SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3846 FitnessBrowser__Putida:PP_3846 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3klcB Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase (see paper)
32% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 1:255/261 of 3klcB

query
sites
3klcB
M
 
V
K
 
K
I
 
V
E
 
A
L
 
Y
V
 
V
Q
 
Q
L
 
M
S
 
N
G
 
P
R
 
Q
D
 
I
G
 
L
D
 
E
T
 
P
A
 
D
Y
 
K
N
 
N
L
 
Y
E
 
S
R
 
K
T
 
A
L
 
E
Q
 
K
A
 
L
I
 
I
A
 
K
T
 
E
C
 
A
A
 
S
V
 
K
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
L
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
D
M
 
T
G
 
G
-
 
Y
-
 
N
F
 
F
A
 
E
S
 
T
A
 
R
Q
 
E
Q
 
E
L
 
V
A
 
F
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
P
 
K
V
 
I
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
E
S
 
T
V
 
T
Q
 
T
A
 
F
V
 
L
Q
 
M
R
 
D
A
 
V
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
T
N
 
G
V
 
V
S
 
Y
A
 
I
V
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
K
D
 
D
S
 
G
G
 
D
T
 
V
V
 
L
Y
 
Y
N
|
N
T
 
S
S
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
G
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
I
x
F
A
 
I
L
 
G
S
x
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
 
F
P
 
Y
S
 
R
E
|
E
R
 
K
G
 
F
L
 
F
F
 
F
Q
 
E
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
L
Y
 
G
V
 
F
T
 
R
A
 
V
L
 
F
W
 
D
K
 
L
G
 
G
-
 
F
I
 
M
R
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
I
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
|
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
Q
 
L
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
T
 
P
N
 
A
G
x
N
N
x
L
M
 
V
D
x
M
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
P
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
-
T
 
R
A
 
A
I
 
M
M
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
A
 
V
F
 
Y
A
 
T
V
 
V
M
 
T
V
 
A
N
 
D
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
G
 
-
D
 
E
E
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
K
F
 
F
A
 
I
G
 
G
G
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
I
V
 
A
D
 
S
P
 
P
F
 
K
G
 
A
R
 
E
T
 
V
L
 
L
F
 
S
E
 
M
A
 
A
G
 
S
R
 
E
A
 
T
E
 
E
C
 
E
R
 
E
Q
 
V
-
 
G
V
 
V
V
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
V
R
 
R
T
 
N
A
 
K
R
 
R
H
 
I
E
 
N
-
 
D
-
 
L
Y
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
F
G
 
K
D
 
D
R
|
R
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3klcA Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase (see paper)
32% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 1:255/261 of 3klcA

query
sites
3klcA
M
 
V
K
|
K
I
 
V
E
 
A
L
 
Y
V
 
V
Q
 
Q
L
 
M
S
 
N
G
 
P
R
 
Q
D
 
I
G
 
L
D
x
E
T
 
P
A
x
D
Y
x
K
N
 
N
L
 
Y
E
 
S
R
 
K
T
 
A
L
 
E
Q
 
K
A
 
L
I
 
I
A
 
K
T
 
E
C
 
A
A
 
S
V
 
K
D
 
Q
-
x
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
L
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
D
M
 
T
G
 
G
-
 
Y
-
 
N
F
 
F
A
 
E
S
 
T
A
 
R
Q
 
E
Q
 
E
L
 
V
A
 
F
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
P
 
K
V
 
I
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
E
S
 
T
V
 
T
Q
 
T
A
 
F
V
 
L
Q
 
M
R
 
D
A
 
V
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
T
N
 
G
V
 
V
S
 
Y
A
 
I
V
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
K
D
 
D
S
 
G
G
 
D
T
 
V
V
 
L
Y
 
Y
N
|
N
T
 
S
S
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
T
x
G
P
|
P
Q
x
R
G
 
G
I
x
F
A
x
I
L
x
G
S
x
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
 
F
P
 
Y
S
 
R
E
|
E
R
 
K
G
 
F
L
 
F
F
 
F
Q
 
E
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
L
Y
 
G
V
 
F
T
x
R
A
x
V
L
 
F
W
 
D
K
 
L
G
 
G
-
 
F
I
 
M
R
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
I
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
Q
 
L
L
x
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
T
 
P
N
 
A
G
x
N
N
x
L
M
 
V
D
x
M
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
P
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
-
T
 
R
A
 
A
I
 
M
M
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
A
 
V
F
 
Y
A
 
T
V
 
V
M
 
T
V
 
A
N
 
D
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
G
 
-
D
 
E
E
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
K
F
 
F
A
 
I
G
 
G
G
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
I
V
 
A
D
 
S
P
 
P
F
 
K
G
 
A
R
 
E
T
 
V
L
 
L
F
 
S
E
 
M
A
 
A
G
 
S
R
 
E
A
 
T
E
 
E
C
 
E
R
 
E
Q
 
V
-
 
G
V
 
V
V
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
V
R
 
R
T
 
N
A
 
K
R
 
R
H
 
I
E
 
N
-
 
D
-
 
L
Y
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
F
G
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R

Q9UYV8 Nitrilase; PaNit; EC 3.5.5.1 from Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (see paper)
32% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 2:256/262 of Q9UYV8

query
sites
Q9UYV8
M
 
V
K
 
K
I
 
V
E
 
A
L
 
Y
V
 
V
Q
 
Q
L
 
M
S
 
N
G
 
P
R
 
Q
D
 
I
G
 
L
D
 
E
T
 
P
A
 
D
Y
 
K
N
 
N
L
 
Y
E
 
S
R
 
K
T
 
A
L
 
E
Q
 
K
A
 
L
I
 
I
A
 
K
T
 
E
C
 
A
A
 
S
V
 
K
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
D
M
 
T
G
 
G
-
 
Y
-
 
N
F
 
F
A
 
E
S
 
T
A
 
R
Q
 
E
Q
 
E
L
 
V
A
 
F
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
P
 
K
V
 
I
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
E
S
 
T
V
 
T
Q
 
T
A
 
F
V
 
L
Q
 
M
R
 
D
A
 
V
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
T
N
 
G
V
 
V
S
 
Y
A
 
I
V
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
K
D
 
D
S
 
G
G
 
D
T
 
V
V
 
L
Y
 
Y
N
 
N
T
 
S
S
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
G
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
I
 
F
A
 
I
L
 
G
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
 
F
P
 
Y
S
 
R
E
 
E
R
 
K
G
 
F
L
 
F
F
 
F
Q
 
E
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
L
Y
 
G
V
 
F
T
 
R
A
 
V
L
 
F
W
 
D
K
 
L
G
 
G
-
 
F
I
 
M
R
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
M
I
 
I
C
|
C
Y
 
F
D
 
D
I
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
Q
 
L
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
A
V
 
H
T
 
P
N
 
A
G
 
N
N
 
L
M
 
V
D
 
M
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
P
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
-
T
 
R
A
 
A
I
 
M
M
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
K
A
 
V
F
 
Y
A
 
T
V
 
V
M
 
T
V
 
A
N
 
D
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
G
 
-
D
 
E
E
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
K
F
 
F
A
 
I
G
 
G
G
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
I
V
 
A
D
 
S
P
 
P
F
 
K
G
 
A
R
 
E
T
 
V
L
 
L
F
 
S
E
 
M
A
 
A
G
 
S
R
 
E
A
 
T
E
 
E
C
 
E
R
 
E
Q
 
V
-
 
G
V
 
V
V
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
Y
L
 
L
L
 
V
R
 
R
T
 
N
A
 
K
R
 
R
H
 
I
E
 
N
-
 
D
-
 
L
Y
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
F
G
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R

7ovgA The c146a variant of an amidase from pyrococcus horikoshii with bound acetamide (see paper)
31% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 3:257/263 of 7ovgA

query
sites
7ovgA
M
 
V
K
 
K
I
 
V
E
 
G
L
 
Y
V
 
I
Q
 
Q
L
 
M
S
 
E
G
 
P
R
 
K
D
 
I
G
 
L
D
 
E
T
 
L
A
 
D
Y
 
K
N
 
N
L
 
Y
E
 
S
R
 
K
T
 
A
L
 
E
Q
 
K
A
 
L
I
 
I
A
 
K
T
 
E
C
 
A
A
 
S
V
 
K
D
 
E
-
 
G
T
 
A
D
 
K
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
L
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
D
M
 
T
G
 
G
-
x
Y
-
 
N
F
 
F
A
 
E
S
 
S
A
 
R
Q
 
E
Q
 
E
L
 
V
A
 
F
E
 
D
I
 
V
A
 
A
E
 
Q
P
 
Q
V
 
I
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
E
S
 
T
V
 
T
Q
 
T
A
 
F
V
 
L
Q
 
M
R
 
E
A
 
L
V
 
A
H
 
R
E
 
E
R
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
Y
A
 
I
V
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
K
D
 
S
S
 
G
G
 
N
T
 
Y
V
 
L
Y
 
Y
N
 
N
T
 
S
S
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
G
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
I
 
Y
A
 
I
L
 
G
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
x
F
P
 
Y
S
 
R
E
|
E
R
 
K
G
 
V
L
 
F
F
 
F
Q
 
E
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
L
Y
 
G
V
 
F
T
 
K
A
 
V
L
 
F
W
 
D
K
 
I
G
 
G
I
 
F
-
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
M
I
 
I
C
x
A
Y
x
F
D
 
D
I
 
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
Q
 
L
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
A
V
 
H
T
 
P
N
 
A
G
x
N
N
 
L
M
 
V
D
 
M
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
P
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
-
T
 
R
A
 
A
I
 
M
M
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
R
A
 
V
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
M
 
T
V
 
A
N
 
D
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
G
 
-
D
 
E
E
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
K
F
 
F
A
 
I
G
 
G
G
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
I
V
 
A
D
 
S
P
 
P
F
 
K
G
 
A
R
 
E
T
 
V
L
 
L
F
 
S
E
 
I
A
 
A
G
 
S
R
 
E
A
 
T
E
 
E
C
 
E
R
 
E
-
 
I
Q
 
G
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
N
L
 
L
L
 
A
R
 
R
T
 
N
A
 
K
R
 
R
H
 
L
E
 
N
-
 
D
-
 
M
Y
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
F
G
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R

6ypaB The c146a variant of an amidase from pyrococcus horikoshii with bound glutaramide
31% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 9:263/269 of 6ypaB

query
sites
6ypaB
M
 
V
K
 
K
I
 
V
E
 
G
L
 
Y
V
 
I
Q
 
Q
L
 
M
S
 
E
G
 
P
R
 
K
D
 
I
G
 
L
D
 
E
T
 
L
A
 
D
Y
 
K
N
 
N
L
 
Y
E
 
S
R
 
K
T
 
A
L
 
E
Q
 
K
A
 
L
I
 
I
A
 
K
T
 
E
C
 
A
A
 
S
V
 
K
D
 
E
-
 
G
T
 
A
D
 
K
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
L
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
D
M
 
T
G
 
G
-
x
Y
-
 
N
F
 
F
A
 
E
S
 
S
A
 
R
Q
 
E
Q
 
E
L
 
V
A
 
F
E
 
D
I
 
V
A
 
A
E
 
Q
P
 
Q
V
 
I
-
 
P
N
 
E
G
 
G
P
 
E
S
 
T
V
 
T
Q
 
T
A
 
F
V
 
L
Q
 
M
R
 
E
A
 
L
V
 
A
H
 
R
E
 
E
R
 
L
N
 
G
V
 
L
S
 
Y
A
 
I
V
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
K
D
 
S
S
 
G
G
 
N
T
 
Y
V
 
L
Y
 
Y
N
 
N
T
 
S
S
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
G
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
I
 
Y
A
 
I
L
 
G
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
x
F
P
 
Y
S
 
R
E
|
E
R
 
K
G
 
V
L
 
F
F
 
F
Q
 
E
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
L
Y
 
G
V
 
F
T
 
K
A
 
V
L
 
F
W
 
D
K
 
I
G
 
G
I
 
F
-
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
L
 
M
I
 
I
C
x
A
Y
x
F
D
 
D
I
x
W
E
 
F
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
A
Q
 
L
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
L
 
A
V
 
H
T
 
P
N
 
A
G
x
N
N
x
L
M
x
V
D
x
M
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
P
 
P
V
 
-
H
 
-
R
 
-
T
 
R
A
 
A
I
 
M
M
 
P
A
 
I
R
 
R
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
N
 
N
Q
 
R
A
 
V
F
 
Y
A
 
T
V
 
I
M
 
T
V
 
A
N
 
D
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
E
G
 
-
D
 
E
E
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
K
F
 
F
A
 
I
G
 
G
G
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
I
V
 
A
D
 
S
P
 
P
F
 
K
G
 
A
R
 
E
T
 
V
L
 
L
F
 
S
E
 
I
A
 
A
G
 
S
R
 
E
A
 
T
E
 
E
C
 
E
R
 
E
-
 
I
Q
 
G
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
N
L
 
L
L
 
A
R
 
R
T
 
N
A
 
K
R
 
R
H
 
L
E
 
N
-
 
D
-
 
M
Y
 
N
D
 
D
Y
 
I
L
 
F
G
 
K
D
 
D
R
 
R
R
 
R

P11436 Aliphatic amidase; Acylamide amidohydrolase; EC 3.5.1.4 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see 2 papers)
32% identity, 77% coverage: 34:241/271 of query aligns to 53:267/346 of P11436

query
sites
P11436
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
F
P
 
P
E
|
E
T
 
Y
Q
 
S
L
 
L
M
 
Q
G
 
G
F
 
I
A
 
M
-
 
Y
S
 
D
A
 
P
Q
 
A
Q
 
E
L
 
M
A
 
M
E
 
E
I
 
T
A
 
A
E
 
V
P
 
A
V
 
I
N
 
P
G
 
G
P
 
E
S
 
E
V
 
T
Q
 
E
A
 
I
V
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
C
H
 
R
E
 
K
R
 
A
N
 
N
V
 
V
S
 
W
A
 
G
V
 
V
I
 
F
G
 
S
L
 
L
A
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
H
-
 
E
E
 
E
N
 
H
D
 
P
S
 
R
G
 
K
T
 
A
V
 
P
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
S
 
L
L
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
D
P
 
N
Q
 
N
G
 
G
-
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
Q
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
I
L
 
P
W
 
W
P
 
C
S
 
P
E
 
I
R
 
E
G
 
G
L
 
W
F
 
Y
Q
 
P
Q
 
G
G
 
G
D
 
Q
R
 
T
Y
 
Y
V
 
V
T
 
S
A
 
E
L
 
G
W
 
P
K
 
K
G
 
G
I
 
M
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
L
 
I
I
 
I
C
|
C
Y
 
D
D
 
D
I
 
G
E
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
S
 
I
A
 
W
R
 
R
A
 
D
L
 
C
G
 
A
Q
 
M
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
V
V
 
R
T
 
C
N
 
Q
G
 
G
N
 
Y
M
 
M
D
 
Y
P
 
P
Y
 
A
G
 
K
P
 
D
V
 
Q
H
 
Q
R
 
V
T
 
M
A
 
M
I
 
A
M
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
A
Q
 
W
E
 
A
N
 
N
Q
 
N
A
 
C
F
 
Y
A
 
V
V
 
A
M
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
A
V
 
A
G
 
G
D
 
F
G
 
-
D
 
D
E
 
G
G
 
V
L
 
Y
V
 
S
F
 
Y
A
 
F
G
 
G
G
 
H
S
 
S
A
 
A
A
 
I
V
 
I
D
 
G
P
 
F
F
 
D
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
C
G
 
G
R
 
E
A
 
E
E
 
E
C
 
M
R
 
G
-
 
I
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
A
E
 
Q
L
 
L
D
 
S
L
 
L
D
 
S
L
 
Q
L
 
I
R
 
R
T
 
D
A
 
A
R
 
R

Q9NQR4 Omega-amidase NIT2; Nitrilase homolog 2; EC 3.5.1.3 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
29% identity, 75% coverage: 49:251/271 of query aligns to 51:265/276 of Q9NQR4

query
sites
Q9NQR4
A
 
A
Q
 
K
Q
 
Y
L
 
F
A
 
P
E
 
E
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
P
G
 
G
P
 
E
S
 
S
V
 
T
Q
 
Q
A
 
K
V
 
L
Q
 
S
R
 
E
A
 
V
V
 
A
H
 
K
E
 
E
R
 
C
N
 
S
V
 
I
S
 
Y
A
 
L
V
 
I
I
 
G
G
 
G
-
 
S
L
 
I
A
 
P
E
 
E
N
 
E
D
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
K
V
 
L
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
S
 
C
L
 
A
L
 
V
V
 
F
T
 
G
P
 
P
Q
 
D
G
 
G
I
 
T
A
 
L
L
 
L
S
 
A
-
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
H
L
 
L
W
x
F
P
x
D
-
x
I
-
x
D
-
x
V
-
x
P
-
x
G
-
x
K
-
x
I
-
x
T
-
x
F
S
x
Q
E
|
E
R
 
S
G
 
K
L
 
T
F
 
L
Q
 
S
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
S
Y
 
F
V
 
S
T
 
T
A
 
F
L
 
D
W
 
T
K
 
P
G
 
Y
I
 
C
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
L
L
 
G
I
 
I
C
|
C
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
E
 
R
F
 
F
P
 
A
E
 
E
S
 
L
A
 
A
R
 
Q
A
 
I
L
 
Y
G
 
A
Q
 
Q
L
 
R
G
 
G
A
 
C
E
 
Q
L
 
L
I
 
L
L
 
V
V
 
Y
T
 
P
N
 
G
G
 
A
N
 
F
M
 
N
D
 
L
P
 
T
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
A
H
 
H
R
 
W
T
 
E
A
 
L
I
 
L
M
 
Q
-
 
R
A
 
S
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
D
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
F
 
Y
A
 
V
V
 
A
M
 
T
V
 
A
N
 
S
R
 
P
V
 
A
G
 
R
D
 
D
G
 
D
D
 
K
E
 
A
G
 
S
L
 
Y
V
 
V
F
 
A
A
 
W
G
 
G
G
 
H
S
 
S
A
 
T
A
 
V
V
 
V
D
 
N
P
 
P
F
 
W
G
 
G
R
 
E
T
x
V
L
 
L
F
 
A
E
 
K
A
 
A
G
 
G
R
 
T
A
 
E
E
 
E
C
 
A
R
 
I
Q
 
V
V
 
Y
V
 
S
E
 
D
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
K
L
 
K
L
 
L
R
 
A
T
 
E
A
 
I
R
 
R
H
 
Q
E
 
Q
Y
 
I
D
 
P
Y
 
V
L
 
F
G
 
R
D
 
Q
R
 
K
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4izuA The e41q mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 showing the result of michael addition of acrylamide at the active site cysteine
31% identity, 90% coverage: 1:243/271 of query aligns to 2:248/254 of 4izuA

query
sites
4izuA
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
x
P
A
x
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
x
Q
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
x
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
x
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
x
A
S
x
A
V
 
R
Q
 
S
A
x
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
 
P
D
 
E
S
 
G
G
x
P
T
x
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
 
T
S
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
|
E
R
 
K
G
 
A
L
x
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
|
C
Y
|
Y
D
 
D
I
 
V
E
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
 
L
M
 
A
D
 
G
P
 
D
Y
 
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
A
D
 
D
L
 
Y
L
 
L
R
 
Q
T
 
D
A
 
R
R
 
R
H
 
A
E
 
E

4iztA The e41q mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 showing covalent addition of the acetamide moiety of fluoroacetamide at the active site cysteine
31% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 10:255/263 of 4iztA

query
sites
4iztA
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
 
P
A
 
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
 
Q
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
x
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
 
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
 
A
S
 
A
V
 
R
Q
 
S
A
 
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
 
P
D
 
E
S
 
G
G
 
P
T
 
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
 
T
S
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
 
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
 
E
R
 
K
G
 
A
L
 
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
 
C
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
x
L
M
x
A
D
 
G
P
 
D
Y
x
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
E
 
D
Y
 
A
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R

Q9RQ17 Aliphatic amidase; Acylamide amidohydrolase; Wide spectrum amidase; EC 3.5.1.4 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 14:241/271 of query aligns to 33:267/348 of Q9RQ17

query
sites
Q9RQ17
D
 
E
T
 
N
A
 
A
Y
 
K
N
 
N
L
 
I
E
 
A
R
 
N
T
 
M
L
 
I
Q
 
V
A
 
G
I
 
M
A
 
K
T
 
Q
C
 
G
A
 
L
V
 
P
D
 
G
T
 
M
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
I
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
Y
Q
 
S
L
 
T
M
 
M
G
 
G
F
 
I
A
 
M
-
 
Y
S
 
D
A
 
R
Q
 
K
Q
 
E
L
 
M
A
 
F
E
 
E
I
 
T
A
 
A
E
 
T
P
 
T
V
 
I
N
 
P
G
 
G
P
 
P
S
 
E
V
 
T
Q
 
E
A
 
I
V
 
F
Q
 
A
R
 
E
A
 
A
V
 
C
H
 
R
E
 
K
R
 
A
N
 
N
V
 
T
S
 
W
A
 
G
V
 
V
I
 
F
G
 
S
L
 
L
A
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
Q
-
 
H
-
 
E
E
 
E
N
 
H
D
 
P
S
 
H
G
 
K
T
 
N
V
 
P
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
S
 
L
L
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
N
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
-
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
Q
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
T
 
I
H
 
I
L
 
P
W
 
W
P
 
C
S
 
P
E
 
I
R
 
E
G
 
G
L
 
W
F
 
Y
Q
 
P
Q
 
G
G
 
D
D
 
T
R
 
T
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
E
L
 
G
W
 
P
K
 
K
G
 
G
I
 
I
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
L
 
I
I
 
I
C
 
C
Y
 
D
D
 
D
I
 
G
E
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
S
 
I
A
 
W
R
 
R
A
 
D
L
 
C
G
 
A
Q
 
M
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
V
V
 
R
T
 
C
N
 
Q
G
 
G
N
 
Y
M
 
M
D
 
Y
P
 
P
Y
 
A
G
 
K
P
 
E
V
 
Q
H
 
Q
R
 
I
T
 
M
A
 
M
I
 
A
M
 
K
A
 
T
R
 
M
A
 
A
Q
 
W
E
 
A
N
 
N
Q
 
N
A
 
V
F
 
Y
A
 
V
V
 
A
M
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
A
V
 
T
G
 
G
D
 
F
G
 
-
D
 
D
E
 
G
G
 
V
L
 
Y
V
 
S
F
 
Y
A
 
F
G
 
G
G
 
H
S
 
S
A
 
A
A
 
I
V
 
I
D
 
G
P
 
F
F
 
D
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
C
G
 
G
R
 
E
A
 
E
E
 
E
C
 
N
R
 
G
-
 
I
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
S
L
 
Q
L
 
I
R
 
R
T
 
D
A
 
F
R
 
R

Sites not aligning to the query:

5nycA A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to propionitrile
31% identity, 90% coverage: 1:243/271 of query aligns to 9:255/261 of 5nycA

query
sites
5nycA
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
x
P
A
x
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
 
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
x
A
S
x
A
V
 
R
Q
 
S
A
x
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
 
P
D
 
E
S
 
G
G
 
P
T
 
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
 
T
S
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
 
E
R
 
K
G
 
A
L
 
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
I
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
x
L
M
 
A
D
 
G
P
 
D
Y
 
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
A
D
 
D
L
 
Y
L
 
L
R
 
Q
T
 
D
A
 
R
R
 
R
H
 
A
E
 
E

4izsA The c145a mutant of the amidase from nesterenkonia sp. An1 in complex with butyramide
31% identity, 90% coverage: 1:243/271 of query aligns to 9:255/261 of 4izsA

query
sites
4izsA
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
 
P
A
 
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
x
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
 
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
 
A
S
 
A
V
 
R
Q
 
S
A
 
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
 
P
D
 
E
S
 
G
G
 
P
T
 
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
 
T
S
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
|
E
R
 
K
G
 
A
L
 
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
I
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
x
L
M
 
A
D
 
G
P
 
D
Y
 
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
A
D
 
D
L
 
Y
L
 
L
R
 
Q
T
 
D
A
 
R
R
 
R
H
 
A
E
 
E

5nybA A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to adipamide
31% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 9:254/262 of 5nybA

query
sites
5nybA
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
 
P
A
 
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
x
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
 
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
 
A
S
 
A
V
 
R
Q
 
S
A
 
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
 
P
D
 
E
S
 
G
G
 
P
T
 
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
 
T
S
 
A
L
 
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
|
E
R
 
K
G
 
A
L
 
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
I
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
x
L
M
 
A
D
 
G
P
 
D
Y
x
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
E
 
D
Y
 
A
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R

5ny7A A c145a mutant of nesterenkonia an1 amidase bound to nicotinamide
31% identity, 93% coverage: 1:251/271 of query aligns to 9:254/262 of 5ny7A

query
sites
5ny7A
M
 
M
K
 
R
I
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
Q
L
 
H
S
 
T
G
 
A
R
 
R
D
 
P
G
 
L
D
 
D
T
 
P
A
 
Q
Y
 
H
N
 
N
L
 
L
E
 
D
R
 
L
T
 
I
L
 
D
Q
 
D
A
 
A
I
 
A
A
 
A
T
 
R
C
 
A
A
 
S
V
 
E
D
 
Q
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
T
P
 
P
E
|
E
T
 
L
Q
 
F
L
 
G
M
 
F
G
 
G
F
x
Y
A
 
V
S
 
P
A
 
S
Q
 
Q
Q
 
I
L
 
C
A
 
A
E
 
Q
I
 
V
A
 
S
E
 
A
P
 
E
V
 
Q
N
 
V
G
 
D
P
 
A
S
 
A
V
x
R
Q
 
S
A
 
R
V
 
L
Q
 
R
R
 
G
A
 
I
V
 
A
H
 
R
E
 
D
R
 
R
N
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
W
G
 
S
L
 
L
A
 
P
E
 
G
N
x
P
D
 
E
S
 
G
G
 
P
T
 
E
V
 
Q
Y
 
R
N
 
G
-
 
I
T
|
T
S
 
A
L
x
E
L
 
L
V
 
A
T
 
D
P
 
E
Q
 
H
G
 
G
I
 
E
A
 
V
L
 
L
-
 
A
S
|
S
Y
 
Y
R
 
Q
K
|
K
T
 
V
H
 
Q
L
 
L
W
x
Y
-
 
G
P
 
P
S
 
E
E
|
E
R
 
K
G
 
A
L
 
A
F
 
F
Q
 
V
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
R
 
Q
Y
 
P
V
 
P
T
 
P
A
 
V
L
 
L
-
 
S
W
 
W
K
 
G
G
 
G
I
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
S
I
 
L
L
 
L
I
 
V
C
x
A
Y
|
Y
D
 
D
I
 
V
E
|
E
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
M
A
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
A
G
 
A
Q
 
A
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
P
N
 
T
G
x
A
N
x
L
M
 
A
D
 
G
P
 
D
Y
 
E
G
 
T
P
 
S
V
 
V
H
 
P
R
 
G
T
 
I
A
 
L
I
 
L
M
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
Q
 
V
E
 
E
N
 
N
Q
 
G
A
 
I
F
 
T
A
 
L
V
 
A
M
 
Y
V
 
A
N
 
N
R
 
H
V
 
C
G
 
G
D
 
P
G
 
-
D
 
E
E
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
V
A
 
V
V
 
V
D
 
G
P
 
P
F
 
A
G
 
G
R
 
Q
T
 
P
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
L
G
 
G
R
 
V
A
 
E
E
 
P
C
 
G
R
 
L
Q
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
E
 
D
Y
 
A
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Q
D
 
D
R
 
R
R
 
R

Sites not aligning to the query:

O25067 Aliphatic amidase; Acylamide amidohydrolase; EC 3.5.1.4 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
29% identity, 84% coverage: 18:245/271 of query aligns to 37:269/339 of O25067

query
sites
O25067
N
 
N
L
 
I
E
 
A
R
 
K
T
 
V
L
 
I
Q
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
K
T
 
Q
C
 
G
A
 
L
V
 
P
D
 
G
T
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
I
I
 
I
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
Y
Q
 
S
L
 
T
M
 
H
G
 
G
F
 
I
A
 
M
-
 
Y
S
 
D
A
 
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
M
A
 
F
E
 
D
I
 
T
A
 
A
E
 
A
P
 
S
V
 
V
N
 
P
G
 
G
P
 
E
S
 
E
V
 
T
Q
 
A
A
 
I
V
 
F
Q
 
A
R
 
E
A
 
A
V
 
C
H
 
K
E
 
K
R
 
N
N
 
K
V
 
V
S
 
W
A
 
G
V
 
V
I
 
F
G
 
S
L
 
L
A
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
H
E
 
E
N
 
Q
D
 
A
S
 
K
G
 
K
T
 
N
V
 
P
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
S
 
L
L
 
I
L
 
L
V
 
V
T
 
N
P
 
D
Q
 
K
G
 
G
-
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
Q
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
 
K
T
 
I
H
 
L
L
 
P
W
 
W
P
 
C
S
 
P
E
 
I
R
 
E
G
 
C
L
 
W
F
 
Y
Q
 
P
Q
 
G
G
 
D
D
 
K
R
 
T
Y
 
Y
V
 
V
T
 
V
A
 
D
L
 
G
W
 
P
K
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
S
I
 
L
L
 
I
I
 
I
C
|
C
Y
 
D
D
|
D
I
 
G
E
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
S
 
I
A
 
W
R
 
R
A
 
D
L
 
C
G
 
A
Q
 
M
L
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
V
V
 
R
T
 
C
N
 
Q
G
 
G
N
 
Y
M
 
M
D
 
Y
P
 
P
Y
 
A
G
 
K
P
 
E
V
 
Q
H
 
Q
R
 
I
T
 
A
A
 
I
I
 
V
M
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
A
Q
 
W
E
 
A
N
 
N
Q
 
Q
A
 
C
F
 
Y
A
 
V
V
 
A
M
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
A
V
 
T
G
 
G
D
 
-
G
 
F
D
 
D
E
 
G
G
 
V
L
 
Y
V
 
S
F
 
Y
A
 
F
G
 
G
G
 
H
S
 
S
A
 
S
A
 
I
V
 
I
D
 
G
P
 
F
F
 
D
G
 
G
R
 
H
T
 
T
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
C
G
 
G
R
 
E
A
 
E
E
 
E
C
 
N
-
 
G
R
 
L
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
A
E
 
Q
L
 
L
D
 
S
L
 
V
D
 
Q
L
 
Q
L
 
I
R
 
R
T
 
D
A
 
A
R
 
R
H
 
-
E
 
K
Y
 
Y
D
 
D

4gylA The e142l mutant of the amidase from geobacillus pallidus showing the result of michael addition of acrylamide at the active site cysteine (see paper)
27% identity, 89% coverage: 2:241/271 of query aligns to 28:267/340 of 4gylA

query
sites
4gylA
K
 
K
I
 
A
E
 
E
L
 
V
V
 
I
Q
 
E
L
 
N
S
 
A
G
 
K
R
 
K
D
 
I
G
 
A
D
 
D
T
 
M
A
 
V
Y
 
V
N
 
G
L
 
M
E
 
K
R
 
Q
T
 
G
L
 
L
Q
 
P
A
 
G
I
 
M
A
 
-
T
 
-
C
 
-
A
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
V
F
 
F
P
 
P
E
|
E
T
x
Y
Q
 
S
L
 
T
M
 
M
G
 
G
F
 
I
A
 
M
S
 
Y
A
 
D
Q
 
Q
-
 
D
Q
 
E
L
 
M
A
 
F
E
 
A
I
 
T
A
 
A
E
 
A
P
 
S
V
 
I
N
 
P
G
 
G
P
 
E
S
 
E
V
 
T
Q
 
A
A
 
I
V
 
F
Q
 
A
R
 
E
A
 
A
V
 
C
H
 
K
E
 
K
R
 
A
N
 
D
V
 
T
S
 
W
A
 
G
V
 
V
I
 
F
G
 
S
L
 
L
A
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
H
-
 
E
E
 
D
N
 
H
D
 
P
S
 
N
G
 
K
T
 
A
V
 
P
Y
 
Y
N
|
N
T
 
T
S
 
L
L
 
V
L
 
L
V
 
I
T
 
N
P
 
N
Q
 
K
G
|
G
-
 
E
I
 
I
A
 
V
L
 
Q
S
 
K
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
I
H
 
I
L
x
P
W
|
W
P
 
C
S
 
P
E
 
I
R
x
L
G
 
G
L
x
W
F
 
Y
Q
 
P
Q
 
G
G
 
D
D
 
T
R
 
T
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
A
 
E
L
 
G
W
 
P
K
 
K
G
 
G
I
 
L
R
 
K
V
 
I
G
 
S
I
 
L
L
 
I
I
 
V
C
|
C
Y
x
D
D
 
D
I
 
G
E
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
S
 
I
A
 
W
R
 
R
A
 
D
L
 
C
G
 
A
Q
 
M
L
 
K
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
L
 
V
V
 
R
T
 
C
N
 
Q
G
|
G
N
x
Y
M
|
M
D
 
Y
P
 
P
Y
 
A
G
 
K
P
 
E
V
 
Q
H
 
Q
R
 
I
T
 
M
A
 
M
I
 
A
M
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
A
Q
 
W
E
 
A
N
 
N
Q
 
N
A
 
T
F
 
Y
A
 
V
V
 
A
M
 
V
V
 
A
N
 
N
R
 
A
V
 
T
G
 
G
D
 
-
G
 
F
D
 
D
E
 
G
G
 
V
L
 
Y
V
 
S
F
 
Y
A
 
F
G
 
G
G
 
H
S
 
S
A
 
A
A
 
I
V
 
I
D
 
G
P
 
F
F
 
D
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
G
E
 
E
A
 
C
G
 
G
R
 
T
A
 
E
E
 
E
C
 
N
R
 
G
-
 
I
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
V
D
 
S
L
 
I
D
 
S
L
 
Q
L
 
I
R
 
R
T
 
D
A
 
F
R
 
R

5khaA Structure of glutamine-dependent NAD+ synthetase from acinetobacter baumannii in complex with adenosine diphosphate (adp)
28% identity, 87% coverage: 1:235/271 of query aligns to 3:243/526 of 5khaA

query
sites
5khaA
M
 
F
K
 
K
I
 
V
E
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
Q
L
 
F
S
 
S
G
 
P
R
 
H
D
 
I
G
 
G
D
 
N
T
 
I
A
 
D
Y
 
S
N
 
N
L
 
T
E
 
Q
R
 
K
T
 
M
L
 
I
-
 
E
Q
 
Q
A
 
A
I
 
N
A
 
Q
T
 
A
C
 
K
A
 
K
V
 
Q
D
 
D
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
I
 
I
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
L
Q
 
S
L
 
V
M
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
P
S
 
A
A
 
E
Q
 
D
Q
 
L
L
 
L
A
 
-
E
 
-
I
 
L
A
 
R
E
 
P
P
 
N
V
 
L
N
 
N
G
 
K
P
 
R
S
 
M
V
 
Q
Q
 
K
A
 
A
V
 
F
Q
 
A
R
 
Q
A
 
L
V
 
S
H
 
E
E
 
V
R
 
K
N
 
D
V
 
I
S
 
V
A
 
M
V
 
V
I
 
F
G
 
G
L
 
F
A
 
V
-
 
N
E
 
Q
N
 
T
D
 
E
S
 
D
G
 
G
T
 
Q
V
 
R
Y
 
Y
N
 
N
T
 
S
S
 
A
L
 
A
L
 
-
V
 
V
T
 
M
P
 
K
Q
 
D
G
 
G
I
 
Q
A
 
V
L
 
L
S
 
G
Y
 
V
R
 
F
K
 
N
T
 
K
H
 
H
L
 
N
W
 
L
P
 
P
S
 
N
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
F
-
 
D
E
 
E
R
 
K
G
 
R
L
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
K
G
 
G
D
 
H
R
 
Q
Y
 
H
V
 
L
T
 
V
A
 
F
L
 
E
W
 
Y
K
 
L
G
 
G
I
 
H
R
 
K
V
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
I
 
I
C
 
C
Y
 
E
D
 
D
I
 
I
E
 
W
F
 
S
P
 
I
E
 
N
S
 
T
A
 
V
R
 
K
A
 
Q
L
 
L
G
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
N
A
 
V
E
 
D
L
 
T
I
 
V
L
 
L
V
 
V
T
 
L
N
 
N
G
 
S
N
 
S
M
 
-
D
 
-
P
 
P
Y
 
Y
-
 
E
-
 
V
-
 
G
G
 
K
P
 
P
V
 
Q
H
 
H
R
 
R
T
 
K
A
 
Q
I
 
T
M
 
L
A
 
S
R
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
K
E
 
Q
N
 
L
Q
 
H
A
 
L
F
 
N
A
 
I
V
 
V
M
 
Y
V
 
V
N
 
N
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
D
 
-
G
 
G
D
 
Q
E
 
D
G
 
D
L
 
L
V
 
I
F
 
F
A
 
D
G
 
G
G
 
T
S
 
S
A
 
F
A
 
V
V
 
S
D
 
N
P
 
Q
F
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
I
L
 
A
F
 
L
E
 
Q
A
 
A
-
 
P
G
 
S
R
 
F
A
 
K
E
 
E
C
 
D
R
 
L
Q
 
Y
V
 
I
V
 
A
E
 
E
L
 
F
D
 
D
L
 
R
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5h8jB Crystal structure of medicago truncatula n-carbamoylputrescine amidohydrolase (mtcpa) in complex with cadaverine (see paper)
27% identity, 76% coverage: 46:251/271 of query aligns to 51:280/297 of 5h8jB

query
sites
5h8jB
F
 
F
A
 
C
S
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
-
 
E
-
 
D
L
 
F
A
 
I
E
 
Q
I
 
R
A
 
A
E
 
K
P
 
P
V
 
Y
-
 
K
N
 
D
G
 
H
P
 
P
S
 
T
V
 
I
Q
 
M
A
 
R
V
 
L
Q
 
Q
R
 
K
A
 
L
V
 
A
H
 
K
E
 
E
R
 
L
N
 
G
V
 
V
S
 
V
A
 
I
V
 
P
I
 
V
G
 
S
L
 
F
A
 
F
E
 
E
N
 
E
D
 
A
S
 
N
G
 
N
T
 
A
V
 
H
Y
 
Y
N
|
N
T
 
S
S
 
I
L
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
D
P
 
A
Q
 
D
G
 
G
I
 
T
A
 
D
L
 
L
S
 
G
-
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
|
K
T
 
S
H
 
H
L
 
I
W
 
-
P
|
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
x
Y
S
 
E
E
|
E
R
 
K
G
 
F
L
 
Y
F
 
F
Q
 
N
Q
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
T
-
 
G
Y
 
F
V
 
K
T
 
V
A
 
F
L
 
Q
W
 
T
K
 
K
G
 
Y
I
 
A
R
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
L
 
A
I
 
I
C
|
C
Y
x
W
D
 
D
I
 
Q
E
 
W
F
 
F
P
 
P
E
 
E
S
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
M
G
 
A
Q
 
L
L
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
L
L
 
F
V
 
Y
-
 
P
T
 
T
N
x
A
G
x
I
N
 
G
M
 
S
D
x
E
P
 
P
Y
 
H
G
 
D
P
 
Q
V
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
S
-
 
R
-
 
D
H
 
H
R
 
W
T
 
K
A
 
R
I
 
V
M
 
M
-
 
Q
A
 
G
R
 
H
A
 
A
Q
 
G
E
 
A
N
 
N
Q
 
L
A
 
V
F
 
P
A
 
L
V
 
V
M
 
A
V
 
S
N
 
N
R
 
R
V
 
I
G
 
G
D
 
N
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
H
G
 
G
D
 
K
E
 
S
G
 
E
L
 
I
V
 
K
F
 
F
A
 
Y
G
 
G
G
 
N
S
 
S
A
 
F
A
 
I
V
 
A
D
 
G
P
 
P
F
 
T
G
 
G
R
 
E
T
 
I
L
 
V
F
 
S
E
 
I
A
 
A
-
 
D
G
 
D
R
 
K
A
 
E
E
 
E
C
 
A
R
 
V
Q
 
L
V
 
I
V
 
A
E
 
E
L
 
F
D
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
K
L
 
I
R
 
K
T
 
S
A
 
M
R
 
R
H
 
H
E
 
C
Y
 
W
D
 
G
Y
 
V
L
 
F
G
 
R
D
 
D
R
 
R
R
 
R

Sites not aligning to the query:

5h8iC Crystal structure of medicago truncatula n-carbamoylputrescine amidohydrolase (mtcpa) in complex with n-(dihydroxymethyl)putrescine (see paper)