SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_1301 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
39% identity, 91% coverage: 28:334/339 of query aligns to 2:309/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
E
 
D
I
 
I
R
 
K
E
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
Q
x
G
N
x
L
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
S
 
S
E
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
P
D
|
D
V
 
E
Q
 
Q
T
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
A
I
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
S
Q
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
E
 
V
A
 
A
H
 
D
A
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
K
L
 
L
D
 
P
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
H
 
H
P
 
E
V
 
I
T
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
Y
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
I
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
|
F
P
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
H
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
Q
G
 
T
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
N
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
T
P
 
P
Q
 
F
S
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
A
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
W
W
 
F
N
 
D
R
 
Q
L
 
L
N
 
S
D
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
Q
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
A
T
 
S
-
 
R
A
 
Q
A
 
G
S
 
N
M
 
E
D
 
D
K
 
A
A
 
L
K
 
K
V
 
Y
T
 
L
L
 
K
A
 
E
G
 
H
A
 
N
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
E
R
 
K
F
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
K
 
A
S
 
K
L
 
I
D
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
T
 
G
M
 
V
Y
 
L
E
 
D
E
 
A
I
 
A
A
 
K
K
 
K

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
39% identity, 91% coverage: 28:334/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
E
 
D
I
 
I
R
 
K
E
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
Q
x
G
N
x
L
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
S
 
S
E
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
P
D
|
D
V
 
E
Q
 
Q
T
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
A
I
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
S
Q
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
E
 
V
A
 
A
H
 
D
A
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
K
L
 
L
D
 
P
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
H
 
H
P
 
E
V
 
I
T
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
Y
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
I
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
|
F
P
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
H
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
Q
G
 
T
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
N
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
T
P
 
P
Q
x
F
S
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
A
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
W
W
 
F
N
 
D
R
 
Q
L
 
L
N
 
S
D
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
Q
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
A
T
 
S
-
 
R
A
 
Q
A
 
G
S
 
N
M
 
E
D
 
D
K
 
A
A
 
L
K
 
K
V
 
Y
T
 
L
L
 
K
A
 
E
G
 
H
A
 
N
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
E
R
 
K
F
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
K
 
A
S
 
K
L
 
I
D
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
T
 
G
M
 
V
Y
 
L
E
 
D
E
 
A
I
 
A
A
 
K
K
 
K

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
39% identity, 91% coverage: 28:334/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
E
 
D
I
 
I
R
 
K
E
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
Q
x
G
N
x
L
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
S
 
S
E
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
P
D
|
D
V
 
E
Q
 
Q
T
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
T
V
x
F
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
A
I
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
S
Q
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
E
 
V
A
 
A
H
 
D
A
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
K
L
 
L
D
 
P
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
H
 
H
P
 
E
V
 
I
T
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
Y
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
I
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
|
F
P
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
H
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
Q
G
 
T
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
N
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
T
P
 
P
Q
x
F
S
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
A
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
W
W
 
F
N
 
D
R
 
Q
L
 
L
N
 
S
D
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
Q
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
A
T
 
S
-
 
R
A
 
Q
A
 
G
S
 
N
M
 
E
D
 
D
K
 
A
A
 
L
K
 
K
V
 
Y
T
 
L
L
 
K
A
 
E
G
 
H
A
 
N
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
E
R
 
K
F
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
K
 
A
S
 
K
L
 
I
D
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
T
 
G
M
 
V
Y
 
L
E
 
D
E
 
A
I
 
A
A
 
K
K
 
K

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
39% identity, 91% coverage: 28:334/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
E
 
D
I
 
I
R
 
K
E
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
Q
 
G
N
x
L
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
S
 
S
E
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
P
D
|
D
V
 
E
Q
 
Q
T
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
A
I
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
S
Q
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
E
 
V
A
 
A
H
 
D
A
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
K
L
 
L
D
 
P
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
H
 
H
P
 
E
V
 
I
T
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
Y
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
I
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
|
F
P
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
H
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
Q
G
 
T
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
N
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
T
P
 
P
Q
 
F
S
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
A
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
W
W
 
F
N
 
D
R
 
Q
L
 
L
N
 
S
D
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
Q
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
A
T
 
S
-
 
R
A
 
Q
A
 
G
S
 
N
M
 
E
D
 
D
K
 
A
A
 
L
K
 
K
V
 
Y
T
 
L
L
 
K
A
 
E
G
 
H
A
 
N
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
E
R
 
K
F
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
K
 
A
S
 
K
L
 
I
D
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
T
 
G
M
 
V
Y
 
L
E
 
D
E
 
A
I
 
A
A
 
K
K
 
K

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
39% identity, 91% coverage: 28:334/339 of query aligns to 1:308/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
E
 
D
I
 
I
R
 
K
E
 
P
R
 
R
T
 
I
L
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
Y
Q
 
G
N
 
L
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
S
P
 
P
Q
 
T
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
S
Q
 
A
K
 
H
F
 
F
A
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
V
S
 
S
E
 
K
K
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
L
 
T
F
 
F
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
P
D
|
D
V
 
E
Q
 
Q
T
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
I
G
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
A
I
 
P
L
 
I
A
 
A
A
 
S
Q
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
E
 
V
A
 
A
H
 
D
A
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
K
L
 
L
D
 
P
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
Y
W
 
W
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
H
 
H
P
 
E
V
 
I
T
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
M
 
I
Q
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
Y
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
V
F
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
I
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
|
F
P
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
H
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
T
I
 
I
E
 
Q
G
 
T
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
N
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
T
P
 
P
Q
x
F
S
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
A
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
W
W
 
F
N
 
D
R
 
Q
L
 
L
N
 
S
D
 
Q
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
D
M
 
V
I
 
I
R
 
T
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
Q
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
A
T
 
S
-
 
R
A
 
Q
A
 
G
S
 
N
M
 
E
D
 
D
K
 
A
A
 
L
K
 
K
V
 
Y
T
 
L
L
 
K
A
 
E
G
 
H
A
 
N
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
E
R
 
K
F
 
I
R
 
R
E
 
E
R
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
K
 
A
S
 
K
L
 
I
D
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
T
 
G
M
 
V
Y
 
L
E
 
D
E
 
A
I
 
A
A
 
K
K
 
K

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
35% identity, 86% coverage: 34:325/339 of query aligns to 4:294/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
L
 
L
R
 
K
F
 
I
A
 
G
F
 
Y
Q
x
T
N
 
P
V
 
P
K
 
K
E
 
D
H
 
S
P
 
H
Q
x
Y
G
 
G
Q
 
V
G
 
G
A
 
A
Q
 
T
K
 
T
F
 
F
A
 
C
D
 
D
L
 
E
L
 
V
S
 
E
E
 
K
K
 
G
S
 
T
G
 
Q
G
 
E
K
 
R
I
 
Y
K
 
K
V
 
C
R
 
Q
L
 
H
F
 
F
P
 
P
G
 
S
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
x
E
V
 
R
Q
 
E
T
 
M
V
 
I
S
 
E
A
 
S
L
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
Q
D
 
D
I
 
L
T
 
V
V
 
N
L
 
T
N
 
S
S
 
T
G
 
G
I
 
P
L
 
L
A
 
G
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
R
M
 
I
L
 
V
D
 
D
F
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
Y
E
 
E
E
 
H
A
 
A
H
 
R
A
 
K
V
 
V
I
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
A
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
L
A
 
L
V
 
K
Q
 
K
L
 
M
D
 
Q
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
T
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
R
P
 
P
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
L
 
A
E
 
S
D
 
D
M
 
A
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
T
I
x
M
Q
 
E
S
 
N
P
 
K
I
 
V
Y
 
H
L
 
M
E
 
D
T
 
G
F
 
Y
S
 
K
A
 
T
L
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
P
 
P
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
|
F
P
 
P
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
I
T
 
P
V
 
V
I
 
I
E
 
L
G
 
S
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
L
S
 
S
Q
 
S
K
 
R
T
 
V
W
 
W
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
S
D
 
E
D
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
K
M
 
V
I
 
F
R
 
V
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
A
 
A
Q
 
T
K
 
V
F
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
-
T
 
-
A
 
R
A
 
V
S
 
N
M
 
D
D
 
D
K
 
E
A
 
A
K
 
N
-
 
G
V
 
I
T
 
T
L
 
Q
A
 
L
G
 
K
A
 
K
M
 
D
T
 
G
V
 
M
N
 
Q
E
 
V
V
 
V
T
 
E
P
 
K
A
 
V
E
 
D
K
 
G
D
 
E
R
 
S
F
 
F
R
 
R
E
 
K
R
 
A
V
 
V
K
 
A
P
 
P
V
 
A
V
 
Y
D
 
A
K
 
G
F
 
F
A
 
A
K
 
K
S
 
E
L
 
F
D
 
G
A
 
A
D
 
E
L
 
R
V
 
I

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
36% identity, 88% coverage: 31:328/339 of query aligns to 1:296/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
E
 
Q
R
 
T
T
 
T
L
 
L
R
 
K
F
 
M
A
 
A
F
 
Y
Q
 
A
N
 
L
V
 
S
K
 
T
E
 
S
H
 
S
P
 
H
Q
x
Y
G
 
G
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
K
 
A
F
 
F
A
 
A
D
 
K
L
 
S
L
 
I
S
 
E
E
 
G
K
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
L
 
Q
F
 
F
P
 
A
G
 
N
G
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
x
E
V
 
R
Q
 
E
T
 
V
V
 
I
S
 
E
A
 
G
L
 
L
Q
 
Q
G
 
I
G
 
G
T
 
T
L
 
I
D
 
D
I
 
L
T
 
A
V
 
I
L
 
V
N
x
S
S
 
T
G
 
G
I
 
A
L
 
T
A
 
L
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
G
M
 
V
L
 
F
D
 
D
F
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
L
N
 
R
N
 
D
V
 
L
E
 
P
E
 
H
A
 
A
H
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
M
A
 
L
V
 
A
Q
 
K
L
 
F
D
 
P
S
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
x
Q
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
N
K
 
V
H
 
R
P
 
P
V
 
V
T
 
K
K
 
T
L
 
P
E
 
A
D
 
D
M
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
T
I
x
T
Q
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
I
Y
 
H
L
 
I
E
 
T
T
 
A
F
 
F
S
 
R
A
 
Q
L
 
I
G
 
G
A
 
I
N
 
L
P
 
P
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
x
W
P
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
 
A
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
T
G
 
S
N
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
S
E
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
G
P
 
P
Q
 
A
S
 
L
L
 
V
I
 
L
I
 
M
S
 
S
Q
 
A
K
 
N
T
 
V
W
 
Y
N
 
N
R
 
G
L
 
L
N
 
S
D
 
D
D
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
S
I
 
F
R
 
K
S
 
A
A
 
A
A
 
G
T
 
K
E
 
D
A
 
S
Q
 
A
K
 
Q
F
 
A
Q
 
M
R
 
R
E
 
-
V
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
A
S
 
Y
M
 
V
D
 
D
K
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
Q
T
 
T
L
 
G
A
 
V
G
 
E
A
 
Q
M
 
L
T
 
K
V
 
K
N
 
E
E
 
G
V
 
M
T
 
E
P
 
V
A
 
S
E
 
E
K
 
V
D
 
D
R
 
R
-
 
A
-
 
A
F
 
F
R
 
A
E
 
A
R
 
A
V
 
V
K
 
E
P
 
P
V
 
A
V
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
Y
A
 
Y
K
 
K
S
 
K
L
 
F
D
 
D
A
 
K
D
 
Q
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
T
 
S
M
 
I

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
36% identity, 86% coverage: 31:320/339 of query aligns to 1:289/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
E
 
Q
R
 
T
T
 
T
L
 
M
R
 
K
F
 
I
A
 
S
F
 
I
Q
 
S
N
 
T
V
 
S
K
 
Q
E
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
G
 
G
Q
 
V
G
 
A
A
 
I
Q
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
D
 
K
L
 
E
L
 
V
S
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
L
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
x
E
V
 
R
Q
 
E
T
 
S
V
 
I
S
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
A
V
 
F
L
 
S
N
 
S
S
 
T
G
 
G
I
 
P
L
 
V
A
 
P
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
K
M
 
I
L
 
L
D
 
D
F
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
E
 
A
E
 
H
A
 
A
H
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
L
A
 
L
V
 
G
Q
 
K
L
 
F
D
 
D
S
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
R
P
 
D
V
 
V
T
 
K
K
 
G
L
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
Q
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
Y
 
H
L
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
I
P
 
T
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
|
F
P
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
I
G
 
A
N
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
S
P
 
P
Q
 
C
S
 
I
L
 
W
I
 
V
I
 
M
S
 
N
Q
 
K
K
 
A
T
 
V
W
 
F
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
S
D
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
Q
M
 
A
I
 
F
R
 
L
S
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
G
Q
 
T
K
 
K
F
 
A
Q
 
N
R
 
R
E
 
A
V
 
R
T
 
V
A
 
D
A
 
E
S
 
D
M
 
D
D
 
A
K
 
K
A
 
G
K
 
V
V
 
A
T
 
D
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
K
A
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
V
N
 
-
E
 
-
V
 
I
T
 
D
P
 
N
A
 
I
E
 
D
K
 
K
D
 
S
R
 
K
F
 
F
R
 
V
E
 
T
R
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
N
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
E
K
 
K
S
 
Q
L
 
F

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
35% identity, 88% coverage: 31:330/339 of query aligns to 3:302/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
E
 
E
R
 
V
T
 
T
L
 
L
R
 
R
F
 
S
A
 
S
F
 
D
Q
 
T
N
x
H
V
 
P
K
 
D
E
 
G
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
E
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
A
D
 
E
L
 
R
L
 
A
S
 
K
E
 
E
K
 
L
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
C
V
 
I
R
 
E
L
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
S
G
 
S
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
E
D
x
E
V
 
K
Q
 
D
T
 
T
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
L
 
T
Q
 
Q
G
 
F
G
 
G
T
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
V
V
x
R
L
 
A
N
 
S
S
 
F
G
 
G
I
 
S
L
 
F
A
 
N
A
 
D
Q
 
I
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
A
A
 
Q
M
 
L
L
 
L
D
 
S
F
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
S
V
 
E
E
 
E
E
 
H
A
 
L
H
 
H
A
x
N
V
 
V
I
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
|
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
K
Q
 
A
L
 
F
D
x
E
S
 
A
K
 
K
G
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
D
 
D
L
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
N
 
S
L
 
F
T
 
Y
N
 
N
S
 
S
K
 
Q
H
 
K
P
 
P
V
 
I
T
 
T
K
 
K
L
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
F
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
V
Y
 
F
L
 
V
E
 
D
T
 
M
F
 
M
S
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
S
G
 
S
L
 
I
E
 
Q
Q
 
T
H
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
W
T
 
P
V
x
S
I
 
Y
E
 
D
G
 
S
N
 
S
K
 
G
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
S
 
T
V
 
L
T
 
D
G
 
Q
H
 
H
I
 
L
F
 
M
N
 
V
P
 
P
Q
x
E
S
x
L
L
 
V
I
 
A
I
 
I
S
 
S
Q
 
K
K
 
I
T
 
K
W
 
W
N
 
D
R
 
A
L
 
L
N
 
S
D
 
P
D
 
E
E
 
D
K
 
Q
A
 
Q
M
 
V
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
E
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
K
 
P
F
 
V
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
V
 
L
T
 
W
A
 
A
-
 
E
-
 
Q
A
 
E
S
 
K
M
 
A
D
 
S
K
 
E
A
 
E
K
 
K
V
 
V
T
 
V
L
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
M
 
E
T
 
V
V
 
V
N
 
R
E
 
E
V
 
I
T
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
D
K
 
K
D
 
T
R
 
P
F
 
F
R
 
I
E
 
E
R
 
A
V
 
M
K
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
E
K
 
K
F
 
Y
-
 
V
A
 
T
K
 
K
S
 
S
L
 
E
D
 
Y
A
 
Q
D
 
D
L
 
L
V
 
V
K
 
K
T
 
R
M
 
I
Y
 
Q
E
 
E

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
35% identity, 86% coverage: 31:320/339 of query aligns to 4:292/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
E
 
Q
R
 
T
T
 
T
L
 
M
R
 
R
F
 
I
A
 
N
F
 
I
Q
 
S
N
 
T
V
 
A
K
 
Q
E
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
G
 
G
Q
 
V
G
 
A
A
 
I
Q
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
D
 
K
L
 
E
L
 
V
S
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
L
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
N
G
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
x
E
V
 
R
Q
 
E
T
 
S
V
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
H
D
 
E
I
 
L
T
 
T
V
 
F
L
 
S
N
 
S
S
 
S
G
 
G
I
 
P
L
 
I
A
 
P
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
K
M
 
I
L
 
L
D
 
D
F
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
E
 
A
E
 
H
A
 
A
H
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
E
L
 
L
A
 
L
V
 
T
Q
 
R
L
 
F
D
 
D
S
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
A
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
R
P
 
A
V
 
V
T
 
K
K
 
E
L
 
P
E
 
G
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
Q
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
Y
 
H
L
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
P
 
T
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
|
F
P
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
|
V
I
 
I
E
 
I
G
 
S
N
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
L
L
 
F
I
 
L
I
 
M
S
 
N
Q
 
K
K
 
A
T
 
L
W
 
F
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
Q
A
 
Q
M
 
A
I
 
F
R
 
I
S
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
R
E
 
Q
A
 
G
Q
 
A
K
 
K
F
 
L
Q
 
N
R
 
R
E
 
A
V
 
R
T
 
V
A
 
D
A
 
E
S
 
D
M
 
D
D
 
A
K
 
K
A
 
G
K
 
V
V
 
A
T
 
D
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
K
A
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
V
N
 
-
E
 
-
V
 
I
T
 
D
P
 
N
A
 
I
E
 
D
K
 
K
D
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
V
E
 
A
R
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
N
D
 
A
K
 
Q
F
 
F
A
 
E
K
 
K
S
 
Q
L
 
F

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
35% identity, 86% coverage: 31:320/339 of query aligns to 3:291/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
E
 
Q
R
 
T
T
 
T
L
 
M
R
 
R
F
 
I
A
 
N
F
 
I
Q
 
S
N
 
T
V
 
A
K
 
Q
E
 
N
H
 
S
P
 
H
Q
|
Q
G
 
G
Q
 
V
G
 
A
A
 
I
Q
 
D
K
 
T
F
 
F
A
 
A
D
 
K
L
 
E
L
 
V
S
 
E
E
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
L
 
T
F
 
F
P
 
Y
G
 
N
G
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
x
E
V
 
R
Q
 
E
T
 
S
V
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
H
D
 
E
I
 
L
T
 
T
V
 
F
L
 
S
N
 
S
S
 
S
G
 
G
I
 
P
L
 
I
A
 
P
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
K
M
 
I
L
 
L
D
 
D
F
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
E
 
A
E
 
H
A
 
A
H
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
E
L
 
L
A
 
L
V
 
T
Q
 
R
L
 
F
D
 
D
S
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
A
D
 
E
L
x
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
R
P
 
A
V
 
V
T
 
K
K
 
E
L
 
P
E
 
G
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
T
I
x
M
Q
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
Y
 
H
L
 
I
E
 
A
T
 
A
F
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
P
 
T
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
|
F
P
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
I
G
 
S
N
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
S
P
 
P
Q
 
A
S
 
L
L
 
F
I
 
L
I
 
M
S
 
N
Q
 
K
K
 
A
T
 
L
W
 
F
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
D
 
A
E
 
D
K
 
Q
A
 
Q
M
 
A
I
 
F
R
 
I
S
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
R
E
 
Q
A
 
G
Q
 
A
K
 
K
F
 
L
Q
 
N
R
 
R
E
 
A
V
 
R
T
 
V
A
 
D
A
 
E
S
 
D
M
 
D
D
 
A
K
 
K
A
 
G
K
 
V
V
 
A
T
 
D
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
K
A
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
V
N
 
-
E
 
-
V
 
I
T
 
D
P
 
N
A
 
I
E
 
D
K
 
K
D
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
V
E
 
A
R
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
N
D
 
A
K
 
Q
F
 
F
A
 
E
K
 
K
S
 
Q
L
 
F

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
35% identity, 84% coverage: 32:317/339 of query aligns to 1:285/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
R
 
R
T
 
D
L
 
F
R
 
R
F
 
S
A
 
A
F
 
D
Q
 
V
N
x
H
V
 
P
K
 
A
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
E
G
 
A
A
 
V
Q
 
K
K
 
F
F
 
M
A
 
G
D
 
K
L
 
Q
L
 
L
S
 
A
E
 
A
K
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
G
V
 
V
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
E
V
 
K
Q
 
D
T
 
T
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
L
 
L
Q
 
K
G
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
M
T
 
M
V
x
R
L
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
S
I
 
P
L
 
L
A
 
N
A
 
N
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
T
A
 
V
M
 
A
L
 
L
D
 
C
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
T
E
 
Q
E
 
H
A
 
M
H
 
R
A
 
N
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
V
 
A
Q
 
A
L
 
M
D
 
E
S
 
P
K
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
I
T
 
Y
N
 
T
S
 
V
K
 
K
H
 
A
P
 
P
V
 
V
T
 
K
K
 
S
L
 
L
E
 
A
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
Y
 
W
L
 
V
E
 
G
T
 
M
F
 
I
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
G
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
W
T
 
P
V
x
S
I
 
Y
E
 
E
G
 
S
N
 
S
K
 
R
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
A
Q
 
A
K
 
K
Y
 
F
L
 
Y
S
 
N
V
 
I
T
 
T
G
 
E
H
 
H
I
 
S
F
 
L
N
 
A
P
 
P
Q
x
E
S
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
M
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
V
W
 
W
N
 
D
R
 
T
L
 
L
N
 
S
D
 
K
D
 
E
E
 
D
K
 
Q
A
 
A
M
 
L
I
 
V
R
 
R
S
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
A
 
S
Q
 
V
K
 
P
F
 
V
Q
 
M
R
 
R
E
 
K
V
 
L
T
 
W
A
 
-
A
 
D
S
 
E
M
 
R
D
 
E
K
 
Q
A
 
A
K
 
S
V
 
R
T
 
K
L
 
A
A
 
V
G
 
E
A
 
A
M
 
A
T
 
G
V
 
V
N
 
Q
E
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
V
A
 
A
E
 
N
K
 
K
D
 
Q
R
 
E
F
 
F
R
 
V
E
 
D
R
 
A
V
 
M
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
Q
K
 
K
F
 
F
A
 
A

4pf8A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1 (target efi-510299) with bound beta-d- galacturonate (see paper)
34% identity, 82% coverage: 40:316/339 of query aligns to 8:283/300 of 4pf8A

query
sites
4pf8A
N
x
H
V
 
V
K
 
E
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
V
G
 
S
Q
 
H
G
 
G
A
 
M
Q
 
E
K
 
A
F
 
F
A
 
M
D
 
E
L
 
E
L
 
V
S
 
T
E
 
E
K
 
K
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
E
I
 
I
K
 
K
V
 
G
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
H
G
 
A
G
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
Q
V
 
P
Q
 
D
T
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
L
 
L
Q
 
R
G
 
L
G
 
G
T
 
I
L
 
M
D
 
D
I
 
F
T
 
G
V
 
V
L
 
F
N
x
S
S
 
L
G
 
G
I
 
P
L
 
M
A
 
G
A
 
Q
Q
 
A
A
 
V
P
 
P
D
 
A
Y
 
T
A
 
N
M
 
V
L
 
V
D
 
S
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
N
 
K
N
 
S
V
 
V
E
 
P
E
 
Q
A
 
M
H
 
Y
A
 
E
V
 
L
I
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
E
V
 
P
G
 
G
Q
 
A
K
 
A
L
 
L
A
 
G
V
 
K
Q
 
A
L
 
L
D
 
E
S
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
W
 
Y
D
 
D
L
 
A
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
F
T
 
Y
N
 
N
S
 
S
K
 
V
H
 
K
P
 
P
V
 
I
T
 
N
K
 
T
L
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
V
Q
 
Q
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
N
S
 
N
P
 
D
I
 
L
Y
 
F
L
 
V
E
 
G
T
 
M
F
 
I
S
 
E
A
 
S
L
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
|
F
P
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
G
 
S
L
 
I
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
P
T
 
P
V
x
S
I
 
Y
E
 
E
G
 
S
N
 
T
K
 
S
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
Q
H
 
H
I
 
L
F
 
I
N
 
I
P
 
P
Q
x
E
S
 
C
L
 
L
I
 
C
I
 
M
S
 
S
Q
 
K
K
 
K
T
 
T
W
 
F
N
 
D
R
 
G
L
 
L
N
 
T
D
 
P
D
 
E
E
 
Q
K
 
Q
A
 
E
M
 
I
I
 
V
R
 
K
S
 
T
A
 
A
A
 
G
T
 
K
E
 
N
A
 
S
Q
 
T
K
 
D
F
 
L
Q
 
Q
R
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
W
-
 
G
E
 
E
V
 
R
T
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
M
D
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
K
V
 
I
T
 
I
L
 
M
A
 
D
G
 
G
A
 
G
M
 
V
T
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
E
V
 
I
T
 
-
P
 
-
A
 
A
E
 
D
K
 
K
D
 
S
R
 
A
F
 
F
R
 
Q
E
 
E
R
 
A
V
 
M
K
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
E
K
 
K
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 45:334/339 of query aligns to 16:313/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
P
 
P
Q
x
W
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
A
 
G
Q
 
E
K
 
I
F
 
W
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
V
S
 
K
E
 
Q
K
 
R
S
 
T
G
 
N
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
N
V
 
I
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
G
 
T
T
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
A
G
 
G
G
 
D
D
x
Q
V
 
T
Q
 
R
T
 
E
V
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
G
 
Q
G
 
G
T
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
G
N
 
S
S
 
T
G
 
I
I
 
N
L
 
W
A
 
S
A
 
P
Q
 
Q
A
 
V
P
 
R
D
 
E
Y
 
L
A
 
N
M
 
L
L
 
F
D
 
S
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
M
N
 
P
N
 
D
V
 
Y
E
 
K
E
 
A
A
 
L
H
 
D
A
 
A
V
 
L
I
 
T
D
 
Q
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
Q
 
K
K
 
S
L
 
I
A
 
F
V
 
A
Q
 
T
L
 
L
D
 
E
S
 
K
K
 
A
G
 
G
L
 
V
V
 
V
A
 
P
L
 
L
G
 
A
Y
 
W
W
 
G
D
 
E
L
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
E
L
 
V
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
R
P
 
E
V
 
I
T
 
R
K
 
K
L
 
P
E
 
E
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
I
 
V
Q
 
G
S
 
S
P
 
P
I
 
L
Y
 
Y
L
 
I
E
 
E
T
 
T
F
 
F
S
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
T
P
 
Q
M
 
M
A
 
S
F
 
W
P
 
A
E
 
D
V
 
A
Y
 
Q
T
 
P
G
 
A
L
 
M
E
 
A
Q
 
S
H
 
G
T
 
A
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
Q
T
 
S
V
 
V
I
 
F
E
 
A
G
 
A
N
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
Y
E
 
T
V
 
V
-
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
V
S
 
T
V
 
T
T
 
W
G
 
G
H
 
Y
I
 
V
F
 
A
N
 
D
P
 
P
Q
 
L
S
 
I
L
 
F
I
 
V
I
 
V
S
 
N
Q
 
K
K
 
Q
T
 
I
W
 
W
N
 
E
R
 
S
L
 
W
N
 
T
D
 
P
D
 
A
E
 
D
K
 
R
A
 
E
M
 
I
I
 
V
R
 
K
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
T
 
V
E
 
D
A
 
A
Q
 
G
K
 
K
F
 
-
Q
 
-
R
 
Q
E
 
E
V
 
I
T
 
A
A
 
L
A
 
A
S
 
R
M
 
K
D
 
G
K
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
A
-
 
P
-
 
A
-
 
W
K
 
K
V
 
D
T
 
M
L
 
E
A
 
A
G
 
H
A
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
T
E
 
H
V
 
L
T
 
T
P
 
P
A
 
A
E
 
E
K
 
H
D
 
D
R
 
A
F
 
F
R
 
R
E
 
K
R
 
A
V
 
T
K
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
W
A
 
K
K
 
K
S
 
Q
L
 
I
D
 
G
A
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
K
 
T
T
 
K
M
 
A
Y
 
E
E
 
G
E
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
37% identity, 78% coverage: 50:312/339 of query aligns to 20:280/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
F
 
F
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
A
E
 
E
K
 
R
S
 
S
G
 
D
G
 
K
K
 
R
I
 
F
K
 
N
V
 
V
R
 
V
L
 
L
F
 
H
P
 
H
G
 
S
G
 
A
T
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
T
D
 
E
V
 
T
Q
 
D
T
 
I
V
 
L
S
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
Q
G
 
L
G
 
G
T
 
A
L
 
V
D
 
Q
I
 
M
T
 
A
V
 
I
L
 
V
N
x
T
S
 
T
G
 
G
I
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
A
Q
 
F
A
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
M
A
 
A
M
 
A
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
T
N
 
D
V
 
T
E
 
T
E
 
T
A
 
A
H
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Q
 
R
K
 
G
L
 
L
A
 
L
V
 
D
Q
 
R
L
 
L
D
 
S
S
 
T
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
H
Y
 
F
W
 
S
D
 
E
L
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
I
H
 
R
P
 
P
V
 
V
T
 
M
K
 
T
L
 
P
E
 
D
D
 
D
M
 
V
Q
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
E
S
 
S
P
 
Q
I
 
V
Y
 
H
L
 
R
E
 
E
T
 
L
F
 
W
S
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
G
F
x
W
P
 
P
E
 
-
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
G
 
E
L
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
H
 
G
T
 
T
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
T
 
W
V
 
V
I
 
I
E
 
A
G
 
E
N
 
Y
K
 
R
F
 
L
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
I
 
V
F
 
Y
N
 
S
P
 
T
Q
 
H
S
 
T
L
 
D
I
 
L
I
 
A
S
 
N
Q
 
L
K
 
A
T
 
W
W
 
F
N
 
E
R
 
A
L
 
L
N
 
P
D
 
A
D
 
N
E
 
D
K
 
R
A
 
R
M
 
L
I
 
L
R
 
A
S
 
S
A
 
C
A
 
M
T
 
Q
E
 
D
A
 
A
Q
 
A
K
 
L
F
 
W
Q
 
Q
R
 
R
E
 
T
V
 
W
T
 
S
-
 
R
-
 
Q
-
 
R
-
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
Y
M
 
L
D
 
E
K
 
Q
A
 
L
K
 
R
V
 
T
T
 
-
L
 
-
A
 
A
G
 
G
A
 
M
M
 
Q
T
 
V
V
 
I
N
 
E
E
 
R
V
 
P
T
 
D
P
 
I
A
 
A
E
 
T
K
 
-
D
 
-
R
 
-
F
 
F
R
 
R
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
K
 
Q
P
 
P
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
31% identity, 81% coverage: 44:318/339 of query aligns to 13:286/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
H
 
Y
P
 
P
Q
 
N
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
A
 
L
Q
 
E
K
 
S
F
 
F
A
 
A
D
 
K
L
 
E
L
 
V
S
 
A
E
 
E
K
 
K
S
 
T
G
 
E
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
E
V
 
P
R
 
K
L
 
V
F
 
Y
P
 
H
G
 
N
G
 
A
T
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
D
D
x
Q
V
 
P
Q
 
D
T
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
L
 
T
Q
 
R
G
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
A
V
 
N
L
 
F
N
|
N
S
 
M
G
 
G
I
 
P
L
 
M
A
 
G
A
 
P
Q
 
I
A
 
V
P
 
P
D
 
A
Y
 
A
A
 
N
M
 
V
L
 
L
D
 
S
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
I
F
 
F
N
 
K
N
 
S
V
 
P
E
 
D
E
 
D
A
 
M
H
 
Y
A
 
R
V
 
I
I
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
E
V
 
I
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
L
 
F
A
 
A
V
 
D
Q
 
A
L
 
L
D
 
A
S
 
E
K
 
K
G
 
N
L
 
L
V
 
I
A
 
V
L
 
L
G
 
S
Y
 
W
W
 
F
D
 
G
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
L
T
 
Y
N
 
N
S
 
T
K
 
D
H
 
H
P
 
P
V
 
V
T
 
E
K
 
T
L
 
P
E
 
D
D
 
D
M
 
V
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
M
Q
 
N
S
 
N
P
 
D
I
 
L
Y
 
Y
L
 
V
E
 
Q
T
 
M
F
 
I
S
 
D
A
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
G
 
S
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
Y
T
 
P
V
x
S
I
 
Y
E
 
E
G
 
S
N
 
S
K
 
G
F
 
H
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
N
Y
 
Y
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
T
 
T
G
 
E
H
 
H
I
 
L
F
 
I
N
 
L
P
 
P
Q
x
E
S
 
C
L
 
L
I
 
C
I
 
V
S
 
A
Q
 
K
K
 
A
T
 
S
W
 
W
N
 
E
R
 
E
L
 
L
N
 
S
D
 
E
D
 
K
E
 
D
K
 
R
A
 
Q
M
 
A
I
 
I
R
 
R
S
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
E
E
 
D
A
 
A
Q
 
A
K
 
K
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
V
 
L
T
 
W
A
 
E
A
 
E
S
 
G
M
 
V
D
 
Q
K
 
A
A
 
S
K
 
K
V
 
Q
T
 
K
L
 
I
A
 
L
G
 
D
A
 
A
-
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
I
N
 
N
E
 
E
V
 
V
T
 
D
P
 
-
A
 
-
E
 
D
K
 
K
D
 
S
R
 
A
F
 
F
R
 
Q
E
 
A
R
 
K
V
 
M
K
 
Q
P
 
P
V
 
I
V
 
Y
D
 
D
K
 
Q
F
 
F
A
 
V
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
35% identity, 83% coverage: 39:321/339 of query aligns to 39:318/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
Q
x
H
N
 
N
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
K
K
 
Y
F
 
M
A
 
G
D
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
E
E
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
H
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
N
G
 
K
G
 
Q
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
E
V
 
K
Q
 
E
T
 
T
V
 
I
S
 
D
A
 
Q
L
 
V
Q
 
K
G
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
V
x
R
L
 
V
N
 
N
S
 
V
G
 
G
I
 
P
L
 
M
A
 
N
A
 
A
Q
 
I
A
 
C
P
 
P
D
 
L
Y
 
T
A
 
Q
M
 
V
L
 
P
D
 
T
F
 
M
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
S
N
 
S
V
 
I
E
 
A
E
 
H
A
 
M
H
 
R
A
 
K
V
 
S
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
V
 
K
Q
 
S
L
 
C
D
 
E
S
 
S
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
F
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
I
T
 
Y
N
 
-
S
 
A
K
 
K
H
 
K
P
 
P
V
 
I
T
 
R
K
 
T
L
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
|
V
I
x
Q
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
Y
 
W
L
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
I
T
 
P
V
x
S
I
 
F
E
 
D
G
 
T
N
 
A
K
 
K
F
 
H
Y
 
V
E
 
E
V
 
A
Q
 
V
K
 
K
Y
 
V
L
 
Y
S
 
S
V
 
K
T
 
T
G
 
E
H
 
H
I
 
S
F
 
M
N
 
A
P
 
P
Q
x
E
S
 
I
L
 
L
I
 
V
I
 
M
S
 
S
Q
 
K
K
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
K
D
 
A
E
 
E
K
 
Q
A
 
D
M
 
M
I
 
I
R
 
R
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
K
 
A
F
 
F
Q
 
E
R
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
W
-
 
D
E
 
E
V
 
Q
T
 
E
A
 
A
A
 
K
S
 
S
M
 
L
D
 
-
K
 
-
A
 
A
K
 
N
V
 
V
T
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
M
 
-
T
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
E
V
 
I
T
 
V
P
 
E
A
 
V
E
 
D
K
 
K
D
 
K
R
 
S
F
 
F
R
 
Q
E
 
A
R
 
V
V
 
M
K
 
G
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
A
 
M
K
 
T
S
 
T
L
 
P
D
 
D

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
35% identity, 83% coverage: 39:321/339 of query aligns to 9:288/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
Q
x
H
N
 
N
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
K
K
 
Y
F
 
M
A
 
G
D
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
E
E
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
H
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
N
G
 
K
G
 
Q
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
E
V
 
K
Q
 
E
T
 
T
V
 
I
S
 
D
A
 
Q
L
 
V
Q
 
K
G
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
V
x
R
L
 
V
N
 
N
S
 
V
G
 
G
I
 
P
L
 
M
A
 
N
A
 
A
Q
 
I
A
 
C
P
 
P
D
 
L
Y
 
T
A
 
Q
M
 
V
L
 
P
D
 
T
F
 
M
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
S
N
 
S
V
 
I
E
 
A
E
 
H
A
 
M
H
 
R
A
 
K
V
 
S
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
V
 
K
Q
 
S
L
 
C
D
 
E
S
 
S
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
F
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
I
T
 
Y
N
 
-
S
 
A
K
 
K
H
 
K
P
 
P
V
 
I
T
 
R
K
 
T
L
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
Y
 
W
L
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
I
T
 
P
V
x
S
I
 
F
E
 
D
G
 
T
N
 
A
K
 
K
F
 
H
Y
 
V
E
 
E
V
 
A
Q
 
V
K
 
K
Y
 
V
L
 
Y
S
 
S
V
 
K
T
 
T
G
 
E
H
 
H
I
 
S
F
 
M
N
 
A
P
 
P
Q
x
E
S
 
I
L
 
L
I
 
V
I
 
M
S
 
S
Q
 
K
K
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
K
D
 
A
E
 
E
K
 
Q
A
 
D
M
 
M
I
 
I
R
 
R
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
K
 
A
F
 
F
Q
 
E
R
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
W
-
 
D
E
 
E
V
 
Q
T
 
E
A
 
A
A
 
K
S
 
S
M
 
L
D
 
-
K
 
-
A
 
A
K
 
N
V
 
V
T
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
M
 
-
T
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
E
V
 
I
T
 
V
P
 
E
A
 
V
E
 
D
K
 
K
D
 
K
R
 
S
F
 
F
R
 
Q
E
 
A
R
 
V
V
 
M
K
 
G
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
A
 
M
K
 
T
S
 
T
L
 
P
D
 
D

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
35% identity, 83% coverage: 39:321/339 of query aligns to 9:288/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
Q
x
H
N
 
N
V
 
A
K
 
D
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
K
K
 
Y
F
 
M
A
 
G
D
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
E
E
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
H
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
N
G
 
K
G
 
Q
T
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
E
V
 
K
Q
 
E
T
 
T
V
 
I
S
 
D
A
 
Q
L
 
V
Q
 
K
G
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
T
V
x
R
L
 
V
N
 
N
S
 
V
G
 
G
I
 
P
L
 
M
A
 
N
A
 
A
Q
 
I
A
 
C
P
 
P
D
 
L
Y
 
T
A
 
Q
M
 
V
L
 
P
D
 
T
F
 
M
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
S
N
 
S
V
 
I
E
 
A
E
 
H
A
 
M
H
 
R
A
 
K
V
 
S
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
V
 
K
Q
 
S
L
 
C
D
 
E
S
 
S
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
F
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
I
T
 
Y
N
 
-
S
 
A
K
 
K
H
 
K
P
 
P
V
 
I
T
 
R
K
 
T
L
 
V
E
 
A
D
 
D
M
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
Y
 
W
L
 
V
E
 
A
T
 
L
F
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
x
Y
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
T
H
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
I
T
 
P
V
x
S
I
 
F
E
 
D
G
 
T
N
 
A
K
 
K
F
 
H
Y
 
V
E
 
E
V
 
A
Q
 
V
K
 
K
Y
 
V
L
 
Y
S
 
S
V
 
K
T
 
T
G
 
E
H
 
H
I
 
S
F
 
M
N
 
A
P
 
P
Q
x
E
S
 
I
L
 
L
I
 
V
I
 
M
S
 
S
Q
 
K
K
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
R
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
K
D
 
A
E
 
E
K
 
Q
A
 
D
M
 
M
I
 
I
R
 
R
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
K
 
A
F
 
F
Q
 
E
R
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
W
-
 
D
E
 
E
V
 
Q
T
 
E
A
 
A
A
 
K
S
 
S
M
 
L
D
 
-
K
 
-
A
 
A
K
 
N
V
 
V
T
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
M
 
-
T
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
E
V
 
I
T
 
V
P
 
E
A
 
V
E
 
D
K
 
K
D
 
K
R
 
S
F
 
F
R
 
Q
E
 
A
R
 
V
V
 
M
K
 
G
P
 
P
V
 
V
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
A
 
M
K
 
T
S
 
T
L
 
P
D
 
D

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
34% identity, 84% coverage: 32:316/339 of query aligns to 1:282/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
R
 
R
T
 
Q
L
 
Y
R
 
R
F
 
S
A
 
A
F
 
D
Q
 
V
N
x
Q
V
 
P
K
 
A
E
 
D
H
 
Y
P
 
P
Q
 
T
G
 
V
Q
 
K
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
K
 
S
F
 
M
A
 
S
D
 
D
L
 
E
L
 
L
S
 
N
E
 
K
K
 
E
S
 
T
G
 
N
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
S
V
 
I
R
 
K
L
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
N
G
 
S
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
S
D
x
E
V
 
K
Q
 
D
T
 
T
V
 
I
S
 
E
A
 
Q
L
 
V
Q
 
K
G
 
L
G
 
G
T
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
F
T
 
I
V
x
R
L
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
I
 
T
L
 
L
A
 
N
A
 
T
Q
 
V
A
 
C
P
 
P
D
 
A
Y
 
M
A
 
T
M
 
V
L
 
P
D
 
V
F
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
V
 
K
E
 
A
E
 
H
A
 
M
H
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
V
 
A
Q
 
D
L
 
C
D
 
A
S
 
S
K
 
H
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
G
L
 
L
G
 
A
Y
 
F
W
 
Y
D
 
D
L
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
F
T
 
Y
N
 
A
S
 
T
K
 
T
H
 
-
P
 
P
V
 
I
T
 
R
K
 
K
L
 
L
E
 
E
D
 
D
M
 
L
Q
 
K
G
 
G
L
 
K
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
Q
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
I
Y
 
W
L
 
V
E
 
S
T
 
M
F
 
M
S
 
K
A
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
P
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
M
A
 
P
F
 
A
P
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
K
Q
 
S
H
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
F
 
W
T
 
P
V
x
S
I
 
Y
E
 
D
G
 
N
N
 
F
K
 
H
F
 
H
Y
 
Y
E
 
E
V
 
A
Q
 
A
K
 
K
Y
 
N
L
 
Y
S
 
S
V
 
L
T
 
S
G
 
E
H
 
H
I
 
S
F
 
M
N
 
A
P
 
P
Q
x
E
S
 
V
L
 
L
I
 
L
I
 
I
S
 
S
Q
 
K
K
 
R
T
 
V
W
 
F
N
 
D
R
 
S
L
 
F
N
 
T
D
 
P
D
 
E
E
 
E
K
 
Q
A
 
V
M
 
Q
I
 
V
R
 
R
S
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
N
A
 
S
Q
 
V
K
 
G
F
 
Y
Q
 
M
R
 
R
E
 
Q
V
 
L
T
 
W
A
 
D
A
 
A
S
 
M
-
 
E
-
 
I
M
 
S
D
 
S
K
 
R
A
 
E
K
 
K
V
 
V
T
 
E
L
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
V
M
 
-
T
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
E
V
 
V
T
 
I
P
 
T
A
 
I
E
 
D
K
 
K
D
 
A
R
 
P
F
 
F
R
 
Q
E
 
A
R
 
A
V
 
V
K
 
Q
P
 
P
V
 
L
V
 
Y
D
 
D
K
 
Q
F
 
F

Query Sequence

>Pf6N2E2_1301 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
MGQLMKTLLAGACATGLLLGSVVSHADEIRERTLRFAFQNVKEHPQGQGAQKFADLLSEK
SGGKIKVRLFPGGTLGGDVQTVSALQGGTLDITVLNSGILAAQAPDYAMLDFPFLFNNVE
EAHAVIDGPVGQKLAVQLDSKGLVALGYWDLGFRNLTNSKHPVTKLEDMQGLKIRVIQSP
IYLETFSALGANPVPMAFPEVYTGLEQHTIDGQENPFTVIEGNKFYEVQKYLSVTGHIFN
PQSLIISQKTWNRLNDDEKAMIRSAATEAQKFQREVTAASMDKAKVTLAGAMTVNEVTPA
EKDRFRERVKPVVDKFAKSLDADLVKTMYEEIAKVRAAQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory