SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_1701 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1701 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
49% identity, 93% coverage: 14:254/258 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
L
 
V
L
 
L
A
 
E
V
 
V
Q
 
Q
D
 
S
I
 
L
E
 
H
V
 
V
I
 
Y
Y
|
Y
D
 
-
G
 
G
A
 
A
I
 
I
L
 
H
A
 
A
V
 
I
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
P
Q
 
R
G
 
G
D
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
K
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
Q
 
R
A
 
A
D
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
Q
R
 
K
G
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
I
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
D
T
 
I
A
 
T
G
 
N
V
 
K
A
 
P
A
 
A
N
 
H
L
 
V
L
 
I
A
 
N
R
 
R
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
A
H
 
L
V
 
V
L
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
H
 
R
V
 
I
F
 
F
A
 
P
H
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
M
G
 
G
G
 
A
F
 
Y
L
 
N
R
 
R
K
 
K
P
 
-
T
 
D
R
 
K
R
 
E
A
 
G
L
 
I
E
 
K
Q
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
R
 
W
I
 
I
Y
 
F
A
 
S
W
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
K
 
K
T
 
E
K
 
R
R
 
L
K
 
K
T
 
Q
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
L
 
T
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
S
K
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
V
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
E
I
 
V
F
 
F
A
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
Q
Q
 
K
L
 
I
N
 
N
A
 
-
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
I
L
 
L
V
 
L
A
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
I
 
A
N
 
L
V
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
K
H
 
V
A
 
A
S
 
H
Y
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
I
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
A
T
 
S
A
 
E
L
 
L
A
 
L
A
 
D
R
 
N
E
 
E
D
 
M
I
 
V
Q
 
R
H
 
K
F
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 88% coverage: 11:237/258 of query aligns to 1:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
S
 
T
R
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
R
V
 
T
Q
 
E
D
 
N
I
 
I
E
 
-
V
 
V
I
 
K
Y
 
Y
D
x
F
G
 
G
A
 
E
I
x
F
L
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
R
 
S
V
 
V
G
 
N
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
N
A
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
R
 
E
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
Y
F
 
F
Q
 
E
G
 
N
R
 
K
D
 
D
T
 
I
A
 
T
G
 
N
V
 
K
A
 
E
A
 
P
N
 
A
L
 
E
L
 
L
A
 
Y
R
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
V
H
 
R
V
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
S
 
I
G
 
G
G
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
F
 
F
L
 
Y
R
 
K
K
 
K
P
 
W
T
 
I
R
 
P
R
 
K
A
 
E
L
 
-
E
 
E
Q
 
E
D
 
M
L
 
V
E
 
E
R
 
K
I
 
A
Y
 
F
A
 
K
W
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
K
 
S
T
 
H
K
 
L
R
 
Y
K
 
D
T
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
V
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
A
 
N
I
 
H
V
 
V
A
 
L
Q
 
E
L
 
L
N
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
T
F
 
F
L
 
L
V
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
I
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
H
 
Y
A
 
I
S
 
D
Y
 
H
A
 
L
Y
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
A
E
 
E
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 88% coverage: 11:237/258 of query aligns to 1:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
S
 
T
R
 
M
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
R
V
 
T
Q
 
E
D
 
N
I
 
I
E
 
-
V
 
V
I
 
K
Y
 
Y
D
x
F
G
 
G
A
 
E
I
x
F
L
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
R
 
S
V
 
V
G
 
C
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
N
A
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
R
 
E
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
Y
F
 
F
Q
 
E
G
 
N
R
 
K
D
 
D
T
 
I
A
 
T
G
 
N
V
 
K
A
 
E
A
 
P
N
 
A
L
 
E
L
 
L
A
 
Y
R
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
V
H
 
R
V
 
T
L
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
S
 
I
G
 
G
G
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
F
 
F
L
 
Y
R
 
K
K
 
K
P
 
W
T
 
I
R
 
P
R
 
K
A
 
E
L
 
-
E
 
E
Q
 
E
D
 
M
L
 
V
E
 
E
R
 
K
I
 
A
Y
 
F
A
 
K
W
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
K
 
S
T
 
H
K
 
L
R
 
Y
K
 
D
T
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
T
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
V
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
A
 
N
I
 
H
V
 
V
A
 
L
Q
 
E
L
 
L
N
 
K
A
 
A
Q
 
K
E
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
T
F
 
F
L
 
L
V
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
I
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
H
 
Y
A
 
I
S
 
D
Y
 
H
A
 
L
Y
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
A
E
 
E
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 87% coverage: 31:254/258 of query aligns to 18:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
V
A
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
Q
V
 
V
G
 
E
Q
 
S
G
 
G
D
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
I
S
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
Q
 
A
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
E
G
 
G
R
 
T
I
 
I
V
 
T
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
N
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
I
V
 
L
A
 
P
A
 
M
N
 
H
L
 
S
L
 
R
A
 
S
R
 
R
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
D
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
T
R
 
R
K
 
E
P
 
E
T
 
L
R
 
T
R
 
H
A
x
E
L
 
E
E
 
R
Q
 
Q
D
|
D
-
 
K
L
 
L
E
 
E
R
 
D
I
 
L
Y
 
L
A
 
E
W
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
Q
T
 
H
K
 
I
R
 
R
K
 
K
T
 
S
Q
 
A
A
 
G
G
 
M
L
 
A
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
D
Q
 
R
E
 
-
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
D
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
K
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
Q
A
 
D
L
 
V
A
 
L
A
 
N
R
 
N
E
 
E
D
 
Q
I
 
V
Q
 
K
H
 
Q
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:254/258 of query aligns to 18:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
x
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
x
M
A
x
G
G
x
Q
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:254/258 of query aligns to 18:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
x
S
T
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:254/258 of query aligns to 18:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
S
R
 
A
A
 
E
L
 
Q
E
 
R
Q
 
E
D
 
D
L
 
R
E
 
A
R
 
N
I
 
E
Y
 
L
A
 
M
W
 
E
F
 
E
P
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
T
 
H
K
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
x
S
T
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:254/258 of query aligns to 19:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
32% identity, 86% coverage: 31:253/258 of query aligns to 18:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
x
L
N
x
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
x
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
H
x
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
H
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
x
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
x
Q
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
32% identity, 86% coverage: 31:253/258 of query aligns to 18:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
32% identity, 86% coverage: 31:252/258 of query aligns to 18:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
 
V
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
V
 
V
G
 
N
Q
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
Q
 
P
A
 
R
D
 
D
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
R
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
V
 
I
F
 
I
Q
 
D
G
 
D
R
 
D
D
 
D
T
 
I
A
 
S
G
 
L
V
 
L
A
 
P
A
 
L
N
 
H
L
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
L
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
H
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
S
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
L
 
I
R
 
R
K
 
D
P
 
D
T
 
L
R
 
-
R
 
-
A
 
S
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
I
 
A
Y
 
N
A
 
E
W
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
T
 
I
K
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
A
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
Q
 
H
L
 
L
N
 
R
A
 
-
Q
 
D
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
V
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
I
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
V
A
 
C
S
 
E
Y
 
R
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
R
 
D
E
 
E
D
 
H
I
 
V
Q
 
K
H
 
R
F
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 85% coverage: 26:245/258 of query aligns to 12:226/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
G
 
G
A
 
S
I
 
L
L
 
E
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
N
Q
 
K
G
 
G
D
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
L
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
I
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
E
Q
 
E
V
 
P
S
 
T
R
 
K
G
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
F
F
 
I
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
D
 
K
T
 
I
A
 
N
G
 
N
V
 
G
A
 
K
A
 
V
N
 
N
L
 
I
-
 
N
L
 
K
A
 
V
R
 
R
Q
 
Q
G
 
K
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
D
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
T
S
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
V
-
 
K
L
 
V
R
 
K
K
 
K
P
 
M
T
 
N
R
 
K
R
 
K
A
 
E
L
 
A
E
 
E
Q
 
E
D
 
L
L
 
A
E
 
V
R
 
D
I
 
L
Y
 
L
A
 
A
W
 
K
F
 
V
P
 
G
R
 
L
L
 
L
K
 
D
T
 
K
K
 
K
R
 
D
K
 
Q
T
 
Y
Q
 
P
A
 
I
G
 
K
L
 
L
T
 
-
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
K
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
N
I
 
V
V
 
M
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
I
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
V
 
V
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
T
 
E
A
 
E
L
 
I
A
 
F
A
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 87% coverage: 26:250/258 of query aligns to 14:231/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
G
 
G
A
 
S
I
 
L
L
 
E
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
R
 
H
V
 
I
G
 
R
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
Q
 
D
A
 
F
D
 
D
R
 
E
A
 
G
Q
 
E
V
 
I
S
 
I
R
 
I
G
 
D
R
 
G
I
 
I
V
 
N
F
 
L
Q
 
K
G
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
T
A
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
N
L
 
L
-
 
N
L
 
K
A
 
V
R
 
R
Q
 
E
G
 
E
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
S
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
-
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
K
-
 
W
P
 
P
T
 
R
R
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
E
E
 
A
Q
 
K
D
 
A
L
 
M
E
 
E
R
 
L
I
 
L
Y
 
D
A
 
K
W
 
V
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
K
 
K
R
 
A
K
 
H
T
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
S
I
 
V
V
 
M
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
P
T
 
E
A
 
D
L
 
L
A
 
F
A
 
D
R
 
R
E
 
P
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 87% coverage: 26:250/258 of query aligns to 14:231/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
G
 
G
A
 
S
I
 
L
L
 
E
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
R
 
H
V
 
I
G
 
R
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
Q
 
D
A
 
F
D
 
D
R
 
E
A
 
G
Q
 
E
V
 
I
S
 
I
R
 
I
G
 
D
R
 
G
I
 
I
V
 
N
F
 
L
Q
 
K
G
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
T
A
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
N
L
 
L
-
 
N
L
 
K
A
 
V
R
 
R
Q
 
E
G
 
E
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
S
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
-
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
K
-
 
W
P
 
P
T
 
R
R
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
E
E
 
A
Q
 
K
D
 
A
L
 
M
E
 
E
R
 
L
I
 
L
Y
 
D
A
 
K
W
 
V
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
K
 
K
R
 
A
K
 
H
T
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
S
I
 
V
V
 
M
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
P
T
 
E
A
 
D
L
 
L
A
 
F
A
 
D
R
 
R
E
 
P
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 87% coverage: 26:250/258 of query aligns to 14:231/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
G
 
G
A
 
S
I
 
L
L
 
E
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
R
 
H
V
 
I
G
 
R
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
Q
 
D
A
 
F
D
 
D
R
 
E
A
 
G
Q
 
E
V
 
I
S
 
I
R
 
I
G
 
D
R
 
G
I
 
I
V
 
N
F
 
L
Q
 
K
G
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
T
A
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
N
L
 
L
-
 
N
L
 
K
A
 
V
R
 
R
Q
 
E
G
 
E
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
S
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
-
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
K
-
 
W
P
 
P
T
 
R
R
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
E
E
 
A
Q
 
K
D
 
A
L
 
M
E
 
E
R
 
L
I
 
L
Y
 
D
A
 
K
W
 
V
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
K
 
K
R
 
A
K
 
H
T
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
S
I
 
V
V
 
M
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
P
T
 
E
A
 
D
L
 
L
A
 
F
A
 
D
R
 
R
E
 
P
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
29% identity, 87% coverage: 26:250/258 of query aligns to 14:231/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
G
 
G
A
 
S
I
 
L
L
 
E
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
R
 
H
V
 
I
G
 
R
Q
 
E
G
 
G
D
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
Q
 
D
A
 
F
D
 
D
R
 
E
A
 
G
Q
 
E
V
 
I
S
 
I
R
 
I
G
 
D
R
 
G
I
 
I
V
 
N
F
 
L
Q
 
K
G
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
T
A
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
N
L
 
L
-
 
N
L
 
K
A
 
V
R
 
R
Q
 
E
G
 
E
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
S
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
-
 
K
L
 
V
R
 
R
K
 
K
-
 
W
P
 
P
T
 
R
R
 
E
R
 
K
A
 
A
L
 
E
E
 
A
Q
 
K
D
 
A
L
 
M
E
 
E
R
 
L
I
 
L
Y
 
D
A
 
K
W
 
V
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
K
 
K
R
 
A
K
 
H
T
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
L
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
S
I
 
V
V
 
M
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
G
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
P
T
 
E
A
 
D
L
 
L
A
 
F
A
 
D
R
 
R
E
 
P
D
 
-
I
 
-
Q
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

P34358 ABC transporter ced-7; Cell death protein 7 from Caenorhabditis elegans (see 2 papers)
29% identity, 81% coverage: 30:237/258 of query aligns to 562:759/1704 of P34358

query
sites
P34358
A
 
A
V
 
V
A
 
D
G
 
G
V
 
L
S
 
S
L
 
L
R
 
R
V
 
A
G
 
V
Q
 
R
G
 
G
D
 
Q
I
 
C
V
 
S
A
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
T
 
T
L
 
F
K
 
S
A
 
S
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
I
V
 
I
Q
 
R
A
 
P
D
 
-
R
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
T
R
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
T
F
 
I
Q
 
C
G
 
G
R
 
Y
D
 
D
T
 
V
A
 
G
G
 
N
V
 
E
A
 
P
A
 
G
N
 
E
L
 
-
L
 
-
A
 
T
R
 
R
Q
 
R
G
 
H
I
 
I
V
 
G
H
 
M
V
 
C
L
 
P
E
 
Q
G
 
Y
R
 
N
H
 
P
V
 
L
F
 
Y
A
 
D
H
 
Q
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
S
D
x
E
N
 
H
L
 
L
R
 
K
S
 
L
G
 
V
G
 
Y
F
 
G
L
 
L
R
 
K
K
 
G
P
 
A
T
 
R
R
 
E
R
 
K
A
 
D
L
 
F
E
 
K
Q
 
Q
D
 
D
L
 
M
E
 
K
R
 
R
I
 
L
Y
 
L
A
 
S
W
 
D
F
 
V
P
 
-
R
 
K
L
 
L
K
 
D
T
 
F
K
 
K
R
 
E
K
 
N
T
 
E
Q
 
K
A
 
A
G
 
V
L
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
C
I
 
V
G
 
C
R
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
I
T
 
G
K
 
D
P
 
S
R
 
E
L
 
V
V
 
V
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
D
P
 
P
L
 
G
L
 
A
V
 
R
E
 
Q
E
 
D
I
 
V
F
 
Q
A
 
K
I
 
L
V
 
V
A
 
E
Q
 
R
L
 
E
N
 
K
A
 
A
Q
 
N
E
 
R
G
 
-
V
 
-
S
 
T
F
 
I
L
 
L
V
 
L
A
 
T
E
 
T
Q
 
H
N
 
Y
I
 
M
N
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
E
R
 
R
H
 
L
A
 
G
S
 
D
Y
 
W
A
 
V
Y
 
F
I
 
I
L
 
M
E
 
S
N
 
H
G
 
G
R
 
K
V
 
L
V
 
V
G
 
A
E
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
30% identity, 86% coverage: 24:245/258 of query aligns to 11:226/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
Y
 
W
D
x
F
G
 
G
A
 
P
I
 
L
L
 
H
A
x
V
V
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
R
 
E
V
 
V
G
 
A
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
I
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
R
A
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
E
Q
 
D
V
 
F
S
 
Q
R
 
E
G
 
G
R
 
E
I
 
V
V
 
V
F
 
V
Q
 
D
G
 
G
R
 
L
D
 
S
T
 
V
A
 
K
G
 
D
V
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
L
L
 
R
L
 
E
A
 
I
R
 
R
Q
 
R
G
 
E
I
 
V
V
 
G
H
 
M
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
H
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
L
 
M
R
 
R
S
 
V
G
 
R
G
 
R
F
 
W
L
 
P
R
 
R
-
 
E
K
 
K
P
 
A
T
 
E
R
 
K
R
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
L
D
 
-
L
 
L
E
 
E
R
 
R
I
 
V
Y
 
G
A
 
I
W
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
L
K
 
D
T
 
Q
K
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
Y
Q
 
P
A
 
A
G
 
Q
L
 
L
T
 
-
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
T
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
A
 
D
I
 
V
V
 
M
A
 
R
Q
 
D
L
 
L
N
 
-
A
 
A
Q
 
Q
E
 
G
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
I
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
H
 
V
A
 
A
S
 
D
Y
 
R
A
 
V
Y
 
V
I
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
R
A
 
P
T
 
E
A
 
E
L
 
I
A
 
F
A
 
T
R
 
R

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 93% coverage: 20:258/258 of query aligns to 23:249/378 of P69874

query
sites
P69874
I
 
I
E
 
R
V
 
K
I
x
C
Y
x
F
D
 
D
G
 
G
A
 
K
I
 
E
L
 
V
A
 
-
V
 
I
A
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
R
 
T
V
 
I
G
 
N
Q
 
N
G
 
G
D
 
E
I
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
V
L
|
L
K
 
R
A
 
L
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
E
Q
 
T
V
 
V
S
 
D
R
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
M
F
x
L
Q
 
D
G
 
N
R
 
E
D
 
D
T
 
I
A
 
T
G
 
H
V
 
V
A
 
P
A
 
A
N
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
E
R
 
N
Q
 
R
G
 
Y
I
 
V
V
 
N
H
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
H
 
A
V
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
F
D
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
A
S
 
F
G
 
G
G
 
L
F
 
R
L
 
M
R
 
Q
K
 
K
-
 
T
P
 
P
T
 
A
R
 
A
R
 
E
A
 
I
L
 
T
E
 
P
Q
 
R
D
 
V
L
 
M
E
 
E
R
 
A
I
 
L
Y
 
R
A
 
M
W
x
V
F
 
-
P
 
-
R
 
Q
L
 
L
K
 
E
T
 
T
K
 
F
R
 
A
K
 
Q
T
 
R
Q
 
K
A
 
P
G
 
H
L
 
Q
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
T
 
N
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
V
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
L
 
K
L
 
L
V
 
R
E
 
K
E
 
Q
I
 
M
F
 
Q
A
 
N
I
 
E
V
 
L
A
 
K
Q
 
A
L
 
L
N
 
Q
A
 
R
Q
 
K
E
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
T
F
 
F
L
 
V
V
 
F
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
I
 
Q
N
 
E
V
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
T
H
 
M
A
 
S
S
 
D
Y
 
R
A
 
I
Y
 
V
I
 
V
L
 
M
E
 
R
N
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
-
G
 
-
E
 
E
G
 
Q
D
 
D
A
 
G
T
 
T
A
 
P
L
 
R
A
 
E
A
 
I
R
 
Y
E
 
E
D
 
E
I
 
P
Q
 
K
H
 
N
F
 
L
Y
 
F
L
 
V
G
 
A
G
 
G
K
 
F
A
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
29% identity, 86% coverage: 14:234/258 of query aligns to 3:218/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
L
 
I
L
 
I
A
 
E
V
 
M
Q
 
R
D
 
D
I
 
V
E
 
V
V
 
K
I
 
K
Y
|
Y
D
 
D
G
 
N
A
x
G
I
 
T
L
 
T
A
|
A
V
 
L
A
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
R
 
S
V
 
V
G
 
Q
Q
 
P
G
 
G
D
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
T
 
F
L
 
I
K
 
R
A
 
S
I
 
L
S
 
Y
G
 
R
L
 
E
V
 
V
Q
 
K
A
 
I
D
 
D
R
 
K
A
 
G
Q
 
S
V
 
L
S
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
G
R
 
F
G
 
N
R
 
L
I
 
V
V
 
K
F
 
I
Q
 
K
G
 
K
R
 
K
D
 
D
T
 
V
A
 
P
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
L
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
G
 
S
I
 
V
V
 
G
H
 
V
V
 
V
L
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
H
 
K
V
 
L
F
 
L
A
 
P
H
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
A
S
 
Y
G
 
A
G
 
M
F
 
E
L
 
V
R
 
I
K
 
G
P
 
E
T
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
K
Q
 
R
D
 
R
L
 
V
E
 
M
R
 
E
I
 
V
Y
 
L
A
 
D
W
 
L
F
 
V
P
 
G
R
 
-
L
 
L
K
 
K
T
 
H
K
 
K
R
 
V
K
 
R
T
 
S
Q
 
F
A
 
P
G
 
N
L
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
T
 
N
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
V
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
D
L
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
F
 
M
A
 
N
I
 
L
V
 
L
A
 
E
Q
 
R
L
 
I
N
 
N
A
 
L
Q
 
Q
E
 
-
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
I
L
 
L
V
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
I
 
S
N
 
Q
V
 
I
-
 
V
-
 
N
A
 
T
L
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
R
S
 
V
Y
 
I
A
 
A
Y
 
-
I
 
-
L
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Query Sequence

>Pf6N2E2_1701 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_1701
MTIAALAGTESRELLAVQDIEVIYDGAILAVAGVSLRVGQGDIVALLGANGAGKSTTLKA
ISGLVQADRAQVSRGRIVFQGRDTAGVAANLLARQGIVHVLEGRHVFAHLTVEDNLRSGG
FLRKPTRRALEQDLERIYAWFPRLKTKRKTQAGLTSGGEQQMLAIGRALMTKPRLVLLDE
PSMGLAPLLVEEIFAIVAQLNAQEGVSFLVAEQNINVALRHASYAYILENGRVVGEGDAT
ALAAREDIQHFYLGGKAG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory