SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_3659 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_3659 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3w6zA Crystal structure of NADP bound l-serine 3-dehydrogenase (k170m) from hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:241/256 of query aligns to 55:293/296 of 3w6zA

query
sites
3w6zA
A
 
A
G
 
G
A
 
V
V
 
Y
A
 
V
L
 
A
A
 
E
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
D
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
E
 
R
A
 
V
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
M
 
M
V
|
V
P
x
S
D
 
D
T
 
A
P
 
P
Q
x
D
V
 
V
D
 
E
D
x
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
F
R
 
G
A
 
P
D
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
E
G
 
G
V
 
A
S
 
R
K
 
P
G
 
G
K
 
L
V
 
I
V
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
 
T
I
 
N
S
 
S
P
 
P
T
 
D
A
 
W
T
 
A
K
 
R
A
 
K
F
 
F
A
 
A
A
 
E
K
 
R
I
 
L
N
 
A
E
 
Q
K
 
Y
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
V
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
I
A
 
E
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
I
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
K
A
 
E
D
 
E
A
 
L
F
 
F
E
 
H
R
 
R
A
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
I
F
 
F
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
N
 
D
I
 
I
T
 
V
L
 
Y
V
 
M
G
 
G
G
 
P
N
 
V
G
 
G
D
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
M
K
 
M
V
 
L
A
 
V
N
 
N
Q
 
Q
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
N
I
 
T
Q
 
V
A
 
A
V
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
K
F
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
A
N
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
M
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
A
E
 
E
A
 
V
L
 
L
M
 
T
G
 
R
G
 
G
F
 
A
A
 
A
S
 
R
S
 
S
K
 
G
I
 
A
L
 
I
E
 
E
V
 
L
H
 
Y
G
 
L
E
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
T
 
D
F
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
G
F
|
F
R
x
K
I
 
A
S
 
E
L
x
H
H
 
L
Q
 
K
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
Y
A
 
V
L
 
L
A
 
E
G
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
K
L
 
R
G
 
G
I
 
V
N
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
G
T
 
A
A
 
E
N
 
L
T
 
A
Q
 
Y
Q
 
E
V
 
L
F
 
Y
S
 
R
T
 
K
C
 
M
A
 
V
A
 
E
I
 
D
G
 
G
G
 
A
S
 
G
N
 
S
W
 
L
D
 
G
H
 
I
S
 
H
A
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3ws7A The 1.18 a resolution structure of l-serine 3-dehydrogenase complexed with NADP+ and sulfate ion from the hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:241/256 of query aligns to 55:290/293 of 3ws7A

query
sites
3ws7A
A
 
A
G
 
G
A
 
V
V
 
Y
A
 
V
L
 
A
A
 
E
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
D
V
 
L
A
 
A
Q
 
K
E
 
R
A
 
V
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
M
|
M
V
|
V
P
x
S
D
 
D
T
 
A
P
 
P
Q
x
D
V
 
V
D
 
E
D
x
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
F
R
 
G
A
 
P
D
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
E
G
 
G
V
 
A
S
 
R
K
 
P
G
 
G
K
 
L
V
 
I
V
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
 
T
I
 
N
S
 
S
P
 
P
T
 
D
A
 
W
T
 
A
K
 
R
A
 
K
F
 
F
A
 
A
A
 
E
K
 
R
I
 
L
N
 
A
E
 
Q
K
 
Y
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
x
T
G
|
G
G
 
G
E
 
Q
V
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
I
A
 
E
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
I
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
K
A
 
E
D
 
E
A
 
L
F
 
F
E
 
H
R
 
R
A
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
I
F
 
F
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
N
 
D
I
 
I
T
 
V
L
 
Y
V
 
M
G
 
G
G
 
P
N
 
V
G
 
G
D
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
M
K
|
K
V
 
L
A
 
V
N
 
N
Q
 
Q
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
N
I
 
T
Q
 
V
A
 
A
V
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
K
F
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
A
N
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
M
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
A
E
 
E
A
 
V
L
 
L
M
 
T
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
A
S
 
R
S
 
S
K
 
G
I
 
A
L
 
I
E
 
E
V
 
L
H
 
Y
G
 
L
E
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
T
 
D
F
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
G
F
|
F
R
x
K
I
 
A
S
 
E
L
x
H
H
 
L
Q
 
K
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
Y
A
 
V
L
 
L
A
 
E
G
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
K
L
 
R
G
 
G
I
 
V
N
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
G
T
 
A
A
 
E
N
 
L
T
 
A
Q
 
Y
Q
 
E
V
 
L
F
 
Y
S
 
R
T
 
K
C
 
M
A
 
V
A
 
E
I
 
D
G
 
G
G
 
A
S
 
G
N
 
S
W
 
L
D
 
G
H
 
I
S
 
H
A
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P0A9V8 3-sulfolactaldehyde reductase; SLA reductase; 4-hydroxybutyrate dehydrogenase; Gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase; GHBDH; Succinic semialdehyde reductase; SSA reductase; EC 1.1.1.373; EC 1.1.1.61 from Escherichia coli (strain K12)
35% identity, 100% coverage: 1:256/256 of query aligns to 41:297/298 of P0A9V8

query
sites
P0A9V8
V
 
V
A
 
D
A
 
K
G
 
G
A
 
A
V
 
T
A
 
P
L
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
K
 
A
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
A
E
 
E
F
 
F
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
 
M
V
x
L
P
 
P
D
 
N
T
 
G
P
 
D
Q
 
L
V
 
V
D
 
R
D
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
F
R
 
G
A
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
C
A
 
E
G
 
G
V
 
L
S
 
S
K
 
T
G
 
D
K
 
A
V
 
L
V
 
V
I
 
I
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
I
S
 
H
P
 
P
T
 
L
A
 
Q
T
 
T
K
 
D
A
 
K
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
D
I
 
M
N
 
Q
E
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
F
Q
 
S
Y
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
x
R
G
x
T
E
 
S
V
 
A
G
 
N
A
 
A
K
 
I
A
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
L
I
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
T
P
 
P
L
 
I
F
 
L
Q
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
E
I
 
L
T
 
I
L
 
N
V
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
P
G
 
G
D
 
M
G
 
G
Q
 
I
T
 
R
A
 
V
K
 
K
V
 
L
A
 
I
N
|
N
Q
x
N
I
x
Y
I
x
M
-
x
S
V
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
I
 
A
Q
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
F
 
C
A
 
E
S
 
A
K
 
L
N
 
N
G
 
-
A
 
-
D
 
L
P
 
P
A
 
F
K
 
D
V
 
V
R
 
A
E
 
V
A
 
K
L
 
V
M
 
M
G
 
S
G
 
G
F
 
T
A
 
A
S
 
A
S
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
H
I
 
F
L
 
T
E
 
T
V
 
S
H
 
W
G
 
P
E
 
N
R
 
K
M
 
V
I
 
L
K
 
S
G
 
G
T
 
D
F
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
A
F
 
F
R
 
M
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
 
A
Q
 
H
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
V
A
 
A
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
H
I
 
V
N
 
P
L
 
M
P
 
P
N
 
L
T
 
G
A
 
A
N
 
A
T
 
S
Q
 
R
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
T
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
G
 
R
S
 
G
N
 
R
W
 
Q
D
 
D
H
 
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
K
 
E
G
 
Q
L
 
V
E
 
R
H
 
V
M
 
S
A
 
A
N
 
G
F
 
M
S
 
T
I
 
A
R
 
K
D
 
V
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6smyA Crystal structure of sla reductase yihu from e. Coli with nadh and product dhps
36% identity, 95% coverage: 1:243/256 of query aligns to 40:283/294 of 6smyA

query
sites
6smyA
V
 
V
A
 
D
A
 
K
G
 
G
A
 
A
V
 
T
A
 
P
L
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
K
 
A
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
A
E
 
E
F
 
F
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
 
M
V
 
L
P
 
P
D
 
N
T
 
G
P
 
D
Q
 
L
V
 
V
D
 
R
D
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
F
R
 
G
A
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
C
A
 
E
G
 
G
V
 
L
S
 
S
K
 
T
G
 
D
K
 
A
V
 
L
V
 
V
I
 
I
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
 
T
I
 
I
S
 
H
P
 
P
T
 
L
A
 
Q
T
 
T
K
 
D
A
 
K
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
D
I
 
M
N
 
Q
E
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
F
Q
 
S
Y
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
 
R
G
 
T
E
 
S
V
 
A
G
 
N
A
 
A
K
 
I
A
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
L
I
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
T
P
 
P
L
 
I
F
 
L
Q
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
E
I
 
L
T
 
I
L
 
N
V
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
P
G
 
G
D
 
M
G
 
G
Q
 
I
T
 
R
A
 
V
K
 
K
V
 
L
A
 
I
N
 
N
Q
 
N
I
 
Y
I
 
M
-
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
I
 
A
Q
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
F
 
C
A
 
E
S
 
A
K
 
L
N
 
N
G
 
-
A
 
-
D
 
L
P
 
P
A
 
F
K
 
D
V
 
V
R
 
A
E
 
V
A
 
K
L
 
V
M
 
M
G
 
S
G
 
G
F
 
T
A
 
A
S
 
A
S
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
H
I
 
F
L
 
T
E
 
T
V
 
S
H
 
W
G
 
P
E
 
N
R
 
K
M
 
V
I
 
L
K
 
S
G
 
G
T
 
D
F
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
A
F
|
F
R
 
M
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
 
A
Q
 
H
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
V
A
 
A
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
H
I
 
V
N
 
P
L
 
M
P
 
P
N
 
L
T
 
G
A
 
A
N
 
A
T
 
S
Q
 
R
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
T
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
G
 
R
S
 
G
N
 
R
W
 
Q
D
 
D
H
x
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
K
 
E

6smzC Crystal structure of sla reductase yihu from e. Coli in complex with nadh
36% identity, 95% coverage: 1:243/256 of query aligns to 40:283/295 of 6smzC

query
sites
6smzC
V
 
V
A
 
D
A
 
K
G
 
G
A
 
A
V
 
T
A
 
P
L
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
K
 
A
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
A
E
 
E
F
 
F
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
|
M
V
x
L
P
 
P
D
 
N
T
 
G
P
 
D
Q
 
L
V
 
V
D
 
R
D
 
N
V
|
V
L
 
L
F
 
F
R
 
G
A
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
C
A
 
E
G
 
G
V
 
L
S
 
S
K
 
T
G
 
D
K
 
A
V
 
L
V
 
V
I
 
I
D
 
D
M
 
M
S
|
S
S
x
T
I
 
I
S
 
H
P
 
P
T
 
L
A
 
Q
T
 
T
K
 
D
A
 
K
F
 
L
A
 
I
A
 
A
K
 
D
I
 
M
N
 
Q
E
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
F
Q
 
S
Y
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
x
R
G
 
T
E
 
S
V
 
A
G
 
N
A
 
A
K
 
I
A
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
L
I
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
T
A
 
A
D
 
E
A
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
T
P
 
P
L
 
I
F
 
L
Q
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
E
I
 
L
T
 
I
L
 
N
V
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
P
G
 
G
D
 
M
G
 
G
Q
 
I
T
 
R
A
 
V
K
 
K
V
 
L
A
 
I
N
 
N
Q
 
N
I
 
Y
I
 
M
-
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
L
N
 
N
I
 
A
Q
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
V
L
 
L
F
 
C
A
 
E
S
 
A
K
 
L
N
 
N
G
 
-
A
 
-
D
 
L
P
 
P
A
 
F
K
 
D
V
 
V
R
 
A
E
 
V
A
 
K
L
 
V
M
 
M
G
 
S
G
 
G
F
 
T
A
 
A
S
 
A
S
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
H
I
 
F
L
 
T
E
 
T
V
 
S
H
 
W
G
 
P
E
 
N
R
 
K
M
 
V
I
 
L
K
 
S
G
 
G
T
 
D
F
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
A
F
 
F
R
 
M
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
 
A
Q
 
H
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
I
A
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
V
A
 
A
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
H
I
 
V
N
 
P
L
 
M
P
 
P
N
 
L
T
 
G
A
 
A
N
 
A
T
 
S
Q
 
R
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
T
 
Q
C
 
A
A
 
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
G
 
R
S
 
G
N
 
R
W
 
Q
D
 
D
H
 
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
K
 
E

Sites not aligning to the query:

P29266 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Rattus norvegicus (Rat) (see paper)
31% identity, 97% coverage: 3:251/256 of query aligns to 80:335/335 of P29266

query
sites
P29266
A
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
Q
A
 
V
L
 
A
A
 
S
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
D
F
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
 
M
V
 
L
P
 
P
D
 
S
T
 
S
P
 
M
Q
 
N
V
 
S
D
 
I
D
 
E
V
 
V
L
 
Y
F
 
S
R
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
K
G
 
K
V
 
V
S
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
S
V
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
 
T
I
 
I
S
 
D
P
 
P
T
 
S
A
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
E
I
 
V
N
 
E
E
 
K
K
 
M
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
Y
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
V
A
 
E
D
 
N
A
 
E
F
 
F
E
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
Q
P
 
E
L
 
L
F
 
L
Q
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
N
I
 
V
T
 
L
L
 
Y
V
 
C
G
 
G
G
 
A
N
 
V
G
 
G
D
 
S
G
 
G
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
K
|
K
V
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
x
N
I
 
M
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
I
N
 
S
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
F
 
L
A
 
G
S
 
I
K
 
R
N
 
S
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
K
 
L
V
 
L
R
 
A
E
 
K
A
 
I
L
 
L
M
 
-
G
 
-
G
 
N
F
 
M
A
 
S
S
 
S
S
 
G
K
 
R
I
 
C
L
 
W
E
 
S
V
 
S
H
 
D
G
 
T
E
 
Y
R
 
N
M
 
P
I
 
V
K
 
P
G
 
G
T
 
V
F
 
M
D
 
D
-
 
G
-
 
V
P
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
G
I
 
T
S
 
T
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
D
G
 
S
A
 
A
R
 
T
E
 
S
L
 
T
G
 
K
I
 
T
N
 
P
L
 
I
P
 
L
N
 
L
T
 
G
A
 
S
N
 
V
T
 
A
Q
 
H
Q
 
Q
V
 
I
F
 
Y
S
 
R
T
 
M
C
 
M
A
 
C
A
 
S
I
 
K
G
 
G
G
 
Y
S
 
S
N
 
K
W
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
K
 
Q
G
 
Y
L
 
L
E
 
R
H
 
E
M
 
E
A
 
E
N
 
T
F
 
F

Sites not aligning to the query:

P31937 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Homo sapiens (Human) (see paper)
31% identity, 97% coverage: 3:251/256 of query aligns to 81:336/336 of P31937

query
sites
P31937
A
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
Q
A
 
V
L
 
V
A
 
S
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
D
F
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
 
M
V
x
L
P
|
P
D
 
T
T
 
S
P
 
I
Q
x
N
V
 
A
D
 
I
D
 
E
V
 
A
L
 
Y
F
 
S
R
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
K
G
 
K
V
 
V
S
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
S
V
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
S
 
D
P
 
P
T
 
A
A
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
E
I
 
V
N
 
E
E
 
K
K
 
M
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
Y
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
V
A
 
E
D
 
D
A
 
E
F
 
F
E
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
Q
P
 
E
L
 
L
F
 
L
Q
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
N
I
 
V
T
 
V
L
 
Y
V
 
C
G
 
G
G
 
A
N
 
V
G
 
G
D
 
T
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
I
 
M
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
I
N
 
S
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
F
 
L
A
 
G
S
 
I
K
 
R
N
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
K
 
L
V
 
L
R
 
A
E
 
K
A
 
I
L
 
L
M
 
-
G
 
-
G
 
N
F
 
M
A
 
S
S
 
S
S
 
G
K
 
R
I
 
C
L
 
W
E
 
S
V
 
S
H
 
D
G
 
T
E
 
Y
R
 
N
M
 
P
I
 
V
K
 
P
G
 
G
T
 
V
F
 
M
D
 
D
-
 
G
-
 
V
P
 
P
-
 
S
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
G
I
 
T
S
 
T
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
D
G
 
S
A
 
A
R
 
T
E
 
S
L
 
T
G
 
K
I
 
S
N
 
P
L
 
I
P
 
L
N
 
L
T
 
G
A
 
S
N
 
L
T
 
A
Q
 
H
Q
 
Q
V
 
I
F
 
Y
S
 
R
T
 
M
C
 
M
A
 
C
A
 
A
I
 
K
G
 
G
G
 
Y
S
 
S
N
 
K
W
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
K
 
Q
G
 
F
L
 
L
E
 
R
H
 
E
M
 
E
A
 
E
N
 
T
F
 
F

Sites not aligning to the query:

3pduA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter sulfurreducens in complex with NADP+ (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:246/256 of query aligns to 41:286/287 of 3pduA

query
sites
3pduA
V
 
V
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
R
A
 
Q
L
 
A
A
 
S
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
C
Q
 
A
E
 
A
A
 
C
E
 
D
F
 
I
I
 
T
I
 
I
V
 
A
M
|
M
V
x
L
P
x
A
D
 
D
T
 
P
P
 
A
Q
x
A
V
 
A
D
 
R
D
 
E
V
 
V
L
 
C
F
 
F
R
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
G
K
 
G
G
 
G
K
 
R
V
 
G
V
 
Y
I
 
I
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
S
 
D
P
 
D
T
 
E
A
 
T
T
 
S
K
 
T
A
 
A
F
 
I
A
 
G
A
 
A
K
 
A
I
 
V
N
 
T
E
 
A
K
 
R
G
 
G
A
 
G
Q
 
R
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
T
E
 
K
V
 
K
G
 
P
A
 
A
K
 
E
A
 
D
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
I
I
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
Q
D
 
S
A
 
L
F
 
F
E
 
T
R
 
D
A
 
A
L
 
G
P
 
P
L
 
A
F
 
F
Q
 
A
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
K
I
 
C
T
 
L
L
 
H
V
 
L
G
 
G
G
 
E
N
 
V
G
 
G
D
 
Q
G
 
G
Q
 
A
T
 
R
A
 
M
K
|
K
V
 
L
A
 
V
N
 
V
Q
 
N
I
 
M
I
 
I
V
 
M
A
 
G
L
 
Q
N
 
M
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
V
 
L
A
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
M
L
 
A
F
 
L
A
 
G
S
 
R
K
 
N
N
 
C
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
G
A
 
G
K
 
Q
V
 
L
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
L
M
 
D
G
 
A
G
 
G
F
 
A
A
 
M
S
 
A
S
 
N
K
 
P
I
 
M
L
 
F
E
 
K
V
 
G
H
 
K
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
M
 
L
I
 
L
K
 
S
G
 
G
T
 
E
F
 
F
D
 
P
P
 
T
G
x
S
F
|
F
R
x
P
I
 
L
S
 
K
L
x
H
H
 
M
Q
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
x
R
L
 
L
A
 
A
L
 
V
A
x
E
G
 
L
A
 
G
R
 
D
E
x
R
L
 
L
G
 
G
I
 
Q
N
 
P
L
 
L
P
 
H
N
 
G
T
 
A
A
 
A
N
 
T
T
 
A
Q
 
N
Q
 
E
V
 
S
F
 
F
S
 
K
T
 
R
C
 
A
A
 
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
G
 
H
S
 
A
N
 
D
W
 
E
D
 
D
H
 
F
S
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
F
K
 
R
G
 
V
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

5je8B The crystal structure of bacillus cereus 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase in complex with NAD (see paper)
32% identity, 94% coverage: 4:243/256 of query aligns to 47:287/294 of 5je8B

query
sites
5je8B
G
 
G
A
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
L
A
 
S
N
 
I
P
 
S
K
 
K
E
 
-
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
E
 
T
A
 
C
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
F
V
 
T
M
 
S
V
x
L
P
|
P
D
 
S
T
 
P
P
 
R
Q
 
A
V
 
V
D
 
E
D
 
A
V
|
V
L
 
Y
F
 
F
R
 
G
A
 
A
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
F
A
 
E
G
 
N
V
 
G
S
 
H
K
 
S
G
 
N
K
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
T
S
|
S
S
 
T
I
 
V
S
 
S
P
 
P
T
 
Q
A
 
L
T
 
N
K
 
K
A
 
Q
F
 
L
A
 
E
A
 
E
K
 
A
I
 
A
N
 
K
E
 
E
K
 
K
G
 
K
A
 
V
Q
 
D
Y
 
F
L
 
L
D
 
A
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
K
 
E
A
 
N
A
 
R
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
S
A
 
K
D
 
D
A
 
V
F
 
Y
E
 
E
R
 
K
A
 
T
L
 
E
P
 
S
L
 
I
F
 
M
Q
 
G
A
 
V
M
 
L
G
 
G
K
 
A
N
 
N
I
 
I
T
 
F
L
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
E
N
 
Q
G
 
I
D
 
D
-
 
S
G
 
G
Q
 
T
T
 
T
A
 
V
K
 
K
V
 
L
A
 
I
N
 
N
Q
 
N
I
 
L
I
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
F
N
 
Y
I
 
T
Q
 
A
A
 
G
V
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
T
F
 
L
A
 
A
S
 
K
K
 
K
N
 
N
G
 
N
A
 
M
D
 
D
P
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
M
R
 
F
E
 
D
A
 
I
L
 
L
M
 
N
G
 
V
G
 
S
F
 
Y
A
 
G
S
 
Q
S
 
S
K
 
R
I
 
I
L
 
Y
E
 
E
V
 
R
H
 
N
G
 
Y
E
 
K
R
 
S
M
 
F
I
 
I
-
 
A
K
 
P
G
 
E
T
 
N
F
 
Y
D
 
E
P
 
P
G
 
G
F
 
F
R
 
T
I
 
V
S
 
N
L
 
L
H
 
L
Q
 
K
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
F
A
 
A
L
 
V
A
 
D
G
 
L
A
 
A
R
 
K
E
 
E
L
 
S
G
 
E
I
 
L
N
 
H
L
 
L
P
 
P
N
 
V
T
 
S
A
 
E
N
 
M
T
 
L
Q
 
L
Q
 
N
V
 
V
F
 
Y
S
 
D
T
 
E
C
 
A
A
 
S
A
 
Q
I
 
A
G
 
G
G
 
Y
S
 
G
N
 
E
W
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
Y
K
 
K

Sites not aligning to the query:

2i9pB Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexed with NAD+
31% identity, 96% coverage: 3:247/256 of query aligns to 42:293/296 of 2i9pB

query
sites
2i9pB
A
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
Q
A
 
V
L
 
V
A
 
S
N
 
S
P
 
P
K
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
E
 
K
A
 
A
E
 
D
F
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
T
M
|
M
V
x
L
P
|
P
D
 
T
T
 
S
P
 
I
Q
 
N
V
 
A
D
 
I
D
 
E
V
 
A
L
 
Y
F
 
S
R
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
V
 
I
A
 
L
A
 
K
G
 
K
V
 
V
S
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
S
V
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
S
 
D
P
 
P
T
 
A
A
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
E
I
 
V
N
 
E
E
 
K
K
 
M
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
Y
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
E
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
V
A
 
E
D
 
D
A
 
E
F
 
F
E
 
A
R
 
A
A
 
A
L
 
Q
P
 
E
L
 
L
F
 
L
Q
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
N
 
N
I
 
V
T
 
V
L
 
Y
V
 
C
G
 
G
G
 
A
N
 
V
G
 
G
D
 
T
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
I
 
M
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
I
N
 
S
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
F
 
L
A
 
G
S
 
I
K
 
R
N
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
K
 
L
V
 
L
R
 
A
E
 
K
A
 
I
L
 
L
M
 
-
G
 
-
G
 
N
F
 
M
A
 
S
S
 
S
S
 
G
K
 
R
I
 
C
L
 
W
E
 
S
V
 
S
H
 
D
G
 
T
E
 
Y
R
 
N
M
 
P
I
 
V
K
 
P
G
 
G
T
 
V
F
 
M
D
 
D
-
 
G
-
 
V
P
 
P
-
 
S
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
G
 
G
F
|
F
R
 
G
I
 
T
S
 
T
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
D
G
 
S
A
 
A
R
 
T
E
 
S
L
 
T
G
 
K
I
 
S
N
 
P
L
 
I
P
 
L
N
 
L
T
 
G
A
 
S
N
 
L
T
 
A
Q
 
H
Q
 
Q
V
 
I
F
 
Y
S
 
R
T
 
M
C
 
M
A
 
C
A
 
A
I
 
K
G
 
G
G
 
Y
S
 
S
N
 
K
W
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
K
 
Q
G
 
F
L
 
L
E
 
R
H
 
E

Sites not aligning to the query:

3pefA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter metallireducens in complex with NADP+ (see paper)
29% identity, 96% coverage: 2:247/256 of query aligns to 42:287/287 of 3pefA

query
sites
3pefA
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
E
A
 
R
L
 
A
A
 
A
N
 
T
P
 
P
K
 
C
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
E
E
 
S
A
 
C
E
 
P
F
 
V
I
 
T
I
 
F
V
 
A
M
|
M
V
x
L
P
x
A
D
|
D
T
 
P
P
 
A
Q
x
A
V
 
A
D
 
E
D
x
E
V
 
V
L
 
C
F
 
F
R
 
G
A
 
K
D
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
E
G
 
G
V
 
I
S
 
G
K
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
G
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
S
 
D
P
 
P
T
 
A
A
 
T
T
 
S
K
 
Q
A
 
R
F
 
I
A
 
G
A
 
V
K
 
A
I
 
V
N
 
V
E
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
G
Q
 
R
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
S
E
 
K
V
 
K
G
 
P
A
 
A
K
 
E
A
 
D
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
I
I
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
R
D
 
N
A
 
L
F
 
Y
E
 
D
R
 
E
A
 
A
L
 
M
P
 
P
L
 
G
F
 
F
Q
 
E
A
 
K
M
 
M
G
 
G
K
 
K
N
 
K
I
 
I
T
 
I
L
 
H
V
 
L
G
 
G
G
 
D
N
 
V
G
 
G
D
 
K
G
 
G
Q
 
A
T
 
E
A
 
M
K
|
K
V
 
L
A
 
V
N
 
V
Q
x
N
I
 
M
I
 
V
V
x
M
A
 
G
L
 
G
N
 
M
I
 
M
Q
 
A
A
 
C
V
 
F
A
 
C
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
A
F
 
L
A
 
G
S
 
E
K
 
K
N
 
A
G
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
T
A
 
D
K
 
A
V
 
I
R
x
L
E
 
D
A
 
V
L
 
I
M
x
G
G
 
A
G
 
G
F
 
A
A
 
M
S
 
A
S
x
N
K
 
P
I
 
M
L
 
F
E
x
A
V
 
L
H
 
K
G
 
G
E
 
G
R
 
L
M
 
I
I
 
R
K
 
D
G
 
R
T
 
N
F
 
F
D
 
A
P
 
P
G
x
A
F
|
F
R
 
P
I
 
L
S
 
K
L
x
H
H
 
M
Q
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
x
R
L
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
L
A
 
G
R
 
D
E
 
R
L
 
V
G
 
G
I
 
Q
N
 
P
L
 
L
P
 
V
N
 
A
T
 
S
A
 
A
N
 
A
T
 
A
Q
 
N
Q
 
E
V
 
L
F
 
F
S
 
K
T
 
G
C
 
A
A
x
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
G
 
F
S
 
G
N
 
D
W
 
E
D
 
D
H
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
F
K
 
K
G
 
T
L
 
Y
E
 
E
H
 
R

Sites not aligning to the query:

1wp4A Structure of tt368 protein from thermus thermophilus hb8 (see paper)
32% identity, 96% coverage: 9:254/256 of query aligns to 46:288/288 of 1wp4A

query
sites
1wp4A
A
 
A
N
 
V
P
 
P
K
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
V
Q
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
R
F
 
V
I
 
I
I
 
F
V
 
T
M
x
C
V
x
L
P
|
P
D
 
T
T
 
T
P
 
R
Q
x
E
V
 
V
D
 
Y
D
 
E
V
 
V
L
 
-
F
 
-
R
 
-
A
 
A
D
 
E
G
 
A
V
 
L
A
 
Y
A
 
P
G
 
Y
V
 
L
S
 
R
K
 
E
G
 
G
K
 
T
V
 
Y
V
 
W
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
T
S
|
S
I
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
E
A
 
A
T
 
S
K
 
R
A
 
R
F
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
R
I
 
L
N
 
R
E
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
T
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
T
V
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
E
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
M
 
M
V
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
P
A
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
V
L
 
R
P
 
P
L
 
-
F
 
F
Q
 
L
A
 
A
M
 
Y
G
 
A
K
 
K
N
 
K
I
 
V
T
 
V
L
 
H
V
 
V
G
 
G
G
 
P
N
 
V
G
 
G
D
 
A
G
 
G
Q
 
H
T
 
A
A
 
V
K
|
K
V
 
A
A
 
I
N
|
N
Q
x
N
I
 
A
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
N
I
 
L
Q
 
W
A
 
A
V
 
A
A
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
A
A
 
L
S
 
V
K
 
K
N
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
S
P
 
A
A
 
E
K
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
I
M
 
N
G
 
A
G
 
S
F
 
S
A
 
G
S
 
R
S
 
S
K
 
N
I
 
A
L
 
T
E
 
E
-
 
N
V
 
L
H
 
I
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
M
 
V
I
 
L
K
 
T
G
 
R
T
 
A
F
 
F
D
 
P
P
 
K
G
x
T
F
|
F
R
 
A
I
 
L
S
 
G
L
 
L
H
 
L
Q
 
V
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
I
A
 
A
L
 
M
A
 
G
G
 
V
A
 
L
R
 
D
E
 
G
L
 
E
G
 
K
I
 
A
N
 
P
L
 
S
P
 
P
N
 
L
T
 
L
A
 
R
N
 
L
T
 
A
Q
 
R
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
E
T
 
M
C
 
A
A
 
K
A
 
R
I
 
E
G
 
L
G
 
G
S
 
P
N
 
D
W
 
A
D
 
D
H
 
H
S
 
V
A
 
E
L
 
A
I
 
L
K
 
R
G
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
W
A
 
G
N
 
G
F
 
V
S
 
E
I
 
I
R
 
R

Sites not aligning to the query:

2cvzC Structure of hydroxyisobutyrate dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
32% identity, 96% coverage: 9:254/256 of query aligns to 47:289/289 of 2cvzC

query
sites
2cvzC
A
 
A
N
 
V
P
 
P
K
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
V
Q
 
A
E
 
E
A
 
A
E
 
R
F
 
V
I
 
I
I
 
F
V
 
T
M
x
C
V
x
L
P
|
P
D
 
T
T
 
T
P
 
R
Q
x
E
V
 
V
D
 
Y
D
x
E
V
 
V
L
 
-
F
 
-
R
 
-
A
 
A
D
 
E
G
 
A
V
 
L
A
 
Y
A
 
P
G
 
Y
V
 
L
S
 
R
K
 
E
G
 
G
K
 
T
V
 
Y
V
 
W
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
T
S
|
S
I
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
E
A
 
A
T
 
S
K
 
R
A
 
R
F
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
R
I
 
L
N
 
R
E
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
T
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
T
V
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
E
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
M
 
M
V
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
P
A
 
E
D
 
E
A
 
A
F
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
V
L
 
R
P
 
P
L
 
-
F
 
F
Q
 
L
A
 
A
M
 
Y
G
 
A
K
 
K
N
 
K
I
 
V
T
 
V
L
 
H
V
 
V
G
 
G
G
 
P
N
 
V
G
 
G
D
 
A
G
 
G
Q
 
H
T
 
A
A
 
V
K
|
K
V
 
A
A
 
I
N
|
N
Q
x
N
I
 
A
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
N
I
 
L
Q
 
W
A
 
A
V
 
A
A
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
F
 
A
A
 
L
S
 
V
K
 
K
N
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
S
P
 
A
A
 
E
K
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
I
M
 
N
G
 
A
G
 
S
F
 
S
A
 
G
S
 
R
S
 
S
K
 
N
I
 
A
L
 
T
E
 
E
-
 
N
V
 
L
H
 
I
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
M
 
V
I
 
L
K
 
T
G
 
R
T
 
A
F
 
F
D
 
P
P
 
K
G
 
T
F
|
F
R
 
A
I
 
L
S
 
G
L
 
L
H
 
L
Q
 
V
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
I
A
 
A
L
 
M
A
 
G
G
 
V
A
 
L
R
 
D
E
 
G
L
 
E
G
 
K
I
 
A
N
 
P
L
 
S
P
 
P
N
 
L
T
 
L
A
 
R
N
 
L
T
 
A
Q
 
R
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
E
T
 
M
C
 
A
A
 
K
A
 
R
I
 
E
G
 
L
G
 
G
S
 
P
N
 
D
W
 
A
D
 
D
H
 
H
S
 
V
A
 
E
L
 
A
I
 
L
K
 
R
G
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
W
A
 
G
N
 
G
F
 
V
S
 
E
I
 
I
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Q9I5I6 NAD-dependent L-serine dehydrogenase; L-serine 3-dehydrogenase (NAD(+)); EC 1.1.1.387 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
37% identity, 73% coverage: 16:203/256 of query aligns to 56:250/298 of Q9I5I6

query
sites
Q9I5I6
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
S
M
 
M
V
 
L
P
|
P
D
 
A
T
 
S
P
 
Q
Q
 
H
V
 
V
D
 
E
D
 
G
V
 
L
L
 
Y
F
 
L
R
 
D
A
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
L
A
 
L
A
 
A
G
 
H
V
 
I
S
 
A
K
 
P
G
 
G
K
 
T
V
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
E
M
 
C
S
 
S
S
x
T
I
 
I
S
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
S
T
 
A
K
 
R
A
 
K
F
 
I
A
 
H
A
 
A
K
 
A
I
 
A
N
 
R
E
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
Y
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
A
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
L
E
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
F
 
F
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
N
 
N
I
 
I
T
 
F
L
 
H
V
 
A
G
 
G
G
 
P
N
 
D
G
 
G
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
K
|
K
V
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
x
N
I
 
Q
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
L
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
A
F
 
L
A
 
G
S
 
V
K
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
L
D
 
E
P
 
A
A
 
K
K
 
V
V
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
I
L
 
M
M
 
R
G
 
R
G
 
S
F
 
S
A
 
G
S
 
G
S
 
N
K
x
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
H
x
Y
G
 
N
E
 
P
R
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
E
-
 
N
-
 
A
M
 
P
I
 
A
K
 
S
G
 
R
T
 
D
F
 
Y
D
 
S
P
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
M
I
 
A
S
 
Q
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
|
K
D
|
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3q3cA Crystal structure of a serine dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with NAD (see paper)
38% identity, 73% coverage: 16:203/256 of query aligns to 55:248/294 of 3q3cA

query
sites
3q3cA
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
S
M
|
M
V
x
L
P
|
P
D
 
A
T
 
S
P
 
Q
Q
 
H
V
 
V
D
 
E
D
 
G
V
 
-
L
 
L
F
 
Y
R
 
L
A
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
L
A
 
L
A
 
A
G
 
H
V
 
I
S
 
A
K
 
P
G
 
G
K
 
T
V
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
E
M
 
C
S
 
S
S
x
T
I
 
I
S
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
S
T
 
A
K
 
R
A
 
K
F
 
I
A
 
H
A
 
A
K
 
A
I
 
A
N
 
R
E
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
Y
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
E
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
A
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
L
E
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
F
 
F
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
N
 
N
I
 
I
T
 
F
L
 
H
V
 
A
G
 
G
G
 
P
N
 
D
G
 
G
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
I
 
Q
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
L
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
A
F
 
L
A
 
G
S
 
V
K
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
L
D
 
E
P
 
A
A
 
K
K
 
V
V
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
I
L
 
M
M
 
R
G
 
R
G
 
S
F
 
S
A
 
G
S
 
G
S
 
N
K
 
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
H
 
Y
G
 
N
E
 
P
R
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
E
-
 
N
-
 
A
M
 
P
I
 
A
K
 
S
G
 
R
T
 
D
F
 
Y
D
 
S
P
 
G
G
 
G
F
|
F
R
 
M
I
 
A
S
 
Q
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3obbA Crystal structure of a possible 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
37% identity, 73% coverage: 16:203/256 of query aligns to 56:249/295 of 3obbA

query
sites
3obbA
Q
 
Q
E
 
G
A
 
A
E
 
D
F
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
S
M
 
M
V
 
L
P
 
P
D
 
A
T
 
S
P
 
Q
Q
 
H
V
 
V
D
 
E
D
 
G
V
 
L
L
 
Y
F
 
L
R
 
D
A
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
L
A
 
L
A
 
A
G
 
H
V
 
I
S
 
A
K
 
P
G
 
-
K
 
T
V
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
E
M
 
C
S
 
S
S
 
T
I
 
I
S
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
S
T
 
A
K
 
R
A
 
K
F
 
I
A
 
H
A
 
A
K
 
A
I
 
A
N
 
R
E
 
E
K
 
R
G
 
G
A
 
L
Q
 
A
Y
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
|
G
G
|
G
E
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
A
A
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
L
E
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
R
P
 
P
L
 
L
F
 
F
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
N
 
N
I
 
I
T
 
F
L
 
H
V
 
A
G
 
G
G
 
P
N
 
D
G
 
G
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
K
|
K
V
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
x
N
I
 
Q
I
 
L
V
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
L
I
 
M
Q
 
I
A
 
G
V
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
A
F
 
L
A
 
G
S
 
V
K
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
L
D
 
E
P
 
A
A
 
K
K
 
V
V
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
I
L
 
M
M
 
R
G
 
R
G
 
S
F
 
S
A
 
G
S
 
G
S
 
N
K
x
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
H
x
Y
G
 
N
E
 
P
R
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
E
-
 
N
-
 
A
M
 
P
I
 
A
K
 
S
G
 
R
T
 
D
F
 
Y
D
 
S
P
 
G
G
 
G
F
|
F
R
 
M
I
 
A
S
 
Q
L
 
L
H
 
M
Q
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
G
L
 
L

2uyyA Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac
27% identity, 93% coverage: 10:247/256 of query aligns to 55:292/292 of 2uyyA

query
sites
2uyyA
N
 
T
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
S
E
 
T
A
 
C
E
 
D
F
 
I
I
 
T
I
 
F
V
 
A
M
 
C
V
|
V
P
x
S
D
 
D
T
 
P
P
 
K
Q
x
A
V
 
A
D
 
K
D
 
D
V
 
L
L
 
V
F
 
L
R
 
G
A
 
P
D
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
R
K
 
P
G
 
G
K
 
K
V
 
C
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
S
 
D
P
 
A
T
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
T
A
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
Q
K
 
V
I
 
I
N
 
V
E
 
S
K
 
R
G
 
G
A
 
G
Q
 
R
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
N
E
 
Q
V
 
Q
G
 
L
A
 
S
K
 
N
A
 
D
A
 
G
T
 
M
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
R
D
 
G
A
 
L
F
 
Y
E
 
E
R
 
D
A
 
C
L
 
S
P
 
S
L
 
C
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
K
N
 
T
I
 
S
T
 
F
L
 
F
V
 
L
G
 
G
G
 
E
N
 
V
G
 
G
D
 
N
G
 
A
Q
 
A
T
 
K
A
 
M
K
 
M
V
 
L
A
 
I
N
 
V
Q
 
N
I
 
M
I
 
V
V
 
Q
A
 
G
L
 
S
N
 
F
I
 
M
Q
 
A
A
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
T
F
 
L
A
 
A
S
 
Q
K
 
V
N
 
T
G
 
G
A
 
Q
D
 
S
P
 
Q
A
 
Q
K
 
T
V
 
L
R
 
L
E
 
D
A
 
I
L
 
L
M
 
N
G
 
Q
G
 
G
F
 
Q
A
 
L
S
 
A
S
 
S
K
 
I
I
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
Q
H
 
K
G
 
C
E
 
Q
R
 
N
M
 
I
I
 
L
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
F
 
F
D
 
K
P
 
P
G
 
D
F
|
F
R
x
Y
I
 
L
S
 
K
L
x
Y
H
 
I
Q
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
L
A
 
G
R
 
D
E
 
A
L
 
V
G
 
N
I
 
H
N
 
P
L
 
T
P
 
P
N
 
M
T
 
A
A
 
A
N
 
A
T
 
A
Q
 
N
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
K
T
 
R
C
 
A
A
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
D
G
 
Q
S
 
S
N
 
D
W
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
Y
K
 
R
G
 
A
L
 
Y
E
 
I
H
 
H

Sites not aligning to the query:

Q49A26 Cytokine-like nuclear factor N-PAC; NPAC; 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like protein; Glyoxylate reductase 1 homolog; Nuclear protein NP60; Nuclear protein of 60 kDa; Nucleosome-destabilizing factor; hNDF; Putative oxidoreductase GLYR1 from Homo sapiens (Human) (see 3 papers)
27% identity, 96% coverage: 1:247/256 of query aligns to 307:553/553 of Q49A26

query
sites
Q49A26
V
 
I
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
A
 
A
V
 
R
A
 
L
L
 
G
A
 
R
N
 
T
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
S
E
 
T
A
 
C
E
 
D
F
 
I
I
 
T
I
 
F
V
 
A
M
 
C
V
 
V
P
 
S
D
 
D
T
 
P
P
 
K
Q
 
A
V
 
A
D
 
K
D
 
D
V
 
L
L
 
V
F
 
L
R
 
G
A
 
P
D
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
R
K
 
P
G
 
G
K
 
K
V
 
C
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
S
 
D
P
 
A
T
 
D
A
 
T
T
 
V
K
 
T
A
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
Q
K
 
V
I
 
I
N
 
V
E
 
S
K
 
R
G
 
G
A
 
G
Q
 
R
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
N
E
 
Q
V
 
Q
G
 
L
A
 
S
K
 
N
A
 
D
A
 
G
T
 
M
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
R
D
 
G
A
 
L
F
 
Y
E
 
E
R
 
D
A
 
C
L
 
S
P
 
S
L
 
C
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
K
N
 
T
I
 
S
T
 
F
L
 
F
V
 
L
G
 
G
G
 
E
N
 
V
G
 
G
D
 
N
G
 
A
Q
 
A
T
 
K
A
 
M
K
x
M
V
 
L
A
 
I
N
 
V
Q
 
N
I
 
M
I
 
V
V
 
Q
A
 
G
L
 
S
N
 
F
I
 
M
Q
 
A
A
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
T
F
 
L
A
 
A
S
 
Q
K
 
V
N
 
T
G
 
G
A
 
Q
D
 
S
P
 
Q
A
 
Q
K
 
T
V
 
L
R
 
L
E
 
D
A
 
I
L
 
L
M
 
N
G
 
Q
G
 
G
F
 
Q
A
 
L
S
 
A
S
 
S
K
 
I
I
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
Q
H
 
K
G
 
C
E
 
Q
R
 
N
M
 
I
I
 
L
K
 
Q
G
 
G
T
 
N
F
 
F
D
 
K
P
|
P
G
 
D
F
 
F
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
L
 
Y
H
 
I
Q
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
N
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
L
A
 
G
R
 
D
E
 
A
L
 
V
G
 
N
I
 
H
N
 
P
L
 
T
P
 
P
N
 
M
T
 
A
A
 
A
N
 
A
T
 
A
Q
 
N
Q
 
E
V
 
V
F
 
Y
S
 
K
T
 
R
C
 
A
A
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
D
G
 
Q
S
 
S
N
 
D
W
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
Y
K
 
R
G
 
A
L
 
Y
E
 
I
H
 
H

Sites not aligning to the query:

Q922P9 Cytokine-like nuclear factor N-PAC; NPAC; Glyoxylate reductase 1 homolog; Nuclear protein NP60; Putative oxidoreductase GLYR1 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
27% identity, 95% coverage: 4:247/256 of query aligns to 303:546/546 of Q922P9

query
sites
Q922P9
G
 
G
A
 
A
V
 
R
A
 
L
L
 
G
A
 
R
N
 
T
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
S
E
 
T
A
 
C
E
 
D
F
 
I
I
 
T
I
 
F
V
 
A
M
 
C
V
 
V
P
 
S
D
 
D
T
 
P
P
 
K
Q
 
A
V
 
A
D
 
K
D
 
D
V
 
L
L
 
V
F
 
L
R
 
G
A
 
P
D
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
S
 
R
K
 
P
G
 
G
K
 
K
V
 
C
V
 
Y
I
 
V