SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_1346 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_1346 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 83% coverage: 48:288/289 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
I
 
I
L
 
L
T
 
R
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
S
 
V
V
 
K
S
 
Y
F
|
F
D
 
G
G
 
E
F
|
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
Y
 
S
I
 
V
G
 
N
V
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
R
 
T
C
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
K
 
F
T
 
L
R
 
K
P
 
A
S
 
D
H
 
E
G
 
G
K
 
R
A
 
V
W
 
Y
F
 
F
G
 
-
E
 
E
T
 
N
L
 
K
D
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
N
M
 
K
S
 
E
E
 
P
V
 
A
Q
 
E
I
 
L
A
 
Y
Q
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
P
 
P
T
 
Q
V
 
P
F
 
L
E
 
K
A
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
L
 
I
A
 
G
Q
 
E
K
 
I
T
 
C
D
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
K
 
N
S
 
S
V
 
L
W
 
F
A
 
Y
S
 
K
L
 
K
R
 
W
A
 
I
R
 
P
L
 
K
S
 
E
G
 
E
E
 
E
Q
 
M
K
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
A
S
 
F
E
 
K
V
 
I
L
 
L
E
 
E
T
 
F
I
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
S
A
 
H
S
 
L
V
 
Y
N
 
D
R
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
F
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
-
T
 
-
E
 
-
F
 
L
T
 
A
A
 
H
E
 
D
L
 
I
F
 
F
K
 
N
S
 
H
L
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
K
A
 
A
G
 
K
K
 
G
H
 
I
S
 
T
L
 
F
M
 
L
V
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
F
 
I
V
 
V
G
 
L
S
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
H
 
H
V
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
S
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
N
V
 
V
Q
 
L
D
 
S
N
 
D
E
 
P
R
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 83% coverage: 48:288/289 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
I
 
I
L
 
L
T
 
R
L
 
T
E
 
E
D
 
N
I
 
I
S
 
V
V
 
K
S
 
Y
F
|
F
D
 
G
G
 
E
F
|
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
Y
 
S
I
 
V
G
 
C
V
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
R
 
T
C
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
N
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
K
 
F
T
 
L
R
 
K
P
 
A
S
 
D
H
 
E
G
 
G
K
 
R
A
 
V
W
 
Y
F
 
F
G
 
-
E
 
E
T
 
N
L
 
K
D
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
N
M
 
K
S
 
E
E
 
P
V
 
A
Q
 
E
I
 
L
A
 
Y
Q
 
H
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
P
 
P
T
 
Q
V
 
P
F
 
L
E
 
K
A
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
L
 
I
A
 
G
Q
 
E
K
 
I
T
 
N
D
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
K
 
N
S
 
S
V
 
L
W
 
F
A
 
Y
S
 
K
L
 
K
R
 
W
A
 
I
R
 
P
L
 
K
S
 
E
G
 
E
E
 
E
Q
 
M
K
 
V
D
 
E
R
 
K
I
 
A
S
 
F
E
 
K
V
 
I
L
 
L
E
 
E
T
 
F
I
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
S
A
 
H
S
 
L
V
 
Y
N
 
D
R
 
R
P
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
F
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
T
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
-
T
 
-
E
 
-
F
 
L
T
 
A
A
 
H
E
 
D
L
 
I
F
 
F
K
 
N
S
 
H
L
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
K
A
 
A
G
 
K
K
 
G
H
 
I
S
 
T
L
 
F
M
 
L
V
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
F
 
I
V
 
V
G
 
L
S
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
H
 
H
V
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
S
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
N
V
 
V
Q
 
L
D
 
S
N
 
D
E
 
P
R
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
34% identity, 83% coverage: 48:287/289 of query aligns to 4:239/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
I
 
I
L
 
L
T
 
A
L
 
A
E
 
E
D
 
A
I
 
L
S
 
T
V
 
Y
S
 
A
F
|
F
D
 
P
G
 
G
-
 
G
F
x
V
K
 
K
A
|
A
L
 
L
N
 
D
D
 
D
L
 
L
N
 
S
L
 
L
Y
 
A
I
 
V
G
 
P
V
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
S
R
 
L
C
 
A
I
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
D
 
L
V
 
H
I
 
L
T
 
N
G
 
G
K
 
T
T
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
Q
H
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
V
W
 
L
F
 
L
G
 
G
E
 
G
T
 
T
L
 
A
D
 
T
L
 
G
T
 
H
Q
 
S
M
 
R
S
 
K
E
 
D
V
 
L
Q
 
T
I
 
G
A
 
W
Q
 
R
A
 
R
G
 
R
I
 
V
G
 
G
R
 
L
K
 
V
F
 
L
Q
|
Q
K
 
D
P
 
A
-
 
D
-
 
D
T
 
Q
V
 
L
F
 
F
E
 
-
A
 
A
L
 
T
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
V
E
 
S
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
F
A
 
G
S
 
P
L
 
L
R
 
N
A
 
L
R
 
G
L
 
L
S
 
S
-
 
E
G
 
A
E
 
E
Q
 
A
K
 
R
D
 
A
R
 
R
I
 
V
S
 
E
E
 
E
V
 
A
L
 
L
E
 
A
T
 
A
I
 
L
R
 
S
L
 
I
T
 
S
A
 
D
S
 
L
V
 
R
N
 
D
R
 
R
P
 
P
A
 
T
G
x
H
M
|
M
L
|
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
G
L
 
A
L
 
V
M
 
A
Q
 
M
D
 
R
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
V
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
D
 
L
A
 
A
E
 
G
T
 
T
E
 
E
F
 
Q
T
 
L
A
 
L
E
 
T
L
 
L
F
 
L
K
 
R
S
 
G
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
A
K
 
G
H
 
M
S
 
T
L
 
L
M
 
V
V
 
F
V
 
S
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
V
G
 
E
F
 
L
V
 
A
G
 
A
S
 
A
I
 
L
A
 
A
D
 
D
H
 
R
V
 
V
T
 
A
V
 
L
L
 
F
H
 
R
Q
 
T
G
 
G
S
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
A
L
 
A
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
-
 
L
Q
 
S
D
 
D
N
 
R
E
 
A
R
 
T
V
 
L
I
 
A
E
 
K
V
 
V
Y
 
A
L
 
L

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
32% identity, 77% coverage: 63:285/289 of query aligns to 20:237/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
A
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
G
 
E
V
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
R
R
 
F
C
 
G
I
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
D
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
P
 
P
S
 
S
H
 
T
G
 
G
K
 
E
A
 
L
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
E
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
V
L
 
A
T
 
S
Q
 
N
M
 
G
S
 
K
E
 
L
V
 
I
Q
 
V
I
 
P
A
 
P
Q
 
E
-
 
D
A
 
R
G
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
K
 
T
P
 
W
T
 
A
V
 
L
F
 
Y
E
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
A
W
 
F
A
 
P
S
 
L
L
 
T
R
 
N
A
 
M
R
 
K
L
 
M
S
 
S
G
 
K
E
 
E
Q
 
E
-
 
I
K
 
R
D
 
K
R
 
R
I
 
V
S
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
A
E
 
K
T
 
I
I
 
L
R
 
D
L
 
I
T
 
H
A
 
H
S
 
V
V
 
L
N
 
N
R
 
H
P
 
F
A
 
P
G
 
R
M
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
D
D
 
A
A
 
R
E
 
M
T
 
R
E
 
D
F
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
F
 
V
K
 
K
S
 
E
L
 
V
A
 
Q
G
 
S
K
 
R
H
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
T
L
 
L
M
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
G
 
A
F
 
D
V
 
I
G
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
L
 
P
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
E
 
P
R
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
32% identity, 77% coverage: 63:285/289 of query aligns to 20:237/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
A
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
G
 
E
V
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
R
R
 
F
C
 
G
I
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
D
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
P
 
P
S
 
S
H
 
T
G
 
G
K
 
E
A
 
L
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
E
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
V
L
 
A
T
 
S
Q
 
N
M
 
G
S
 
K
E
 
L
V
 
I
Q
 
V
I
 
P
A
 
P
Q
 
E
-
 
D
A
 
R
G
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
P
 
W
T
 
A
V
 
L
F
 
Y
E
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
A
W
 
F
A
 
P
S
 
L
L
 
T
R
 
N
A
 
M
R
 
K
L
 
M
S
 
S
G
 
K
E
 
E
Q
 
E
-
 
I
K
 
R
D
 
K
R
 
R
I
 
V
S
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
A
E
 
K
T
 
I
I
 
L
R
 
D
L
 
I
T
 
H
A
 
H
S
 
V
V
 
L
N
 
N
R
 
H
P
 
F
A
 
P
G
 
R
M
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
D
D
 
A
A
 
R
E
 
M
T
 
R
E
 
D
F
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
F
 
V
K
 
K
S
 
E
L
 
V
A
 
Q
G
 
S
K
 
R
H
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
T
L
 
L
M
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
G
 
A
F
 
D
V
 
I
G
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
L
 
P
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
E
 
P
R
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
32% identity, 77% coverage: 63:285/289 of query aligns to 20:237/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
A
|
A
L
 
L
N
 
D
D
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
G
 
E
V
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
R
R
 
F
C
 
G
I
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
D
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
P
 
P
S
 
S
H
 
T
G
 
G
K
 
E
A
 
L
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
E
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
V
L
 
A
T
 
S
Q
 
N
M
 
G
S
 
K
E
 
L
V
 
I
Q
 
V
I
 
P
A
 
P
Q
 
E
-
 
D
A
 
R
G
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
P
 
W
T
 
A
V
 
L
F
 
Y
E
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
A
W
 
F
A
 
P
S
 
L
L
 
T
R
 
N
A
 
M
R
 
K
L
 
M
S
 
S
G
 
K
E
 
E
Q
 
E
-
 
I
K
 
R
D
 
K
R
 
R
I
 
V
S
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
A
E
 
K
T
 
I
I
 
L
R
 
D
L
 
I
T
 
H
A
 
H
S
 
V
V
 
L
N
 
N
R
 
H
P
 
F
A
 
P
G
 
R
M
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
D
D
 
A
A
 
R
E
 
M
T
 
R
E
 
D
F
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
F
 
V
K
 
K
S
 
E
L
 
V
A
 
Q
G
 
S
K
 
R
H
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
T
L
 
L
M
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
G
 
A
F
 
D
V
 
I
G
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
L
 
P
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
E
 
P
R
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
32% identity, 77% coverage: 63:285/289 of query aligns to 20:237/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
A
 
A
L
 
L
N
 
D
D
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
G
 
E
V
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
R
R
 
F
C
 
G
I
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
F
M
 
M
D
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
P
 
P
S
 
S
H
 
T
G
 
G
K
 
E
A
 
L
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
E
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
V
L
 
A
T
 
S
Q
 
N
M
 
G
S
 
K
E
 
L
V
 
I
Q
 
V
I
 
P
A
 
P
Q
 
E
-
 
D
A
 
R
G
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
P
 
W
T
 
A
V
 
L
F
 
Y
E
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
A
W
 
F
A
 
P
S
 
L
L
 
T
R
 
N
A
 
M
R
 
K
L
 
M
S
 
S
G
 
K
E
 
E
Q
 
E
-
 
I
K
 
R
D
 
K
R
 
R
I
 
V
S
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
A
E
 
K
T
 
I
I
 
L
R
 
D
L
 
I
T
 
H
A
 
H
S
 
V
V
 
L
N
 
N
R
 
H
P
 
F
A
 
P
G
 
R
M
 
E
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
D
D
 
A
A
 
R
E
 
M
T
 
R
E
 
D
F
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
F
 
V
K
 
K
S
 
E
L
 
V
A
 
Q
G
 
S
K
 
R
H
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
T
L
 
L
M
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
G
 
A
F
 
D
V
 
I
G
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
L
 
P
E
 
E
Q
 
D
V
 
L
Q
 
Y
D
 
D
N
 
N
E
 
P
R
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
29% identity, 84% coverage: 48:289/289 of query aligns to 4:240/501 of P04983

query
sites
P04983
I
 
L
L
 
L
T
 
Q
L
 
L
E
 
K
D
 
G
I
 
I
S
 
D
V
 
K
S
 
A
F
 
F
D
 
P
G
 
G
F
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
S
D
 
G
L
 
A
N
 
A
L
 
L
Y
 
N
I
 
V
G
 
Y
V
 
P
G
 
G
E
 
R
L
 
V
R
 
M
C
 
A
I
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
M
M
 
M
D
 
K
V
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
G
-
 
I
K
 
Y
T
 
T
R
 
R
P
 
D
S
 
A
H
 
G
G
 
T
K
 
L
A
 
L
W
 
W
F
 
L
G
 
G
E
 
K
T
 
E
L
 
T
D
 
T
L
 
F
T
 
T
Q
 
G
M
 
P
S
 
K
E
 
S
V
 
S
Q
 
Q
I
 
-
A
 
-
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
I
K
 
I
F
 
H
Q
 
Q
K
 
E
P
 
L
T
 
N
V
 
L
F
 
I
E
 
P
A
 
Q
L
 
L
S
 
T
V
 
I
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
-
 
F
-
 
L
-
 
G
-
 
R
E
 
E
L
 
F
A
 
V
Q
 
N
K
 
R
T
 
F
D
 
G
K
 
K
S
 
I
V
 
D
W
 
W
A
 
K
S
 
T
L
 
M
R
 
Y
A
 
A
R
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
E
K
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
L
S
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
L
E
 
A
T
 
K
I
 
L
R
 
N
L
 
L
T
 
R
A
 
F
S
 
K
V
 
S
N
 
D
R
 
K
P
 
L
A
 
V
G
 
G
M
 
D
L
 
L
S
 
S
H
 
I
G
 
G
Q
 
D
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
M
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
S
Q
 
F
D
 
E
P
 
S
Q
 
K
L
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
T
A
 
D
G
 
A
M
 
L
T
 
T
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
E
 
E
F
 
S
T
 
L
A
 
F
E
 
R
L
 
V
F
 
I
K
 
R
S
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
S
K
 
Q
-
 
G
H
 
R
S
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
Y
V
 
I
E
 
S
H
 
H
D
 
R
M
 
M
G
 
K
F
 
E
V
 
I
G
 
F
S
 
E
I
 
I
A
 
C
D
 
D
H
 
D
V
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
F
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
R
S
 
E
L
 
V
E
 
A
Q
 
S
V
 
L
Q
 
T
D
 
E
N
 
D
E
 
S
R
 
-
V
 
L
I
 
I
E
 
E
V
 
M
Y
 
M
L
 
V
G
 
G
R
 
R

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
27% identity, 83% coverage: 48:288/289 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
I
L
 
L
T
 
K
L
 
A
E
 
Q
D
 
H
I
 
L
S
 
A
V
 
K
S
 
S
F
 
Y
D
 
K
G
 
K
F
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
V
N
 
S
D
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
Q
I
 
V
G
 
E
V
 
S
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
M
 
F
D
 
Y
V
 
M
I
 
I
T
 
V
G
 
G
K
 
L
T
 
V
R
 
A
P
 
R
S
 
D
H
 
E
G
 
G
K
 
T
A
 
I
W
 
T
F
 
I
G
 
D
E
 
D
T
 
N
L
 
-
D
 
D
L
 
I
T
 
S
Q
 
I
M
 
L
S
 
P
E
 
M
V
 
H
Q
 
S
I
 
R
A
 
S
Q
 
R
A
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
K
 
E
P
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
F
E
 
R
A
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
E
 
M
L
 
A
A
 
V
Q
 
L
K
 
Q
T
 
T
D
 
R
K
 
E
S
 
E
V
 
L
W
 
T
A
 
H
S
x
E
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
E
 
E
Q
 
R
K
 
Q
D
|
D
R
 
K
I
 
L
S
 
E
E
 
D
V
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
E
I
 
F
R
 
H
L
 
I
T
 
Q
A
 
-
S
 
H
V
 
I
N
 
R
R
 
K
P
 
S
A
 
A
G
 
G
M
 
M
-
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
F
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
K
L
 
I
F
 
I
K
 
E
S
 
H
L
 
L
A
 
R
G
 
D
K
 
R
H
 
G
-
 
L
S
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
F
 
E
V
 
T
G
 
L
S
 
D
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
K
V
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
S
 
R
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
T
L
 
P
E
 
Q
Q
 
D
V
 
V
Q
 
L
D
 
N
N
 
N
E
 
E
R
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
30% identity, 83% coverage: 48:288/289 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
I
 
V
L
 
L
T
 
E
L
 
V
E
 
Q
D
 
S
I
 
L
S
 
H
V
 
V
S
 
Y
F
x
Y
D
 
G
G
 
A
F
 
I
K
 
H
A
 
A
L
 
I
N
 
K
D
 
G
L
 
I
N
 
D
L
 
L
Y
 
K
I
 
V
G
 
P
V
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
V
C
 
T
I
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
M
 
L
D
 
S
V
 
A
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
V
R
 
R
P
 
A
S
 
Q
H
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
I
W
 
I
F
 
F
G
 
N
E
 
G
T
 
Q
L
 
-
D
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
N
M
 
K
S
 
P
E
 
A
V
 
H
Q
 
V
I
 
I
A
 
N
Q
 
R
A
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
A
R
 
L
K
 
V
F
 
P
Q
x
E
K
 
G
P
 
R
T
 
R
V
 
I
F
 
F
E
 
P
A
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
L
 
M
A
 
G
Q
 
A
K
 
Y
T
 
N
D
 
R
K
 
K
S
 
D
V
 
-
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
K
 
K
D
 
E
R
 
G
I
 
I
S
 
K
E
 
R
V
 
D
L
 
L
E
 
E
T
 
W
I
 
I
-
 
F
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
P
R
 
R
L
 
L
T
 
K
A
 
E
S
 
R
V
 
L
N
 
K
R
 
Q
P
 
L
A
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
Q
F
 
M
L
 
L
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
S
D
 
R
P
 
P
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
S
A
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
A
D
 
P
A
 
I
E
 
L
T
 
V
E
 
S
F
 
E
T
 
V
A
 
F
E
 
E
L
 
V
F
 
I
K
 
Q
S
 
K
L
 
I
-
 
N
-
 
Q
A
 
E
G
 
G
K
 
T
H
 
T
S
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
V
V
 
E
E
 
Q
H
 
N
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
A
V
 
L
G
 
-
S
 
K
I
 
V
A
 
A
D
 
H
H
 
Y
V
 
G
T
 
Y
V
 
V
L
 
L
H
 
E
Q
 
T
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
L
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
K
L
 
A
E
 
S
Q
 
E
V
 
L
Q
 
L
D
 
D
N
 
N
E
 
E
R
 
M
V
 
V
I
 
R
E
 
K
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
29% identity, 78% coverage: 49:272/289 of query aligns to 4:217/369 of P19566

query
sites
P19566
L
 
V
T
 
Q
L
 
L
E
 
R
D
 
N
I
 
V
S
 
T
V
 
K
S
 
A
F
 
W
D
 
G
G
 
D
F
 
V
K
 
V
A
 
V
L
 
S
N
 
K
D
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
G
 
H
V
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
F
R
 
V
C
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
D
 
R
V
 
M
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
P
 
I
S
 
T
H
 
S
G
 
G
K
 
D
A
 
L
W
 
F
F
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
T
 
T
Q
 
R
M
 
M
S
 
N
E
 
D
V
 
I
Q
 
P
I
 
P
A
 
A
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
I
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
K
 
S
P
 
Y
T
 
A
V
x
L
F
 
Y
E
 
P
A
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
L
 
F
A
 
G
Q
 
L
K
 
K
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
A
Q
 
K
K
 
K
D
 
E
-
 
V
-
 
M
-
 
N
-
 
Q
R
 
R
I
 
V
S
 
N
E
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
E
T
 
V
I
 
L
R
 
Q
L
 
L
T
 
A
A
 
H
S
 
L
V
 
L
N
 
E
R
 
R
P
 
K
A
 
P
G
 
K
M
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
Q
 
R
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
T
 
-
D
|
D
A
 
A
E
 
A
T
 
L
E
 
R
F
 
V
T
 
Q
A
 
M
E
 
R
L
 
I
F
 
E
K
 
I
S
 
S
L
 
R
A
 
L
G
 
H
K
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
G
H
 
R
S
 
T
L
 
M
M
 
I
V
 
Y
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
F
 
E
V
 
A
G
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
S
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 75% coverage: 61:276/289 of query aligns to 18:228/343 of P30750

query
sites
P30750
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
G
 
P
V
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
Y
C
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
R
V
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
H
 
E
G
 
G
K
 
S
A
 
V
W
 
L
F
 
V
-
 
D
G
 
G
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
T
L
 
T
T
 
L
Q
 
S
M
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
L
Q
 
T
I
 
K
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
K
 
H
P
 
F
T
 
N
V
 
L
F
 
L
E
 
S
A
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
P
Q
 
L
K
 
E
T
 
L
D
 
D
K
 
N
S
 
T
V
 
P
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
K
G
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
D
 
R
R
 
R
I
 
V
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
T
 
L
I
 
V
R
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
S
 
K
V
 
H
N
 
D
R
 
S
P
 
Y
A
 
P
G
 
S
M
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
F
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
K
 
K
S
 
D
L
 
I
A
 
N
G
 
R
K
 
R
-
 
L
-
 
G
H
 
L
S
 
T
L
 
I
M
 
L
V
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
F
 
V
V
 
V
G
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
D
 
D
H
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
L
 
V
E
 
S
Q
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
27% identity, 83% coverage: 49:288/289 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
T
 
T
L
 
A
E
 
K
D
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
S
 
A
F
 
Y
D
 
K
G
 
G
F
 
R
K
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
D
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
T
I
 
V
G
 
N
V
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
M
 
F
D
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
K
 
I
T
 
V
R
 
-
P
 
P
S
 
R
H
 
D
G
 
A
K
 
G
A
 
N
W
 
I
F
 
I
G
 
I
E
 
D
T
 
D
L
 
D
D
 
D
L
 
I
T
 
S
Q
 
L
M
 
L
S
 
P
E
 
L
V
 
H
Q
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
K
 
E
P
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
F
E
x
R
A
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
M
V
 
A
W
 
V
A
 
L
S
 
Q
L
 
I
R
 
R
A
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
A
E
 
E
Q
 
Q
K
 
R
-
 
E
D
 
D
R
 
R
I
 
A
S
 
N
E
 
E
V
 
L
L
 
M
E
 
E
T
 
E
I
 
F
R
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
S
 
L
V
 
R
N
 
D
R
 
S
P
x
M
A
x
G
G
x
Q
M
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
F
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
K
 
E
S
 
H
L
 
L
A
 
R
G
 
D
K
 
S
H
 
G
-
 
L
S
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
F
 
E
V
 
T
G
 
L
S
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
S
 
H
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
L
 
P
E
 
T
Q
 
E
V
 
I
Q
 
L
D
 
Q
N
 
D
E
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
27% identity, 83% coverage: 49:288/289 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
T
 
T
L
 
A
E
 
K
D
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
S
 
A
F
x
Y
D
 
K
G
 
G
F
x
R
K
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
D
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
T
I
 
V
G
 
N
V
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
M
 
F
D
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
K
 
I
T
 
V
R
 
-
P
 
P
S
 
R
H
 
D
G
 
A
K
 
G
A
 
N
W
 
I
F
 
I
G
 
I
E
 
D
T
 
D
L
 
D
D
 
D
L
 
I
T
 
S
Q
 
L
M
 
L
S
 
P
E
 
L
V
 
H
Q
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
|
Q
K
 
E
P
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
F
E
 
R
A
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
M
V
 
A
W
 
V
A
 
L
S
 
Q
L
 
I
R
 
R
A
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
A
E
 
E
Q
 
Q
K
 
R
-
 
E
D
 
D
R
 
R
I
 
A
S
 
N
E
 
E
V
 
L
L
 
M
E
 
E
T
 
E
I
 
F
R
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
S
 
L
V
 
R
N
 
D
R
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
M
x
S
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
Q
x
E
K
 
R
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
F
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
K
 
E
S
 
H
L
 
L
A
 
R
G
 
D
K
 
S
H
 
G
-
 
L
S
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
F
 
E
V
 
T
G
 
L
S
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
S
 
H
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
L
 
P
E
 
T
Q
 
E
V
 
I
Q
 
L
D
 
Q
N
 
D
E
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
27% identity, 83% coverage: 49:288/289 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
T
 
T
L
 
A
E
 
K
D
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
S
 
A
F
x
Y
D
 
K
G
 
G
F
 
R
K
 
R
A
 
V
L
 
V
N
 
E
D
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
T
I
 
V
G
 
N
V
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
M
 
F
D
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
K
 
I
T
 
V
R
 
-
P
 
P
S
 
R
H
 
D
G
 
A
K
 
G
A
 
N
W
 
I
F
 
I
G
 
I
E
 
D
T
 
D
L
 
D
D
 
D
L
 
I
T
 
S
Q
 
L
M
 
L
S
 
P
E
 
L
V
 
H
Q
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
|
Q
K
 
E
P
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
F
E
 
R
A
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
M
V
 
A
W
 
V
A
 
L
S
 
Q
L
 
I
R
 
R
A
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
A
E
 
E
Q
 
Q
K
 
R
-
 
E
D
 
D
R
 
R
I
 
A
S
 
N
E
 
E
V
 
L
L
 
M
E
 
E
T
 
E
I
 
F
R
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
S
 
L
V
 
R
N
 
D
R
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
M
x
S
L
 
L
S
|
S
H
x
G
G
|
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
T
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
F
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
K
 
E
S
 
H
L
 
L
A
 
R
G
 
D
K
 
S
H
 
G
-
 
L
S
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
F
 
E
V
 
T
G
 
L
S
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
S
 
H
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
L
 
P
E
 
T
Q
 
E
V
 
I
Q
 
L
D
 
Q
N
 
D
E
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
28% identity, 75% coverage: 61:276/289 of query aligns to 19:229/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
F
x
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
G
 
P
V
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
Y
C
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
R
V
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
H
 
E
G
 
G
K
 
S
A
 
V
W
 
L
F
 
V
-
 
D
G
 
G
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
T
L
 
T
T
 
L
Q
 
S
M
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
L
Q
 
T
I
 
K
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
K
 
H
P
 
F
T
 
N
V
 
L
F
 
L
E
 
S
A
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
P
Q
 
L
K
 
E
T
 
L
D
 
D
K
 
N
S
 
T
V
 
P
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
K
G
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
D
 
R
R
 
R
I
 
V
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
T
 
L
I
 
V
R
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
S
 
K
V
 
H
N
 
D
R
 
S
P
 
Y
A
 
P
G
 
S
M
x
N
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
F
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
K
 
K
S
 
D
L
 
I
A
 
N
G
 
R
K
 
R
-
 
L
-
 
G
H
 
L
S
 
T
L
 
I
M
 
L
V
 
L
V
 
I
E
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
F
 
V
V
 
V
G
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
D
 
D
H
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
L
 
V
E
 
S
Q
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
28% identity, 75% coverage: 61:276/289 of query aligns to 19:229/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
G
 
P
V
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
Y
C
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
R
V
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
H
 
E
G
 
G
K
 
S
A
 
V
W
 
L
F
 
V
-
 
D
G
 
G
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
T
L
 
T
T
 
L
Q
 
S
M
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
L
Q
 
T
I
 
K
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
K
 
H
P
 
F
T
 
N
V
 
L
F
 
L
E
 
S
A
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
P
Q
 
L
K
 
E
T
 
L
D
 
D
K
 
N
S
 
T
V
 
P
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
K
G
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
D
 
R
R
 
R
I
 
V
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
T
 
L
I
 
V
R
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
S
 
K
V
 
H
N
 
D
R
 
S
P
 
Y
A
 
P
G
 
S
M
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
F
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
K
 
K
S
 
D
L
 
I
A
 
N
G
 
R
K
 
R
-
 
L
-
 
G
H
 
L
S
 
T
L
 
I
M
 
L
V
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
F
 
V
V
 
V
G
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
D
 
D
H
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
L
 
V
E
 
S
Q
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
28% identity, 75% coverage: 61:276/289 of query aligns to 19:229/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
G
 
P
V
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
R
 
Y
C
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
D
 
R
V
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
H
 
E
G
 
G
K
 
S
A
 
V
W
 
L
F
 
V
-
 
D
G
 
G
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
T
L
 
T
T
 
L
Q
 
S
M
 
E
S
 
S
E
 
E
V
 
L
Q
 
T
I
 
K
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
Q
I
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
K
 
H
P
 
F
T
 
N
V
 
L
F
 
L
E
 
S
A
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
P
Q
 
L
K
 
E
T
 
L
D
 
D
K
 
N
S
 
T
V
 
P
W
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
K
G
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
D
 
R
R
 
R
I
 
V
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
T
 
L
I
 
V
R
 
G
L
 
L
T
 
G
A
 
D
S
 
K
V
 
H
N
 
D
R
 
S
P
 
Y
A
 
P
G
 
S
M
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
F
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
T
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
F
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
K
 
K
S
 
D
L
 
I
A
 
N
G
 
R
K
 
R
-
 
L
-
 
G
H
 
L
S
 
T
L
 
I
M
 
L
V
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
F
 
V
V
 
V
G
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
D
 
D
H
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
L
 
V
E
 
S
Q
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
26% identity, 83% coverage: 49:288/289 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
T
 
T
L
 
A
E
 
K
D
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
S
 
A
F
x
Y
D
 
K
G
 
G
F
x
R
K
 
R
A
x
V
L
 
V
N
 
E
D
 
D
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
T
I
 
V
G
 
N
V
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
V
C
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
M
 
F
D
 
Y
V
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
K
 
I
T
 
V
R
 
-
P
 
P
S
 
R
H
 
D
G
 
A
K
 
G
A
 
N
W
 
I
F
 
I
G
 
I
E
 
D
T
 
D
L
 
D
D
 
D
L
 
I
T
 
S
Q
 
L
M
 
L
S
 
P
E
 
L
V
 
H
Q
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
F
 
P
Q
 
Q
K
 
E
P
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
F
E
 
R
A
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
M
V
 
A
W
 
V
A
 
L
S
 
Q
L
 
I
R
 
R
A
 
D
R
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
A
E
 
E
Q
 
Q
K
 
R
-
 
E
D
 
D
R
 
R
I
 
A
S
 
N
E
 
E
V
 
L
L
 
M
E
 
E
T
 
E
I
 
F
R
 
H
L
 
I
T
 
E
A
 
H
S
 
L
V
 
R
N
 
D
R
 
S
P
 
M
A
 
G
G
 
Q
M
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
R
F
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
A
D
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
V
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
T
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
F
 
D
T
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
I
F
 
I
K
 
E
S
 
H
L
 
L
A
 
R
G
 
D
K
 
S
H
 
G
-
 
L
S
 
G
L
 
V
M
 
L
V
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
F
 
E
V
 
T
G
 
L
S
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
T
 
Y
V
 
I
L
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
S
 
H
V
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
S
 
T
L
 
P
E
 
T
Q
 
E
V
 
I
Q
 
L
D
 
Q
N
 
D
E
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
29% identity, 78% coverage: 48:272/289 of query aligns to 4:219/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
I
 
I
L
 
I
T
 
V
L
 
V
E
 
E
D
 
N
I
 
L
S
 
V
V
 
K
S
 
K
F
|
F
D
 
G
G
 
D
F
|
F
K
 
E
A
 
A
L
 
V
N
 
K
D
 
G
L
 
V
N