SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_4655 FitnessBrowser__Putida:PP_4655 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4whsC 4-fluorocatechol bound to protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 4whsC

query
sites
4whsC
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
E
|
E
T
|
T
L
 
L
I
|
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
|
R
F
|
F
D
|
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

4whrA Anhydride reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 4whrA

query
sites
4whrA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
E
|
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

4whqA Alkylperoxo reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 6.5 (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 4whqA

query
sites
4whqA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
E
|
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

4whoA Resting protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 4whoA

query
sites
4whoA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
|
T
L
 
L
Q
x
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pcmF Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 6- hydroxynicotinic acid n-oxide and cyanide (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pcmF

query
sites
3pcmF
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
N
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
|
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pclA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 2- hydroxyisonicotinic acid n-oxide and cyanide (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pclA

query
sites
3pclA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
|
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pciA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-iodo-4- hydroxybenzoate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pciA

query
sites
3pciA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pchA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-chloro- 4-hydroxybenzoate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pchA

query
sites
3pchA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
|
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pcgC Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with the inhibitor 4-hydroxyphenylacetate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pcgC

query
sites
3pcgC
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pcfA Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-fluro-4- hydroxybenzoate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pcfA

query
sites
3pcfA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pceC Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxyphenylacetate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pceC

query
sites
3pceC
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
|
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3pcbF Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxybenzoate (see paper)
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3pcbF

query
sites
3pcbF
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
N
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
|
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3mi5A Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3mi5A

query
sites
3mi5A
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3mflA Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3mflA

query
sites
3mflA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3lxvB Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3lxvB

query
sites
3lxvB
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
 
M
A
 
A
P
 
P
H
 
H
I
 
I
N
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
|
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

3lxvA Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
98% identity, 100% coverage: 2:201/201 of query aligns to 1:200/200 of 3lxvA

query
sites
3lxvA
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
P
T
 
T
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
W
 
W
N
 
N
C
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
H
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
|
Y
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
H
 
H
L
 
L
V
 
V
R
 
R
D
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
L
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
A
T
 
T
T
 
T
F
 
F
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
E
W
 
W
T
 
T
L
 
L
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
|
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
|
M
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
|
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
H
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
C
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
C
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
|
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F

2buuA Crystal structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 mutant r457s in complex with 4-nitrocatechol
53% identity, 98% coverage: 6:201/201 of query aligns to 2:202/202 of 2buuA

query
sites
2buuA
L
 
L
P
 
K
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
L
L
 
P
E
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
N
 
I
P
 
E
T
 
V
R
 
F
D
 
E
Q
 
H
E
 
N
I
 
L
W
 
D
N
 
N
C
 
N
L
 
L
A
 
V
K
 
Q
P
 
D
D
 
N
A
 
T
P
 
Q
G
 
G
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
L
 
R
L
 
L
I
 
E
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
N
 
L
G
 
G
H
 
L
L
 
P
V
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
V
F
 
L
L
 
I
E
 
E
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
V
Y
|
Y
Q
 
P
D
 
S
A
 
Q
Y
 
A
N
 
D
L
 
T
E
 
Q
N
 
G
A
 
K
-
 
Q
-
 
V
-
 
D
-
 
P
-
 
N
F
 
F
N
 
L
S
 
G
F
 
W
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
G
T
 
A
T
 
D
F
 
F
D
 
G
A
 
T
G
 
G
E
 
F
W
 
W
T
 
S
L
 
F
Q
 
N
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
A
V
|
V
N
 
P
N
 
G
A
 
R
A
 
K
G
 
G
V
 
S
P
 
T
M
x
Q
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
x
S
I
 
L
S
 
I
L
 
I
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
G
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
S
I
 
I
E
 
E
Q
 
W
P
 
A
Q
 
T
R
 
R
R
 
R
E
 
Q
T
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
E
E
 
E
V
 
R
D
 
D
G
 
G
K
 
E
T
 
V
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
N
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
I

2buqA Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 in complex with catechol (see paper)
53% identity, 98% coverage: 6:201/201 of query aligns to 2:202/202 of 2buqA

query
sites
2buqA
L
 
L
P
 
K
E
 
E
T
 
T
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
G
 
G
P
|
P
Y
|
Y
V
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
L
L
 
P
E
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
N
 
I
P
 
E
T
 
V
R
 
F
D
 
E
Q
 
H
E
 
N
I
 
L
W
 
D
N
 
N
C
 
N
L
 
L
A
 
V
K
 
Q
P
 
D
D
 
N
A
 
T
P
 
Q
G
 
G
E
 
Q
H
 
R
I
 
I
L
 
R
L
 
L
I
 
E
G
 
G
H
 
Q
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
N
 
L
G
 
G
H
 
L
L
 
P
V
 
L
R
 
R
D
 
D
S
 
V
F
 
L
L
 
I
E
 
E
V
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
V
Y
|
Y
Q
 
P
D
 
S
A
 
Q
Y
 
A
N
 
D
L
 
T
E
 
Q
N
 
G
A
 
K
-
 
Q
-
 
V
-
 
D
-
 
P
-
 
N
F
 
F
N
 
L
S
 
G
F
 
W
G
 
G
R
 
R
T
 
T
A
 
G
T
 
A
T
 
D
F
 
F
D
 
G
A
 
T
G
 
G
E
 
F
W
 
W
T
 
S
L
 
F
Q
 
N
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
A
V
|
V
N
 
P
N
 
G
A
 
R
A
 
K
G
 
G
V
 
S
P
 
T
M
x
Q
A
 
A
P
 
P
H
|
H
I
 
I
N
x
S
I
 
L
S
 
I
L
 
I
F
 
F
A
 
A
R
 
R
G
 
G
I
 
I
N
 
N
I
 
I
H
 
G
L
 
L
H
 
H
T
 
T
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
K
 
K
C
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
S
I
 
I
E
 
E
Q
 
W
P
 
A
Q
 
T
R
 
R
R
 
R
E
 
Q
T
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
R
C
 
E
E
 
E
V
 
R
D
 
D
G
 
G
K
 
E
T
 
V
A
 
V
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
N
E
 
E
T
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
I

2buqB Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 in complex with catechol (see paper)
33% identity, 83% coverage: 32:198/201 of query aligns to 57:233/238 of 2buqB

query
sites
2buqB
R
 
K
D
 
D
Q
 
N
E
 
D
I
 
L
W
 
I
N
 
L
C
 
N
L
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
D
D
 
G
A
 
L
P
 
P
-
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
R
I
 
V
L
 
I
L
 
V
I
 
H
G
 
G
H
 
Y
V
 
V
Y
 
R
D
 
D
G
 
Q
N
 
F
G
 
G
H
 
R
L
 
P
V
 
V
R
 
K
D
 
N
S
 
A
F
 
L
L
 
V
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
A
 
A
N
 
S
G
 
G
E
 
R
Y
|
Y
Q
 
R
-
 
H
-
 
P
-
 
N
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
-
 
I
-
 
G
N
 
A
L
 
M
E
 
D
N
 
P
A
 
N
F
 
F
N
 
G
S
 
G
F
 
C
G
 
G
R
 
R
T
 
M
A
 
L
T
 
T
T
 
D
F
 
-
D
 
D
A
 
N
G
 
G
E
 
Y
W
 
Y
T
 
V
L
 
F
Q
 
R
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
P
V
x
Y
-
 
P
-
 
W
N
 
R
N
 
N
A
 
R
A
 
I
G
 
N
V
 
E
P
 
W
M
x
R
A
 
P
P
 
A
H
|
H
I
 
I
N
x
H
I
 
F
S
 
S
L
 
L
F
 
I
A
 
A
R
 
D
G
 
G
I
 
W
N
 
A
I
 
Q
H
 
R
L
 
L
H
 
I
T
 
S
R
 
Q
L
 
F
Y
 
Y
F
 
F
D
 
E
D
 
G
E
 
D
A
 
T
Q
 
L
A
 
I
N
 
D
A
 
S
K
 
-
C
 
C
P
 
P
V
 
I
L
 
L
N
 
K
L
 
T
I
 
I
E
 
P
Q
 
S
P
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
E
 
R
T
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
L
R
 
E
-
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
N
-
 
F
C
 
I
E
 
E
V
 
A
D
 
D
G
 
S
K
 
R
T
 
-
A
 
C
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
G
 
G
E
 
R
G
 
R
E
 
A
T
 
T
V
 
Y
F
 
F

2bumB Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 (see paper)
33% identity, 83% coverage: 32:198/201 of query aligns to 57:233/238 of 2bumB

query
sites
2bumB
R
 
K
D
 
D
Q
 
N
E
 
D
I
 
L
W
 
I
N
 
L
C
 
N
L
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
D
D
 
G
A
 
L
P
 
P
-
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
R
I
 
V
L
 
I
L
 
V
I
 
H
G
 
G
H
 
Y
V
 
V
Y
 
R
D
 
D
G
 
Q
N
 
F
G
 
G
H
 
R
L
 
P
V
 
V
R
 
K
D
 
N
S
 
A
F
 
L
L
 
V
E
 
E
V
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
A
 
A
N
 
S
G
 
G
E
 
R
Y
|
Y
Q
 
R
-
 
H
-
 
P
-
 
N
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
-
 
I
-
 
G
N
 
A
L
 
M
E
 
D
N
 
P
A
 
N
F
 
F
N
 
G
S
 
G
F
 
C
G
 
G
R
 
R
T
 
M
A
 
L
T
 
T
T
 
D
F
 
-
D
 
D
A
 
N
G
 
G
E
 
Y
W
 
Y
T
 
V
L
 
F
Q
 
R
T
 
T
V
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
V
 
P
V
x
Y
-
 
P
-
 
W
N
 
R
N
 
N
A
 
R
A
 
I
G
 
N
V
 
E
P
 
W
M
x
R
A
 
P
P
 
A
H
|
H
I
 
I
N
x
H
I
 
F
S
 
S
L
 
L
F
 
I
A
 
A
R
 
D
G
 
G
I
 
W
N
 
A
I
 
Q
H
 
R
L
 
L
H
 
I
T
 
S
R
 
Q
L
 
F
Y
 
Y
F
 
F
D
 
E
D
 
G
E
 
D
A
 
T
Q
 
L
A
 
I
N
 
D
A
 
S
K
 
-
C
 
C
P
 
P
V
 
I
L
 
L
N
 
K
L
 
T
I
 
I
E
 
P
Q
 
S
P
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
E
 
R
T
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
L
R
 
E
-
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
N
-
 
F
C
 
I
E
 
E
V
 
A
D
 
D
G
 
S
K
 
R
T
 
-
A
 
C
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
G
 
G
E
 
R
G
 
R
E
 
A
T
 
T
V
 
Y
F
 
F

Query Sequence

>PP_4655 FitnessBrowser__Putida:PP_4655
MPIELLPETPSQTAGPYVHIGLALEAAGNPTRDQEIWNCLAKPDAPGEHILLIGHVYDGN
GHLVRDSFLEVWQADANGEYQDAYNLENAFNSFGRTATTFDAGEWTLQTVKPGVVNNAAG
VPMAPHINISLFARGINIHLHTRLYFDDEAQANAKCPVLNLIEQPQRRETLIAKRCEVDG
KTAYRFDIRIQGEGETVFFDF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory