SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_1015 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1015 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
40% identity, 92% coverage: 24:304/307 of query aligns to 9:283/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
S
I
 
I
A
 
S
Q
 
N
V
 
L
D
|
D
D
 
E
V
 
-
F
 
F
L
 
L
A
 
T
Q
 
Y
M
 
M
R
 
Q
D
 
D
Y
 
A
M
 
M
A
 
K
A
 
E
H
 
E
A
 
A
K
 
A
D
 
N
L
 
Y
P
 
P
G
 
D
V
 
F
N
 
E
L
 
F
Q
 
I
F
 
F
E
 
S
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
T
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
N
 
A
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
E
N
 
N
F
 
F
T
 
I
A
 
S
Q
 
R
G
 
N
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
T
A
 
T
A
 
S
T
 
A
Q
 
V
K
 
D
M
 
I
T
 
V
A
 
N
H
 
M
A
 
V
Q
 
N
K
 
D
A
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
Y
 
I
V
 
A
N
|
N
R
|
R
R
 
T
P
 
F
D
 
D
Q
 
G
A
 
V
E
 
D
L
 
-
P
 
-
P
 
Q
G
 
A
V
 
T
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
D
 
E
E
 
S
I
 
I
K
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
L
M
 
L
Q
 
Q
M
 
M
R
 
E
Y
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
K
K
 
L
M
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
A
I
 
I
M
 
M
L
 
D
G
 
G
L
 
E
L
 
L
S
 
G
N
 
H
N
 
E
A
 
A
T
 
Q
H
 
I
N
 
M
R
|
R
T
 
T
Q
 
E
G
 
G
V
 
N
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
L
 
I
K
 
E
S
 
E
Y
 
H
P
 
D
D
 
G
I
 
L
H
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
L
E
 
Q
Q
 
G
S
 
T
A
 
A
E
 
K
W
 
F
Q
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
E
A
 
G
M
 
M
D
 
R
L
 
L
M
 
M
N
 
E
N
 
N
W
 
W
I
 
L
L
 
N
S
 
S
G
 
G
K
 
T
K
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
L
A
 
A
I
 
L
N
 
E
Q
 
A
A
 
V
G
 
G
M
 
K
R
x
L
S
 
D
G
 
-
K
 
-
D
 
D
I
x
V
L
 
I
V
 
V
G
 
A
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
A
G
 
T
P
 
P
A
 
A
G
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
I
 
M
K
 
K
K
 
E
D
 
G
Q
 
K
L
 
L
L
 
D
V
 
V
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
D
 
D
N
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
A
 
G
I
 
A
G
 
T
S
 
S
I
 
V
D
 
K
L
 
V
A
 
A
L
 
V
K
 
Q
M
 
A
I
 
A
R
 
N
K
 
G
E
 
E
P
 
D
F
 
-
A
 
V
A
 
E
E
 
D
L
 
A
T
 
M
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
P
A
 
E
N
 
N
Y
 
V
Q
 
E
D
 
E
F
 
Y

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
32% identity, 91% coverage: 24:302/307 of query aligns to 3:274/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
V
 
L
S
 
V
I
 
I
A
 
S
Q
 
T
V
 
L
D
 
N
D
x
N
V
 
P
F
|
F
L
x
F
A
 
V
Q
 
T
M
 
L
R
 
K
D
 
N
Y
 
G
M
 
A
A
 
E
A
 
E
H
 
K
A
 
A
K
 
K
D
 
E
L
 
L
P
 
-
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
L
 
I
Q
 
I
F
 
V
E
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
L
 
L
N
 
S
Q
 
N
V
 
V
Q
 
E
N
 
D
F
 
L
T
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
M
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
D
A
 
A
T
 
V
Q
 
V
K
 
T
M
 
A
T
 
I
A
 
K
H
 
E
A
 
A
Q
 
N
K
 
S
A
 
K
S
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
T
V
 
I
N
x
D
R
|
R
R
 
S
P
 
A
D
 
N
Q
 
G
A
 
G
E
 
D
L
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
V
G
 
C
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
E
 
N
I
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
M
 
M
Q
 
A
M
 
A
R
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
L
L
 
E
G
 
G
L
 
I
L
 
P
S
 
G
N
 
A
N
 
S
A
|
A
T
 
A
H
 
R
N
 
D
R
|
R
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
A
E
 
K
Q
 
Q
S
 
A
A
 
A
E
 
D
W
x
F
Q
 
D
R
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
G
M
 
L
D
 
S
L
 
V
M
 
M
N
 
E
N
 
N
W
 
I
I
 
L
L
 
Q
S
 
A
G
 
Q
K
 
P
K
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
F
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
K
A
 
A
I
 
I
N
 
-
Q
 
E
A
 
A
G
 
A
M
 
N
R
 
R
S
 
Q
G
 
G
K
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
I
V
 
V
G
 
V
G
 
G
S
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
P
 
E
A
 
D
G
 
A
L
 
L
D
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
E
D
 
G
Q
 
K
L
 
M
L
 
A
V
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
N
 
P
K
 
A
G
 
L
Q
 
M
A
 
G
I
 
S
G
 
L
S
 
G
I
 
V
D
 
E
L
 
M
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
Y
I
 
L
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
K
F
 
I
A
 
P
A
 
N
E
 
F
L
 
I
T
 
P
I
 
A
P
 
E
Y
 
L
Q
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
E
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
35% identity, 93% coverage: 16:300/307 of query aligns to 28:306/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
P
 
P
L
 
A
A
 
A
L
 
N
A
 
S
D
 
D
I
 
T
-
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
V
A
x
Y
Q
 
D
V
 
M
D
 
S
D
 
S
V
 
-
F
 
F
L
 
I
A
 
T
Q
 
A
M
 
G
R
 
K
D
 
E
Y
 
G
M
 
M
A
 
D
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
-
P
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
S
F
 
M
T
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
Q
 
A
K
 
P
M
 
Q
T
 
V
A
 
A
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
K
 
A
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Y
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
Q
 
S
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
A
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
D
 
D
E
 
D
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
I
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
P
L
 
L
S
 
G
N
 
Q
N
 
S
A
 
G
T
 
E
H
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
N
W
 
W
Q
 
K
R
 
R
S
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
V
D
 
N
L
 
K
M
 
M
N
 
K
N
 
N
W
 
W
I
 
I
L
 
S
S
 
G
-
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
-
R
 
R
S
 
T
G
 
G
K
 
V
D
 
P
I
 
I
L
 
V
V
 
-
G
 
-
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
Q
|
Q
D
 
N
N
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
I
 
A
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
N
K
 
R
M
 
L
I
 
A
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
P
F
 
V
A
 
N
A
 
K
E
 
E
L
 
P
T
 
V
I
 
Y
P
 
I
Y
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
35% identity, 91% coverage: 23:300/307 of query aligns to 4:274/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
V
A
x
Y
Q
 
D
V
 
M
D
 
S
D
 
S
V
 
-
F
 
F
L
 
I
A
 
T
Q
 
A
M
 
G
R
 
K
D
 
E
Y
 
G
M
 
M
A
 
D
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
-
P
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
S
F
 
M
T
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
Q
 
A
K
 
P
M
 
Q
T
 
V
A
 
A
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
K
 
A
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
Y
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
Q
 
S
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
A
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
D
 
D
E
 
D
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
I
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
P
L
 
L
S
 
G
N
 
Q
N
 
S
A
 
G
T
 
E
H
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
N
W
|
W
Q
 
K
R
 
R
S
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
V
D
 
N
L
 
K
M
 
M
N
 
K
N
 
N
W
 
W
I
 
I
L
 
S
S
 
G
-
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
M
 
-
R
 
R
S
 
T
G
 
G
K
 
V
D
 
P
I
 
I
L
 
V
V
 
-
G
 
-
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
Q
|
Q
D
 
N
N
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
I
 
A
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
N
K
 
R
M
 
L
I
 
A
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
P
F
 
V
A
 
N
A
 
K
E
 
E
L
 
P
T
 
V
I
 
Y
P
 
I
Y
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
34% identity, 91% coverage: 23:300/307 of query aligns to 3:273/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
x
V
A
x
Y
Q
 
D
V
 
M
D
 
S
D
 
S
V
 
-
F
 
F
L
 
I
A
 
T
Q
x
E
M
 
G
R
 
K
D
 
E
Y
 
G
M
 
M
A
 
D
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
-
L
 
A
P
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
 
N
D
|
D
V
 
V
V
x
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
S
F
 
L
T
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
Q
 
G
K
 
P
M
 
Q
T
 
V
A
 
A
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
K
 
S
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
x
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
L
E
 
E
L
 
T
P
 
P
P
 
D
G
 
L
V
 
A
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
D
 
D
E
 
D
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
I
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
P
L
 
L
S
 
G
N
 
G
N
 
S
A
 
G
T
 
E
H
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
N
W
|
W
Q
 
K
R
 
R
S
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
V
D
 
N
L
 
K
M
 
M
N
 
K
N
 
N
W
 
W
I
 
I
L
 
S
S
 
S
-
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
-
R
 
R
S
 
T
G
 
G
K
 
V
D
 
P
I
 
I
L
 
V
V
 
-
G
 
-
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
x
E
A
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
Q
|
Q
D
 
N
N
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
I
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
D
K
 
A
M
 
L
I
 
V
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
D
F
 
V
A
 
K
A
 
T
E
 
D
L
 
P
T
 
V
I
 
Y
P
 
V
Y
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
34% identity, 91% coverage: 23:300/307 of query aligns to 36:306/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
V
A
x
Y
Q
 
D
V
 
M
D
 
S
D
 
S
V
 
-
F
 
F
L
 
I
A
 
T
Q
 
E
M
 
G
R
 
K
D
 
E
Y
 
G
M
 
M
A
 
D
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
-
L
 
A
P
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
S
F
 
L
T
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
Q
 
G
K
 
P
M
 
Q
T
 
V
A
 
A
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
K
 
S
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
L
E
 
E
L
 
T
P
 
P
P
 
D
G
 
L
V
 
A
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
D
 
D
E
 
D
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
I
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
P
L
 
L
S
 
G
N
 
G
N
 
S
A
 
G
T
 
E
H
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
N
W
 
W
Q
 
K
R
 
R
S
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
V
D
 
N
L
 
K
M
 
M
N
 
K
N
 
N
W
 
W
I
 
I
L
 
S
S
 
S
-
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
-
R
 
R
S
 
T
G
 
G
K
 
V
D
 
P
I
 
I
L
 
V
V
 
-
G
 
-
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
Q
|
Q
D
 
N
N
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
I
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
D
K
 
A
M
 
L
I
 
V
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
D
F
 
V
A
 
K
A
 
T
E
 
D
L
 
P
T
 
V
I
 
Y
P
 
V
Y
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
34% identity, 91% coverage: 23:300/307 of query aligns to 3:273/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
V
A
x
Y
Q
 
D
V
 
M
D
 
S
D
 
S
V
 
-
F
 
F
L
 
I
A
 
T
Q
x
E
M
 
G
R
 
K
D
 
E
Y
 
G
M
 
M
A
 
D
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
-
L
 
A
P
 
N
G
 
N
V
 
I
N
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
G
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
R
 
T
Q
 
Q
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
S
F
 
L
T
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
A
 
S
T
 
L
Q
 
G
K
 
P
M
 
Q
T
 
V
A
 
A
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
K
 
S
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Y
 
A
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
L
E
 
E
L
 
T
P
 
P
P
 
D
G
 
L
V
 
A
G
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
D
 
D
E
 
D
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
E
M
 
M
R
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
M
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
I
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
P
L
 
L
S
 
G
N
 
G
N
 
S
A
 
G
T
 
E
H
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
S
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
N
W
|
W
Q
 
K
R
 
R
S
 
D
K
 
E
A
 
A
M
 
V
D
 
N
L
 
K
M
 
M
N
 
K
N
 
N
W
 
W
I
 
I
L
 
S
S
 
S
-
 
F
G
 
G
K
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
-
R
 
R
S
 
T
G
 
G
K
 
V
D
 
P
I
 
I
L
 
V
V
 
-
G
 
-
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
x
E
A
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
D
L
 
F
L
 
I
V
 
G
T
 
T
V
 
S
Y
 
L
Q
|
Q
D
 
N
N
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
I
 
S
G
 
A
S
 
G
I
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
L
 
D
K
 
A
M
 
L
I
 
V
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
D
F
 
V
A
 
K
A
 
T
E
 
D
L
 
P
T
 
V
I
 
Y
P
 
V
Y
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
32% identity, 93% coverage: 21:304/307 of query aligns to 8:282/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
D
 
D
I
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
I
 
I
A
 
S
Q
 
T
V
 
T
D
 
N
D
x
N
V
 
P
F
x
Y
L
x
F
A
 
V
Q
 
A
M
 
M
R
 
K
D
 
D
Y
 
G
M
 
I
A
 
D
A
 
K
H
 
Y
A
 
A
K
 
S
D
 
N
L
 
-
P
 
K
G
 
K
V
 
I
N
 
S
L
 
I
Q
 
K
F
 
V
E
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
G
 
D
D
 
D
V
 
A
V
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
A
N
 
D
Q
 
D
V
 
V
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
T
 
I
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
K
A
 
A
T
 
I
Q
 
V
K
 
T
M
 
A
T
 
I
A
 
K
H
 
S
A
 
A
Q
 
N
K
 
N
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
L
V
 
M
N
x
D
R
|
R
R
 
G
P
 
S
D
 
E
Q
 
G
A
 
G
E
 
K
L
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
L
G
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
A
S
 
S
D
 
D
E
 
N
I
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
M
 
M
Q
 
A
M
 
A
R
 
D
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
E
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
L
 
A
A
 
F
I
 
E
M
 
L
L
 
S
G
 
G
L
 
V
L
 
P
S
 
G
N
 
A
N
 
S
A
 
A
T
 
T
H
 
V
N
 
D
R
|
R
T
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
H
E
 
S
V
 
V
L
 
A
K
 
K
S
 
S
Y
 
K
P
 
L
D
 
D
I
 
M
H
 
-
V
 
-
V
 
L
E
 
S
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
E
 
N
W
x
F
Q
 
D
R
 
R
S
 
A
K
 
K
A
 
A
M
 
L
D
 
N
L
 
T
M
 
T
N
 
Q
N
 
N
W
 
M
I
 
I
L
 
Q
S
 
G
G
 
H
K
 
K
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
I
V
 
I
A
 
F
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
A
 
A
I
 
V
N
 
K
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
Q
S
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
N
I
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
V
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
Q
P
 
P
A
 
D
G
 
A
L
 
H
D
 
D
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
K
D
 
G
Q
 
D
L
 
I
L
 
S
V
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
N
 
P
K
 
A
G
 
K
Q
 
M
A
 
G
I
 
E
G
 
I
S
 
A
I
 
I
D
 
Q
L
 
A
A
 
A
L
 
I
K
 
D
M
 
Y
I
 
Y
R
 
K
K
 
G
E
 
K
P
 
K
F
 
V
A
 
E
A
 
K
E
 
E
L
 
T
T
 
I
I
 
S
P
 
P
Y
 
I
Q
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
V
Q
 
E
D
 
K
F
 
Y

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
29% identity, 90% coverage: 24:298/307 of query aligns to 5:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
T
I
 
V
A
 
S
Q
 
T
V
 
L
D
 
D
D
x
N
V
 
P
F
|
F
L
x
F
A
 
V
Q
 
S
M
 
L
R
 
K
D
 
D
Y
 
G
M
 
A
A
 
Q
A
 
K
H
 
K
A
 
A
K
 
T
D
 
E
L
 
L
P
 
-
G
 
G
V
 
Y
N
 
K
L
 
L
Q
 
V
F
 
V
E
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
P
V
 
S
R
 
K
Q
 
E
L
 
L
N
 
S
Q
 
N
V
 
V
Q
 
E
N
 
D
F
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
M
 
A
D
 
K
A
 
V
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
V
Q
 
S
K
 
N
M
 
A
T
 
V
A
 
A
H
 
I
A
 
A
Q
 
N
K
 
R
A
 
N
S
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
T
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
G
P
 
A
D
 
A
Q
 
K
A
 
G
E
 
E
L
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
V
G
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
E
 
N
I
 
V
K
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
M
 
M
Q
 
A
M
 
G
R
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
M
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
N
 
K
L
 
V
A
 
I
I
 
Q
M
 
L
L
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
A
S
 
G
N
 
T
N
 
S
A
 
A
T
 
A
H
 
R
N
 
E
R
|
R
T
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
K
E
 
Q
V
 
A
L
 
I
K
 
E
S
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
H
 
D
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
E
 
D
W
x
F
Q
 
D
R
 
R
S
 
T
K
 
K
A
 
G
M
 
L
D
 
N
L
 
V
M
 
T
N
 
E
N
 
N
W
 
L
I
 
L
L
 
A
S
 
S
G
 
K
K
 
G
K
 
S
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
A
 
F
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
R
A
 
A
I
 
I
N
 
S
Q
 
A
A
 
A
G
 
-
M
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
G
K
 
K
D
 
K
I
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
V
G
 
G
S
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
P
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
K
L
 
L
L
 
A
V
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
A
Q
|
Q
D
 
-
N
 
-
K
 
Q
G
 
P
Q
 
E
A
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
S
-
 
L
-
 
G
I
 
V
D
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
I
I
 
L
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
K
F
 
V
A
 
D
A
 
A
E
 
K
L
 
I
T
 
P
I
 
V
P
 
A
Y
 
L
Q
 
K
L
 
V
I
 
V
T
 
T
K
 
E

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
36% identity, 69% coverage: 71:283/307 of query aligns to 53:266/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
V
 
V
Q
 
E
N
 
N
F
 
M
T
 
I
A
 
A
Q
 
K
G
 
K
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
T
P
 
P
V
 
N
D
 
D
T
 
S
A
 
I
A
 
A
T
 
F
Q
 
I
K
 
P
M
 
A
T
 
F
A
 
Q
H
 
K
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
Y
 
D
V
 
L
N
x
D
R
 
V
R
 
R
P
 
L
D
 
D
-
 
A
Q
 
K
A
 
A
E
 
A
L
 
E
P
 
A
P
 
A
G
 
G
V
 
L
-
 
K
-
 
F
G
 
N
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
V
D
 
D
E
 
N
I
 
F
K
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
M
 
L
Q
 
E
M
 
A
R
 
K
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
A
M
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
V
A
 
A
I
 
I
M
 
L
L
 
E
G
 
G
L
 
I
L
 
P
S
 
G
N
 
V
N
 
D
A
x
N
T
 
G
H
 
E
N
 
Q
R
|
R
T
 
K
Q
 
G
G
 
G
V
 
A
K
 
L
E
 
K
V
 
A
L
 
F
K
 
A
S
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
A
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
E
 
N
W
|
W
Q
 
E
R
 
T
S
 
E
K
 
Q
A
 
A
M
 
L
D
 
N
L
 
V
M
 
T
N
 
T
N
 
N
W
 
I
I
 
L
L
 
T
S
 
A
G
 
N
K
 
P
K
 
N
I
 
I
D
 
N
A
 
G
V
 
I
A
 
F
A
 
A
N
 
A
A
 
N
D
 
D
E
 
N
M
 
M
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
-
S
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
-
I
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
S
G
 
G
S
 
Y
D
|
D
G
 
G
G
 
I
P
 
P
A
 
L
G
 
A
L
 
I
D
 
E
A
 
Y
I
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
Q
 
K
L
 
M
L
 
Q
V
 
N
T
 
T
V
 
I
Y
 
D
Q
|
Q
D
 
L
N
 
P
K
 
K
G
 
K
Q
 
Q
A
 
V
I
 
A
G
 
I
S
 
A
I
 
I
D
 
E
L
 
H
A
 
A
L
 
L
K
 
K
M
 
Q
I
 
I
R
 
N
K
 
K
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

8fxuA Thermoanaerobacter thermosaccharolyticum periplasmic glucose-binding protein glucose complex: badan conjugate attached at f17c (see paper)
31% identity, 92% coverage: 22:303/307 of query aligns to 4:308/310 of 8fxuA

query
sites
8fxuA
I
 
L
R
 
N
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
A
I
 
I
A
 
Y
Q
 
K
V
 
F
D
 
D
D
|
D
V
 
T
F
x
C
L
 
M
A
 
T
Q
 
G
M
 
V
R
 
R
D
 
N
Y
 
A
M
 
M
A
 
T
A
 
A
H
 
E
A
 
A
K
 
Q
D
 
G
L
 
K
P
 
A
G
 
K
V
 
L
N
 
N
L
 
M
Q
 
-
F
 
-
E
 
V
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
S
V
 
Q
V
 
P
R
 
T
Q
 
Q
L
 
N
N
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
D
N
 
L
F
 
F
T
 
I
A
 
T
Q
 
K
G
 
K
M
 
M
D
 
N
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
R
A
 
T
A
 
A
T
 
A
Q
 
G
K
 
T
M
 
I
T
 
I
A
 
D
H
 
K
A
 
A
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
|
R
R
 
E
P
 
P
D
 
L
Q
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
M
P
 
K
P
 
K
G
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
A
D
 
K
E
 
A
I
 
E
K
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
I
M
 
L
Q
 
Q
M
 
G
R
 
Q
Y
 
I
L
 
M
A
 
A
E
 
D
-
 
Y
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
x
D
-
 
K
K
x
N
M
 
H
G
x
D
G
 
G
K
x
V
G
 
M
N
x
Q
L
 
Y
A
 
V
I
 
M
M
 
L
L
 
M
G
 
G
L
 
Q
L
 
P
S
 
G
N
 
H
N
 
Q
A
x
D
T
 
A
H
 
I
N
 
L
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
-
 
Y
G
 
S
V
 
I
K
 
Q
E
 
T
V
 
V
L
 
K
K
 
D
S
 
A
Y
 
G
P
 
I
D
 
K
I
 
V
H
 
Q
V
 
E
V
 
L
E
 
A
E
 
K
Q
 
D
S
 
Y
A
 
A
E
 
N
W
|
W
Q
 
D
R
 
R
S
 
V
K
 
T
A
 
A
M
 
H
D
 
D
L
 
K
M
 
M
N
 
A
N
 
A
W
 
W
I
 
L
L
 
S
S
 
S
-
 
F
G
 
G
K
 
D
K
 
K
I
 
I
D
x
E
A
 
A
V
 
V
A
 
F
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
M
 
Y
R
 
F
S
 
T
G
 
G
K
 
K
D
 
Y
I
 
I
L
 
P
V
 
V
G
 
V
G
 
G
S
 
V
D
|
D
G
x
A
G
x
T
P
 
A
A
 
P
G
 
G
L
 
I
D
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
D
D
 
G
Q
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
G
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
Q
x
N
D
 
D
N
 
A
K
 
K
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
N
L
 
I
A
 
A
L
 
Y
K
 
E
M
 
L
I
 
A
R
 
Q
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
T
K
 
K
E
 
D
P
 
N
F
 
I
A
 
G
A
 
Y
E
 
D
L
 
I
T
 
T
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
V
-
 
W
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
L
 
K
I
 
I
T
 
T
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
I
Q
 
S
D
 
D

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
31% identity, 83% coverage: 24:278/307 of query aligns to 3:260/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
I
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
S
I
 
Q
A
 
V
Q
 
G
V
 
S
D
x
E
D
x
S
V
 
G
F
x
W
L
x
R
A
 
T
Q
 
S
M
 
F
R
 
S
D
 
E
Y
 
A
M
 
V
A
 
K
A
 
A
H
 
E
A
 
A
K
 
K
D
 
Q
L
 
R
P
 
-
G
 
G
V
 
I
N
 
D
L
 
L
Q
 
K
F
 
F
E
 
A
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
G
 
Q
D
 
K
V
 
Q
V
 
E
R
 
N
Q
 
Q
L
 
I
N
 
K
Q
 
A
V
 
V
Q
 
R
N
 
S
F
 
F
T
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
V
T
 
E
A
 
T
A
 
G
T
 
W
Q
 
K
K
 
P
M
 
V
T
 
L
A
 
K
H
 
E
A
 
A
Q
 
K
K
 
R
A
 
A
S
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
I
V
 
V
N
x
D
R
|
R
R
 
N
P
 
I
D
 
K
Q
 
V
A
 
D
E
 
D
L
 
D
P
 
S
P
 
L
G
 
F
V
 
L
G
 
T
Y
 
R
V
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
E
 
F
I
 
S
K
 
E
A
 
E
G
 
G
E
 
R
M
 
K
Q
 
I
M
 
G
R
 
Q
Y
 
W
L
 
L
A
 
M
E
 
D
K
 
K
M
 
T
G
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
N
 
D
L
 
I
A
 
A
I
 
E
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
T
L
 
V
S
 
G
N
 
A
N
 
T
A
 
A
T
 
A
H
 
I
N
 
D
R
|
R
T
 
A
Q
 
A
G
 
G
V
 
F
K
 
N
E
 
Q
V
 
V
L
 
I
K
 
A
S
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
N
I
 
A
H
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
R
E
 
S
Q
 
Q
S
 
T
A
 
G
E
 
E
W
x
F
Q
 
T
R
 
R
S
 
A
K
 
K
A
 
G
M
 
K
D
 
E
L
 
V
M
 
M
N
 
E
N
 
G
W
 
F
I
 
L
L
 
K
S
 
A
-
 
Q
-
 
N
G
 
G
K
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
C
A
 
A
V
 
V
A
 
W
A
 
S
N
 
H
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
S
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
I
G
 
V
G
 
S
S
 
V
D
|
D
G
 
G
G
 
V
P
 
P
A
 
D
G
 
Y
L
 
F
D
 
K
A
 
A
I
 
M
K
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
D
L
 
V
L
 
N
V
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
E
Q
 
L
D
 
S
N
 
P
-
 
Y
-
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
P
A
 
A
I
 
F
G
 
D
S
 
A
I
 
I
D
 
D
L
 
A
A
 
Y
L
 
L
K
 
K

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
26% identity, 90% coverage: 24:298/307 of query aligns to 4:270/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
V
I
 
V
A
 
S
Q
 
T
V
 
L
D
 
N
D
x
N
V
 
P
F
|
F
L
 
F
A
 
V
Q
 
S
M
 
L
R
 
K
D
 
D
Y
 
G
M
 
A
A
 
Q
A
 
K
H
 
E
A
 
A
K
 
D
D
 
K
L
 
L
P
 
-
G
 
G
V
 
Y
N
 
N
L
 
L
Q
 
V
F
 
V
E
 
L
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
N
V
 
P
V
 
A
R
 
K
Q
 
E
L
 
L
N
 
A
Q
 
N
V
 
V
Q
 
Q
N
 
D
F
 
L
T
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
M
 
T
D
 
K
A
 
I
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
D
A
 
A
T
 
V
Q
 
D
K
 
N
M
 
A
T
 
V
A
 
K
H
 
M
A
 
A
Q
 
N
K
 
Q
A
 
A
S
 
N
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
T
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
Q
P
 
A
D
 
T
Q
 
K
A
 
G
E
 
E
L
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
V
G
 
S
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
D
 
D
E
 
N
I
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
M
 
I
Q
 
A
M
 
G
R
 
D
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
K
M
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
N
 
K
L
 
V
A
 
I
I
 
E
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
I
L
 
A
S
 
G
N
 
T
N
 
S
A
 
A
T
 
A
H
 
R
N
 
E
R
|
R
T
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
Q
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
K
 
A
S
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
H
 
N
V
 
V
V
 
L
E
 
A
E
 
S
Q
 
Q
S
 
P
A
 
A
E
 
D
W
x
F
Q
 
D
R
 
R
S
 
I
K
 
K
A
 
G
M
 
L
D
 
N
L
 
V
M
 
M
N
 
Q
N
 
N
W
 
L
I
 
L
L
 
T
S
 
A
G
 
H
K
 
P
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
F
A
 
A
N
 
Q
A
x
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
R
A
 
A
I
 
L
N
 
Q
Q
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
K
R
 
S
S
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
D
I
 
V
L
 
M
V
 
V
G
 
V
G
 
G
S
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
P
 
P
A
 
D
G
 
G
L
 
E
D
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
K
L
 
L
L
 
A
V
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
Q
 
Q
D
 
L
N
 
P
K
 
D
G
 
Q
Q
 
I
A
 
G
I
 
A
G
 
K
S
 
G
I
 
V
D
 
E
L
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
M
 
V
I
 
L
R
 
K
K
 
G
E
 
E
P
 
K
F
 
V
A
 
Q
A
 
A
E
 
K
L
 
Y
T
 
P
I
 
V
P
 
D
Y
 
L
Q
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
V
K
 
K

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 64% coverage: 52:246/307 of query aligns to 53:251/318 of P39325

query
sites
P39325
G
 
G
V
 
I
N
 
T
L
 
L
Q
 
K
F
 
I
E
 
A
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
G
 
Q
D
 
K
V
 
Q
V
 
E
R
 
N
Q
 
Q
L
 
I
N
 
K
Q
 
A
V
 
V
Q
 
R
N
 
S
F
 
F
T
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
V
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
V
T
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
W
Q
 
E
K
 
P
M
 
V
T
 
L
A
 
K
H
 
E
A
 
A
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
S
 
E
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
F
Y
 
L
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
S
P
 
I
D
 
D
Q
 
V
A
 
K
E
 
D
L
 
K
P
 
S
P
 
L
G
 
Y
V
 
M
G
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
E
 
N
I
 
I
K
 
L
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
L
Q
 
I
M
 
G
R
 
D
Y
 
W
L
 
L
A
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
G
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
x
C
N
 
N
L
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
T
L
 
V
S
 
G
N
 
A
N
 
S
A
 
V
T
 
A
H
 
I
N
 
D
R
|
R
T
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
N
Y
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
H
 
K
V
 
I
V
 
I
E
 
R
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
E
 
D
W
 
F
Q
 
T
R
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
G
M
 
K
D
 
E
L
 
V
M
 
M
N
 
E
N
 
S
W
 
F
I
 
I
L
 
K
S
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
N
G
 
G
K
 
K
K
 
N
I
 
I
D
x
C
A
 
M
V
 
V
A
 
Y
A
 
A
N
 
H
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
S
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
T
G
 
G
G
 
S
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
33% identity, 64% coverage: 52:246/307 of query aligns to 31:229/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
G
 
G
V
 
I
N
 
T
L
 
L
Q
 
K
F
 
I
E
 
A
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
G
 
Q
D
 
K
V
 
Q
V
 
E
R
 
N
Q
 
Q
L
 
I
N
 
K
Q
 
A
V
 
V
Q
 
R
N
 
S
F
 
F
T
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
V
 
I
N
 
A
P
 
P
V
 
V
D
 
V
T
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
W
Q
 
E
K
 
P
M
 
V
T
 
L
A
 
K
H
 
E
A
 
A
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
S
 
E
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
F
Y
 
L
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
S
P
 
I
D
 
D
Q
 
V
A
 
K
E
 
D
L
 
K
P
 
S
P
 
L
G
 
Y
V
 
M
G
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
S
 
A
D
 
D
E
 
N
I
 
I
K
 
L
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
L
Q
 
I
M
 
G
R
 
D
Y
 
W
L
 
L
A
 
V
E
 
K
K
 
E
M
 
V
G
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
 
C
N
 
N
L
 
V
A
 
V
I
 
E
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
T
L
 
V
S
 
G
N
 
A
N
 
S
A
 
V
T
 
A
H
 
I
N
 
D
R
|
R
T
 
K
Q
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
N
Y
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
H
 
K
V
 
I
V
 
I
E
 
R
E
 
S
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
E
 
D
W
x
F
Q
 
T
R
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
G
M
 
K
D
 
E
L
 
V
M
 
M
N
 
E
N
 
S
W
 
F
I
 
I
L
 
K
S
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
N
G
 
G
K
 
K
K
 
N
I
 
I
D
 
C
A
 
M
V
 
V
A
 
Y
A
 
A
N
 
H
A
x
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
Q
A
 
A
I
 
I
N
 
K
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
K
S
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
I
 
I
L
 
L
V
 
T
G
 
G
G
 
S
S
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

5kwsA Crystal structure of galactose binding protein from yersinia pestis in the complex with beta d glucose
30% identity, 93% coverage: 20:304/307 of query aligns to 1:306/307 of 5kwsA

query
sites
5kwsA
A
 
A
D
 
E
I
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
I
A
 
Y
Q
 
K
V
 
Y
D
 
D
D
|
D
V
 
N
F
 
F
L
 
M
A
 
S
Q
 
V
M
 
V
R
 
R
D
 
K
Y
 
A
M
 
I
A
 
E
A
 
K
H
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
L
 
S
P
 
P
G
 
E
V
 
I
N
 
T
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
N
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
D
N
 
V
F
 
L
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
M
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
Q
 
P
K
 
V
M
 
V
T
 
I
A
 
D
H
 
K
A
 
A
Q
 
R
K
 
S
A
 
N
S
 
D
V
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
V
Y
 
F
V
 
Y
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
Q
 
R
A
 
K
E
 
A
L
 
L
P
 
D
P
 
S
-
 
Y
-
 
D
G
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
T
D
 
D
E
 
S
I
 
K
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
V
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
R
 
E
Y
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
M
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
L
 
F
A
 
V
I
 
L
M
 
L
L
 
K
G
 
G
L
 
E
L
 
P
S
 
G
N
x
H
N
 
P
A
x
D
T
 
A
H
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
Q
 
T
G
 
Y
V
 
V
K
 
I
E
 
K
V
 
T
L
 
L
-
 
N
-
 
E
K
 
K
S
 
G
Y
 
L
P
 
P
D
 
-
I
 
T
H
 
Q
V
 
Q
V
 
L
E
 
Q
E
 
L
Q
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
M
W
|
W
Q
 
D
R
 
T
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
M
 
K
D
 
D
L
 
K
M
 
M
N
 
D
N
 
A
W
 
W
I
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
A
K
 
N
K
 
K
I
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
M
 
K
R
 
T
S
 
S
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
V
L
 
P
V
 
V
G
 
F
G
 
G
S
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
L
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
Q
L
 
M
L
 
A
V
 
G
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
Q
x
N
D
 
D
N
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
K
K
 
N
M
 
L
I
 
A
R
 
A
K
 
G
E
 
K
P
 
P
F
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
G
L
 
T
T
 
T
-
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
R
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
L
Q
 
A
D
 
E
F
 
F

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
32% identity, 99% coverage: 1:304/307 of query aligns to 1:329/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
M
|
M
K
x
N
K
|
K
R
x
K
L
x
V
L
|
L
T
|
T
Y
x
L
L
x
S
F
x
A
V
|
V
A
x
M
-
x
A
-
x
S
-
x
M
L
|
L
F
|
F
A
x
G
P
x
A
L
x
A
A
|
A
-
x
H
L
x
A
A
 
A
D
 
D
I
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
I
A
 
Y
Q
 
K
V
 
Y
D
 
D
D
|
D
V
 
N
F
 
F
L
 
M
A
 
S
Q
 
V
M
 
V
R
 
R
D
 
K
Y
 
A
M
 
I
A
 
E
A
 
Q
H
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
L
 
A
P
 
P
G
 
D
V
 
V
N
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
N
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
D
N
 
V
F
 
L
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
M
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
Q
 
G
K
 
T
M
 
V
T
 
I
A
 
E
H
 
K
A
 
A
Q
 
R
K
 
G
A
 
Q
S
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
Q
 
R
A
 
K
E
 
A
L
 
L
P
 
D
P
 
S
-
 
Y
-
 
D
G
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
T
D
 
D
E
 
S
I
 
K
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
I
M
 
I
Q
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
I
M
 
A
R
 
K
Y
 
H
L
 
W
A
 
A
E
 
A
K
 
N
M
 
Q
G
 
G
G
 
W
K
x
D
G
 
L
N
|
N
L
 
K
-
x
D
-
 
G
A
x
Q
I
 
I
M
x
Q
L
 
F
G
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
K
N
 
G
N
 
E
A
 
P
T
 
G
H
|
H
N
 
P
R
x
D
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
-
x
R
V
 
T
K
 
T
E
 
Y
V
 
V
L
 
I
K
 
K
S
 
E
Y
 
L
P
 
N
D
 
D
I
 
K
H
 
G
V
 
I
V
 
K
E
 
T
E
 
E
Q
 
Q
-
 
L
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
M
W
 
W
Q
 
D
R
 
T
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
M
 
K
D
 
D
L
 
K
M
 
M
N
 
D
N
 
A
W
 
W
I
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
A
K
 
N
K
 
K
I
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
M
 
K
R
 
S
S
 
S
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
P
V
 
V
G
 
F
G
 
G
S
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
L
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
A
L
 
L
L
 
A
V
 
G
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
Q
x
N
D
 
D
N
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
-
K
 
K
M
 
N
I
 
L
R
 
A
K
 
D
E
 
G
P
 
K
F
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
G
T
 
T
-
 
N
-
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
L
Q
 
A
D
 
E
F
 
F

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:300/307 of query aligns to 2:275/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
I
 
F
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
A
I
 
Q
A
 
C
Q
 
S
V
 
-
D
 
D
D
|
D
V
 
S
F
x
W
L
x
R
A
 
H
Q
 
K
M
 
M
R
 
N
D
 
D
Y
 
E
M
 
I
A
 
L
A
 
R
H
 
E
A
 
A
K
 
M
D
 
F
L
 
Y
P
 
N
G
 
G
V
 
V
N
 
S
L
 
V
Q
 
E
F
 
I
E
 
R
D
 
S
A
 
A
Q
 
G
G
 
D
D
 
D
V
 
N
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
A
N
 
E
Q
 
D
V
 
V
Q
 
H
N
 
Y
F
 
F
T
 
M
A
 
D
Q
 
E
G
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
L
I
 
L
I
 
I
V
 
I
N
 
S
P
 
A
V
 
N
D
 
E
T
 
A
A
 
A
A
 
P
T
 
M
Q
 
T
K
 
P
M
 
I
T
 
V
A
 
E
H
 
E
A
 
A
Q
 
Y
K
 
Q
A
 
K
S
 
G
V
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
Y
 
L
V
 
V
N
x
D
R
|
R
R
 
K
P
 
I
D
 
L
Q
 
S
A
 
D
E
 
K
L
 
Y
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
T
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
E
 
N
I
 
Y
K
 
E
A
 
I
G
 
G
E
 
R
M
 
S
Q
 
V
M
 
G
R
 
N
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
E
 
S
K
 
S
M
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
E
M
 
L
L
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
S
S
 
G
N
 
S
N
 
T
A
x
P
T
 
A
H
 
M
N
 
E
R
|
R
T
 
H
Q
 
Q
G
 
G
V
 
F
K
 
M
E
 
A
V
 
A
L
 
I
K
 
S
S
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
I
 
I
H
 
K
V
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
K
Q
 
A
S
 
D
A
 
A
E
 
A
W
|
W
Q
 
E
R
 
R
S
 
G
K
 
P
A
 
A
M
 
E
D
 
I
L
 
E
M
 
M
N
 
D
N
 
S
W
 
M
I
 
L
L
 
R
S
 
R
G
 
H
K
 
P
K
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
Y
A
 
A
N
 
H
A
x
N
D
 
D
E
x
R
M
 
I
A
 
A
I
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
Y
M
 
Q
A
 
A
I
 
A
N
 
K
Q
 
M
A
 
A
G
 
G
M
 
R
R
 
E
S
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
E
I
 
M
L
 
I
V
 
F
G
 
V
G
 
G
S
 
I
D
|
D
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
E
A
 
L
I
 
V
K
 
L
K
 
D
D
 
S
Q
 
V
L
 
L
L
 
D
V
 
A
T
 
T
V
 
F
Y
 
I
Q
 
Y
D
 
P
N
 
T
K
 
N
G
 
G
Q
 
D
A
 
K
I
 
V
G
 
-
S
 
-
I
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
L
 
M
K
 
D
M
 
I
I
 
L
R
 
E
K
 
K
E
 
K
P
 
P
F
 
Y
A
 
P
A
 
K
E
 
E
L
 
T
T
 
V
I
 
M
P
 
N
Y
 
T
Q
 
A
L
 
V
I
 
V
T
 
D
K
 
R
A
 
T
N
 
N

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
31% identity, 99% coverage: 1:304/307 of query aligns to 1:329/332 of P23905

query
sites
P23905
M
 
M
K
 
N
K
 
K
R
 
K
L
 
V
L
 
L
T
 
T
Y
 
L
L
 
S
F
 
A
V
 
V
A
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
G
P
 
A
L
 
H
A
 
A
-
 
H
L
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
I
A
 
Y
Q
 
K
V
 
Y
D
 
D
D
|
D
V
 
N
F
 
F
L
 
M
A
 
S
Q
 
V
M
 
V
R
 
R
D
 
K
Y
 
A
M
 
I
A
 
E
A
 
K
H
 
D
A
 
G
K
 
K
D
 
S
L
 
A
P
 
P
G
 
D
V
 
V
N
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
N
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
D
N
 
V
F
 
L
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
M
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
Q
 
G
K
 
T
M
 
V
T
 
I
A
 
E
H
 
K
A
 
A
Q
 
R
K
 
G
A
 
Q
S
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
Q
 
R
A
 
K
E
 
A
L
 
L
P
 
D
P
 
S
-
 
Y
-
 
D
G
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
T
D
 
D
E
 
S
I
 
K
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
V
M
 
I
Q
 
Q
M
 
G
R
 
D
Y
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
M
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
L
 
Y
A
 
V
I
 
L
M
 
L
L
 
K
G
 
G
L
 
E
L
 
P
S
 
G
N
x
H
N
 
P
A
x
D
T
 
A
H
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
Q
 
T
G
 
-
V
 
-
K
 
-
E
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
S
 
E
Y
 
L
P
 
N
D
 
D
I
 
K
H
 
G
V
 
I
V
 
Q
E
 
T
E
 
E
Q
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
M
W
 
W
Q
 
D
R
 
T
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
M
 
K
D
 
D
L
 
K
M
 
M
N
 
D
N
 
A
W
 
W
I
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
A
K
 
N
K
 
K
I
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
M
 
K
R
 
S
S
 
S
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
P
V
 
V
G
 
F
G
 
G
S
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
L
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
A
L
 
M
L
 
A
V
 
G
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
Q
x
N
D
 
D
N
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
-
K
 
K
M
 
N
I
 
L
R
 
A
K
 
E
E
 
G
P
 
K
F
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
G
T
 
T
-
 
S
-
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
L
Q
 
S
D
 
E
F
 
F

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
32% identity, 93% coverage: 20:304/307 of query aligns to 1:306/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
A
 
A
D
 
D
I
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
I
A
 
Y
Q
 
K
V
 
Y
D
 
D
D
|
D
V
 
N
F
 
F
L
 
M
A
 
S
Q
 
V
M
 
V
R
 
R
D
 
K
Y
 
A
M
 
I
A
 
E
A
 
Q
H
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
A
L
 
A
P
 
P
G
 
D
V
 
V
N
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
R
 
K
Q
 
Q
L
 
N
N
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
D
N
 
V
F
 
L
T
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
M
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
A
 
A
T
 
A
Q
 
G
K
 
T
M
 
V
T
 
I
A
 
E
H
 
K
A
 
A
Q
 
R
K
 
G
A
 
Q
S
 
N
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
F
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
Q
 
R
A
 
K
E
 
A
L
 
L
P
 
D
P
 
S
-
 
Y
-
 
D
G
 
K
V
 
A
G
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
T
D
 
D
E
 
S
I
 
K
K
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
I
M
 
I
Q
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
I
M
 
A
R
 
K
Y
 
H
L
 
W
A
 
A
E
 
A
K
 
N
M
 
Q
G
 
G
G
 
W
K
x
D
G
 
L
N
|
N
L
 
K
-
x
D
-
 
G
A
x
Q
I
 
I
M
x
Q
L
 
F
G
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
K
N
 
G
N
 
E
A
 
P
T
 
G
H
|
H
N
 
P
R
x
D
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
-
x
R
V
 
T
K
 
T
E
 
Y
V
 
V
L
 
I
K
 
K
S
 
E
Y
 
L
P
 
N
D
 
D
I
 
K
H
 
G
V
 
I
V
 
K
E
 
T
E
 
E
Q
 
Q
-
 
L
-
 
Q
-
 
L
-
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
M
W
|
W
Q
 
D
R
 
T
S
 
A
K
 
Q
A
 
A
M
 
K
D
 
D
L
 
K
M
 
M
N
 
D
N
 
A
W
 
W
I
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
A
K
 
N
K
 
K
I
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
N
 
N
A
x
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
I
 
L
N
 
K
Q
 
A
A
 
H
G
 
N
M
 
K
R
 
S
S
 
S
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
P
V
 
V
G
 
F
G
 
G
S
 
V
D
|
D
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
L
I
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
Q
 
A
L
 
L
L
 
A
V
 
G
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
Q
x
N
D
 
D
N
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
K
G
 
A
S
 
T
I
 
F
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
-
K
 
K
M
 
N
I
 
L
R
 
A
K
 
D
E
 
G
P
 
K
F
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
G
T
 
T
-
 
N
-
 
W
-
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
K
 
K
A
 
D
N
 
N
Y
 
L
Q
 
A
D
 
E
F
 
F

Query Sequence

>Pf6N2E2_1015 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1015
MKKRLLTYLFVALFAPLALADIRIGVSIAQVDDVFLAQMRDYMAAHAKDLPGVNLQFEDA
QGDVVRQLNQVQNFTAQGMDAIIVNPVDTAATQKMTAHAQKASVPLVYVNRRPDQAELPP
GVGYVGSDEIKAGEMQMRYLAEKMGGKGNLAIMLGLLSNNATHNRTQGVKEVLKSYPDIH
VVEEQSAEWQRSKAMDLMNNWILSGKKIDAVAANADEMAIGAAMAINQAGMRSGKDILVG
GSDGGPAGLDAIKKDQLLVTVYQDNKGQAIGSIDLALKMIRKEPFAAELTIPYQLITKAN
YQDFLNP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory