SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_4687 FitnessBrowser__Putida:PP_4687 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
39% identity, 93% coverage: 16:251/255 of query aligns to 26:261/265 of P07821

query
sites
P07821
V
 
L
L
 
L
H
 
H
D
 
P
I
 
L
H
 
S
L
 
L
Q
 
T
L
 
F
P
 
P
P
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
T
G
 
G
V
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
K
V
 
M
L
 
L
C
 
G
G
 
R
E
 
H
L
 
Q
A
 
P
P
 
P
D
 
S
R
 
E
G
 
G
R
 
E
V
 
I
T
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
A
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
A
 
E
D
 
S
W
 
W
A
 
S
G
 
S
Q
 
K
E
 
A
R
 
F
A
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
V
A
 
A
V
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
Q
S
 
L
S
 
P
L
 
P
G
 
A
F
 
E
S
 
G
F
 
M
R
 
T
V
 
V
E
 
R
E
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
M
 
Y
P
 
P
-
 
W
H
 
H
G
 
G
T
 
A
G
 
L
Q
 
G
R
 
R
-
 
F
-
 
G
-
 
A
R
 
A
D
 
D
A
 
R
E
 
E
I
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
S
A
 
L
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
K
H
 
P
L
 
L
V
 
A
A
 
H
R
 
R
S
 
L
Y
 
V
L
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
H
 
W
L
 
I
A
 
A
R
 
M
V
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
D
G
 
S
S
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
I
L
 
A
H
 
H
Q
 
Q
H
 
V
T
 
D
T
 
V
L
 
L
E
 
S
A
 
L
V
 
V
R
 
H
R
 
R
F
 
L
A
 
S
-
 
Q
D
 
E
C
 
R
G
 
G
A
 
L
A
 
T
V
 
V
L
 
I
V
 
A
I
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
C
 
C
D
 
D
R
 
Y
I
 
L
L
 
V
L
 
A
L
 
L
E
 
R
Q
 
G
G
 
G
R
 
E
C
 
M
H
 
I
A
 
A
F
 
Q
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
E
A
 
I
L
 
M
T
 
R
P
 
G
A
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
E
A
 
M
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
D
 
P
V
 
M
L
 
G
V
 
I
Q
 
L
A
 
P
H
 
H
P
 
P
E
 
A
R
 
G
G
 
A
H
 
A
P
 
P
L
 
V

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 92% coverage: 1:235/255 of query aligns to 2:233/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
Q
 
K
V
 
A
E
 
Q
G
 
H
L
 
L
Y
 
A
L
 
K
C
 
S
R
 
Y
G
 
K
S
 
K
N
 
R
E
 
K
V
 
V
L
 
V
H
 
S
D
 
D
I
 
V
H
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
V
P
 
E
P
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
S
L
 
F
S
 
Y
V
 
M
L
 
I
C
 
V
G
 
G
E
 
L
L
 
V
A
 
A
P
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
G
R
 
T
V
 
I
T
 
T
L
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
N
P
 
D
L
 
I
A
 
S
D
 
I
W
 
L
A
 
P
G
 
M
Q
 
H
E
 
S
R
 
R
A
 
S
R
 
R
R
 
M
-
 
G
L
 
I
A
 
G
V
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
E
S
 
A
S
 
S
L
 
I
G
 
F
F
 
R
S
 
K
F
 
L
R
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
M
V
 
A
V
 
V
G
 
L
M
 
Q
G
 
T
R
 
R
M
 
E
P
 
E
H
 
L
G
 
T
T
 
H
G
x
E
Q
 
E
R
 
R
R
 
Q
D
|
D
A
 
K
E
 
-
I
 
-
V
 
L
E
 
E
A
 
D
A
 
L
L
 
L
R
 
E
A
 
E
A
 
F
D
 
H
A
 
I
W
 
Q
H
 
H
L
 
I
V
 
R
A
 
K
R
 
S
S
 
A
Y
 
G
L
 
M
A
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
Q
T
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
S
 
A
M
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
S
Q
 
V
H
 
I
T
 
D
T
 
I
L
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
C
 
R
G
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
D
Y
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
K
I
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
C
 
L
H
 
I
A
 
A
F
 
E
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
A
 
D
A
 
V
L
 
L
T
 
N
P
 
N
A
 
E
A
 
Q
L
 
V
K
 
K
A
 
Q
V
 
V
Y
 
Y

1l7vC Bacterial abc transporter involved in b12 uptake (see paper)
34% identity, 83% coverage: 27:237/255 of query aligns to 25:231/231 of 1l7vC

query
sites
1l7vC
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
V
 
L
G
 
H
V
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
R
L
 
M
C
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
M
A
 
T
P
 
S
D
 
G
R
 
K
G
 
G
R
 
S
V
 
I
T
 
Q
L
 
F
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
A
 
E
D
 
A
W
 
W
A
 
S
G
 
A
Q
 
T
E
 
K
R
 
L
A
 
A
R
 
L
R
 
H
L
 
R
A
 
A
V
 
Y
L
 
L
P
 
S
Q
 
Q
V
 
Q
S
 
Q
S
 
T
L
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
A
F
 
T
R
 
P
V
 
V
E
 
W
E
 
H
V
 
Y
V
 
L
G
 
T
M
 
L
G
 
H
R
 
Q
M
 
-
P
 
-
H
 
H
G
 
D
T
 
K
G
 
T
Q
 
R
R
 
T
R
 
E
D
 
L
A
 
L
E
 
N
I
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
L
A
 
D
D
 
D
A
 
K
W
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
L
A
 
G
R
 
R
S
 
S
Y
 
T
L
 
N
A
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
W
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
L
Q
 
Q
L
 
I
W
 
T
P
 
P
-
 
Q
-
 
A
G
 
N
E
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
Q
T
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
M
S
 
N
M
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
V
L
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
H
 
S
T
 
A
T
 
L
L
 
D
E
 
K
A
 
I
V
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
L
A
 
C
D
 
Q
C
 
Q
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
L
 
V
V
 
M
I
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
L
 
H
A
 
T
A
 
L
R
 
R
Y
 
H
C
 
A
D
 
H
R
 
R
I
 
A
L
 
W
L
 
L
L
 
L
E
 
K
Q
 
G
G
 
G
R
 
K
C
 
M
H
 
L
A
 
A
F
 
S
A
 
G
T
 
R
P
 
R
E
 
E
A
 
E
A
 
V
L
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
P
A
 
N
L
 
L
K
 
A
A
 
Q
V
 
A
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
35% identity, 89% coverage: 1:227/255 of query aligns to 4:229/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
M
 
I
L
 
L
Q
 
A
V
 
A
E
 
E
G
 
A
L
 
L
-
 
T
Y
 
Y
L
 
A
C
x
F
R
 
P
G
 
G
S
 
G
N
x
V
E
 
K
V
x
A
L
 
L
H
 
D
D
 
D
I
 
L
H
 
S
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
P
 
P
P
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
S
V
 
L
G
 
A
V
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
L
V
 
H
L
 
L
C
 
N
G
 
G
E
 
T
L
 
L
A
 
R
P
 
P
D
 
Q
R
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
L
L
 
L
Q
 
G
G
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
H
-
 
S
-
 
R
R
 
K
P
 
D
L
 
L
A
 
T
D
 
G
W
 
W
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
R
 
R
A
 
R
R
 
R
R
 
V
L
 
G
A
 
L
V
 
V
L
 
L
P
x
Q
Q
 
D
V
 
A
S
 
D
S
 
D
L
 
Q
G
 
L
F
 
F
S
 
A
F
 
T
R
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
V
 
D
V
 
V
G
 
S
M
 
F
G
 
G
R
 
P
M
 
L
P
 
N
H
 
L
G
 
G
T
 
L
G
 
S
Q
 
E
R
 
A
R
 
E
D
 
A
A
 
R
E
 
A
I
 
R
V
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
L
D
 
S
A
 
I
W
 
S
H
 
D
L
 
L
V
 
R
A
 
D
R
 
R
S
 
P
Y
 
T
L
x
H
A
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
G
V
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
M
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
R
G
 
P
S
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
L
L
 
A
H
 
G
Q
 
T
H
 
E
T
 
Q
T
 
L
L
 
L
E
 
T
A
 
L
V
 
L
R
 
R
R
 
G
F
 
L
A
 
R
D
 
A
C
 
A
G
 
G
A
 
M
A
 
T
V
 
L
L
 
V
V
 
F
I
 
S
L
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
V
N
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
A
Y
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
A
L
 
L
L
 
F
E
 
R
Q
 
T
G
 
G
R
 
R
C
 
V
H
 
L
A
 
A
F
 
E
A
 
G
T
 
A
P
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
L
T
 
S

4fi3C Structure of vitamin b12 transporter btucd-f in a nucleotide-bound state (see paper)
33% identity, 84% coverage: 27:239/255 of query aligns to 25:233/248 of 4fi3C

query
sites
4fi3C
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
V
 
L
G
 
H
V
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
V
 
R
L
 
M
C
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
M
A
 
T
P
 
S
D
 
G
R
 
K
G
 
G
R
 
S
V
 
I
T
 
Q
L
 
F
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
A
 
E
D
 
A
W
 
W
A
 
S
G
 
A
Q
 
T
E
 
K
R
 
L
A
 
A
R
 
L
R
 
H
L
 
R
A
 
A
V
 
Y
L
 
L
P
 
S
Q
|
Q
V
 
Q
S
 
Q
S
 
T
L
 
P
G
 
P
F
 
F
S
 
A
F
 
T
R
 
P
V
 
V
E
 
W
E
 
H
V
 
Y
V
 
L
G
 
T
M
 
L
G
 
H
R
 
Q
M
 
-
P
 
-
H
 
H
G
 
D
T
 
K
G
 
T
Q
 
R
R
 
T
R
 
E
D
 
L
A
 
L
E
 
N
I
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
A
A
 
L
A
 
D
D
 
D
A
 
K
W
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
L
A
 
G
R
|
R
S
 
S
Y
 
T
L
 
N
A
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
R
 
W
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
L
Q
 
Q
L
 
I
W
 
T
P
 
P
-
 
Q
-
 
A
G
 
N
E
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
Q
T
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
M
S
 
C
M
 
S
L
 
L
D
 
D
P
 
V
L
 
A
H
 
Q
Q
 
Q
H
 
S
T
 
A
T
 
L
L
 
D
E
 
K
A
 
I
V
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
L
A
 
S
D
 
Q
C
 
Q
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
L
 
V
V
 
M
I
 
S
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
L
 
H
A
 
T
A
 
L
R
 
R
Y
 
H
C
 
A
D
 
H
R
 
R
I
 
A
L
 
W
L
 
L
L
 
L
E
 
K
Q
 
G
G
 
G
R
 
K
C
 
M
H
 
L
A
 
A
F
 
S
A
 
G
T
 
R
P
 
R
E
 
E
A
 
E
A
 
V
L
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
P
A
 
N
L
 
L
K
 
A
A
 
Q
V
 
A
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
D
 
N
V
 
F

Sites not aligning to the query:

O65934 ABC transporter ATP-binding/permease protein Rv1747; EC 7.-.-.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 3 papers)
32% identity, 89% coverage: 2:228/255 of query aligns to 319:542/865 of O65934

query
sites
O65934
L
 
L
Q
 
D
V
 
V
E
 
R
G
 
G
L
 
V
-
 
T
Y
 
W
L
 
T
C
 
I
R
 
D
G
 
G
S
 
D
N
 
K
E
 
T
V
 
L
L
 
L
H
 
D
D
 
G
I
 
I
H
 
S
L
 
L
Q
 
T
L
 
A
P
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
M
V
 
L
V
 
T
G
 
A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
A
S
 
R
V
 
L
L
 
V
C
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
A
 
H
P
 
P
D
 
T
R
 
D
G
 
G
R
 
T
V
 
V
T
 
T
L
 
F
Q
 
E
G
 
G
R
 
H
P
 
N
L
 
V
-
 
H
A
 
A
D
 
E
W
 
Y
A
 
A
G
 
S
Q
 
L
E
 
R
R
 
-
A
 
-
R
 
S
R
 
R
L
 
I
A
 
G
V
 
M
L
 
V
P
 
P
Q
 
Q
V
 
D
S
 
D
S
 
V
L
 
V
G
 
H
F
 
G
S
 
Q
F
 
L
R
 
T
V
 
V
E
 
K
E
 
H
V
 
A
V
 
L
G
 
M
M
 
Y
G
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
L
R
 
R
M
 
L
P
 
P
H
 
P
G
 
D
T
 
T
G
 
T
Q
 
K
R
 
D
R
 
D
D
 
R
A
 
T
E
 
Q
I
 
V
V
 
V
E
 
A
A
 
R
A
 
V
L
 
L
R
 
E
A
 
E
A
 
L
D
 
E
A
 
M
W
 
S
H
 
K
L
 
H
V
 
I
A
 
D
R
 
T
S
 
R
Y
 
V
L
 
D
A
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
K
R
 
R
V
 
-
H
 
-
L
 
-
A
 
A
R
 
S
V
 
V
L
 
A
A
 
L
Q
 
E
L
 
L
W
 
L
P
 
T
G
 
G
E
 
P
E
 
-
G
 
-
S
 
S
T
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
A
H
 
L
Q
 
D
H
 
R
T
 
Q
T
 
V
L
 
M
E
 
T
A
 
M
V
 
L
R
 
R
R
 
Q
F
 
L
A
 
A
D
 
D
C
 
A
G
 
G
A
 
R
A
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
S
L
 
L
N
 
T
L
 
Y
A
 
-
A
 
L
R
 
D
Y
 
V
C
 
C
D
 
D
R
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
A
Q
 
P
G
 
G
R
 
G
C
 
K
H
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
C
T
 
G
P
 
P
E
 
P
A
 
T
A
 
Q
L
 
I
T
 
G
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q9AT00 Protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 3, chloroplastic; ABC transporter I family member 13; ABC transporter ABCI.13; AtABCI13; Non-intrinsic ABC protein 11; AtNAP11 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
30% identity, 87% coverage: 1:221/255 of query aligns to 84:325/345 of Q9AT00

query
sites
Q9AT00
M
 
L
L
 
I
Q
 
E
V
 
C
E
 
R
G
 
D
L
 
V
Y
 
Y
L
 
K
C
 
S
R
x
F
G
 
G
S
 
E
N
 
K
E
 
H
V
 
I
L
 
L
H
 
K
D
 
G
I
 
V
H
 
S
L
 
F
Q
 
K
L
 
I
P
 
R
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
V
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
T
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
K
V
 
I
L
 
M
C
 
A
G
 
G
E
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
P
D
 
D
R
 
K
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
I
Q
 
R
G
 
G
R
 
K
P
 
K
L
 
R
A
 
A
D
 
G
W
 
L
A
 
I
G
 
S
Q
 
D
E
 
E
R
 
E
A
 
I
R
 
S
-
 
G
-
 
L
R
 
R
L
 
I
A
 
G
V
 
L
L
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
S
S
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
F
F
 
D
S
 
S
F
 
L
R
 
S
V
 
V
E
 
R
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
G
M
 
F
G
 
L
R
 
L
M
 
Y
P
 
E
H
 
R
G
 
S
T
 
K
-
 
M
G
 
S
Q
 
E
R
 
N
R
 
Q
D
 
I
A
 
S
E
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
T
A
 
Q
A
 
T
L
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
K
H
 
G
L
 
V
V
 
E
A
 
N
R
 
R
S
 
L
Y
 
P
L
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
S
L
 
L
A
 
I
Q
 
F
L
 
D
W
 
T
P
 
T
G
 
K
E
 
E
-
 
V
-
 
I
E
 
E
G
 
P
S
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
A
Q
 
S
H
 
T
T
 
V
T
 
V
L
 
E
E
 
D
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
S
F
 
V
A
 
H
D
 
M
C
 
T
G
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
I
A
 
A
A
 
S
V
 
Y
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
Q
L
 
H
N
 
S
L
 
T
A
 
I
A
 
Q
R
 
R
Y
 
A
C
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
F
L
 
L
E
 
Y
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
W
-
 
Q
-
 
G
-
 
M
C
 
T
H
 
H
A
 
E
F
 
F
A
 
T
T
 
T

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
33% identity, 87% coverage: 1:223/255 of query aligns to 1:213/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
L
 
I
Q
 
E
V
 
I
E
 
E
G
 
S
L
 
L
Y
 
S
L
 
-
C
 
R
R
 
K
G
 
W
S
 
K
N
 
N
E
 
F
V
 
S
L
 
L
H
 
D
D
 
N
I
 
L
H
 
S
L
 
L
Q
 
K
L
 
V
P
 
E
P
 
S
G
 
G
Q
 
E
V
 
Y
V
 
F
G
 
V
V
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
L
L
 
F
L
 
L
S
 
E
V
 
L
L
 
I
C
 
A
G
 
G
E
 
F
L
 
H
A
 
V
P
 
P
D
 
D
R
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
I
T
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
D
L
 
V
A
 
T
D
 
D
W
 
L
A
 
S
G
 
P
Q
 
E
E
 
K
R
 
H
A
 
D
R
 
-
R
 
-
L
 
I
A
 
A
V
 
F
L
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
V
 
N
S
 
Y
S
 
S
L
 
L
G
 
F
F
 
P
S
 
H
F
 
M
R
 
N
V
 
V
E
 
K
E
 
K
V
 
N
V
 
L
G
 
E
M
 
F
G
 
G
-
 
M
R
 
R
M
 
M
P
 
K
H
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
K
R
 
I
R
 
K
D
 
D
A
 
P
E
 
K
I
 
R
V
 
V
E
 
L
A
 
D
A
 
T
L
 
A
R
 
R
A
 
D
A
 
L
D
 
K
A
 
I
W
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
D
R
 
R
S
 
N
Y
 
P
L
 
L
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
T
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
K
T
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
R
H
 
T
Q
 
Q
H
 
E
T
 
N
T
 
A
L
 
R
E
 
E
A
 
M
V
 
L
R
 
S
R
 
V
F
 
L
A
 
H
D
 
K
C
 
K
G
 
N
A
 
K
-
 
L
A
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
H
I
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
L
 
E
A
 
A
A
 
R
R
 
I
Y
 
M
C
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
A
L
 
V
L
 
V
E
 
M
Q
 
D
G
 
G
R
 
K
C
 
L
H
 
I
A
 
Q
F
 
V
A
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
31% identity, 89% coverage: 1:227/255 of query aligns to 2:225/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
Q
 
R
V
 
I
E
 
R
G
 
N
L
 
L
Y
 
H
L
 
K
C
 
W
R
x
F
G
 
G
S
 
P
N
 
L
E
 
H
V
|
V
L
 
L
H
 
K
D
 
G
I
 
I
H
 
H
L
 
L
Q
 
E
L
 
V
P
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
E
V
 
K
V
 
L
G
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
S
 
R
V
 
T
L
 
I
C
 
N
G
 
R
E
 
L
L
 
E
A
 
D
P
 
F
D
 
Q
R
 
E
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
V
L
 
V
Q
 
D
G
 
G
R
 
L
P
 
S
L
 
V
A
 
K
D
 
D
-
 
D
W
 
R
A
 
A
G
 
L
Q
 
R
E
 
E
R
 
I
A
 
R
R
 
R
R
 
E
L
 
V
A
 
G
V
 
M
L
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
Q
S
 
F
S
 
N
L
 
L
G
 
F
F
 
P
S
 
H
F
 
M
R
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
M
 
M
P
 
R
H
 
V
G
 
R
T
 
R
G
 
W
Q
 
P
R
 
R
R
 
E
D
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
-
V
 
-
E
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
L
A
 
L
D
 
E
A
 
R
W
 
V
H
 
G
L
 
I
V
 
L
-
 
D
-
 
Q
A
 
A
R
 
R
S
 
K
Y
 
Y
L
 
P
A
 
A
-
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
E
G
 
P
S
 
K
T
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
E
H
 
M
Q
 
V
H
 
G
T
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
D
A
 
V
V
 
M
R
 
R
R
 
D
F
 
L
A
 
A
D
 
Q
C
 
G
G
 
G
A
 
M
A
 
T
V
 
M
L
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
L
 
F
A
 
A
A
 
R
R
 
E
Y
 
V
C
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
L
 
V
L
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
C
 
I
H
 
V
A
 
E
F
 
E
A
 
G
T
 
R
P
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
I
L
 
F
T
 
T

Q5M243 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1; ECF transporter A component EcfA1; EC 7.-.-.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
27% identity, 94% coverage: 1:239/255 of query aligns to 1:238/276 of Q5M243

query
sites
Q5M243
M
 
M
L
 
I
Q
 
E
V
 
I
E
 
K
G
 
N
L
 
L
Y
 
K
L
 
F
C
 
K
R
 
Y
G
 
N
S
 
Q
N
 
D
E
 
Q
V
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
T
L
 
L
H
 
N
D
 
D
I
 
V
H
 
S
L
 
F
Q
 
H
L
 
V
P
 
K
P
 
H
G
 
G
Q
 
E
V
 
W
V
 
L
G
 
S
V
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
T
L
 
A
S
 
R
V
 
L
L
 
I
C
 
G
G
 
G
E
 
L
L
 
L
A
 
V
P
 
A
D
 
D
R
 
S
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
T
 
I
L
 
V
Q
 
D
G
 
G
R
 
Q
P
 
E
L
 
L
A
 
T
D
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
V
W
 
W
A
 
D
G
 
I
Q
 
R
E
 
D
R
 
K
A
 
I
R
 
G
R
 
M
L
 
V
A
 
F
V
 
Q
L
 
N
P
 
P
Q
 
D
V
 
N
S
x
Q
S
 
F
L
 
V
G
 
G
F
 
A
S
 
T
F
 
-
R
 
-
V
 
V
E
 
E
E
 
D
V
 
D
V
 
V
G
 
A
M
 
F
G
 
G
R
 
L
M
 
E
P
 
N
H
 
K
G
 
G
T
 
L
G
 
P
Q
 
Y
R
 
K
R
 
E
D
 
M
A
 
V
E
 
S
I
 
R
V
 
V
E
 
Q
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
S
A
 
F
A
 
V
D
 
G
A
 
M
W
 
M
H
 
D
L
 
F
V
 
K
A
 
D
R
 
R
S
 
E
Y
 
P
L
 
A
A
 
R
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
G
V
 
I
L
 
I
A
 
A
Q
 
-
L
 
M
W
 
R
P
 
P
G
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
S
T
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
E
H
 
G
Q
 
R
H
 
Q
T
 
E
T
 
L
L
 
I
E
 
Q
A
 
Y
V
 
I
R
 
E
R
 
D
F
 
I
-
 
R
A
 
Q
D
 
Q
C
 
Y
G
 
G
A
 
M
A
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
S
I
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
D
L
 
E
A
 
V
A
 
A
R
 
-
Y
 
M
C
 
S
D
 
N
R
 
R
I
 
V
L
 
L
L
 
V
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
G
 
G
R
 
K
C
 
V
H
 
E
A
 
S
F
 
I
A
 
S
T
 
S
P
 
P
E
 
R
A
 
E
A
 
L
L
 
F
T
 
S
P
 
R
A
 
G
A
 
S
L
 
E
K
 
L
A
 
V
V
 
D
Y
 
L
G
 
G
I
 
L
D
 
D
V
 
I

7chaI Cryo-em structure of p.Aeruginosa mlafebd with amppnp (see paper)
29% identity, 87% coverage: 2:224/255 of query aligns to 4:226/262 of 7chaI

query
sites
7chaI
L
 
V
Q
 
E
V
 
L
E
 
K
G
 
G
L
 
L
Y
 
T
L
 
F
C
 
K
R
|
R
G
 
G
S
 
S
N
 
R
E
 
A
V
 
I
L
 
F
H
 
D
D
 
N
I
 
I
H
 
D
L
 
V
Q
 
R
L
 
I
P
 
P
P
 
R
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
T
G
 
G
V
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
V
 
L
L
 
I
C
 
A
G
 
S
E
 
Q
L
 
L
A
 
R
P
 
P
D
 
S
R
 
K
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
W
L
 
V
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
N
L
 
L
A
 
P
D
 
Q
W
 
L
A
 
S
G
 
R
Q
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
F
E
 
D
R
 
M
A
 
R
R
 
K
R
 
Q
L
 
F
A
 
G
V
 
V
L
 
L
P
 
F
Q
 
Q
V
 
S
S
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
F
F
 
T
S
 
D
F
 
L
R
 
D
V
 
V
E
 
F
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
L
M
 
R
P
 
V
H
 
H
G
 
T
T
 
Q
-
 
L
G
 
P
Q
 
E
R
 
E
R
 
M
D
 
I
A
 
R
E
 
D
I
 
I
V
 
V
E
 
L
A
 
M
A
 
K
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
R
H
 
G
L
 
A
V
 
V
A
 
E
R
 
L
S
 
M
Y
 
P
L
 
D
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
D
G
 
P
S
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
V
M
 
G
L
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
A
Q
 
M
H
 
G
T
 
V
T
 
L
L
 
V
E
 
R
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
L
F
 
L
A
 
N
D
 
D
C
 
A
-
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
T
V
 
S
L
 
I
V
 
V
I
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
A
L
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
S
Y
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
Y
I
 
I
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
E
 
G
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
V
H
 
L
A
 
G
F
 
H
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
V

6z5uK Cryo-em structure of the a. Baumannii mlabdef complex bound to appnhp (see paper)
29% identity, 87% coverage: 1:223/255 of query aligns to 2:224/253 of 6z5uK

query
sites
6z5uK
M
 
L
L
 
I
Q
 
E
V
 
V
E
 
K
G
 
N
L
 
L
Y
 
S
L
 
F
C
 
N
R
|
R
G
 
G
S
 
E
N
 
R
E
 
V
V
 
I
L
 
Y
H
 
D
D
 
N
I
 
I
H
 
S
L
 
L
Q
 
N
L
 
I
P
 
R
P
 
R
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
T
G
 
A
V
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
T
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
V
 
L
L
 
I
C
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
P
 
P
D
 
D
R
 
Q
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
W
 
M
A
 
S
G
 
R
Q
 
Q
E
 
E
-
 
L
-
 
F
R
 
A
A
 
A
R
 
R
-
 
A
R
 
R
L
 
M
A
 
G
V
 
M
L
 
L
P
 
F
Q
|
Q
V
 
S
S
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
F
F
 
T
S
 
D
F
 
M
R
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
I
M
 
R
P
 
A
H
 
H
G
 
T
T
 
K
-
 
L
G
 
S
Q
 
E
R
 
N
R
 
L
D
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
S
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
R
H
 
G
L
 
T
V
 
E
A
 
Q
R
 
L
S
 
M
Y
 
P
L
 
T
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
N
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
-
L
 
L
W
 
D
P
 
P
G
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
M
 
G
L
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
V
Q
 
K
H
 
G
T
 
V
T
 
L
L
 
T
E
 
R
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
S
F
 
L
A
 
R
D
 
E
C
 
A
-
 
L
G
 
D
A
 
L
A
 
T
V
 
T
L
 
I
V
 
I
I
 
V
L
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
V
N
 
P
L
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
S
Y
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
Y
I
 
I
L
 
Y
L
 
V
L
 
V
E
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
C
 
I
H
 
Q
A
 
G
F
 
E
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
E

7d0aB Acinetobacter mlafedb complex in adp-vanadate trapped vclose conformation (see paper)
29% identity, 87% coverage: 1:223/255 of query aligns to 4:226/263 of 7d0aB

query
sites
7d0aB
M
 
L
L
 
I
Q
 
E
V
 
V
E
 
K
G
 
N
L
 
L
Y
 
S
L
 
F
C
 
N
R
 
R
G
 
G
S
 
E
N
 
R
E
 
V
V
 
I
L
 
Y
H
 
D
D
 
N
I
 
I
H
 
S
L
 
L
Q
 
N
L
 
I
P
 
R
P
 
R
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
T
G
 
A
V
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
 
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
S
 
T
S
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
V
 
L
L
 
I
C
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
P
 
P
D
 
D
R
 
Q
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
W
 
M
A
 
S
G
 
R
Q
 
Q
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
A
-
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
-
R
 
R
L
 
M
A
 
G
V
 
M
L
 
L
P
 
F
Q
 
Q
V
 
S
S
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
F
F
 
T
S
 
D
F
 
M
R
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
I
M
 
R
P
 
A
H
 
H
G
 
T
T
 
K
-
 
L
G
 
S
Q
 
E
R
 
N
R
 
L
D
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
S
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
R
H
 
G
L
 
T
V
 
E
A
 
Q
R
 
L
S
 
M
Y
 
P
L
 
T
A
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
M
R
 
N
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
-
L
 
L
W
 
D
P
 
P
G
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
M
 
G
L
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
V
Q
 
K
H
 
G
T
 
V
T
 
L
L
 
T
E
 
R
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
S
F
 
L
A
 
R
D
 
E
C
 
A
-
 
L
G
 
D
A
 
L
A
 
T
V
 
T
L
 
I
V
 
I
I
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
V
N
 
P
L
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
S
Y
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
Y
I
 
I
L
 
Y
L
 
V
L
 
V
E
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
C
 
I
H
 
Q
A
 
G
F
 
E
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
E

7d08B Acinetobacter mlafedb complex in atp-bound vtrans1 conformation (see paper)
29% identity, 87% coverage: 1:223/255 of query aligns to 4:226/263 of 7d08B

query
sites
7d08B
M
 
L
L
 
I
Q
 
E
V
 
V
E
 
K
G
 
N
L
 
L
Y
 
S
L
 
F
C
 
N
R
|
R
G
 
G
S
 
E
N
x
R
E
 
V
V
 
I
L
 
Y
H
 
D
D
 
N
I
 
I
H
 
S
L
 
L
Q
 
N
L
 
I
P
 
R
P
 
R
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
T
G
 
A
V
 
I
L
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
T
G
 
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
V
 
L
L
 
I
C
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
P
 
P
D
 
D
R
 
Q
G
 
G
R
 
E
V
 
V
T
 
L
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
W
 
M
A
 
S
G
 
R
Q
 
Q
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
A
-
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
-
R
 
R
L
 
M
A
 
G
V
 
M
L
 
L
P
 
F
Q
 
Q
V
 
S
S
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
F
F
 
T
S
 
D
F
 
M
R
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
I
M
 
R
P
 
A
H
 
H
G
 
T
T
 
K
-
 
L
G
 
S
Q
 
E
R
 
N
R
 
L
D
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
K
L
 
L
R
 
E
A
 
S
A
 
V
D
 
G
A
 
L
W
 
R
H
 
G
L
 
T
V
 
E
A
 
Q
R
 
L
S
 
M
Y
 
P
L
 
T
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
N
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
-
L
 
L
W
 
D
P
 
P
G
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
D
T
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
M
 
G
L
 
Q
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
V
Q
 
K
H
 
G
T
 
V
T
 
L
L
 
T
E
 
R
A
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
S
F
 
L
A
 
R
D
 
E
C
 
A
-
 
L
G
 
D
A
 
L
A
 
T
V
 
T
L
 
I
V
 
I
I
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
V
N
 
P
L
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
S
Y
 
I
C
 
A
D
 
D
R
 
Y
I
 
I
L
 
Y
L
 
V
L
 
V
E
 
A
Q
 
E
G
 
G
R
 
K
C
 
I
H
 
Q
A
 
G
F
 
E
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
E

A0R6H8 Mycobactin import ATP-binding/permease protein IrtA; EC 7.2.2.- from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
33% identity, 84% coverage: 16:229/255 of query aligns to 624:833/860 of A0R6H8

query
sites
A0R6H8
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
I
 
I
H
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
P
 
T
P
 
P
G
 
G
Q
 
T
V
 
V
V
 
T
G
 
A
V
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
A
S
 
A
V
 
L
L
 
L
C
 
A
G
 
R
E
 
F
L
 
H
A
 
D
P
 
V
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
A
V
 
I
T
 
R
L
 
L
Q
 
G
G
 
G
R
 
R
P
 
D
L
 
I
A
 
R
D
 
T
W
 
L
A
 
T
G
 
A
Q
 
D
E
 
E
R
 
L
A
 
Y
R
 
R
R
 
Q
L
 
V
A
 
G
V
 
F
L
 
V
P
 
L
Q
 
Q
V
 
D
S
 
T
S
 
Q
L
 
L
G
 
-
F
 
V
S
 
G
F
 
G
R
 
T
V
 
V
E
 
A
E
 
E
V
 
N
V
 
I
G
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
D
M
 
-
P
 
P
H
 
D
G
 
A
T
 
S
G
 
I
Q
 
E
R
 
R
-
 
I
-
 
Q
-
 
D
-
 
A
-
 
A
R
 
R
D
 
D
A
 
A
E
 
Q
I
 
I
V
 
H
E
 
D
A
 
R
A
 
I
L
 
M
R
 
R
A
 
L
A
 
P
D
 
N
A
 
G
W
 
Y
H
 
D
L
 
T
V
 
P
A
 
L
R
 
G
S
 
A
Y
 
A
L
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
H
 
T
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
I
A
 
L
Q
 
A
L
 
D
W
 
T
P
 
P
G
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
A
T
 
T
S
 
A
M
 
F
L
 
A
D
 
D
P
 
P
L
 
E
H
 
S
Q
 
E
H
 
Y
T
 
L
T
 
V
L
 
Q
E
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
N
R
 
R
F
 
L
A
 
T
D
 
R
C
 
-
G
 
D
A
 
R
A
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
L
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
H
L
 
T
A
 
I
A
 
T
R
 
-
Y
 
H
C
 
A
D
 
D
R
 
Q
I
 
I
L
 
V
L
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
G
G
 
G
R
 
R
C
 
I
H
 
V
A
 
E
F
 
T
A
 
G
T
 
T
P
 
H
E
 
E
A
 
R
A
 
L
L
 
L
T
 
D
P
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
33% identity, 80% coverage: 15:218/255 of query aligns to 20:222/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
E
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
S
L
 
F
Q
 
S
L
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
V
 
M
G
 
A
V
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
 
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
S
 
H
V
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
E
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
R
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
M
A
 
S
D
 
K
W
 
L
A
 
S
G
 
S
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
R
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
F
L
 
I
P
 
Y
Q
|
Q
V
 
F
S
 
H
S
 
H
L
 
L
G
 
L
F
 
P
S
 
D
F
 
F
R
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
M
P
 
P
H
 
L
G
 
L
T
 
I
G
 
G
Q
 
K
R
 
K
R
 
K
D
 
P
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
N
E
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
M
A
 
L
D
 
K
A
 
A
W
 
V
H
 
G
L
 
L
V
 
D
A
 
H
R
 
R
S
 
A
Y
 
N
-
x
H
-
 
R
-
 
P
L
 
S
A
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
M
x
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
R
H
 
N
Q
 
A
H
 
D
T
 
S
T
 
I
L
 
F
E
 
Q
A
 
L
V
 
L
R
 
G
R
 
E
F
 
L
A
 
N
D
 
R
C
 
L
-
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
A
V
 
F
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
Y
 
M
C
 
S
D
 
-
R
 
R
I
 
Q
L
 
L
L
 
E
L
 
M
E
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
L
H
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 80% coverage: 15:218/255 of query aligns to 23:225/233 of P75957

query
sites
P75957
E
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
S
L
 
F
Q
 
S
L
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
V
 
M
G
 
A
V
 
I
L
 
V
G
|
G
P
 
S
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
H
V
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
E
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
R
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
M
A
 
S
D
 
K
W
 
L
A
 
S
G
 
S
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
R
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
F
L
 
I
P
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
S
 
H
S
 
H
L
 
L
G
 
L
F
 
P
S
 
D
F
 
F
R
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
M
P
 
P
H
 
L
G
 
L
T
 
I
G
 
G
Q
 
K
R
 
K
R
 
K
D
 
P
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
N
E
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
M
A
 
L
D
 
K
A
 
A
W
 
V
H
 
G
L
 
L
V
 
D
A
 
H
R
 
R
S
 
A
Y
 
N
-
 
H
-
 
R
-
 
P
L
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
M
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
R
H
 
N
Q
 
A
H
 
D
T
 
S
T
 
I
L
 
F
E
 
Q
A
 
L
V
 
L
R
 
G
R
 
E
F
 
L
A
 
N
D
 
R
C
 
L
-
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
A
V
 
F
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
Y
 
M
C
 
S
D
 
-
R
 
R
I
 
Q
L
 
L
L
 
E
L
 
M
E
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
L
H
 
T
A
 
A

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
33% identity, 80% coverage: 15:218/255 of query aligns to 20:222/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
E
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
S
L
 
F
Q
 
S
L
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
M
V
 
M
G
 
A
V
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
H
V
 
L
L
 
L
C
 
G
G
 
G
E
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
T
R
 
S
G
 
G
R
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
P
L
 
M
A
 
S
D
 
K
W
 
L
A
 
S
G
 
S
Q
 
A
E
 
A
R
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
R
-
 
N
R
 
Q
R
 
K
L
 
L
A
 
G
V
 
F
L
 
I
P
 
Y
Q
 
Q
V
 
F
S
 
H
S
 
H
L
 
L
G
 
L
F
 
P
S
 
D
F
 
F
R
 
T
V
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
N
V
 
V
G
 
A
M
 
-
G
 
-
R
 
-
M
 
M
P
 
P
H
 
L
G
 
L
T
 
I
G
 
G
Q
 
K
R
 
K
R
 
K
D
 
P
A
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
N
E
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
M
A
 
L
D
 
K
A
 
A
W
 
V
H
 
G
L
 
L
V
 
D
A
 
H
R
 
R
S
 
A
Y
 
N
-
 
H
-
 
R
-
 
P
L
 
S
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
M
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
R
H
 
N
Q
 
A
H
 
D
T
 
S
T
 
I
L
 
F
E
 
Q
A
 
L
V
 
L
R
 
G
R
 
E
F
 
L
A
 
N
D
 
R
C
 
L
-
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
A
V
 
F
L
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
R
Y
 
M
C
 
S
D
 
-
R
 
R
I
 
Q
L
 
L
L
 
E
L
 
M
E
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
L
H
 
T
A
 
A

7ehlA Cryo-em structure of human abcb8 transporter in nucleotide binding state (see paper)
33% identity, 89% coverage: 8:233/255 of query aligns to 334:556/563 of 7ehlA

query
sites
7ehlA
Y
|
Y
L
 
P
C
 
C
R
 
R
G
 
P
S
 
G
N
 
F
E
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
K
D
 
D
I
 
F
H
 
T
L
 
L
Q
 
T
L
 
L
P
 
P
P
 
P
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
A
V
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
Q
N
 
S
G
 
G
A
 
G
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
V
L
 
A
S
 
S
V
 
L
L
 
L
C
 
E
G
 
R
E
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
P
D
 
T
R
 
A
G
 
G
R
 
V
V
 
V
T
 
M
L
 
L
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
P
 
D
L
 
L
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
D
A
 
P
D
 
S
W
 
W
A
 
L
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
R
 
R
A
 
G
R
 
Q
R
 
V
L
 
V
A
 
G
V
 
F
L
 
I
P
 
S
Q
 
Q
V
 
E
S
 
P
S
 
V
L
 
L
G
 
-
F
 
F
S
 
G
F
 
T
R
 
T
V
 
I
E
 
M
E
 
E
V
 
N
V
 
I
G
 
R
M
 
F
G
 
G
R
 
K
M
 
L
P
 
-
H
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
E
R
 
A
R
 
S
D
 
D
A
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
Y
E
 
T
A
 
A
A
 
A
L
 
-
R
 
R
A
 
E
A
 
A
D
 
N
A
 
A
-
 
H
-
 
E
-
 
F
-
 
I
-
 
T
-
 
S
-
 
F
-
 
P
-
 
E
-
 
G
W
 
Y
H
 
N
L
 
T
V
 
V
A
 
G
R
 
E
S
 
R
Y
 
G
L
 
T
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
H
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
I
Q
 
K
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
Q
G
 
P
S
 
T
T
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
E
H
 
S
Q
 
E
H
 
R
T
 
V
T
 
V
L
 
Q
E
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
D
R
 
R
F
 
-
A
 
A
D
 
S
C
 
A
G
 
G
A
 
R
A
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
L
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
S
L
 
-
A
 
T
A
 
V
R
 
R
Y
 
G
C
 
A
D
 
H
R
 
C
I
 
I
L
 
V
L
 
V
L
 
M
E
 
A
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
V
H
 
W
A
 
E
F
 
A
A
 
G
T
 
T
P
 
H
E
 
E
A
 
E
A
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
K
A
 
G
A
 
G
L
 
L
K
 
Y
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
30% identity, 86% coverage: 16:235/255 of query aligns to 17:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
|
V
L
 
V
H
 
E
D
 
D
I
 
V
H
 
S
L
 
L
Q
 
T
L
 
V
P
 
N
P
 
S
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
V
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
E
 
I
L
 
V
A
 
P
P
 
R
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
N
V
 
I
T
 
I
L
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
P
 
D
L
 
I
A
 
S
D
 
L
W
 
L
A
 
P
G
x
L
Q
x
H
E
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
-
 
G
L
 
I
A
 
G
V
 
Y
L
 
L
P
|
P
Q
|
Q
V
 
E
S
x
A
S
|
S
L
 
I
G
x
F
F
x
R
S
x
R
F
x
L
R
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
M
V
 
A
V
|
V
G
 
L
M
 
Q
G
 
I
R
 
R
M
 
D
P
 
D
H
 
L
G
 
S
T
 
A
G
 
E
Q
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
E
 
-
I
 
-
V
 
A
E
 
N
A
 
E
A
 
L
L
 
M
R
 
E
A
 
E
A
 
F
D
 
H
A
 
I
W
 
E
H
 
H
L
 
L
V
 
R
A
 
D
R
 
S
S
 
M
Y
 
G
L
x
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
H
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
L
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
N
G
 
P
S
 
K
T
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
M
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
L
 
I
H
 
S
Q
 
V
H
 
I
T
 
D
T
 
I
L
 
K
E
 
R
A
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
C
 
S
G
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
A
Y
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
I
 
A
L
 
Y
L
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
C
 
L
H
 
I
A
 
A
F
 
H
A
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
T
A
 
E
A
 
I
L
 
L
T
 
Q
P
 
D
A
 
E
A
 
H
L
 
V
K
 
K
A
 
R
V
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>PP_4687 FitnessBrowser__Putida:PP_4687
MLQVEGLYLCRGSNEVLHDIHLQLPPGQVVGVLGPNGAGKSSLLSVLCGELAPDRGRVTL
QGRPLADWAGQERARRLAVLPQVSSLGFSFRVEEVVGMGRMPHGTGQRRDAEIVEAALRA
ADAWHLVARSYLALSGGERQRVHLARVLAQLWPGEEGSTLLLDEPTSMLDPLHQHTTLEA
VRRFADCGAAVLVILHDLNLAARYCDRILLLEQGRCHAFATPEAALTPAALKAVYGIDVL
VQAHPERGHPLIITR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory