SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_6047 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_6047 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
22% identity, 84% coverage: 31:388/427 of query aligns to 3:349/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
D
 
D
V
 
V
C
 
A
V
 
I
I
|
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Y
x
V
T
x
I
G
 
G
L
 
S
S
 
S
S
 
V
A
 
A
L
 
H
F
 
F
L
 
L
L
 
A
E
 
E
N
 
R
G
 
G
F
 
H
R
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
A
 
Q
K
 
S
V
 
I
G
 
A
F
 
S
G
x
E
A
|
A
S
|
S
G
 
K
R
x
A
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
x
L
I
 
L
V
 
G
N
 
V
S
 
A
Y
 
Y
S
 
N
R
 
P
D
 
L
I
 
F
D
 
E
V
 
L
I
 
A
-
 
R
-
 
E
E
 
S
R
 
R
S
 
A
V
 
I
G
 
F
P
 
P
K
 
Q
Q
 
L
A
 
A
Q
 
A
L
 
V
L
 
L
G
 
R
Q
 
E
M
 
K
A
 
T
F
 
-
E
 
-
G
 
G
G
 
V
R
 
D
I
 
I
I
 
G
R
 
Y
E
 
E
R
 
E
V
 
K
A
 
G
K
 
I
Y
 
Y
N
 
R
I
 
I
Q
 
A
C
 
Q
D
 
N
L
 
E
K
 
D
D
 
E
G
 
K
G
 
E
V
 
R
F
 
I
A
 
L
A
 
H
I
 
I
T
 
M
A
 
D
K
 
W
Q
 
Q
M
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
Q
 
-
K
 
-
R
 
-
L
 
-
W
 
-
E
 
Q
R
 
K
F
 
T
G
 
G
H
 
E
T
 
D
Q
 
S
L
 
Y
E
 
F
L
 
L
L
 
T
-
 
G
D
 
D
Q
 
H
R
 
V
R
 
R
I
 
E
R
 
K
E
 
E
V
 
P
V
 
Y
A
 
L
C
 
S
D
 
E
Q
 
S
Y
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
A
M
 
V
L
 
Y
D
 
Y
M
 
P
S
 
K
G
 
D
G
 
G
H
 
H
I
 
V
H
 
I
P
 
A
L
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
T
L
 
K
G
 
A
E
 
F
A
 
A
A
 
H
A
 
S
V
 
A
E
 
A
S
 
I
L
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
D
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
Q
S
x
T
P
x
E
A
x
V
-
 
F
-
 
D
V
 
I
R
 
R
I
 
I
E
 
E
R
 
N
G
 
N
T
 
K
N
 
V
P
 
T
V
 
G
V
 
V
Y
 
I
T
 
T
P
 
S
Q
 
E
G
 
G
K
 
I
V
 
V
R
 
T
A
 
C
K
 
E
F
 
K
I
 
V
I
 
V
V
 
I
A
|
A
G
|
G
N
x
G
A
 
S
Y
x
W
I
 
S
G
 
T
N
 
K
L
 
L
V
 
L
P
 
S
E
 
Y
L
 
F
A
 
H
A
 
R
K
 
D
-
 
W
-
 
G
S
 
T
M
 
Y
P
 
P
C
 
V
G
 
K
T
 
G
Q
 
E
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
V
E
 
R
P
 
S
L
 
R
G
 
K
D
 
Q
E
 
L
L
 
L
A
 
K
K
 
A
R
 
P
L
 
I
L
 
F
P
 
Q
Q
 
E
D
 
R
Y
 
F
C
x
Y
V
 
I
E
 
-
D
 
-
C
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
Y
 
-
R
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
T
D
 
P
K
 
K
R
 
R
L
 
-
I
 
-
F
 
-
G
 
G
G
 
G
G
 
R
V
 
Y
V
 
V
Y
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
T
-
 
M
D
 
K
P
 
P
A
 
H
N
 
T
I
 
F
E
 
N
A
 
K
I
 
T
I
 
V
R
 
Q
P
 
P
K
 
E
M
 
S
L
 
I
K
 
T
A
 
S
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
Y
-
 
T
-
 
I
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
K
 
K
D
 
E
V
 
A
K
 
E
I
 
W
D
 
E
Y
 
S
A
 
T
W
 
W
T
 
A
G
|
G
N
 
L
F
x
R
L
x
P
L
 
Q
T
 
S
L
 
N
S
 
H
R
 
E
L
 
A
P
 
P
Q
 
Y
V
 
M
G
 
G
R
 
E
L
 
-
G
 
H
D
 
E
N
 
E
I
 
I
Y
 
K
Y
 
G
S
 
L
Q
 
Y
G
 
A
C
 
C
S
 
T
G
 
G
H
|
H
-
x
Y
-
x
R
-
x
N
G
|
G
V
x
I
T
x
L
Y
 
L
T
 
S
H
 
P
L
 
I
A
 
S
G
 
G
K
 
Q
V
 
Y
L
 
M
A
 
A
E
 
D
A
 
L
L
 
I
R
 
E
G
 
G
Q
 
K
A
 
Q
E
 
E

1ng3A Complex of thio (glycine oxidase) with acetyl-glycine (see paper)
21% identity, 62% coverage: 124:386/427 of query aligns to 92:349/364 of 1ng3A

query
sites
1ng3A
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
M
F
 
F
A
 
K
-
 
L
A
 
A
I
 
F
T
 
S
A
 
E
K
 
E
Q
 
D
M
 
V
G
 
L
H
 
Q
L
 
L
E
 
R
S
 
Q
Q
 
M
K
 
D
R
 
D
L
 
L
W
 
D
E
 
S
R
 
V
F
 
S
G
 
W
H
 
Y
T
 
S
Q
 
K
L
 
E
E
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
R
 
K
E
 
E
V
 
P
V
 
Y
A
 
A
C
 
S
D
 
G
Q
 
D
Y
 
I
V
 
F
G
 
G
G
 
A
M
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
S
 
D
G
 
D
G
 
V
H
 
H
I
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
V
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
E
I
 
I
Y
 
F
E
 
E
Q
 
H
S
 
T
P
|
P
A
x
V
V
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
R
 
R
-
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
A
P
 
L
V
 
F
V
 
I
Y
 
K
T
 
T
P
 
P
Q
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
V
R
 
W
A
 
A
K
 
N
F
 
H
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
|
A
G
x
S
N
x
G
A
 
V
Y
x
W
I
 
S
G
 
G
N
 
M
L
x
F
V
 
F
P
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
A
 
L
K
 
N
S
 
N
-
 
A
-
 
F
M
 
L
P
 
P
C
 
V
G
 
K
T
x
G
Q
 
E
V
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
P
 
N
L
 
D
G
 
D
D
 
I
E
 
P
L
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
T
L
 
L
L
x
Y
P
 
-
Q
 
H
D
 
D
Y
 
H
C
 
C
V
 
-
E
 
-
D
 
-
C
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
|
Y
Y
 
I
R
 
V
L
 
P
S
 
R
A
 
K
D
 
S
K
 
G
R
|
R
L
 
L
I
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
T
V
 
M
V
 
K
Y
 
P
G
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
S
-
 
E
A
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
A
 
G
N
 
G
I
 
L
E
 
E
A
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
K
 
T
A
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
P
L
 
I
K
 
Q
D
 
N
V
 
M
K
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
A
 
F
W
 
W
T
 
A
G
|
G
N
 
L
F
x
R
L
 
P
L
 
G
T
 
T
L
 
K
S
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
G
 
P
D
 
E
N
 
D
-
 
S
-
 
R
I
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
C
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
V
x
I
T
x
L
Y
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
L
 
I
R
 
M
G
 
N
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

O31616 Glycine oxidase; GO; EC 1.4.3.19 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 3 papers)
21% identity, 62% coverage: 124:386/427 of query aligns to 92:349/369 of O31616

query
sites
O31616
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
M
F
 
F
A
 
K
-
 
L
A
 
A
I
 
F
T
 
S
A
 
E
K
 
E
Q
 
D
M
 
V
G
 
L
H
 
Q
L
 
L
E
 
R
S
 
Q
Q
 
M
K
 
D
R
 
D
L
 
L
W
 
D
E
 
S
R
 
V
F
 
S
G
 
W
H
 
Y
T
 
S
Q
 
K
L
 
E
E
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
R
 
K
E
 
E
V
 
P
V
 
Y
A
 
A
C
 
S
D
 
G
Q
 
D
Y
 
I
V
 
F
G
 
G
G
 
A
M
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
S
 
D
G
 
D
G
 
V
H
 
H
I
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
V
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
E
I
 
I
Y
 
F
E
 
E
Q
 
H
S
 
T
P
 
P
A
x
V
V
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
R
 
R
-
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
A
P
 
L
V
 
F
V
 
I
Y
 
K
T
 
T
P
 
P
Q
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
V
R
 
W
A
 
A
K
 
N
F
 
H
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
S
N
 
G
A
 
V
Y
 
W
I
 
S
G
 
G
N
 
M
L
 
F
V
 
F
P
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
A
 
L
K
 
N
S
 
N
-
 
A
-
 
F
M
 
L
P
 
P
C
 
V
G
 
K
T
 
G
Q
 
E
V
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
P
 
N
L
 
D
G
 
D
D
 
I
E
 
P
L
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
-
Q
 
H
D
 
D
Y
x
H
C
 
C
V
 
-
E
 
-
D
 
-
C
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
Y
Y
 
I
R
 
V
L
 
P
S
 
R
A
 
K
D
 
S
K
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
T
V
 
M
V
 
K
Y
 
P
G
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
S
-
 
E
A
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
A
 
G
N
 
G
I
 
L
E
 
E
A
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
K
 
T
A
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
K
 
Q
D
 
N
V
 
M
K
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
A
 
F
W
 
W
T
 
A
G
 
G
N
 
L
F
x
R
L
 
P
L
 
G
T
 
T
L
 
K
S
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
G
 
P
D
 
E
N
 
D
-
 
S
-
 
R
I
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
C
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
V
x
I
T
x
L
Y
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
L
 
I
R
 
M
G
 
N
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

3if9A Crystal structure of glycine oxidase g51s/a54r/h244a mutant in complex with inhibitor glycolate (see paper)
21% identity, 62% coverage: 124:386/427 of query aligns to 92:349/364 of 3if9A

query
sites
3if9A
D
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
M
F
 
F
A
 
K
-
 
L
A
 
A
I
 
F
T
 
S
A
 
E
K
 
E
Q
 
D
M
 
V
G
 
L
H
 
Q
L
 
L
E
 
R
S
 
Q
Q
 
M
K
 
D
R
 
D
L
 
L
W
 
D
E
 
S
R
 
V
F
 
S
G
 
W
H
 
Y
T
 
S
Q
 
K
L
 
E
E
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
R
 
K
E
 
E
V
 
P
V
 
Y
A
 
A
C
 
S
D
 
G
Q
 
D
Y
 
I
V
 
F
G
 
G
G
 
A
M
 
S
L
 
F
D
 
I
M
 
Q
S
 
D
G
 
D
G
 
V
H
 
H
I
 
V
H
 
E
P
 
P
L
 
Y
N
 
F
L
 
V
V
 
C
L
 
K
G
 
A
E
 
Y
A
 
V
A
 
K
A
 
A
V
 
A
E
 
K
S
 
M
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
E
I
 
I
Y
 
F
E
 
E
Q
 
H
S
 
T
P
|
P
A
x
V
V
 
L
R
 
H
I
 
V
E
 
E
R
 
R
-
 
D
G
 
G
T
 
E
N
 
A
P
 
L
V
 
F
V
 
I
Y
 
K
T
 
T
P
 
P
Q
 
S
G
 
G
K
 
D
V
 
V
R
 
W
A
 
A
K
 
N
F
 
H
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
|
A
G
x
S
N
x
G
A
 
V
Y
x
W
I
 
S
G
 
G
N
 
M
L
x
F
V
 
F
P
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
A
 
L
K
 
N
S
 
N
-
 
A
-
 
F
M
 
L
P
 
P
C
 
V
G
 
K
T
x
G
Q
 
E
V
 
C
I
 
L
A
 
S
T
 
V
E
 
W
P
 
N
L
 
D
G
 
D
D
 
I
E
 
P
L
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
T
L
 
L
L
 
Y
P
 
-
Q
 
H
D
 
D
Y
 
A
C
 
C
V
 
-
E
 
-
D
 
-
C
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
|
Y
Y
 
I
R
 
V
L
 
P
S
 
R
A
 
K
D
 
S
K
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
T
V
 
M
V
 
K
Y
 
P
G
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
S
-
 
E
A
 
T
R
 
P
D
 
D
P
 
L
A
 
G
N
 
G
I
 
L
E
 
E
A
 
S
I
 
V
I
 
M
R
 
K
P
 
-
K
 
K
M
 
A
L
 
K
K
 
T
A
 
M
F
 
L
P
 
P
Q
 
A
L
 
I
K
 
Q
D
 
N
V
 
M
K
 
K
I
 
V
D
 
D
Y
 
R
A
 
F
W
 
W
T
 
A
G
|
G
N
 
L
F
x
R
L
x
P
L
 
G
T
 
T
L
 
K
S
 
D
R
 
G
L
 
K
P
 
P
Q
 
Y
V
 
I
G
 
G
R
 
R
L
 
H
G
 
P
D
 
E
N
 
D
-
 
S
-
 
R
I
 
I
Y
 
L
Y
 
F
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
C
x
H
S
x
F
G
x
R
H
x
N
G
|
G
V
x
I
T
x
L
Y
 
L
T
 
A
H
 
P
L
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
S
E
 
D
A
 
L
L
 
I
R
 
M
G
 
N
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
22% identity, 63% coverage: 18:285/427 of query aligns to 32:293/857 of Q63342

query
sites
Q63342
A
 
S
P
 
P
P
 
P
R
 
S
P
 
P
A
 
P
L
 
E
Q
 
W
D
 
K
D
 
D
V
 
-
E
 
R
T
 
A
D
 
E
V
 
T
C
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
Y
x
C
T
x
V
G
 
G
L
 
V
S
 
S
S
 
L
A
 
A
L
 
Y
F
 
H
L
 
L
L
 
A
E
 
K
N
 
A
G
 
G
F
 
M
R
 
R
-
 
D
V
 
V
T
 
V
V
 
L
L
 
L
E
|
E
A
x
K
A
 
S
K
 
E
V
 
L
G
 
T
F
 
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
x
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
 
-
I
x
L
V
 
T
N
 
T
S
 
Y
Y
 
F
S
 
H
R
 
P
D
 
G
I
 
I
D
 
N
V
 
L
I
 
-
E
 
-
R
 
K
S
 
K
V
 
I
G
 
H
P
 
Y
K
 
D
Q
 
S
A
 
I
Q
 
K
L
 
L
L
 
Y
G
 
E
Q
 
R
M
 
L
A
 
E
F
 
E
E
 
E
G
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
V
I
 
V
R
 
G
E
 
F
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
Y
 
-
N
 
-
I
 
-
Q
 
-
C
 
-
D
 
-
L
 
-
K
 
Q
D
 
P
G
 
G
G
 
S
V
 
I
F
 
R
A
 
L
A
 
A
I
 
T
T
 
T
A
 
P
K
 
E
Q
 
R
M
 
V
G
 
D
H
 
E
L
 
F
E
 
K
S
 
Y
Q
 
Q
K
 
M
R
 
T
L
 
R
W
 
-
E
 
T
R
 
N
F
 
W
G
 
H
H
 
A
T
 
T
Q
 
E
L
 
Q
E
 
Y
L
 
I
L
 
I
D
 
E
Q
 
P
R
 
E
R
 
K
I
 
I
R
 
H
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
N
C
 
M
D
 
D
Q
 
K
Y
 
I
V
 
L
G
 
A
G
 
G
M
 
L
L
 
Y
D
 
N
M
 
P
S
 
G
G
 
D
G
 
G
H
 
H
I
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
N
 
S
L
 
L
V
 
T
L
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
G
V
 
A
E
 
R
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
G
 
V
T
 
L
I
 
L
Y
 
K
E
 
Y
Q
 
P
S
 
A
P
 
P
A
x
V
V
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
R
 
P
G
 
R
T
 
P
N
 
D
P
 
G
V
 
T
-
 
W
-
 
D
V
 
V
Y
 
E
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
K
 
N
F
 
R
I
 
I
I
 
V
V
 
N
A
 
A
G
 
A
N
 
G
A
 
F
Y
x
W
-
 
A
-
 
R
-
 
E
I
 
V
G
 
G
N
 
K
L
 
M
V
 
I
P
 
-
E
 
G
L
 
L
A
 
D
A
 
H
K
 
P
S
 
L
M
 
I
P
 
P
C
 
V
G
 
Q
T
 
H
Q
 
Q
V
 
Y
I
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
G
 
P
D
 
E
E
 
V
L
 
K
A
 
A
-
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
V
D
 
L
Y
 
R
C
 
D
V
 
L
E
 
E
D
 
G
C
 
S
N
 
Y
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
22% identity, 85% coverage: 29:391/427 of query aligns to 24:374/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
E
 
Q
T
 
A
D
 
D
V
 
V
C
 
V
V
 
V
I
x
V
G
|
G
A
 
A
G
|
G
Y
x
I
T
x
L
G
 
G
L
 
I
S
 
M
S
 
T
A
 
A
L
 
I
F
 
N
L
 
L
L
 
V
E
 
E
N
 
R
G
 
G
F
 
L
R
 
S
V
 
V
T
 
V
V
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
A
 
G
K
 
N
V
 
I
G
 
A
F
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
N
 
-
S
 
S
Y
 
Y
S
 
K
R
 
M
D
 
-
I
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
-
E
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
P
K
 
D
Q
 
E
A
 
T
Q
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
H
Q
 
H
M
 
L
A
 
-
F
 
-
E
 
-
G
 
G
G
 
K
R
 
H
I
 
R
I
 
W
R
 
R
E
 
E
R
 
M
V
 
N
A
 
A
K
 
K
Y
 
V
N
 
G
I
 
I
Q
 
D
C
 
T
D
 
T
L
 
Y
K
 
R
D
 
T
G
 
Q
G
 
G
V
 
-
F
 
R
A
 
V
A
 
E
I
 
V
T
 
P
A
 
L
K
 
D
Q
 
E
M
 
E
G
 
D
H
 
L
L
 
V
E
 
N
S
 
V
Q
 
R
K
 
K
R
 
W
L
 
I
W
 
D
E
 
E
R
 
R
F
 
S
G
 
K
H
 
N
T
 
V
Q
 
G
L
 
S
E
 
D
L
 
I
L
 
P
D
 
F
Q
 
K
R
 
T
R
 
R
I
 
I
R
 
I
E
 
E
V
 
G
V
 
A
A
 
E
C
 
L
D
 
N
Q
 
Q
Y
 
R
V
 
L
G
 
R
G
 
G
M
 
A
-
 
T
-
 
T
-
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
G
L
 
F
D
 
E
M
 
E
S
 
D
G
 
S
G
 
G
H
 
S
I
 
F
H
 
D
P
 
P
L
 
E
N
 
V
L
 
A
V
 
T
L
 
F
G
 
V
E
 
M
A
 
A
A
 
E
A
 
Y
V
 
A
E
 
K
S
 
K
L
 
M
G
 
G
G
 
V
T
 
R
I
 
I
Y
 
Y
E
 
T
Q
 
Q
S
 
C
P
x
A
A
|
A
-
 
R
-
 
G
V
 
L
R
 
E
I
 
T
E
 
Q
R
 
A
G
 
G
T
 
V
N
 
I
P
 
S
V
 
D
V
 
V
Y
 
V
T
 
T
P
 
E
Q
 
K
G
 
G
K
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
T
K
 
S
F
 
Q
I
 
V
I
 
V
V
 
V
A
|
A
G
|
G
N
x
G
A
 
V
-
x
W
-
 
S
-
 
R
-
 
L
Y
x
F
I
 
M
G
 
Q
N
 
N
L
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
D
V
 
V
P
 
P
E
 
T
L
 
L
A
 
P
A
 
A
K
 
Y
S
x
Q
M
 
-
P
 
-
C
 
-
G
 
S
T
x
Q
Q
 
Q
V
 
L
I
 
I
A
 
S
T
 
G
E
 
S
P
 
P
L
 
T
-
 
A
-
 
P
G
 
G
D
 
G
E
 
N
L
 
V
A
 
A
K
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
L
P
|
P
Q
 
G
D
 
G
Y
 
I
C
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
C
 
-
N
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
F
Y
 
F
R
 
R
L
 
E
S
 
Q
A
 
A
D
 
D
K
 
G
R
 
T
L
 
Y
I
 
A
F
 
T
G
 
S
G
 
P
G
 
R
V
 
V
V
 
I
Y
 
V
G
 
A
A
 
L
R
 
P
D
 
D
P
 
L
A
 
P
N
 
E
I
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
S
I
 
L
R
 
E
P
 
-
K
 
K
M
 
L
L
 
K
K
 
A
A
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
K
 
K
D
 
E
V
 
S
K
 
K
I
 
L
D
 
I
Y
 
D
A
 
Q
W
 
W
T
 
S
G
|
G
N
x
A
F
x
M
L
 
A
L
 
I
T
 
A
L
 
P
S
 
D
R
 
E
L
 
N
P
 
P
Q
 
I
V
 
I
G
 
S
R
 
E
L
 
V
G
 
K
D
 
E
N
 
Y
I
 
P
-
 
G
Y
 
L
Y
 
V
S
 
I
Q
 
N
G
 
T
C
 
A
S
x
T
G
|
G
H
x
W
G
|
G
V
x
M
T
|
T
Y
 
E
T
 
S
H
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
A
K
 
E
V
 
L
L
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
L
L
 
L
R
 
L
G
 
G
Q
 
K
A
 
K
E
 
P
R
 
V
F
 
L
D
 
D

4pabB Crystal structure of the precursor form of rat dmgdh complexed with tetrahydrofolate (see paper)
23% identity, 61% coverage: 25:285/427 of query aligns to 3:256/824 of 4pabB

query
sites
4pabB
Q
 
K
D
 
D
D
 
R
V
 
A
E
 
E
T
 
T
D
 
-
V
 
-
C
 
V
V
 
I
I
|
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Y
x
C
T
x
V
G
 
G
L
 
V
S
 
S
S
 
L
A
 
A
L
 
Y
F
 
H
L
 
L
L
 
A
E
 
K
N
 
A
G
 
G
F
 
M
R
 
R
-
 
D
V
 
V
T
 
V
V
 
L
L
|
L
E
|
E
A
x
K
A
 
S
K
 
E
V
 
L
G
 
T
F
x
A
G
|
G
A
x
S
S
x
T
G
 
W
R
x
H
N
x
A
G
x
A
G
|
G
Q
 
-
I
x
L
V
 
T
N
x
T
S
 
Y
Y
 
F
S
 
H
R
 
P
D
 
G
I
 
I
D
 
N
V
 
L
I
 
-
E
 
-
R
 
K
S
 
K
V
 
I
G
 
H
P
 
Y
K
 
D
Q
 
S
A
 
I
Q
 
K
L
 
L
L
 
Y
G
 
E
Q
 
R
M
 
L
A
 
E
F
 
E
E
 
E
G
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
V
I
 
V
R
 
G
E
 
F
R
 
H
V
 
-
A
 
-
K
 
-
Y
 
-
N
 
-
I
 
-
Q
 
-
C
 
-
D
 
-
L
 
-
K
 
Q
D
 
P
G
 
G
G
 
S
V
 
I
F
 
R
A
 
L
A
 
A
I
 
T
T
 
T
A
 
P
K
 
E
Q
 
R
M
 
V
G
 
D
H
x
E
L
 
F
E
 
K
S
 
Y
Q
 
Q
K
 
M
R
 
T
L
 
R
W
 
-
E
 
T
R
 
N
F
 
W
G
 
H
H
 
A
T
 
T
Q
 
E
L
 
Q
E
 
Y
L
 
I
L
 
I
D
 
E
Q
 
P
R
 
E
R
 
K
I
 
I
R
 
H
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
N
C
 
M
D
 
D
Q
 
K
Y
 
I
V
 
L
G
 
A
G
 
G
M
 
L
L
 
Y
D
 
N
M
 
P
S
 
G
G
 
D
G
 
G
H
 
H
I
 
I
H
 
D
P
 
P
L
 
Y
N
 
S
L
 
L
V
 
T
L
 
M
G
 
A
E
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
G
V
 
A
E
 
R
S
 
K
L
 
Y
G
 
G
G
 
V
T
 
L
I
 
L
Y
 
K
E
 
Y
Q
 
P
S
 
A
P
|
P
A
x
V
V
 
T
R
 
S
I
 
L
E
 
K
R
 
P
G
 
R
T
 
P
N
 
D
P
 
G
V
 
T
-
 
W
-
 
D
V
 
V
Y
 
E
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
S
V
 
V
R
 
R
A
 
A
K
 
N
F
 
R
I
 
I
I
 
V
V
 
N
A
|
A
G
x
A
N
x
G
A
x
F
Y
x
W
-
 
A
-
 
R
-
 
E
I
 
V
G
 
G
N
 
K
L
 
M
V
 
I
P
 
-
E
 
G
L
 
L
A
 
D
A
 
H
K
 
P
S
 
L
M
 
I
P
 
P
C
 
V
G
 
Q
T
x
H
Q
 
Q
V
x
Y
I
 
V
A
 
V
T
 
T
E
 
S
P
 
T
L
 
I
G
 
P
D
 
E
E
 
V
L
 
K
A
 
A
-
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
E
L
 
L
P
 
P
Q
 
V
D
 
L
Y
 
R
C
 
D
V
 
L
E
 
E
D
 
G
C
 
S
N
 
Y
Y
|
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q6TGQ9 L-amino-acid oxidase BjussuLAAO-I; BjsuLAAO; LAO; EC 1.4.3.2 from Bothrops jararacussu (Jararacussu) (see paper)
36% identity, 21% coverage: 32:121/427 of query aligns to 49:123/497 of Q6TGQ9

query
sites
Q6TGQ9
V
 
V
C
 
V
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Y
 
M
T
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
S
S
 
A
A
 
A
L
 
Y
F
 
V
L
 
L
L
 
A
E
 
N
N
 
A
G
 
G
F
 
H
R
 
Q
V
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
A
S
 
S
G
 
E
R
 
R
N
 
A
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
I
 
-
V
 
V
N
 
K
S
 
T
Y
 
Y
S
 
R
R
 
N
D
 
E
I
 
K
D
 
E
V
 
G
I
 
W
E
 
Y
R
 
A
S
 
N
V
 
L
G
 
G
P
 
P
K
 
M
Q
 
R
A
 
L
Q
 
P
L
 
-
L
 
-
G
 
-
Q
 
-
M
 
-
A
 
-
F
 
-
E
 
E
G
 
K
G
 
H
R
 
R
I
 
I
I
 
V
R
 
R
E
 
E
R
 
Y
V
 
I
A
 
R
K
 
K
Y
 
F
N
 
G
I
 
L
Q
 
Q
C
 
L
D
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Pf1N1B4_6047 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_6047
MANTPYPESYYAASANVAPPRPALQDDVETDVCVIGAGYTGLSSALFLLENGFRVTVLEA
AKVGFGASGRNGGQIVNSYSRDIDVIERSVGPKQAQLLGQMAFEGGRIIRERVAKYNIQC
DLKDGGVFAAITAKQMGHLESQKRLWERFGHTQLELLDQRRIREVVACDQYVGGMLDMSG
GHIHPLNLVLGEAAAVESLGGTIYEQSPAVRIERGTNPVVYTPQGKVRAKFIIVAGNAYI
GNLVPELAAKSMPCGTQVIATEPLGDELAKRLLPQDYCVEDCNYLLDYYRLSADKRLIFG
GGVVYGARDPANIEAIIRPKMLKAFPQLKDVKIDYAWTGNFLLTLSRLPQVGRLGDNIYY
SQGCSGHGVTYTHLAGKVLAEALRGQAERFDAFADLPHYPFPGGQLLRTPFAALGAWYYG
LRDKLGF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory