SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_3951 FitnessBrowser__Putida:PP_3951 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 9 hits to proteins with known functional sites (download)

3k6mC Dynamic domains of succinyl-coa:3-ketoacid-coenzyme a transferase from pig heart. (see paper)
42% identity, 93% coverage: 4:217/231 of query aligns to 2:231/466 of 3k6mC

query
sites
3k6mC
K
 
K
T
 
F
Y
 
Y
E
 
T
S
 
D
I
 
A
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
I
T
 
P
D
 
N
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
|
F
G
 
G
T
 
L
A
 
C
G
 
G
M
 
I
P
 
P
S
 
E
E
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
G
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
A
I
 
V
S
 
S
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
 
G
N
 
V
G
 
D
E
 
N
I
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
R
 
K
K
 
R
V
 
M
V
 
I
C
 
S
S
 
S
F
x
Y
P
 
V
R
 
G
Q
 
E
S
 
N
D
 
A
S
 
E
Y
 
-
V
 
-
F
 
F
D
 
E
E
 
R
L
 
Q
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
V
E
 
E
V
 
L
V
 
T
P
 
P
Q
|
Q
G
 
G
N
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
S
 
T
P
 
S
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
M
 
H
Y
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
R
A
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
K
A
 
A
H
 
W
K
 
K
G
 
A
D
 
D
R
 
Q
W
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
V
T
 
T
Y
 
F
R
 
R
K
 
K
A
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
L
I
 
P
M
 
M
A
 
C
M
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
T
A
 
T
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
D
L
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
E
 
E
H
 
D
I
 
I
I
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
Q
 
H
R
 
R
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Q29551 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial; SCOT; 3-oxoacid CoA-transferase 1; Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase; SCOT-s; Succinate-coenzyme A transferase; Succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase; EC 2.8.3.5 from Sus scrofa (Pig) (see 3 papers)
42% identity, 93% coverage: 4:217/231 of query aligns to 41:270/520 of Q29551

query
sites
Q29551
K
 
K
T
 
F
Y
 
Y
E
 
T
S
 
D
I
 
A
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
I
T
 
P
D
 
N
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
T
 
L
A
x
C
G
 
G
M
 
I
P
 
P
S
 
E
E
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
G
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
A
I
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
G
N
 
V
G
 
D
E
 
N
I
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
R
 
K
K
 
R
V
 
M
V
 
I
C
 
S
S
 
S
F
 
Y
P
 
V
R
 
G
Q
 
E
S
 
N
D
 
A
S
 
E
Y
 
-
V
 
-
F
 
F
D
 
E
E
 
R
L
 
Q
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
V
E
 
E
V
 
L
V
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
S
 
T
P
 
S
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
M
 
H
Y
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
R
A
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
K
A
 
A
H
 
W
K
 
K
G
 
A
D
 
D
R
 
Q
W
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
V
T
 
T
Y
 
F
R
 
R
K
 
K
A
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
L
I
 
P
M
 
M
A
x
C
M
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
T
A
 
T
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
D
L
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
E
 
E
H
 
D
I
 
I
I
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
Q
 
H
R
 
R
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1o9lA Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
42% identity, 93% coverage: 4:217/231 of query aligns to 2:231/468 of 1o9lA

query
sites
1o9lA
K
 
K
T
 
F
Y
 
Y
E
 
T
S
 
D
I
 
A
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
I
T
 
P
D
 
N
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
T
 
L
A
 
C
G
 
G
M
 
I
P
 
P
S
 
E
E
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
G
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
A
I
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
G
N
 
V
G
 
D
E
 
N
I
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
R
 
K
K
 
R
V
 
M
V
 
I
C
 
S
S
 
S
F
 
Y
P
 
V
R
 
G
Q
 
E
S
 
N
D
 
A
S
 
E
Y
 
-
V
 
-
F
 
F
D
 
E
E
 
R
L
 
Q
Y
|
Y
R
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
L
E
 
E
L
x
V
E
|
E
V
x
L
V
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
S
 
T
P
 
S
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
x
S
-
x
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
x
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
M
 
H
Y
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
R
A
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
K
A
 
A
H
 
W
K
 
K
G
 
A
D
 
D
R
 
Q
W
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
V
T
 
T
Y
 
F
R
 
R
K
 
K
A
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
L
I
 
P
M
 
M
A
 
C
M
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
T
A
 
T
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
D
L
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
E
 
E
H
 
D
I
 
I
I
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
Q
 
H
R
 
R
V
 
L
V
 
V

3oxoE Succinyl-coa:3-ketoacid coa transferase from pig heart covalently bound to coa (see paper)
42% identity, 93% coverage: 4:217/231 of query aligns to 2:231/462 of 3oxoE

query
sites
3oxoE
K
 
K
T
 
F
Y
 
Y
E
 
T
S
 
D
I
 
A
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
I
T
 
P
D
 
N
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
V
M
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
T
 
L
A
 
C
G
 
G
M
 
I
P
 
P
S
 
E
E
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
G
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
A
I
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
G
N
 
V
G
 
D
E
 
N
I
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
R
 
K
K
 
R
V
 
M
V
 
I
C
 
S
S
 
S
F
 
Y
P
 
V
R
 
G
Q
 
E
S
 
N
D
 
A
S
 
E
Y
 
-
V
 
-
F
 
F
D
 
E
E
 
R
L
 
Q
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
V
E
 
E
V
 
L
V
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
S
 
T
P
 
S
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
I
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
M
 
H
Y
 
F
V
 
I
L
 
L
E
 
E
M
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
R
A
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
K
A
 
A
H
 
W
K
 
K
G
 
A
D
 
D
R
 
Q
W
 
A
G
 
G
N
 
N
L
 
V
T
 
T
Y
 
F
R
 
R
K
 
K
A
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
L
I
 
P
M
 
M
A
 
C
M
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
T
A
 
T
I
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
D
L
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
E
 
E
H
 
D
I
 
I
I
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
Q
 
H
R
 
R
V
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1k6dB Crystal structure of acetate coa-transferase alpha subunit (see paper)
45% identity, 87% coverage: 18:217/231 of query aligns to 17:214/219 of 1k6dB

query
sites
1k6dB
D
 
D
G
 
G
S
 
M
T
 
T
I
 
I
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
x
M
T
 
G
A
 
I
G
 
G
M
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
R
L
 
L
I
 
V
D
 
E
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
E
T
 
S
G
 
G
A
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
T
I
 
L
I
 
I
S
 
A
N
 
N
N
 
D
A
 
T
G
 
A
N
 
F
G
 
V
E
 
D
I
 
T
G
 
G
L
 
I
A
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
I
M
 
V
A
 
N
G
 
G
S
 
R
V
 
V
R
 
R
K
 
K
V
 
V
V
 
I
C
 
A
S
 
S
F
x
H
-
x
I
-
 
G
-
x
T
-
 
N
P
 
P
R
 
E
Q
 
T
S
 
G
D
 
R
S
 
R
Y
 
M
V
 
I
F
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
Y
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
M
E
 
D
L
 
V
E
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
T
L
 
L
A
 
I
E
 
E
R
 
Q
I
 
I
R
 
R
A
 
C
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
F
F
 
L
S
 
T
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Y
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
V
L
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
T
 
T
R
 
L
E
 
T
I
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
K
M
 
T
Y
 
W
V
 
L
L
 
L
E
 
E
M
 
R
P
 
P
L
 
L
H
 
R
A
 
A
D
 
D
F
 
L
A
 
A
L
 
L
I
 
I
K
 
R
A
 
A
H
 
H
K
 
R
G
 
C
D
 
D
R
 
T
W
 
L
G
 
G
N
 
N
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
K
 
L
A
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
P
I
 
L
M
 
I
A
 
A
M
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
D
T
 
I
A
 
T
I
 
L
A
 
V
Q
 
E
V
 
P
D
 
D
Q
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
E
 
D
H
 
H
I
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
A
F
 
V
V
 
I
Q
 
D
R
 
H
V
 
I
V
 
I

6lp1C Crystal structure of acetate:succinate coa transferase (asct) from trypanosoma brucei. (see paper)
41% identity, 91% coverage: 8:217/231 of query aligns to 8:233/469 of 6lp1C

query
sites
6lp1C
S
 
S
I
 
L
A
 
S
S
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
G
 
D
I
 
I
T
 
K
D
 
N
G
 
G
S
 
A
T
 
T
I
 
L
M
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
T
 
T
A
 
G
G
 
G
M
 
M
P
 
P
S
 
H
E
 
A
L
 
I
I
 
M
D
 
Q
G
 
E
L
 
I
I
 
K
A
 
K
T
 
M
G
 
G
A
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
I
I
 
I
I
 
Y
S
 
S
N
 
D
N
 
G
A
 
A
G
 
G
N
 
V
G
 
D
E
 
G
I
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
F
M
 
E
A
 
N
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
R
 
N
K
 
K
V
 
M
V
 
I
C
 
V
S
 
S
F
 
Y
P
 
-
R
 
-
Q
 
V
S
 
G
D
 
N
S
 
N
Y
 
K
V
 
I
F
 
F
D
 
A
E
 
R
L
 
Q
Y
 
Y
R
 
L
A
 
E
G
 
G
K
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
F
V
 
C
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
M
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
S
 
T
P
 
P
T
 
T
G
 
A
Y
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
V
L
 
L
A
 
Q
E
 
T
G
 
G
-
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
T
R
 
R
E
 
F
I
 
F
D
 
G
G
 
G
R
 
R
M
 
L
Y
 
Y
V
 
C
L
 
L
E
 
E
M
 
N
P
 
A
L
 
I
H
 
K
A
 
T
D
 
D
F
 
F
A
 
S
L
 
I
I
 
V
K
 
K
A
 
A
H
 
W
K
 
K
G
 
G
D
 
D
R
 
R
W
 
C
G
 
G
N
 
N
L
 
L
T
 
V
Y
 
F
R
 
R
K
 
G
A
 
T
A
 
A
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
N
P
 
V
I
 
P
M
 
V
A
 
G
M
 
Q
A
 
C
A
 
G
K
x
Q
T
 
T
A
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
V
 
V
D
 
E
Q
 
N
V
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
N
G
 
G
E
 
D
L
 
I
D
 
D
P
 
P
E
 
D
H
 
E
I
 
V
I
 
H
T
 
L
P
 
P
G
 
G
I
 
V
F
 
Y
V
 
V
Q
x
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Q0S7P9 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase alpha subunit; COCHEA-CoA hydrolase alpha subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
28% identity, 84% coverage: 8:201/231 of query aligns to 10:214/296 of Q0S7P9

query
sites
Q0S7P9
S
 
S
I
 
L
A
 
D
S
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
G
G
 
E
I
 
L
T
 
R
D
 
S
G
 
G
S
 
M
T
 
T
I
 
I
M
 
G
V
 
I
G
 
G
G
 
G
F
 
W
G
 
G
T
 
S
A
 
R
G
 
R
M
 
K
P
 
P
S
 
M
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
R
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
R
T
 
S
G
 
D
A
 
V
R
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
I
 
V
I
 
V
S
 
T
N
 
Y
N
 
-
A
 
-
G
 
G
N
 
G
G
 
P
E
 
D
I
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
-
A
 
-
L
 
L
L
 
C
M
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
K
V
 
V
R
 
T
K
 
K
V
 
A
V
 
Y
C
 
Y
S
 
G
F
 
F
P
 
V
R
 
S
Q
 
L
S
 
D
D
 
S
S
 
A
Y
 
P
V
 
F
F
 
Y
D
 
D
E
 
P
L
 
W
Y
 
F
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
I
E
 
A
L
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
M
P
 
D
Q
x
E
G
 
G
N
 
M
L
 
V
A
 
K
E
 
C
R
 
G
I
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
A
S
 
A
G
 
R
I
 
L
G
 
P
A
 
F
F
 
L
F
 
P
S
 
I
P
 
R
T
 
A
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
D
L
 
V
A
 
R
E
 
R
-
 
F
-
 
W
G
 
G
K
 
D
E
 
E
T
 
L
R
 
R
E
 
T
I
 
V
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
D
 
S
G
 
G
R
 
K
M
 
S
Y
 
E
V
 
T
L
 
L
-
 
I
E
 
A
M
 
M
P
 
P
-
 
A
L
 
L
H
 
N
A
 
L
D
 
D
F
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
H
A
 
L
H
 
N
K
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
K
W
 
H
G
 
G
N
 
N
L
 
A
T
 
A
Y
 
Y
R
 
T
K
 
G
A
 
V
A
 
D
R
 
P
N
 
Y
F
 
F
G
 
D
P
 
D
I
 
L
M
 
Y
A
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
K
A
 
R
I
 
F
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
D
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
E
E
 
E
L
 
L

6co9A Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab cochea-coa complex (see paper)
28% identity, 84% coverage: 8:201/231 of query aligns to 9:213/295 of 6co9A

query
sites
6co9A
S
 
S
I
 
L
A
 
D
S
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
G
G
 
E
I
 
L
T
 
R
D
 
S
G
 
G
S
 
M
T
 
T
I
 
I
M
 
G
V
 
I
G
 
G
G
 
G
F
 
W
G
 
G
T
 
S
A
 
R
G
 
R
M
 
K
P
 
P
S
 
M
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
R
G
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
R
T
 
S
G
 
D
A
 
V
R
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
I
 
V
I
 
V
S
 
T
N
 
Y
N
 
-
A
 
-
G
 
G
N
 
G
G
 
P
E
 
D
I
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
-
A
 
-
L
 
L
L
 
C
M
 
S
A
 
A
G
 
G
S
 
K
V
 
V
R
 
T
K
 
K
V
 
A
V
 
Y
C
 
Y
S
 
G
F
 
F
P
 
V
R
 
S
Q
 
L
S
 
D
D
 
S
S
 
A
Y
 
P
V
 
F
F
x
Y
D
 
D
E
 
P
L
 
W
Y
 
F
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
E
I
 
I
E
 
A
L
 
V
E
 
R
V
 
E
V
 
M
P
 
D
Q
x
E
G
 
G
N
 
M
L
 
V
A
 
K
E
 
C
R
 
G
I
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
A
S
 
A
G
 
R
I
 
L
G
 
P
A
 
F
F
 
L
F
 
P
S
 
I
P
 
R
T
 
A
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
D
L
 
V
A
 
R
E
 
R
-
 
F
-
 
W
G
 
G
K
 
D
E
 
E
T
 
L
R
 
R
E
 
T
I
 
V
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
D
 
S
G
 
G
R
 
K
M
 
S
Y
 
E
V
 
T
L
 
L
-
 
I
E
 
A
M
 
M
P
 
P
-
 
A
L
 
L
H
 
N
A
 
L
D
 
D
F
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
V
K
 
H
A
 
L
H
 
N
K
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
K
W
 
H
G
 
G
N
 
N
L
 
A
T
 
A
Y
 
Y
R
 
T
K
 
G
A
 
V
A
 
D
R
 
P
N
 
Y
F
 
F
G
 
D
P
 
D
I
 
L
M
 
Y
A
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
K
A
 
R
I
 
F
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
D
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
T
G
 
E
E
 
E
L
 
L

2ahvA Crystal structure of acyl-coa transferase from e. Coli o157:h7 (ydif)- thioester complex with coa- 1 (see paper)
29% identity, 91% coverage: 8:217/231 of query aligns to 14:248/512 of 2ahvA

query
sites
2ahvA
S
 
S
I
 
A
A
 
Q
S
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
G
 
Y
I
 
I
T
 
P
D
 
D
G
 
E
S
 
A
T
 
T
I
 
L
M
 
C
V
 
V
G
 
L
G
 
G
F
 
A
G
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
E
T
 
A
A
 
T
G
 
T
M
 
L
P
 
I
S
 
T
E
 
A
L
 
L
I
 
A
D
 
D
G
 
K
L
 
Y
I
 
K
A
 
Q
T
 
T
G
 
Q
A
 
T
-
 
P
R
 
R
D
 
N
L
 
L
T
 
S
I
 
I
I
 
I
S
 
S
N
 
P
N
 
T
A
 
G
-
 
L
-
 
G
G
 
D
N
 
R
G
 
A
E
 
D
I
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
S
A
 
P
L
 
L
L
 
A
M
 
Q
A
 
E
G
 
G
S
 
L
V
 
V
R
 
K
K
 
W
V
 
A
V
 
L
C
 
C
S
 
G
F
 
H
-
 
W
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
P
 
P
R
 
R
Q
 
I
S
 
S
D
 
D
S
 
-
Y
 
-
V
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
L
Y
 
A
R
 
E
A
 
Q
G
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
I
L
 
A
E
 
Y
V
 
N
V
 
Y
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
L
 
L
A
 
T
E
 
Q
R
 
T
I
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
A
S
 
A
-
 
H
-
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
I
-
 
I
-
 
S
-
 
D
-
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
T
F
 
F
F
 
V
S
 
D
P
 
P
T
 
R
G
 
Q
Y
 
Q
G
 
G
T
 
G
L
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
E
-
 
V
G
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
D
R
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
E
 
E
I
 
F
D
 
D
G
 
N
R
 
K
M
 
E
Y
 
Y
V
 
L
L
 
Y
E
 
Y
M
 
K
P
 
A
L
 
I
H
 
A
A
 
P
D
 
D
F
 
I
A
 
A
L
 
F
I
 
I
K
 
R
A
 
A
H
 
T
K
 
T
G
 
C
D
 
D
R
 
S
W
 
E
G
 
G
N
 
Y
L
 
A
T
 
T
Y
 
F
R
 
E
-
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
M
-
 
Y
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
I
-
 
A
K
 
Q
A
 
A
A
 
V
R
 
H
N
 
N
F
 
N
G
 
G
P
 
G
I
 
I
M
 
V
A
 
M
M
 
M
A
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
Q
 
Q
V
 
V
D
 
Q
Q
 
K
V
 
M
V
 
V
E
 
K
L
 
K
G
 
A
E
 
T
L
 
L
D
 
H
P
 
P
E
 
K
H
 
S
I
 
V
I
 
R
T
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
Y
F
 
L
V
 
V
Q
 
D
R
 
I
V
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_3951 FitnessBrowser__Putida:PP_3951
MINKTYESIASAVEGITDGSTIMVGGFGTAGMPSELIDGLIATGARDLTIISNNAGNGEI
GLAALLMAGSVRKVVCSFPRQSDSYVFDELYRAGKIELEVVPQGNLAERIRAAGSGIGAF
FSPTGYGTLLAEGKETREIDGRMYVLEMPLHADFALIKAHKGDRWGNLTYRKAARNFGPI
MAMAAKTAIAQVDQVVELGELDPEHIITPGIFVQRVVAVTGAAASSIAKAV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory