SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_1493 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1493 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
53% identity, 87% coverage: 11:252/278 of query aligns to 1:240/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
M
V
 
I
S
 
F
L
 
V
R
 
N
D
 
D
L
 
V
H
 
Y
L
 
K
S
 
N
F
|
F
G
 
G
S
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
T
L
 
L
D
 
K
V
 
V
R
 
N
R
 
K
G
 
G
E
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
E
P
 
P
Q
 
T
R
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
F
V
 
I
G
 
D
A
 
G
T
 
V
E
 
K
V
 
I
H
 
N
A
 
N
L
 
G
A
 
K
Q
 
V
E
 
N
A
 
I
Q
 
N
R
 
K
I
 
V
E
 
-
L
 
-
R
 
R
K
 
Q
R
 
K
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
K
G
 
K
R
 
M
N
 
N
R
 
K
A
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
E
D
 
L
A
 
A
R
 
V
A
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
L
H
 
D
K
 
K
A
 
K
D
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
G
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
L
 
V
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
N
V
 
V
I
 
M
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
G
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
I
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
E
R
 
E
I
 
I
F
 
F
Q
 
Y
H
 
R
P
 
A
T
 
K
S
 
N
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
E
 
E
F
 
F
L
 
L
H
 
S
H
 
K
A
 
I
L
 
L

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
55% identity, 87% coverage: 10:252/278 of query aligns to 1:240/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
L
 
I
V
 
I
S
 
R
L
 
I
R
 
R
D
 
N
L
 
L
H
 
H
L
 
K
S
 
W
F
|
F
G
 
G
S
 
P
N
 
L
P
 
H
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
H
L
 
L
D
 
E
V
 
V
R
 
A
R
 
P
G
 
G
E
 
E
A
 
K
V
 
L
S
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
T
I
 
I
T
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
P
 
F
Q
 
Q
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
D
A
 
G
T
 
L
E
 
S
V
 
V
H
 
K
A
 
D
L
 
-
A
 
-
Q
 
D
E
 
R
A
 
A
Q
 
L
R
 
R
I
 
-
E
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
R
R
 
E
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
R
V
 
V
L
 
R
G
 
R
R
 
W
N
 
P
R
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
K
 
R
V
 
V
R
 
G
M
 
I
E
 
L
H
 
D
K
 
Q
A
 
A
D
 
R
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
I
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
D
V
 
V
I
 
M
R
 
R
E
 
D
L
 
L
T
 
A
E
 
Q
E
 
G
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
V
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
V
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
R
A
 
P
A
 
E
R
 
E
I
 
I
F
 
F
Q
 
T
H
 
R
P
 
P
T
 
K
S
 
E
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
E
 
S
F
 
F
L
 
L
H
 
Q
H
 
R
A
 
V
L
 
L

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
52% identity, 86% coverage: 11:248/278 of query aligns to 3:238/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
M
V
 
I
S
 
D
L
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
H
 
K
L
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
S
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
R
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
P
 
F
Q
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
V
 
I
G
 
D
A
 
G
T
 
-
E
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
T
Q
 
N
R
 
L
I
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
R
G
 
K
R
 
W
N
 
P
R
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
A
D
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
K
H
 
D
K
 
K
A
 
A
D
 
H
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
I
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
G
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
L
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
R
 
D
I
 
L
F
 
F
Q
 
D
H
 
R
P
 
P
T
 
Q
S
 
H
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
E
 
A
F
 
F
L
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
52% identity, 86% coverage: 11:248/278 of query aligns to 3:238/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
M
V
 
I
S
 
D
L
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
H
 
K
L
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
S
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
R
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
P
 
F
Q
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
V
 
I
G
 
D
A
 
G
T
 
-
E
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
T
Q
 
N
R
 
L
I
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
R
G
 
K
R
 
W
N
 
P
R
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
A
D
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
K
H
 
D
K
 
K
A
 
A
D
 
H
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
I
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
G
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
L
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
R
 
D
I
 
L
F
 
F
Q
 
D
H
 
R
P
 
P
T
 
Q
S
 
H
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
E
 
A
F
 
F
L
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
52% identity, 86% coverage: 11:248/278 of query aligns to 3:238/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
L
 
M
V
 
I
S
 
D
L
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
H
 
K
L
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
S
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
R
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
P
 
F
Q
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
V
 
I
G
 
D
A
 
G
T
 
-
E
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
T
Q
 
N
R
 
L
I
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
R
G
 
K
R
 
W
N
 
P
R
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
A
D
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
K
H
 
D
K
 
K
A
 
A
D
 
H
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
I
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
G
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
L
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
R
 
D
I
 
L
F
 
F
Q
 
D
H
 
R
P
 
P
T
 
Q
S
 
H
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
E
 
A
F
 
F
L
 
L

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
52% identity, 86% coverage: 11:248/278 of query aligns to 3:238/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
L
 
M
V
 
I
S
 
D
L
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
H
 
K
L
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
S
 
S
N
 
L
P
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
R
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
V
V
 
V
S
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
L
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
P
 
F
Q
 
D
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
V
 
I
G
 
D
A
 
G
T
 
-
E
 
-
V
 
I
H
 
N
A
 
L
L
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
D
A
 
T
Q
 
N
R
 
L
I
 
N
E
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
E
R
 
E
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
V
 
T
I
 
L
A
 
A
P
 
P
R
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
R
G
 
K
R
 
W
N
 
P
R
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
A
D
 
K
A
 
A
R
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
K
H
 
D
K
 
K
A
 
A
D
 
H
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
I
I
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
G
D
 
D
V
 
R
V
 
V
Y
 
L
F
 
F
T
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
V
 
Y
I
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
R
 
D
I
 
L
F
 
F
Q
 
D
H
 
R
P
 
P
T
 
Q
S
 
H
E
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
E
 
A
F
 
F
L
 
L

P02915 Histidine/lysine/arginine/ornithine transport ATP-binding protein HisP; EC 7.4.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
47% identity, 88% coverage: 7:252/278 of query aligns to 2:257/258 of P02915

query
sites
P02915
V
 
M
A
 
S
E
 
E
P
 
N
L
 
K
V
 
L
S
 
H
L
 
V
R
 
I
D
 
D
L
 
L
H
 
H
L
 
K
S
 
R
F
 
Y
G
 
G
S
 
G
N
 
H
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
A
G
 
G
E
 
D
A
 
V
V
 
I
S
 
S
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
T
 
N
G
 
F
L
 
L
L
 
E
Q
 
K
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
G
 
G
S
 
A
I
 
I
R
 
I
V
 
V
G
 
N
A
 
G
T
 
Q
E
 
N
V
 
I
H
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
D
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
A
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
E
 
K
A
 
N
Q
 
Q
R
 
L
I
 
R
E
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
T
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
V
 
M
I
 
E
A
 
A
P
 
P
R
 
I
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
L
N
 
S
R
 
K
A
 
H
A
 
D
A
 
A
E
 
R
K
 
E
D
 
R
A
 
A
R
 
L
A
 
K
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
I
E
 
D
H
 
E
K
 
R
A
 
A
D
 
Q
A
 
G
-
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
D
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
R
V
 
I
I
 
M
R
 
Q
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
E
E
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
H
I
 
V
S
 
S
D
 
S
V
 
H
V
 
V
Y
 
I
F
 
F
T
 
L
E
 
H
N
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
I
V
 
E
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
D
A
 
P
A
 
E
R
 
Q
I
 
V
F
 
F
Q
 
G
H
 
N
P
 
P
T
 
Q
S
 
S
E
 
P
R
 
R
T
 
L
R
 
Q
E
 
Q
F
 
F
L
 
L
H
 
K
H
 
G
A
 
S
L
 
L

1b0uA Atp-binding subunit of the histidine permease from salmonella typhimurium (see paper)
49% identity, 85% coverage: 16:252/278 of query aligns to 7:253/258 of 1b0uA

query
sites
1b0uA
D
 
D
L
 
L
H
 
H
L
 
K
S
 
R
F
x
Y
G
 
G
S
 
G
N
x
H
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
Q
V
 
A
R
 
R
R
 
A
G
 
G
E
 
D
A
 
V
V
 
I
S
 
S
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
I
 
I
T
 
N
G
 
F
L
 
L
L
 
E
Q
 
K
P
 
P
Q
 
S
R
 
E
G
 
G
S
 
A
I
 
I
R
 
I
V
 
V
G
 
N
A
 
G
T
 
Q
E
 
N
V
 
I
H
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
D
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
A
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
D
E
 
K
A
 
N
Q
 
Q
R
 
L
I
 
R
E
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
T
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
V
 
M
I
 
E
A
 
A
P
 
P
R
 
I
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
L
N
 
S
R
 
K
A
 
H
A
 
D
A
 
A
E
 
R
K
 
E
D
 
R
A
 
A
R
 
L
A
 
K
L
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
R
 
G
M
 
I
E
 
D
H
 
E
K
 
R
A
 
A
D
 
Q
A
 
G
-
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
D
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
R
V
 
I
I
 
M
R
 
Q
E
 
Q
L
 
L
T
 
A
E
 
E
E
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
C
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
G
F
 
F
A
 
A
E
 
R
E
 
H
I
 
V
S
 
S
D
 
S
V
 
H
V
 
V
Y
 
I
F
 
F
T
 
L
E
 
H
N
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
I
V
 
E
E
 
E
H
 
E
G
 
G
S
 
D
A
 
P
A
 
E
R
 
Q
I
 
V
F
 
F
Q
 
G
H
 
N
P
 
P
T
 
Q
S
 
S
E
 
P
R
 
R
T
 
L
R
 
Q
E
 
Q
F
 
F
L
 
L
H
 
K
H
 
G
A
 
S
L
 
L

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 81% coverage: 27:252/278 of query aligns to 21:245/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
R
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
Y
S
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
V
 
V
G
 
D
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
L
H
 
T
A
 
T
L
 
L
A
 
S
Q
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
R
 
L
I
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
V
 
A
I
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
L
 
D
G
 
N
R
 
T
N
 
P
R
 
K
A
 
D
A
 
E
A
 
V
E
 
K
K
 
R
D
 
R
A
 
V
R
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
K
 
L
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
G
H
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
G
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
|
E
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
T
V
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
E
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
C
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
D
F
 
V
A
 
V
E
 
K
E
 
R
I
 
I
S
 
C
D
 
D
V
 
C
V
 
V
Y
 
A
F
 
V
T
 
I
E
 
S
N
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
A
 
V
A
 
S
R
 
E
I
 
V
F
 
F
Q
 
S
H
 
H
P
 
P
T
 
K
S
 
T
E
 
P
R
 
L
T
 
A
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
L
 
I
H
 
Q
H
 
S
A
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
36% identity, 81% coverage: 27:252/278 of query aligns to 22:246/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
R
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
Y
S
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
V
 
V
G
 
D
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
L
H
 
T
A
 
T
L
 
L
A
 
S
Q
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
R
 
L
I
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
V
 
A
I
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
L
 
D
G
 
N
R
 
T
N
 
P
R
 
K
A
 
D
A
 
E
A
 
V
E
 
K
K
 
R
D
 
R
A
 
V
R
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
K
 
L
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
G
H
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
G
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
T
V
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
E
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
C
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
D
F
 
V
A
 
V
E
 
K
E
 
R
I
 
I
S
 
C
D
 
D
V
 
C
V
 
V
Y
 
A
F
 
V
T
 
I
E
 
S
N
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
A
 
V
A
 
S
R
 
E
I
 
V
F
 
F
Q
 
S
H
 
H
P
 
P
T
 
K
S
 
T
E
 
P
R
 
L
T
 
A
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
L
 
I
H
 
Q
H
 
S
A
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
36% identity, 81% coverage: 27:252/278 of query aligns to 22:246/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
R
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
Y
S
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
V
 
V
G
 
D
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
L
H
 
T
A
 
T
L
 
L
A
 
S
Q
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
R
 
L
I
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
V
 
A
I
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
L
 
D
G
 
N
R
 
T
N
 
P
R
 
K
A
 
D
A
 
E
A
 
V
E
 
K
K
 
R
D
 
R
A
 
V
R
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
K
 
L
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
G
H
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
G
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
T
V
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
E
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
C
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
R
 
D
F
 
V
A
 
V
E
 
K
E
 
R
I
 
I
S
 
C
D
 
D
V
 
C
V
 
V
Y
 
A
F
 
V
T
 
I
E
 
S
N
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
A
 
V
A
 
S
R
 
E
I
 
V
F
 
F
Q
 
S
H
 
H
P
 
P
T
 
K
S
 
T
E
 
P
R
 
L
T
 
A
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
L
 
I
H
 
Q
H
 
S
A
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
36% identity, 81% coverage: 27:252/278 of query aligns to 22:246/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
R
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
Y
S
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
R
 
L
V
 
V
G
 
D
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
L
H
 
T
A
 
T
L
 
L
A
 
S
Q
 
-
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
R
 
L
I
 
T
E
 
K
L
 
A
R
 
R
K
 
R
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
F
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
V
 
A
I
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
E
V
 
L
L
 
D
G
 
N
R
 
T
N
 
P
R
 
K
A
 
D
A
 
E
A
 
V
E
 
K
K
 
R
D
 
R
A
 
V
R
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
S
K
 
L
V
 
V
R
 
G
M
 
L
E
 
G
H
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
G
 
S
Q
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
T
 
T
V
 
T
G
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
E
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
C
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
R
 
D
F
 
V
A
 
V
E
 
K
E
 
R
I
 
I
S
 
C
D
 
D
V
 
C
V
 
V
Y
 
A
F
 
V
T
 
I
E
 
S
N
 
N
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
E
H
 
Q
G
 
D
S
 
T
A
 
V
A
 
S
R
 
E
I
 
V
F
 
F
Q
 
S
H
 
H
P
 
P
T
 
K
S
 
T
E
 
P
R
 
L
T
 
A
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
L
 
I
H
 
Q
H
 
S
A
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
42% identity, 72% coverage: 27:225/278 of query aligns to 21:223/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
L
 
L
K
 
K
G
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
I
R
 
K
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
M
L
 
L
R
 
N
C
 
I
I
 
I
T
 
G
G
 
C
L
 
L
L
 
D
Q
 
K
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
Y
V
 
I
G
 
D
A
 
N
T
 
I
E
 
K
V
 
T
H
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
D
Q
 
D
E
 
D
A
 
E
Q
 
L
R
 
T
I
 
K
E
 
I
L
 
R
R
 
R
K
 
D
R
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
F
A
 
K
P
 
Y
R
 
R
K
 
G
V
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
S
A
 
G
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
L
-
 
E
-
 
C
L
 
L
A
 
K
K
 
M
V
 
A
R
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
E
K
 
R
-
 
F
A
 
A
D
 
N
A
 
H
Y
 
K
P
 
P
G
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
P
L
 
I
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
T
 
T
V
 
G
G
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
T
 
Q
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
K
L
 
L
T
 
N
E
 
E
E
 
E
-
 
D
G
 
G
M
 
K
T
 
T
C
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
I
R
 
N
F
 
V
A
 
A
E
 
R
E
 
F
I
 
G
S
 
E
D
 
R
V
 
I
V
 
I
Y
 
Y
F
 
L
T
 
K
E
 
D
N
 
G
G
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P9WQK5 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein Rv0073 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
42% identity, 71% coverage: 27:223/278 of query aligns to 23:218/330 of P9WQK5

query
sites
P9WQK5
L
 
I
K
 
N
G
 
G
I
 
L
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
V
R
 
A
R
 
A
G
 
G
E
 
S
A
 
L
V
 
V
S
 
M
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
I
 
L
L
 
L
R
 
S
C
 
C
I
 
L
T
 
G
G
 
G
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
Q
 
K
R
 
S
G
 
G
S
 
A
I
 
I
R
x
K
V
 
F
G
 
D
A
 
E
T
 
V
E
 
D
V
 
I
H
 
T
A
 
T
L
 
L
A
 
Q
Q
 
G
E
 
A
A
 
E
Q
 
L
R
 
A
I
 
N
E
 
Y
L
 
R
R
 
R
K
 
N
R
 
K
V
 
V
G
 
G
F
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
A
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
V
P
 
P
H
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
-
V
 
V
I
 
M
A
 
V
P
 
P
R
 
L
K
 
R
V
 
S
L
 
A
G
 
G
R
 
M
N
 
S
R
 
R
A
 
R
A
 
A
A
 
S
E
 
R
K
 
R
D
 
R
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
R
V
 
V
R
 
N
M
 
L
E
 
A
H
 
E
K
 
R
A
 
M
D
 
N
A
 
H
Y
 
R
P
 
P
G
 
G
Q
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
L
R
 
D
P
 
P
E
 
P
L
 
L
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
A
A
 
H
L
 
L
D
 
D
P
 
F
E
 
I
T
 
Q
V
 
V
G
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
R
V
 
L
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
A
E
 
D
E
 
G
G
 
E
M
 
R
T
 
V
C
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
A
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
S
R
 
R
F
 
M
A
 
L
E
 
P
E
 
M
I
 
A
S
 
D
D
 
R
V
 
V
V
 
V
Y
 
E
F
 
L
T
 
T
E
 
P
N
 
D

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
39% identity, 75% coverage: 10:218/278 of query aligns to 3:214/648 of P75831

query
sites
P75831
P
 
P
L
 
L
V
 
L
S
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
D
L
 
I
H
 
R
L
 
R
S
 
S
F
 
Y
G
 
P
S
 
A
N
 
G
P
 
D
-
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
R
 
Y
R
 
A
G
 
G
E
 
E
A
 
M
V
 
V
S
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
I
 
L
L
 
M
R
 
N
C
 
I
I
 
L
T
 
G
G
 
C
L
 
L
L
 
D
Q
 
K
P
 
A
Q
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
Y
R
 
R
V
 
V
G
 
A
A
 
G
T
 
Q
E
 
D
V
 
V
H
 
A
A
 
T
L
 
L
A
 
D
Q
 
A
E
 
D
A
 
A
Q
 
L
R
 
A
I
 
Q
E
 
L
L
 
R
R
 
R
K
 
E
R
 
H
V
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
Y
N
 
H
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
E
E
 
Q
N
 
N
L
 
V
V
 
E
I
 
V
A
 
-
P
 
P
R
 
A
K
 
V
V
 
Y
L
 
A
G
 
G
R
 
L
N
 
E
R
 
R
A
 
K
A
 
Q
A
 
R
E
 
L
K
 
L
D
 
R
A
 
A
R
 
Q
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
K
 
R
V
 
L
R
 
G
M
 
L
E
 
E
H
 
D
K
 
R
A
 
T
D
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
Q
L
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
T
 
S
V
 
G
G
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
M
T
 
A
V
 
I
I
 
L
R
 
H
E
 
Q
L
 
L
T
 
R
E
 
D
E
 
R
G
 
G
M
 
H
T
 
T
C
 
V
V
 
I
L
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
P
R
 
Q
F
 
V
A
 
A
E
 
A
E
 
Q
I
 
A
S
 
E
D
 
R
V
 
V
V
 
I

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
41% identity, 72% coverage: 27:225/278 of query aligns to 21:223/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
L
 
L
K
 
K
G
 
N
I
 
V
D
 
N
L
 
L
D
 
N
V
 
I
R
 
K
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
S
 
S
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
M
L
 
L
R
 
N
C
 
I
I
 
I
T
 
G
G
 
C
L
 
L
L
 
D
Q
 
K
P
 
P
Q
 
T
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
Y
V
 
I
G
 
D
A
 
N
T
 
I
E
 
K
V
 
T
H
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
D
Q
 
D
E
 
D
A
 
E
Q
 
L
R
 
T
I
 
K
E
 
I
L
 
R
R
 
R
K
 
D
R
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
L
E
 
E
N
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
F
A
 
K
P
 
Y
R
 
R
K
 
G
V
 
A
L
 
M
G
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
-
A
 
S
A
 
G
A
 
E
E
 
E
K
 
R
D
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
L
-
 
E
-
 
C
L
 
L
A
 
K
K
 
M
V
 
A
R
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
E
K
 
R
-
x
F
A
 
A
D
 
N
A
 
H
Y
 
K
P
 
P
G
 
N
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
P
L
 
I
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
T
 
T
V
 
G
G
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
T
 
Q
V
 
L
I
 
L
R
 
K
E
 
K
L
 
L
T
 
N
E
 
E
E
 
E
-
 
D
G
 
G
M
 
K
T
 
T
C
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
I
R
 
N
F
 
V
A
 
A
E
 
R
E
 
F
I
 
G
S
 
E
D
 
R
V
 
I
V
 
I
Y
 
Y
F
 
L
T
 
K
E
 
D
N
 
G
G
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
41% identity, 72% coverage: 11:211/278 of query aligns to 3:206/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
L
 
L
V
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
K
D
 
N
L
 
I
H
 
F
L
 
R
S
 
S
F
 
Y
G
 
R
S
 
N
N
 
G
P
 
D
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
N
I
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
E
V
 
V
R
 
N
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
S
 
A
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
I
 
L
L
 
M
R
 
N
C
 
T
I
 
I
T
 
G
G
 
M
L
 
L
L
 
D
Q
 
T
P
 
P
Q
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
Y
R
 
Y
V
 
L
G
 
E
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
V
H
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
G
Q
 
-
E
 
E
A
 
K
Q
 
Q
R
 
L
I
 
A
E
 
K
L
 
V
R
 
R
-
 
N
K
 
Q
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
Y
 
F
N
 
F
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
A
L
 
L
E
 
Q
N
 
N
L
 
V
V
 
E
I
 
L
A
 
-
P
 
P
R
 
L
K
 
I
V
 
Y
L
 
A
G
 
G
R
 
V
N
 
S
R
 
S
A
 
S
A
 
K
A
 
R
E
 
R
K
 
K
D
 
L
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
Y
L
 
L
A
 
D
K
 
K
V
 
V
R
 
E
M
 
L
E
 
T
H
 
E
K
 
R
A
 
S
D
 
H
A
 
H
Y
 
L
P
 
P
G
 
S
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
M
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
S
L
 
I
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
T
E
 
K
T
 
T
V
 
G
G
 
N
E
 
Q
V
 
I
L
 
M
T
 
Q
V
 
L
I
 
L
R
 
V
E
 
D
L
 
L
T
 
N
E
 
K
E
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
C
 
I
V
 
I
L
 
M
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
P
R
 
E
F
 
I
A
 
A

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
41% identity, 73% coverage: 26:228/278 of query aligns to 23:224/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
V
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
I
R
 
Y
R
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
|
S
T
 
T
I
 
L
L
 
M
R
 
N
C
 
I
I
 
L
T
 
G
G
 
C
L
 
L
L
 
D
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
R
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
N
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
V
 
T
H
 
G
A
 
K
L
 
L
A
 
E
Q
 
P
E
 
D
A
 
-
Q
 
Q
R
 
L
I
 
A
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
K
 
R
R
 
E
-
 
Y
V
 
F
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
Y
 
Y
N
 
H
L
 
L
F
 
L
P
 
G
H
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
L
 
E
E
 
G
N
 
N
L
 
V
V
 
E
I
 
V
A
 
-
P
 
P
R
 
A
K
 
V
V
 
Y
L
 
A
G
 
G
R
 
V
N
 
T
R
 
P
A
 
A
A
 
D
A
 
R
E
 
K
K
 
Q
D
 
R
A
 
A
R
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
T
K
 
E
V
 
L
R
 
G
M
 
L
E
 
G
H
 
T
K
 
K
A
 
T
D
 
Q
A
 
N
Y
 
R
P
 
P
G
 
S
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
E
 
D
L
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
T
 
S
V
 
G
G
 
V
E
 
E
V
 
V
L
 
M
T
 
R
V
 
I
I
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
N
E
 
A
E
 
A
G
 
G
M
 
H
T
 
T
C
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
M
R
 
Q
F
 
V
A
 
A
E
 
K
E
 
N
I
 
A
S
 
T
D
 
R
V
 
I
V
 
I
Y
 
E
F
 
I
T
 
S
E
 
D
N
 
G
G
 
E
V
 
I
I
 
I
V
 
S
E
 
D

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 83% coverage: 10:241/278 of query aligns to 16:241/378 of P69874

query
sites
P69874
P
 
P
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
L
 
L
R
 
A
D
 
G
L
 
I
H
 
R
L
 
K
S
x
C
F
|
F
G
 
D
S
 
G
N
 
K
P
 
E
V
 
V
L
 
I
K
 
P
G
 
Q
I
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
I
R
 
N
R
 
N
G
 
G
E
 
E
A
x
F
V
 
L
S
 
T
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
I
 
V
L
|
L
R
 
R
C
 
L
I
 
I
T
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
Q
 
T
P
 
V
Q
 
D
R
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
I
R
 
M
V
x
L
G
 
D
A
 
N
T
 
E
E
 
D
V
 
I
H
 
T
A
 
H
L
 
V
A
 
P
Q
 
A
E
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
N
K
 
R
R
 
Y
V
 
V
G
 
N
F
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
Y
 
Y
N
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
V
 
A
I
 
F
A
 
G
P
 
L
R
 
R
K
 
M
V
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
Q
N
 
K
R
 
T
A
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
K
 
I
D
 
T
A
 
P
R
 
R
A
 
V
L
 
M
-
 
E
-
 
A
L
 
L
A
 
R
K
 
M
V
|
V
R
 
Q
M
 
L
E
 
E
H
 
T
K
 
F
A
 
A
D
 
Q
A
 
R
Y
 
K
P
 
P
G
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
M
 
N
R
 
K
P
 
P
E
 
R
L
 
L
I
 
L
L
 
L
F
 
L
D
|
D
E
 
E
V
 
S
T
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
E
 
K
T
 
L
V
 
R
G
 
K
E
 
Q
V
 
M
L
 
Q
T
 
N
V
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
A
L
 
L
T
 
Q
E
 
R
E
 
K
-
 
L
G
 
G
M
 
I
T
 
T
C
 
F
V
 
V
L
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
R
 
E
F
 
E
A
 
A
E
 
L
E
 
T
I
 
M
S
 
S
D
 
D
V
 
R
V
 
I
Y
 
V
F
 
V
T
 
M
E
 
R
N
 
D
G
 
G
V
 
R
I
 
I
V
 
E
E
 
Q
H
 
D
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
R
R
 
E
I
 
I
F
 
Y
Q
 
E
H
 
E
P
 
P
T
 
K
S
 
N

Sites not aligning to the query:

P0AAH0 Phosphate import ATP-binding protein PstB; ABC phosphate transporter; Phosphate-transporting ATPase; EC 7.3.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 85% coverage: 12:248/278 of query aligns to 11:252/257 of P0AAH0

query
sites
P0AAH0
V
 
I
S
 
Q
L
 
V
R
 
R
D
 
N
L
 
L
H
 
N
L
 
F
S
 
Y
F
 
Y
G
 
G
S
 
K
N
 
F
P
 
H
V
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
N
I
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
R
 
A
R
 
K
G
 
N
E
 
Q
A
 
V
V
 
T
S
 
A
I
 
F
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
S
 
C
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
I
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
T
I
 
F
T
 
N
G
 
K
L
 
M
L
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
P
-
 
E
Q
 
Q
P
 
R
Q
 
A
R
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
L
V
 
L
G
 
D
A
 
G
T
 
D
E
 
N
V
 
I
H
 
L
A
 
T
L
 
N
A
 
S
Q
 
Q
E
 
D
A
 
I
Q
 
A
R
 
L
I
 
-
E
 
-
L
 
L
R
 
R
K
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
F
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
K
Y
 
P
N
 
T
L
 
P
F
 
F
P
 
P
H
 
-
L
 
M
S
 
S
V
 
I
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
G
P
 
V
R
 
R
K
 
L
V
 
F
L
 
E
G
 
K
R
 
L
N
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
D
A
 
M
E
 
D
K
 
E
D
 
R
A
 
V
R
 
Q
A
 
W
L
 
A
L
 
L
A
 
T
K
 
K
V
 
A
R
 
A
M
 
L
E
 
W
H
 
N
K
 
E
A
 
T
D
 
K
A
 
D
Y
 
K
P
 
L
G
 
H
Q
 
Q
-
 
S
-
 
G
-
 
Y
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
C
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
I
A
 
A
M
 
I
R
 
R
P
 
P
E
 
E
L
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
I
T
 
S
V
 
T
G
 
G
E
 
R
V
 
I
L
 
E
T
 
E
V
 
L
I
 
I
R
 
T
E
 
E
L
 
L
T
 
K
E
 
Q
E
 
D
G
 
-
M
 
Y
T
 
T
C
 
V
V
 
V
L
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
N
M
 
M
R
 
Q
F
 
Q
A
 
A
E
 
A
E
 
R
I
 
C
S
 
S
D
 
D
V
 
H
V
 
T
Y
 
A
F
 
F
T
 
M
E
 
Y
N
 
L
G
 
G
V
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
E
H
 
F
G
 
S
S
 
N
A
 
T
A
 
D
R
 
D
I
 
L
F
 
F
Q
 
T
H
 
K
P
 
P
T
 
A
S
 
K
E
 
K
R
 
Q
T
 
T
R
 
E
E
 
D
F
 
Y
L
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Pf6N2E2_1493 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1493
MPSTETVAEPLVSLRDLHLSFGSNPVLKGIDLDVRRGEAVSIIGPSGSGKSTILRCITGL
LQPQRGSIRVGATEVHALAQEAQRIELRKRVGFVFQQYNLFPHLSVLENLVIAPRKVLGR
NRAAAEKDARALLAKVRMEHKADAYPGQLSGGQQQRVAIARALAMRPELILFDEVTSALD
PETVGEVLTVIRELTEEGMTCVLVTHEMRFAEEISDVVYFTENGVIVEHGSAARIFQHPT
SERTREFLHHALGGPGRRPPIADDPYLLTNLSRYSLSV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory