
E
 
L
L
 
S
V
 
A
G
 
F
S
 
Q
A
 
V
E
 
D
F
 
W
A
 
M
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
D
 
N
A
 
E
I
 
I
A
 
L
A
 
E
R
 
K
H
 
E
G
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
N
R
 
R
I
 
L
H
 
A
M
 
I
A
 
H
L
 
I
N
 
N
-
 
V
S
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
R
M
 
T
A
 
-
T
 
-
W
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
K
G
 
E
E
 
E
A
 
L
L
 
L
Q
 
E
I
 
V
T
 
V
D
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
Q
 
S
K
 
K
H
 
F
L
 
L
K
 
R
L
 
W
V
 
T
A
 
G
L
 
I
M
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
V
 
T
E
 
A
D
 
D
K
 
E
D
 
P
D
 
D
V
 
T
R
 
T
K
 
L
G
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
Q
F
 
H
N
 
E
E
 
K
Q
 
F
T
 
I
D
 
S
W
 
F
L
 
L
I
 
S
K
 
F
H
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
Q
D
 
G
R
 
I
S
 
E
K
 
L
L
 
P
T
 
T
L
 
V
H
 
H
A
 
M
A
 
C
N
 
N
S
x
T
F
 
A
A
 
A
T
 
A
L
 
I
E
 
A
V
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
F
R
 
S
L
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
I
R
|
R
T
 
L
G
|
G
G
x
I
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
L
T
 
Y
V
 
P
P
 
S
A
 
A
R
 
Y
-
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
-
 
L
T
 
V
E
 
K
Y
 
L
K
 
E
R
 
P
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
F
 
L
K
 
K
S
 
A
H
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
Y
V
 
V
H
 
K
S
 
T
Y
 
M
-
 
R
P
 
T
A
 
E
G
 
P
N
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
A
T
 
T
F
 
Y
T
 
I
L
 
A
A
 
E
R
 
P
D
 
N
S
 
E
R
 
V
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
L
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
R
 
R
V
 
A
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
R
G
 
G
H
 
F
V
 
V
L
 
L
I
 
H
N
 
R
G
 
G
H
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
T
M
 
M
N
x
D
T
 
M
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
S
V
 
L
T
 
G
D
 
E
F
 
N
P
 
G
D
 
E
V
 
G
K
 
K
G
 
Q
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
I
F
 
Y
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
A
 
K
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
S
Q
 
V
A
 
D
E
 
E
M
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
M
N
 
L
G
 
N
A
 
T
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
D
 
E
L
 
V
Y
 
V
T
 
S
V
 
T
W
 
L
G
 
S
N
 
R
S
 
R
N
 
I
P
 
P
K
 
R
I
 
F
L
 
Y
V
 
I

5irpA Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis (see paper)
28% identity, 89% coverage: 45:408/409 of query aligns to 9:379/386 of 5irpA

query
sites
5irpA
W
 
W
V
 
I
E
 
E
V
 
V
S
 
N
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
H
 
K
N
 
N
I
 
L
R
 
R
T
 
A
L
 
I
Q
 
R
A
 
R
E
 
H
L
 
I
A
 
P
G
 
H
K
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
I
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
S
G
 
I
L
 
E
V
 
V
M
 
A
P
 
R
S
 
H
I
 
A
I
 
L
A
 
E
Q
 
H
G
 
G
V
 
A
P
 
S
C
 
E
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
R
 
I
V
 
V
V
 
L
R
 
R
A
 
K
S
 
A
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
V
V
x
L
R
 
G
L
 
F
A
 
T
S
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
C
L
 
V
E
 
K
D
 
K
G
 
S
L
 
A
Q
 
A
Y
 
W
D
 
N
M
 
I
E
 
T
E
 
L
L
 
S
V
 
A
G
 
F
S
 
Q
A
 
V
E
 
D
F
 
W
A
 
M
R
 
K
Q
 
E
A
 
A
D
 
N
A
 
E
I
 
I
A
 
L
A
 
E
R
 
K
H
 
E
G
 
A
K
 
S
T
 
A
L
 
N
R
 
R
I
 
L
H
 
A
M
 
I
A
 
H
L
 
I
N
 
N
-
 
V
S
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
R
M
 
T
A
 
-
T
 
-
W
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
K
G
 
E
E
 
E
A
 
L
L
 
L
Q
 
E
I
 
V
T
 
V
D
 
K
-
 
A
-
x
L
-
x
K
-
 
A
Q
x
S
K
 
K
H
 
F
L
|
L
K
 
R
L
 
W
V
 
T
A
 
G
L
 
I
M
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
V
 
T
E
 
A
D
|
D
K
 
E
D
 
P
D
 
D
V
 
T
R
 
T
K
 
L
G
 
T
L
 
K
A
 
L
A
 
Q
F
 
H
N
 
E
E
 
K
Q
 
F
T
 
I
D
 
S
W
 
F
L
 
L
I
 
S
K
 
F
H
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
Q
D
 
G
R
 
I
S
 
E
K
 
L
L
 
P
T
 
T
L
 
V
H
 
H
A
 
M
A
 
C
N
|
N
S
x
T
F
 
A
A
 
A
T
 
A
L
 
I
E
 
A
V
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
F
R
 
S
L
 
A
D
 
D
M
 
M
V
 
I
R
|
R
T
 
L
G
|
G
G
x
I
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
L
T
 
Y
V
x
P
P
 
S
A
 
A
R
 
Y
-
 
I
-
 
K
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
-
 
L
T
 
V
E
 
K
Y
 
L
K
 
E
R
 
P
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
F
 
L
K
 
K
S
 
A
H
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
Y
V
 
V
H
 
K
S
 
T
Y
 
M
-
 
R
P
 
T
A
 
E
G
 
P
N
 
R
T
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
A
T
 
T
F
 
Y
T
 
I
L
 
A
A
 
E
R
 
P
D
 
N
S
 
E
R
 
V
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
L
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
R
 
R
V
 
A
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
R
G
 
G
H
 
F
V
 
V
L
 
L
I
 
H
N
 
R
G
 
G
H
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
T
M
 
M
N
x
D
T
 
M
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
S
V
 
L
T
 
G
D
 
E
F
 
N
P
 
G
D
 
E
V
 
G
K
 
K
G
 
Q
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
I
F
 
Y
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
A
 
K
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
T
 
S
Q
 
V
A
 
D
E
 
E
M
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
M
N
 
L
G
 
N
A
 
T
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
D
 
E
L
 
V
Y
 
V
T
 
S
V
 
T
W
 
L
G
 
S
N
 
R
S
 
R
N
 
I
P
 
P
K
 
R
I
 
F
L
 
Y
V
 
I

P9WQA9 Alanine racemase; EC 5.1.1.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
34% identity, 86% coverage: 48:397/409 of query aligns to 16:368/384 of P9WQA9

query
sites
P9WQA9
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
V
R
 
R
T
 
V
L
 
L
Q
 
R
A
 
-
E
 
E
L
 
H
A
 
A
G
 
G
K
 
H
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
G
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
T
L
 
R
V
 
V
M
 
A
P
 
Q
S
 
T
I
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
A
C
 
E
V
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
N
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
D
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
A
V
 
W
R
 
L
L
 
H
A
 
P
S
 
P
L
 
G
S
 
I
E
 
D
L
 
F
E
 
G
D
 
P
G
 
A
L
 
L
Q
 
L
Y
 
A
D
 
D
M
 
V
E
 
Q
E
 
V
L
 
A
V
 
V
G
 
S
S
 
S
A
 
L
E
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
R
Q
 
Q
A
 
L
D
 
D
A
 
E
I
 
L
-
 
L
-
 
H
-
 
A
A
 
V
A
 
R
R
 
R
H
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
A
R
 
T
I
 
V
H
 
T
M
 
V
A
 
K
L
 
V
N
 
D
S
 
T
S
 
-
G
 
G
M
 
L
S
 
N
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
G
M
 
P
A
 
A
T
 
Q
W
 
F
S
 
P
G
 
A
R
 
M
G
 
L
E
 
T
A
 
A
L
 
L
-
 
R
Q
 
Q
I
 
A
T
 
M
D
 
A
Q
 
E
K
 
D
H
 
A
L
 
V
K
 
R
L
 
L
V
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
T
 
S
H
 
H
F
 
M
A
 
V
V
 
Y
E
 
A
D
 
D
K
 
K
D
 
P
D
 
D
V
 
D
R
 
S
K
 
I
G
 
N
L
 
D
A
 
V
A
 
Q
F
 
A
N
 
Q
E
 
R
Q
 
F
T
 
T
D
 
A
W
 
F
L
 
L
I
 
A
K
 
Q
H
 
-
A
 
A
R
 
R
L
 
E
D
 
Q
R
 
G
S
 
V
K
 
R
L
 
F
T
 
E
L
 
V
-
 
A
H
 
H
A
 
L
A
 
S
N
 
N
S
 
S
F
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
M
E
 
A
V
 
R
P
 
P
E
 
D
A
 
L
R
 
T
L
 
F
D
 
D
M
 
L
V
 
V
R
 
R
T
 
P
G
 
G
G
 
I
A
 
A
L
 
V
F
 
Y
G
 
G
-
 
L
D
 
S
T
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
L
T
 
G
E
 
D
Y
 
M
K
 
G
-
 
L
-
 
V
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
T
F
 
V
K
 
K
S
 
C
H
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
L
V
 
V
H
 
K
S
 
S
Y
 
I
P
 
R
A
 
A
G
 
G
N
 
E
T
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
D
 
G
R
 
H
T
 
T
F
 
W
T
 
I
L
 
A
A
 
P
R
 
R
D
 
D
S
 
T
R
 
N
L
 
L
A
 
A
N
 
L
I
 
L
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
V
R
 
F
R
 
R
V
 
S
F
 
L
T
 
G
N
 
G
K
 
R
G
 
L
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
R
R
 
R
V
 
C
P
 
P
V
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
 
C
M
 
M
N
 
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
G
D
 
P
F
 
G
P
 
P
-
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
A
G
 
E
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
A
V
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
P
Q
 
G
A
 
I
G
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
P
T
 
T
Q
 
A
A
 
Q
E
 
D
M
 
W
E
 
A
E
 
D
I
 
L
N
 
V
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
H
A
 
Y
D
 
E
L
 
V
Y
 
V
T
 
T

6sczA Mycobacterium tuberculosis alanine racemase inhibited by dcs (see paper)
34% identity, 86% coverage: 48:397/409 of query aligns to 8:360/373 of 6sczA

query
sites
6sczA
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
V
R
 
R
T
 
V
L
 
L
Q
 
R
A
 
-
E
 
E
L
 
H
A
 
A
G
 
G
K
 
H
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
T
L
 
R
V
 
V
M
 
A
P
 
Q
S
 
T
I
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
A
C
 
E
V
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
N
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
D
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
A
V
x
W
R
 
L
L
 
H
A
 
P
S
 
P
L
 
G
S
 
I
E
 
D
L
 
F
E
 
G
D
 
P
G
 
A
L
 
L
Q
 
L
Y
 
A
D
 
D
M
 
V
E
 
Q
E
 
V
L
 
A
V
 
V
G
 
S
S
 
S
A
 
L
E
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
R
Q
 
Q
A
 
L
D
 
D
A
 
E
I
 
L
-
 
L
-
 
H
-
 
A
A
 
V
A
 
R
R
 
R
H
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
A
R
 
T
I
 
V
H
 
T
M
 
V
A
 
K
L
 
V
N
 
D
S
 
T
S
 
-
G
 
G
M
 
L
S
 
N
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
G
M
 
P
A
 
A
T
 
Q
W
 
F
S
 
P
G
 
A
R
 
M
G
 
L
E
 
T
A
 
A
L
 
L
-
 
R
Q
 
Q
I
 
A
T
 
M
D
 
A
Q
 
E
K
 
D
H
 
A
L
 
V
K
 
R
L
 
L
V
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
T
 
S
H
|
H
F
 
M
A
 
V
V
 
Y
E
 
A
D
 
D
K
 
K
-
 
P
D
|
D
D
 
D
V
 
S
R
 
I
K
 
N
G
 
D
L
 
V
A
 
Q
A
 
A
F
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
R
T
 
F
D
 
T
W
 
A
L
 
F
I
 
L
K
 
A
H
 
Q
A
 
A
R
 
R
L
 
E
D
 
Q
R
 
G
S
 
V
K
 
R
L
 
F
T
 
E
L
 
V
-
 
A
H
 
H
A
 
L
A
 
S
N
|
N
S
|
S
F
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
M
E
x
A
V
 
R
P
|
P
E
 
D
A
 
L
R
 
T
L
 
F
D
 
D
M
 
L
V
 
V
R
|
R
T
 
P
G
|
G
G
x
I
A
 
A
L
 
V
F
 
Y
G
 
G
-
 
L
D
 
S
T
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
L
T
 
G
E
 
D
Y
 
M
K
 
G
-
 
L
-
 
V
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
T
F
 
V
K
 
K
S
 
C
H
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
L
V
 
V
H
 
K
S
 
S
Y
 
I
P
 
R
A
 
A
G
 
G
N
 
E
T
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
H
T
 
T
F
 
W
T
 
I
L
 
A
A
 
P
R
 
R
D
 
D
S
 
T
R
 
N
L
 
L
A
 
A
N
 
L
I
 
L
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
V
R
 
F
R
 
R
V
 
S
F
 
L
T
 
G
N
 
G
K
 
R
G
 
L
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
R
R
 
R
V
 
C
P
 
P
V
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
x
C
M
|
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
G
D
 
P
F
 
G
P
 
P
-
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
A
G
 
E
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
A
V
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
P
Q
 
G
A
 
I
G
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
P
T
 
T
Q
 
A
A
 
Q
E
 
D
M
 
W
E
 
A
E
 
D
I
 
L
N
 
V
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
H
A
x
Y
D
 
E
L
 
V
Y
 
V
T
 
T

1xfcA The 1.9 a crystal structure of alanine racemase from mycobacterium tuberculosis contains a conserved entryway into the active site (see paper)
33% identity, 86% coverage: 48:397/409 of query aligns to 6:353/366 of 1xfcA

query
sites
1xfcA
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
G
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
V
R
 
R
T
 
V
L
 
L
Q
 
R
A
 
-
E
 
E
L
 
H
A
 
A
G
 
G
K
 
H
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
T
L
 
R
V
 
V
M
 
A
P
 
Q
S
 
T
I
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
A
C
 
E
V
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
N
 
V
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
D
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
V
V
 
L
R
 
A
V
x
W
R
 
L
L
 
H
A
 
P
S
 
P
L
 
G
S
 
I
E
 
D
L
 
F
E
 
G
D
 
P
G
 
A
L
 
L
Q
 
L
Y
 
A
D
 
D
M
 
V
E
 
Q
E
 
V
L
 
A
V
 
V
G
 
S
S
 
S
A
 
L
E
 
-
F
 
-
A
 
-
R
 
R
Q
 
Q
A
 
L
D
 
D
A
 
E
I
 
L
-
 
L
-
 
H
-
 
A
A
 
V
A
 
R
R
 
R
H
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
A
R
 
T
I
 
V
H
 
T
M
 
V
A
 
K
L
 
V
N
 
D
S
 
T
S
 
-
G
 
G
M
 
L
S
 
N
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
G
M
 
P
A
 
A
T
 
Q
W
 
F
S
 
P
G
 
A
R
 
M
G
 
L
E
 
T
A
 
A
L
 
L
-
 
R
Q
 
Q
I
 
A
T
 
M
D
 
A
Q
 
E
K
 
D
H
 
A
L
 
V
K
 
R
L
 
L
V
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
T
 
S
H
|
H
F
 
M
A
 
P
V
 
D
E
 
D
D
 
S
K
 
I
D
 
N
D
 
D
V
 
V
R
 
Q
K
 
A
G
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
R
T
 
F
D
 
T
W
 
A
L
 
F
I
 
L
K
 
A
H
 
Q
A
 
A
R
 
R
L
 
E
D
 
Q
R
 
G
S
 
V
K
 
R
L
 
F
T
 
E
L
 
V
-
 
A
H
 
H
A
 
L
A
 
S
N
 
N
S
|
S
F
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
M
E
 
A
V
 
R
P
 
P
E
 
D
A
 
L
R
 
T
L
 
F
D
 
D
M
 
L
V
 
V
R
|
R
T
 
P
G
|
G
G
x
I
A
 
A
L
 
V
F
 
Y
G
 
G
-
 
L
D
 
S
T
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
L
T
 
G
E
 
D
Y
 
M
K
 
G
-
 
L
-
 
V
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
T
F
 
V
K
 
K
S
 
C
H
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
L
V
 
V
H
 
K
S
 
S
Y
 
I
P
 
R
A
 
A
G
 
G
N
 
E
T
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
D
 
G
R
 
H
T
 
T
F
 
W
T
 
I
L
 
A
A
 
P
R
 
R
D
 
D
S
 
T
R
 
N
L
 
L
A
 
A
N
 
L
I
 
L
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
V
R
 
F
R
 
R
V
 
S
F
 
L
T
 
G
N
 
G
K
 
R
G
 
L
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
R
R
 
R
V
 
C
P
 
P
V
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
x
C
M
 
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
M
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
G
D
 
P
F
 
G
P
 
P
-
 
L
D
 
D
V
 
V
K
 
A
G
 
E
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
A
V
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
P
Q
 
G
A
 
I
G
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
P
T
 
T
Q
 
A
A
 
Q
E
 
D
M
 
W
E
 
A
E
 
D
I
 
L
N
 
V
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
H
A
x
Y
D
 
E
L
 
V
Y
 
V
T
 
T

4lusB Alanine racemase [clostridium difficile 630] (see paper)
28% identity, 82% coverage: 45:380/409 of query aligns to 7:333/374 of 4lusB

query
sites
4lusB
W
 
W
V
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
A
 
L
S
 
D
A
 
N
L
 
L
Q
 
R
H
 
F
N
 
N
I
 
L
R
 
N
T
 
N
L
 
I
Q
 
K
A
 
N
E
 
L
L
 
L
A
 
E
G
 
E
K
 
D
S
 
I
K
 
K
L
 
I
C
 
C
A
 
G
V
 
V
L
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
V
L
 
E
V
 
V
M
 
A
P
 
K
S
 
L
I
 
L
I
 
E
A
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
V
P
 
D
C
 
Y
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
R
N
 
T
E
 
A
E
 
E
A
 
G
R
 
I
V
 
E
V
 
L
R
 
R
A
 
Q
S
 
N
G
 
G
F
 
I
T
|
T
G
 
L
Q
x
P
L
 
I
V
 
L
R
 
N
V
 
L
R
 
G
L
 
Y
A
 
T
S
 
P
L
 
D
S
 
E
E
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
G
 
S
L
 
I
Q
 
K
Y
 
N
D
x
K
M
 
I
E
 
T
E
 
M
L
 
T
V
 
V
G
 
Y
S
 
S
A
 
L
E
 
E
F
 
T
A
 
A
R
 
Q
Q
 
K
A
 
I
D
 
N
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
K
R
 
S
H
 
L
G
 
G
K
 
E
T
 
K
L
 
A
R
x
C
I
 
V
H
 
H
M
 
V
A
 
K
L
 
I
N
 
D
S
 
-
S
 
S
G
 
G
M
 
F
S
 
Q
R
 
P
N
 
N
G
 
E
V
 
E
E
 
S
M
 
V
A
 
Q
T
 
-
W
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
E
A
 
I
L
 
I
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
D
 
K
Q
 
L
K
 
E
H
 
Y
L
 
I
K
 
D
L
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
M
M
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
T
E
 
A
D
 
D
K
 
E
D
 
E
D
 
-
V
 
-
R
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
Y
A
 
T
F
 
Y
N
 
K
E
 
Q
Q
 
A
T
 
N
D
 
N
W
 
Y
L
 
K
I
 
F
K
 
M
H
 
S
A
 
D
R
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
E
S
 
A
K
 
G
L
 
V
T
 
K
L
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
K
H
 
H
A
 
V
A
 
S
N
 
N
S
 
S
F
 
A
A
 
A
T
 
I
L
 
M
E
 
D
V
 
C
P
 
P
E
 
D
A
 
L
R
 
R
L
 
L
D
 
N
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
A
G
 
G
G
 
I
A
 
I
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
-
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
S
-
 
D
D
 
D
T
 
V
V
 
F
P
 
K
A
 
D
R
 
R
T
 
L
E
 
E
Y
 
L
K
 
R
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
K
F
 
L
K
 
K
S
 
S
H
 
K
V
 
I
A
 
G
A
 
H
V
 
I
H
 
K
S
 
Q
Y
 
V
P
 
E
A
 
P
G
 
G
N
 
V
T
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
L
T
 
K
F
 
Y
T
 
T
L
 
T
A
 
T
R
 
G
D
 
K
S
 
E
R
 
T
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
V
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
F
R
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
Q
T
 
K
N
 
N
K
 
P
G
 
-
H
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
K
G
 
G
H
 
E
R
 
V
V
 
F
P
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
x
C
M
 
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
R
V
 
I
T
 
D
D
 
K
F
 
D
P
 
I
D
 
D
V
 
I
K
 
K
G
 
V
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
E
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
T

4lutA Alanine racemase [clostridium difficile 630] complex with cycloserine (see paper)
28% identity, 82% coverage: 45:380/409 of query aligns to 7:334/375 of 4lutA

query
sites
4lutA
W
 
W
V
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
A
 
L
S
 
D
A
 
N
L
 
L
Q
 
R
H
 
F
N
 
N
I
 
L
R
 
N
T
 
N
L
 
I
Q
 
K
A
 
N
E
 
L
L
 
L
A
 
E
G
 
E
K
 
D
S
 
I
K
 
K
L
 
I
C
 
C
A
 
G
V
 
V
L
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
V
L
 
E
V
 
V
M
 
A
P
 
K
S
 
L
I
 
L
I
 
E
A
 
K
Q
 
E
G
 
K
V
 
V
P
 
D
C
 
Y
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
R
N
 
T
E
 
A
E
 
E
A
 
G
R
 
I
V
 
E
V
 
L
R
 
R
A
 
Q
S
 
N
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
L
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
N
V
x
L
R
 
G
L
 
Y
A
 
T
S
 
P
L
 
D
S
 
E
E
 
A
L
 
F
E
 
E
D
 
D
G
 
S
L
 
I
Q
 
K
Y
 
N
D
 
K
M
 
I
E
 
T
E
 
M
L
 
T
V
 
V
G
 
Y
S
 
S
A
 
L
E
 
E
F
 
T
A
 
A
R
 
Q
Q
 
K
A
 
I
D
 
N
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
K
R
 
S
H
 
L
G
 
G
K
 
E
T
 
K
L
 
A
R
 
C
I
 
V
H
 
H
M
 
V
A
 
K
L
 
I
N
 
D
S
 
F
S
 
Q
G
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
-
M
 
-
A
 
P
T
 
N
W
 
E
S
 
E
G
 
S
R
 
V
G
 
Q
E
 
E
A
 
I
L
 
I
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
D
 
K
Q
 
L
K
 
E
H
 
Y
L
 
I
K
 
D
L
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
M
M
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
T
E
 
-
D
 
-
K
 
A
D
 
D
D
 
E
V
 
V
R
 
S
K
 
K
G
 
E
L
 
Y
A
 
-
A
 
T
F
 
Y
N
 
K
E
 
Q
Q
 
A
T
 
N
D
 
N
W
 
Y
L
 
K
I
 
F
K
 
M
H
 
S
A
 
D
R
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
E
S
 
A
K
 
G
L
 
V
T
 
K
L
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
K
H
 
H
A
 
V
A
 
S
N
 
N
S
|
S
F
 
A
A
 
A
T
 
I
L
 
M
E
 
D
V
 
C
P
 
P
E
 
D
A
 
L
R
 
R
L
 
L
D
 
N
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
A
G
|
G
G
x
I
A
 
I
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
-
 
H
-
 
Y
-
 
P
-
 
S
-
 
D
D
 
D
T
 
V
V
 
F
P
 
K
A
 
D
R
 
R
T
 
L
E
 
E
Y
 
L
K
 
R
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
K
F
 
L
K
 
K
S
 
S
H
 
K
V
 
I
A
 
G
A
 
H
V
 
I
H
 
K
S
 
Q
Y
 
V
P
 
E
A
 
P
G
 
G
N
 
V
T
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
L
T
 
K
F
 
Y
T
 
T
L
 
T
A
 
T
R
 
G
D
 
K
S
 
E
R
 
T
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
V
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
F
R
 
T
R
 
R
V
 
I
F
 
Q
T
 
K
N
 
N
K
 
P
G
 
-
H
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
I
N
 
K
G
 
G
H
 
E
R
 
V
V
 
F
P
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
x
C
M
|
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
I
M
 
M
V
 
V
D
 
R
V
 
I
T
 
D
D
 
K
F
 
D
P
 
I
D
 
D
V
 
I
K
 
K
G
 
V
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
K
 
E
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
G
E
 
E
I
 
V
T
 
T

Sites not aligning to the query:

5yycA Crystal structure of alanine racemase from bacillus pseudofirmus (of4) (see paper)
26% identity, 89% coverage: 43:405/409 of query aligns to 8:364/368 of 5yycA

query
sites
5yycA
N
 
N
A
 
T
W
 
Y
V
 
A
E
 
Q
V
 
I
S
 
S
A
 
L
S
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
H
 
E
N
 
N
I
 
A
R
 
A
T
 
S
L
 
F
Q
 
K
A
 
A
E
 
S
L
 
L
A
 
Q
G
 
S
K
 
P
S
 
A
-
 
C
K
 
R
L
 
L
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
V
L
 
A
V
 
A
M
 
A
P
 
S
S
 
S
I
 
A
I
 
L
A
 
N
Q
 
G
G
 
G
V
 
A
P
 
D
C
 
Y
V
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
I
N
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
I
V
 
E
V
 
L
R
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
F
 
V
T
 
E
G
 
A
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
V
V
 
L
R
 
G
L
 
Y
A
 
T
S
 
S
L
 
P
S
 
H
E
 
A
L
 
L
E
 
R
D
 
E
G
 
A
L
 
I
Q
 
S
Y
 
R
D
 
N
M
 
I
E
 
T
E
 
L
L
 
T
V
 
V
G
 
F
S
 
S
A
 
T
E
 
D
F
 
V
A
 
R
R
 
D
Q
 
A
A
 
L
D
 
L
A
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
S
R
 
E
H
 
A
G
 
E
K
 
S
T
 
P
L
 
I
R
 
K
I
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
K
L
 
-
N
 
T
S
 
E
S
 
T
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
V
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
M
 
T
A
 
-
T
 
-
W
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
K
G
 
E
E
 
E
A
 
L
L
 
L
Q
 
D
I
 
V
T
 
M
-
 
T
-
 
P
-
 
L
-
 
Y
D
 
H
Q
 
H
K
 
N
H
 
N
L
 
I
K
 
E
L
 
V
V
 
E
A
 
G
L
 
I
M
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
E
E
 
A
D
 
D
K
 
N
D
 
L
D
 
Q
V
 
S
R
 
T
K
 
Y
G
 
T
L
 
D
A
 
E
A
 
Q
F
 
F
N
 
A
E
 
R
Q
 
F
T
 
L
D
 
S
W
 
F
L
 
I
I
 
E
K
 
A
H
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
D
D
 
D
R
 
M
S
 
H
K
 
V
L
 
P
T
 
I
L
 
K
H
 
H
A
 
C
A
 
C
N
|
N
S
|
S
F
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
F
V
 
H
P
 
K
E
 
D
A
 
K
R
 
H
L
 
L
D
 
D
M
 
M
V
 
V
R
|
R
T
 
V
G
|
G
G
x
I
A
 
S
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
L
T
 
R
V
 
P
P
 
D
A
 
V
R
 
S
T
 
L
E
 
E
Y
 
F
K
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
L
-
 
T
R
 
Q
A
 
A
M
 
M
Q
 
R
F
 
L
K
 
F
S
 
S
H
 
S
V
 
I
A
 
V
A
 
S
V
 
L
H
 
R
S
 
K
Y
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
S
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
R
T
 
T
F
 
H
T
 
K
L
 
L
A
 
S
R
 
S
D
 
E
S
 
K
R
 
V
L
 
V
A
 
A
N
 
T
I
 
M
T
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
L
R
 
S
R
 
R
V
 
A
F
 
L
T
 
S
N
 
N
K
 
K
G
 
G
H
 
F
V
 
V
L
 
T
I
 
L
N
 
H
G
 
G
H
 
Q
R
 
K
V
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
T
M
 
M
V
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
D
F
 
I
P
 
P
D
 
D
V
 
A
K
 
A
G
 
L
G
 
G
N
 
D
E
 
H
V
 
V
V
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
E
I
 
F
T
 
P
Q
 
I
A
 
D
E
 
E
M
 
M
E
 
A
E
 
E
I
 
L
N
 
T
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
D
 
E
L
 
I
Y
 
V
T
 
C
V
 
A
W
 
V
G
 
S
N
 
K
S
 
R
N
 
V
P
 
P
K
 
R

2vd9A The crystal structure of alanine racemase from bacillus anthracis (ba0252) with bound l-ala-p (see paper)
28% identity, 89% coverage: 43:408/409 of query aligns to 6:371/386 of 2vd9A

query
sites
2vd9A
N
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
I
Q
 
Y
H
 
N
N
 
N
I
 
V
R
 
T
T
 
H
L
 
I
Q
 
K
A
 
E
E
 
F
L
 
I
A
 
P
G
 
S
K
 
D
S
 
V
K
 
E
L
 
I
C
 
F
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
I
 
Y
G
 
V
L
 
P
V
 
V
M
 
A
P
 
K
S
 
I
I
 
A
I
 
L
A
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
T
C
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
F
N
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
V
V
 
L
R
 
R
A
 
R
S
 
A
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
V
V
 
L
R
 
G
L
 
P
A
 
S
S
 
P
L
 
P
S
 
R
E
 
D
L
 
I
E
 
N
D
 
V
G
 
A
L
 
A
Q
 
E
Y
 
N
D
 
D
M
 
V
E
 
A
E
 
L
L
 
T
V
 
V
G
 
F
S
 
Q
A
 
K
E
 
E
F
 
W
A
 
V
R
 
D
Q
 
E
A
 
-
D
 
-
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
L
R
 
W
H
 
D
G
 
G
-
 
S
K
 
S
T
 
T
L
 
M
R
 
K
I
 
Y
H
 
H
M
 
I
A
 
N
L
 
F
N
 
D
S
 
-
S
 
S
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
I
G
 
G
V
 
I
-
 
R
E
 
E
M
 
R
A
 
K
T
 
E
W
 
L
S
 
K
G
 
G
R
 
F
G
 
L
E
 
K
A
 
S
L
 
L
Q
 
E
I
 
-
T
 
-
D
 
G
Q
 
A
K
 
P
H
 
F
L
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
V
M
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
T
E
 
A
D
 
D
K
 
E
D
 
V
D
 
E
V
 
T
R
 
S
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
K
 
K
G
 
Q
L
 
Y
A
 
N
A
 
T
F
 
F
N
 
L
E
 
E
Q
 
Q
T
 
L
D
 
S
W
 
W
L
 
L
I
 
-
K
 
K
H
 
E
A
 
F
R
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
P
S
 
K
K
 
-
L
 
-
T
 
F
L
 
V
H
 
H
A
 
T
A
 
A
N
|
N
S
|
S
F
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
R
V
 
F
P
 
Q
E
 
G
A
 
I
R
 
T
L
 
F
D
 
N
M
 
A
V
 
V
R
|
R
T
 
I
G
|
G
G
x
I
A
 
A
L
 
M
F
 
Y
G
 
G
D
 
L
T
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
R
-
 
P
-
 
F
V
 
L
P
 
P
A
 
F
R
 
K
T
 
L
E
 
E
Y
 
-
K
 
-
R
 
P
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
F
 
L
K
 
H
S
 
T
H
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
H
V
 
I
H
 
K
S
 
Q
Y
 
V
P
 
I
A
 
K
G
 
G
N
 
D
T
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
D
 
N
R
 
V
T
 
T
F
 
Y
T
 
R
L
 
T
A
 
K
R
 
T
D
 
E
S
 
E
R
 
W
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
V
T
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
R
 
L
R
 
R
V
 
R
F
 
L
T
 
Q
N
 
G
K
 
-
G
 
F
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
V
N
 
N
G
 
G
H
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
T
M
|
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
M
V
 
I
D
 
H
V
 
L
T
 
P
D
 
-
F
 
-
P
 
C
D
 
E
V
 
V
K
 
P
G
 
L
G
 
G
N
x
T
E
x
K
V
 
V
V
 
T
L
 
L
F
 
I
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
A
 
G
G
 
D
G
 
E
E
 
Y
I
 
I
T
 
S
Q
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
Y
N
 
S
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
D
 
E
L
 
I
Y
 
I
T
 
T
V
 
T
W
 
I
G
 
S
N
 
F
S
 
R
N
 
V
P
 
P
K
 
R
I
 
I
L
 
F
V
 
I

2vd8A The crystal structure of alanine racemase from bacillus anthracis (ba0252) (see paper)
28% identity, 89% coverage: 43:408/409 of query aligns to 7:372/387 of 2vd8A

query
sites
2vd8A
N
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
D
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
I
Q
 
Y
H
 
N
N
 
N
I
 
V
R
 
T
T
 
H
L
 
I
Q
 
K
A
 
E
E
 
F
L
 
I
A
 
P
G
 
S
K
 
D
S
 
V
K
 
E
L
 
I
C
 
F
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
I
 
Y
G
 
V
L
 
P
V
 
V
M
 
A
P
 
K
S
 
I
I
 
A
I
 
L
A
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
T
C
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
F
N
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
V
V
 
L
R
 
R
A
 
R
S
 
A
G
 
G
F
 
I
T
 
T
G
 
A
Q
 
P
L
 
I
V
 
L
R
 
V
V
 
L
R
 
G
L
 
P
A
 
S
S
 
P
L
 
P
S
 
R
E
 
D
L
 
I
E
 
N
D
 
V
G
 
A
L
 
A
Q
 
E
Y
 
N
D
 
D
M
 
V
E
 
A
E
 
L
L
 
T
V
 
V
G
 
F
S
 
Q
A
 
K
E
 
E
F
 
W
A
 
V
R
 
D
Q
 
E
A
 
-
D
 
-
A
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
L
R
 
W
H
 
D
G
 
G
-
 
S
K
 
S
T
 
T
L
 
M
R
 
K
I
 
Y
H
 
H
M
 
I
A
 
N
L
 
F
N
 
D
S
 
-
S
 
S
G
 
G
M
 
M
S
 
G
R
|
R
N
 
I
G
 
G
V
 
I
-
 
R
E
 
E
M
 
R
A
 
K
T
 
E
W
 
L
S
 
K
G
 
G
R
 
F
G
 
L
E
 
K
A
 
S
L
 
L
Q
 
E
I
 
-
T
 
-
D
 
G
Q
 
A
K
 
P
H
 
F
L
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
E
A
 
G
L
 
V
M
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
T
E
 
A
D
 
D
K
 
E
D
 
V
D
 
E
V
 
T
R
 
S
-
 
Y
-
 
F
-
 
D
K
 
K
G
 
Q
L
 
Y
A
 
N
A
 
T
F
 
F
N
 
L
E
 
E
Q
 
Q
T
 
L
D
 
S
W
 
W
L
 
L
I
 
-
K
 
K
H
 
E
A
 
F
R
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
P
S
 
K
K
 
-
L
 
-
T
 
F
L
 
V
H
 
H
A
 
T
A
 
A
N
 
N
S
|
S
F
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
R
V
 
F
P
 
Q
E
 
G
A
 
I
R
 
T
L
 
F
D
 
N
M
 
A
V
 
V
R
|
R
T
 
I
G
|
G
G
x
I
A
 
A
L
 
M
F
 
Y
G
 
G
D
 
L
T
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
R
-
 
P
-
 
F
V
 
L
P
 
P
A
 
F
R
 
K
T
 
L
E
 
E
Y
 
-
K
 
-
R
 
P
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
F
 
L
K
 
H
S
 
T
H
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
H
V
 
I
H
 
K
S
 
Q
Y
 
V
P
 
I
A
 
K
G
 
G
N
 
D
T
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
D
 
N
R
 
V
T
 
T
F
 
Y
T
 
R
L
 
T
A
 
K
R
 
T
D
 
E
S
 
E
R
 
W
L
 
I
A
 
A
N
 
T
I
 
V
T
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
R
 
L
R
 
R
V
 
R
F
 
L
T
 
Q
N
 
G
K
 
-
G
 
F
H
 
E
V
 
V
L
 
L
I
 
V
N
 
N
G
 
G
H
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
G
K
 
R
V
 
V
S
x
T
M
 
M
N
x
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
M
V
 
I
D
 
H
V
 
L
T
 
P
D
 
-
F
 
-
P
 
C
D
 
E
V
 
V
K
 
P
G
 
L
G
 
G
N
 
T
E
 
K
V
 
V
V
 
T
L
 
L
F
 
I
G
 
G
K
 
R
Q
 
Q
A
 
G
G
 
D
G
 
E
E
 
Y
I
 
I
T
 
S
Q
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
V
E
 
A
E
 
E
I
 
Y
N
 
S
G
 
G
A
 
T
L
 
I
L
 
N
A
x
Y
D
 
E
L
 
I
Y
 
I
T
 
T
V
 
T
W
 
I
G
 
S
N
 
F
S
 
R
N
 
V
P
 
P
K
 
R
I
 
I
L
 
F
V
 
I

1vfsA Crystal structure of d-cycloserine-bound form of alanine racemase from d-cycloserine-producing streptomyces lavendulae (see paper)
28% identity, 90% coverage: 42:408/409 of query aligns to 4:374/383 of 1vfsA

query
sites
1vfsA
S
 
T
N
 
R
A
 
V
W
 
Y
V
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
D
A
 
L
S
 
D
A
 
A
L
 
V
Q
 
R
H
 
A
N
 
N
I
 
V
R
 
R
T
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
E
 
R
L
 
-
A
 
A
G
 
P
K
 
R
S
 
S
K
 
A
L
 
L
C
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
V
K
|
K
A
 
S
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
I
 
A
G
 
V
L
 
P
V
 
C
M
 
A
P
 
R
S
 
A
I
 
A
I
 
Q
A
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
A
P
 
A
C
 
W
V
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
S
 
T
N
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
L
V
 
E
V
 
L
R
 
R
A
 
A
S
 
A
G
 
G
F
 
I
T
 
Q
G
 
G
Q
 
R
L
 
I
V
 
M
R
 
C
V
x
W
R
 
L
L
 
W
A
 
T
S
 
P
L
 
G
S
 
G
E
 
P
L
 
W
E
 
R
D
 
E
G
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
T
D
 
D
M
 
I
E
 
D
E
 
V
L
 
S
V
 
V
G
 
S
S
 
G
A
 
M
E
 
W
F
 
A
A
 
L
R
 
D
Q
 
E
A
 
V
D
 
R
A
 
A
I
 
A
A
 
A
A
 
R
R
 
A
H
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
A
R
 
R
I
 
I
H
 
Q
M
 
L
A
 
K
L
 
A
N
 
D
S
 
T
S
 
-
G
 
G
M
 
L
S
 
G
R
|
R
N
 
N
G
 
G
V
 
C
E
 
Q
M
 
P
A
 
A
T
 
D
W
 
W
S
 
A
G
 
E
R
 
L
-
 
V
G
 
G
E
 
A
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
I
 
A
T
 
Q
D
 
A
Q
 
E
K
 
G
H
 
T
L
 
V
K
 
Q
L
 
V
V
 
T
A
 
G
L
 
V
M
 
W
T
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
V
 
C
E
 
A
D
 
D
K
 
E
D
 
P
-
 
G
-
 
H
-
 
P
D
 
S
V
 
I
R
 
R
K
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
D
A
 
A
F
 
F
N
 
R
E
 
D
Q
 
M
T
 
L
D
 
A
W
 
Y
L
 
A
I
 
E
K
 
K
H
 
E
A
 
G
R
 
V
L
 
D
D
 
P
R
 
E
S
 
V
K
 
R
L
 
-
T
 
-
L
 
-
H
 
H
A
 
I
A
 
A
N
 
N
S
|
S
F
 
P
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
T
R
 
H
L
 
F
D
 
D
M
 
L
V
 
V
R
|
R
T
 
T
G
|
G
G
 
L
A
 
A
L
 
V
F
 
Y
G
 
G
D
 
V
T
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
G
V
 
T
P
 
P
A
 
A
R
 
Q
T
 
L
E
 
G
Y
 
L
K
 
R
R
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
T
F
 
L
K
 
R
S
 
A
H
 
S
V
 
L
A
 
A
A
 
L
V
 
V
H
 
K
S
 
T
Y
 
V
P
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
H
T
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
D
 
G
R
 
H
T
 
H
F
 
Y
T
 
V
L
 
T
A
 
E
R
 
S
D
 
E
S
 
T
R
 
H
L
 
L
A
 
A
N
 
L
I
 
V
T
 
P
V
 
A
G
 
G
Y
|
Y
S
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
R
 
P
R
 
R
V
 
N
F
 
A
T
 
S
N
 
G
K
 
R
G
 
G
H
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
V
N
 
A
G
 
G
H
 
K
R
 
I
V
 
R
P
 
R
V
 
A
V
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
I
S
 
A
M
|
M
N
 
D
T
 
Q
L
 
F
M
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
G
D
 
E
F
 
-
P
 
-
D
 
D
V
 
L
-
 
A
K
 
E
G
 
A
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
G
 
G
K
 
D
Q
 
A
A
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
P
T
 
T
Q
 
A
A
 
E
E
 
D
M
 
W
E
 
A
E
 
Q
I
 
A
N
 
A
G
 
H
A
 
T
L
 
I
L
 
A
A
x
Y
D
 
E
L
 
I
Y
 
V
T
 
T
V
 
R
W
 
I
G
 
G
N
 
G
S
 
R
N
 
V
P
 
P
K
 
R
I
 
V
L
 
Y
V
 
L

Query Sequence

>PP_3722 FitnessBrowser__Putida:PP_3722
MPFRRTLLAASLALLITGQAPLYAAPPLSMDNGTNTLTVQNSNAWVEVSASALQHNIRTL
QAELAGKSKLCAVLKADAYGHGIGLVMPSIIAQGVPCVAVASNEEARVVRASGFTGQLVR
VRLASLSELEDGLQYDMEELVGSAEFARQADAIAARHGKTLRIHMALNSSGMSRNGVEMA
TWSGRGEALQITDQKHLKLVALMTHFAVEDKDDVRKGLAAFNEQTDWLIKHARLDRSKLT
LHAANSFATLEVPEARLDMVRTGGALFGDTVPARTEYKRAMQFKSHVAAVHSYPAGNTVG
YDRTFTLARDSRLANITVGYSDGYRRVFTNKGHVLINGHRVPVVGKVSMNTLMVDVTDFP
DVKGGNEVVLFGKQAGGEITQAEMEEINGALLADLYTVWGNSNPKILVD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory