SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_4011 FitnessBrowser__Putida:PP_4011 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q02NB5 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (see 2 papers)
90% identity, 100% coverage: 1:418/418 of query aligns to 1:418/418 of Q02NB5

query
sites
Q02NB5
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
T
G
 
G
T
 
D
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
V
N
 
N
A
 
A
D
 
D
H
 
M
S
 
S
L
 
L
N
 
S
V
 
V
P
 
P
D
 
K
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
I
S
 
S
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
A
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
S
 
S
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
C
 
C
L
 
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
W
F
 
F
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
T
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
x
T
Q
 
E
D
 
N
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
A
V
 
V
D
 
D
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
S
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
R
D
 
D
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
M
K
 
Q
F
 
F
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
N
V
 
V
I
 
V
V
 
V
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
M
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
L
S
 
S
D
 
D
T
 
S
V
 
V
A
 
A
M
 
M
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
I
K
 
K
G
 
G
T
 
T
N
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
M
I
 
I
K
 
A
H
 
K
M
 
M

6c0eA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct
78% identity, 100% coverage: 1:418/418 of query aligns to 2:419/419 of 6c0eA

query
sites
6c0eA
M
 
M
G
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
E
K
 
A
I
 
I
T
 
T
V
 
V
N
 
A
A
 
A
D
 
D
H
 
H
S
|
S
L
|
L
N
x
H
V
 
V
P
 
P
D
 
D
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
P
M
 
M
I
 
I
K
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
N
K
 
K
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
A
T
 
T
Q
 
K
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
G
D
 
D
T
 
Q
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
K
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
M
R
 
K
D
 
K
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
S
 
S
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
I
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
D
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
I
L
 
R
W
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
R
K
 
E
P
 
P
G
 
W
D
 
K
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
Q
A
 
A
G
 
D
S
 
T
P
 
P
E
 
E
A
 
A
N
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
T
E
 
K
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
V
S
 
S
K
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
T
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
K
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
D
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
S
S
 
T
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
|
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
R
D
 
D
E
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
K
L
 
E
L
 
Y
D
 
Q
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
M
K
 
E
F
 
F
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
Q
V
 
I
I
 
I
V
 
I
K
 
N
D
 
D
A
 
V
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
|
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
E
E
 
D
Y
 
Y
D
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
S
D
 
D
T
 
Q
V
 
M
A
 
A
M
 
V
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
K
|
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
N
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
Y
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
I
K
 
R
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
E
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
G
M
 
M
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
L
V
 
V
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
F
 
F
G
 
A
D
 
D
E
 
A
M
 
M
I
 
I
K
 
K
H
 
H
M
 
M

4aj3A 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and NADP - the pseudo-michaelis complex (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 3:416/416 of 4aj3A

query
sites
4aj3A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

P08200 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Escherichia coli (strain K12) (see 9 papers)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 3:416/416 of P08200

query
sites
P08200
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
|
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
|
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
K
|
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
 
D
F
 
F
E
 
E
R
|
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

4ajaA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and thionadp (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 2:415/415 of 4ajaA

query
sites
4ajaA
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
|
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
|
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

1bl5A Isocitrate dehydrogenase from e. Coli single turnover laue structure of rate-limited product complex, 10 msec time resolution (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 1:414/414 of 1bl5A

query
sites
1bl5A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
 
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

1ai3A Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 1:414/414 of 1ai3A

query
sites
1ai3A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
|
G
P
|
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
|
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
 
A
P
|
P
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
|
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

1ai2A Isocitrate dehydrogenase complexed with isocitrate, NADP+, and calcium (flash-cooled) (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 1:414/414 of 1ai2A

query
sites
1ai2A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
|
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

1hj6A Isocitrate dehydrogenase s113e mutant complexed with isopropylmalate, NADP+ and magnesium (flash-cooled) (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 1:414/414 of 1hj6A

query
sites
1hj6A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
x
E
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
|
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

4ajcA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase k100m mutant in complex with alpha-ketoglutarate, calcium(ii) and adenine nucleotide phosphate (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 2:415/415 of 4ajcA

query
sites
4ajcA
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D
 
L
V
 
T
D
 
D
M
 
M
V
 
V
I
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
S
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
K
 
K
A
 
A
G
 
D
S
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
N
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
P
Q
 
E
D
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
K
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
A
V
 
I
D
 
A
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
D
S
 
S
L
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
R
D
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
P
W
 
W
M
 
L
K
 
K
F
 
V
K
 
K
N
 
N
P
 
P
K
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
E
V
 
I
I
 
V
V
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
L
 
I
S
 
S
D
|
D
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
I
S
 
G
D
 
D
T
 
E
V
 
C
A
 
A
M
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
K
 
K
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
S
 
S
V
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
T
 
M
N
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
A
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
Y
|
Y
D
|
D
F
 
F
E
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
L
V
 
L
S
 
K
S
 
C
S
 
S
G
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
D
E
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E
H
 
N
M
 
M

1cw4A Crystal structure of k230m isocitrate dehydrogenase in complex with alpha-ketoglutarate (see paper)
76% identity, 99% coverage: 4:418/418 of query aligns to 2:415/415 of 1cw4A

query
sites
1cw4A
Q
 
S
K
 
K
I
 
V
K
 
V
V
 
V
P
 
P
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
K
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
L
N
 
Q
A
 
-
D
 
N
H
 
G
S
 
K
L
 
L
N
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
S
 
T
P
 
P
V
 
A
M
 
M
I
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
K
 
K
I
 
I
A
 
S
W
 
W
M
 
M
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
K
A
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
E
 
E
T
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
V
 
R
V
 
V
S
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
|
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
R
W
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
P
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
K
 
H
P
 
P
G
 
E
D