SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf6N2E2_3903 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_3903 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

7qyrD Crystal structure of rimk from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
92% identity, 97% coverage: 1:293/301 of query aligns to 1:293/293 of 7qyrD

query
sites
7qyrD
M
 
M
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
|
S
R
 
R
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
|
L
Y
 
Y
S
|
S
T
|
T
R
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
T
 
R
E
 
E
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
E
M
 
M
V
 
V
V
 
V
I
 
I
D
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
A
S
 
S
H
 
H
K
 
K
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
P
R
|
R
I
 
I
G
|
G
A
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
A
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
M
 
M
M
 
M
G
 
G
V
 
V
F
 
F
P
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
S
R
 
R
D
 
D
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
S
R
 
R
R
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
A
H
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
V
P
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
E
M
 
M
V
 
V
N
 
G
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
I
K
 
K
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
L
C
 
C
E
 
E
T
 
T
A
 
E
T
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
I
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
F
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
Q
 
H
N
 
N
I
 
I
M
 
M
V
 
V
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
|
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
D
|
D
I
 
I
R
|
R
C
 
C
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
M
 
M
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
K
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
F
|
F
R
|
R
S
|
S
N
 
N
L
 
L
H
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
I
 
I
K
 
K
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
M
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
V
M
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
L
|
L
R
 
R
S
 
S
N
 
N
H
 
H
G
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
|
M
E
 
E
V
 
V
N
|
N
S
 
S
S
|
S
P
 
P
G
|
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
S
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
K
N
 
D
V
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
E
 
Q
H
 
Y
L
 
L
E
 
E
K
 
K
N
 
N
G
 
G
G
 
G
P
 
P
N
 
H

5zctH The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
66% identity, 96% coverage: 1:290/301 of query aligns to 1:290/292 of 5zctH

query
sites
5zctH
M
 
M
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
S
R
 
R
N
 
D
P
 
G
R
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
T
 
C
R
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
A
T
 
I
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
M
 
V
V
 
E
V
 
I
I
 
L
D
 
D
T
 
P
L
 
L
R
 
S
A
 
C
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
N
S
 
P
H
 
A
K
 
A
P
 
S
Q
 
S
I
 
I
H
 
H
Y
 
Y
R
 
K
G
 
G
K
 
R
P
 
K
L
 
L
E
 
P
G
 
H
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
P
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
T
S
 
A
V
 
I
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
C
 
T
A
 
A
V
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
M
 
M
M
 
L
G
 
G
V
 
S
F
 
Y
P
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
D
 
D
K
|
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
L
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
G
F
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
T
P
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
V
N
 
G
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
V
 
L
L
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
|
V
V
 
V
L
 
L
C
 
A
E
 
E
T
 
T
A
 
R
T
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
M
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
N
Q
 
A
N
 
H
I
 
I
M
 
L
V
 
V
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
|
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
Q
G
 
G
A
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
C
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
E
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
A
M
 
I
K
 
E
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
D
F
|
F
R
|
R
S
|
S
N
|
N
L
 
L
H
 
H
R
|
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
V
I
 
A
K
 
S
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
R
 
R
M
 
E
T
 
I
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
T
M
 
M
G
 
A
L
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
|
D
I
 
I
L
|
L
R
 
R
S
 
A
N
 
N
H
 
R
G
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
|
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
S
 
A
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
K
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
I
N
 
D
V
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
K
I
 
M
I
 
I
E
 
R
H
 
W
L
 
I
E
 
E
K
 
R
N
 
H
G
 
A

5zctA The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
66% identity, 96% coverage: 1:290/301 of query aligns to 1:290/292 of 5zctA

query
sites
5zctA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
S
R
 
R
N
 
D
P
 
G
R
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
T
 
C
R
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
A
T
 
I
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
M
 
V
V
 
E
V
 
I
I
 
L
D
 
D
T
 
P
L
 
L
R
 
S
A
 
C
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
N
S
 
P
H
 
A
K
 
A
P
 
S
Q
 
S
I
 
I
H
 
H
Y
 
Y
R
 
K
G
 
G
K
 
R
P
 
K
L
 
L
E
 
P
G
 
H
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
P
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
T
S
 
A
V
 
I
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
C
 
T
A
 
A
V
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
M
 
M
M
 
L
G
 
G
V
 
S
F
 
Y
P
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
R
 
R
D
 
D
K
|
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
L
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
G
F
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
T
P
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
V
N
 
G
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
V
 
L
L
 
V
E
 
E
G
|
G
T
|
T
Q
|
Q
G
|
G
I
 
I
G
 
G
V
|
V
V
 
V
L
 
L
C
 
A
E
 
E
T
 
T
A
 
R
T
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
M
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
N
Q
 
A
N
 
H
I
 
I
M
 
L
V
 
V
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
|
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
Q
G
 
G
A
 
C
D
 
D
I
 
I
R
 
R
C
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
E
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
A
M
 
I
K
 
E
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
D
F
|
F
R
|
R
S
|
S
N
|
N
L
 
L
H
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
V
I
 
A
K
 
S
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
R
 
R
M
 
E
T
 
I
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
T
M
 
M
G
 
A
L
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
I
 
I
L
|
L
R
 
R
S
 
A
N
 
N
H
 
R
G
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
|
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
S
 
A
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
K
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
I
N
 
D
V
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
K
I
 
M
I
 
I
E
 
R
H
 
W
L
 
I
E
 
E
K
 
R
N
 
H
G
 
A

4iwxA Rimk structure at 2.85a (see paper)
66% identity, 96% coverage: 1:290/301 of query aligns to 3:292/294 of 4iwxA

query
sites
4iwxA
M
 
M
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
S
R
 
R
N
 
D
P
 
G
R
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
T
 
C
R
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
R
E
 
E
A
 
A
G
 
A
T
 
I
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
M
 
V
V
 
E
V
 
I
I
 
L
D
 
D
T
 
P
L
 
L
R
 
S
A
 
C
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
N
S
 
P
H
 
A
K
 
A
P
 
S
Q
 
S
I
 
I
H
 
H
Y
 
Y
R
 
K
G
 
G
K
 
R
P
 
K
L
 
L
E
 
P
G
 
H
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
P
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
T
S
 
A
V
 
I
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
C
 
T
A
 
A
V
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
M
 
M
M
 
L
G
 
G
V
 
S
F
 
Y
P
 
P
L
 
L
N
 
N
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
|
R
S
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
K
L
 
L
R
|
R
S
 
S
L
 
M
Q
|
Q
L
|
L
L
 
L
S
 
A
R
|
R
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
G
F
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
T
P
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
D
M
 
M
V
 
V
N
 
G
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
V
 
L
L
 
V
E
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
G
V
|
V
V
 
V
L
 
L
C
 
A
E
 
E
T
 
T
A
 
R
T
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
I
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
M
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
N
Q
 
A
N
 
H
I
 
I
M
 
L
V
 
V
Q
 
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
|
I
K
|
K
E
 
E
A
 
A
G
 
Q
G
 
G
A
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
C
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
E
V
 
V
I
 
V
A
 
A
S
 
A
M
 
I
K
 
E
R
|
R
Q
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
D
F
|
F
R
|
R
S
|
S
N
|
N
L
 
L
H
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
V
I
 
A
K
 
S
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
E
 
E
R
 
R
M
 
E
T
 
I
A
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
T
M
 
M
G
 
A
L
 
L
A
 
D
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
|
D
I
 
I
L
|
L
R
 
R
S
 
A
N
 
N
H
 
R
G
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
|
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
S
 
A
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
E
 
E
T
 
K
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
I
N
 
D
V
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
K
I
 
M
I
 
I
E
 
R
H
 
W
L
 
I
E
 
E
K
 
R
N
 
H
G
 
A

3vpbB Argx from sulfolobus tokodaii complexed with lysw/glu/adp/mg/zn/sulfate (see paper)
31% identity, 79% coverage: 52:289/301 of query aligns to 41:279/282 of 3vpbB

query
sites
3vpbB
G
 
N
K
 
K
P
 
A
L
 
L
E
 
G
G
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
V
V
 
A
I
 
I
P
 
I
R
 
R
-
 
P
I
 
V
G
 
S
A
 
M
S
 
Y
V
 
R
T
 
A
F
 
L
Y
 
Y
G
 
S
C
 
S
A
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
E
M
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
H
P
 
T
L
 
I
N
 
N
E
 
S
S
 
S
V
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
N
R
 
V
S
 
C
R
 
G
D
 
D
K
|
K
L
 
I
R
 
L
S
 
T
L
 
Y
Q
 
S
L
 
K
L
 
L
S
 
Y
R
 
R
R
 
E
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
D
T
 
S
G
 
I
F
 
I
A
 
A
H
 
L
S
 
S
P
 
A
D
 
E
D
 
A
I
 
A
P
 
L
D
 
K
L
 
A
I
 
Y
A
 
E
M
 
Q
V
 
-
N
 
R
G
 
G
A
 
F
P
 
P
L
 
L
V
x
I
I
 
D
K
|
K
V
 
P
L
 
P
E
 
I
G
|
G
T
x
S
Q
x
W
G
|
G
I
 
R
G
 
L
V
|
V
V
 
S
L
 
L
C
 
I
E
 
R
T
 
D
A
 
V
T
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
S
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
-
 
H
-
 
R
A
 
E
F
 
L
M
 
M
G
 
G
-
 
N
-
 
S
-
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
A
N
 
H
I
 
I
M
 
-
V
 
V
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
|
I
K
 
-
E
 
Q
A
 
Y
G
 
K
G
 
G
A
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
C
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
D
 
E
K
 
E
V
 
L
I
 
L
A
 
G
S
 
C
M
x
Y
K
 
A
R
|
R
Q
 
N
A
 
I
K
 
P
P
 
P
G
 
N
E
 
E
F
x
W
R
|
R
S
x
A
N
|
N
L
x
V
H
x
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
A
 
P
S
 
S
L
 
N
I
 
I
K
 
E
I
 
V
T
 
D
P
 
E
E
 
K
E
 
L
R
 
K
M
 
E
T
 
T
A
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
V
K
 
S
V
 
I
M
 
V
G
 
H
L
 
G
A
 
E
V
 
F
A
 
V
G
 
S
V
 
I
D
|
D
I
 
I
L
|
L
R
 
E
S
 
H
-
 
P
N
 
N
H
 
K
G
 
G
P
 
Y
L
 
V
V
 
V
M
x
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
S
 
D
S
 
V
P
 
P
G
x
E
L
x
F
E
x
K
G
|
G
I
x
F
E
 
M
T
 
V
T
 
A
T
 
T
S
 
N
K
 
I
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
Q
I
 
K
I
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
Y
L
 
I
E
 
K
K
 
E
N
 
N

Q970U6 Glutamate--LysW ligase ArgX; EC 6.3.2.- from Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (Sulfolobus tokodaii) (see paper)
31% identity, 79% coverage: 52:289/301 of query aligns to 41:279/282 of Q970U6

query
sites
Q970U6
G
 
N
K
 
K
P
 
A
L
 
L
E
 
G
G
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
V
V
 
A
I
 
I
P
 
I
R
 
R
-
 
P
I
 
V
G
 
S
A
 
M
S
 
Y
V
 
R
T
 
A
F
 
L
Y
 
Y
G
 
S
C
 
S
A
 
A
V
 
V
L
 
L
R
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
E
M
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
V
F
 
H
P
 
T
L
 
I
N
 
N
E
 
S
S
 
S
V
 
D
A
 
V
I
 
I
A
 
N
R
 
V
S
 
C
R
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
I
R
 
L
S
 
T
L
 
Y
Q
 
S
L
 
K
L
 
L
S
 
Y
R
 
R
R
 
E
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
I
P
 
P
V
 
D
T
 
S
G
 
I
F
 
I
A
 
A
H
 
L
S
 
S
P
 
A
D
 
E
D
 
A
I
 
A
P
 
L
D
 
K
L
 
A
I
 
Y
A
 
E
M
 
Q
V
 
-
N
 
R
G
 
G
A
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
D
K
 
K
V
 
P
L
 
P
E
 
I
G
 
G
T
 
S
Q
 
W
G
 
G
I
 
R
G
 
L
V
 
V
V
 
S
L
 
L
C
 
I
E
 
R
T
 
D
A
 
V
T
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
S
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
-
 
H
-
 
R
A
 
E
F
 
L
M
 
M
G
 
G
-
 
N
-
 
S
-
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
A
N
 
H
I
 
I
M
 
-
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
K
 
-
E
 
Q
A
 
Y
G
 
K
G
 
G
A
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
C
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
D
 
E
K
 
E
V
 
L
I
 
L
A
 
G
S
 
C
M
 
Y
K
 
A
R
 
R
Q
 
N
A
 
I
K
 
P
P
 
P
G
 
N
E
 
E
F
 
W
R
 
R
S
 
A
N
 
N
L
 
V
H
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
A
 
P
S
 
S
L
 
N
I
 
I
K
 
E
I
 
V
T
 
D
P
 
E
E
 
K
E
 
L
R
 
K
M
 
E
T
 
T
A
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
V
K
 
S
V
 
I
M
 
V
G
 
H
L
 
G
A
 
E
V
 
F
A
 
V
G
 
S
V
 
I
D
|
D
I
 
I
L
 
L
R
 
E
S
 
H
-
 
P
N
 
N
H
 
K
G
 
G
P
 
Y
L
 
V
V
 
V
M
 
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
S
 
D
S
 
V
P
 
P
G
 
E
L
 
F
E
 
K
G
 
G
I
 
F
E
 
M
T
 
V
T
 
A
T
 
T
S
 
N
K
 
I
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
Q
I
 
K
I
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
Y
L
 
I
E
 
K
K
 
E
N
 
N

Q4JAP9 Alpha-aminoadipate--LysW ligase LysX; AAA--LysW ligase LysX; EC 6.3.2.43 from Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (see paper)
29% identity, 69% coverage: 80:286/301 of query aligns to 62:270/276 of Q4JAP9

query
sites
Q4JAP9
F
 
F
E
 
E
M
 
G
M
 
W
G
 
N
V
 
Y
F
 
N
P
 
V
L
 
V
N
 
N
E
 
D
S
 
A
V
 
T
A
 
S
I
 
L
A
 
F
R
 
K
S
 
C
R
 
G
D
 
N
K
 
K
L
 
L
R
 
Y
S
 
T
L
 
L
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
H
G
 
N
I
 
I
G
 
K
L
 
T
P
 
P
V
 
R
T
 
T
G
 
I
F
 
V
A
 
T
H
 
F
S
 
S
P
 
K
D
 
D
D
 
K
I
 
A
P
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
A
A
 
K
M
 
K
V
 
I
N
 
-
G
 
G
A
 
F
P
 
P
L
 
A
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
P
L
 
I
E
 
E
G
 
G
T
 
S
Q
 
W
G
 
G
I
 
R
G
 
M
V
 
V
V
 
-
L
 
-
C
 
-
E
 
-
T
 
A
A
 
K
T
 
A
A
 
V
A
 
D
E
 
E
S
 
D
V
 
I
I
 
L
E
 
Y
A
 
S
F
 
F
M
 
L
-
 
E
-
 
Y
-
 
Q
-
 
E
-
 
Y
-
 
T
-
 
T
-
 
S
G
 
Q
L
 
F
K
 
R
Q
 
Q
N
 
I
I
 
Y
M
 
L
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Y
 
F
I
 
V
K
 
K
E
 
K
A
 
P
G
 
N
G
 
-
A
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
C
 
I
F
 
F
V
 
V
V
 
M
G
 
G
D
 
D
K
 
E
V
 
A
I
 
P
A
 
V
S
 
G
M
 
I
K
 
Y
R
 
R
Q
 
-
A
 
V
K
 
N
P
 
E
G
 
R
E
 
N
F
 
W
R
 
K
S
 
T
N
 
N
L
 
T
H
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
R
A
 
A
S
 
L
L
 
P
I
 
L
K
 
K
I
 
I
T
 
D
P
 
D
E
 
E
E
 
L
R
 
R
M
 
D
T
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
V
A
 
R
K
 
D
V
 
I
M
 
M
G
 
G
L
 
G
A
 
F
V
 
F
A
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
F
R
 
E
S
 
D
-
 
P
N
 
E
H
 
R
G
 
G
P
 
Y
L
 
L
V
 
V
M
 
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
S
 
G
S
 
V
P
 
P
G
 
E
L
 
Y
E
 
K
G
x
N
I
x
T
E
 
V
T
 
R
T
 
V
T
 
N
S
 
N
K
 
F
N
 
N
V
 
V
A
 
S
G
 
S
I
 
Y
I
 
L
I
 
L
E
 
N
H
 
K
L
 
L

3vpdA Lysx from thermus thermophilus complexed with amp-pnp (see paper)
29% identity, 78% coverage: 51:285/301 of query aligns to 42:274/281 of 3vpdA

query
sites
3vpdA
R
 
R
G
 
P
K
 
E
P
 
A
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
V
D
 
T
A
 
V
V
 
A
I
 
L
P
 
E
R
 
R
I
 
C
G
 
V
A
 
S
S
 
Q
V
 
S
T
 
R
F
 
-
Y
 
-
G
 
G
C
 
L
A
 
A
V
 
A
L
 
A
R
 
R
Q
 
Y
F
 
L
E
 
T
M
 
A
M
 
L
G
 
G
V
 
I
F
 
P
P
 
V
L
 
V
N
 
N
E
 
R
S
 
P
V
 
E
A
 
V
I
 
I
A
 
E
R
 
A
S
 
C
R
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
W
R
 
A
S
 
T
L
 
S
Q
 
V
L
 
A
L
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
L
G
 
P
L
 
Q
P
 
P
V
 
K
T
 
T
G
 
A
F
 
L
A
 
A
H
 
T
S
 
D
P
 
R
D
 
E
D
 
E
I
 
A
P
 
L
D
 
R
L
 
L
I
 
M
A
 
E
M
 
A
V
 
F
N
 
-
G
 
G
A
 
Y
P
 
P
L
 
V
V
|
V
I
 
L
K
|
K
V
 
P
L
 
V
E
 
I
G
 
G
T
 
S
Q
x
W
G
|
G
I
 
R
G
 
L
V
x
L
V
 
A
L
 
K
C
 
V
E
 
T
T
 
D
A
 
R
T
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
A
V
 
L
I
 
L
E
 
E
-
 
H
-
 
K
-
 
E
A
 
V
F
 
L
M
 
G
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
Q
 
H
N
 
Q
I
 
L
M
 
F
-
 
Y
V
 
I
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
x
V
K
 
-
E
 
E
A
x
K
G
 
P
G
 
G
A
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
C
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
E
K
 
R
V
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
A
M
 
I
K
 
Y
R
|
R
Q
 
R
A
 
S
K
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
H
F
x
W
R
x
I
S
x
T
N
 
N
L
x
T
H
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
Q
A
 
A
S
 
E
L
 
N
I
 
C
K
 
P
I
 
L
T
 
T
P
 
E
E
 
E
E
 
I
R
 
A
M
 
R
T
 
L
A
 
S
L
 
V
R
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
E
V
 
A
M
 
V
G
 
G
L
 
G
A
 
G
V
 
V
A
 
V
G
 
A
V
 
V
D
|
D
I
 
L
L
x
F
R
 
E
S
 
S
N
 
E
H
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
L
V
 
V
M
x
N
E
|
E
V
 
V
N
|
N
S
 
H
S
 
T
P
 
M
G
x
E
L
x
F
E
x
K
G
x
N
I
x
S
E
 
V
T
 
H
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
V
N
 
D
V
 
I
A
 
P
G
 
G
I
 
E
I
 
I
I
 
L
E
 
R
H
 
Y

5k2mG Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
26% identity, 71% coverage: 71:285/301 of query aligns to 54:266/273 of 5k2mG

query
sites
5k2mG
F
|
F
Y
 
K
G
 
A
C
 
L
A
 
Y
V
 
T
L
 
A
R
 
R
Q
 
L
F
 
F
E
 
E
M
 
S
M
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
P
P
 
T
L
 
V
N
 
N
E
 
S
S
 
S
V
 
R
A
 
L
I
 
I
A
 
F
R
 
E
S
 
A
R
 
G
D
 
D
K
|
K
L
 
L
R
 
F
S
 
A
L
 
T
Q
 
L
L
 
R
L
 
L
S
 
A
R
 
G
R
 
K
G
 
-
I
 
-
G
 
-
L
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
P
G
 
E
F
 
W
A
 
K
H
 
A
S
 
A
P
 
L
D
 
S
D
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
R
I
 
V
P
 
P
D
 
D
L
 
S
I
 
L
A
 
-
M
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
G
A
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
S
K
|
K
V
 
P
L
 
V
E
x
F
G
|
G
T
x
S
Q
x
W
G
|
G
I
x
R
G
 
L
V
x
L
V
 
A
L
 
K
C
 
V
E
 
N
T
 
D
A
 
R
T
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
E
S
 
A
V
 
V
I
 
L
E
 
E
A
 
H
F
 
R
M
 
K
G
 
W
L
 
M
K
 
K
Q
x
N
N
 
P
I
 
L
M
x
Y
-
 
G
-
 
I
-
 
H
-
 
Y
V
 
F
Q
|
Q
E
|
E
Y
x
F
I
x
V
K
 
-
E
 
E
A
x
K
G
 
P
G
 
G
A
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
C
 
S
F
x
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
D
 
G
K
 
E
V
 
F
I
 
V
A
 
G
S
 
A
M
 
I
K
 
Y
R
|
R
Q
 
Y
A
 
S
K
 
N
P
 
-
G
 
-
E
 
H
F
x
W
R
x
I
S
x
T
N
|
N
L
x
T
H
x
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
K
A
 
A
S
 
E
L
 
P
I
 
C
K
 
S
I
 
-
T
 
D
P
 
P
E
 
E
E
 
V
R
 
E
M
 
E
T
 
L
A
 
S
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
W
K
 
E
V
 
A
M
 
F
G
 
G
L
 
E
A
 
G
V
 
A
A
 
L
G
 
A
V
 
I
D
|
D
I
 
I
L
x
F
R
 
E
S
 
S
N
 
E
H
 
K
G
 
G
P
 
L
L
 
L
V
 
V
M
x
N
E
|
E
V
 
V
N
|
N
S
x
P
S
x
N
P
x
M
G
x
E
L
x
F
E
 
K
G
x
N
I
x
A
E
 
A
T
 
R
T
 
V
T
 
T
S
 
G
K
 
A
N
 
D
V
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
K
I
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
Y

Sites not aligning to the query:

1uc9A Crystal structure of a lysine biosynthesis enzyme, lysx, from thermus thermophilus hb8 (see paper)
28% identity, 78% coverage: 51:285/301 of query aligns to 42:250/256 of 1uc9A

query
sites
1uc9A
R
 
R
G
 
P
K
 
K
P
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
V
D
 
T
A
 
V
V
 
A
I
 
L
P
 
E
R
 
R
I
 
C
G
 
V
A
 
S
S
 
Q
V
 
S
T
 
R
F
 
-
Y
 
-
G
 
G
C
 
L
A
 
A
V
 
A
L
 
A
R
 
R
Q
 
Y
F
 
L
E
 
T
M
 
A
M
 
L
G
 
G
V
 
I
F
 
P
P
 
V
L
 
V
N
 
N
E
 
R
S
 
P
V
 
E
A
 
V
I
 
I
A
 
E
R
 
A
S
 
C
R
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
W
R
 
A
S
 
T
L
 
S
Q
 
V
L
 
A
L
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
L
G
 
P
L
 
Q
P
 
P
V
 
K
T
 
T
G
 
A
F
 
L
A
 
A
H
 
T
S
 
D
P
 
R
D
 
E
D
 
E
I
 
A
P
 
L
D
 
R
L
 
L
I
 
M
A
 
E
M
 
A
V
 
F
N
 
-
G
 
G
A
 
Y
P
 
P
L
 
V
V
|
V
I
 
L
K
|
K
V
 
P
L
 
V
E
 
I
G
 
G
T
 
A
Q
 
A
G
 
-
I
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
-
L
 
-
C
 
-
E
 
A
T
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
A
S
 
A
V
 
A
I
 
A
E
 
A
A
 
A
F
 
A
M
 
A
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
Q
 
H
N
 
Q
I
 
L
M
 
F
-
 
Y
V
 
I
Q
|
Q
E
|
E
Y
|
Y
I
x
V
K
 
-
E
 
E
A
x
K
G
 
P
G
 
G
A
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
C
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
E
K
 
R
V
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
A
M
 
I
K
 
Y
R
|
R
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
F
 
-
R
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
H
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
A
S
 
E
L
 
N
I
 
C
K
 
P
I
 
L
T
 
T
P
 
E
E
 
E
E
 
V
R
 
A
M
 
R
T
 
L
A
 
S
L
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
V
 
A
M
 
V
G
 
G
L
 
G
A
 
G
V
 
V
A
 
V
G
 
A
V
 
V
D
|
D
I
 
L
L
x
F
R
 
E
S
 
S
N
 
E
H
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
L
V
 
V
M
x
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N
S
 
H
S
 
T
P
 
M
G
 
E
L
 
F
E
 
K
G
 
N
I
 
S
E
 
V
T
 
H
T
 
T
T
 
T
S
 
G
K
 
V
N
 
D
V
 
I
A
 
P
G
 
G
I
 
E
I
 
I
I
 
L
E
 
K
H
 
Y

7drpA Structure of atp-grasp ligase psnb complexed with phosphomimetic variant of minimal precursor, mg, and adp (see paper)
30% identity, 34% coverage: 185:286/301 of query aligns to 207:306/312 of 7drpA

query
sites
7drpA
G
 
G
A
 
D
D
|
D
I
 
V
R
|
R
C
 
V
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
D
D
 
D
K
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
C
S
 
A
M
 
L
K
 
R
R
 
I
Q
 
V
A
 
T
K
 
D
P
 
E
G
 
I
E
 
D
F
 
F
R
 
R
S
 
Q
N
 
A
L
 
E
H
 
E
R
 
R
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
I
S
 
E
L
 
A
I
 
I
K
 
E
I
 
I
T
 
S
P
 
D
E
 
E
E
 
V
R
 
K
M
 
D
T
 
Q
A
 
C
L
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
T
G
 
G
V
 
M
D
|
D
I
 
I
L
x
K
R
 
A
S
 
G
N
 
A
H
 
D
G
 
G
P
 
N
L
 
Y
-
 
R
V
 
V
M
x
L
E
|
E
V
 
L
N
|
N
S
 
A
S
|
S
P
x
A
G
x
M
L
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
E
T
 
G
T
 
R
T
 
A
S
 
N
K
 
V
N
 
D
V
 
I
A
 
C
G
 
G
I
 
P
I
 
L
I
 
C
E
 
D
H
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7drnA Structure of atp-grasp ligase psnb complexed with precursor peptide psna2 and amppnp (see paper)
30% identity, 34% coverage: 185:286/301 of query aligns to 207:306/311 of 7drnA

query
sites
7drnA
G
 
G
A
 
D
D
|
D
I
 
V
R
|
R
C
 
V
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
D
D
 
D
K
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
C
S
 
A
M
 
L
K
 
R
R
 
I
Q
 
V
A
 
T
K
 
D
P
 
E
G
 
I
E
 
D
F
 
F
R
 
R
S
 
Q
N
 
A
L
 
E
H
 
E
R
 
R
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
I
S
 
E
L
 
A
I
 
I
K
 
E
I
 
I
T
 
S
P
 
D
E
 
E
E
 
V
R
 
K
M
 
D
T
 
Q
A
 
C
L
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
T
G
 
G
V
 
M
D
 
D
I
 
I
L
x
K
R
 
A
S
 
G
N
 
A
H
 
D
G
 
G
P
 
N
L
 
Y
-
 
R
V
 
V
M
x
L
E
|
E
V
 
L
N
|
N
S
 
A
S
|
S
P
x
A
G
x
M
L
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
E
T
 
G
T
 
R
T
 
A
S
 
N
K
 
V
N
 
D
V
 
I
A
 
C
G
 
G
I
 
P
I
 
L
I
 
C
E
 
D
H
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7lg5A Synechocystis sp. Utex2470 cyanophycin synthetase 1 with atp (see paper)
23% identity, 65% coverage: 99:293/301 of query aligns to 219:482/871 of 7lg5A

query
sites
7lg5A
D
 
D
K
 
K
L
 
E
R
 
G
S
 
T
L
 
K
Q
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
R
 
D
R
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
V
P
 
P
V
 
R
T
 
G
G
 
T
F
 
T
A
 
I
H
 
Q
S
 
Y
P
 
F
D
 
D
D
 
D
I
 
L
P
 
E
D
 
E
L
 
A
I
 
I
A
 
N
M
 
D
V
 
V
N
 
G
G
 
G
A
 
Y
P
 
P
L
 
V
V
|
V
I
 
I
K
 
K
V
 
P
L
 
L
E
 
D
G
 
G
T
 
N
Q
x
H
G
 
G
I
 
R
G
 
G
V
x
I
V
 
T
L
x
I
C
 
-
E
 
N
T
 
V
A
 
R
T
 
H
A
 
W
A
 
Q
E
 
E
S
 
A
V
 
I
I
 
A
E
 
A
A
 
Y
F
 
D
M
 
L
G
 
A
L
 
A
K
 
E
Q
 
E
N
 
S
I
 
I
M
 
I
V
 
V
Q
x
E
E
x
R
Y
|
Y
I
x
Y
K
 
E
E
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
S
D
|
D
I
 
H
R
 
R
C
 
V
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
N
D
 
G
K
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
A
S
 
V
M
 
A
K
 
E
R
 
R
-
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
H
-
 
V
-
 
T
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
I
-
 
S
-
 
E
-
 
L
-
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
T
-
 
N
-
 
Q
Q
 
D
A
 
P
K
 
N
P
 
R
G
 
G
E
 
D
F
 
G
R
 
H
S
 
D
N
 
N
-
 
I
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
V
-
 
N
-
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
V
L
 
M
H
 
E
R
 
R
G
 
Q
G
 
G
S
 
Y
A
 
-
S
 
N
L
 
L
I
 
D
K
 
S
I
 
V
T
 
L
P
 
P
E
 
K
E
 
D
R
 
E
M
 
V
T
 
V
A
 
Y
L
 
L
R
 
R
A
 
A
-
x
T
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
S
-
 
T
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
I
-
 
H
-
 
P
-
 
E
-
 
N
-
 
I
-
 
W
-
 
L
-
 
M
-
 
E
-
 
R
-
 
V
A
 
A
K
 
K
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
D
|
D
I
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
S
-
 
D
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
E
N
 
T
H
 
N
G
 
G
P
 
-
L
 
V
V
 
I
M
x
V
E
|
E
V
 
V
N
 
N
S
 
A
S
 
A
P
 
P
G
 
G
L
 
F
E
 
R
-
 
M
-
 
H
-
 
V
G
 
A
I
 
P
E
 
S
T
 
Q
T
 
G
T
 
L
S
 
P
K
 
R
N
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
A
I
 
P
I
 
V
I
 
L
E
 
D
H
 
M
L
 
L
E
 
F
K
 
P
N
 
P
G
 
G
G
 
T
P
 
P
N
 
S

Sites not aligning to the query:

7droD Structure of atp-grasp ligase psnb complexed with minimal precursor (see paper)
30% identity, 34% coverage: 185:286/301 of query aligns to 187:284/289 of 7droD

query
sites
7droD
G
 
G
A
 
D
D
 
D
I
 
V
R
 
R
C
 
V
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
D
D
 
D
K
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
C
S
 
A
M
 
L
K
 
R
R
 
-
Q
 
-
A
 
I
K
 
V
P
 
T
G
 
I
E
 
D
F
 
F
R
 
R
S
 
Q
N
 
A
L
 
E
H
 
E
R
 
R
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
I
S
 
E
L
 
A
I
 
I
K
 
E
I
 
I
T
 
S
P
 
D
E
 
E
E
 
V
R
 
K
M
 
D
T
 
Q
A
 
C
L
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
T
G
 
G
V
 
M
D
 
D
I
 
I
L
 
K
R
 
A
S
 
G
N
 
A
H
 
D
G
 
G
P
 
N
L
 
Y
-
 
R
V
 
V
M
 
L
E
 
E
V
 
L
N
 
N
S
 
A
S
 
S
P
 
A
G
 
M
L
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
E
T
 
G
T
 
R
T
 
A
S
 
N
K
 
V
N
 
D
V
 
I
A
 
C
G
 
G
I
 
P
I
 
L
I
 
C
E
 
D
H
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3r5xD Crystal structure of d-alanine--d-alanine ligase from bacillus anthracis complexed with atp
26% identity, 44% coverage: 135:267/301 of query aligns to 132:269/306 of 3r5xD

query
sites
3r5xD
G
 
G
A
 
F
P
 
P
L
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
V
 
P
L
 
N
E
 
S
G
 
G
T
 
G
Q
x
S
G
 
S
I
 
V
G
 
G
V
|
V
V
 
K
L
 
I
C
 
V
E
 
Y
T
 
D
A
 
K
T
 
D
A
 
E
A
 
L
E
 
I
S
 
S
V
 
M
I
 
L
E
 
E
A
 
T
F
 
V
M
 
F
G
 
E
L
 
W
K
 
D
Q
 
S
N
 
E
I
 
V
M
 
V
V
 
I
Q
x
E
E
x
K
Y
|
Y
I
|
I
K
 
K
E
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
G
A
 
E
D
x
E
I
 
I
R
 
T
C
 
C
F
 
S
V
 
I
V
 
F
G
 
D
D
 
G
K
 
K
V
 
Q
-
 
L
-
 
P
I
 
I
A
 
I
S
 
S
M
 
I
K
 
R
R
 
H
Q
 
A
A
 
A
K
x
E
P
 
F
G
 
F
E
x
D
F
 
Y
R
x
N
S
 
A
N
 
K
L
x
Y
H
 
D
R
 
D
G
 
A
G
 
S
S
 
T
A
 
I
S
 
E
L
 
E
I
 
V
K
 
I
I
 
E
T
 
L
P
 
P
E
 
A
E
 
E
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
R
-
 
V
R
 
N
M
 
K
T
 
A
A
 
S
L
 
L
R
 
A
A
 
C
A
 
Y
K
 
K
V
 
A
M
 
L
G
 
K
L
 
C
A
 
S
V
 
V
-
 
Y
A
 
A
G
x
R
V
 
V
D
|
D
I
 
M
L
x
M
R
 
V
S
 
K
N
 
D
H
 
G
G
 
I
P
 
P
L
 
Y
V
 
V
M
|
M
E
|
E
V
 
V
N
|
N
S
 
T
S
 
L
P
 
P
G
|
G
L
 
M

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Pf6N2E2_3903 FitnessBrowser__pseudo6_N2E2:Pf6N2E2_3903
MKIAVLSRNPRLYSTRRLVEAGTERGHEMVVIDTLRAYMNIASHKPQIHYRGKPLEGFDA
VIPRIGASVTFYGCAVLRQFEMMGVFPLNESVAIARSRDKLRSLQLLSRRGIGLPVTGFA
HSPDDIPDLIAMVNGAPLVIKVLEGTQGIGVVLCETATAAESVIEAFMGLKQNIMVQEYI
KEAGGADIRCFVVGDKVIASMKRQAKPGEFRSNLHRGGSASLIKITPEERMTALRAAKVM
GLAVAGVDILRSNHGPLVMEVNSSPGLEGIETTTSKNVAGIIIEHLEKNGGPNMTRTKGK
G

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory