SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_4285 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_4285 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
40% identity, 92% coverage: 27:308/308 of query aligns to 9:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
S
 
S
Q
 
N
F
 
L
D
|
D
D
 
E
T
 
-
W
x
F
L
|
L
T
 
T
Y
 
Y
L
 
M
R
 
Q
E
 
D
S
 
A
M
 
M
D
 
K
T
 
E
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
G
 
-
V
 
F
K
 
E
L
 
F
Q
 
I
F
 
F
E
 
S
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
T
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
S
 
N
F
 
F
I
 
I
S
 
S
Q
 
R
K
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
T
A
 
T
A
 
S
T
 
A
K
 
V
K
 
D
I
 
I
T
 
V
E
 
N
A
 
M
A
 
V
V
 
N
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
Y
 
I
V
 
A
N
|
N
R
|
R
R
 
T
P
 
F
D
 
D
D
 
G
L
 
V
N
 
D
L
 
-
P
 
-
K
 
Q
G
 
A
V
 
T
V
 
A
T
 
F
V
 
V
A
 
G
S
 
S
N
 
E
D
 
S
L
 
I
E
 
Q
A
 
S
G
 
G
Q
 
L
M
 
L
Q
 
Q
M
 
M
Q
 
E
Y
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
K
K
 
L
M
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
A
I
 
I
L
 
M
L
 
D
G
 
G
D
 
E
L
 
L
A
 
G
N
 
H
N
 
E
S
 
A
T
 
Q
T
 
I
N
 
M
R
|
R
T
 
T
K
 
E
G
 
G
V
 
N
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
L
 
I
T
 
E
K
 
E
Y
 
H
P
 
D
N
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
E
 
V
Q
 
L
E
 
Q
Q
 
G
S
 
T
G
 
A
I
 
K
W
 
F
S
 
D
R
 
R
D
 
S
K
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
R
L
 
L
V
 
M
N
 
E
D
 
N
W
 
W
L
 
L
T
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
T
K
 
E
F
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
K
A
x
L
K
 
D
G
 
-
S
 
D
V
|
V
L
 
I
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
T
 
T
P
 
P
D
 
A
G
 
A
L
 
L
N
 
E
A
 
A
V
 
M
K
 
K
K
 
E
G
 
G
S
 
K
L
 
L
L
 
D
V
 
V
S
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
A
 
G
D
 
A
G
 
T
S
 
S
I
 
V
D
 
K
T
 
V
A
 
A
V
 
V
K
 
Q
M
 
A
A
 
A
K
 
N
N
 
G
E
 
E
P
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
D
A
 
A
V
 
M
W
 
-
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
R
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
L
 
P
Q
 
E
N
 
N
V
 
V
D
 
E
T
 
E
F
 
Y
K
 
E

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
38% identity, 91% coverage: 26:305/308 of query aligns to 36:308/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
x
Y
Q
 
D
F
 
M
D
 
S
D
 
-
T
 
S
W
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
A
L
 
G
R
 
K
E
 
E
S
 
G
M
 
M
D
 
D
T
 
A
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
Y
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
N
V
 
I
K
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
S
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
K
 
A
K
 
P
I
 
Q
T
 
V
E
 
A
A
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Y
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
D
 
S
L
 
K
N
 
D
L
 
I
P
 
A
K
 
G
G
 
-
V
 
-
V
 
-
T
 
N
V
 
V
A
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
Q
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
N
W
 
W
S
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
G
-
 
F
G
 
G
R
 
P
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
T
S
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
S
 
T
V
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
A
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
N
K
 
R
M
 
L
A
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
P
V
 
V
-
 
N
-
 
K
E
 
E
P
 
P
A
 
V
V
 
Y
W
 
I
V
 
M
P
 
P
Y
 
A
R
 
-
L
 
-
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
38% identity, 91% coverage: 26:305/308 of query aligns to 4:276/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
x
Y
Q
 
D
F
 
M
D
 
S
D
 
-
T
 
S
W
x
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
A
L
 
G
R
 
K
E
 
E
S
 
G
M
 
M
D
 
D
T
 
A
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
Y
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
N
V
 
I
K
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
S
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
K
 
A
K
 
P
I
 
Q
T
 
V
E
 
A
A
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Y
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
D
 
S
L
 
K
N
 
D
L
 
I
P
 
A
K
 
G
G
 
-
V
 
-
V
 
-
T
 
N
V
 
V
A
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
Q
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
G
-
 
F
G
 
G
R
 
P
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
T
S
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
S
 
T
V
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
A
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
N
K
 
R
M
 
L
A
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
P
V
 
V
-
 
N
-
 
K
E
 
E
P
 
P
A
 
V
V
 
Y
W
 
I
V
 
M
P
 
P
Y
 
A
R
 
-
L
 
-
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
38% identity, 93% coverage: 20:305/308 of query aligns to 29:308/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
A
 
A
A
 
A
L
 
N
A
 
S
D
 
D
M
 
T
K
 
K
-
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
x
Y
Q
 
D
F
 
M
D
 
S
D
 
-
T
 
S
W
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
S
 
G
M
 
M
D
 
D
T
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
N
V
 
I
K
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
S
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
K
 
G
K
 
P
I
 
Q
T
 
V
E
 
A
A
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
D
 
-
L
 
L
N
 
E
L
 
T
P
 
P
K
 
D
G
 
L
V
 
A
V
 
G
T
 
N
V
 
V
A
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
N
W
 
W
S
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
T
S
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
S
 
T
V
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
V
 
V
-
 
K
-
 
T
E
 
D
P
 
P
A
 
V
V
 
Y
W
 
V
V
 
M
P
 
P
Y
 
A
R
 
-
L
 
-
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
38% identity, 91% coverage: 26:305/308 of query aligns to 3:275/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
x
Y
Q
 
D
F
 
M
D
 
S
D
 
-
T
 
S
W
x
F
L
 
I
T
 
T
Y
x
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
S
 
G
M
 
M
D
 
D
T
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
N
V
 
I
K
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
S
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
K
 
G
K
 
P
I
 
Q
T
 
V
E
 
A
A
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
x
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
D
 
-
L
 
L
N
 
E
L
 
T
P
 
P
K
 
D
G
 
L
V
 
A
V
 
G
T
 
N
V
 
V
A
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
x
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
T
S
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
x
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
S
 
T
V
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
V
 
V
-
 
K
-
 
T
E
 
D
P
 
P
A
 
V
V
 
Y
W
 
V
V
 
M
P
 
P
Y
 
A
R
 
-
L
 
-
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
38% identity, 91% coverage: 26:305/308 of query aligns to 3:275/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
x
V
S
x
Y
Q
 
D
F
 
M
D
 
S
D
 
-
T
 
S
W
x
F
L
 
I
T
 
T
Y
x
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
S
 
G
M
 
M
D
 
D
T
 
T
K
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
-
P
 
-
D
 
N
G
 
N
V
 
I
K
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
S
 
N
D
|
D
V
 
V
V
x
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
K
 
G
K
 
P
I
 
Q
T
 
V
E
 
A
A
 
S
A
 
A
V
 
K
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
x
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
D
 
-
L
 
L
N
 
E
L
 
T
P
 
P
K
 
D
G
 
L
V
 
A
V
 
G
T
 
N
V
 
V
A
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
x
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
D
 
D
K
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
T
S
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
x
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
S
 
T
V
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
V
A
 
A
V
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
V
 
V
-
 
K
-
 
T
E
 
D
P
 
P
A
 
V
V
 
Y
W
 
V
V
 
M
P
 
P
Y
 
A
R
 
-
L
 
-
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
32% identity, 90% coverage: 27:304/308 of query aligns to 3:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
V
 
L
S
 
V
M
 
I
S
 
S
Q
 
T
F
 
L
D
 
N
D
x
N
T
 
P
W
x
F
L
x
F
T
 
V
Y
 
T
L
 
L
R
 
K
E
 
N
S
 
G
M
 
A
D
 
E
T
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
S
 
E
Y
 
L
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
Y
K
 
K
L
 
I
Q
 
I
F
 
V
E
 
E
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
V
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
D
A
 
A
T
 
V
K
 
V
K
 
T
I
 
A
T
 
I
E
 
K
A
 
E
A
 
A
V
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
T
V
 
I
N
x
D
R
|
R
R
 
S
P
 
A
D
 
N
D
 
G
L
 
G
N
 
D
L
 
V
P
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
V
V
 
C
T
 
H
V
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
N
L
 
V
E
 
K
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
M
 
M
Q
 
A
M
 
A
Q
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
V
V
 
V
I
 
E
L
 
L
L
 
E
G
 
G
D
 
I
L
 
P
A
 
G
N
 
A
N
 
S
S
x
A
T
 
A
T
 
R
N
 
D
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
I
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
V
Q
 
A
E
 
K
Q
 
Q
S
 
A
G
 
A
I
 
D
W
x
F
S
 
D
R
 
R
D
 
S
K
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
S
L
 
V
V
 
M
N
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
T
 
Q
Q
 
A
G
 
Q
R
 
P
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
G
 
N
V
 
-
A
 
-
K
 
R
G
 
Q
S
 
G
V
 
I
L
 
I
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
A
L
 
L
N
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
K
K
 
E
G
 
G
S
 
K
L
 
M
L
 
A
V
 
A
S
 
T
V
 
I
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
A
G
 
L
Q
 
M
A
 
G
D
 
S
G
 
L
S
 
G
I
 
V
D
 
E
T
 
M
A
 
A
V
 
D
K
 
K
M
 
Y
A
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
K
V
 
I
E
 
P
P
 
N
A
 
F
V
 
I
W
 
P
V
 
A
P
 
E
Y
 
L
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
E
N
 
N
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
31% identity, 92% coverage: 24:307/308 of query aligns to 8:282/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
D
 
D
M
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
S
 
S
Q
 
T
F
 
T
D
 
N
D
x
N
T
 
P
W
x
Y
L
x
F
T
 
V
Y
 
A
L
 
M
R
 
K
E
 
D
S
 
G
M
 
I
D
 
D
T
 
K
K
 
Y
A
 
A
K
 
S
S
 
N
Y
 
K
P
 
K
D
 
-
G
 
-
V
 
I
K
 
S
L
 
I
Q
 
K
F
 
V
E
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
S
 
D
D
 
D
V
 
A
V
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
A
S
 
D
Q
 
D
V
 
V
E
 
Q
S
 
N
F
 
F
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
K
A
 
A
T
 
I
K
 
V
K
 
T
I
 
A
T
 
I
E
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
N
K
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
L
V
 
M
N
x
D
R
|
R
R
 
G
P
 
S
D
 
E
D
 
G
L
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
G
K
 
K
G
 
V
V
 
L
V
 
T
T
 
T
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
N
L
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
M
 
M
Q
 
A
M
 
A
Q
 
D
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
E
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
D
 
K
I
 
A
V
 
F
I
 
E
L
 
L
L
 
S
G
 
G
D
 
V
L
 
P
A
 
G
N
 
A
N
 
S
S
x
A
T
 
T
T
 
V
N
 
D
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
H
E
 
S
V
 
V
L
 
A
T
 
K
K
 
-
Y
 
-
P
 
S
N
 
K
I
 
L
K
 
D
I
 
M
E
 
L
Q
 
S
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
I
 
N
W
x
F
S
 
D
R
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
A
M
 
L
T
 
N
L
 
T
V
 
T
N
 
Q
D
 
N
W
 
M
L
 
I
T
 
Q
Q
 
G
G
 
H
R
 
K
K
 
D
F
 
V
D
 
Q
A
 
I
V
 
I
V
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
Q
K
 
-
G
 
-
S
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
G
 
A
L
 
H
N
 
D
A
 
A
V
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
G
S
 
D
L
 
I
L
 
S
V
 
A
S
 
T
V
 
I
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
A
G
 
K
Q
 
M
A
 
G
D
 
E
G
 
I
S
 
A
I
 
I
D
 
Q
T
 
A
A
 
A
V
 
I
K
 
D
M
 
Y
A
 
Y
K
 
K
N
 
G
E
 
K
P
 
K
V
 
V
E
 
E
P
 
K
A
 
E
V
 
T
W
 
I
V
 
S
P
 
P
Y
 
I
R
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
E
T
 
K
F
 
Y

8fxuA D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB (see paper)
31% identity, 92% coverage: 22:304/308 of query aligns to 1:306/310 of 8fxuA

query
sites
8fxuA
L
 
M
A
 
K
D
 
Q
M
 
L
K
 
N
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
A
M
 
I
S
x
Y
Q
 
K
F
 
F
D
 
D
D
|
D
T
 
T
W
x
C
L
 
M
T
 
T
Y
x
G
L
 
V
R
 
R
E
 
N
S
 
A
M
 
M
D
 
T
T
 
A
K
 
E
A
 
A
K
 
Q
S
 
G
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
K
V
 
A
K
 
K
L
 
L
Q
 
N
F
 
M
E
 
V
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
S
V
 
Q
V
 
P
R
 
T
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
S
 
L
F
 
F
I
 
I
S
 
T
Q
 
K
K
 
K
V
 
M
D
 
N
A
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
R
A
 
T
A
 
A
T
 
A
K
 
G
K
 
T
I
 
I
T
 
I
E
 
D
A
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
|
R
R
 
E
-
 
P
-
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
M
N
 
K
L
 
K
P
 
W
K
 
D
G
 
K
V
 
V
V
 
Y
T
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
A
N
 
K
D
 
A
L
 
E
E
 
Q
A
 
S
G
 
G
Q
 
I
M
 
L
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
Q
Y
 
I
L
 
M
A
 
A
E
 
D
-
 
Y
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
x
D
-
 
K
K
x
N
M
 
H
G
x
D
G
 
G
K
x
V
G
 
M
D
x
Q
I
 
Y
V
 
V
I
 
M
L
 
L
L
 
M
G
 
G
D
 
Q
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
Q
S
x
D
T
 
A
T
 
I
N
 
L
R
|
R
T
 
T
K
 
Q
G
 
Y
V
 
S
K
 
I
E
 
Q
V
 
T
L
 
V
T
 
-
K
 
K
Y
 
D
P
 
A
N
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
Q
Q
 
E
-
 
L
-
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
Y
G
 
A
I
 
N
W
|
W
S
 
D
R
 
R
D
 
V
K
 
T
G
 
A
M
 
H
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
A
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
D
K
 
K
F
 
I
D
x
E
A
 
A
V
 
V
V
 
F
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
Y
A
 
F
K
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
L
 
I
-
 
P
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
x
A
T
|
T
P
x
A
D
 
P
G
 
G
L
 
I
N
 
Q
A
 
A
V
 
I
K
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
G
S
 
T
V
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
|
A
K
 
K
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
N
T
 
I
A
 
A
V
 
Y
K
 
E
M
 
L
A
 
A
K
 
Q
N
 
G
E
 
-
P
 
-
V
 
I
E
 
T
P
 
P
A
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
I
-
 
T
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
V
 
V
W
 
W
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
R
 
K
L
 
K
I
 
I
T
 
T
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
I

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
35% identity, 77% coverage: 27:264/308 of query aligns to 3:241/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
I
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
S
M
 
Q
S
 
V
Q
 
G
F
 
S
D
x
E
D
x
S
T
 
G
W
|
W
L
x
R
T
 
T
Y
 
S
L
 
F
R
 
S
E
 
E
S
 
A
M
 
V
D
 
K
T
 
A
K
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
Q
Y
 
R
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
I
K
 
D
L
 
L
Q
 
K
F
 
F
E
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
S
 
Q
D
 
K
V
 
Q
V
 
E
R
 
N
Q
 
Q
L
 
I
S
 
K
Q
 
A
V
 
V
E
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
A
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
V
T
 
E
A
 
T
A
 
G
T
 
W
K
 
K
K
 
P
I
 
V
T
 
L
E
 
K
A
 
E
A
 
A
V
 
K
K
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
I
V
 
V
N
x
D
R
|
R
-
 
N
-
 
I
R
 
K
P
 
V
D
 
D
D
 
D
L
 
D
N
 
S
L
 
L
P
 
-
K
 
-
G
 
F
V
 
L
V
 
T
T
 
R
V
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
F
L
 
S
E
 
E
A
 
E
G
 
G
Q
 
R
M
 
K
Q
 
I
M
 
G
Q
 
Q
Y
 
W
L
 
L
A
 
M
E
 
D
K
 
K
M
 
T
G
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
D
 
D
I
 
I
V
 
A
I
 
E
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
T
L
 
V
A
 
G
N
 
A
N
 
T
S
x
A
T
 
A
T
 
I
N
 
D
R
|
R
T
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
F
K
 
N
E
 
Q
V
 
V
L
 
I
T
 
A
K
 
N
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
I
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
V
Q
 
R
E
 
S
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
I
 
E
W
x
F
S
 
T
R
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
K
T
 
E
L
 
V
V
 
M
N
 
E
D
 
G
W
 
F
L
 
L
-
 
K
-
 
A
T
 
Q
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
K
 
P
F
 
L
D
 
C
A
 
A
V
 
V
V
 
W
S
 
S
N
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
K
K
 
P
G
 
G
S
 
K
-
 
D
V
 
I
L
 
L
I
 
I
A
 
V
G
 
S
V
 
V
D
|
D
G
 
G
T
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
Y
L
 
F
N
 
K
A
 
A
V
 
M
K
 
A
K
 
D
G
 
G
S
 
D
L
 
V
L
 
N
V
 
A
S
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
30% identity, 92% coverage: 2:283/308 of query aligns to 3:296/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
K
|
K
T
x
K
K
x
V
I
x
L
R
x
T
F
x
L
A
x
S
S
x
A
L
x
V
A
x
M
L
x
A
S
|
S
L
x
M
M
x
L
F
|
F
A
x
G
S
x
A
G
x
A
A
|
A
A
x
H
L
x
A
A
 
A
D
 
D
M
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
Q
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
W
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
S
 
A
M
 
I
D
 
E
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
-
V
 
V
K
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
K
 
G
K
 
T
I
 
V
T
 
I
E
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
D
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
N
 
D
L
 
S
P
 
Y
K
 
D
G
 
K
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
T
N
 
D
D
 
S
L
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
Q
 
I
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
M
 
W
G
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
G
 
G
K
x
Q
G
 
I
D
x
Q
I
 
F
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
N
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
-
 
L
-
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
M
W
 
W
S
 
D
R
 
T
D
 
A
K
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
K
 
K
F
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
V
 
-
A
 
-
K
 
K
G
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
A
L
 
L
L
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
T
 
L
A
 
A
V
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
28% identity, 99% coverage: 2:307/308 of query aligns to 3:329/332 of P23905

query
sites
P23905
K
 
K
T
 
K
K
 
V
I
 
L
R
 
T
F
 
L
A
 
S
S
 
A
L
 
V
A
 
M
L
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
L
F
 
F
A
 
G
S
 
A
G
 
H
A
 
A
A
 
H
L
 
A
A
 
A
D
 
D
M
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
Q
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
W
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
S
 
A
M
 
I
D
 
E
T
 
K
K
 
D
A
 
G
K
 
K
S
 
S
Y
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
-
V
 
V
K
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
K
 
G
K
 
T
I
 
V
T
 
I
E
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
D
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
N
 
D
L
 
S
P
 
Y
K
 
D
G
 
K
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
T
N
 
D
D
 
S
L
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
Q
 
V
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
M
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
D
x
Q
I
 
Y
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
-
 
V
V
 
V
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
N
 
G
I
 
I
K
 
Q
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
L
Q
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
M
W
 
W
S
 
D
R
 
T
D
 
A
K
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
K
 
K
F
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
V
 
-
A
 
-
K
 
K
G
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
A
L
 
M
L
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
T
 
L
A
 
A
V
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
E
N
 
G
E
 
K
-
 
G
P
 
A
V
 
A
E
 
D
P
 
G
A
 
T
V
 
S
W
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
R
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
R
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
L
 
K
Q
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
S
T
 
E
F
 
F

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
29% identity, 83% coverage: 26:281/308 of query aligns to 4:261/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
Q
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
L
M
 
M
S
x
K
Q
 
T
F
 
L
D
 
S
D
x
N
T
 
E
W
x
Y
L
x
F
T
 
I
Y
 
S
L
 
M
R
 
R
E
 
Q
S
 
G
M
 
A
D
 
E
T
 
E
K
 
T
A
 
A
K
 
K
S
 
Q
Y
 
K
P
 
D
D
 
I
G
 
D
V
 
L
K
 
I
L
 
V
Q
 
Q
F
 
V
E
 
A
D
 
E
A
 
K
R
x
E
S
 
D
D
 
S
V
 
T
V
 
E
R
 
Q
Q
 
L
L
 
V
S
 
G
Q
 
L
V
 
V
E
 
E
S
 
N
F
 
M
I
 
I
S
 
A
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
V
 
V
N
 
T
P
 
P
V
 
N
D
 
D
T
 
S
A
 
I
A
 
A
T
 
F
K
 
I
K
 
P
I
 
A
T
 
F
E
 
Q
A
 
K
A
 
A
V
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
Y
 
D
V
 
L
N
x
D
R
 
V
R
 
R
P
 
L
D
 
D
D
 
A
L
 
K
N
 
A
L
 
A
P
 
E
K
 
A
G
 
A
V
 
G
V
 
L
T
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
V
N
 
D
D
 
N
L
 
F
E
 
N
A
 
G
G
 
G
Q
 
Y
M
 
L
Q
 
E
M
 
A
Q
 
K
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
A
M
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
D
 
N
I
 
V
V
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
E
G
 
G
D
 
I
L
 
P
A
 
G
N
 
V
N
 
D
S
x
N
T
 
G
T
 
E
N
 
Q
R
|
R
T
 
K
K
 
G
G
 
G
V
 
A
K
 
L
E
 
K
V
 
A
L
 
F
T
 
A
K
 
E
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
V
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
I
 
N
W
|
W
S
 
E
R
 
T
D
 
E
K
 
Q
G
 
A
M
 
L
T
 
N
L
 
V
V
 
T
N
 
T
D
 
N
W
 
I
L
 
L
T
 
T
Q
 
A
G
 
N
R
 
P
K
 
N
F
 
I
D
 
N
A
 
G
V
 
I
V
 
F
S
 
A
N
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
N
M
 
M
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
V
Q
 
E
Q
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
A
K
 
-
G
 
G
S
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
P
D
 
L
G
 
A
L
 
I
N
 
E
A
 
Y
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
G
 
G
S
 
K
L
 
M
L
 
Q
V
 
N
S
 
T
V
 
I
F
 
D
Q
|
Q
D
 
L
A
 
P
K
 
K
G
 
K
Q
 
Q
A
 
V
D
 
A
G
 
I
S
 
A
I
 
I
D
 
E
T
 
H
A
 
A
V
 
L
K
 
K

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
31% identity, 85% coverage: 23:283/308 of query aligns to 1:273/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
A
 
A
D
 
D
M
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
x
Y
Q
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
W
x
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
S
 
A
M
 
I
D
 
E
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
-
V
 
V
K
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
K
 
G
K
 
T
I
 
V
T
 
I
E
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
D
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
N
 
D
L
 
S
P
 
Y
K
 
D
G
 
K
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
T
N
 
D
D
 
S
L
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
Q
 
I
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
M
 
W
G
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
G
 
G
K
x
Q
G
 
I
D
x
Q
I
 
F
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
N
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
-
 
L
-
 
D
S
 
T
G
 
A
I
 
M
W
|
W
S
 
D
R
 
T
D
 
A
K
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
K
 
K
F
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
V
 
-
A
 
-
K
 
K
G
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
A
L
 
L
L
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
T
 
L
A
 
A
V
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
28% identity, 89% coverage: 27:300/308 of query aligns to 5:269/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
T
M
 
V
S
 
S
Q
 
T
F
 
L
D
 
D
D
x
N
T
 
P
W
x
F
L
x
F
T
 
V
Y
 
S
L
 
L
R
 
K
E
 
D
S
 
G
M
 
A
D
 
Q
T
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
T
S
 
E
Y
 
L
P
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
Y
K
 
K
L
 
L
Q
 
V
F
 
V
E
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
P
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
T
S
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
V
I
 
L
V
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
V
K
 
S
K
 
N
I
 
A
T
 
V
E
 
A
A
 
I
A
 
A
V
 
N
K
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
T
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
L
 
-
N
 
G
L
 
A
P
 
A
K
 
K
G
 
G
-
 
E
-
 
V
V
 
V
V
 
S
T
 
H
V
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
N
L
 
V
E
 
A
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
M
 
M
Q
 
A
M
 
G
Q
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
D
 
K
I
 
V
V
 
I
I
 
Q
L
 
L
L
 
E
G
 
G
D
 
L
L
 
A
A
 
G
N
 
T
N
 
S
S
x
A
T
 
A
T
 
R
N
 
E
R
|
R
T
 
G
K
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
K
E
 
Q
V
 
A
L
 
I
T
 
E
K
 
A
Y
 
H
P
 
-
N
 
K
I
 
F
K
 
D
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
I
 
D
W
x
F
S
 
D
R
 
R
D
 
T
K
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
N
L
 
V
V
 
T
N
 
E
D
 
N
W
 
L
L
 
L
T
 
A
Q
 
S
G
 
K
R
 
G
K
 
S
F
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
V
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
R
A
 
A
L
 
I
Q
 
S
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
K
S
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
V
N
 
K
A
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
K
L
 
L
L
 
A
V
 
A
S
 
T
V
 
V
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
E
G
 
L
Q
 
I
A
 
G
D
 
S
G
 
L
S
 
G
I
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
A
V
 
D
K
 
K
M
 
I
A
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
K
V
 
V
E
 
D
P
 
A
A
 
K
V
 
I
W
 
P
V
 
V
P
 
A
Y
 
L
R
 
K
L
 
V
I
 
V
T
 
T

2qw1A Glucose/galactose binding protein bound to 3-o-methyl d-glucose (see paper)
30% identity, 84% coverage: 24:283/308 of query aligns to 1:272/305 of 2qw1A

query
sites
2qw1A
D
 
D
M
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
Q
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
 
D
T
 
N
W
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
S
 
A
M
 
I
D
 
E
T
 
Q
K
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
-
V
 
V
K
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
S
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
K
 
G
K
 
T
I
 
V
T
 
I
E
 
E
A
 
K
A
 
A
V
 
R
K
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
 
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
D
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
N
 
D
L
 
S
P
 
Y
K
 
D
G
 
K
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
V
 
V
A
 
G
S
 
T
N
 
D
D
 
S
L
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
Q
 
I
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y