SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_2047 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_2047 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

4v15A Crystal structure of d-threonine aldolase from alcaligenes xylosoxidans (see paper)
28% identity, 89% coverage: 22:383/405 of query aligns to 15:347/373 of 4v15A

query
sites
4v15A
L
 
L
K
 
A
D
 
R
V
 
V
S
 
D
L
 
T
P
 
P
A
 
S
L
 
L
V
 
V
L
 
L
H
 
D
R
 
L
A
 
P
A
 
A
L
 
F
E
 
E
H
 
A
N
 
N
I
 
L
R
 
R
W
 
A
M
 
M
Q
 
Q
A
 
A
F
 
W
V
 
A
T
 
D
D
 
R
S
 
H
G
 
E
A
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
R
P
 
P
H
|
H
G
 
A
K
|
K
T
 
A
S
 
H
M
 
K
T
 
C
P
 
P
A
 
E
L
 
I
F
 
A
R
 
L
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
D
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
R
G
 
G
L
 
I
T
 
C
L
 
C
A
x
Q
S
 
K
A
 
V
V
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
L
A
 
P
A
 
F
Y
 
V
A
 
A
H
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
R
R
 
D
V
 
I
L
 
H
M
 
I
A
x
S
N
 
N
Q
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
P
P
 
A
N
 
K
M
 
L
A
 
A
L
 
L
I
 
L
A
 
G
D
 
Q
L
 
L
L
 
A
A
 
R
D
 
-
P
 
-
A
 
A
F
 
A
E
 
K
F
 
I
H
 
S
C
 
V
M
 
C
V
 
V
D
 
D
H
 
N
P
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
L
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
A
F
 
M
A
 
T
S
 
R
R
 
A
G
 
G
M
 
A
K
 
E
L
 
I
N
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
V
E
 
E
Y
 
V
G
 
D
V
 
V
V
 
G
G
 
Q
G
 
G
R
 
R
C
 
C
G
 
G
C
 
V
R
 
S
T
 
D
E
 
D
A
 
A
E
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
I
 
A
Q
 
R
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
A
 
G
L
 
L
A
 
N
L
 
F
T
 
A
G
 
G
I
 
L
E
 
Q
G
 
A
Y
|
Y
E
 
H
G
 
G
V
 
S
I
 
V
H
 
Q
G
 
H
D
 
Y
H
 
R
A
 
T
I
 
R
S
 
E
G
 
E
I
 
R
R
 
A
A
 
A
F
 
V
A
 
C
A
 
R
S
 
Q
L
 
A
V
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
L
D
 
R
N
 
E
G
 
S
A
 
G
F
 
I
A
 
A
I
 
C
D
 
D
K
 
T
P
 
-
I
 
-
I
 
I
T
 
T
A
 
G
S
 
G
G
|
G
S
x
T
A
 
G
W
 
-
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
S
F
 
V
E
 
E
A
 
F
Q
 
D
N
 
A
A
 
A
H
 
S
G
 
G
R
 
V
F
 
Y
L
 
-
S
 
T
V
 
E
L
 
L
R
x
Q
P
x
A
G
|
G
S
|
S
Y
 
Y
V
 
A
A
 
F
H
 
M
D
 
D
H
 
S
G
 
D
I
x
Y
Y
 
G
K
 
A
E
 
N
A
 
E
Q
 
W
C
 
N
C
 
G
V
 
P
L
 
L
E
 
K
R
 
F
R
 
Q
S
 
N
D
 
S
L
 
L
H
 
F
E
 
-
G
 
-
L
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
E
 
-
V
 
V
W
 
L
A
 
S
H
 
T
V
 
V
Q
 
M
S
 
S
L
 
T
P
 
P
E
 
A
P
 
P
G
 
G
F
 
R
A
 
V
V
 
I
I
 
L
A
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
L
R
 
K
D
 
S
V
 
T
A
 
T
Y
 
A
D
 
E
A
 
C
G
 
G
L
 
P
P
 
P
V
 
-
P
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
Y
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
A
V
 
V
T
 
Y
G
 
G
D
 
E
D
 
-
V
 
-
S
 
P
G
 
G
C
 
L
K
 
T
V
 
Y
T
 
A
A
 
A
V
 
I
M
 
N
D
 
D
Q
 
E
H
 
H
A
 
G
F
 
V
M
 
V
N
 
R
V
 
V
A
 
E
A
 
P
G
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
-
 
P
R
 
A
V
 
L
G
 
G
D
 
A
I
 
V
I
 
L
S
 
R
F
 
L
G
 
V
T
 
P
S
 
S
H
|
H
P
 
V
C
x
D
L
 
P
T
 
T
F
 
F
D
 
N

6qkbA Crystal structure of the beta-hydroxyaspartate aldolase of paracoccus denitrificans (see paper)
27% identity, 90% coverage: 24:388/405 of query aligns to 23:365/384 of 6qkbA

query
sites
6qkbA
D
 
E
V
 
I
S
 
Q
L
 
T
P
 
P
A
 
C
L
 
L
V
 
I
L
 
L
H
 
D
R
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
R
N
 
N
I
 
I
R
 
R
W
 
K
M
 
M
Q
 
G
A
 
D
F
 
Y
V
 
A
T
 
K
D
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
M
E
 
R
L
 
H
A
 
R
P
 
S
H
|
H
G
 
G
K
|
K
T
 
M
S
 
H
M
 
K
T
 
S
P
 
V
A
 
D
L
 
V
F
 
Q
R
 
K
R
 
L
Q
 
Q
L
 
E
D
 
S
-
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
C
L
 
C
A
x
Q
S
 
K
A
 
V
V
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
A
A
 
R
H
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
K
R
 
D
V
 
V
L
 
L
M
 
V
A
 
T
N
 
N
Q
 
E
L
 
V
V
 
R
G
 
E
T
 
P
P
 
A
N
 
K
M
 
I
A
 
D
L
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
R
L
 
L
L
 
P
A
 
K
D
 
T
P
 
G
A
 
A
F
 
T
E
 
V
F
 
T
H
 
V
C
 
C
M
 
-
V
 
V
D
 
D
H
 
D
P
 
V
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
A
F
 
A
A
 
Q
S
 
K
R
 
H
G
 
G
M
 
T
K
 
E
L
 
L
N
 
G
V
 
I
M
 
F
I
 
V
E
 
E
Y
 
I
G
 
D
V
 
C
V
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
C
G
 
G
C
 
V
R
 
T
T
 
T
E
 
K
A
 
E
E
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
A
Q
 
A
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
A
 
N
L
 
L
A
 
T
L
 
F
T
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
Q
G
 
A
Y
|
Y
E
 
Q
G
 
G
V
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
M
S
 
Q
G
 
H
I
 
M
R
 
D
A
 
S
F
 
F
A
 
E
A
 
D
S
 
R
L
 
K
V
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
-
V
 
-
Q
 
-
L
 
-
Q
 
-
D
 
-
N
 
D
G
 
A
A
 
A
F
 
I
A
 
A
I
 
Q
D
 
V
K
 
K
P
 
E
I
 
A
I
 
V
T
 
D
A
 
A
S
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
W
 
-
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
-
F
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
N
 
G
A
 
L
H
 
A
G
 
P
R
 
E
F
 
F
L
 
V
S
 
S
V
 
G
L
 
G
R
 
G
P
x
T
G
 
G
S
 
S
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
F
A
 
E
H
 
S
D
 
N
H
 
S
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
K
 
N
E
 
E
A
 
L
Q
|
Q
C
 
C
C
x
G
V
x
S
L
 
Y
E
 
A
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
x
Y
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
G
R
 
K
R
 
R
S
 
I
D
 
D
L
 
Q
H
 
G
E
 
E
G
 
-
L
 
W
R
 
E
P
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
F
V
 
I
W
 
L
A
 
T
H
 
S
V
 
V
Q
 
M
S
 
S
L
 
H
P
 
A
E
 
K
P
 
P
G
 
H
F
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
L
R
 
K
D
 
A
V
 
Q
A
 
S
Y
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
F
P
 
V
L
 
Y
K
 
G
R
 
R
Y
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
K
G
 
Y
C
 
I
K
 
K
V
 
C
T
 
S
A
 
-
V
 
-
M
 
-
D
 
D
Q
 
E
H
 
H
A
 
G
F
 
V
M
 
V
N
 
E
V
 
D
A
 
K
A
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
-
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
N
D
 
D
I
 
K
I
 
L
S
 
R
F
 
L
G
 
V
T
 
P
S
 
G
H
|
H
-
 
C
-
x
D
P
 
P
C
 
T
L
 
C
T
 
N
F
 
V
D
 
H
K
 
D
W
 
W
R
 
Y
V
 
V
G
 
G

A1B8Z1 3-hydroxy-D-aspartate aldolase; beta-hydroxyaspartate aldolase; EC 4.1.3.41 from Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (see paper)
27% identity, 90% coverage: 24:388/405 of query aligns to 26:368/387 of A1B8Z1

query
sites
A1B8Z1
D
 
E
V
 
I
S
 
Q
L
 
T
P
 
P
A
 
C
L
 
L
V
 
I
L
 
L
H
 
D
R
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
R
N
 
N
I
 
I
R
 
R
W
 
K
M
 
M
Q
 
G
A
 
D
F
 
Y
V
 
A
T
 
K
D
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
M
E
 
R
L
 
H
A
 
R
P
 
S
H
 
H
G
 
G
K
|
K
T
 
M
S
 
H
M
 
K
T
 
S
P
 
V
A
 
D
L
 
V
F
 
Q
R
 
K
R
 
L
Q
 
Q
L
 
E
D
 
S
-
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
S
W
 
V
G
 
G
L
 
V
T
 
C
L
 
C
A
x
Q
S
 
K
A
 
V
V
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
A
A
 
R
H
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
K
R
 
D
V
 
V
L
 
L
M
 
V
A
 
T
N
 
N
Q
 
E
L
 
V
V
 
R
G
 
E
T
 
P
P
 
A
N
 
K
M
 
I
A
 
D
L
 
R
I
 
L
A
 
A
D
 
R
L
 
L
L
 
P
A
 
K
D
 
T
P
 
G
A
 
A
F
 
T
E
 
V
F
 
T
H
 
V
C
 
C
M
 
-
V
 
V
D
 
D
H
 
D
P
 
V
D
 
Q
N
 
N
V
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
A
F
 
A
A
 
Q
S
 
K
R
 
H
G
 
G
M
 
T
K
 
E
L
 
L
N
 
G
V
 
I
M
 
F
I
 
V
E
 
E
Y
 
I
G
 
D
V
 
C
V
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
C
G
 
G
C
 
V
R
 
T
T
 
T
E
 
K
A
 
E
E
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
A
Q
 
A
A
 
A
Q
 
A
P
 
P
A
 
N
L
 
L
A
 
T
L
 
F
T
 
K
G
 
G
I
 
I
E
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
Q
G
 
G
V
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
M
S
 
Q
G
 
H
I
 
M
R
 
D
A
 
S
F
 
F
A
 
E
A
 
D
S
 
R
L
 
K
V
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
-
V
 
-
Q
 
-
L
 
-
Q
 
-
D
 
-
N
 
D
G
 
A
A
 
A
F
 
I
A
 
A
I
 
Q
D
 
V
K
 
K
P
 
E
I
 
A
I
 
V
T
 
D
A
 
A
S
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
W
 
-
Y
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
-
F
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
N
 
G
A
 
L
H
 
A
G
 
P
R
 
E
F
 
F
L
 
V
S
 
S
V
 
G
L
 
G
R
 
G
P
x
T
G
 
G
S
 
S
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
F
A
 
E
H
 
S
D
 
N
H
 
S
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
K
 
N
E
 
E
A
 
L
Q
 
Q
C
 
C
C
x
G
V
x
S
L
 
Y
E
 
A
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
x
Y
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
E
-
 
G
R
 
K
R
 
R
S
 
I
D
 
D
L
 
Q
H
 
G
E
 
E
G
 
-
L
 
W
R
 
E
P
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
F
V
 
I
W
 
L
A
 
T
H
 
S
V
 
V
Q
 
M
S
 
S
L
 
H
P
 
A
E
 
K
P
 
P
G
 
H
F
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
L
R
 
K
D
 
A
V
 
Q
A
 
S
Y
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
F
P
 
V
L
 
Y
K
 
G
R
 
R
Y
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
V
S
 
K
G
 
Y
C
 
I
K
 
K
V
 
C
T
 
S
A
 
-
V
 
-
M
 
-
D
 
D
Q
 
E
H
 
H
A
 
G
F
 
V
M
 
V
N
 
E
V
 
D
A
 
K
A
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
-
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
N
D
 
D
I
 
K
I
 
L
S
 
R
F
 
L
G
 
V
T
 
P
S
 
G
H
|
H
-
 
C
-
x
D
P
 
P
C
 
T
L
 
C
T
 
N
F
 
V
D
 
H
K
 
D
W
 
W
R
 
Y
V
 
V
G
 
G

7yqaB Crystal structure of d-threonine aldolase from chlamydomonas reinhardtii (see paper)
27% identity, 77% coverage: 14:324/405 of query aligns to 7:309/398 of 7yqaB

query
sites
7yqaB
A
 
A
A
 
S
T
 
R
V
 
A
G
 
P
A
 
A
H
 
H
L
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
A
L
 
L
K
 
H
D
 
D
V
 
V
S
 
D
L
 
T
P
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
L
H
 
D
R
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
F
E
 
D
H
 
R
N
 
N
I
 
C
R
 
E
W
 
K
M
 
L
Q
 
K
A
 
G
F
 
V
V
 
M
T
 
A
D
 
G
-
 
F
S
 
P
G
 
G
A
 
V
E
 
A
L
 
V
A
 
R
P
 
P
H
 
H
G
 
A
K
 
K
T
 
A
S
 
H
M
 
K
T
 
C
P
 
A
A
 
E
L
 
V
F
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
D
 
Q
A
 
L
-
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
K
G
 
G
L
 
V
T
 
C
L
 
C
A
 
Q
S
 
K
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
T
 
A
R
 
E
A
 
A
A
 
M
Y
 
A
A
 
E
H
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
S
R
 
D
V
 
L
L
 
L
M
 
L
A
 
S
N
 
N
Q
 
E
L
 
V
V
 
I
G
 
A
T
 
P
P
 
R
N
 
K
M
 
I
A
 
D
L
 
R
I
 
L
A
 
V
D
 
G
L
 
L
L
 
A
A
 
A
D
 
A
P
 
G
A
 
A
F
 
R
E
 
V
F
 
G
H
 
V
C
 
C
M
 
Y
V
 
-
D
 
E
H
 
R
P
 
E
D
 
D
N
 
N
V
 
L
A
 
R
D
 
Q
L
 
L
G
 
N
A
 
A
F
 
A
F
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
T
K
 
H
L
 
L
N
 
D
V
 
V
M
 
L
I
 
V
E
 
E
Y
 
L
G
 
N
V
 
V
V
 
G
G
 
Q
G
 
D
R
 
R
C
 
C
G
 
G
C
 
V
R
 
N
T
 
S
E
 
A
A
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
V
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
A
I
 
A
Q
 
A
A
 
G
Q
 
L
P
 
D
A
 
N
L
 
V
A
 
R
L
 
F
T
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
H
G
 
G
V
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
G
I
 
L
S
 
Q
G
 
H
I
 
V
R
 
R
A
 
D
F
 
P
A
 
R
A
 
D
S
 
R
L
 
A
V
 
Q
R
 
R
L
 
V
A
 
G
V
 
-
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
V
D
 
G
N
 
R
G
 
A
A
 
R
F
 
A
A
 
A
I
 
V
D
 
D
K
 
A
P
 
-
I
 
-
I
 
L
T
 
K
A
 
A
S
 
A
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
C
S
 
D
A
 
T
W
 
V
Y
 
T
D
 
G
L
 
G
I
 
G
A
 
T
E
 
G
S
 
T
F
 
Y
E
 
R
A
 
V
Q
 
E
N
 
A
A
 
A
H
 
S
G
 
G
R
 
V
F
 
F
L
 
T
S
 
E
V
 
V
L
 
-
R
 
Q
P
 
P
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
V
 
A
A
 
F
H
 
S
D
 
D
H
 
A
G
 
D
I
 
Y
Y
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
-
Q
 
-
C
 
-
C
 
-
V
 
-
L
 
L
E
 
Q
R
 
E
R
 
D
S
 
G
D
 
G
L
 
V
H
 
G
E
 
E
G
 
-
L
 
W
R
 
E
P
 
Q
A
 
S
L
 
L
E
 
W
V
 
V
W
 
L
A
 
T
H
 
Q
V
 
V
Q
 
M
S
 
S
L
 
V
-
 
T
P
 
P
E
 
A
P
 
R
G
 
G
F
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
T
R
 
K
D
 
A
V
 
V
A
 
S
Y
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
L
 
P
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Pf6N2E2_2047 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_2047
MSSVIPNAGVEKGAATVGAHLLKDVSLPALVLHRAALEHNIRWMQAFVTDSGAELAPHGK
TSMTPALFRRQLDAGAWGLTLASAVQTRAAYAHGVRRVLMANQLVGTPNMALIADLLADP
AFEFHCMVDHPDNVADLGAFFASRGMKLNVMIEYGVVGGRCGCRTEAEVLALAEAIQAQP
ALALTGIEGYEGVIHGDHAISGIRAFAASLVRLAVQLQDNGAFAIDKPIITASGSAWYDL
IAESFEAQNAHGRFLSVLRPGSYVAHDHGIYKEAQCCVLERRSDLHEGLRPALEVWAHVQ
SLPEPGFAVIALGKRDVAYDAGLPVPLKRYTPGSDSVTGDDVSGCKVTAVMDQHAFMNVA
AGVELRVGDIISFGTSHPCLTFDKWRVGCLVDEQLRVVESMETCF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory