SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_3232 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_3232 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

5mzyA Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with a possible transition state analog (see paper)
31% identity, 85% coverage: 6:247/285 of query aligns to 8:243/262 of 5mzyA

query
sites
5mzyA
S
 
S
L
 
L
H
 
E
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
A
Q
 
S
F
 
-
V
 
I
N
 
P
D
 
D
G
 
G
D
 
A
T
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
G
G
 
G
F
|
F
T
 
M
-
 
L
H
 
G
L
 
R
I
 
A
P
 
P
T
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
V
H
 
M
E
 
E
I
 
L
I
 
I
R
 
A
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
L
 
L
V
 
I
R
 
S
M
 
L
T
x
P
P
 
N
D
 
P
L
 
L
I
 
P
Y
 
A
D
 
E
Q
 
F
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
C
 
C
A
 
L
R
 
A
K
 
R
L
 
L
I
 
E
F
 
I
S
 
A
W
 
F
G
 
G
G
 
A
N
 
L
P
 
S
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
S
 
R
L
 
V
H
 
R
R
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
C
L
 
L
R
 
K
D
 
R
A
 
A
V
 
M
E
 
E
R
 
Q
Q
 
-
W
 
-
P
 
-
H
 
G
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
W
E
 
R
E
 
E
H
 
H
S
 
D
H
 
G
A
 
Y
D
 
R
L
 
V
A
 
V
N
 
Q
A
 
R
Y
 
L
V
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
I
V
 
P
L
 
A
R
 
P
A
 
D
Y
 
A
A
 
D
G
 
V
S
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
A
K
 
R
V
 
T
N
 
E
P
 
P
L
 
-
I
 
P
K
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
E
C
 
D
P
 
P
F
 
F
T
 
T
G
 
G
E
 
L
V
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
V
V
 
E
P
 
P
S
 
A
V
 
F
R
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
T
 
A
V
 
L
I
 
L
H
 
H
A
 
A
Q
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
E
K
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
Y
L
 
M
W
 
E
G
 
D
I
 
P
L
 
T
G
 
-
V
 
T
Q
 
D
K
 
L
E
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
D
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
A
P
 
K
M
 
L
N
 
P
A
 
R
C
 
A
V
 
T
L
 
L
P
 
P
T
 
G
W
 
F
A
 
Q
L
 
V
S
 
D
A
 
R
V
 
I
C
 
V
H
 
L
V
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
 
L
P
 
P
S
 
T
Y
 
G
A
 
C
H
 
A
G
 
G
Y
 
L
T
 
Y
E
 
P
R
 
H
D
 
D
N
 
D
R
 
E
F
 
M
Y
 
L
Q
 
A
A
 
R
W
 
Y

5mzzC Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 3- methylglutaconate (see paper)
31% identity, 85% coverage: 6:247/285 of query aligns to 8:243/263 of 5mzzC

query
sites
5mzzC
S
 
S
L
 
L
H
 
E
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
A
Q
 
S
F
 
-
V
 
I
N
 
P
D
 
D
G
 
G
D
 
A
T
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
G
G
 
G
F
|
F
T
 
M
-
 
L
H
 
G
L
 
R
I
 
A
P
 
P
T
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
V
H
 
M
E
 
E
I
 
L
I
 
I
R
 
A
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
L
 
L
V
 
I
R
 
S
M
 
L
T
x
P
P
 
N
D
 
P
L
 
L
I
 
P
Y
 
A
D
 
E
Q
 
F
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
C
 
C
A
 
L
R
 
A
K
 
R
L
 
L
I
 
E
F
 
I
S
 
A
W
 
F
G
 
G
G
 
A
N
 
L
P
 
S
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
S
 
R
L
 
V
H
 
R
R
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
C
L
 
L
R
 
K
D
 
R
A
 
A
V
 
M
E
 
E
R
 
Q
Q
 
-
W
 
-
P
 
-
H
 
G
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
W
E
 
R
E
 
E
H
 
H
S
 
D
H
 
G
A
 
Y
D
 
R
L
 
V
A
 
V
N
 
Q
A
 
R
Y
 
L
V
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
I
V
 
P
L
 
A
R
 
P
A
 
D
Y
 
A
A
 
D
G
 
V
S
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
A
K
 
R
V
 
T
N
 
E
P
 
P
L
 
-
I
 
P
K
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
E
C
 
D
P
 
P
F
 
F
T
 
T
G
 
G
E
 
L
V
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
V
V
 
E
P
 
P
S
 
A
V
 
F
R
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
T
 
A
V
 
L
I
 
L
H
 
H
A
 
A
Q
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
E
K
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
Y
L
 
M
W
 
E
G
 
D
I
 
P
L
 
T
G
 
-
V
 
T
Q
 
D
K
 
L
E
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
D
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
A
P
 
K
M
 
L
N
 
P
A
 
R
C
 
A
V
 
T
L
 
L
P
 
P
T
 
G
W
 
F
A
 
Q
L
 
V
S
 
D
A
 
R
V
 
I
C
 
V
H
 
L
V
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
 
L
P
 
P
S
 
T
Y
 
G
A
 
C
H
 
A
G
 
G
Y
 
L
T
 
Y
E
 
P
R
 
H
D
 
D
N
 
D
R
 
E
F
 
M
Y
 
L
Q
 
A
A
 
R
W
 
Y

5mzxC Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 4'- diphospho pantetheine (see paper)
31% identity, 85% coverage: 6:247/285 of query aligns to 8:243/263 of 5mzxC

query
sites
5mzxC
S
 
S
L
 
L
H
 
E
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
A
Q
 
S
F
 
-
V
 
I
N
 
P
D
 
D
G
 
G
D
 
A
T
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
M
-
 
L
H
 
G
L
 
R
I
 
A
P
 
P
T
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
V
H
 
M
E
 
E
I
 
L
I
 
I
R
 
A
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
L
 
L
V
 
I
R
 
S
M
 
L
T
 
P
P
 
N
D
 
P
L
 
L
I
 
P
Y
 
A
D
 
E
Q
 
F
L
 
L
I
 
V
G
 
A
A
 
G
G
 
G
C
 
C
A
 
L
R
 
A
K
 
R
L
 
L
I
 
E
F
 
I
S
 
A
W
x
F
G
 
G
G
 
A
N
 
L
P
 
S
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
S
 
R
L
x
V
H
 
R
R
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
C
L
 
L
R
 
K
D
 
R
A
 
A
V
 
M
E
 
E
R
 
Q
Q
 
-
W
 
-
P
 
-
H
 
G
A
 
T
L
 
L
E
 
A
I
 
W
E
 
R
E
 
E
H
 
H
S
 
D
H
 
G
A
 
Y
D
 
R
L
 
V
A
 
V
N
 
Q
A
 
R
Y
 
L
V
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
S
S
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
I
V
 
P
L
 
A
R
 
P
A
 
D
Y
 
A
A
 
D
G
 
V
S
 
S
D
 
G
L
 
L
P
 
A
K
 
R
V
 
T
N
 
E
P
 
P
L
 
-
I
 
P
K
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
E
C
 
D
P
 
P
F
 
F
T
 
T
G
 
G
E
 
L
V
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
V
V
 
E
P
 
P
S
 
A
V
 
F
R
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
V
T
 
A
V
 
L
I
 
L
H
 
H
A
 
A
Q
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
E
K
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
Y
L
 
M
W
 
E
G
 
D
I
 
P
L
 
T
G
 
-
V
 
T
Q
 
D
K
 
L
E
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
D
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
A
P
 
K
M
 
L
N
 
P
A
 
R
C
 
A
V
 
T
L
 
L
P
 
P
T
 
G
W
 
F
A
 
Q
L
 
V
S
 
D
A
 
R
V
 
I
C
 
V
H
 
L
V
 
A
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
 
L
P
 
P
S
 
T
Y
 
G
A
 
C
H
 
A
G
 
G
Y
 
L
T
 
Y
E
 
P
R
 
H
D
 
D
N
 
D
R
 
E
F
 
M
Y
 
L
Q
 
A
A
 
R
W
 
Y

Q0S7P9 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase alpha subunit; COCHEA-CoA hydrolase alpha subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
26% identity, 99% coverage: 5:285/285 of query aligns to 9:295/296 of Q0S7P9

query
sites
Q0S7P9
L
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
D
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
G
Q
 
E
F
 
-
V
 
L
N
 
R
D
 
S
G
 
G
D
 
M
T
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
I
E
 
G
G
 
G
F
 
W
-
 
G
T
 
S
H
 
R
L
 
R
I
 
K
P
 
P
T
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
V
H
 
R
E
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
Q
 
S
G
 
D
K
 
V
K
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
T
M
 
Y
T
 
G
-
 
G
P
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
-
Y
 
-
D
 
G
Q
 
L
L
 
L
I
 
C
G
 
S
A
 
A
G
 
G
C
 
K
A
 
V
R
 
T
K
 
K
L
 
A
I
 
Y
F
 
Y
-
 
G
-
 
F
-
 
V
S
 
S
W
 
L
G
 
D
G
 
S
N
 
A
P
 
P
G
 
F
V
 
Y
G
 
D
S
 
P
-
 
W
L
 
F
H
 
A
R
 
K
L
 
A
R
 
R
D
 
T
A
 
A
V
 
G
E
 
E
R
 
-
Q
 
-
W
 
-
P
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
I
E
 
A
I
 
V
E
 
R
E
 
E
H
 
M
S
 
D
H
x
E
A
 
G
D
 
M
L
 
V
A
 
K
N
 
C
A
 
G
Y
 
L
V
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
L
V
 
P
L
 
I
R
 
R
A
 
A
Y
 
G
A
 
L
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
K
 
R
V
 
F
-
 
W
N
 
G
P
 
D
L
 
E
I
 
L
K
 
R
T
 
T
V
 
V
T
 
T
C
 
S
P
 
P
F
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
T
 
K
G
 
S
E
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
V
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
L
R
 
N
P
 
L
D
 
D
I
 
A
T
 
A
V
 
L
I
 
V
H
 
H
A
 
L
Q
 
N
K
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
K
K
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
L
 
A
L
 
Y
W
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
K
 
D
E
 
D
A
 
L
-
 
Y
A
 
C
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
K
C
 
R
I
 
F
V
 
V
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
D
 
E
D
 
T
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
V
L
 
K
N
 
T
A
 
V
P
 
P
M
 
L
N
 
Q
A
 
N
C
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
N
T
 
R
W
 
M
A
 
M
L
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
H
 
E
V
 
A
P
 
P
G
 
N
G
 
G
A
 
A
H
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
H
 
G
G
 
D
Y
 
S
T
 
Y
E
 
G
R
 
R
D
 
D
N
 
E
R
 
K
F
 
F
Y
 
Q
Q
 
R
A
 
H
W
 
Y
D
 
A
P
 
E
I
 
S
A
 
A
R
 
K
D
 
T
R
 
P
E
 
Q
T
 
A
F
 
W
T
 
Q
A
 
Q
W
 
F
I
 
V
N
 
A
E
 
T
Y
 
Y
I
 
L
H
 
S
G
 
G
C
 
S
A
 
E
D
 
D
F
 
-
S
 
-
E
 
D
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
K
A
 
K
A
 
F
S
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
Q

6co9A Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab cochea-coa complex (see paper)
25% identity, 99% coverage: 5:285/285 of query aligns to 8:294/295 of 6co9A

query
sites
6co9A
L
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
D
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
G
Q
 
E
F
 
-
V
 
L
N
 
R
D
 
S
G
 
G
D
 
M
T
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
I
E
 
G
G
 
G
F
x
W
-
 
G
T
 
S
H
 
R
L
 
R
I
 
K
P
 
P
T
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
V
H
 
R
E
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
Q
 
S
G
 
D
K
 
V
K
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
T
M
 
Y
T
 
G
-
 
G
P
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
-
Y
 
-
D
 
-
Q
 
-
L
 
-
I
 
-
G
 
G
A
 
L
G
 
L
C
 
C
-
 
S
A
 
A
R
 
G
K
 
K
L
 
V
I
 
T
F
 
K
S
 
A
W
 
Y
G
 
Y
G
 
G
N
 
F
P
 
V
G
 
S
V
 
L
G
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
P
-
 
F
-
x
Y
-
 
D
-
 
P
-
 
W
L
 
F
H
 
A
R
 
K
L
 
A
R
 
R
D
 
T
A
 
A
V
 
G
E
 
E
R
 
-
Q
 
-
W
 
-
P
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
I
E
 
A
I
 
V
E
 
R
E
 
E
H
 
M
S
 
D
H
x
E
A
 
G
D
 
M
L
 
V
A
 
K
N
 
C
A
 
G
Y
 
L
V
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
L
V
 
P
L
 
I
R
 
R
A
 
A
Y
 
G
A
 
L
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
K
 
R
V
 
F
-
 
W
N
 
G
P
 
D
L
 
E
I
 
L
K
 
R
T
 
T
V
 
V
T
 
T
C
 
S
P
 
P
F
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
T
 
K
G
 
S
E
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
V
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
L
R
 
N
P
 
L
D
 
D
I
 
A
T
 
A
V
 
L
I
 
V
H
 
H
A
 
L
Q
 
N
K
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
K
K
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
L
 
A
L
 
Y
W
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
K
 
D
E
 
D
A
 
L
-
 
Y
A
 
C
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
K
C
 
R
I
 
F
V
 
V
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
D
 
E
D
 
T
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
V
L
 
K
N
 
T
A
 
V
P
 
P
M
 
L
N
 
Q
A
 
N
C
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
N
T
 
R
W
 
M
A
 
M
L
 
V
S
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
H
 
E
V
 
A
P
 
P
G
 
N
G
 
G
A
 
A
H
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
H
 
G
G
 
D
Y
 
S
T
 
Y
E
 
G
R
 
R
D
 
D
N
 
E
R
 
K
F
 
F
Y
 
Q
Q
 
R
A
 
H
W
 
Y
D
 
A
P
 
E
I
 
S
A
 
A
R
 
K
D
 
T
R
 
P
E
 
Q
T
 
A
F
 
W
T
 
Q
A
 
Q
W
 
F
I
 
V
N
 
A
E
 
T
Y
 
Y
I
 
L
H
 
S
G
 
G
C
 
S
A
 
E
D
 
D
F
 
-
S
 
-
E
 
D
F
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
K
 
A
L
 
V
A
 
K
A
 
K
A
 
F
S
 
A
E
 
E
A
 
E
K
 
Q

Query Sequence

>Pf1N1B4_3232 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_3232
MAEILSLHDAVKQFVNDGDTVALEGFTHLIPTAAGHEIIRQGKKDLTLVRMTPDLIYDQL
IGAGCARKLIFSWGGNPGVGSLHRLRDAVERQWPHALEIEEHSHADLANAYVAGASGLPF
AVLRAYAGSDLPKVNPLIKTVTCPFTGEVLAAVPSVRPDITVIHAQKADRKGNVLLWGIL
GVQKEAALAAKRCIVTVEEIVDDLNAPMNACVLPTWALSAVCHVPGGAHPSYAHGYTERD
NRFYQAWDPIARDRETFTAWINEYIHGCADFSEFQAKLAAASEAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory